1.250
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Arşivlenen Tez
Orman kökenli Trichoderma izolatlarından biyoaktif metabolitlerin ve inhibitör etkilerinin araştırılması
Günümüzde yapılan biyoçeşitlilik çalışmalarına bakıldığında izole edilen Trichoderma genusu üyelerinin sayıca arttığı görülmektedir. Bu çalışmada toprak ve çam ağacı orman örtüsüne sahip bölgelerden seçilen örneklerden spesifik olarak Trichoderma genusu üyelerinin izolasyonu gerçekleştrilmiştir. Biyokontrol ajanı olarak Trichoderma türleri kullanımının, artan potansiyelleri göz önünde bulundurularak izole edilen Trichoderma türlerinin inhibitör etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. İlk olarak seçilen bölge içerisinde zig-zag bir çizgi üzerinde 15-20 adımda bir ve 8-10 noktadan alınan örnekleme metodu kullanılarak toprak örneklerinin alınması gerçekleştrilmiştir. Alınan toprak örneklerinden Trichoderma türlerine ait izolatları, seyreltme dilüsyon yöntemi ile uygun dilüsyon oranları kullanılarak izolasyon ortamında gerçekleştirilmiştir. Kültür gelişimi için inkübasyon koşullarına bırakılmış ve koloniler gelişim süreci boyunca günlük olarak izlenmiştir. Trichoderma görünümüne sahip olan kolonilerden saflaştırma işlemi için, izolasyon gerçekleştirilmiştir. Tespit edilen Trichoderma izolatları literatürde belirtilen tanılama besiyerlerine aktarılarak uygun inkübasyon koşullarında çoğaltılmıştır. İzole edilen Trichoderma genusu üyeleri tanılama besiyeri gelişimi, gelişim süreçleri boyunca gözlemlenmiştir. Kültürel gözlem ve mikroskobik gözlem ile türleri tespit edilmeye çalışılmıştır. Bu şekilde 38 saf kültürüden 4 farklı Trichoderma izolatı belirlenmiştir. Farklı habitat varlığında tespit edilen türlerin toprak verimliliği, bitki büyüme ve gelişimi üzerine yapılan çalışmalarda Trichoderma'ya ait metabolitlerin önemine vurgu yapıldığı görülmektedir. Bu amaçla tespit ettiğimiz ve aynı zamanda literatürde biyokontrol amaçlı olduğu belirlenen türlerimizle inhibitör aktivitenin araştırılması aşamasına geçilmiştir. Bu aşamada öncelikle Trichoderma izolatları sıvı besi ortamında 15 gün inkübasyona bırakılmış, süre sonunda miseller sıvı besi ortamından ayrılarak, elde ettiğimiz sıvı kısmı da ise filtre edilerek ortamdan sporlar uzaklaştırılmış, oluşabilecek metabolitlerin ortamda kalmaları sağlanmıştır. Ardından inhibitör etkilerinin belirlenmesinde, ilk olarak test bakteri kültürleri aktifleştirilmiştir. İnhibitör etkinin belirlenmesinde kuyucuk yöntemi kullanılmıştır ve inkübasyon sonrası gelişimi engelleyici zon oluşturması inhibitör etkinin varlığını göstermiştir.
