300
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0
Departman
0
Araştırmacı
Arşivlenen Tez
İn vitro şartlarda azasitidin uygulamasının yonca kalluslarında antioksidan sistem ile SERK1 ve WEE1 gen ifadesi üzerine etkisinin incelenmesi
Yonca yüksek besin değeri, verim potansiyeli biyotik ve abiyotik stress faktörlerine dayanıklı olmasından dolayı dünyadaki en önemli yem bitkisidir. Bu çalışmada, Yonca bitkisinin yaprak eksplantlarından alınan kalluslar 0.0125mg\mL kinetin+1mg\mL 2.4-D, 0.0125mg\mL kinetin+1mg\mL 2.4D+2,5μM 3µL 5-azaC, 0.0125mg\mL kinetin+1mg\mL 2.4D+2,5μM 6µL azasitidin (5-azaC) içeren ortamlarda 7, 14 ve 21 gün yetiştirilmiş ve yonca kalluslarında malondialdehit (MDA) miktarı, hidrojen peroksit (H2O2) seviyesi, süperoksit dismutaz (SOD) ve peroksidaz (POD) enzim aktivitelerinde meydana gelen değişimler, prolin, toplam protein, dinitrosalisilik asit (DNSA) ve toplam fenolik madde miktarları belirlenmiştir. Buna ilaveten, azasitidin uygulamasına bağlı olarak Somatik Embriyogenez Reseptör Kinaz 1 (SERK1) ve G2 Kontrol Noktası Kinaz (WEE1) genlerinin ifadelerinde meydana gelen değişimler ölçülmüştür. Azasitidin uygulamasına bağlı olarak MDA ve H2O2 miktarlarının azaldığı, SOD aktivitesi ve protein miktarının düştüğü, POD aktivitesi ve prolin miktarının arttığı belirlenmiştir. SERK1 ve WEE1 genlerinin ifadelerinin uygulanan azasitidin konsantrasyonuna ve zamana bağlı olarak değiştiği gözlenmiştir.
Seçici lazer ergitme yöntemi ile imal edilmiş Ti-6Al-4V ELI alaşımı üzerine anodizasyon ve SILAR tekniklerinin kombinasyonu ile dubleks katmanlı koruyucu tabakaların üretimi
Eklemeli üretim teknolojilerinin günümüzdeki gelişmeleriyle birlikte bu alanda kullanılan malzeme çeşitliliği çoğalmış, bu çeşitlerin içerisinde titanyum alaşımları da yer bulmuştur. Geleneksel imalat yöntemleri kullanılarak üretilmesi çok zor olan veya üretimi mümkün olmayan geometrilerin eklemeli üretim teknolojisi sayesinde oluşturulması ile beraber, implant ve protezlerde "kişiye özel" kavramı ortaya çıkmıştır ve hastaların kusurlu olan bölgelerine daha uyumlu, diğer malzemelere nazaran daha hafif protez veya implantların üretilmesi mümkün bir hal almıştır. Biyomedikal alanında biyomalzeme olarak kullanılan Ti6Al4V alaşımının çalışma ömrünü arttırmak için günümüzde anodizasyon, ardışık iyonik tabaka adsorpsiyon ve reaksiyonu (SILAR) yöntemi, sol-jel, plazma ile nitrürleme, CVD ve PVD kaplama gibi çeşitli yüzey işlemleri uygulanmaktadır. Anodizasyon ve SILAR yöntemleri ise sahip olduğu avantajlı özellikler nedeniyle ön plana çıkmaktadır. Bu çalışmada Ti6Al4V alaşımına Anodizasyon ve SILAR yöntemleriyle TiO2, Ag2O ve dubleks (TiO2-Ag2O) filmler kaplanarak bu alaşımın tribolojik ve korozyon özelliklerinin artırılması hedeflenmiştir. Bu yüzey kaplama işlemlerinden sonra işlemsiz ve kaplanmış numunelerin mekanik, tribolojik ve korozyon özelliklerin tespit edilmesi için mikro sertlik ölçümleri, çizme testleri, aşınma ve korozyon deneyleri yapılmıştır. Ayrıca yapısal özelliklerin tespit edilmesi için XRD ve SEM kullanılmıştır.
