Department of Microbiology

Çocukluklarda Helicobacter Pylori'ye karşı oluşan IgG antikorlarının serolojik yöntemlerle araştırılması

Bu çalışma Haziran, 1993 - Haziran, 1994 tarihleri arasında Karadeniz Teknik üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalında yapıldı. KTÜ. Tıp Fak. Pediatri polikliniğine başvuran hastalar arasından 96 (kıs erkek karışık) çocuğun serum örnekleri klinik tanıya bakılmadan rastgele seçilerek çalışmaya alındı. Yaşları 1-10 arasında olan her yaş grubundan 10 kadar serum örneğinin alınmasına dikkat edildi. Serum örnekleri IFA yöntemi ile Helicobacter pylori' ye karşı IgG antikorları açısından incelendi (EK i). Serolojik olarak çalışılan 9& hastanın 31 <# 32, S9) ' in de Helicobacter pylori IgG antikorları belirlendi. Yaşa bağlı olarak Helicobacter pylori antikor pozitiflik oranındaki artışın istatistiksel değerlendirmesi anlamlı bulundu . Plyrıca okul öncesi dönemden okul çağına geçildi ğinde Helicobacter pylori pozitiflik oranında belirgin bir artış olduğu ve bu artışın istatistiksel açıdan ileri derecede anlamlı bulunduğu belirlendi .

Doğal alkol uzantılı yeni kurkumin türevlerinin antibakteriyel etkilerinin araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada, yeni sentezlenen doğal alkol uzantılı kurkumin türevlerinin antibakteriyel özellikleri araştırılmıştır. Bu türevler standart bakteri suşlarına (Staphylococcus aureus, Enterocoocus faecalis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa ve Acinetobacter baumannii) karşı değerlendirildi. Bu bileşiklerin minimum inhibitör konsantrasyonlarını (MİK'ler) belirlemek için mikrodilüsyon yöntemi kullanıldı. Çalışmanın amacı, bu kurkumin türevlerinin antimikrobiyal ajanlar olarak potansiyel kullanımı hakkında değerli bilgiler sağlamaktır. GEREÇ VE YÖNTEM: Bu çalışmada test edilen standart suşlar S. aureus, E. faecalis, E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, ve A. baumannii), Sakarya Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı kültür koleksiyonundan alındı. Kimyasal ajanlar, Sakarya Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümünden Temin edildi. Hazırlanan on bileşiğin (Doğal alkol uzantılı kurkumin türevleri) seçilen bakterilere karşı etkisi mikrodilüsyon yöntemi ile araştırıldı. BULGULAR: Bu çalışmada, bakteri suşlarına karşı yapılan kurkumin varyantlarının CUR 3-3, gram-pozitif bakteriler (S. aureus ve E. faecalis) karşı en düşük MİK değerini (3.750 µg/mL) gösterdi. Ancak, Gram-negatif bakterilere karşı etkinlik genellikle daha düşüktü ve çoğu varyant bu suşlar için 15.000 µg/mL'yi aşan MİK değerleri saptandı. TARTIŞMA VE SONUÇ: Tez çalışmamızda incelenen kurkumin varyantlarına yönelik yapılan araştırmalar, özellikle CUR 3-3 varyantının gram-pozitif bakteriler (S. aureus ve E. faecalis) karşı diğerlerine kıyasla daha düşük MİK değerleri ve daha güçlü bir etki gösterdiğini ortaya koymuştur. Bu karşılaştırmalar, literatürdeki genel eğilimleri ve bulguları tez çalışmamızın sonuçları ile karşılaştırarak daha kapsamlı bir bakış açısı sunmaktadır. Anahtar Kelimeler: Antibiyotik, Antibiyotik Duyarlılık Testi, Doğal Alkol Uzantılı Kurkumin Deriveleri, MİK, Standart Bakteri Suşları

2020-2021 kış sezonunda SARS COV-2 ve diğer solunumsal virüslerin sürveyansı

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada; küresel COVID-19 salgını yeni mutasyonları ile toplumu ciddi anlamda tehdit etmeye devam ederken Sakarya ili 2020-2021 kış sezonunda solunum yolu örneklerinde SARS CoV-2 ve diğer solunumsal virüslerin sürveyansının araştırılması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Bu çalışma 2020-2021 kış sezonunda Sakarya Eğitim ve Araştırma Hastanesine ÜSYE veya ASYE semptomları nedeniyle başvuran hastaların saklanmış solunum yolu örneklerinden gerçekleştirilmiştir. Hastaların demografik bilgileri kayıtlardan ve bu çalışma için planlanmış veri toplama formundan elde edilmiştir. Çalışmaya alınan örnekler Influenza A/B, SARS CoV-2, RSV multiplex Real Time PCR kiti (Diagnovital, TR) ile BIO-RAD CFX-96 C1000 Touch Real-time system (Bio-Rad Laboratories) cihazında çalışılmıştır. BULGULAR: ÜSYE/ASYE tanıları konulan 200 hastanın 109'si (%54,5) erkek, 91'i (%45,5) kadındır. Örneklerin 57'sinde (%28,5) SARS CoV-2, 3'ünde (%1,5) RSV PCR pozitif bulunmuştur. Çalışmada Influenza A/B PCR pozitifliği tanımlanmamıştır. Hastalarda yapılan istatiksel analiz sonucuna göre anlamlı bulunan COVID-19 klinik bulguları sırasıyla en sık nefes darlığı 63 (%31,8), ateş 62 (%31,0) ve hapşırık 56 (35,9) olarak bulundu. SONUÇ: Çalışmada koşullar gereği sadece 3 ana viral etken araştırılabilmiştir. RSV sıklıkla çocuk hastaların önemli etkeni olarak belirlenmiş, influenza ise -alınan toplumsal ve bireysel önlemlerle (maske, mesafe, hijyen) ilintili olabilir- hiçbir örnekte saptanamamıştır. Verilerin ileri çalışmalar ile desteklenmesi anlamlı olacaktır. Anahtar Kelimeler: Solumumsal virüsler, SARS CoV-2, İnfluenza, RSV, PCR.

Renal transplantasyon yapılan hastalarda Chlamydia Trachomatis infeksiyonu görülme sıklığının gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu testi ile idrar örneklerinde araştırılması

Akdeniz Üniversites Tıp Fakültesi Hastanesinde yoğun bakım ünitelerinde hastane kaynaklı kan dolaşımı infeksiyonlarının değerlendirilmesi

Santral sinir sistemi enfeksiyonu ön tanılı hastaların beyin omurilik sıvısı örneklerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle incelenmesi

Santral sinir sistemi enfeksiyonlarından biri olan menenjit, çeşitli mikroorganizmaların neden olduğu beyin zarlarının enflamasyonu sonucu oluşur. Menenjitin klinik tablosu hızlıca ilerleyebildiğinden dolayı ölüme ya da ciddi kalıcı sekellere yol açtığı için menenjitte erken ve hızlı tanı oldukça önemlidir. Günümüzde menenjitin varlığını ortaya çıkarmak için Beyin Omurilik Sıvısının (BOS) kültürü ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) gibi spesifik yöntemler kullanılmaktadır. Bu çalışmada, Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına santral sinir sistemi enfeksiyonu ön tanısı ile gönderilen 90 BOS örneği bakteriyel ve viral etkenleri tespit etmek için konvansiyonel (kültür vb) ve moleküler yöntemlerle (Multipleks PCR) incelendi. 90 adet BOS örneğinin 10'unda kültürde üreme gözlenirken, yedisinde PCR yöntemi ile bakteriyel ve viral etkenler tespit edildi. Kültür üremelerinin birinde Acinetobacter baumannii, birinde Nocardia spp, üçünde Metisiline Duyarlı Koagulaz Negatif Stafilacoc (MSKNS), üçünde Metisiline Dirençli Koagulaz Negatif Stafilacoc (MRKNS) ve kalan ikisinde Metisiline Dirençli Stafilacoccus aureus (MRSA) tespit edildi. PCR pozitif yedi örneğin; üçünde S. pneumoniae DNA'sı, üçünde HSV-1 DNA'sı ve birinde VZV DNA'sı saptandı. Kültür; bakteriyel menenjitin teşhisi ve tiplendirilmesi için altın standarttır. PCR yöntemi günümüzde kültür yöntemi ile tespit edilemeyen bakteriler, virüsler gibi menenjit etkeni mikroorganizmaların tespitinde hızlı ve güvenilir sonuç vermesinden dolayı daha çok tercih edilir olmuştur. Fakat PCR yöntemi istenen ajan için bir primer varsa bu ajanı saptayabilen bir tanı yöntemidir, aksi halde zaten istenen etken bulunamaz. Bu nedenle PCR ve kültür yönteminin bir bütün halinde hastanın klinik durumuyla beraber değerlendirilmesi kanaatindeyiz.

