25
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Sepsis hastalarının immünolojik parametrelerinin ve persistan inflamasyon immün süpresyon ve katabolizma sendromu açısından risk faktörlerinin araştırılması
Halaçlı, B. Sepsis Hastalarinin İmmünolojik Parametrelerinin ve Persistan İnflamasyon İmmün Süpresyon ve Katabolizma Sendromu Açısından Risk Faktörlerinin Araştırılması. Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü İmmünoloji Programı Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2024. Sepsis enfeksiyona karşı gelişen disregüle yanıta bağlı yaşamı tehdit eden organ yetmezliği olarak tanımlanır. Bu çalışmada sepsis ile izlenen hastalarda klinik süreçle birlikte sepsis tanımında belirtilen disregüle yanıta sebep olan immün hücrelerdeki zamansal değişimlerin incelenmesi ve bir alt grup olan persistan inflamasyon immünsüpresyon ve katabolizma sendromu (PIICS) mevcudiyetinin değerlendirilmesi amaçlandı. Sepsis-3 tanımına göre sepsis ya da septik şok tanısı alıp yoğun bakıma alınan yedi hasta çalışmaya dahil edildi. Kontrol grubu olarak belirlenen yedi kişiden bir defaya mahsus, çalışmaya dahil edilen hastalardan ise 0.gün, 7.gün, 14.gün, 28.gün ve taburculukta kan örnekleri alınarak periferik kan mononükleer hücreler -80 oC'de donduruldu. Bu mononükleer hücrelerden lenfosit alt tipleri değerlendirilerek, örneklerden proinflamatuar değerlendirme için T foliküler yardımcı, Th17, anti-inflamatuar değerlendirme için MDSC alt tipleri olan granülositik ve monositik MDSC'ler ile regülatuar T (Treg) ve B (Breg) hücreleri çalışıldı. Sepsis hastalarında sağlıklı bireylerle karşılaştırıldığında, immünosupresyon ile ilişkili PD-1 (0-7-14.günler, p=0.004, p=0.003, p=0.046, sırasıyla) ifadelerinde artış gözlemlenirken, antijen sunumunda kritik rol oynayan HLA-DR seviyelerinin 14. günde anlamlı derecede azaldığı saptanmıştır (p=0.022). Ayrıca, Th17 hücre oranlarının sepsisin 0. gününde sağlıklı bireylerle kıyaslandığında belirgin şekilde arttığı (p=0.015) bulunmuştur. Hastaların takip günlerinde kontrol bireylere göre monositik MDSC oranları yüksek seyrederken (0-7-14-28 ve taburcu günleri, p=0.011, p=0.02, p=0.006, p=0.042 sırasıyla), granülositik MDSC oranlarının 14. (p=0.014) ve taburculuk (p=0.012) günlerinde anlamlı bir düşüş gösterdiği tespit edilmiştir. Bu bulgular, bazı hastalarda immün disregülasyonun, taburculuk döneminde dahi normale dönmediğini ve dalgalı bir seyir izleyebildiğini ortaya koymaktadır. Sonuçlar, sepsiste immün rezolüsyon sürecinin değerlendirilmesi için daha uzun süreli izlem gerekliliğine işaret etmektedir. Anahtar kelimeler: sepsis, immünoloji, kronik kritik hastalık, immün disregülasyon, immün rezolüsyon Bu tez çalışması HUSEP kapsamında HÜBAP tarafından THD-2023-20655 Proje Kodu ile "Hızlı Destek Projesi" türünde desteklenmiştir.
Vankomisine bağlı kırmızı boyun sendromu geliştiren hastalarda MRGPRX2 reseptör mutasyonlarının değerlendirilmesi
Hastanede yatan hastalarda nazokomiyal enfeksiyon insidansı % 5 ile 15 arasında değişmektedir. Yoğun bakım ünitelerine yatırılan hastaların % 25-33'ünde hastane enfeksiyonu komplikasyonlara neden olabilmektedir. Vankomisin sıklıkla yoğun bakım ünitelerinde kullanılmaktadır. Vankomisin, Metisiline dirençli Staphylococcus'lar, Corynebacterium jeikeium ve dirençli suşlara bağlı enfeksiyonların tedavisinde tercih edilen ilaçlardandır. Vankomisin, iki tür aşırı duyarlılık reaksiyonuna neden olabilir, bunlar; "Kırmızı Adam Sendromu" olarak da adlandırılan "Kırmızı Boyun Sendromu ve anafilaksidir. Kırmızı boyun sendromu, ilaca özgü antikorların rol almadığı idiyopatik bir infüzyon reaksiyonudur ve alerjik reaksiyonların aksine, ilk vankomisin uygulamasıyla gelişebilir. Kırmızı boyun sendromu, esas olarak vankomisinin parenteral uygulamasıyla ortaya çıkar. Kırmızı boyun sendromuna nadiren vankomisin tozunun topikal uygulaması ya da oral alımı da neden olabilir. Kırmızı boyun sendromunun belirtileri, sıklıkla infüzyonun başlamasından yaklaşık 4-10 dakika sonra ortaya çıkar veya tamamlandıktan hemen sonra başlayabilir. Genellikle ilk vankomisin dozunun hızlı infüzyonu (<1 saat) ile ilişkilidir. Daha önce herhangi bir olay olmaksızın 7 günden daha uzun süredir vankomisin tedavisi gören hastalarda 90 veya 120 dakikalık infüzyon sonunda gecikmiş reaksiyonlar görülebilir. Hastane protokollerinin çoğu vankomisinin minimum 60 dakika içinde infüze edilmesini gerektirir. Tipik olarak yüz, boyun ve üst gövdeyi tutan eritemli bir döküntü olan kaşıntıdan oluşur. Daha az sıklıkla hipotansiyon ve anjiyoödem oluşabilir. Hastalar genellikle yaygın yanma, kaşıntı ve genel rahatsızlıktan şikayet ederler. Hızla başları dönebilir ve ajite olabilirler ve ağız çevresinde, ateş ve parestezi geliştirebilirler. Ağır vakalarda hastalar göğüs ağrısı ve nefes darlığından şikâyet ederler. Daha önce yapılan çalışmalarda, toplumun bilinmeyen bir kısmının Vankomisin'e yanıt olarak fazla miktarda histamin salınımına eğilimli olabileceğini göstermiştir. Vankomisin'e bağlı olarak ortaya çıkabilecek aşırı duyarlılık reaksiyonları, Vankomisin'in mast hücreleri üzerindeki etkisinden kaynaklanmaktadır. Bir anafilaktoid reaksiyon olan kırmızı boyun sendromu, mast hücrelerinin ve bazofillerin degranülasyonundan kaynaklanır. Semptomlarından sorumlu olan mast hücre degranülasyonunu nasıl tetiklediği şimdiye kadar yeterince anlaşılamamıştır. Vankomisin ile ilişkili en yaygın aşırı duyarlılık reaksiyonu olan kırmızı boyun sendromunun, enfekte hastalarda görülme sıklığı % 3,7 ile % 47 arasında değişmektedir. Vankomisin çalışmaları ayrıca en şiddetli reaksiyonların 40 yaşın altındaki hastalarda, özellikle çocuklarda meydana geldiğini göstermektedir. Son zamanlarda hem insanlarla hem de farelerle yapılan çalışmalar, Mas ile ilişkili G-proteine bağlı reseptör elemanı X2 (MRGPRX2) ve Mrgprb2 (fare ortoloğu) nin, temel sekretagoglar ve nörokininler tarafından aktive edildiğini göstermiştir. Yaygın olarak kullanılan bazı küçük moleküllü ilaçların (örneğin, nöromüsküler bloke edici ajanlar, florokinolonlar, vankomisin) bu reseptörleri in vitro koşullar altında aktive ettiği gösterilmiştir, bu da mast hücresi degranülasyonuyla sonuçlanır. Bu nedenle yapılması planlanan çalışmada, Vankomisin'e bağlı kırmızı boyun sendromu gelişen hastalarda MRGPRX2 geninin protein kodlayan bölgesindeki genetik varyasyonların belirlenmesi hedeflenmiştir.
