Structure based drug design

Bu çalışmada kanser yol izi mekanizmaları içerisinde yer aldığı düşünülen iki protein hedef olarak belirlenmiştir, bunlar Nf?ß protein ailesiden p65p50 yapısı ve fibroblastik büyüme hormon reseptörlerinden Fgfr2 yapısıdır. Bilgisayar bazlı ilaç tasarım metodlarından yapı-etki ilişkisi odaklı tarama yapmaya ve efektör-hedef etkileşimininin yapısal tanımını yapmaya imkan veren ?docking? metodu 237 doğal bileşikten oluşan bir moleküler veri bankasına iki ayrı sistem için de uygulanmıştır. ?Docking? metodu için üç ayrı değerlendirme fonksiyonu kullanılmıştır. Bu değerlendirme fonksiyonlarından elde edilen sıralama sonuçları doğrultusunda hem sistemler için hem de fonkisyonların özelliklerine dair karşılaştırma yapılmıştır. Bu araştırmanın sonunda fonksiyonların bileşik grupları ayırdedebildikleri ve bu gruplar üzerinde seçici oldukları görülmüştür. Yarı ampirik kaynaklı değerlendirme fonksiyonundan ibaret olan AutoDock programının efektörün niteliklerine göre sıralama yaptığı ve özel bir grup bileşiğini bu doğrultuda seçtiği gözlenmiştir. Gold Score ve Chem Score olmak üzere iki ayrı değerlendirme fonksiyonu ile kullanılan Gold (Ligand ?docking?i için Genetik optimizasyon) programının sıralama yaparken hedefin niteliklerine göre özel bir grup bileşiği seçtiği gözlenmiştir. Fonksiyonların bileşik grupları için gösterdikleri seçiciliğin nedeni her fonksiyonun ana denkleminde gizlidir. Ancak şu da görülmüştür ki, daha önceki çalışmalarda da olduğu gibi aynı hedef ve aynı ligant için yapılan analiz sonuçları, değerlendirme fonksiyonları sıralamaları farklı olmakla birlikte, analiz sonucu üretilen etkileşim özellikleri ve ligant-protein konumlandırmalarında yüksek benzerlik göstermektedir.