Düzce ve Bolu illerinde insanlardaki Mikrosporidia'ların mikroskobik ve moleküler yöntemlerle araştırılması

Mikrosporidia üyeleri spor oluşturan tek hücreli ökaryotlar olup, konak hücre dışında metabolik aktivasyon göstermeyen, zorunlu hücre içi parazitlerdir. Geniş bir konak seçiciliği gösteren bu patojenlerin, insanlardaki ilk vakası 1959 yılında rapor edilmiş, sonraki yıllarda özellikle AIDS'li hastalarda fırsatçı enfeksiyonlara yol açtığının ortaya çıkmasıyla ilgi odağı olmaya başlamışlardır. Dünya'nın farklı ülkelerinde, bölgelere göre kronik ishalli AIDS hastalarındaki Enterocytozoon bieneusi prevelansının %7-50 arasında, Ülkemizde ise %7'lerden %69'a kadar değiştiği bilinmektedir. Dünya ve özellikle ülkemizde yapılan çalışmalara bakıldığında çoğunluğunun enfeksiyon varlığı ile sınırlı kaldığı, türlerin dağılımı ve bu türlerin taksonomik durumuna ilişkin çalışmaların çok az olduğu görülmektedir. Bu çalışmada Düzce Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi ve BAİBÜ Eğitim ve Araştırma Hastanesine gelen gaita numunelerinin, mikroskobik ve moleküler yöntemler ile incelenerek Mikrosporidia türlerinin varlığı ve yaygınlığının ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Mikroskobik ve moleküler incelemeler sonucunda pozitiflik oranının sırasıyla Düzce örnekleri için %6,6 (14/212) ve %11,3 (24/212), Bolu örnekleri için %5,8 (11/188) ve 13,3 (25/188) olduğu görülmüştür. Tür olarak yalnızca Enterocytozoon bieneusi tespit edilmiştir.

Kanda bakteriyel kalıntıların araştırılması ve astımdaki etkileri

Bu çalışma, kan dolaşımındaki bakteriyel DNA'nın farklı kan bileşenleri arasındaki dağılımını ve astım ile ilişkisini araştırmayı amaçlamıştır. Öncelikle, bakteriyel DNA'nın kan kompartmanları arasındaki dağılımını belirlemek için plazma, buffy coat ve kırmızı kan hücrelerini içeren kan bileşenleri ayrıştırılmıştır. Çalışmaya toplam 131 katılımcı dahil edilmiş olup, bunlar normal kilolu kontrol (n=30), obez kontrol (n=30), normal kilolu astım (n=15) ve obez astım (n=44) gruplarına ayrılmıştır. Bakteriyel DNA seviyeleri kantitatif PCR kullanılarak ölçülmüş ve seçilen örneklerde 16S rRNA ve shotgun metagenomik sekanslama ile detaylı mikrobiyom profili analizleri gerçekleştirilmiştir. Kan bileşenlerinin analizinde, bakteriyel DNA'nın büyük çoğunluğunun (%89.77) buffy coat'ta lokalize olduğu ve bunun PMN'lerde (%70.64) PBMC'lere (%29.36) göre daha yüksek oranda bulunduğu tespit edilmiştir. Kırmızı kan hücreleri toplam bakteriyel DNA'nın %10.20'sini içerirken, plazmada sadece %0.03 oranında bakteriyel DNA saptanmıştır. Metagenomik analizler, obez bireylerin kan dolaşımında özellikle Escherichia/Shigella gibi bağırsak kaynaklı ve Cutibacterium acnes gibi deri kaynaklı bakterilerin normal kilolu bireylere göre daha yüksek oranda bulunduğunu göstermiştir. Bu bulgular, obezitede bağırsak ve deri bariyerlerinin bütünlüğünün bozulmasının bakteriyel translokasyona yol açabileceğini düşündürmektedir. Dolaşımdaki bakteriyel DNA seviyeleri ile enflamatuar belirteçler arasında pozitif korelasyon saptanmıştır. Bu çalışma, kan dolaşımındaki bakteriyel DNA'nın sistemik enflamasyon ve epitelyal bariyer disfonksiyonunun potansiyel bir göstergesi olabileceğini ve bunun obezite ile ilişkili kronik enflamasyona katkıda bulunabileceğini ortaya koymaktadır. Bulgularımız, dolaşımdaki bakteriyel DNA'nın biyobelirteç olarak kullanılabileceğini ve epitelyal bariyer fonksiyonunu hedefleyen terapötik yaklaşımların geliştirilmesinin önemini vurgulamaktadır.

Bolu ve yöresinde insanlarda toxocariasis'in seroprevalansı

Toxocariasis, etçil hayvanların sindirim sisteminde yaşayan Toxocara canis ve T.cati gibi nematod larvalarının insanlarda başta karaciğer beyin ve göz olmak üzere tüm iç organlara yayılmasıyla oluşan ve Visceral ve Oküler Larva Migrans'a (VLM ve OLM) sebep olan bir hastalıktır. Enfeksiyon parazitin L2 formunu taşıyan yumurtalarının su ve gıdalarla alınmasıyla oluşmaktadır. Özellikle çocuklar başta olmak üzere enfekte insanlarda VLM ve OLM' a sebep olmakta, hipereozinofili, hepatomegali, anemi, karın ağrısı, öksürük, solunum güçlüğü gibi semptomlarla kendini belli etmektedir. Parazitin dünyada ve Türkiye'de son konak köpek ve kedilerde yayılışı çok yüksek olmasına rağmen, insanlardaki varlığına yönelik yeterli sayıda çalışma bulunmamaktadır. Bolu yöresinde ise parazitin hem son konak hem de ara konaklardaki yayışına yönelik hiçbir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu çalışmada, Bolu ve yöresinde insanlarda Toxocariasis'in ELISA yöntemi seroprevalansını belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, Bolu merkez ve ilçelerindeki farklı yaş, cinsiyet ve meslek gruplarındaki insanlardan, toplamda 384 kişiden kan örnekleri alınmış, serumları çıkarılmış ve ELİSA yöntemi ile Toxocara canis 'in antikor titrelerine bakılmıştır. Yapılan çalışma sonucunda 384 kişinin 46 (%12)'sında pozitif sonuç elde edilmiştir. Yayılışın kadınlarda %11,2, erkeklerde ise %12,7 olarak tespit edilmiştir. Çalışmanın ikinci aşamasında ise kan örneği alınan bireylerin eğitim düzeyleri, beslenme alışkanlıkları, yerleşim yerleri başlıkları altında değerlendirilmiştir. Ki-kare (χ2) testi ile Toxocara canis varlığı açısından yaş, cinsiyet, meslek grupları arasında anlamlı bir farklılık bulunamamıştır. Yapılan çalışma sonucunda Bolu ve yöresinde Toxocariasis'in yayılışının yüksek olduğu ve bir halk sağlığı problemi oluşturduğu, bundan korunmak için gıda ve yeşillik tüketiminde dikkat edilmesi gerektiği kanaatine varılmıştır. Anahtar kelimeler: Toxocariasis, seroprevalans, ELISA, Bolu.

Hastane enfeksiyonları laboratuvarında saptanan retrospektif sonuçların değerlendirilmesi

Hastaneler, sağlık hizmeti sunumu sırasında enfeksiyon kapma riskinin potansiyel kaynağıdır. Vankomisine dirençli enterokoklar ve karbapenemaz üreten Gram-negatif çomaklar kalıcı kolonizasyonlara ve çoklu ilaca dirençli bakteri enfeksiyonlarına neden olduklarından önemli hastane enfeksiyonu etkenlerindendir. Bu çalışmada, hastanemiz kliniklerinde yatan hastalara ait rektal sürüntü örneklerinin vankomisine dirençli enterokok (VRE) ve karbapeneme dirençli (KD) Gram-negatif çomaklar yönünden retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Hastane Enfeksiyonları Araştırma Laboratuvarımıza hastanemizin değişik kliniklerinden 1-Ocak-2020 ile 31-Aralık-2020 tarihleri arasında gönderilen örneklerden VRE ve KD Gram-negatif çomaklar standart klinik laboratuvar yöntemleriyle üretilmiş ve tanımlanmıştır. Antimikrobiyal duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile saptanarak sonuçlar CLSI kriterlerine göre değerlendirilmiştir. İncelenen 2688 rektal sürüntüde, toplam 627 VRE suşu (%23.32, 627/2688) ve 741 rektal sürüntüde 150 (%20.24, 150/741) KD Gram-negatif çomak suşu izole edilmiştir. Üreme saptanan örnek sayısı dikkate alındığında 777 (% 28.9) örnekte üreme olmuştur. Üreyen bakterilerden 627'si (%80.7) vankomisine dirençli enterokok, 150'si (% 19.3) KD Gram-negatif çomak olarak tanımlanmıştır. Üreme saptanan örnekler dikkate alındığında, VRE üremesi en sıklıkla iç hastalıkları servisinde (%45,43, 353/777) ve çocuk hastalıkları yoğun bakım-yenidoğan servisinde (%30,37, 236/777) saptanmıştır. Karbapeneme dirençli Gram-negatif çomak üremesi ise yalnızca çocuk hastalıkları yoğun bakım-yenidoğan servisinde %20.24 (150/741) oranında görülmüştür. Bunların 75'i KD K. pneumoniae:, 7'si KD K. oxytoca:, 26'sı, KD Enterobacter türleri:, 2'si KD E. coli: ve 40'ı KD Acinetobacter türleri olarak tanımlanmıştır. Tüm çocuk servislerinden saptanan toplam 296 izolatın 146'sı VRE'dir. Hastane enfeksiyonları kontrolünün sağlanmasında yapılan sürveyans çalışmaları ile her sağlık kuruluşu, kendi hastane florasındaki mikroorganizmaların direnç durumlarını ve dağılımlarını belirler. Elde ettiğimiz verilerin hastanemiz enfeksiyon kontrolü süreçlerine katkı sağlayacağı kanaatindeyiz.