Nörometabolik hastalık nedeni olan mutasyonların drosophila melanogasterda modellenmesi ve sinaps fonksiyonu üzerine etkilerinin araştırılması
Sinaptopatiler nadir metabolik hastalıklar içerisinde önemli bir yer tutmasına rağmen, sinaptik disfonksiyona sebep olan mekanizmaların bilinmemesi teşhis ve tedaviyi zorlaştırmaktadır. Grubumuz tarafından son yıllarda sinaptopati ile ilişkilendirilebilecek UNC79 ve MBOAT7 gibi patojenik olduğu değerlendirilen yeni varyantlar saptanmıştır. UNC79 geni, NALCN ve UNC80 proteinleri ile birleşerek NALCN sızıntı kanalı olarak isimlendirilen bir kanalı oluşturmaktadır. Ekzom dizi analizi yaptığımız bir ailede UNC79 geninde patojenik olduğu değerlendirilen bir varyant saptanmıştır. UNC79 geninde varyasyon saptanan hastada gözlenen sinaptopatinin NALCN kanalının disfonksiyonuna bağlı olarak sinaptik iletimde meydana gelen disfonksiyon ile alakalı olabileceği düşünülmektedir. Fakat literatürde UNC79 geninin sinaps fonksiyonu üzerine etkilerini inceleyen veya UNC79 genini sinaptopati ile ilişkilendiren bir çalışma mevcut değildir. Yine aynı şekilde, NALCN kanalının diğer bileşenleri olan NALCN ve UNC80 genlerinde patojenik varyant saptanan hastalar literatürde mevcut olmasına ve benzer patofizyoloji göstermelerine rağmen bahsi geçen proteinlerin susturulması sonucu sinaptik proteinlerin miktarının değişip değişmediği ve sinaptik iletimin gerçekleştiği yerler olan aktif zonların sayısının nasıl değiştiği bilinmemektedir. MBOAT7 geni ise Lands lipid modelleme yolağında yer alan önemli enzimlerden biridir. Memelilerde fosfoinositidlerin sn-2 konumuna arakidonik asid takılmasından sorumlu oldugu bilinmektedir. Memeli beynindeki fosfolipidlerin sn-2 pozisyonunda çogunlukla arakidonik asit bulunduğu için, enzim beyinde daha önemli hale gelmektedir. Yukarıda verilen bilgiler ışığında UNC79 geni ve etkileşim içerisinde olduğu NALCN kanal bileşenlerinin (UNC80 ve NALCN) ve MBOAT7 geninin sinaps fonksiyonu ve sinaptik iletimde önemli rolleri olabileceği fikri güçlenmektedir. Fakat, proteinlerin yokluğunda sinaptik iletim, sinaps büyüklüğü ve şeklinin nasıl etkilendiği bilinmemektedir. Bu soruların cevaplanabilmesi için ilgili genler Drosophila melanogaster'de motor nöronlarında ve tüm beyinde doku bazlı susturulmuştur. Bahsi geçen genlerin moto-nöronal ve pan-nöronal olarak susturulması sonucunda Drosophila 3. instar larva nöromüsküler kavşağında bulunan brp ve glutamat reseptör miktarlarının kontrol grubuna göre arttığı/azaldığı yani sabit olmadığı gözlenmiştir. Sonucun sirkadiyen ritim ile ilişkili olup olmadığının anlaşılması için yabanıl tip sinek larvasının zamana baglı olarak disekte edilmesi sonucunda brp ve glutamat reseptörünün zamana baglı olarak osile ettiği ve bu osilasyon paterninin literatürde bahsi geçen sinek lokomotor aktivitesine benzediği gözlenmiştir. Son olarak NALCN Drosophila ortoloğu na motonöronal olarak susturulup zamana bağlı brp ve glutamat reseptör miktarı incelendiğinde proteinlerin zamana bağlı olarak osile ettiği, fakat osilasyonun kontrol grubuna göre kaydığı gözlenmiştir
DOCK8 eksikliği olan hastalarda T hücre reseptör repertuvarının yeni nesil dizileme ile belirlenmesi
Primer immün yetmezliklerde immün repertuvarın tanımlanması ve adaptif immün yanıtların karakterizasyonu hastalıklara yaklaşım ve hastalıkların değerlendirilmesi açısından önemlidir. İmmün repertuvarın oluşumda en önemli faktörlerden biri V(D)J rekombinasyonudur. T hücre reseptörünü oluşturan V (variable), D (diversity) ve J (joining) genlerinin rekombinasyonu sonucu oluşan çeşitlilik, farklı antijenlere bağlanmadaki en önemli bölge olan CDR3 (complementarity determining region 3) bölgesi, yeni nesil dizileme teknolojileri ve biyoinformatik programları kullanılarak araştırılabilmektedir. Bu çalışmada, DOCK8 eksikliği tanısı almış hastalarda T hücre reseptör repertuvarı araştırılmıştır. Öncelikle hastalardan lenfosit izolasyonu gerçekleştirildi. Lenfositlerden, manyetik negatif seperasyon yöntemi ile, CD4+ ve CD8+ T hücreler izole edildi. Elde edilen CD4+ ve CD8+ T hücrelerden total RNA izolasyonu yapıldı, konsantrasyon ölçümü ile total RNA miktarları kaydedildi. SMARTer teknolojisi ile TRB zincir amplifikasyonu gerçekleştirildi. Elde edilen diziler Illumina Miseq kullanılarak dizilendi. Çıkan sonuçların biyoinformatik ve istatistik analizleri Cogent, Immunarch ve IMGT programları aracılığı ile yapıldı. Hastaların ve kontrollerin CD4+ T hücre repertuvar çeşitliliği ve eşsiz klonotip sayıları arasında anlamlı farklılık elde edilmedi. Hastaların CD4+ T hücre V-J gen kullanımlarının kontrollerden farklı profilde olduğu görüldü. Hastaların CD8+ T hücre repertuvar çeşitliliği ve eşsiz klonotip sayılarında kontrole oranla belirgin düşüklük saptandı. Hastaların CD8+ T hücrelerinde farklı V-J genlerinin kullanım frekanslarının kontrole oranla belirgin olarak düşük olduğu gözlemlendi. CD8+ T hücrelerin CDR3 uzunluklarının dağılımının CD4+ T hücrelere oranla düşük olduğu sonucu elde edildi. Elde edilen sonuçlarda DOCK8 eksikliği olan hastaların CD8+ T hücre repertuvarlarının belirgin şekilde etkilenmesi, DOCK8 mutasyonlarının CD4+ ve CD8+ hücre repertuvarının oluşumunda etkisi olabileceğine ve DOCK8 proteininin hücre farklılaşmasında rolü olabileceğine dair ipuçları vermektedir. Bu çalışma, DOCK8 eksikliğinde görülen hücre içi patojenlere ve kutanöz enfeksiyonlara yatkınlığın, CD8+ T hücre repertuvarının etkilenmesi sebebiyle oluşabileceğine dair fikir vermektedir.
Erişkinlerde inflamatuvar barsak hastalığı ve çölyak hastalığı tanıları ile izlenen hastalarda LRBA (LPS responsive beige-like anchor) eksikliği ile ilişkili primer immün yetmezlik varlığının araştırılması
Bu çalışmada, inflamatuvar barsak hastalığı (İBH) ve çölyak hastalığı(ÇH) tanıları ile takip edilen erişkin hastalarda LRBA eksikliği ile ilişkili primer immün yetmezlik hastalığı varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla çölyak hastalığı (n=11) ve inflamatuvar barsak hastalığı (n=24) olan 35 hasta ve 13 sağlıklı kontrolün periferik kandaki, aktive edilen CD4+CD25highCD127low/-FoxP3+ Treg hücrelerindeki CTLA-4 ve LRBA protein ifadeleri akım sitometrik yöntemi ile değerlendirilmiştir. Sağlıklı kontroller ve hasta bireyler karşılaştırıldığında; Treg yüzdeleri İBH grubunda daha belirgin olmak üzere (İBH: %4,5, ÇH: %5,2) hasta grubunda daha düşük bulunmuştur (kontroller: %5,8, hasta bireyler: %5,1; p= 0,19). Ortanca CTLA-4 ve LRBA ifadeleri (FI) her deneydeki sağlıklı kontrollere göre düzeltme oranı uygulanarak karşılaştırıldığında; İBH olan hastaların 12'sinde (%50) düşük LRBA ifadesi saptanmıştır. Hasta ve sağlıklı bireylerin CTLA-4 ve LRBA ifadelerine göre saçılım grafiği incelendiğinde bu iki molekülün ifadeleri açısından lineer bir korelasyon saptanmıştır. LRBA ifadesi düşük tespit edilmiş 4 bireyin değerlendirildiği primer immün yetmezlik paneline yönelik yeni nesil dizileme analizinde İBH olan bir hastada LRBA geninde heterozigot kalıtılan yeni bir varyant saptanmıştır. Bu durum en büyük sekonder lenfoid organ olarak kabul edilen intestinal sistemin enteropati durumu ile ilişkili faktörler veya değişiklikler hakkında bilgi vermektedir. Diğer düşük ifadeye sahip bireylerin ve daha geniş başka hasta serilerinde ayrıntılandırılması gereken bu bilgiler İBH başta olmak üzere immün aracılı enteropatisi olan bireylerde tanı, etiyoloji ve tedavi sürecinde faydalı bilgiler verecektir.