İnsan baş ve boyun skuamöz hücreli karsinomunda POFUT1 geninin malign fenotipler ve perinöral invazyon ile ilişkisinin araştırılması
Baş ve boyun skuamöz hücreli karsinom (BBSHK) dünya genelinde en sık görülen agresif malign hastalıklardan biridir. POFUT1 geninin yüksek düzeyde ifadesinin karsinogenez sürecinde önemli rol oynadığı gösterilmesine rağmen, BBSHK'de POFUT1'in rolü ve moleküler mekanizmaları şimdiye kadar araştırılmamıştır. Bu tez çalışması kapsamında yapılan in siliko analizler POFUT1'in BBSHK'de onkogenik role sahip olduğunu göstermektedir. Ayrıca, tümör ve normal doku örneklerinin, BBSHK hücrelerinin daha ileri analizi kontrollere kıyasla BBSHK klinik tümör doku örneklerinde ve hücre hatlarında POFUT1'in yüksek düzeyde ifade edildiğini ortaya koymaktadır. In vitro araştırmalar, POFUT1'in yüksek düzeyde ifadesinin kanser agresifliği ile ilişkili fenotipleri uyardığını ve POFUT1'in BBSHK hücrelerinde susturulmasının bu fenotipleri baskıladığını göstermiştir. Yapılan ksenograft deneylerle, POFUT1'in BBSHK için aynı zamanda in vivo potansiyel bir onkogen adayı olduğu belirlenmiştir. Doku örneklerinin immünohistokimyasal analizi ve kanser hücresi-DRG ex-vivo ko-kültür modeli, POFUT1 ifadesinin deregülasyonunun BBSHK hücrelerinin perinöral invazyonunda önemli rol oynadığını ortaya koymuştur. Tez kapsamında elde ettiğimiz bulgular, POFUT1'in baş ve boyun kanserli hastalar için potansiyel bir prognostik belirteç olduğunu ve BBSHK karsinogenezi ile ilgili işlevlerini daha iyi tanımlamak için daha fazla moleküler araştırmaya ihtiyaç duyulmasına rağmen, BBSHK tedavisi için bir hedef olarak potansiyelini vurgulamaktadır.
TiO2-SiO2 çok tabakalı kompozit ince filmlerin ti45nb alaşımı üzerine sentezlenmesi: Yapısal, mekanik ve tribolojik özelliklerin araştırılması
Titanyum ve alaşımları yüksek dayanımlı, düşük yoğunluklu olup iyi korozyon özelliği ile beraber biyouyumluluk açısından da avantaj sağladığı için yaygın olarak kullanılmaktadır. Son zamanlarda Zr, Nb ve Ta içeren titanyum alaşımları hem iyi korozyon özelliklerine sahip hem de toksik etki göstermemesi sebebiyle yaygın olarak kullanılmaktadır. Titanyum alaşımlarından biri olan β tipi Ti45Nb yüksek biyouyumluluk, yüksek korozyon direnci, toksik etki göstermemekte ve düşük elastisite modülü özelliği göstermektedir. Ti45Nb'nin diğer titanyum alaşımlarında olduğu gibi aşınma özellikleri kötüdür. Bu alaşımın özelliklerini iyileştirmek için çeşitli alaşımlar ile katmanlar halinde yüzey biriktirme işlemi uygulanmaktadır. En yaygın kullanılan yüzey işlemlerinden biri fiziksel buhar biriktirme (PVD) yöntemidir. Bu çalışmada, Ti45Nb taban malzemesi üzerine PVD yöntemi kullanılarak TiO2 ve SiO2 filmleri çoklu tabakalar halinde kaplandı ve XPS, AFM, SEM ile yapısal, mekanik, tribolojik özelliklerdeki değişimler incelendi. Çalışma sonucunda yüzeyde kaplama sayısı arttıkça aşınma direncin arttığı gözlemlenmiştir.