Akut gastroenteritlerde C. jejuni ve C. coli dışındaki campylobacter türlerinin araştırılması

Campylobacter enfeksiyonları Avrupa ve Amerika'da en sık saptanan besin kaynaklı bakteriyel enfeksiyonlardır. Campylobacter enfeksiyonlarının %95'inden C. jejuni ve C. coli sorumlu olmakla birlikte birlikte son yıllarda C. jejuni/coli dışı diğer Campylobacter türlerinin bildiriminde artmış gözlenmektedir. Bu çalışmada, C. jejuni/coli dışındaki Campylobacter türlerinin farklı konvansiyonel kültür yöntemleri ile izolasyonu ve ayrıca biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle identifikasyonu amaçlanmıştır. Çalışmada, Aralık 2016-Ocak 2018 tarihleri arasında akut gastroenterit ön tanısı alan 500 hasta ve 100 sağlıklı bireye ait dışkı örnekleri hem seçici besiyerlerinin hem de filtrasyon tekniğinin uygulandığı kültür yöntemleri kullanılarak Campylobacter spp. varlığı açısından incelenmiştir. İzole edilen bakteriler fenotipik testler ve PCR yöntemiyle cins düzeyinde ve multipleks PCR yöntemi ile tür düzeyinde identifiye edilmiştir. Çalışmamızda, tamamı hasta bireylerden olmak üzere toplam 31 (%6,2) Campylobacter cinsi bakteri izole edilmiştir. Bu bakterilerin 21 (%67,8)'i C. jejuni, 9 (%29)'u C. coli, biri (%3,2) C. concisus olarak belirlenmiştir. Hippurat hidrolizi deneyi ile C. jejuni suşları pozitif; C. coli suşları ise negatif sonuç vermiştir. Ancak, mPCR yöntemiyle C. concisus olduğu belirlenen suşun hippurat testi ile yalancı pozitif sonuç verdiği saptanmıştır. Bu bulgu, hippurat geni (hipO) açısından spesifik olan PCR yöntemi ile doğrulanmıştır. Genel olarak Campylobacter'in tür düzeyinde identifikasyonunda moleküler yöntemlerin kullanılmasının daha güvenilir olduğu görülmüştür. C. concisus ile infekte olan hastada karın ağrısı ve kusmanın eşlik ettiği yedi günde sonlanan akut kanlı ishal gelişmiştir. Dışkının mikroskopik incelemesinde polimorf nüveli lökositler saptanmış ve dışkıda Salmonella, Shigella, Aeromonas, Yersinia ve Vibrio spp. ürememiştir. C. concisus suşunun ishal ile ilişkili olduğu düşünülmüştür. Bu çalışma, ülkemizde insanda C. jejuni/coli dışı diğer Campylobacter türlerin araştırıldığı ve C. concisus'un saptandığı ilk çalışmadır.

Moraxella catarrhalis'den edinilen yeni bir bakteriyofaj'a dair bulgular

Moraxella catarrhalis is one of the major causes of RTI and otitis media, whichwas known as a harmless inhabitant of upper respiratory tract until 1980s. Theknowledge on virulence factors, pathogenesis of this bacterium is scarce and thereason/(s) for recent pathogenic conversion of M. catarrhalis is/are not known.Several examples demonstrate that bacteriophages control bacterial virulence inalmost every step of pathogenesis. Number of bacteriophages are known to besolely responsible from bacterial virulence. We hypothesize that a bacteriophagemay be responsible for pathogenic conversion of M. catarrhalis, and we inves-tigated whether a bacteriophage is present in M. catarrhalis. In this study,evidence for a bacteriophage from M.catarrhalis is presented. Supernatants ofM.catarrhalis broth cultures were shown to cause bacterial cell lysis on soft agarcultures, indicating presence of bacteriophages released from them. Two particleshaving different morphologies and different size ranges (p<0. 05) were co-purifiedfrom these supernatants. One segment of dsDNA molecule and three segments ofssRNA molecules were extracted from these particles. The comparison betweenpathogenic and non-pathogenic strains of M.catarrhalis demonstrated markeddifferences in the quantity of these RNA and DNA molecules.Future studies arenecessary to determine the origins of RNA and DNA molecules.Keywords: Moraxella catarrhalis, bacteriophage, virulence.iii

Helicobacter pylori enfeksiyonunda bakteriyel dış membran proteinlerinin incelenmesi

Helicobacter pylori enfeksiyonu dünya çapında en yaygın enfeksiyöz hastalıklardan biridir. Bu bakteri kronik gastrit, peptik ülser ve gastrik adenokarsinoma gibi gastrik hastalıklar ile ilişkilidir. Bakteriyal virülans faktörlerinin gastrik kanser gelişimindeki rolü ve patofizyolojik mekanizmalar araştırılmaktadır. H. pylori suşlarında CagA ve dış membran proteinleri (OMPs) virülans genlerindeki polimorfizmler hastaların klinik sonuçlarını etkilemektedir. H. pylori cagA ve OMPs omp6, omp13 (oipA), omp18, omp20 (alpA) gen ekspresyon görülme sıklığı ve düzeylerinin RT RT-PCR yöntemi ile saptanabilirliğini ve bu genlerin H. pylori enfeksiyonunda hastaların klinik, endoskopi ve histopatoloji bulguları ile ilişkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Gastrik biyopsi örneklerinden H. pylori'nin kültürü ve izolasyonunda farklı kültür besiyerlerinin etkinliğinin değerlendirilmesi, ayrıca stok ve indikatör besiyerlerinin geliştirilmesi de amaçlanmıştır. Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi, Gastroenteroloji Polikliniği Endoskopi Ünitesi'ne üst gastrointestinal sistem yakınması ile başvuran ve endoskopi endikasyonu konulan, toplam 179 hasta çalışmaya alındı. Antrum ve/veya korpus gastrik biyopsi örneklerine hızlı üreaz testi (HÜT) ve histopatoloji uygulandı. Antrum ve/veya korpus gastrik biyopsi örneklerinin kültürü ve antimikrobiyal duyarlılık testi yapıldı. İzole edilen H. pylori suşlarının klaritromisin duyarlılığı E-test yöntemi ile araştırıldı. Ellidokuz hastada farklı içerikli kültür besiyerleri ile H. pylori'nin optimal izolasyonu indikatörlü ve transport besiyerleri kullanılarak araştırıldı. Yüz yirmi hastanın 101'inde antrum ve/veya korpus gastrik biyopsi örneklerinde H. pylori cagA, omp6, omp13 (oipA), omp18 ve omp20 (alpA) genlerinin ekspresyon varlığı ve düzeylerinin saptanmasında gastrik biyopsi örneklerinden total RNA ekstraksiyonu yapıldı. cDNA sentezi ile cDNA'lar elde edildi. H. pylori omp6, omp13 (oipA), omp18, omp20 ve cagA genleri ayrıca house-keeping genlerinin ekspresyonu TaqMan RT RT-PCR yöntemiyle araştırıldı. Verilerin istatistiksel analizleri yapıldı ve değerlendirildi. Yüz yirmi hastanın HÜT ve histopatoloji bulguları her ikisi pozitif olan 48 (%40) hasta H. pylori enfeksiyonu pozitif saptandı. Antrum ve/veya korpus gastrik biyopsi örneklerinde HÜT testi uygulanan 120 hastanın 79 (%66)'u HÜT pozitif, 88 hastanın 63 (%72)'ü HLO pozitif saptandı. Sadece kültür yöntemi tek başına değerlendirildiğinde, 120 hastadan 104 hastanın 50 (%48)'si H. pylori kültür pozitif; HÜT ve histopatoloji ikisi birlikte pozitif 48 hastada 30 hasta H. pylori kültür pozitif saptandı. Kültür yönteminin duyarlılığı %86.0, özgüllüğü %90.0 saptandı. H. pylori enfeksiyonu endoskopik, histopatolojik ve demografik bulgular ile değerlendirildi. H. pylori enfeksiyonu görülme sıklığı açısından kadın ve erkek hastalar arasında, ayrıca ortalama yaş arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı (p=0.324, p=0.529). Histopatolojik bulgularda antrum ve korpusta H. pylori enfeksiyonu görülme sıklığı ile polimorfonükleer lökosit (PNL), mononükleer hücre (MNH) infiltrasyonu ve HLO düzeyleri arasında istatistiksel olarak anlamlı düzeyde ilişki saptandı (p=0.006, p=0.001), (p=0.001, p=0.010) (p<0.001), ancak H. pylori enfeksiyonu görülme sıklığı ile intestinal metaplazi (İM) arasında anlamlı düzeyde ilişki bulunmadı (p=0.616, p=0.870). RT RT-PCR yöntemi ile çalışılan 101 hastanın antrum ve/veya korpus gastrik biyopsi örneklerinde iki house-keeping geninin birlikte Ct (eşik döngüsü) değeri saptandığında 77 (%76.0) hastada H. pylori RT RT-PCR gen ekspresyonu pozitif saptandı. RT RT-PCR yönteminin duyarlılığı ve özgüllüğü %94.0 ve %60.0 bulundu. cagA, omp6, omp13 (oipA), omp18, omp20 (alpA), 16S rRNA ve ureA genlerinin Ct değerleri saptandı. RT RT-PCR çalışmasında H. pylori NCTC 11637 standart suşunun subkültüründe de bu genlerin Ct değerleri elde edildi. Bu değerler gastrik biyopsi örneklerinden elde edilen değerlere göre daha düşük saptandı. HÜT ve histopatoloji bulgularının pozitif olduğu 48/120 hastada H. pylori enfeksiyonu pozitifliğine göre RT RT-PCR yöntemi ile pozitif saptanan 45 hastada H. pylori gen ekspresyon görülme sıklığı cagA, omp6, omp13, omp18 ve omp20 genleri için sırasıyla 30 (%66.7), 35 (%77.8), 37 (%82.2), 45 (%100.0) ve 37 (%82.2) saptandı. cagA geninin ekspresyon görülme sıklığı diğer dış membran proteinlerine göre daha düşük ve omp18 geninin tüm hastalarda ekprese edildiği saptandı. H. pylori enfeksiyonu pozitif olan 48 hastanın endoskopik bulguları gastrik ülser/erozyon (n=6), duodenal ülser/erozyon (n=6), eroziv gastrit (n=11) ve non-eroziv gastrit (n=25) saptandı. H. pylori gen ekspresyonu görülme sıklığı ile endoskopik bulgular arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmadı (p>0.05), ancak omp13 (oipA) geninin rölatif ekspresyon düzeyi (ΔCt) gastrik ülser/erozyonu olan ayrıca eroziv gastritli hastalarda, non-eroziv gastritli hastalara göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde daha düşük saptandı (p=0.005, p=0.045). Araştırdığımız genlerin ekspresyonunun görülme sıklığı ve düzeyleri ile histopatolojik bulgular arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmadı (p>0.05). Araştırdığımız genlerde ortalama Ct değeri antrumda, korpusa göre daha düşük saptandı. omp6 ve omp13 genlerinin rölatif ekspresyon düzeyleri (ΔCt) korpusta, antruma göre daha yüksek saptandı (p=0.014, p=0.026). %7 at kanlı, H. pylori selektif suplement (DENT) içeren Columbia Blood agar besiyerinde şeffaf gri koloniler, TTC'li indikatör besiyerinde izole edilen H. pylori suşlarının altın renkli koloniler oluşturmasıyla özgün H. pylori varlığı saptandı. RT RT-PCR yöntemi ile H. pylori virülans geni cagA'nın varlığının saptanmasının yanı sıra hem cagA geni hem de dış membran proteinlerinden omp6, omp13, omp18, omp20 genlerinin ekspresyon görülme sıklığı ve düzeylerinin belirlenmesinin, H. pylori enfeksiyonlu hastalarımızda araştırdığımız genlerin ekspresyonlarının hastaların klinik sonuçları üzerinde istatistiksel anlamlı etkisi olmadığı saptandı. H. pylori enfeksiyonu patogenezinde inflamatuvar ve adezin proteinini kodlayan omp13 geninin önemli bir rolü olabileceği düşünüldü. Antrum ve korpus arasında omp6 ve omp13 gen ekspresyon düzeylerinde görülen farklılıklar klinik açıdan önem taşıyabileceği düşünüldü. RT RT-PCR testinin güvenilir bir yöntem olarak H. pylori enfeksiyonu patogenezi ile ilgili gen ekspresyon çalışmalarında kullanılabileceği, ancak daha fazla hasta sayısı ile çalışılması ve daha ileri moleküler yöntemlerin yer alması kanısına varıldı. Anahtar kelimeler: Helicobacter pylori, dış membran proteinleri, cagA, gen ekspresyon, RT RT-PCR

