Yeni nesil dizileme yöntemi ile brca1 ve brca2 genlerinde tespit edilmiş varyantların biyoinformatik yöntemlerle analizleri: Retrospektif çalışma

BRCA1 ve BRCA2 tümör baskılayıcı genler olarak DNA hasarı ve onarımında önemli bir role sahiptirler. BRCA1 geni 24 ekzondan oluşur ve 1863 amino asit içeren bir protein kodlar. BRCA2 geni ise 27 ekzona sahiptir ve 3418 amino asitlik BRCA2 proteinini kodlar. BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki germline mutasyonlar meme ve yumurtalık kanseri ile ilişkilendirilmiştir bu sebeple meme ve yumurtalık kanseri riski, prognozu ve tanısında BRCA1 ve BRCA2 gen taramaları büyük önem taşır. Çalışmamızda kullanılan veriler Bursa Uludağ Üniversitesi Tıbbi Genetik ABD'na BRCA1 ve BRCA2 gen taraması için başvuran 125 kişinin yeni nesil dizileme yöntemi ile oluşturulan genotip sonuçlarından elde edilmiştir. Yapılan yeni nesil dizileme sonucunda bulmuş olduğumuz varyantları çeşitili veri tabanları ve in silico algoritmalar tarafından patojenitesi, MAF değerleri, regülatör önemleri ve post-translasyonel modifikasyonlara etkileri açısından değerlendirilmiştir. Çalışmamız sonucunda BRCA1 ve BRCA2 geninde 16 tanesi daha önce toplumsal dizileme projelerinde (1000G, ExAC, gnomAD) rastlanmayan toplamda 96 varyant bulunmuştur. Ek olaral tespit etmiş olduğumuz novel varyantlarımızdan 3 tanesi kodlama yapan bölgede bulunurken diğerleri intronik bölgede bulunmaktadır. Çalışmamızda meme ve yumurtalık kanseri ile ilişkili olabilecek protein fonksiyonuna etkisi yüksek varyantları tespit ederken gen regülasyonunda da önemli olabilecek varyantlar da gösterilmiştir.