Kardan mili ömür tayini için matematiksel model geliştirilmesi vedeneysel olarak doğrulanması
Motorlu taşıtlarda, motorda üretilen gücün diferansiyele iletilmesini sağlayan kardan milleri güç aktarma sistemindeki önemli elemanlardan biridir. Kardan milleri dönme hareketi ve güç iletimi sırasında, iletim gerçekleştirdiği elemanlar arasında yol koşullarına bağlı olarak ortaya çıkan açısal ve eksenel mesafe farklılıklarını kompanze etmektedir. Açı kompansazyonu üniversal mafsallar ile sağlanırken, eksenel kompanzasyon kayıcı takım adı verilen birbiri ile eş çalışan spline profiline sahip bir grup parça tarafından yerine getirilir. Müşteri isterlerini yerine getirecek şekilde tasarlanan kardan milleri ilk olarak bilgisayar ortamında sonlu elemanlar analizi ile doğrulanır; dondurulan tasarımlara ait üretilen prototipler laboratuvar ve sonrasında araç testlerine alınarak uygunluğu açısından değerlendirilir. Laboratuvar testleri kardan milleri için özel geliştirilmiş test cihazları üzerinde gerçekleştirilir. Testlerdeki girdiler ve başarı kriteri araç üreticileri (OEM) tarafından belirlenmektedir. Bu testleri gerçekleştirmek uzun süreler gerektirmekte ve bu durumda doğrulama sürecinin maliyeti de yüksek çıkmaktadır. Buradan yola çıkılarak ortaya konulan bu çalışmada, kardan mili emniyetli çevrim sayısını belirlemek üzere yapılan testlerle doğrulanan iki farklı yeni matematiksel model geliştirilmiştir. Yeni geliştirilmiş olan bu iki matematiksel model atfen kısaltma kullanılarak Sen-Atik-I ve Sen-Atik-II olarak adlandırılmıştır. Burada, I ve II rakamları modelin birinci veya ikinci model olduğunu ifade etmektedir. Geliştirilen yeni modeller ile hesaplanan emniyetli çevrim süreleri laboratuvar test sonuçları ile karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma sonrasında, yeni geliştirilen modellerden Sen-Atik-II'nin, test sonuçlarına en kötü durumda %4,84 fark ile yaklaştığı tespit edilmiştir. Böylece elde edilen bu yakınsama ile yeni geliştirilen model Sen-Atik-II'nin laboratuvar testleri yerine kullanılabileceği tespit edilmiştir.
T98 ve U87 kanser hücre hatlarında betulinik asidin otofajik etkilerinin araştırılması
Beyin tümörlerinin %50'sini oluşturan Glioblastoma multiforme (GBM)'ye karşı tedavi seçenekleri, Kan beyin bariyeri (KBB) nedeniyle sınırlıdır. Beyaz huş ağacından (Betula sp.) izole edilen Betülinik asit (BeA) KBB'yi geçerek beyne ulaşabilen bir pentasiklik triterpenoiddir. BeA, somatik hücrelerde düşük sitotoksik etki ve tümör hücrelerinde yüksek apoptozis ortaya koyar. Bu nedenle, çalışmamızda BeA'nın iki farklı GBM hücre hattında apoptotik etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. 3-(4,5-dimetiltriazol-2-il)-2,5 difeniltetrazolium bromid (MTT) ile IC50 ve monodansilkadaverin (MDC) ile rapamycin ve chloroquine dozu belirlenmiş ve dozlar kombinasyon olarak da uygulanarak otofaji inhibisyonu ve aktivasyonunda BeA'nın etkisi incelenmiştir. İmmünfloresan ve western blotting teknikleriyle eNOS, iNOS, LC3-I-II proteinlerinin miktarı ve yerleşimleri, MDC ile veziküllerdeki değişimler, JC-1 ile mitokondriyal zar potansiyelinde (MMP) oluşan değişiklikler ve ANNEXIN-V/PI flow sitometri ile sağlıklı-apoptotik-nekrotik hücre oranları ölçülmüştür. BeA uygulamasının apoptozisi iki hücre hattında da arttırdığı, otofaji inhibisyonu ve aktivasyonu ile de iki katına çıkardığı belirlenmiştir. BeA'nın yüksek otofajik etki göstermediği, ancak MMP'yi bozduğu bulunmuştur. Kombinasyonlarda MMP hasarı artmış olup, hasar BeA+rapamycin grubunda daha yüksektir. Bu bulgular BeA'nın otofajik yolu kullanmayarak mitokondriyal yoldan apoptozisi başlattığını göstermektedir. BeA uygulamasında eNOS ve iNOS ekspresyonu iki hücrede de değişmemiş, ancak kombinasyon gruplarında ekspresyon artmıştır. Çalışmamızda BeA'nın GBM hücrelerinde apoptozisi tetiklediği, ancak apoptozisin otofajik inhibitör veya aktivatör kombinasyonlarında daha çok arttığı ve apoptozisin mitokondri kaynaklı olduğu gösterilmiştir. eNOS ve iNOS ekspresyonunun kombinasyon gruplarında yükselmesi mitokondriyal strese bağlı oksidatif stresle ilişkilidir. Sonuç olarak BeA, GBM hücrelerinde apoptozisi tetiklemekte, ancak otofaji aktivatör ve inhibitörleri ile birlikte uygulanması hücre ölümünü önemli ölçüde arttırmaktadır. Dolayısıyla, BeA'nın kemoterapötik etkisi otofajik mekanizmalar ile arttırılabilir ve GBM üzerinde tedavi amacıyla kullanılabilecek yeni bir kemoterapötik ajan olarak kullanılabilir.