Kan ve oral kavite örneklerinden soyutlanan candida albicans suşlarının fosfolipaz aktivitelerinin araştırılması

Amaç: İnvaziv ve mukozal enfeksiyonlara neden olan fırsatçı patojenlerden Candida spp. sahip olduğu önemli virulans faktörü olan fosfolipaz enzimleri ile konak hücre membranlarındaki fosfolipidleri parçalayarak hücreleri lizise uğratır. Çalışmamızda, kan ve oral kavite örneklerinden soyutlanan C. albicans izolatlarında fosfolipaz B1 ve C1 aktivitesinin incelenmesi ve bu iki grup arasındaki farkın araştırılması amaçlandı. Yöntem: Ocak 2015-Aralık 2015 tarihleri arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Mikoloji Laboratuvarı'nda kan kültürü (n=30) ve oral kavite örneklerinden (n=30) soyutlanan toplam 60 adet C. albicans suşu çalışmaya alındı. Suşların fosfolipaz aktivitesi, yumurta sarılı agar besiyerinin kullanıldığı plak yöntemi ve fosfolipaz B1 ve C1 enzimlerini C. albicans türünde kodlayan PLB1 ve PLC1 genleri ters transkriptaz polimeraz zincir tepkimesi (RT-PZT) yöntemi ile araştırıldı. Her iki grup için elde edilen veriler istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Bulgular: Plak yöntemi ile kan ve oral kavite örneklerinden soyutlanan suşların sırasıyla 26'sı (%86.7) ve 24'ünde (%80) fosfolipaz aktivitesi belirlendi. Gruplar arasında olumluluk oranları karşılaştırıldığında anlamlı bir fark gözlenmedi (χ2=0.48; p=0.49). Kan ile oral kavite suşlarının Pz ortalamaları (0.6138±0.9823; 0.6988±0.9910) arasında ise anlamlı bir fark saptandı (Mann Whitney U=173.500; p=0.007). RT-PZT yöntemi ile çalışılan 30 kan ve 30 oral kavite suşların tümünde (%100) PLB1, sırasıyla 27'sinde (%90) ve 22'sinde (%73.3) PLC1 ekspresyonu saptandı. Çalışmaya alınan suşların RT-PZT sonuçlarının kantitasyonlarının yapılması sonucunda, PLB1 ekspresyonu kan izolatları için 0.52-1.05; oral kavite izolatları için 0.70-1.33 değerleri arasında izlendi. PLB1 ekspresyonu açısından her iki grup suş arasında anlamlı bir fark saptanmadı (t=-0.307; p=0.760). PLC1 ekspresyonu, kan ve oral kavite örneklerinden soyutlanan suşlar için sırasıyla 0.35-1.04 ve 0.75-1.33 değerleri arasında belirlendi. PLC1 ekspresyon düzeyi oral kavite izolatlarında, kan izolatlarına göre anlamlı derecede yüksek bulundu (Mann Whitney U=103.500; p<0.001). Sonuç: Çalışmamızda oral kavite ve kan örneklerinden elde edilen C. albicans izolatlarında yüksek oranlarda fosfolipaz aktivitesinin belirlenmesi, bu enzimlerin üretiminin virulansta önemli bir rol oynadığını desteklemekte olup; bulgularımız doğrultusunda PLC1 enziminin mukozal enfeksiyonlarda önemli bir rolü olduğu söylenebilir ancak bu konuda daha geniş kapsamlı çalışmalara gereksinim söz konusudur. Anahtar sözcükler: Candida albicans, fosfolipaz B1, fosfolipaz C1, RT-PZT

Yoğun bakım ünitesinde kültür örneklerinde acinetobacter baumanii üremesi saptanan hastaların antimikrobiyal değerlendirmesi

Acinetobacter türleri zorunlu aerob, nonfermantatif, hareketsiz, oksidaz negatif ve gram negatif kokobasillerdir. Her yerde saprofit bakteri olarak bulunabilirken, özellikle hastane ortamında, mekanik solunum cihazları gibi ıslak yüzeylerde rastlanılmaktadır. İnsanlarda solunum sisteminde, üriner sistemde ve yaralarda inatçı patojen olarak enfeksiyon yapabilirken, immün sistemi zayıflarda septisemiye varan ağır tablolar oluşturabilir. Çoklu ilaç direnci gösteren patojenler arasında yer almaktadır. Özellikle Acinetobacter baumannii karbapenemleri de kapsayan çoğu ilaca dirençli olduğundan enfeksiyon tedavisi çok zordur. İn vitro antibiyogram duyarlılık sonuçlarına göre tedavi uygulanmaktadır. Bu çalışmada 2011-2018 yılları arasında Gaziosmanpaşa Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi yoğun bakımlarında yatan 647 hastada tanımlanan Acinetobacter türlerinin antibiyogram sonuçları vitek-2 sistemi ile değerlendirilmiştir. Bu değerlendirmeler sonucunda Acinetobacter suşlarının en duyarlı olduğu antimikrobiyal ajan %98.6 duyarlılık oranı ile kolistindir. Ikinci en duyarlı antimikrobiyal ajan ise % 75.6 duyarlılık oranı ile tigesiklindir. Direnç ve duyarlılık durumları 2011-2014/2015-2018 yılları arasında değerlendirilerek istatiksel olarak sefoperazon-sülbaktam, netilmisin, tetrasiklinler, tobramisin ve trimetoprim-sülfametoksazol ajanlarında anlamlı artış bulunmuştur. Buna karşılık tigesiklin, , seftriakson, sefoksitin, sefepim, piperasilin, meropenem, levofloksasin, gentamisin, kolistin, siprofloksasin, seftizoxime, sülbaktam-ampisilin, amoksisilin-klavulonat, amikasin antibiyotiklerinde belirtilen yıllar arası yapılan karşılaştırmalarda ilaçlarda istatiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmemiştir. Sonuç olarak Acinetobacterbaumannii'nin ilaç direnci gittikçe artmaktadır. Bu da antibiyogram sonucuna göre ilaç kullanımını çok önemli kılmaktadır.

