23
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Arşivlenen Tez
DL-limonenin mayalar üzerine antifungal etkisi
Bu çalışmada DL-limonenin bazı mayalar üzerine antifungal etkisi disk difüzyon yöntemi ve minimum inhibe edici konsantrasyon (MİK) yöntemleriyle araştırılmıştır. Ayrıca, DL-limonenin Saccharomyces cerevisiae'nin etil alkol fermentasyonuna etkisi de incelenmiştir. Disk difüzyon yöntemi sonuçlarına göre, denenen bütün mikroorganizmalarda inhibisyon zonu görülmüştür. Zon çapları kontrol olarak kullanılan Fungizone antibiyotiğine kıyasla daha büyük olmuştur. DL-limonen konsantrasyonu arttıkça zon çapı da artmıştır. MİK değerleri, maya suşuna göre 500-4000 µg/ml arasında değişmiştir. DL-limonen S. cerevisiae'nin etil alkol fermentasyonunu inhibe etmiş ve oluşan aroma maddelerini de etkilemiştir.
Çukurova iklim koşullarının Spirulina platensis (Cyanophyta)'deki fikosiyanin miktarına etkisi
Çukurova bölgesinde, Spirulina platensis kültürlerinde mevsime bağlı sıcaklık ve aydınlanma şiddetinin, mavi renkli pigment C-fikosiyanin içeriğine etkisini ve protein miktarını belirlemek üzere, dışarı koşullarında, sera içerisinde fiber-glass havuzlarda nisan, temmuz ve eylül aylarında yapılan denemelerde, C-fikosiyanin miktarları sırasıyla 329.91±0.029 , 326.75±0.016 ve 332.71±0.021 µg/ml bulunmuştur. Yaz ayı su sıcaklık ortalaması 34.52±0.60 ºC ile sonbahar ve ilkbaharda saptanan su sıcaklıklarından (30.03±0.43 ºC ve 24.87±0.74 ºC) daha yüksek olmuştur. Mevsimlere göre aydınlanma şiddeti düzeylerine bakıldığında, temmuz ayındaki aydınlanma şiddetinin (1195.08±92.04 µmol m-2 s-1), eylül ve nisan aylarındaki denemelerde belirlenen aydınlık şiddeti değerlerinden (822.46±57.48 ve 684.40±103.89 µmol m-2 s-1) yüksek olduğu görülmektedir. Saptanan protein oranları ilkbahar,yaz ve sonbahar, koşullarında sırasıyla, %68 ,%68 ve %72 olmuştur. Nisan, temmuz ve eylül aylarında, Spirulina platensis kültürlerinde fikosiyanin ve protein içeriklerinde farklılık olmadığı sonucuna varılmıştır.
Çekirdek kabaklarında morfolojik ve moleküler karakterizasyon
Kabaklarda morfolojik ve moleküler karakterizasyon üzerinde gerçekleştirilen çalışmada bitki materyali olarak Cucurbita pepo, Cucurbita moschata ve Cucurbita maxima'ya giren yirmidört genotip kullanılmıştır. C. pepo genotiplerinin büyük bir kısmı tohumluk kabaktır ve bunlardan bazıları çerez ve yağ üretiminde kullanılan kabuksuz çekirdekli tiplerdir. Ayrıca C. moschata ve C. maxima'dan altı kışlık kabak genotipi ve üç adet türü bilinmeyen genotip çalışmada yer almıştır. Moleküler analizler ISSR ve SRAP ile gerçekleştirilmiş, morfolojik karakterizasyon ise UPOV kriterlerine göre yapılmıştır. Moleküler çalışmalarda sekiz ISSR primeri kullanarak 60 bant elde edilmiş ve bunların hepsi polimorfik bulunmuştur. Yine sekiz SRAP primer kombinasyonu kullanılarak toplam 71 bant elde edilmiş ve bunların da hepsi polimorfik bulunmuştur. ISSR analizlerinde genetik benzerlik katsayısı 0.07 ile 0.96 arasında, SRAP analizlerinde genetik benzerlik katsayısı 0.13 ile 1.0 arasında değişmiştir. ISSR ile SRAP arasındaki korelasyon çok yüksek, bulunmuştur: ( r = 0.947). Morfolojik ve moleküler çalışmalar arasında bazı farklılıklar görülmüş ve bu tip genetik yakınlık ve karakterizasyon çalışmalarında morfolojik analizlerin tek başına yetersiz kalacağı, moleküler tekniklerin daha güvenli sonuç verdiği sonucuna ulaşılmıştır.
