2
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Archived Theses
Sigara dumanıyla uyarılan nazal epitel hücrelerde oksidatif stres cevabında görev alan SEEP1, NCF2, SFTPD, CC15 ve PTGS1 genlerinin metilasyon profili ve kurkumin uyarımının bu profile etkisi
Sigara tüketimi, bütün dünyada oldukça yaygın olan alışkanlıklardan biridir. Her ne kadar sigaranın sağlığa zararlı olduğu uzun yıllardır bilinen bir olgu olsa da, dünyada her yıl 7 milyondan fazla insan sigara tüketimi nedeniyle ortaya çıkan hastalıklardan hayatını kaybetmektedir. Sigara dumanı içerisinde bulunan binlerce kimyasal madde kanserojen ve toksik etkiye sahip olup, solunum sistemi başta olmak üzere vücudun birçok doku ve organında tahribata yol açmakta; kanser, kalp ve damar hastalıkları, üreme sistemi bozuklukları, solunum sistemi sorunları gibi birçok hayatı tehdit eden birçok hastalığın ortaya çıkmasını tetiklemektedir. Sigara dumanına maruz kalmanın sonucunda, bu dumanın içerisindeki kimyasal maddelere maruz kalan hücrelerde oksidatif stres durumu ortaya çıkmaktadır. Ayrıca, moleküler mekanizmalarının bozulması nedeniyle bu hücrelerde epigenetik değişiklikler meydana gelmekte, metilasyon gibi mekanizmalar ile normal gen ifadelerinde değişiklikler ortaya çıkmaktadır. Oksidatif stres mekanizmasında görev alan SEPP1, NCF2, SFTPD, CCL5 ve PTGS1 genlerinin ifadelerinde sağlıklı hücrelerde görülmeyen artış ve azalış gözlemlenmektedir. Oksidatif stres kaynaklı yaşanan epigenetik değişikliklerin kurkumin gibi antioksidan bileşikler ile önlenebileceği ve tersine çevrilebileceğini gösteren literatür çalışmaları sınırlı sayıda olup, hücre ve gen temelli çalışmalara ihtiyaç vardır. Grubumuzun daha önceki çalışmalarında sigara dumanı ile tetiklenen oksidatif stresle ilişkili olarak antioksidan ve oksidan gen ifadelerinin değiştiğini göstermiştir Bu tez çalışmasında ifadesi değişen genler arasından beş aday gen seçilerek (SEPP1, NCF2, SFTPD, CCL5 ve PTGS1) bu genlerin antioksidan kurkumin tedavisine verdikleri cevap hücresel ve epigenetik düzeyde araştırılmıştır. Tez çalışmasında RPMI-2650 hücre hattının kurkumin ve sigara dumanı ile uyarılması sonucu hücre sitotoksisitenin belirlenmesi için canlılık testleri yapılmıştır. Canlılığın tespiti için EtBr/Kalsein AM boyaması, MTT, LDH ve ROS analizleri yapılmıştır. Hücrelerden mRNA izolasyonu ve cDNA dönüşü ile elde edilen DNA üzerinden qPCR testi yapılarak seçilen beş gene ait ifade analizi yapılmıştır. Hücrelerin toplam metilasyon profilleri ise kurkumin ve CSC uyarımlarında ayrı ayrı incelenerek, kurkuminin toplam metilasyon profili üzerindeki epigenetik etkisi araştırılmıştır. Çalışmalar kapsamında ayrıca bisülfit dönüşümü analizi yapılmış ve CSC uyarımı sonucu ortaya çıkan C-T nükleotit dönüşümünün kurkumin uyarımı ile normal haline getirilip getirilemeyeceği araştırılmıştır. Tez çalışmasında elde edilen sonuçlara göre, hem kurkumin hem de CSC yüksek konsantrasyonlarda öldürücü etki yapmakta olup, kurkumin 5 μM'dan fazla, CSC ile 50-100 μg/μL konsantrasyon aralıklarında kullanılmalıdır. Her iki uyaran için de belirtilen değerlerden yüksek olan konsantrasyonlar öldürücü etki yaratmaktadır. Çalışmada elde edilen bir diğer bulgu