Askıda yük taşıyan dört rotorlu İHA sistemlerinin modellenmesi ve sonlu/sabit zamanlı adaptif kayan kipli kontrolcü tasarımı
Bu tez çalışmasında askıda yük taşıyan quadrotor İHA sistemlerinin modellenmesi ve modellenen sistemler için özgün sonlu/sabit zamanlı yapay sinir ağı tabanlı adaptif kayan kipli kontrolcü tasarlanması hedeflenmiştir. Öncelikle askıda yük taşıyan bir quadrotorun doğrusal olmayan modeli parametre belirsizlikleri ve dış bozucu etkilerde dikkate alınarak elde edilmiştir. Daha sonra askıda yük taşıyan birden fazla quadrotordan oluşan bir sistemin genelleştirilmiş özgün bir modeli oluşturulmuştur. Bu çalışmada modellenen sistem, istenilen sayıda İHA ile yükün taşınmasına imkân verecek şekilde geliştirilmiştir. Bu amaçla parametre belirsizlikleri ve dış bozucu etkiler dikkate alınarak ve yükün quadrotorlar üzerindeki etkileri ile quadrotorların birbirleri üzerindeki etkileri değerlendirilerek sistemin doğrusal olmayan dinamik denklemlerinin elde edilmesi amaçlanmıştır. Modellenen sistemleri kontrol etmek için özgün sonlu/sabit zamanlı yapay sinir ağı tabanlı adaptif kayan kipli kontrolcü tasarlanması hedeflenmiştir. Tasarlanacak kontrolcü yapısı kayan kipli kontrol bileşeni yardımı ile sisteme gürbüzlük kazandırırken yapay sinir ağı bileşeni yardımı ile sistem dinamiklerindeki belirsizlikleri öğrenerek kayan kipli kontrolün etkinliğini artıracak ve kontrol işaretlerinin genliklerini önemli ölçüde iyileştirecektir. Ayrıca tasarlanacak kontrolcü yapısı ile doğrusal olmayan sistemlerin kontrolünde önemli bir gereksinim olarak ortaya çıkan, sistem durumlarının istenilen referans değerlerine ulaşma süresi olarak bilinen yerleşme süresinin de belirlenmesi hedeflenmiştir.
İnsan baş ve boyun skuamöz hücreli karsinomlarında miR-1825'in rollerinin belirlenmesi
Baş ve boyun skuamöz hücreli karsinoma (BBSHK), yılda yaklaşık 600.000 yeni vaka ile dünya çapında görülen en yaygın altıncı kanserdir. Son yıllarda BBSHK'nin tanı ve tedavisinde önemli gelişmeler olmasına rağmen hala kanser nedenli ölümlerin dikkate değer sebeplerinden biridir ve ileri BBSHK vakalarına karşı yeni tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesi ve onkogenlerin karakterize edilmesi acil bir gerekliliktir. Bu tez çalışmasında, miR-1825'in BBSHK patogenezindeki in vitro ve in vivo rollerinin anlaşılması, olası yeni hedef genlerinin belirlenmesi ve BBSHK hücrelerinden türetilen eksozomların hipoksik koşullar altında anjiyojenez oluşumu üzerine etkilerinin in vitro testlerle araştırılması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda BBSHK hücrelerinde miR-1825 deregülasyonunun hücre canlılığı, göçü, invazyonu, apapotozu gibi kanser ilişkili fenotipler ile hücrelerin kök hücre potansiyelleri üzerine etkileri bir kısım in vitro testlerle incelenerek ortaya çıkarıldı. MiR-1825'in ifadesinin ektopik olarak arttırıldığı veya azaltıldığı BBSHK hücrelerinde miR-1825'in potansiyel hedeflerini belirlemek için gen mikrodizin analizi yapıldı ve ifadesi anlamlı olarak değişen olası aday hedef genler tespit edildi. Ayrıca ektopik miR-1825 aşırı ifadesinin BBSHK hücrelerinin tümör oluşturma kapasitesini artırıcı yönde etki ettiği in vivo NUDE fare modelinde gösterildi. Ek olarak, miR-1825'in BBSHK oluşumunda mikroçevre üzerindeki etkilerini ortaya koymak amacıyla hipoksik koşullara maruz kalan BBSHK'li hücrelerde ve bu koşullarda hücrelerden salınan eksozomlarda miR-1825 seviyesinin arttığı gösterildi. Hipoksik koşularda salınımı artan eksozomların ve eksozomlarca taşınan miR-1825'in damar endotel hücrelerinin (HUVEC) anjiyojenik potansiyelini artırdığı bir kısım in silico analizlerle ve in vitro çalışmalarla ortaya çıkarıldı. Elde ettiğimiz bulgularla BBSHK gelişiminde miR-1825/FREM1 aksisinin rol aldığı ve BBSHK oluşumuna bağlı olarak oluşabilecek hipoksik koşullarda eksozomal miR-1825'in TSC2/mTOR aksisini hedefleyerek anjiyojenez oluşumunu uyardığı ortaya konuldu.