Kitinaz üreten bacillus izolasyonu, enzimin kısmi saflaştırılması ve karakterizasyonu
Bu çalışmada kitinaz üreticisi Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki HBK-51 suşu kitin içeren doğal ortamdan izole edilmiş, biyokimyasal ve morfolojik özelliklerin yanısıra yağ asiti ve 16S RNA dizi analizlerine göre tanılanmıştır.B. thuringiensis HBK-51 suşunun kültür süpernatantından elde edilen kitinaz, geniş pH (3.0-11.0) ve sıcaklık (30-120 ºC) aralığında aktivite göstermiştir. Optimum aktivite pH 9.0 ve 110 ºC'de gözlenmiştir. Enzim, 3 saatlik ön inkübasyondan sonra; pH 9.0-12.0 aralığında (%98 kalan aktivite) ve 110 ºC'de (%96 kalan aktivite) yüksek düzeyde aktivite göstermiştir. Bu özellikleri dikkate alındığında; hipertermofil-termostabil ve alkali olarak tanımlanmıştır. %12'lik SDS-PAGE analizi ile 50 ve 125 kDa boyutlarında enzimin 2 izoformu saptanmıştır. NiCl2 (%32), KCl (%44) ve CuCl2 (%56) gibi metal iyonları aktivite artışına, EDTA (%7), SDS (%7), HgCl2 (%11) ve Etil-Asetimidat (%20) aktivite azalmasına neden olmuştur.Sonuç olarak B. thuringiensis subsp. kurstaki HBK-51 suşu kitinaz üreticisi olarak biyoteknolojik uygulamalarda kullanılabilecek önemli bir suştur. Üretilen enzim, biyoinsektisit/fungisit olarak, kitin içeren atıkların biyodegradasyonunda ve kitobioz üretimini içeren prosseslerde kullanılabilecek özelliktedir.
Soya ve mısırda genetiği değiştirilmiş ürünlerin belirlenmesi
Bu çalışmada, ithal olarak temin edilen ve bölgemizde yetiştirilen soya ve mısır tohumları ile değişik marketlerden toplanan gıda ürünlerinde genetiği değiştirilmiş organizmaların kalitatif olarak PCR analizleri ile belirlenmesi amaçlanmıştır. DNA izolasyonları 45'i ithal ve 17'si bölgemizde yetiştirilen mısır çeşitlerine ait tohumlar olmak üzere toplam 62 mısır tohumu örneği ile 30'u ithal, 8'i bölgemizde yetiştirilen soya çeşitlerine ait tohumlar olmak üzere toplam 38 soya örneğinde ve 7 çeşit gıda ürününde 3 farklı izolasyon metodu (Wizard-promega food kit, Nucleospin food kit ve CTAB metodu) kullanılarak, en iyi izolasyon yöntemini belirlemek için yapılmıştır. Yapılan DNA izolasyonu sonuçlarına göre, en iyi sonucu Nucleospin food kit vermiştir. DNA'sı elde edilen gıda örneklerinde lektin/zein geninin PCR amplifikasyonunda, bir örneğin zein geni, iki örneğin ise lektin geni içerdiği belirlenmiştir. Daha sonra tüm örneklerde 35S promotör ve Nos terminatör taraması yapılarak pozitif sonuç veren örneklerde nested PCR ile spesifik GDO belirleme yapılmıştır. Tarama sonucunda gıda ürünlerinin ve yerel mısır ve soya tohum örneklerinin GDO içermediği, ithal soya ve mısır örneklerinin hepsinin de transgenik olduğu belirlenmiştir. Nested-PCR sonuçlarına göre, ithal soya örneklerinde Roundup Ready soya belirlenirken, ithal mısır örneklerinin tümü Bt11 içermiştir. Ayrıca, ithal mısır örneklerinin 5 tanesinin Bt11 ile birlikte MON810 ve iki tanesinin de Bt176 da içerdiği belirlenmiştir. Sonuç olarak, ithal edilen soya örneklerinin genetiği değiştirilmiş olduğu ve mutlaka gümrüklerde kontrollerin yapılması gerektiği sonucuna varılmıştır