Yaygın değişken immün yetmezlik hastalarının klinik, immünolojik ve genetik özelliklerinin B hücre alt grup özellikleri ve KREC sayıları ile korelasyonunun araştırılması
Yaygın Değişken İmmün Yetmezlik (YDİY/CVID), B hücre farklılaşması ve antikor yapımında bozukluk ile seyreden, aşılara zayıf yanıt oluşması ve tekrarlayan enfeksiyonlar ile karakterize olan primer antikor eksikliklerinin heterojen bir grubudur. Son yıllarda, B hücre popülasyonlarının fenotiplendirmesine dayanarak hastalığın sınıflandırılmasına yönelik girişimlerde bulunulmuştur. Kappa-silici rekombinasyon eksizyon halkalarının (KREC) miktar tayinine dayanan gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) testi B hücre hastalıklarında kullanılmaktadır. KREC'ler, kemik iliğinde, B hücre reseptörü (BHR) genlerinin V(D)J yeniden düzenlenmesi sırasında ortaya çıkan epizomal DNA parçalarıdır. Bu çalışmada Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı İmmünoloji Bölümü'nde YDİY tanısı alan 30 hastanın akım sitometri testi ile B hücre alt grupları, RT-qPCR testi ile de KREC sayıları 41 sağlıklı kontrol ile karşılaştırılarak değerlendirilmesi hedeflenmiştir. Hasta grubunun yaş ortalaması 28.5±15.6 yıl idi. Cinsiyetler arası dağılım oranı 1/1 idi. Ebeveyn akrabalığı oranı %33 olarak bulundu. En sık başvuru şikayeti sık enfeksiyon idi. IgM seviyeleri normal düzeyde olan 6 hasta (%20), IgA seviyeleri normal düzeyde olan 2 hasta (%6,67) vardı. Yirmi hastanın (%66,67) CD19+ hücre sayısı yaşa göre düşükken, 14 hastanın (%46,67) CD4+ hücre sayısı düşüktü. Sağıklı kontrol grubunda yaş arttıkça B hücre sayılarının azaldığı görüldü, B hücre alt gruplarından transisyonel B hücre, naif B hücre ile yaş arasında negatif korelasyon bulundu. Kontrol grubunda KREC sayıları cinsiyetten etkilenmiyordu ve artan yaş ile birlikte azalmaktaydı (p<0,01). Kontrol ve hasta gruplarına ait toplam B hücre sayıları ile KREC sayıları arasında pozitif korelasyon saptanmıştır (p<0,01). Çalışmada ayrıca sağlıklı popülasyona ait yaşa göre B hücre alt grup sayıları ve KREC sayıları elde edilmiştir. Kontrol grubunda B hücreleri ve KREC düzeyinin yaşla olan negatif korelasyonun değerlendirilmesi, immün yaşlanmanın gösterilmesi açısından da önemli olabilir. Anahtar kelimeler: YDİY, B hücre, KREC, RT-qPCR, akım sitometri
Eklem hipermobilitesi olmayan çocuklarda femoral anteversiyon artışının statik ve dinamik taban basıncına olan etkilerinin incelenmesi
Giriş: Femoral anteversiyon artışı femur başının dizin transkondilar aksına göre öne doğru rotasyon açısında artış olarak tanımlanır. Pediatri kliniklerinde genellikle femoral anteversiyon artışı eklem hipermobilitesiyle birlikte gözlenmektedir. Eklem hipermobilitesi olmaksızın femoral anteversiyon artışının yürüme sırasında ayak taban basıncına etkilerini araştıran çalışma literatürde bulunmamaktadır. Çalışmamız hipermobil olmayan çocuklarda femoral anteversiyon artışının yürüme sırasında ayak taban basıncında ne tür değişiklikler yaptığını araştırmayı amaçlamaktadır. Metot ve Dizayn: Çalışma grubu 33 hipermobil olmayan femoral anteversiyon artışı olan (13 erkek, yaş ort.: 9.57±3.1yıl) ve kontrol grubu 28 hipermobil ve femoral anteversiyon artışı olmayan (16 erkek, yaş ort.: 9.39±3.3yıl) çocuklardan oluşmaktadır. Her hastanın çıplak ayak olarak ayakta durma ve yürüme sırasındaki ayak taban basınç analizleri değerlendirilmiştir (Tekscan Inc. Mass. USA). İki grup arasında taban basınç analizi verilerinden statik ve dinamik olarak student t-test ve Mann-Whitney U Test ile karşılaştırılmıştır (p<0,05) Bulgular: Çalışma grubunda dinamik ayak progresyon açısının, ayak koronal indeksinin, CoP'nin toplam, basma fazı ortası ve basma fazı sonundaki medio-lateral hareketliliğinin kontrol grubuna göre azalmış, T1, T2, T3, Ts, (Ts-T3) sürelerinin ve T1/Ts oranının artmış olduğu görülmüştür. Diğer parametrelerde anlamlı değişiklik gözlenmemiştir. Sonuç: Hipermobilite ile birlikte femoral anteversiyon artışı olan çocuklarda ayak valgusu bunu kompanse ediyor ve gizliyor olabilir. Literatürde femoral anteversiyon artışı ile pes plano-valgus arasında ilinti olduğunu söyleyen çalışmaların aksine hipermobil olmayan femoral anteversiyon artışı olan çocuklarda pes varus görülmüştür. Bu çalışmalarda pes plano-valgus ile ilintili çıkmasının nedeni hipermobilite veya tibial eksternal torsiyon gibi diğer biyomekanik nedenler olabilir.
Yenidoğan tarama ile saptanan biyotinidaz eksikliği vakalarının değerlendirilmesi
Giriş: Biyotinidaz enzimi biyotinin kullanılabilir serbest formuna dönüşmesinde vegeri kazanılmasında görev alır. Otozomal resesif geçişli biyotinidaz eksikliği hastalığı serum biyotinidaz enzim aktivitesine göre belirgin (<%10aktivite) ve kısmi biyotinidaz eksikliği (%10-30aktivite) olarak tanımlanır. Hastalık dermatolojik, nörolojik semptomlara, görme ve işitme bozukluklarına yol açabilir. Tanıda serum/plazmada biyotinidaz enzim aktivitesinin ölçümü ve moleküler analizyolgöstericidir.Amaç:Çalışmamızdayenidoğan tarama programıiletanı konulmuş biyotinidaz eksikliği olgularınındemografik, klinik ve karakteristik özellikleriningeriye dönükincelenmesi hedeflendi.Yöntem ve Gereç: Kliniğimizde takip edilen yenidoğan taraması ile saptanmış, 30.06.2020 tarihine kadar başvurmuş tümbiyotinidaz eksikliğihastalarınındosyalarınınincelenmesi,takiplerinde biyotinidaz enzim aktivitesinormal saptanan hastalarınçalışma dışı bırakılması,çalışmaya alınan hastaların demografik, aile, klinikizlem, laboratuvarvegörüntüleme verilerininkaydedilmesi planlandı.Verilerin analizinde SPSS v.21 programı kullanıldı.Bulgular:Dosyası incelenen 2178 hastanın 76'sı takiplerinde biyotinidaz enzim aktivitesi normal saptanarak çalışma dışı bırakıldı, çalışmaya alınan 2102 hastanın %46.3'ü kız %53.7'si erkekti. Yaş ortalaması 5.0± 4.7yıl, medyan tanı yaşı 22 gündü.Hastalığın en sık görüldüğü bölge Doğu Anadolu Bölgesi ve Ağrıili idi.Akraba evliliği oranı %37.3'tü. Biyotinidaz enzim aktiviteleri değerlendirilerek hesaplanan aktivite eşik değeri deri, saç, nörolojik bulgular ve konjunktivitbulguları için≈%14, görme bozukluğu içinise ≈%5'ti. Enzim aktivitesi %25'in üzerinde olan kısmi eksiklikler düşük olankısmi eksikliklere göre yüksek anlamlılık düzeyinde az semptomatikti. Tedaviyeuyum; deri vesaç bulgularını, hipotoni, hipertoniyitama yakın, nöbetler ve konjunktiviti tamamen, işitme bozukluğunu %70, nöromotor gelişim geriliğini %25 oranında geriletti. Görme bozukluğunda iyileşme görülmedi.Hastaların ortalama takip süresi 2.7 ± 3.4(medyan1, dağılımı 0-25)yıldı.Hastaların kantitatif biyotinidaz aktivitesi ortalaması 1.6 ±0.8 nm/dk/ml(N>2.6 nm/dk/ml), yüzde biyotinidaz enzim aktivitesi değerleri ortalaması %18.2 ±9.1'di.Sağlık Bakanlığı tarama sonuçlarına göre belirgin eksiklik eşik değeri birinci tarama sonucu için 26.17 MRU, ikinci taramaiçin34.35 MRUsaptandı. Benzer hesaplamaylaMSMS C5OH yüksekliği için %6.7 eşik değeri yüksek sensitivite ve spesifite gösterdi. Moleküler analiz sonuçlarına göre; en sık p.R157H, p.D444H ve p.T532M, aleller birlikte değerlendirildiğinde ise en sık p.R157H-p.R157H, p.T532M-p.T532M ve p.D444H-p.A171T mutasyonları görüldü.Sonuç:Biyotinidaz eksikliği kalıtsal bir metabolik hastalık olup, erken tanı ve tedaviye uyumla başarılı bir şekilde yönetilebilir.Hastalığın karakteristik özelliklerinin iyi anlaşılması tedaviye yön verecek, morbidite ve mortaliteyi azaltacaktır. Bu konudaki çalışmaların artması, hastaların genotip fenotip ilişkilerinin aydınlatılması, hastalık hakkındakibilgileri geliştirecektir.Anahtar kelimeler:Biyotinidaz eksikliği, yenidoğan taraması, metabolik hastalık
Kovid-19 pandemisinin fizyoterapi alan engelli çocuklara etkisi
SARS-CoV-2 bulaşması sebebiyle ortaya çıkan Kovid-19 hastalığı, Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından 11 Mart 2020 tarihinde pandemi ilan edilmesiyle birlikte, birçok sağlık hizmeti durdurulmuş veya kısıtlanmıştır. Tüm dünyada fizyoterapi hizmetleri Kovid-19 pandemisi sebebiyle aksamıştır. Türkiye'de de pandemi sebebiyle birçok aile fizyoterapiye ara vermiş veya evde sağlık, tele-rehabilitasyon gibi farklı fizyoterapi alternatiflerini değerlendirmek zorunda kalmışt. Bu çalışmada Kovid-19 pandemisinin fizyoterapi alan engelli çocuklara etkileri araştırılmıştır. Çalışmaya yaşları 2-18 (ortalama 6±4.20) arası değişen 42 kız ve 61 erkek olmak üzere toplam 103 çocuk dahil edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen olguların ve evde fizyoterapi sürecini devam ettiren ebeveynlerinin demografik bilgilerini elde etmek amacıyla çalışmacı tarafından oluşturulan "Kovid-19 Pandemisinin Fizyoterapi Alan Engelli Çocukların Üzerine Etkisi Anketi" kullanılmıştır. Ebeveynlerin depresyon ve kaygı seviyelerini değerlendirmek için Beck Depresyon Ölçeği ve Beck Anksiyete Ölçeği kullanılmıştır. Olguların %60,2'sinin Kovid-19 pandemisi başladıktan sonra fizyoterapiyi hiç bırakmadan terapi merkezinde devam ettikleri, %39,8'inin terapi merkezine gitmeye devam etmediği görülmüştür. Kovid-19 pandemisi başladıktan sonra bir merkezde fizyoterapi alan çocukların %46,8'inde kaba motor seviyesinde ilerleme görülürken, pandemi başladıktan sonra bir merkezde fizyoterapi almayan çocukların %24,4'ünde ilerleme olduğu görülmüştür. Sadece 13(%12,6) olgu evde fizyoterapi almış ve sadece 1(%1) olgu tele-rehabilitasyon hizmeti almıştır. Araştırmaya katılan annelerin Beck Anksiyete Ölçeği ortalaması 8,08 iken babaların 2,57 olarak görülmüştür. Annelerin Beck Depresyon Ölçeği ortalaması 10,54 iken, babaların ortalaması 4,36 olarak görülmüştür. En yüksek oran ile minimal düzeyde anksiyeteye sahip ebeveynlerin (%28,1) çocuklarında, kaba motor seviyelerinde ilerleme görülmüştür. Yine minimal düzeyde depresyona sahip ebeveynlerin (%16,5) çocuklarında, kaba motor seviyelerinde ilerleme görülmüştür. Tüm dünyada ve Türkiye'de Kovid-19 pandemisi sağlık hizmetlerinin aksamasına sebep olmuştur. Birçok ebeveyn çocuğunu pandemi sürecinde fizyoterapi merkezine götürmüş, götüremeyenler ise ev programları ile fizyoterapiye devam etmişlerdir. Geleneksel olarak klinik ortamda devam ettirilen fizyoterapinin, böyle zamanlarda aksamaması için fizyoterapinin farklı ulaşım alternatiflerinin değerlendirilmesi ve bunların yaygınlaştırılması için daha çok çalışmaya ihtiyaç vardır.
