Analysis of human protein-protein interaction network and cancer proteins using structural information

Protein-protein etkilesim agları ortaya çıkarıyor ki bazı proteinler digerleriyleoldukça iletisim halindeyken (merkez proteinler olarak görev almaktadırlar), bazılarınınbirkaç tane iletisimi vardır. Aynı veya üst üste gelen baglanma yerleri merkezproteinlerde (tek ara yüzeyli merkez proteinler) ardı sıra kullanılmalıdır ki bu onlarıfarksız kılar. Alternatif olarak, çoklu-ara yüzeyli merkez proteinler birkaç farklıbaglanma yüzeyini kullanarak farklı partnerlere baglanırlar. Etkilesimleri fiziksel vekimyasal özelliklerine göre anlamak proteinlerin atomik detaylarını; yani üç boyutluyapıları gerektirir. Ve yine, kanserle ilgili proteinler etkilesim aglarında merkezproteinler olarak görev yapmaya daha egilimlidirler. Bu tezde, ?kanserle ilgili proteinara yüzeylerinin hangi özellikleri onların merkez proteini olarak görev yapmasınısaglıyor? ve ?bunların birçok farklı proteine degisen egilimlerle baglanması nasılmümkün oluyor? arastırıyoruz. Kanserle ilgili etkilesimleri içeren insan protein-proteinetkilesim agının detaylı bir analizini saglıyoruz. lk olarak, kanserle ilgili proteinleringenel davranıslarını inceliyor, ikinci olarak yapısal bir perspektiften bakarak buproteinler nasıl etkilesime giriyor ve hangi etkilesimler aynı anda oluyor ve hangileriaynı anda olmuyor, aydınlatıyoruz. Sonuçlar gösteriyor ki, kanserle ilgili proteinlerpartnerleriyle farklı ara yüzeylerden etkilesime giriyor, böylece daha çok çoklu-arayüzeyli merkez proteinlere denk geliyor (kanser proteinlerin %56 sı çoklu-ara yüzeyli)ve agdaki gerekli dügümleri olusturuyor. (bunların %76 sı gereklidir). Buna ek olarak,kanserli olmayanlarla karsılastırıldıgında, kanserle ilgili etkilesimlerin daha küçük, dahadüzlemsel, daha yüklü, az hidrofobik baglanma yüzeyleri vardır. Bu bulgular kanserdevarsayılan ilaç adaylarının spesifik baglanma bölgelerinin detaylarını bulmak açısındanönemli oldugu kadar kanserde yeni hedefler bulmak açısından da önemlidir.