Bazı avokado (Persea americana Mill.) çeşitlerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
Avokadonun iki ırkını temsil eden 13 çeşit ile Meksika Guatemala melezi olan 7 çeşit SRAP ve RAPD markırları ile analiz edilmiştir. On sekiz RAPD primerinden 116 bant; 21 SRAP primerinden 122 bant elde edilmiştir. RAPD ve SRAP analizlerinde Jacard'ın benzerlik matriksi kullanılmış ve UPGMA analizi ile dendogram oluşturulmuştur. RAPD'ın genotipler arasındaki benzerlik derecesi %46 ile %86 iken SRAP da bu değerler %49 ile %90 olarak hesaplanmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlar avokado genotiplerinin karakterizasyonunda SRAP ve RAPD markırlarının kullanılabileceğini göstermiştir. Yirmi avokado çeşidine ait ağaç gücü, ağaç boyu, ağacın tacı, şekli, yaprak boyu, sürgün rengi, yaprak şekli gibi ağaç ve yaprak özellikleri IPGRI standartları baz alınarak incelenmiştir. Tüm morfolojik karakterler SAS bilgisayar programında analiz edilmiştir.
Türkiye'de hemoglobin varyantları ve talasemi mutasyonları bilgi sistemi
Bu çalışmada Türkiye'de bulunan anormal hemoglobinler ve talasemi mutasyonları kayıtlarını içeren bir veritabanı oluşturulması; eğitim ve bilgilendirme materyalini kapsayan bir bilgi sisteminin geliştirilmesi hedeflenmiştir. Sistemin veritabanından her mutasyon ve hemoglobin varyantının görüldüğü yerler, mutasyon noktaları, hematolojik parametreleri, yapısal ve fonksiyonel çalışmalar ile referans bilgileri yer almaktadır. Sistem, söz konusu kayıtların çeşitli açılardan sorgulanmasını sağlayan basit ve ileri arama mekanizmalarını kapsamaktadır. TrHbVar adlı veritabanı ve bilgi sistemi internet üzerinden serbest kullanıma açılmış (www.turktalasemi.org) olup şu an için 50 hemoglobin varyantı ile 41 talasemi mutasyonuna ait kayda erişilebilmektedir.
Karpuz (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum ve Nakai)'a VAT (Aphis gossypii'ye dayanıklılık) geninin aktarılması ve transformasyon etkinliğinin araştırılması
Bu tezde, karpuz (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum ve Nakai) bitkisinde rejenerasyon için gerekli olan uygun ortam optimizasyonu ve Agrobacterium aracılığıyla gen aktarma tekniği çalışılmıştır. Test edilen rejenerasyon ortamlarından en etkili olan, 5 gün çimlendirme ortamında olan karpuz tohumları 2 mg/l BAP + 0.1 mg/l IAA ile desteklenmiş MS ortamında kültüre alınmasıyla yüksek rejenerasyon frekansı elde edilmiştir. Agrobacterium'un C58C1-pmp90 ve C58C1-pch32 suşlarının VAT bölgesi ve 2.5 kb'lık 5' ve 3'regülatör dizinlerine sahip pBin19 binary vektör kullanılmıştır.Bakteri solüsyonu ile muamele edilen karpuz tohumu eksplantları, 2 mg/l BAP, 0.1 mg/l IAA, 200 mg/l timentin ve 7.5 g agar içeren MS ortamında kültüre alınmıştır. Gen aktarımı olan bitkileri tespit edebilmek için seçici seleksiyon ortamı (2 mg/l BAP + 0.1 mg/l IAA + 750 mg/l sefuroksim sodyum + 200 mg/l kanamycin + 7.5 g agar) kullanılmıştır. Seleksiyon ortamında canlılığını devam ettiren bitkiler MSG (sürgün geliştirme ortamı) ortamında geliştikten sonra DNA izolasyonu, PCR, Jel elektroforezi sonucunda aktarılan bantlara UVP Jel dökümantasyon sisteminde bakılmıştır. Bantlar ilgili bölgelerde tespit edilmemiştir.Anahtar kelimeler: Citrullus lanatus, transformasyon, Agrobacterium tumefaciens, rejenerasyon, Aphis gossypii