Riskli bebeklerin "Alberta infant motor skalası" ve "Erken gelişim evreleri envanteri" ile gelişiminin değerlendirilmesi
Preterm bebekler öğrenme ve hareket yeteneklerini etkileyebilecek bilişsel, duyusal ve motor gelişimdeki gerilikler açısından termlere göre daha fazla risk altındadırlar. Gelişimsel geriliklerin erken dönemde fark edilerek bebeklerin erken müdahale programına dahil edilmesi ile ileride ortaya çıkabilecek fiziksel sorunlar, beceri kaybı, akademik ve psikososyal problemlerin azaltıldığı görülmüştür. Çalışmamızda riskli preterm bebeklerin "AIMS" ve "EGE" testleri ile değerlendirilerek gelişim geriliklerinin düzeyini tespit etmek, AIMS ve EGE testleri arasındaki korelasyonu ve uyumu ortaya koymak amaçlandı. Çalışmaya düzeltilmiş yaşları 12-18 ay olan 30 preterm bebek dahil edilmiştir. Olguların ortalama gestasyon haftaları 33,72 ± 1,94, ortalama doğum ağırlıkları 1962,57 ± 573,56 gr'dır. Çalışmamızda AIMS toplam skoru ile EGE'nin tüm alt bölümleri arasında anlamlı bir ilişki olduğu görüldü (p<0,05). AIMS yüzüstü, oturma alanları ile EGE kaba motor alanı arasında "yüksek düzeyde" korelasyon; AIMS ayakta durma alanı, persantil değeri ile EGE kaba motor alanı arasında "çok yüksek düzeyde" korelasyon olduğu saptandı. EGE iletişim alanı ile AIMS persantil değeri arasında anlamlı bir ilişki görüldü (p<0,05). AIMS ayakta durma ile EGE iletişim alanı arasında "yüksek düzeyde" korelasyon bulundu. Preterm bebeklerin motor performanslarının, iletişimsel gelişimleri ile ilişkili olduğu sonucuna varıldı. Doğum ağırlığı ile AIMS ayakta durma alanı ve toplam skor ve EGE iletişim alanları arasında anlamlı bir ilişki bulundu (p<0,05). Ebeveynler tarafından bebeklerde gelişim geriliğinin erken dönemde fark edilmesi genellikle zordur. Riskli bebeklerin gelişimlerinin erken dönemde değerlendirilmesi ve gelişim geriliği gösteren ve gelişimsel açıdan "riskli" bulunan bebeklerin erken müdahale programı ile desteklenmesi, optimal tedavinin sağlanması ve ileriki yıllarda ortaya çıkabilecek sorunların en aza indirilmesi için önemlidir.
Yenidoğan dönemde terapötik hipotermi uygulanan bebek ve küçük çocukların nörogelişimsel değerlendirmesi
Hipoksik iskemik ensefalopati term yenidoğanlarda 1-3/1000 görülen, morbidite ve mortaliteye en sık sebep olan sağlık sorunlarından biridir. Terapötik hipotermi, hipoksik iskemik ensefalopatinin nöroprotektif tedavisi olarak kabul edilmektedir. HİE'li yenidoğanların nörogelişimsel takibi ve erken dönemde gelişimlerinin desteklenmesi, yaşamlarının ilerleyen yılları için büyük önem taşımaktadır. Yenidoğan dönemde terapötik hipotermi uygulanan HİE'li bebek ve küçük çocukların nörogelişimsel değerlendirmesi amaçlanan bu çalışmaya yaşları 6 ay ile 34 ay arasında (ortalama 17.5 ay) olan, yenidoğan dönemde terapötik hipotermi uygulanan HİE'li 22 olgu (11 kız, 11 erkek) dahil edildi. Olguların tamamı Bayley-III Bebek ve Küçük Çocuklar için Gelişim Ölçeği ile değerlendirildi ve Kaba Motor Fonksiyon Ölçeği (GMFM-88) uygulandı. Birincil bakım veren ebeveynleri tarafından Erken Gelişim Evreleri Anketi (EGE-2 / ASQ-2) dolduruldu. Çalışmada terapötik hipotermi uygulanan olguların %72.7'si (n=16) Sarnat Evre 2 ve %27.3'ü (n=6) Sarnat Evre 3 olarak sınıflandırıldı. Bayley-III sonucuna göre, olguların %68.2'si (n=15) normal motor gelişim gösterirken, %18.2'sinde (n=4) hafif-orta motor gerilik ve %13.6'sında (n=3) ağır motor gerilik saptandı. Bunun yanı sıra EGE-2 sonucuna göre, olguların %40.9'unun (n=9) iletişim alanında, %45.5'inin (n=10) problem çözme alanında ve %59.1'inin (n=13) ise kişisel-sosyal alanda gelişimlerinin izlenmesi gerekliliği saptandı. Terapötik hipotermi uygulanan HİE'li bebeklerin; doğum şekli, hipoksi şiddeti, YYBÜ'de konvülsiyon öyküsü ve antiepileptik kullanımı, kordon kan gazlarından HCO³ֿ değeri, YYBÜ'de kalış süresi ve MRG bulguları; hem motor gelişimi, hem de iletişim, problem çözme ve kişisel-sosyal gelişim prognozunu etkilediği anlaşıldı. Ayrıca, terapötik hipotermi tedavisi almış HİE'li çocukların gelişim değerlendirmelerinde, "Bayley-III" kaba motor alt alan ile "GMFM-88" tüm alanları, "Bayley-III" ince motor alt alan ile "EGE-2" ince motor bölümü ve "Bayley-III" kaba motor alt alan ile "EGE-2" kaba motor bölümünün birbiri yerine kullanılabileceği görüldü. Hipoksik iskemik ensefalopatili yenidoğanların motor gelişimleri sağlıklı yaşıtlarına paralellik gösterse de iletişim, problem çözme ve kişisel sosyal alandaki gelişimlerinin uzun süreli takibinin önemli olduğu düşünüldü. Anahtar kelimeler: hipoksik iskemik ensefalopati, terapötik hipotermi, nörogelişimsel değerlendirme
İlk iki yaşta hemiparezi tanısı alanlarda erken rehabilitasyonun el fonksiyonları üzerine etkisi
Hemiparetik Serebral Palsi, spastik grupta (%39) en sık görülen tiptir. Üst ekstremite, alt ekstremiteye göre daha çok etkilenir. Bu çalışma ile HSP'li bebeklerde üst ekstremiteye yönelik erken rehabilitasyon programının el fonksiyonları üzerine etkisini göstermek amaçlanmaktadır. Çalışmaya 9'u kız (%45) ve 11'i erkek (%55) toplam 20 olgu dahil edildi. 20 olgunun 10'u (%50) sağ hemiparezi, 10'u (%50) sol hemiparezi şeklindeydi. Olguların yaş ortalaması 10.33 ± 7.24 ay (median=7.71, aralık=2.25-30.16 ay) idi. 0-6 ay arasında olan hasta sayısı 5 (%25) , 6-12 ay arasında olan hasta sayısı 7 (%35), 1 yaşında olan hasta sayısı 7 (%35) , 2 yaşında olan hasta sayısı 1 (%5) idi. Olguların fonksiyonel durumuna yönelik, gelişimini destekleyici egzersizler verilip, aileye ev egzersiz programı öğretildi. Bakım veren kişiler %95'inde (n=19) anne, %5'inde (n=1) baba şeklindeydi. Tedavi sonrası tedavi öncesine göre Bayley III ile değerlendirildiğinde ince motor ham puan (<0.001), kaba motor ham puan (<0.001), ince motor ölçek puan (0.008), ince motor denklik yaşı (<0.001), kaba motor denklik yaşı (<0.001) , ince motor büyüme puanı (<0.001) ve kaba motor büyüme puanı (<0.001) istatistiksel olarak anlamlı derecede artış gösterdi. Tedavi sonrası tedavi öncesine göre destekli oturma (p=0.031) ve desteksiz oturma (p=0.001) istatistiksel olarak anlamlı derecede daha yüksek oranda saptandı. Tedavi öncesinde kortikal başparmak olmayanlarda, kortikal başparmak olanlara göre hemiparetik taraf kavrama istatistiksel olarak anlamlı derecede daha yüksek oranda bulundu (p=0.001). Kortikal baş parmak tedavi sonrasında hiçbir hastada yoktu. Hemiparetik taraf kavrama oranında, tedavi sonrasında istatistiksel olarak anlamlı derecede artış gözlendi (p=0.002). Biseps spastisitesinde azalma gözlendi. Sonuç olarak erken rehabilitasyon ile üst ekstremite fonksiyonlarında iyileşme gözlendi.