ise, nazal epitel hücrelerde sigara dumanı nedeniyle ortaya çıkan oksidan stres ve epigenetik değişikliklerin, kurkumin muamelesi ile tersine döndürülebileceğidir. Toplam metilasyon profilinin incelendiği deneyler sonucunda, sigara dumanına maruz kalmanın sonucu olarak nazal epitel hücrelerin toplan metilasyon profillerinde, kontrol grubuna göre ciddi ölçüde artış görülmekte, ancak bu artış kurkumin muamelesi ile önlenebilmekte ve sağlıklı seviyeye döndürülebilmektedir. Tez çalışmasının bir diğer önemli bulgusu ise, hücre içi oksidan stresin önlenmesinde görev alan SEPP1, SFTPD ve PTGS1 genlerinde, sigara dumanı ile ifade azalması gözlemlenirken, kurkumin muamalesi bu ifade azalmasını önleyici etki göstermektedir. Benzer şekilde, hücre içi oksidan stresin gelişmesinde görev alan NCF2 ve CCL5 genleri ise sigara dumanı ifade artışı yaşarken, kurkumin bu genlerin sigara dumanı nedeniyle artan ifadelerini azaltmaktadır. Dolayısıyla, kurkumin hücre içi oksidan mekanizmasını düzenleyici bir role sahip olup, CSC uyarımı sonucu normal şartlara göre ifadesi artı ya da eksi yönde değişen genlerin ifadelerini normal düzeylere getirebilmek için hem upregüle hem de downregüle etki gösterebilen bir bileşiktir. Anahtar kelimeler: sigara, oksidatif stres, epigenetik regülasyon, nazal epitel hücre, antioksidan, kurkumin, DNA metilasyonu
Bazı Bombus Latreille, 1802 (Hymenoptera: Apidae) türleri üzerinde sistematik ve transkriptom çalışmaları
Kimyasal uyarıların algılanması böceklerin yaşam döngüsü boyunca besin bulma, üreme ve predatörlerden kaçınma gibi hayati kararlarda rol oynamaktadır. Koku alma duyusu, sınırsız kimyasal bilgi spektrumundaki hassas ayrım gücü ve yorumu, böceklerin hayatta kalmalarında doğrudan katkıda bulunan çeşitli davranışsal kararları etkilemektedir. Böcekler esas olarak antenlerinde bulunan koku alma duyu nöronları aracılığı ile uçucu molekülleri tanımlarlar. Bu süreçte kemosensör ailelerden koku reseptörleri (OR), tat/temas reseptörleri (GR), iyonotropik reseptörler (IR), koku bağlayıcı proteinler (OBP), kemosensör proteinler (CSP) ve duyusal nöron membran proteinlerinin (SNMP) katılımı gereklidir. Bombus cinsi içerisinde türlerin dil uzunlukları; kısa, orta ve uzun olmak üzere üç grupta incelenmektedir. Dil uzunluğu besin tercihini dolayısıyla beslenme mekanizmasını etkileyen faktörlerden birisidir. Bu çalışma kapsamında besin tercihlerinde rol oynayan kemosensör gen ailelerindeki ifade farklılaşmasını belirlemek amacıyla, kısa-dilli B. (Kallobombus) soroeensis ve uzun-dilli B. (Subterraneobombus) fragrans işçi bireylerinin antenlerinde de novo transkriptom inşası gerçekleştirilmiştir. Referans temelli biyoinformatik yaklaşımlar ile birlikte B. soroeensis anten transkriptomunda 96 OR, 9 GR, 17 IR, 11 OBP, 5 CSP ve 1 SNMP; B. fragrans anten transkriptomunda ise 107 OR, 9 GR, 18 IR, 10 OBP, 5 CSP ve 2 SNMP geninin ifadesi tespit edilmiştir. Kemosensör gen ailelerinin Bombus cinsi filogenisi inşa edilmiş ve her bir gen ailesinde seçici baskılar belirlenmiştir. Karşılaştırmalı analizler sonucunda B. soroeensis ve B. fragrans anteninde OR, GR, IR, OBP ve CSP ifadelerinde türe özgü ligand duyarlılıklarındaki farklılaşmalar ortaya konmuştur.