Üçlü negatif fare meme kanseri hücre hatlarında debio-1143'ün anti-tümöral etkisinin araştırılması
Meme kanseri kadınlarda sık görülen bir kanser türüdür. Alt tiplerden biri olan üçlü negatif meme kanserinde (TNBC) östrojen reseptörü (ER), progesteron reseptörü (PR) ve insan epidermal büyüme faktörü reseptörü (HER2) ekspresyonları yoktur. Bu özelliklerinden dolayı TNBC terapötik hedeflerden yoksundur ve tedaviye yanıt çok düşüktür. Bu tez çalışmasında üçlü negatif tipte olan 4T1 ve 4T1-HER2 (+) fare meme kanseri hücre hatlarında SMAC mimetiği olan DEBİO 1143'ün sitotoksik etkisi ve bu etkinin hangi hücre ölüm yolağı aracılığıyla gerçekleştiğinin araştırılması amaçlanmıştır. Hücre canlılığının belirlenmesi için MTT testi, apotozisi belirlemek için flow sitometri analizi yapılmış ve otofajiyi belirlemede kullanılan MDC boyaması sonuçları floresans mikroskobi ile değerlendirilmiştir. MTT testine göre 4T1 hücre hattında 24 ve 48 saatlik DEBİO 1143 IC50 dozu sırasıyla 20,49 µM, 36,2 µM ve 4T1 HER2 (+) hücre hattında sırasıyla 19.56 µM, 22,45 µM olarak belirlenmiştir. Flow sitometri hücre canlılığı bulgularına göre, 4T1 ve 4T1 HER2 (+) 24 saat DEBİO 1143 (sırasıyla %96,7, % %98,1) uygulaması ile grupların kendi kontrol grubu (sırasıyla %99,6, %99,6) arasında önemli bir yüzdelik farkı olmadığı saptanmıştır. Her iki hücre hattında 48 saatlik ilaç uygulaması kontrolleri ile karşılaştırıldığında DEBİO 1143 IC50 dozlarının hücre ölümüne yol açtığı belirlenmiştir. 4T1 hücre hattında DEBİO 1143 %0,8 erken apoptozise, %3,6 geç apoptozise ve %43,7 apoptozis dışı hücre ölümüne sebep olmuştur. 4T1 HER2 (+) hücrelerine uygulanan DEBİO 1143 IC50 doz uygulamaları ile %3,4 erken apoptotik, %4,8 geç apoptotik ve %27,1 apoptozis dışı ölen hücre olduğu belirlenmiştir. Buna karşın kontrol grubunda %99,7 hücre canlılığı belirlenmiştir. MDC boyama sonuçlarına göre her iki hücre hattında da DEBİO 1143 uygulamasının vezikül sayısını anlamlı olarak arttırdığı belirlenmiştir. Elde edilen bulgulara göre DEBİO 1143'ün üçlü negatif fare meme kanseri hücre hatlarında, zamana bağlı olarak gerçekleşen sitotoksik etkinin apoptozis dışı hücre ölüm mekanizmaları aracılığıyla olduğunu göstermektedir.