Pseudomonas aeruginosa izolatlarında virulans faktörlerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması

Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) aerob, sporsuz, hareketli, düz veya hafif kıvrımlı, 42 C°de üreyebilen Gram negatif basildir. P. aeruginosa; son yıllarda artan insidansı, ürettiği virülans faktörlerinin çeşitliliği ve sürekli yükselen antibiyotik direnç oranlarıyla sık rastlanan, mortalite ve morbiditesi yüksek, tedavisi güç enfeksiyonların etkenidir. P. aeruginosa patogenezinde rol alan virülans faktörleri olan hücre dışı pek çok faktör görev almaktadır. Bu virülans faktörlerinin patogenezdeki temel mekanizmaları anlamak ve her birinin tedaviyi nasıl etkilediği ya da terapotik bir ajan olarak kullanılabileceğini araştıran çalışmalar önemlidir. Bu çalışmadaki amacımız P. aeruginosa suşlarının direnç durumunu ve virulans faktörlerinin araştırılmasıdır. Bu çalışmaya Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda hastalara (n:80) ait örneklerden izole edilen ve P.aeruginosa olarak tanımlanan suşlar çalışmaya dahil edildi. Örneklerin gönderildiği kliniklere göre dağılımına bakıldığında izolatların en çok Göğüs Hastalıkları Servisinden (%13), Dahiliye Servisinden (%12) ve Kardiyoloji Yoğun bakım (%10) en az ise Anestezi Yoğun bakımdan (%1), Cerrahi Onkolojisinden (%1) ve Üroloji Servisinden (%1) gelen örneklerden üretildiği saptanmıştır. P. aeruginosa izolatlarının 35'inin (%43.8) balgam, 19'unun (%23.8) yara,17'sinin (21,3) idrar, 7'sinin (%8,8) kan, 1'inin (%1) steril vücut sıvısı ve 1'inin (%1) burun örneklerinden izole edildiği görülmüştür. P. aeruginosa izolatlarının en çok piperasilin-tazobaktam (%65) en az ise tobramisin (%6) ve amikasin'e (%6) karşı dirençli oldukları tespit edilmiştir. P. aeruginosa izolatlarının üretilmiş olduğu örnekler ile izolatların antibiyotiklere karşı direnci arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptanmamıştır (p≥0,05). P. aeruginosa izolatlarının %81.3'ünün ekzotoksin A , % 30'unun eksoenzim S, %32.5'inin fosfolipaz C, %42.5'inin elastaz üretttiği saptanmıştır. İzolatların %70.4'ünün hareketli olduğu, %33.9'unun pyosyanin, %41,3'inin pyoverdin, %1,8'nin pyoverdin ürettiği %8,9'unun ise pigmentasyon özelliğinin olmadığı saptanmıştır. P. aeruginosa izolatlarının üretildiği örnekler ve virülans faktörleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilmemiştir (p≥0,05). Ayrıca antibiyotik direnci ile virülans faktörlerinin varlığı arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edilmemiştir (p>0.005). P.aeruginosa virulansı oldukça yüksek non-fermenter bir bakteri olup toplum kökenli enfeksiyonlara, özellikle immün sistemi zayıf hastalarda, birçok hastane kaynaklı infeksiyona neden olması ve giderek artan antibiyotik direnci ile dikkat çeken bir patojendir. Antibiyotik direnç durumunun ve enfeksiyonun seyrini değiştirme potansiyeli olan virülans faktörlerinin sıklığının incelenmesinin, bu mekanizmalar bütününü hedef alabilecek olası farklı terapotik uygulamalara temel oluşturması açısında faydalı olacağını düşünmekteyiz.

Acınetobacter baumannii izolatlarında çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının sinerjistik etkisinin dama tahtası yöntemiyle araştırılması

Acinetobacter cinsi bakteriler son yıllarda yoğun bakım üniteleri başta olmak üzere hastane infeksiyonlarında en sık izole edilen etkenler arasındadır. Son yıllarda bu mikroorganizma pnömoni, idrar yolu infeksiyonları, septisemi ve menenjit gibi ciddi hastalık tablolarından sorumlu ve çoklu ilaç direnci gösteren bir patojen olarak karşımıza çıkmaktadır. Günümüzde Acinetobacter baumannii suşlarına bağlı olarak oluşan infeksiyonların tedavisinde kullanılan antimikrobiyal ajanlara karşı giderek artan direnç oranları ülkemizde de önemli bir sağlık sorunu haline gelmiştir. Acinetobacter baumannii'nin daha sık infeksiyon etkeni olması ve antimikrobiyal direnç oranlarının artması tedavide yeni seçenek ilaçların araştırılmasını gerektirmiştir. Bu çalışma Abant İzzet Baysal Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarında yapıldı. 01/04/2009-20/11/2013 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerinden izole edilen 30 Acinetobacter baumannii suşu çalışmaya dahil edildi. Bakterilerin tanımlanması BD Phoenix 100 (Becton Dickinson, Sparks, Maryland, ABD) otomatize bakteri tanımlama sistemi kullanılarak tür düzeyinde yapıldı. Acinetobacter baumannii kökenlerinin antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Antibiyotik duyarlılık sınırları Clinical and Laboratory Standards Institute (Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü, CLSI) 2014 kriterlerine göre değerlendirildi. Çoklu ilaç direnci gösteren 12 A. baumannii suşunda kolistin-vankomisin, kolistin-imipenem, kolistin-sulbaktam ve imipenem-sulbaktam kombinasyonlarının etkinliği dama tahtası yöntemiyle araştırıldı. Araştırılan dört kombinasyon için dama tahtası yöntemi ile elde edilen franksiyonel inhibitör konsantrasyonu indeksi değerlerine göre kolistin-sulbaktam kombinasyonunun 9'unda (%75) aditif, 3'ünde (%25) etkisiz; kolistin-imipenem kombinasyonunun 7'sinde (%58,3) aditif, 5'inde (%41,7) etkisiz; kolistin-vankomisin kombinasyonunda 7 (%58,3) izolatta aditif, 5 (%41,7) izolatta etkisiz; imipenem-sulbaktam kombinasyonunun tamamında etkisiz saptanmıştır. Sonuç olarak çalışmamızda, çoklu ilaç direnci gösteren Acinetobacter baumannii izolatlarının minimum inhibitör konsantrasyon değerleri genellikle yüksek bulunmuştur. Sinerjik ve antagonist etki saptanmamıştır. Direnç oranlarının daha fazla artmaması için uygun endikasyonlarda kombinasyon halinde antibiyotik kullanılması ve Acinetobacter baumannii suşlarıyla yapılan in-vitro çalışmalarda etkili olarak saptanan antimikrobiyal ajan kombinasyonlarının etkinliklerinin ileri klinik çalışmalarla araştırılması gerekmektedir. Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, sinerjik etki, dama tahtası, kolistin, vankomisin, imipenem, sulbaktam

Antinükleer antikor (ANA) sonuçları ile ekstrakte edilebilir nükleer antikorları (ENA) arasındaki ilişkinin araştırılması

Otoimmün hastalıklar, organizmanın kendi hücre ve dokularına karşı immün yanıt gelişmesi sonucu oluşmaktadır. Anti nükleer antikor (ANA) adı verilen, hücre nükleusu ve/veya sitoplazmasındaki nükleer yapılara karşı gelişen otoantikorlar, otoimmün hastalıkların tanısında büyük önem taşımakta ve özellikle bağ doku hastalıklarının (BDH) teşhisinde önemli bir tanı kriteridir. ANA pozitifliğinin saptanması amacıyla bir çok yöntem geliştirilmiş olmasına rağmen en eski yöntem olarak bilinen immünfloresans antikor (IFA) tekniği, hala en yaygın kullanılan yöntem olma özelliğini korumaktadır. ANA tarama testi olarak IFA, antikor titresi hakkında ve boyanma patterni ile de spesifik antikorlar hakkında bilgiler verir. BDH'de, hastalık tipinin belirlenmesi ve şiddetinin takibinde ekstrakte edilebilen nükleer antijenlere karşı gelişen antikorların (anti-ENA) önem taşıdığı vurgulanmaktadır. Çalışmamızda, farklı kliniklerden laboratuvarımıza gönderilen, 403 (%72.1) kadın, 156 (%27.9) erkek olmak üzere toplam 559 hasta serumunda IFA ve immunoblot teknikleriyle ANA pozitifliği araştırılmıştır. IFA tekniği ile mikroskobik boyanma şekilleri dikkate alınmış, immünoblot tekniği ile alt grup tayini yapılmıştır. Çalışmamız neticesinde, IFA yöntemi ile 160 (%28.6) ve immünoblot tekniği ile 190 (%34.0) hastada ANA pozitifliği belirlenmiştir. İmmünoblot tekniğinde, duyarlılık % 61.3 ve özgüllük %76.9 olarak hesaplanmıştır. ANA pozitifliğinin belirlenmesinde tek bir yöntem ile tanıya gidilmesinin doğru bir uygulama tekniği olmadığı bilinmektedir. İmmünoblot yöntemi ile alt gruplarının ayırt edilebilmesinin, hatta aynı hastada birden fazla alt grubun saptanabilmesinin mümkün olduğu görülmüştür. Sonuç olarak, IFA yöntemi ile beraber bir veya birkaç testin bir arada kullanılmasının, sonuçların güvenilirliği açısından uygun olduğunu düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Antinükleer antikor, anti-ENA, immünoblot, immünofloresans antikor, otoantikor, otoimmün hastalık.