Çocuklarda içe yönelim ve dışa yönelim davranış problemlerinin bilme hissi kararı üzerindeki etkisi
Bu araştırmada çocuklarda görülen İçe Yönelim ve Dışa Yönelim davranış problemlerinin üst bilişsel izlemenin göstergesi olan Bilme Hissi Kararına etkisi incelenmiştir. Araştırmaya 8-10 yaş aralığında 130 sağlıklı çocuk dahil edilmiştir. Çocuk davranış problemlerini ölçmek amacıyla Çocuk Davranış Değerlendirme Ölçeği (CBCL/6-18), bilme hissini değerlendirmek amacıyla Üst Biliş Testi kullanılmıştır. Çocukların yönetici işlev faaliyetleri Wisconsin Kart Eşleme Testi (WCST), Stroop Testi TBAG Formu, Sayı Dizisi Testi ve Raven Renkli Progresif Matrisler Testi ile değerlendirilmiştir. Pearson Momentler Çarpımı Korelasyon Analizi sonuçları, içe yönelim davranış problemlerinin alt grupları olan anksiyete ve somatik şikayetler, dışa yönelim davranış problemlerinin alt grupları olan saldırgan davranışlar ve karşıt olma – karşı gelme bozukluğu ile bilme hissi kararının yönelimleri arasında bağlantılar olduğunu ortaya koymuştur. Bununla birlikte bilme hissi kararı doğruluğunun yaş ile birlikte arttığı görülmüştür. Bulgular, ilgili literatür kapsamında değerlendirilmiş ve tartışılmıştır. Anahtar Kelimeler: içe yönelim davranış problemleri, dışa yönelim davranış problemleri, üst biliş, üst bilişsel kararlar, bilme hissi kararı
Primer konuşma ve dil gecikmesi ile anne bebek bağlanması arasındaki ilişki
Giriş ve Amaç: Konuşma ve dil gelişim geriliği sosyal gelişim başta olmak üzere çocuğun tüm gelişim alanlarını olumsuz etkileyen bir durumdur. Gecikmiş konuşma değerlendirilirken altta yatan organik nedenlerinin araştırılmasının yanı sıra psikolojik nedenlerinin de ayrıntılı değerlendirilmesi gerekmektedir. Bebeklik döneminde sağlıklı bağlanmanın bebeğin tüm gelişim alanlarına etkisi olduğu gibi dil gelişimi üzerinde de önemli bir etkisi olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmanın amacı primer konuşma ve dil gecikmesi ile anne-bebek bağlanması arasındaki ilişkiyi incelemektir. Materyal ve Metod: Çalışmaya 24-42 ay arası çocuk polikliniğine konuşma geriliği şüphesi ile başvuran vaka grubunu oluşturan 80 çocuk ve herhangi bir tıbbi problemi olmayan kontrol grubunu oluşturan 80 sağlıklı çocuk katılmıştır. Çocukların sosyo demografik bilgilerini ve risk faktörlerini ölçmek amaçlı araştırmacı tarafından geliştirilen anket uygulanmış, dil geriliği olanlardan işitme testi istenmiştir. Çocukların dil gelişimlerini değerlendirmek için Bayley Bebeklik ve Erken Çocukluk Dönemi Gelişimsel Değerlendirme Ölçeği III (dil gelişimi kısmı), Türkçe Erken Dil Gelişimi Testi (TEDİL), genel gelişimlerini ve dil gelişimlerini değerlendirmek için Denver II Gelişimsel Tarama Testi ve otizm açısından değerlendirmek için Erken Çocukluk Dönemi Otizm Tarama Ölçeği (M-CHAT) her çocuğa uygulanmıştır. Anne bebek bağlanmasını ölçmek için annelere Doğum Sonrası Bağlanma Anketi (DSBA) ve Anne-Bebek Bağlanma Skalası (ABBÖ) uygulanmıştır. Bulgular: Vaka ve kontrol grupları yaş ve cinsiyet bakımından eşleştirilmiş olup her iki grup 24-42 ay aralığında %77,5 erkek, %22,5 kız katılımcıdan oluşmaktadır. Katılımcıların yaş ortalaması 31.7 (±5.94) aydır. Gelişimsel konuşma geriliği düşünülen 5 çocuk M-chat otizm tarama ölçeği sonucu şüpheli bulunmuş, çocuk psikiyatriye yönlendirilmiş ve otizm tanısı alıp, özel eğitime başlamıştır. Gelişimsel konuşma ve dil gecikmesi olan çocuklarda bağlanma bozukluğu puanı normal gelişen sağlıklı çocuklara göre istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek saptanmıştır (p=0,001, p<0.05). Literatürde geçen risk faktörlerinden ailede geç konuşma öyküsü, akran ile geçirilen süre, toplam dijital ekran izleme süresi ve kitap okuma sıklığı ile konuşma ve dil gecikmesi arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık bulunmuştur (p<0.05). Risk faktörlerinin dahil edildiği lojistik regresyon analizinde ailede geç konuşma öyküsü 9,60 kat, akran ile geçirilen sürenin az olması 8,39 kat, 1 saatten fazla dijital ekran izleme 2,77 kat, hiç kitap okunmaması 2,62 kat riskli bulunmuştur. Sonuç: Gelişimsel konuşma ve dil gecikmesi olan çocukların değerlendirilmesinde anneçocuk bağlanmasının incelenmesi; terapötik yaklaşımda ekran maruziyetinin azaltılması ve kitap okuma sıklığının arttırılmasının yanı sıra anne çocuk ilişkisinin geliştirilmesine yönelik uygulamaların önemli olduğu sonucuna ulaşıldı. Anahtar Kelimeler: dil gelişimi, bağlanma, gecikmiş konuşma, çocuk gelişimi, otizm
Hemiparezili çocuklarda üst ekstremite fonksiyonlarının pedı-CAT
Türkiye'de her 1000 canlı doğumun %4.4'ünde serebral palsi, bu çocukların da %38'inde hemiparezi görülmektedir. Bu çalışmada hemiparetik çocuklarda üst ekstremite fonksiyonlarının PEDI-CAT ve Abilhand-Kids testleri ile karşılaştırılması ve bu testler arasında korelasyon olup olmadığının ve birbirlerinin yerine kullanılıp kullanılamayacağının açığa çıkarılması amaçlanmıştır. 01.01.2019 - 30.06.2019 tarihleri arasında İstanbul Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Çocuk Nörolojisi Polikliniğine başvuran, yaşları 6 ile 12 yıl arasında (ortalama 8,4 yıl) olan toplam 30 hemiparetik çocuk çalışmaya dahil edilmiştir. Çocukların 21'i (%70) erkek 9'u (%30) kızdır. Tüm çocuklara PEDI-CAT ve Abilhand-Kids testleri uygulanmıştır. Sonuç olarak PEDI-CAT ve Abilhand-Kids testlerinin genel puanlarının korele olduğu fakat testlerin birbirleri yerine kullanılamayacağı saptanmıştır. Hemiparetik çocukların ayrıntılı üst ekstremite değerlendirmesi ve tedavi planlanması için PEDI-CAT, hızlı üst ekstremite değerlendirmesi için ücretsiz olan Abilhand-Kids testinin kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.
Otuz dört gestasyon haftasından önce doğan prematürelerde gelişen tedavi gerektiren prematüre retinopatisinde risk faktörlerinin incelenmesi
Bu çalışmada, tedavi gerektiren prematüre retinopatisi (ROP) risk faktörlerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamız tek merkezden ve retrospektif olarak planlandı. Koç Üniversitesi Hastanesi Yenidoğan Yoğun Bakım Ünitesi'nde 01.01.2019-31.12.2022 tarihleri arasında takip edilmiş yenidoğanlar çalışmaya dahil edildi. Çalışmaya dahil edilen yenidoğanların demografik ve klinik özellikleri incelendi. Çalışmaya 185 prematüre bebek dahil edildi. Hastaların 83'ünde (%44.86) ROP tespit edildi. Çalışma hastaları olan 185 hastadan 60'ında (%32.43) evre 1, 22'sinde (%11.89) evre 2 ve birinde (%0.54) evre 3 prematüre retinopatisi tespit edildi. Prematüre retinopatisi tespit edilen 83 hastanın 13'ünün (%15.66) ROP için tedavi edildiği belirlendi. Prematüre retinopatisi nedeniyle tedavi edilen 13 hastadan dördü evre 1, sekizi evre 2 ve birinde evre 3 prematüre retinopatisi olduğu tespit edildi. Prematüre retinopatisi grubunda solunum destek süresi, maksimum oksijen desteği düzeyi, yatış süresi, maternal hipertansiyon, canlandırma ihtiyacı, bebekte hipotansiyon, erken ve geç sepsis, apne, patent duktus arteriozus (PDA), respiratuar distres sendromu, bronkopulmoner displazi (BPD), intraventriküler kanama (İVK), transfüzyon ihtiyacı ve propranolol kullanımı yüksek bulundu. Tek değişkenli lojistik regresyon analizinde canlandırma ihtiyacı, postnatal steroid, eritrosit süspansiyonu transfüzyonu, İVK, BPD, PDA, sepsis (erken ya da geç), çoğul gebelik yokluğu, bebekte hipotansiyon, apne ve propranolol kullanımı hem ROP gelişimi hem de tedavi gerektiren ROP için risk faktörleri olarak anlamlı bulundu. Çoklu değişkenli lojistik regresyon modelinde ROP gelişimi için en önemli bağımsız risk faktörleri maternal hipertansiyon varlığı ve gebelik haftasının olduğu bulundu.
Sistemik isotretinoin tedavisi alan akne vulgarisli hastalarda tedavi öncesi ve sonrası periferik lenfosit subsetlerinin değerlendirilmesi
Sistemik isotretinoin şiddetli nodülokistik aknede başarı ile kullanılan bir retinoik asit türevidir. Retinoik asit türevlerinin periferik dolanımdaki lenfositler üzerine etkileri konusunda yeterli bilgi bulunmamaktadır. Bu çalışmada sistemik isotretinoin kullanması önerilen 32 akne vulgaris hastası tedavi başlangıcında ve tedavinin 4-6. ayı içerisinde iki kez alınan periferik kan örneklerinin flow sitometrik incelemesi yapılarak değerlendirildi. CD16/56+ hücrelerin şiddetli akneli hastalarda orta şiddetli hastalara göre daha yüksek olduğu, global akne değerlendirme skorları (GADS) ile pozitif korelasyon gösterdiği ve cinsiyetle birlikte değerlendirildiğinde akne şiddeti ile ilişkili bir parametre olduğu saptandı (p=0,048; p=0,022, r=0,440; R= 0,795). Hastalarda tedavi öncesi ortalama CD45RA pozitif hücre yüzdesi ve mutlak hücre sayısı 66,9 ± 6,5 ve 1415,2 ± 499,5 hücre/μl iken, tedavi sonrası düzeylerin azalarak 63,9 ± 7,5 ve 1437,3 ± 519,9 hücre/μl olduğu saptandı (p=0,013 p=0,168). Ortalama CD19 pozitif hücre yüzdesi ve mutlak hücre sayısı tedavi öncesi 8,0 ± 3,1 ve 161,3 ± 73,6 hücre/μl iken tedavi sonrası bu değerlerin sırası ile 10 ± 2,7 ve 227,7 ± 108,7 hücre/μl olduğu saptandı (p=0,007, p=0,011). Çalışmamız sonucunda CD16/56+ hücre değerlerinin akne şiddeti ile ilişkili bir parametre olabileceği saptanmıştır. CD45RA+ hücrelerin seviyelerinin tedavi ile azaldığı gösterilmiştir dolayısı ile CD45RA+ hücrelerin akne patogenezinde ve şiddetinde rolü olduğu düşünülebilir. Son olarak, sistemik isotretinoinin matur B hücrelerinin proliferasyonunu stimule ettiği öne sürülebilir.