Farklı oranda yüzey sertleştirici kullanılarak üretilen plakların dinamik yükler altında incelenmesi
Yapı elemanlarına birden fazla yük etki etmektedir. Bu yükler kalıcı, hareketli ve yatay olarak gruplandırılabilmektedir. Günümüzde, yapı elemanlarının bu yüklere karşı dayanıklılığını test edebilecek birçok yöntem geliştirilmiştir. Bu yöntemler arasında çarpma etkisi analizi en çok tercih edilenleridir. Bu nedenle, bu tez çalışmasında farklı yüzey sertleştiriciler ile üretilmiş plakların incelenmesi sırasında bu yöntemler kullanılmıştır. Öncelikle, 9 beton plak (450×450×60 mm) farklı miktarlarda yüzey sertleştiricileri kullanılarak elde edilmiştir. Sonrasında, bunlardan 9 tanesi çarpma etkisi analizinde incelenmiştir. Bütün deneyler sırasında, çekiç kütlesi 14 kg olup, serbest düşme yüksekliği 500 mm, 400 mm, 300 mm olarak alınmıştır. Elde edilen bu plakların çarpma etkisine karşı verdiği tepkiler ise ivmeölçer, yer değişimi algılayıcı, kuvvet algılayıcısı, veri toplayıcısı ölçüm cihazları yardımıyla ölçülmüştür. Kaydedilen bu değerler kullanılarak elemanlarda oluşan ivme-zaman, hız-zaman, deplasman-zaman grafikleri oluşturulmuştur. Deneysel çalışma sonucunda elde edilen değerlerler incelenmiş ve önerilerde bulunulmuştur.
Ortopedik kemik delme işlemlerinde vakum yoluyla kemik talaşı toplama sisteminin tasarımı ve prototip imalatı
Bu proje çalışmasında, ortopedik cerrahide kemik delme işlemleri sırasında oluşan kemik talaşlarını toplayan yeni bir vakum sistemi geliştirilecektir. Böylelikle ısının büyük bir miktarını üzerinde tutan bu kemik talaşları bir an önce delme bölgesinden uzaklaştırılarak kemik ve çevre dokularında oluşacak nekroz önlenmiş olacağı gibi bu kemik talaşları kemik yapımı ya da başka amaçlarla kullanılabilecektir. Özellikle yaşlı hastalarda osteoporozdan dolayı kemik mineral yoğunluğunun azaldığı görülmekte ve bu tip hastaların kırık stabilizesinde kendi kemik talaşları cerrahlar tarafından kırık bölgesine uygulanabilecek ve kırık kaynama süreci hızlandırılmış olacaktır. Ayrıca, kemik delme işlemi parametrelerinin sıcaklık artışına ve delme sürecine etkisi de deneysel tasarım metodu kullanılarak optimize edilecektir.
Kuantum kimyasal ve moleküler dinamik yöntemler kullanılarak (statik QM/PCM, QM/MM ve dinamik QM/MM olarak) boyar maddelerin farklı polariteye sahip ortamlarda soğurma-ışıma enerjileri ve elektronik yapı hesabı