Sağlıklı kan donörlerinde transfüzyonla geçen virüs (TT virüs) sıklığının araştırılması

TT virus (TTV) 1997'nin sonunda, Japonya'da etiyolojisi bilinmeyen akut posttransfüzyon hepatitli bir hastanın serumundan izole edilmiştir. Farklı coğrafi bölgelerde değişik oranlarda görülen bu virüsün parenteral geçişinin yanı sıra farklı yollardan bulaşabildiği de gösterilmiştir. Bu virüsün karaciğer hastalıklarındaki rolü henüz belirlenebilmiş değildir. Bu çalışmada sağlıklı kan donörlerinde TTV sıklığı ve bunun karaciğer fonksiyonları üzerine etkisinin olup olmadığı araştırılmıştır.Bu amaçla 500 sağlıklı kan donörü ile HBV DNA'sı pozitif 100 hasta ve HCV RNA'sı pozitif 85 hastanın kan örnekleri alındı. TTV DNA pozitifliği Real Time PCR ile saptandı. İstatistiksel analiz için ki-kare testi kullanıldı ve p<0.05 anlamlı olarak kabul edildi.Sağlıklı kan donörlerinde TTV DNA pozitiflik oranı %79,8 (n=399) iken, HBV DNA pozitif örneklerde %96 (n=96), HCV RNA pozitif örneklerde ise %83,5 (n=71) olarak bulundu. TTV DNA'sı pozitif olan Hepatit B ve C hasta grupları ile sağlıklı kan donörleri, ALT ve AST pozitifliği açısından karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı fark saptandı.TTV'nin tek başına karaciğer hasarı yapmadığı ve TTV pozitifliğinin HBV grubunda daha fazla bulunmasının HBV'nin, TTV replikasyonunda katkısının olabileceği kanaatine varılmıştır.

Bolu yöresinde Fasciolosis'in seroprevalansı

Fasciolosis, halk arasında karaciğer kelebeği olarak bilinen Fasciola hepatica'nın neden olduğu, esas olarak geviş getiren hayvanların, nadiren de insanların karaciğer ve safra yollarına yerleşerek enfeksiyon oluşturan zoonoz bir hastalıktır. Bu çalışmada, Bolu ve yöresinde insanlarda Fasciola hepatica'nın ELISA yöntemi ile seroprevalansını belirlemek ve klinisyenlere yardımcı olacak somut bilgiler vermek amaçlanmıştır. Bu amaçla, Bolu merkez ve ilçelerindeki farklı yaş, cinsiyet ve meslek gruplarındaki insanlardan, Gönüllü Bilgilendirme ve Rıza Formu alınan, toplam 363 kan örneği alındı. Alınan kan numunelerinin, Abant İzzet Baysal Üniversitesi Tıp fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim dalı laboratuvarında serumları çıkarılarak ELISA yöntemi ile Fasciola hepatica'nın antikorlarına bakıldı. Yapılan inceleme sonucunda 363 kişinin 16 (%4,4)'sında seropozitiflik gözlendi. Seropozitifliğin kadınlarda %2,0, erkeklerde ise %7,5 olarak tespit edildi. Kan örneği alınan 40 yaş altı kişilerin 2 (%1,7)'sinde ve 40 yaş ve üstü kişilerin ise 14 (%6,0)'ünde seropozitiflik bulundu. Ki-kare (χ2) testi ile Fasciola hepatica varlığı açısından yaş, cinsiyet, meslek grupları arasında anlamlı bir farklılık saptanmadı. Sonuç olarak Bolu yöresinde fasciolosis'in yayılışının yüksek olduğu ve halk sağlığı açısından problem oluşturduğu, bundan korunmak için yeşillik tüketimine ve temizliğine dikkat edilmesi gerektiği, klinisyenlerin bu hastalığı göz ardı etmemeleri gerektiği kanısına varıldı. Anahtar kelimeler: Fasciola hepatica, seroprevalans, ELISA, Bolu.

Stafilokoklarda metisilin direncinin belirlenmesinde farklı yöntemlerin karşılaştırılması

Metisiline dirençli stafilokoklar, hastane ve toplum kökenli enfeksiyonlara neden olmaktadır. Bu nedenle stafilokoklarda metisilin direncinin hızlı ve doğru tanımlanması önemlidir. Çalışmamızda stafilokoklarda metisilin direncinin farklı yöntemlerle belirlenmesi ve bu yöntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda 84 Staphylococcus aureus ve 82 koagülaz negatif stafilokok (KNS) izolatı kullanıldı. Metisilin direncini belirlemek için disk difüzyon, mikrodilüsyon, oksasilin tuz agar tarama, kromojenik besiyeri ve PBP2a lateks aglütinasyon testleri kullanıldı. Referans yöntem olarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) kullanıldı. Sonuçlar Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI), European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) ve British Society for Antimicrobial Chemotherapy (BSAC) kılavuzlarına göre değerlendirildi. CLSI kriterleri göz önünde bulundurulduğunda oksasilin disk difüzyon testine göre S. aureus'ların 29 (%34,5)'u, KNS'lerin 54 (%65,9)'ü; sefoksitin disk difüzyon testine göre S.aureus'ların 32 (%38,1)'si, KNS'lerin 48 (%58,5)'i; oksasilin mikrodilüsyon yöntemine göre S. aureus'ların 33 (%39,3)'ü, KNS'lerin 59 (%72,0)'u; sefoksitin mikrodilüsyon yöntemine göre S. aureus'ların 32 (%38,1)'si; oksasilin tuz agar tarama yöntemine göre S. aureus'ların 33 (%39,3)'ü, KNS'lerin 45 (%54,9)'i; PBP2a lateks aglütinasyon testine göre S. aureus'ların 30 (%37,5)'u, KNS'lerin 32 (%39,0)'si; kromojenik besiyeri testine göre S. aureus'ların 31 (%36,9)'i metisilin dirençli bulunmuştur. PCR yöntemiyle mecA geni S. aureus'ların 31 (%36,9)'inde KNS'lerin 47 (%57,3)'sinde pozitif bulunmuştur. Çalışmamızda mecALGA251 geni saptanmamıştır. CLSI kriterlerine göre değerlendirilerek elde edilen sonuçlar, referans yöntemle kıyaslandığında S. aureus'larda metisilin direncini belirlemede sefoksitin disk difüzyon ve mikrodilüsyon test sonuçlarının aynı olup diğer yöntemlerden daha uygun olduğu görülmüştür (duyarlılık %100,0, özgüllük %98,1). KNS'lerde sefoksitin disk difüzyon yöntemi diğer yöntemlere göre daha uygun bulunmuştur (duyarlılık %97,9, özgüllük %94,3). Çalışmamızda bulunan değerler, CLSI, EUCAST ve BSAC kriterlerine göre değerlendirilip elde edilen sonuçlar referans yöntemle kıyaslandığında CLSI ve EUCAST duyarlılık ve özgüllük açısından birbiriyle uyumlu bulunurken, BSAC için duyarlılık ve özgüllük değerleri değişkenlik göstermektedir. Stafilokoklarda metisilin direncini belirlemek için ülkemizde kullanılmakta olan CLSI kriteleri ile birlikte EUCAST kriterlerinin de kullanılabileceği kanısına varılmıştır. Anahtar sözcükler: Stafilokok, metisilin, mecA, mecALGA251, PBP2a.

Akut hepatit B tanısı alan hastaların serolojik ve moleküler bulgularının irdelenmesi

HBV enfeksiyonu tüm Dünyada görülen en yaygın enfeksiyonlardan biri olduğu gibi ülkemizde de önemli bir halk sağlığı sorunudur. Yüzyıllar boyunca insanoğlu yasamak için birçok virüs ve bakteriyle savaştı. Bu kimi zaman sıtma, kimi zaman tüberküloz, kimi zaman da AIDS oldu. Ama bilim ve teknoloji ne kadar geliştiyse de bakteri ve virüsler maske değiştirerek bu gelişime cevap verdiler. İşte insanoğlunu tehdit eden hepatit gerçeği de böyle oluştu. Çağın vebası olan ve tüm dünya doktorlarının tedavi edebilmek için adeta geceli gündüzlü çalıştığı viral hepatitler özellikle gelişmekte olan ve az gelişmiş ülkelerin içinde bulunduğu en büyük sağlık problemidir. Bu çalışmanın amacı, anti HBcIgM testinin rutin tarama yöntemleri arasında kullanılmasının transfüzyon kaynaklı Hepatit B bulaşma riski açısından önemi olup olmadığının değerlendirilmesidir. Bu amaçla; 2005-2015 yılları arasında mikrobiyoloji laboratuvarında Anti HBcIgM pozitifliği saptanan hastaların başvurdukları dönemde Hepatit B için serolojik markırları ve HBV DNA test sonuçları dosyalarından retrospektif olarak değerlendirmiştir. Bu çalışma 2005-2015 yılları arasında Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi polikliniğine başvuran 15 000 hastada retrospektif olarak araştırılmıştır. Hastaların HBsAg, Anti-HBcIgm, Anti-HBcIgg, AntiHbs, AntiHbe, HbeAg, HbvDNA, AST, ALT değerleri dosya kayıtlarından alınmıştır. Retrospektif olarak yapılan bu çalışmada 48 hastada Anti-HBcIgm pozitif olarak tesbit edilmiştir ve bu hastaların 9'unda HBsAg negatif olarak tesbit edilmiştir. Hastaneye başvuran normal poliklinik hastaları ve kan vermek için kan merkezlerine başvuran kan dönörleri için bakılan eliza markırlarının yanı sıra anti HBcIgM testininde rutin olarak istenmesi pencere döneminde HBV enfeksiyonunun tesbit edilmesi açısından önemli olacaktır.