Unilateral pterjium olgularında gözyaşı sitokin seviyesinin incelenmesi
Bu çalışmada pterjium olgularında gözyaşında proinflamatuar ve antiinflamatuar sitokin seviyeleri ve büyüme faktörleri düzeylerinin saptanması ve bu şekilde immünolojik mekanizmanın aydınlatılmasına katkı sağlanması amaçlanmıştır. Bir gözünde primer pterjium bulunan 30 olgu çalışma grubunu oluşturdu. Kontrol grubunda oküler yüzey bozukluğu bulunmayan yaş ve cinsiyet eşleştirilmiş 28 sağlıklı gönüllü yer aldı. Hasta grubunun hem pterjiumlu gözünden hem de sağlıklı diğer gözünden, kontrol grubunun ise randomize seçilen bir gözünden gözyaşı örneği alındı. Bu gözyaşı örneklerinde Luminex® teknolojisi ile 30 farklı sitokin konsantrasyonu (GM-CSF, TNF-α, IL-2, IL-1β, IL-4, VEGF, HGF, EGF, IL-8, IL-17, MIP-1α, IL-10, IL-6, IL-5, IL-7, IL-15, IFN-α, IL-2R, IP-10, MIP-1β, Eotaxin, RANTES, MIG, IL-1RA, IL-12 (p40⁄p70), IL-13, FGF-b, IFN-γ, G-CSF, MCP-1) ölçüldü. Pterjiumlu gözlerde saptanan ortanca IL-1β (107,00 pg/ml) , IL-17 (554,02 pg/ml) ve VEGF (75,11 pg/ml) değerleri, olguların sağlıklı diğer gözlerine (72,44 pg/ml, 427,25 pg/ml, 62,26 pg/ml) ve kontrol grubuna (59,27 pg/ml, 403,80 pg/ml, 37,74 pg/ml) göre istatistiksel anlamlı derecede yüksekti (p<0,05). Olguların sağlıklı diğer gözlerinin ve kontrol grubunun karşılaştırmasında herhangi bir istatistiksel farklılık saptanmadı. Pterjium grubunda IL-1β, IL-17 ve VEGF konsatrasyonlarının bir arada yüksek bulunması ve her üç mediatörün de birbiriyle istatistiksel anlamlı korelasyon göstermesi pterjium patogenezinde birçok inflamatuar ve anjiyogenik basamağın bir arada yer aldığını düşündürmüştür. IL-17'nin VEGF yolağını da uyarıyor olması nedeniyle IL-17'ye karşı geliştirilecek sistemik ya da topikal ajanlar pterjium tedavisindeki gelecek yaklaşımlar arasında yer alabilir.
Streptococcus pneumonia, staphylococcus aureus ve pseudomonas aeruginosa ile invaziv bakteriyel enfeksiyon geçiren çocuklarda IRAK4 ve MYD88 genlerinde mutasyon varlığının aaraştırılması
İnvaziv bakteriyel enfeksiyonlar steril vücut sıvılarının bakteri ile enfekte olmasıdır. Menenjit, bakteriyemi, sepsis, septik artrit, osteomyelit, plevral ampiyem, derin doku ve organ abseleri invaziv bakteriyel enfeksiyonlar arasında yer almaktadır. IRAK4 ve MyD88 eksikliği olan hastalarda, Streptococcus pneumoniae ve Staphylococcus aureus ile invazif bakteriyel enfeksiyonlara karşı seçici yatkınlık oluşmaktadır. Bu çalışmada Streptococcus pneumonia, Staphylococcus aureus ile invaziv bakteriyel enfeksiyon geçiren hastalarda primer immün yetmezlik tarama testlerine ek olarak IRAK-4 ve MyD88 genlerinde mutasyon varlığınının araştırılması amaçlanmıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Enfeksiyon Servisinde izlenen 15 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların yedisi (% 46,7) kızdı. Hastaların ortanca yaş değeri 48 ay (min-maks:2,5-130 ay) idi. Hastaların altısı (% 40) komplike parapnömonik efüzyon, dördü (% 26,7) septik artrit, biri (% 6,7) akut bakteriyel menenjit, dördü (% 26,7) kan akımı enfeksiyonu idi. İzole edilen etkenlerin 10' u (%66,7) S. pneumonia, beşi (%33,3) S. aureus idi. Çalışmaya dahil edilen hastaların yedisinde IRAK-4 geninde heterozigot varyant tespit edildi (c.1282 G>A heterozigot, rs4251545 exon 11 Ala428Thr; biri c.1172 G>A heterozigot rs55944915 exon 10 Arg391His), MyD 88 geninde mutasyon saptanmadı. IRAK-4 ve MyD88 eksiklikleri OR geçişli olmasına rağmen; heterozigot bireylerin de hastalık bulguları ortaya çıkarabileceğini ortaya koymak için daha ileri fonksiyonel ve genetik çalışmalara ihtiyaç vardır. İnvaziv pnömokokal ve stafilokokkal hastalığı olan çocuklar, altta yatan bir PİY için değerlendirilmelidir ve bu çocukların ayırıcı tanısında IRAK-4 ve MyD88 eksiklikleri göz önünde bulundurulmalıdır.
Sınıflandırılamayan siliyopatilerden etkilenmiş hastalarda tüm ekzom dizileme yöntemiyle moleküler etiyolojinin belirlenmesi
Siliyopatiler, silya ve sentrozom ile ilişkili proteinleri kodlayan genlerdeki mutasyonlara bağlı olarak ortaya çıkan geniş bir hastalık grubudur. Bu çalışmanın amacı, siliyopati şüphesi ile izlenen hastalarda yeni nesil dizileme teknolojisi kullanarak moleküler etiyolojiyi aydınlatmak, genotipik-fenotipik spektrumu genişletmektir. Çalışma, Hacettepe Üniversitesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Çocuk Genetik Hastalıkları Bilim Dalı'nda gerçekleştirilmiştir. Çalışmaya çoklu anomali, global gelişme geriliği, dismorfik bulgular veya tekrarlayan akciğer enfeksiyonu nedeniyle siliyopati grubu hastalık ön tanısı ile izlenen sekiz hasta dahil edilmiş; demografik özellikler, klinik öykü, laboratuvar ve radyolojik bulgular kaydedilmiştir. Hastalara ait periferik kan örneğinden DNA izole edilerek bu örneklerde tüm ekzom dizileme gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızda sekiz hastanın beşinde (%62,5) altta yatan moleküler etiyoloji aydınlatılmıştır. Tanı konulan hastalarda nedensel varyant saptanan genler BBS10, TTC26, CC2D2A ve CEP290 olarak belirlenmiştir. Bu genlerde saptanan toplam altı varyanttan, üçünün daha önce bildirilmediği tespit edilmiştir. Hastalarda saptanan bulgulardan tuba uterina atrezisi BBS10 geniyle ilişkili ve obezite ve hemofagositik sendrom CC2D2A geniyle ilişkili olabilecek daha önce tanımlanmamış klinik bulgular olarak belirlenmiştir. Moleküler tanı konulamayan hastalardan ikisinde herhangi bir aday varyant saptanamazken, bir hastada KRT71 geninde hastadaki saç bulgularını açıklayabilecek bir aday varyant tespit edilmiştir. Bulgularımız siliyopati grubu hastalıklar ile ilgili fenotipik ve genotipik spektrumun genişletilmesine katkıda bulunmuştur.