Soğurma ve emisyon olaylarında çözgene bağlı solvatokromik ve Stoke's kaymalarını İndole molekülünün metil sübstitüenti ve Coumarin molekül türevlerinin Asetontiril (ACN), Diklorometan (DCM) ve Siklohekzan (CHX) çözgenleri içinde camB3LYP/LR ve SS yöntemleri kullanılarak araştırmalar yapılmıştır. Aynı şekilde bu moleküllerin soğurma ve emisyon spektraları aynı çözgenler içinde alınmış, polarite artıkça emisyonlarında batokromik (kırmızı) bölgeye doğru kaydığını hem deneysel hem de PCM/SS (non-eq) metotu ile gösterilmiştir. Tüm çözgen kaymaları polaritesi en düşük olan CHX göre referans alınmıştır. Çözgenin polaritesi artıkça SS metottu LR metotuna göre daha iyi sonuçlar verdiği görülmüştür. Bununla birlikte, soğurmadaki deneysel kaymalar, CHX'e göre 0.17 nm ile 5 nm arasında kalmıştır. Hesaplanan soğurmanın 2 nm'nin altına kaydığında, L.R. teorisinden deneysel ile daha iyi sonuçlar alırken, bu fark 5 nm'ye yükseldikçe S.S. yönteminin daha doğru kaymalar vereceği görülmüştür. Deneysel ve teorik hesaplamalardan elde edilen soğurma bant şekillerinde benzerliği yakalamak ve hesaplanan durumların iç vibronik titreşimini işaretlemek için Franck-Condon (FC) hesaplaması yapılmıştır. Hesaplamalı yöntemlerde rijit moleküllerin dinamik emisyon olayını aydınlatmak çok zor yöntemdir. Fakat son yıllardaki teknolojik gelişmeler deneysellerle elde edilen sonuçlara yakın gerçekçi bir modelin yapılmasını mümkün kılmıştır. Bu çalışmada XIV gerçekçi bir yaklaşıma yapmak adına Hibrit yöntem olan kuantum mekanik ve moleküler mekanik yöntemleri birleştirip eş zamanlı çözümüne imkân sunan bir simülasyon tekniği geliştirilerek modellenmiştir. Hibrit yöntem sayesinde hedef molekülü ile onun etrafını saran çözelti molekülleri arasındaki etkileşimler verimli bir şekilde hesaplanmıştır. Bu bağlamda COBRAMM arayüz protokolü kullanılarak mekanik seviyede AMBER, kuantum seviyesinde GAUSSİAN 16 AVX2 paket programları aracılığı ile TIP3P su molekülü içinde ve oda sıcaklığında 50 nanometrelik bir çap içinde su moleküleri mobil faz olarak ayarlanmıştır. Eş zamanlı olarak QM/MM hesabı ile hem taban hem de uyarılmış durumda tüm sistem optimize edilmiştir. S1 optimizasyonu 120 döngü içinde tamamlanırken, S0 optimizasyon döngüsü bazı su moleküllerin ani librasyon hareketlerinden kaynaklı hesaplama süreleri uzamıştır. Böylesi durumlarda optimizasyon RMS/D değerleri kaosa neden olması nedeniyle mobil fazların sayıları azaltılmıştır. Optimizasyon işleminden sonra sistemin S0-S3 arasındaki dört enerji 150 ile 200 femtosaniye (fs) zaman aralığında hesaplanmıştır. Ultra hızlı zaman aralığında hesaplanan bu değerler sayesinde çözücü molekülünün fiziksel olarak hedef molekülden nasıl etkilendiği ve aralarındaki etkileşmeleri açıklamak için ortalama zayıf etkileşim analizi (aRDG) ve radyal dağılım fonksiyonları (RDF) hem tek hem de çok boyutlu olarak hesaplanıp açıklanmıştır. Dinamik süreç boyunca taban ve uyarılmış enerji durumlarındaki dalgalanmalardan yola çıkarak soğurma ve emisyon enerjileri, spektrum şekline dönüştürülmüştür. Her yöntemin birbirine göre üstünlüğü ve eksik yanları tartışılmasının yanı sıra hibrit yöntemin istatiksel bir yorumla daha iyi sonuçlar verdiği kaydedilmiştir.