Karbapenem dirençli pseudomonas aeruginosa izolatlarının direnç ve virülans genlerinin taranması ve PFGE ile moleküler epidemiyolojisinin incelenmesi

Introduction and Purpose: Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) is a Gram-negative, non-fermentative, opportunistic pathogen that can cause serious infections, especially in patients in intensive care. In recent years, the increase in multi-drug resistant P. aeruginosa strains has complicated treatment. This study aimed to investigate the antibiotic resistance, virulence genes and clonal relationship among carbapenem-resistant clinical isolates of P. aeruginosa that were obtained from patients admitted to Recep Tayyip Erdogan University Training and Research Hospital. Materials & Methods: Fifty-eight carbapenem-resistant P. aeruginosa isolates identified by the VITEK-2 automated system were included in the study. Antibiotic resistance genes and virulence genes were screened by PCR. PFGE method was used to determine the clonal similarity between the strains. Pearson's Chi-square and Fisher's compatibility tests were used to investigate the relationship between demographic data, antibiotic resistance and detected genes. Results: The antibiotic susceptibility of the isolates was as follows: amikacin 41.8%, gentamicin 67.2%, tobramycin 48.2%, ceftazidime 81.03%, cefepime 81.03%, ciprofloxacin 67.2%, levofloxacin 75.8%, and piperacillin-tazobactam 91.38%. Of the resistance genes, blaVIM was detected in three isolates, and mexY was detected in 28 isolates. Among the virulence genes, exoY was found in 65.5% of isolates, exoT in 56.8%, algD in 44.8%, and exoA in 15.5%. Quorum-sensing genes were not found. A statistically significant correlation was found between exoT and PRP (p=0.012) and also between the absence of exoY and gentamicin resistance (p=0.037). No dominant epidemic strain was detected in PFGE. Forty-one different genotypes were found(observed), and the isolates were collected into 12 different clusters. The clustering rate was found to be 47%. Discussion & Conclusions: In this study, high levels of antibiotic resistance were found in isolates. High resistance of ear drainage culture isolates was noted. The resistance is low compared to other country's gene rates however it is compatible with the studies in our country. The virulence gene rates were found lower than studies conducted in our country and the world. According to the results of the PFGE analysis, most of the isolates were unrelated. No significant relationship was found between isolates whose band profiles were the same or closely related and demographic data. In order to control the transmission of carbapenem-resistant bacteria between patients and wards, molecular epidemiological vii studies should be expanded at national and international levels to identify the source of infections and to develop preventive strategies. Keywords: Pseudomonas aeruginosa, carbapenem resistance, virulence gene, PFGE

Kinolon dirençli ve duyarlı klinik escherichia coli suşları arasındaki virülans gen oranlarının kıyaslanması

Giriş ve Amaç: Escherichia coli (E. coli), intestinal enfeksiyonların yanı sıra idrar yolları, kan dolaşım enfeksiyonları ve yenidoğan menenjiti gibi ekstraintestinal birçok enfeksiyona yol açarak morbidite ve mortaliteye neden olabilmektedir. Ayrıca son yıllarda artan antibiyotik direnci endişe vericidir. Bu nedenle servis ve poliklinik hastalarından elde edilen ekstraintestinal örneklerden izole edilen klinik E. coli suşlarının kinolon direnç, filogenetik grup, virülans gen özellikleri ve birbirleriyle olan ilişkileri incelenmiştir. Gereç ve Yöntem: İdrar, kan, solunum örnekleri ve yara/doku örneklerinden izole edilen toplamda 91 E. coli suşunun disk difüzyon yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testleri yapıldı. PZR yöntemi ile belirlenen hlyA, cnf1 ve sfa/focDE virülans genleri belirlendi. Ayrıca yine PZR yöntemi ile yjaA, chuA ve TSPE4.C2 incelenmiş olup bu suşlar 4 filogenetik gruba ayrılmış ve birbirleriyle olan ilişkileri Pearson ki-kare veya Fisher Exact testleri ile istatistiksel olarak incelendi. Bulgular: En yaygın filogenetik grup, 91 suşun 56'sını (%61.5) oluşturan grup D idi. Grup D aynı zamanda en virülan gruptu ve sfa/focDE ile ilişkisi istatistiksel olarak anlamlıydı (p=0.01) En fazla bulunan virülans geni sfa/focDE idi ve 12 suşta (%13.2) pozitifti. İdrar örneklerinden elde edilen suşlarda en fazla direnç ampisilinde (41/%55.4) gözlenirken idrar dışı örneklerde piperasilinde (14/%82.4) gözlendi. Siprofloksasin direnci ise, idrar örneklerinden 27 suşta (%36.5); idrar dışı örneklerde ise 9 suşta (%52.9) tespit edildi. Hiçbir suşta imipenem, meropenem ve amikasin direnci gözlenmedi. Tartışma ve Sonuç: Kinolon direncinin görece yüksek olması daha ciddi enfeksiyonların tedavisinde kullanımını kısıtlayabileceğinden endişe vericidir. Karbapenem dirençli suş bulunmasa da akılcı olmayan antibiyotik kullanımları bu antibiyotik grubuna dirençli suşların ortaya çıkmasına neden olabilmektedir. Ayrıca en yaygın bulunan grubun aynı zamanda en virülan olması endişe vericidir. Virülans geni ile filogenetik grup arasındaki ilişki yapılan çalışmalarda farklı sonuçlar vermekte olup bu konuda daha fazla çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır. Öte yandan epidemiyolojik çalışmaların sürekli yapılarak bu ve benzeri konularda veri tabanının oluşturulması önem arz etmektedir. Anahtar Kelimeler: E. coli, filogenetik grup, kinolon, virülans geni

Burkholderia türlerinin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi, türler arasında biyofilm oluşumu ve antibiyotik direnç farklılığının belirlenmesi

Burkholderia türleri bağışıklığı baskılanmış insanların, özellikle kistik fibrozisli (KF) hastaların solunum yollarında enfeksiyona neden olan önemli patojenlerdir. Bu bakterilerin tedavisinde; konvansiyonel yöntemlerle tanımlanmada sorunların bulunması, çoğunun antibiyotiğe karşı içsel direnç göstermeleri ve biyofilm oluşturmaları nedeniyle güçlüklerle karşılaşılmaktadır. Bu çalışmanın amacı; KF ve KF olmayan hastalardan izole edilen Burkholderia türlerinin rutin mikrobiyolojik yöntemler ve multi-lokus sekans analizi (MLSA) ile tanımlanması, biyofilm oluşumunun değerlendirilmesi, antibiyotik dirençleri ve sinerjilerinin belirlenmesidir. Çalışmada 26 hastadan (13 KF, 13 KF olmayan) izole edilen 38 adet Burkholderia spp. biyokimyasal ve fenotipik testler, matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ve MLSA ile tanımlanmıştır. PubMLST veritabani kullanilarak izolatların sekans tipleri belirlenmiştir. Klinik izolatların biyofilm oluşturma özellikleri mikroplak yöntemi ile çalışılmış, seftazidim, meropenem, trimetoprim / sülfametoksazol (TMP-SXT) ve levofloksasinin duyarlılıkları, CLSI kılavuzuna (2017) göre mikrodilüsyon yöntemi ile değerlendirilmiştir. Sinerji testleri dama tahtası yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Multilokus sekans analizinde çalışılan klinik izolatlar B. cenocepacia (n:16), B. contaminans (n:11), B. gladioli (n: 4), B. dolosa (n:4), B. multivorans (n:2) ve B. seminalis (n:1) olarak belirlenmiştir. Bu izolatların sekans tipleri ST-19, ST-72, ST-102, ST-180, ST-270, ST-482, ST-602, ST-629, ST-740, ST-839 ve ST-1392 olarak saptanmıştır. MALDI-TOF MS ile tür düzeyinde doğru tanımlama yüzdesi B. contaminans haricindeki tüm izolatlar için % 94-100 arasında bulunmuştur. Bu türlerde biyofilm oluşumu % 53 (n = 20) olarak belirlenmiştir. Biyofilm oluşumu Burkholderia türleri ve KF (%56, n:14/25) ve KF olmayan (%46, n:6/13) hastalardan izole edilen Burkholderia izolatları arasında ayrı ayrı incelendiğinde istatistiksel bir fark bulunamamıştır(p>0.05). İzolatların seftazidim, meropenem, TMP-SXT ve levofloksasine karşı direnç yüzdeleri sırasıyla % 34, % 66, % 50 ve % 40 olarak bulunmuştur. Burkholderia türlerine karşı antibiyotik direncinde, KF hastalarından elde edilen izolatlar seftazidime daha duyarlı bulunmuş, diğer antibiyotikler için anlamlı fark saptanmamıştır. İki izolatta meropenem ve TMP-SXT arasında sinerji gözlenmiştir. Onbeş izolatta antagonizma tespit edilmiş, bunun 12'si meropenem ile seftazidim, 3'ü seftazidim ile TMP-SXT arasında bulunmuştur. Bu bakteri grubunda görülen yüksek antibiyotik direncine birçok direnç mekanizması neden olmakla birlikte, bu çalışmada saptanan meropenem ve seftazidim arasındaki antagonizma beta-laktamazların ekspresyonuna bağlanabilir. Bu çalışma KF ve KF olmayan hastalarda izole edilen Burkholderia spp. sekans sonuçlarının farkını, biyofilm oluşumunun bu bakteri ile oluşan enfeksiyonlarda önemli olduğunu ve tedavinin in vitro antibiyotik duyarlılık test sonuçlarına göre değerlendirilmesi gerektiğini göstermiştir.