Spirulina platensis (Cyanophyta)'e elektroporasyon yolu ile gen aktarım olanaklarının araştırılması
Yapılan bu çalışma ile Streptococcus bovis bakterisine ait likenaz geni ve Spirulina platensis'e ait serin esteraz genlerini taşıyan pBR325SLik rekombinant vektörü, Spirulina platensis M2 (düz form) ve Spirulina platensis N-39 (spiral form) suşlarına elektroporasyon tekniği ile aktarılmıştır. Rekombinant S. platensis/pBR325SLik kloramfenikol (Cm) içeren Spirulina ortamında ürerken, plazmid aktarılmamış olan S. platensis beklenildiği üzere aynı besi ortamında ürememiş, buna karşılık Cm içermeyen Spirulina ortamında üremiştir. pBR325SLik vektöründe ve S. platensis/pBR325SLik rekombinant organizmalarında likenaz geninin varlığı Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile gösterilmiştir. pBR325SLik plazmidini taşıyan E. coli hücreleri hem LB/Likenan/Agar besi yerinde hem de SDS-Likenan-PAGE'de likenaz aktivitesi gösterirken rekombinant S. platensis/pBR325SLik organizmaları LB/Likenan/Agar besi yerinde düşük enzim aktivitesi göstermiştir.
Ekmeklik ve makarnalık buğday çeşitlerinde 1AL.1RS ve 1BL.1RS çavdar translokasyonları ile cücelik genlerinin araştırılması
1931 yılından günümüze kadar tescil ettirilmiş 111 adet ekmeklik ve 26 adet makarnalık buğday çeşidi ile köy çeşidinin materyal olarak kullanıldığı bu çalışmanın amacı, cücelik genlerinin (Rht-B1 ve Rht-D1) allelik durumları ile bu çeşitlerin 1AL.1RS ve 1BL.1RS buğday-çavdar translokasyonlarını taşıyıp taşımadığını saptamaktır.Çalışma sonucunda, 102 adet ekmeklik buğday çeşidinden 62 adet ekmeklik buğday çeşidinin Rht-B1a (uzun tip) allelini, 40 adet ekmeklik buğday çeşidinin Rht-B1b (cüce tip) allelini taşıdığını belirlenmiştir. Araştırmada incelenen 26 adet makarnalık buğday çeşidinin 16 adedinin Rht-B1a (uzun tip) allelini, 10 adedinin ise Rht-B1b (cüce tip) allelini taşıdığı saptanmıştır. Sonuç olarak incelenen 128 adet ekmeklik ve makarnalık buğday çeşidinin %39'u Rht-B1b cüce alleli taşırken %61'i Rht-B1a uzun alleli taşıdığı tespit edilmiştir. İncelenen 92 adet ekmeklik buğday çeşidinden 4 adet ekmeklik buğday çeşidinin (%4.3) Rht-D1b (cüce tip) allelini taşıdığı tespit edilmiştir.Çalışmada 1AL.1RS ve 1BL.1RS çavdar translokasyonu için incelenen 137 adet ekmeklik ve makarnalık buğday çeşidi içerisinden sadece 5 adet ekmeklik buğday çeşidinin 1BL.1RS çavdar translokasyonunu taşıdığı belirlenmiş, ancak 1AL.1RS çavdar translokasyonu tespit edilmemiştir. Araştırma sonucunda Türkiye'de yetiştirilen 137 adet buğday çeşidinin %2.9'unun 1BL.1RS çavdar translokasyonunu taşıdığı tespit edilmiştir.Bu araştırma sonucunda PCR'a dayalı DNA markörlerinin buğday ıslahında amaca uygun olarak hem tanımlamada hem de Marköre Dayalı Seleksiyon ıslahında rahatlıkla kullanılabileceği gösterilmiştir.