Kesit oranı optimize edilmiş boşluklu çelik kirişlerin yük kapasitesinin incelenmesi
Artan insan nüfusu beraberinde, kullanılan yapı sayısını artırmıştır. Yapı sayısındaki bu artış maliyetide etkilemiştir. Bu etki yapıların güvenli, ekonomik ve estetik bina tasarlanması için yapı elemanlarında çeşitli tasarımlar yapılmaya yönlendirmiştir. Petek kirişler bu bağlamda yapılan tasarımlardandır. Açılan delikler sayesinde aynı eş değer ölçülere sahip kirişlerle aynı yükü taşıması ve maliyetin düşürülmesini sağlamıştır. Kullanıldığı yere görede estetik bir görünüm sağlamıştır. Yapılan kaynak taramalarında döngüsel yükler altında petek kirişlerin tasarımı yeteri kadar irdelenmediği sonucuna varılmıştır. Bu çalışmada döngüsel yük altında petek kirişlerin üzerlerinde açılan deliklerin geometric sınır şartlarına göre davranışlarının belirlenmesi için 5 adet numune üzerinde deneyler ve ABAQUS program aracılığıyla sayısal analizler yapılarak kıyaslanmıştır. Deneylerde FEMA-350 yükleme protokolü kullanılarak dögüsel yük uygulanmıştır. Kiriş yüksekliğinin delik çapına oranı sınır şartlara uygunluk sağlayan altın orana eşitlenerek petek kiriş tasarımına etkisi incelenmiştir. Sonuç olarak altın orana göre tasarlanmış deliklerin çaplarına sahip petek kirişlerin daha küçük delik çapına sahip petek kirişlere göre daha fazla yük taşıdığı sonucuna varılmıştır.
CBS tabanlı çok kriterli karar verme yaklaşımlarını kullanarak durağan olmayan koşullar altında taşkın risk değerlendirmesi
Sel baskınları, önemli ekonomik kayıplara ve can güvenliği açısından ciddi risklere yol açan başlıca doğal afetlerden biridir. Bu nedenle, kentsel alanlarda sel risk değerlendirmesi çalışmaları, sel felaketinin azaltılması ve sürdürülebilir kalkınma faaliyetlerinin gerçekleştirilebilmesi için önemli bir konudur. Sel riski üzerine yapılan çalışmalar artmış olsa da, Coğrafi Bilgi Sistemi (CBS) ve çok kriterli karar verme modeli (ÇKKV) tabanlı sel risk değerlendirmelerinde, durağan olmayan koşullar altında farklı geri dönüş periyotlarındaki yağışların sel riski üzerindeki etkilerini inceleyen araştırmalar yetersizdir. Bu boşluğu ele almak için önerilen tez çalışması Türkiye'nin en kalabalık şehirlerinden biri olan İzmir ilinde sel risk alanlarını belirlemek ve önceliklendirmek amacıyla, durağan olmayan koşullar altında farklı geri dönüş periyotları için hesaplanan yağış kantilleri ile ÇKKV tabanlı sel tehlikesi haritalama tekniklerini entegre etmiştir. Çalışma kapsamında ilk olarak mevcut sel riskini değerlendirmek için, Analitik Hiyerarşi Süreci (AHP), CBS' ye entegre edilmiş ve kritik olarak belirlenen 165 noktanın sel risk önceliğini analiz etmek için Çok Kriterli Optimizasyon ve Uzlaşma Çözümü (VIKOR) yaklaşımı kullanılmıştır. Değerlendirme sonuçlarına göre, Buca, Menderes, Bornova, Kemalpaşa, Çeşme, Torbalı, Menemen, Seferihisar ve Çiğli ilçeleri yüksek sel riski altındadır. VIKOR sonuçları, en yüksek sel riski noktalarının R91 (Çeşme), R153 (Buca) ve R93 (Çeşme) olduğunu göstermektedir. Çalışma alanında kapsamlı bir risk değerlendirmesi gerçekleştirmek için, durağan olmayan koşullar altında 10, 20, 50 ve 100 yıllık geri dönüş seviyelerinde Dağılım parametreleri için Genelleştirilmiş Eklemeli Modeller (GAMLSS) ile elde edilen yağış tahminleri AHP ile yeniden ağırlıklandırılmış ve tehlike kriterlerine dâhil edilerek dört senaryo için sel riski analizleri yapılmıştır. Sonuçlar, geri dönüş süreleri arttıkça yüksek riskli alanların genişlediğini, düşük riskli alanların ise daraldığını göstermiştir. VIKOR sonuçları, önceki sonuçlardan farklı olarak, Kemalpaşa ilçesindeki R55, R56 ve R54 noktalarının dört senaryoda da en yüksek sel riskine sahip bölgeler olduğunu ortaya koymuştur. Önerilen bütünleşik yaklaşımın İzmir ilinde sel riski azaltma stratejileri için karar vericilere önemli bilgiler sağlayacağı düşünülmektedir.
Corylus avellana L. ekstresi ile yeşil sentezi gerçekleştirilen bimetalik bakır-demir nanopartiküllerinin glioblastoma beyin kanseri üzerinde antikanser, antimetastatik veantibakteriyel etkilerinin değerlendirilmesi
Tez çalışması kapsamında Corylus avellana L. yaprak ekstraktı kullanılarak yeşil sentezi gerçekleştirilen bakır-demir bimetalik nanopartiküllerinin (BNP) glioblastoma beyin kanseri üzerindeki antikanser ve antimetastatik etkilerinin yanı sıra antibakteriyel potansiyelinin araştırılması amaçlanmıştır. Bitki ekstraktının biyolojik aktif bileşenleri LC–MS/MS analizi ile belirlenmiştir. Yeşil sentez metoduyla sentezlenen BNP'ler UV-Vis, FTIR, XRD ve SEM-EDX gibi karakterizasyon teknikleri ile yapısal ve morfolojik açıdan incelenmiştir. BNP'lerin biyolojik aktiviteleri sitotoksisite testi olan MTT analizi ile değerlendirilmiştir. İnsan glioblastoma hücre hattı (U87-MG) ve sağlıklı insan dermal fibroblast (HDF) hücreleri üzerinde gerçekleştirilen MTT testinde BNP'lerin doza bağlı olarak belirgin sitotoksik etki oluşturduğunu gözlemlenmiştir. 400, 200 ve 100 µg/mL konsantrasyonlarda ücre canlılık oranları sırasıyla %39,7, %40,9, %44,8 ve %45,4 olarak belirlenmiştir ve IC₅₀ değeri 11,7 µg/mL olarak hesaplanmıştır. HDF hücrelerinde belirlenen yüksek IC₅₀ değeri ile birlikte değerlendirildiğinde seçicilik indeksi (SI) 27,8 olarak hesaplanmıştır. bu sonuç Fe–Cu BNP'lerin kanser hücrelerine karşı seçici ve güçlü bir antikanser aktivite sergilediğini ortaya koymuştur. Hoechst 33258 boyama sonuçları ise hücre ölümünün apoptotik mekanizmalarla ilişkili olduğunu desteklemiştir. BNP'lerin antimetastik etkinliği in vitro çizik testi ile değerlendirilmiştir. kontrol grubunda %55,1 olan hücre göçü oranının BNP uygulaması sonrası 100, 200 ve 400 µg/mL dozlarda sırasıyla %31,9, %21,9 ve %10,6'ya düştüğü belirlenmiştir. Bu sonuçlar nanopartiküllerin glioblastoma hücre migrasyonunu anlamlı düzeyde baskıladığını göstermiştir. Bununla beraber BNP'lerin antibakteriyel aktivite analizi Pseudomonas aeruginosa ve Staphylococcus aureus suşlarında 100–400 µg/mL konsantrasyon