Kırım Kongo Kanamalı Ateşi (KKKA) hastalığının patogenezinde sitokinlerin rolü

Crimean-Congo hemorrhagic fever (CCHF) is caused by infection with a tick-borne virus (Nairovirus) in the family Bunyaviridae. The disease was described in Asia, Africa and Europe. Pathogenesis of the CCHF is poorly understood, but the mechanism is similar to the other viral hemorrhagic fevers and the dramatic outcome of the disease cannot be directly associated with the virus induced host factors or the cytokine storm caused by the viremia. In this study, we aimed to show the role of cytokines in the pathogenesis of the CCHF by studying the serum samples at the different stages of the disease.

K. pneumoniae'da kolistin direncinde rol alan moleküler ve klinik faktörler

Hospital acquired infections are one of the most important health issue affecting millions of patients and cause significant burden. Klebsiella pneumoniae (K.pneumoniae) which is one of the most common agents in worldwide are isolated from nosocomial infections. Colistin has been considered as the last choice of treatment for these infections since carbapenem resistance rate has been increasing in recent years. However, colistin resistance in K.pneumoniae began to increase which points out an emerging threat in the treatment of healthcare related infections. PhoP/PhoQ and PmrA/PmrB are the main systems responsible for modification of LPS layer. Changes in these two component regulatory systems cause colistin resistance. MgrB gene, which encodes the key regulatory protein of PhoP/PhoQ system, has the major role in the colistin resistance. Insertional inactivation or mutations in MgrB gene are highly associated with colistin resistance. In this study; our aim is to understand ongoing emergence of colistin resistance among K. pneumoniae strains by analysing the molecular mechanisms of colistin resistance and comparing the demographic risk factors, clinical futures and outcomes of the infections. A total of 32 patients with a isolation of colistin resistant K.pneumoniae from Ankara Başkent University Hospital, İstanbul Başkent University Hospital and Koşuyolu State Hospital were included to the study. Inactivation of MgrB gene by transposons and mutations in wild type MgrB gene were studied by PCR amplification followed by Sanger sequencing and products were identified by NCBI Blast tool and CLC Genomics Workbench v.4.9 software (CLC Bio, Aarhus, Denmark). Also, the expression levels of PhoQ and PmrK genes in colistin resistant isolates were analysed by quantitative real time PCR. The clonal analysis of the strains were done by rep-PCR using Diversilab system (bioMérieux, France).The univariate analysis of the clinical and molecular data were done by STATA 11 (Texas, USA) Insertional inactivation of MgrB gene was found in 26 out of 32 isolates. MgrB gene was distrupted by different insertion sequences (IS) classified as IS5 like, IS1 like, IS903 like and IS903B. Wild type MgrB was seen in 5 isolates. We detected nonsilent and point mutations in all of 5 isolates carrying wild type MgrB.There was no significant overexpression in PhoQ and PmrK genes. Our clonal analysis revealed that there were two major clones both containing samples from different centres with >95% similarity. Relatively younger age and staying in intensive care unit were found to be associated with IS related colistin resistance (P<.005). The mean duration of the colistin therapy in IS positive group was longer than the IS negative group (19 versus 7 days, p=.231). We report the first findings on the molecular and clinical epidemiology of colistin resistance among K.pneumoniae. The results of the study show that disruption of MgrB gene by transposons is the key mechanism for colistin resistance. Long term stay in intensive care unit, and younger age were major host risk factors that increase the risk of infection by a K.pneumoniae strain carrying IS in its MgrB gene. Prolonged colistin therapy might have an affect on IS related colistin resistance. Demonstration of the horizontal gene transfer between colistin resistant strains highlights the emergence of colistin resistance as the public health problem of the world.

Acinetobacter baumannii'de kolistin direncine neden olan konak ve bakteriyel faktorler

Health-care associated infections (HAIs) have become a significant life-threatening problem over the time because of global increase in antibiotic resistant bacterial population. Acinetobacter baumannii (A.baumannii) is capable of survive in hospital environment for long time periods and cause severe infections with high mortality rates especially in intensive care units because of its multi-drug resistant (MDR) phenotype. Colistin is one of the last therapeutic options for treatment of MDR gram negative infections. Today, emergence of colistin resistance is a global concern because of the limitation of antimicrobial therapy. There are two mechanisms of colistin resistance in A.baumannii. Point mutations in pmrCAB operon induce PEtn addition on LPS which inhibits the colistin binding. Second mechanism is the prevention of colistin binding to cell wall by complete loss of LPS as a result of mutations or insertions in lpxA, lpxC, and lpxD genes. In this study, we aimed to reveal the association between the host demographic factors, clinical progression of the disease, and molecular variations of A.baumannii which may promote colistin resistance. A total of 29 colistin resistant A.baumannii isolates from 4 different hospitals located in different parts of Turkey were collected between April 2015 and June 2016. Patient's demographic data, clinical progress of the disease, and outcome were recorded. To find the genetic basis of resistance, pmrCAB complete operon, lpxA, lpxC, and lpxD genes were sequenced. The expression levels of pmrC, pmrA, and pmrB were studied to find a connection between mutations and altered expression levels. The patient's data and the results of molecular tests were analyzed by using R Studio program. In PmrA, PmrB, PmrC, and LpxD several amino acid changes were detected. The most common amino acid changes were T138A in PmrB, V42I& F150L in PmrC, and E117K in LpxD regions, and these mutations were found to be associated with the high colistin MIC values (p: 0.0022, 0.00086, 0.00086, 0.00086 respectively). According to the qRT-PCR results, 35.3-fold increase in pmrC, 12.3-fold in pmrA, and 8.2-fold in pmrB were detected. The duration of colistin therapy was found to be significantly associated with the overexpression of pmrB (p: 0.046). Having operation within one month before the isolation of colistin resistant A.baumannii is found to be significantly associated with overexpression of pmrB (p: 0.039). In conclusion, the overexpression of pmrC, pmrA, and pmrB along with the point mutations in corresponding genes and lpxD gene may trigger colistin resistance. The duration of colistin therapy and operation within last month before the isolation of colistin resistant A.baumannii are substantial factors on emergence of colistin resistance. Therefore, physicians should consider the therapeutic options during colistin therapy by controlling the duration of usage and combining colistin with other antibiotics. Surveillance cultures before the surgery should be encouraged and protective precautions should be taken to prevent the dissemination of resistance.

Determination of antibiotic susceptibility of Staphylococcus aureus strains

ABSTRACT Determination of Antibiotic Susceptibility of Staphylococcus aureus Strains Introduction and Aim: Staphylococcus aureus causes infections with high morbitide and mortality such as bacteremia, pneumonia, meningitis, endocarditis, toxic shock syndrome and osteomyelitis. The aim of this study was to determine the antibiotic susceptibility of S. aureus strains isolated from various clinical specimens. Material and Methods: 264 S. aureus strains which isolated from various clinical specimens came to Microbiology Laboratory of Erzincan University Mengücek Gazi Training and Research Hospital were taken to the study, between January 2015 and December 2016. Conventional methods (Gram stain, catalase and coagulase test) and VITEK 2 automated system (bioMérieux, France) were used for bacterial identification and to determine antibiotic susceptibility. Antibiotic susceptibility of strains was evaluated according to EUCAST criteria. Results: 61,36% of S. aureus strains were isolated from hospitalized patients and 38,64% were isolated from polyclinic patients. The isolates were obtained from samples of 64 tracheal aspirate, 55 blood, 44 wound, 44 urine, 29 nose, 28 other (ear, catheter, sterile body fluid, etc.). In the S. aureus strains, 69 (26.14%) were identified as MRSA and 195 (73.86%) as MSSA. Vancomycin, teicoplanin, linezolid, tigecycline and daptomycin were found to be the most effective antibiotics when antibiotic susceptibilities of these strains were examined. The highest resistance rate was detected against penicillin. Conclusion: The rate of MRSA detected in our study was high. Vancomycin, teicoplanin, linezolid, tigecycline and daptomycin are the most effective antibiotics to S. aureus. Along with the introduction of national data, all centers should identify their own resistance profile to set appropriate antibiotic policies and up-to-date information on prophylactic treatments. Keywords: Antibiotic, Erzincan, Staphylococcus aureus, Susceptibility