Primer immün yetmezliklerde sinyal molekülleri için referans değerlerin belirlenmesi
Yılmaz, K., Primer İmmün Yetmezliklerde Sinyal Molekülleri İçin Referans Değerlerin Belirlenmesi, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü İmmünoloji Programı Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2025. Bu tez çalışmasında STAT1, STAT3 ve PI3K sinyal yolakları ilişkili Doğuştan İmmün Yetmezlik Kusurlarının fosfo-akım sitometrik tanı açısından sağlıklı kontrol bireylerde yaşa göre referans değerlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma için belirlenen bireylerin T ve B lenfositler ile periferik kan mononükleer hücrelerinde (PKMH) uyarımsız ve uyarımlı koşullar altında sinyal ilişkili moleküllerin ifade düzeyleri ile uyarım cevapları değerlendirilmiştir. STAT1 fosforilasyonu için B lenfositlerde bazal seviyede "0-2 Yaş", "11-17 Yaş" grupları (sırasıyla p=0,005, p=0,004) ve T lenfositlerde IFN-γ uyarım varlığında ise "3-6 Yaş" ve "11-17 Yaş" grupları, "18 Yaş ve Üzeri" grubu ile anlamlı farklılıklar gösterdi (sırasıyla p=0,004, p=0,000). Bazal STAT3 ifadesi "18 Yaş ve Üzeri" erişkin grubuna kıyasla "0-2 Yaş", "3-6 Yaş" ve "11-17 Yaş" grubunun B lenfositlerinde anlamlı yüksek (sırasıyla p=0,005, p=0,000, p=0,000) ve "3-6 Yaş" grubunun PKMH'lerinde yüksek bulundu (p=0,000). IL-6 ile uyarım varlığında "3-6 Yaş" ve "11-17 Yaş" grubunun PKMH (sırasıyla p=0,000, p=0,003) ve B lenfositlerinde (sırasıyla p=0,003, p=0,001) STAT3 proteinin ifadesinin "18 Yaş ve Üzeri" grubundan anlamlı olarak yüksek olduğu görüldü. IL-6 ile uyarılan T lenfositlerde STAT3 ifadesinde (p=0,017) ve B lenfositlerde STAT3 ifadesine bağlı uyarım cevaplarının hastalar ve sağlıklı kontroller arasında fark gösterdiği bulundu (p=0,014). PI3K sinyal yolağı analizleri kapsamında PKMH'lerde bazal pAKT ifadesinin "3-6 Yaş" grubunda "0-2 Yaş" grubuna kıyasla yüksek olduğu görüldü (p=,004). CD40 ile uyarlan PKMH'lerin p-mTOR ifadesinin "0-10 yaş" grubunun "11-17 yaş" grubuna kıyasla anlamlı derecede yüksek olduğu görüldü (p=0,019.) . PKMH'lerdeki bazal p-mTOR ifadesi sağlıklı ve hasta bireyler arasında fark gösterdi (p=0,017). Sağlıklı ve hasta bireylerin, B lenfositlerindeki bazal pAKT seviyesi (p=0,024), PMA-Ion ve IL-4 ile uyarılan PKMH hücrelerindeki p-mTOR ifadesi (p=0,028) ile B lenfositlerdeki p-AKT ifadesi (p=0,027) anlamlı düzeyde farklılık gösterdi. Anahtar Kelimeler: Doğuştan İmmün Yetmezlik Kusurları, Fosfo-akım Sitometri, Hücre İçi Sinyal Yolakları, İmmün Fonksiyonel Analiz BAP Hızlı Destek Projesi / Proje ID:21708
Ailevi akdeniz ateşi hastalarında otoenflamasyonun incelenmesi
Ailevi Akdeniz ateşi (AAA) en sık görülen ve genetik geçiş gösteren otoenflamatuvar hastalıktır. Ailevi Akdeniz ateşi (AAA) en sık görülen otoenflamatuvar hastalıktır. Mevcut çalışmalar, GSDMD'nin otoenflamasyondaki rolüne ve hastalık atağındaki moleküler değişikliklere dair kısıtlı bilgiler içermektedir. Bu çalışmada, AAA ataklarında meydana gelen enflamasyonda rol oynayan GSDMD, IL-1B ve IL-18 seviyelerinin atak arası dönem, sağlıklı kontrol ve kronik hastalığı olmayan ateşli çocuklarla kıyaslanarak ataktaki enflamatuvar moleküllerin değişikliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya AAA tanılı hastalar atak ve atak arası dönemde, sağlıklı çocuklar ve kronik hastalığı olmayıp akut enfeksiyon ile başvuran hastalar dahil edildi. Gasdermin-D gen ekspresyonu RNA izolasyonu sonrası RT-PCR ile ölçüldü. İnterlökin-1B ve IL-18 düzeyleri ELISA ile değerlendirildi. Toplamda 16 AAA hastası atak ve atak arası dönemde, on sağlıklı çocuk ve sekiz akut enfeksiyon nedenli ateşi olan çocuk çalışmaya dahil edildi. Biri hariç tüm AAA hastaları MEFV geninde ekzon 10 mutasyonu taşıyıcısıydı. Atak döneminde GSDMD gen ifadesinin diğer gruplara göre belirgin arttığı, IL-1B ve IL-18 düzeyinin ise atak ve atak arası dönemde yüksek ve benzer düzeylerde olduğu bulundu. Hastalık atağında GSDMD gen ekspresyonu akut faz proteinleri ile anlamlı korelasyon gösterdi. Kolşisin tedavisi ile IL-1B ve IL-18 düzeylerinde belirgin düşüş saptandı. Genotipe göre bu moleküllerde anlamlı bir farklılık gözlenmedi. Ateşli kontrol grubunda, viral enfeksiyonlarda bakteriyel enfeksiyonlara göre daha yüksek olmak üzere, GSDMD düzeylerinde artış gözlendi. Ailevi Akdeniz ateşinde atakların oluşumunda GSDMD kritik özelliktedir. İnterlökin-1B ve IL-18 atak ve atak arası dönemde yüksektir ve kronik enflamasyonun göstergesi olabilir. Genotip ile bu moleküller arasında belirgin bir ilişki bulunmaz.
Kalıtsal metabolik hastalıklarda otofaji, oksidatif stres ve inflamasyon ilişkisi
Kalıtsal metabolik hastalıklarda, hastaların klinik izlemi sırasında epilepsi, katarakt, hepatik yetmezlik, kronik böbrek hastalığı gibi komplikasyonlar gelişebilir. Bu çalışmanın amacı bu komplikasyonların gelişmesinde otofajik disfonksiyon, inflamasyon ve oksidatif stresin rolünü araştırmaktır. Klasik galaktozemi, akça ağaç şurubu hastalığı (MSUD), herediter tirozinemi tip 1, lizinürik protein intoleransı (LPI) tanılı 48 hasta ve 10 sağlıklı çocuk çalışmaya dahil edildi. Hasta ve sağlıklı kontrol gruplarında otofaji (Beclin 1, LC3B-II, p62) ve inflamazom (NLRP3, ASC, Kaspaz 1, NF-Ƙβ) yolağında yer alan gen ve protein ekspresyonlarının analizi, oksidatif stres biyobelirteçlerinin (total tiyol, nativ tiyol, disülfit, tiyol/disülfit denge, total antioksidan kapasite ve total oksidatif stres) ve sitokin düzeylerinin ölçümü, lenfosit alt grupları ve lenfosit aktivasyon belirteçleriyle immun fenotiplendirme, hedefsiz metabolomik analizle metabolomik profilleme çalışmaları gerçekleştirildi. En yüksek total tiyol, nativ tiyol, TAS ve TOS değerleri MSUD grubunda gözlendi. En yüksek disülfit ve en düşük TAS değerleri LPİ grubunda saptandı. Hasta ve kontrol grupları arasında sitokin düzeyleri belirgin farklılık göstermedi. Bütün gruplarda NLRP3/p62 gen ekspresyonları yükselmişti. En yüksek kat değişimleri galaktozemi ve LPI gruplarında gözlendi. Otofaji disfonksiyonu tüm gruplarda mevcuttu. p62, molekülü, antioksidan, otofaji ve inflamasyon yolaklarını birbirine bağlayan önemli bir oyuncu olarak görünmektedir. Çalışmamızda NLRP3 gen ekspresyonları, katarakt geliştiren galaktozemi, akciğer tutulumu olan LPI grubunda ve hepatik fibrozis geliştiren tirozinemi hastalarında daha yüksek bulundu. İmmün fonksiyonlar açısından yapılan incelemede T ve B lenfositlerle, DNT, NKT, CD3HLADR, klasik ve klasik olmayan monosit düzeyleri açısından hasta gruplarında göre istatistiksel olarak belirgin farklılık gözlendi. Yolak analizlerinin PLS-DA istatistik yöntemi ile değerlendirilmesinde hasta gruplarında sağlıklı kontrol gruplara göre belirgin farklılaşmış metabolitler tespit edildi. Özellikle steroid biyosentezi, lipid, pürin-pirimidin metabolizması, enerji metabolizması gibi genel metabolik yolaklarda yer alan metabolitlerin hasta grubunda normal gruba göre değişkenlik gösterdiği saptandı. LPI hastalarının metabolomik profillemesi kronik inflamatuvar hastalıklarda etkilenen yolaklara benzerlik göstermekteydi. Çalışmamız intoksikasyon tip kalıtsal metabolik hastalıklarda, aynı anda inflamazom ve otofaji gen ve protein ekspresyonlarını, oksidatif stres, otofaji ve inflamasyon ilişkisini, immun fonksiyonları ve metabolomik profillemeyi araştıran ilk çalışmadır. Çalışmanın sonuçları metabolik hastalıkların patogenezinde otofajik disfonksiyon oksidatif stres, inflamasyon ve immun disregülasyonun önemli rol oynayabileceğini gösterdi. Anahtar Kelimeler: İnflamazom, otofaji, oksidatif stres, hedefsiz metabolomik analiz, kalıtsal metabolik hastalıklar
İmmün disregülasyon bulguları olan hastalarda ilişkili yolakların RT-PCR ile değerlendirilmesi
İmmün yolakların kontrolsüz aktivasyonu, yani immün disregülasyon, otoimmünite, lenfoproliferasyon ve maligniteye yol açabilir. Apoptozis, nükleer faktör-κB (NFκB) ve fosfoinositid 3-kinaz (PI3K) yolakları, immün disregülasyonda rol oynayan başlıca yolaklardır. Bu çalışmanın amacı, immün disregülasyon bulguları olan hastaları, seçilmiş inflamatuar genlerin ekspresyon analizleriyle değerlendirmektir. Bu nedenle, literatürde immün disregülasyon ile ilişkili olduğu daha önce bildirilen yolaklardan bazı moleküller seçilerek, gen ifadeleri kontrollerle karşılaştırılmıştır. İmmün disregülasyon bulguları olan hastalar, otoimmün lenfoproliferatif sendrom, immün sitopeni ve EBV ile ilişkili lenfoproliferasyon hastaları olarak gruplandırılarak değerlendirilmiştir. İnflamatuar yolaklardaki seçili genler (CASP8, CASP10, FAS, FASL, AKT, MAP3K7, MAP3K14, mTOR, NFKB1, NFKB2, NFKBIA, TRAF3) için gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) analizi yapılmıştır. Gen ekspresyonundaki kat değişiklikleri logaritmik Delta-Delta Ct (2ˆ(–delta delta CT)) yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. Tüm hedef genlerin ekspresyonlarının rölatif kantifikasyon değerleri açısından hasta ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur. Hedef gen ekspresyonları açısından farklı hasta grupları arasında anlamlı bir fark gözlenmemiştir. ROC eğrisi analizine göre hasta ve kontrolleri ayırt etme açısından en yüksek tanı oranına sahip hedef genler NFKB2, MAP3K7, AKT, mTOR, NFKB1 ve FAS'tır. Bu çalışma ile özellikle immün sitopeni ve lenfoproliferasyonu olan immün disregülasyon hastaları için, NFKB1, NFKB2, MAP3K7, AKT, mTOR ve FAS kullanılarak bir immün disregülasyon skoru/imzası oluşturulabileceği ve bu skorun hasta tanı ve takibinde kullanılabileceği düşünülebilir.