aralığında inhibitör etkisi incelenmiştir. Her iki bakteri türünde de canlılık oranlarının belirgin şekilde azaldığını göstermiştir. En yüksek dozda P. aeruginosa'da %25,3, S. aureus'ta ise %27,0 canlılık değerlerine kadar düştüğü gözlenmiştir. Sonuç olarak yeşil sentezi gerçekleştirilen BNP'lerin glioblastoma hücrelerine karşı seçici sitotoksik, hücre göçünü inhibe edici ve geniş spektrumlu antibakteriyel özellikler sergilediği belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar BNP'lerin kanser araştırmaları ve biyomedikal uygulamalar için potansiyel bir aday olabileceğini düşündürmektedir
Niyozomal taşıma sistemi ile hücrelere aktarılan doğal terpenlerin deneysel parkinson modelinde nöron koruyucu etkisinin incelenmesi
Parkinson hastalığı (PH), substantia nigra pars compacta bölgesindeki dopaminerjik nöronların ilerleyici kaybı ile karakterize edilen, prevalansı 65 yaş üzeri bireylerde %2–3 düzeyine ulaşan ve günümüzde küratif tedavisi bulunmayan bir nörodejeneratif hastalıktır. Mevcut tedavi yaklaşımları ağırlıklı olarak semptom kontrolüne yönelik olup, hastalığın patogenezinde rol oynayan oksidatif stres, mitokondriyal disfonksiyon ve protein agregasyonu gibi mekanizmalar üzerinde sınırlı etkiye sahiptir. Bu nedenle, nöroprotektif ajanların geliştirilmesi ve hedef hücrelere etkin şekilde taşınması büyük önem taşımaktadır. Bu tez çalışmasının amacı, doğal kaynaklı terpenlerin niyozomal taşıyıcı sistemler aracılığıyla hücrelere aktarımının, deneysel Parkinson hastalığı in vitro modelinde nöron koruyucu etkilerinin nicel olarak değerlendirilmesidir. Çalışmada SH-SY5Y hücre hattı dopaminerjik fenotipe farklılaştırılmış ve IC 50 konsantrasyonunda MPP⁺ uygulaması ile nörotoksisite modeli oluşturulmuştur. MPP⁺ uygulaması sonucunda hücre canlılığı kontrol grubuna kıyasla %100'den %42,6 ± 3,8 düzeyine düşmüştür (p < 0,001). Doğal terpenlerin serbest formda uygulanması hücre canlılığını %61,4 ± 4,2 seviyesine yükseltirken, aynı terpenlerin niyozomal enkapsülasyon sonrası uygulanması canlılığı %78,9 ± 3,1 düzeyine çıkarmıştır. Niyozomal terpen grubu ile MPP⁺ grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmıştır (p < 0,001). Oksidatif stres parametrelerinde, MPP⁺ uygulaması TOS düzeyini 18,6 ± 1,9 µmol H₂O₂ eşdeğeri/L seviyesine yükseltirken, niyozomal terpen uygulaması bu değeri 9,2 ± 1,3 seviyesine düşürmüştür (p < 0,01). Aynı şekilde TAC düzeyi MPP⁺ grubunda 0,82 ± 0,07 mmol Trolox eşdeğeri/L iken, niyozomal terpen grubunda 1,74 ± 0,11 seviyesine yükselmiştir (p < 0,001). Sonuç olarak, niyozomal taşıyıcı sistemler ile hücrelere aktarılan doğal terpenlerin, serbest formlarına kıyasla hücre içi biyoyararlanımının arttığı, MPP⁺ kaynaklı nöronal sitotoksisiteyi anlamlı düzeyde azalttığı ve oksidatif stres parametrelerini baskıladığı gösterilmiştir. Bu bulgular, niyozom-temelli doğal bileşiklerin Parkinson hastalığı için potansiyel yeni bir nöroprotektif nano-terapötik yaklaşım sunabileceğini ortaya koymaktadır.