Steinhaus transform esnek metrik uzaylarda esnek sabit nokta teoremleri
Bu tez çalışmasında öncelikle çalışma boyunca kullandığımız metot ve teknikler için temel kavramlar niteliğinde olan esnek küme teorisi, esnek topolojik uzaylar, esnek metrik uzaylar, sabit nokta teorisi, esnek sabit nokta teorisi ile ilgili tanım ve teoremler verilmiştir. Bir parametre kümesiyle birlikte esnek kümeler göz önünde bulundurularak D_p ile gösterilen Steinhaus transform esnek metrik tanımlanmıştır. Steinhaus transform esnek metrik uzaylarda esnek dizi, esnek yakınsak dizi, esnek Cauchy dizisi, esnek büzüme dönüşümü, esnek sabit nokta gibi kavramların tanımları verilerek tez çalışması için esnek sabit nokta teoremlerini elde etmek ve ispatlamaya yönelik gerekli altyapı oluşturulurmuştur. Araştırma bulguları olarak Steinhaus transform esnek metrik uzaylar için Banach büzülme teoremi ispatlanmış. Daha sonra Caristi ve Kannan tipi büzülmeler kullanarak Steinhaus transform esnek metrik uzaylarda esnek sabit nokta teoremleri elde edilmiştir. Son olarak Steinhaus transform esnek metrik uzaylarda devirli büzülme dönüşümü tanımlanarak Kannan tipinde yeni bir esnek sabit nokta teoremi ispatlanmıştır.
H^+(r) hiperboloid modeli üzerindeki spirallerin geometrisi
Bu tez çalışması 3-boyutlu Minkowski uzayında H^+(r) Hiperboloid modeli üzerinde yatan spiraller üzerine bir çalışmadır. Birinci bölüm giriş kısmına ayrılmıştır. Birinci bölüm giriş kısmına ayrılmıştır. İkinci bölümde Minkowski 3-uzayı ile ilgili gerekli temel kavramlar verilmiştir. Minkowski 3-uzayındaki vektörler, eğriler ve yüzeyler spacelike, timelike ve lightlike karakterine sahip olabilmektedir. r- yarıçaplı ve O merkezli timelike vektörlerin kümesi H^+2_0(r) ile gösterilen hiperbolik küredir. H^+2_0(r), Öklidyen anlamda iki kanatlı hiperboloid olup, H^+(r) pozitif kanadı ile gösterilir. H^+(r) spacelike yüzeyi üzerinde herhangi bir noktadaki teğet düzlem spacelike olacağından, bu yüzey üzerinde sadece spacelike eğriler mevcuttur. Böylece bu yüzey üzerindeki spiraller spacelike eğrilerdir. Bu çalışmada, öncelikle H^+(r) modeli üzerindeki spirallerin Frenet çatısı, Frenet türev formülleri, ani dönme vektörü hesaplanmıştır. İkinci olarak, bu eğrilerin Darboux çatısı, Darboux türev formülleri ve Darboux ani dönme vektörü elde edilmiştir. Frenet ve Darboux çatısı arasındaki ilişki incelenmiştir. Son olarak, eğrinin diferansiyel geometrik özellikleri incelenmiş ve Maple programı ile grafikleri çizilmiştir.
Manisa ili etlik piliç yetiştiriciliğinin teknik yönden incelenmesi
TÜİK 2018 verilerine göre Manisa toplam 30,075,567 adet etlik piliç (Broiler) mevcudu ile ülkemizde ilk sıradadır. Ülkemiz etlik piliç varlığının % 13,59 unu barındırmakta olup adeta tavukçuluk sektörünün başkentidir. Manisa ilinde en fazla üretilen hayvansal ürün yıllık 396,997 ton üretim ile tavuk etidir. Tavuk eti üretiminde ilimiz 1. Sırada yer almaktadır. Manisa ili için bu kadar önem arz eden tavukçuluk sektörünün mevcut durumunu ortaya konulmaya çalışılacaktır. Tavukçuluğun hızla gelişmesi üretimin karlı ve maksimum verim düzeyinde sürdürülebilmesi için teknik bilgiye sahip yetiştiricilere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu amaçla Manisa'daki tavuk yetiştiricilerinin tavuk üretimi sırasında uyguladıkları teknikleri, kümes yapısını, yetiştirme şekillerini ve sağlık koruma gibi hayvan performansını önemli düzeyde etkileyen konularda durum tespiti yapıp sektörün sorunlarını, eksiklerini ve ihtiyaç duyduğu teknik konuları belirleyip bunların çözümü konusunda öneri sunmaktır. Ayrıca araştırmadan elde edilen bilgi ve bulguları tavukçuluk sektörü ve ilgili kurum ve kuruluşlarla paylaşmaktır.