Nadir metabolik hastalıklarda tüm ekzom dizileme verilerinin biyoinformatik analizleri ile fenotipten sorumlu varyantların değerlendirilmesi
Kalıtsal metabolik hastalık kavramı ilk kez 1903 yılında Garrod tarafından ara metabolitlerin metabolik yıkımlarında rol alan enzimlerin fonksiyon bozukluğu sonucu ortaya çıkan genetik geçişli hastalıklar olarak tanımlanmıştır. Daha sonraki yıllarda hücre içerisinde çok değişik süreçlerde yer alan reseptör gibi enzim dışı proteinlerin fonksiyon bozukluğu sonucunda da metabolik hastalıkların oluşabileceği gösterilmiştir. Şimdiye kadar 700'den fazla kalıtsal metabolik hastalık tanımlanmış olup her geçen yıl yeni metabolik hastalıklar tanımlanmaktadır. İnsan genomunda ortalama 22.000 gen olduğu düşünüldüğünde, ilerleyen yıllarda kalıtsal metabolik hastalıkların sayısı yanında tanımında da değişiklikler olacaktır. Nitekim son yıllarda hücre içinde DNA ürünü proteinin fenotipe etkisi ile ilgili hücresel süreçlerin omiks teknolojileri ile değerlendirilmesi sonucunda metabolik hastalıklara klinik ve moleküler temelli bakış açısı tamamen değişmiştir. Metabolik hastalıklarda hücre içindeki kompartmanlar arası bilgi akışının nicel ve nitel olarak değerlendirilmesi, kurallarının belirlenmesi başta kalıtsal metabolik hastalıklar olmak üzere enfeksiyon hastalıklar gibi edinsel hastalıkların da tanı, tedavi ve izleminde yer alan geleneksel yaklaşımları kökten değiştirecektir. Metabolik hastalıklar patofizyolojik olarak intoksikasyon tipi (aminoasit metabolizması bozuklukları, galaktozemi vb.), enerji metabolizması bozuklukları (mitokondriyal hastalıklar) ve makromolekül hastalıkları (organel fonksiyon bozuklukları) olarak 3 grupta incelenir. İntoksikasyon tipi metabolik hastalıklarda enzim eksikliğine bağlı olarak enzim reaksiyonunun proksimalinde yer alan substratın birikimi ile gelişen toksik etki söz konusu iken, enerji metabolizması bozuklukları ATP molekülünün sentezinde rol alan enzim eksiklikleri sonucu gelişir (PDH eksikliği, Krebs döngüsü enzim eksiklikleri ve solunum zincir fonksiyon bozukluğu vs). Kompleks molekül hastalıkları genel olarak mitokondri dışındaki lizozom, perosizom, endoplazmik retikulum-Golgi cisimciği düzeneğinde rol alan enzim eksiklikleri sonucu gelişir. Lizozomal depo hastalıkları, peroksizomal hastalıklar ve kalıtsal gilkolizasyon bozuklukları bu grup hastalıkların klasik örneklerini oluşturur. Bununla birlikte bizim de içerisinde bulunduğumuz araştırma gruplarının yaptığı çalışmalar sonucunda veziküler trafik bozuklukları, otofaji fonksiyon bozuklukları gibi yeni hastalık grupları tanımlanmaya başlamıştır. Klinik fenotip olarak kalıtsal metabolik hastalıklar, hastalık tipine göre tekli ya da çoklu organ/sistem tutulumu ile kendini gösterir. Santral sinir sistemi metabolik hastalıklarda en sık tutulum gösteren sistemlerin başında gelir (>%55). Bu nedenle kalıtsal metabolik hastalıklarda erken tanı ve tedavinin gerçekleştirilmesi, bu hastalıklarda mortalite ve morbiditenin önlenmesi açısından çok önemlidir. Son yıllarda özellikle geleneksel yöntemlerle tanı konulamayan nadir ya da çok nadir metabolik hastalıkların tanısında ileri düzey genetik analiz yöntemlerinin kullanımı temel yaklaşım olmuştur. Özellikle tüm kodlayıcı gen bölgelerinin analizine olanak veren tüm ekzom dizi analizi yöntemi yeni hastalık genlerinin tanımlanması veya genetik heterojenite gösteren metabolik/nörometabolik hastalıkların moleküler tanısında en önemli araç haline gelmiştir. Ekzom analizleri yeni aday genlerin keşiflerine de ivme kazandırmıştır. Ekzom analizleri ile saptanan genlerin herhangi bir klinik fenotip ile ilişkilendirilmemesi durumunda yeni aday genler karşımıza çıkmaktadır. Bu süreç ister tüm genom ister tüm ekzom analizi ile olsun araştırmacıların ve giderek tıp pratiğinde klinisyenlerin önüne yorumlanması gereken devasa bir bilgi yığını koymuştur. Bu bilgi yığını içerisinden hastalıktan sorumlu olan tek bir aday genin bulunması süreci, tıp pratiğinin şimdiden en temel çalışma alanı olan biyoinformatik bilim dalını yaratmıştır. Devasa bilgi yığınına fenotip eşliğinde en uygun soruları sormak ve yanıtların en uygun şekilde değerlendirilmesi biyoinfomatiğin temel sürecini oluşturur. Bu nedenle biyoinformatik analize klinik ile ilgili derin fenotip bilgilerinin eşlik etmesi şarttır. Bunun yanında patojenitenin tahminlenmesi, kopya sayısı analizi, protein modelleme, bağlantı analizleri vb. gibi in siliko analiz metodları hastalıktan sorumlu tek bir aday genin belirlenmesi sürecinde biyoinformatik analizi yapan araştırmacıya kılavuzluk eder. Biyoinformatik analizler ham verinin işlenmesi sürecinde, aday genlerin belirlenmesi, genetik varyasyonların tespiti ve filtrelenmesi ile patojenik mutasyonların saptanmasındaki en kritik basamaktır. Verinin ileri düzey biyoinformatik analizi ile farklı mutasyon tipleri (yanlış anlamlı, anlamsız, kırpılma, küçük insersiyon/delesyon tipi mutasyonlar) saptanabilirken büyük boyutlardaki kopya sayısı değişiklikleri de belirlenebilmektedir. Bu doktora tez çalışmasında Tüm Ekzom Dizileme verilerinin biyoinformatik analizi için birden fazla yazılım kullanılmıştır. FASTQ verilerinin hizalanmasında (alignment) BWA (Burrows-Wheeler Aligner), Tekrar dizilerinin elenmesi için SAMtools, ekzonik bölgelerin okuma derinliklerinin hesaplanması için BEDtools ve varyant çağırma basamakları için GATK yazılımları kullanılmıştır. Yeniden analiz edilen ham veriler ve kopya sayısı değişikliği (CNV) tespiti için CLC Genomics Server 24.0.1 yazılımından yararlanılmıştır. Yanlış anlamlı mutasyonların PDB dosyaları kullanılarak modellenmesinden önce PDB yapılarının onarılması için FoldX yazılımı kullanılmıştır. Yapılan in-silico protein modellemelerinde ΔΔG değerlerinin hesaplanması için dört farklı yazılım kullanılmıştır (DynaMut2 PremPS INPS-3D ve FoldX). Bulunan varyantlara ait genlerin ve saptanan literatürde bildirilmemiş yeni genlerin birbirleri ile olan etkileşimlerini yansıtan bağlantı analizleri (Network analysis) STRING 12.0 yazılımı ile gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmada biyoinformatik yöntemlerle 162 aileden 213 bireye ait Tüm Ekzom Dizileme verisinin ham veri analizleri gerçekleştirilmiş ve elde edilen sonuçlar yorumlanmıştır. 155 olguya kesin tanı konulmuştur ve toplamda ulaşılan varyant sayısı 170 olarak hesaplanmıştır. Kesin tanıya ulaşılan vakaların 103'ünde yanlış anlamlı mutasyon (%61), 18'inde çerçeve kayması mutasyonu (%10), 17'sinde anlamsız mutasyon (%10), 17'sinde kırpılma mutasyonu (%10), 6'sında kopya sayısı değişikliği (%4), 5'inde başlangıç kodonu mutasyonu (%3), 4'ünde ise in-frame delesyon veya insersiyon (%2) tespit edilmiştir. Belirlenen 103 yanlış anlamlı mutasyon dört farklı yöntem ile protein yapısı üzerinde modellenmiş ve in-silico tahminlemeler gerçekleştirilerek mutasyonun protein yapısı üzerinde oluşturduğu yapısal değişiklikler şematize edilmiştir. Saptanan varyantlar, gen düzeyinde bağlantı analizine tabi tutularak nadir kalıtsal metabolik hastalık grubundaki moleküler yolaklar arasındaki ilişkiler tespit edilmiş, belirlenen yeni genlerin bu yolaklar içerisinde ne şekilde konumlandığı araştırılmıştır. Bu tez çalışmasında toplamda 162 aileden 213 bireyde gerçekleştirilen WES analizi sonucunda hastaların 155'ine moleküler tanı konulmuş, 58 vaka ise sonuçsuz kalmıştır. Buna göre yapılan biyoinformatik analizlerde başarılı moleküler tanı oranı %73 olarak hesaplanmıştır. Tüm Ekzom Dizileme verisinin elde edilmesinde kullanılan laboratuvar yöntemleri ve dizileme tekniklerinin son derece gelişmiş olmasına karşın doğru ve kapsamlı biyoinformatik analizlerin yapılması, klinik yorumlamada son derece önemlidir.