Watermelon mosaic virus (WMV) izolatlarında P1 gen bölgesinin moleküler karakterizasyonu ve populasyon dinamikleri

Watermelon mosaic virus (Potyvirus citrulli; WMV), kabakgiller familyasında (Cucurbitaceae) yer alan bitkileri enfekte eden bir virüstür. Bu virüs, özellikle karpuz, kavun, kabak ve salatalık gibi ekonomik olarak önemli bitkilerde ciddi verim kayıplarına neden olabilir. Bu çalışmada Eskişehir, Ankara ve Nevşehir illerinden toplanan ve serolojik olarak WMV ile enfekteli olduğu doğrulanmış 10 adet WMV ile bulaşık kabakgil bitkisinden izole edilen WMV izolatlarının yaklaşık 1317 nükleotidlik P1 bölgesi için 750 ve 849 bp büyüklüğünde iki farklı bölgeyi çoğaltan primer çiftleri üretilmek suretiyle moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Amplifiye edilen ürünler dizilenerek GenBank erişim numaraları alınmıştır. Nükleotid düzeyinde belirlenen benzerlik oranları ve temel düzeyde yapılan filogenetik analiz global WMV izolatlarını P1 bölgesi özelinde 5 filogruba ayırmıştır. Yapılan genetik çeşitlilik ve polimorfizm analizi değerlerine göre diziler arasındaki nükleotid farklılıklarının ortalama sayısı filogrup 3 içerisinde en yüksek olarak hesaplanmıştır. Oluşan 1, 2 ve 4 nolu filogrupların yüksek ω (dN/dS) oranlarında (ω > 2) güçlü seçilim baskısı karakteri sergilemediği belirlenirken filogrup 3'te gözlemlenen düşük ω değeri, bu filogrubun yüksek seçilim baskısı özelliği taşıdığına işaret etmektedir. Oluşan filogrupların popülasyonlar arası çeşitliliği ölçen FST değerlerinin sadece filogrup 2'de referans değer olan 0.33'den büyük olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmada sonucuna göre P1 bölgesinin populasyon dinamiklerinin daha net veriler sunabilmesi için daha fazla izolat ile analize ihtiyaç duyulduğu değerlendirilmektedir. Araştırma sonuçlarının WMV P1 bölgesinin populasyon dinamiklerinin aydınlatılmasına önemli düzeyde katkı sunduğu ve P1 filogenisine yeni bir bakış açısı sunduğu düşünülmektedir.