Doç. Dr. Birsen Can Demirdöğen danışmanlığındaki tezler
13 tez · TOBB Economics and Technology University
Prostat kanserinin erken tanısına yönelik prostat spesifik membran antijeni (PSMA) tabanlı immünosensörlerin geliştirilmesi ve performanslarının karşılaştırılması
Prostat Kanseri (PK), erkeklerde genellikle periferal bazal hücrelerde gelişen bir kanser tipidir. Hastalığın klinikteki tanısında, serum Prostat Spesifik Antijeni (PSA) testi, parmakla rektal muayene (PRM) ve Trans-rektal Ultrasonografi (TRUS) gibi testler kullanılmakta, normal dışı PRM/TRUS ve/veya PSA değerinin 4 ng/mL' nin üzerinde olması gibi anomalilerden herhangi ikisi birlikte olduğunda iğne biyopsisi yapılmaktadır. Hastalığın aşamasının belirlenmesinde, yukarıda bahsi geçen test sonuçları baz alınarak Gleason Skorlaması kullanılmaktadır. Erkeklerde akciğer kanserinden sonra ikinci sırada kansere bağlı mortaliteye ve morbiditeye sebep olan bu hastalığın erken dönemde ve doğru tanısının yapılması oldukça önemlidir. Ancak serum biyobelirteci PSA'nın prostat kanserine özgü değil sadece prostata spesifik bir biyobelirteç olması hastalığın doğru tanısını engellemektedir. Bu nedenle prostat kanserinin doğru ve erken tanısında kullanılabilecek, prostat kanserine özgü biyobelirteçlere dayalı, yüksek performanslı tanı yöntemleri/testlerinin geliştirilerek klinik uygulamalara kazandırılması önem teşkil etmektedir. Bu doğrultuda, doktora tez çalışması kapsamında, prostat kanserine spesifik bir biyobelirteç olduğu literatürdeki çalışmalarda sıklıkla ifade edilen Prostat Spesifik Membran Antijeni (PSMA) ölçümünü hedef alan, kuvars ayar çatalı (QTF) tabanlı kütle hassas ve ekran baskılı elektrot (SPE) tabanlı elektrokimyasal PSMA immünosensörlerinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmanın ilk basamağında, QTF dönüştürücü yüzeyleri sırasıyla amino gruplarınca zengin amiloid benzeri protein nanofiberler ve plazma polimerize ince filmler ile modifiye edilmiştir. Yüzey aktivasyonundan sonra, PSMA antijene özgü antikorun (a-PSMA) QTF yüzeylerine immobilizasyonu yapılmış ve geliştirilen immünosensörün hedef analiti PSMA ile etkileşimi rezonans frekansındaki değişimler ölçülerek takip edilmiştir. İkinci aşamada, elektrokimyasal tabanlı immünosensörün geliştirilmesi hedeflenmiş ve bu hedef doğrultusunda altın çalışma elektrotlu SPE' lerin yüzeyleri sisteamin fonksiyonelleştirilen altın nanoparçacıklar (Cys-AuNp) ile modifiye edilmiştir. Yüzey fonksiyonelleştirilmesi sonrasında, N,N-karbonildiimidazol (CDI) aracılığı ile antikor immobilizasyonu gerçekleştirilmiş ve geliştirilen immünosensörün hedef analiti -PSMA- ile etkileşimi sırasıyla voltametrik analiz ve empedans spektroskopisi ile test edilmiştir. Cys-AuNp modifikasyonu, elektrokimyasal immünosensörlerin analitik ölçüm performansını arttırarak pikogram seviyesindeki analitin dahi fizyolojik tampon çözeltisi (pH:7,4) ve serum ortamlarında tayin edilmesine olanak sağlamıştır. Özetle, bu doktora tez çalışması kapsamında, prostat kanserine spesifik PSMA antijeninin ve PSMA ekspresyonu gösteren hücrelerin ölçümünü temel alan, prostat kanserinin teşhisinde doğrudan/destekleyici olarak kullanılabilecek, QTF-tabanlı kütle hassas ve SPE-tabanlı elektrokimyasal immünosensörlerin tasarımları gerçekleştirilmiş ve geliştirilen immünosensörlerin performansları değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, bu doktora tezinde sunulan elektrokimyasal tabanlı immünosensorün prostat kanseri veya diğer kanser tiplerinde geliştirilmesi planlanan gelecekteki tanı sistemleri için bir altyapı sunacağına inanılmaktadır.
Relapsing-remitting multipl sklerozda clusterin genetik polimorfizmleri ve dolaşımdaki mikroRNA'ların plazma clusterin seviyesi ve bilişsel performans üzerine etkilerinin incelenmesi
Multipl Skleroz (MS), merkezi sinir sisteminin demiyelinizan, otoimmün ve nörodejeneratif kronik bir hastalığıdır. Etiyolojisinde genetik ve çevresel faktörlerin kompleks etkileşimlerinin rol oynadığı MS'in en yaygın klinik formu RRMS'tir. MS'te, progresyonun bir göstergesi olan bilişsel bozukluğun prevelansı %40-70 arasındadır. Clusterin, hücresel yaşam ve ölüm yolaklarında aktif rol oynamaktadır. Bu proteini kodlayan CLU geninde bulunan tek nükleotit polimorfizmleri (SNP) birçok hastalıkla ilişkili bulunmuş olup clusterinin dolaşımdaki seviyelerinin bilişsel performansla ilişkili olduğuna dair bulgular literatürde mevcuttur. Gen ifadesinin düzenlenmesinde rol alan mikroRNA'lar (miRNA) birçok hastalığın teşhisi ve seyri ile ilişkilendirilmiş olup biyobelirteç keşif çalışmalarının önemli odaklarındandır. Bu tez çalışması kapsamında RRMS riski ile CLU rs11136000 C/T, rs3087554 T/C, rs2279590 C/T ve rs1532278 C/T SNP'lerinin ilişkilerinin incelenmesi ve plazma clusterin konsantrasyonu ile CLU ekspresyon seviyesine etki ettiği bilinen miR-21-5p ve miR-195-5p'nin plazma rölatif ekspresyon seviyelerinin hastalık riski ve bilişsel bozukluk ile ilişkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda iki çalışma grubu oluşturulmuştur. Grup-1, 310 RRMS hastası ve 310 kontrol bireyden oluşurken Grup-2, 30 naif RRMS hastası, 30 tedavi alan RRMS hastası ve 30 kontrol bireyden oluşmaktadır. Grup-1'deki RRMS hastalarının genotiplemeleri PCR-RFLP ve RT-PCR ile gerçekleştirilmiştir. Grup-2'deki katılımcıların bilişsel değerlendirilmeleri BICAMS bataryası ile gerçekleştirilmiştir. Grup-2 katılımcılarının plazma miR-21-5p ve miR-195-5p ekspresyon seviyeleri qRT-PCR ile; plazma clusterin konsantrasyonu ise ELISA ile belirlenmiştir. Tüm örnekler Ankara Şehir Hastanesi Nöroloji Polikliniği'nden alınmıştır. Bu tez çalışmasında rs3087554 T/C SNP'sinin C alelinin hem RRMS riski hem RRMS progresyonu ile ilişkili olduğu görülmüştür. RRMS ile ilişkileri incelenen miR-21-5p ve miR-195-5p'nin plazma rölatif ekspresyon seviyelerinin RRMS teşhisi için biyobelirteç olabilecekleri görülmüştür. Ayrıca, miR-21-5p'nin potansiyel bir terapötik biyobelirteç olabileceğine dair bulgulara ulaşılmıştır. Buna ilave olarak, hem miR-21-5p'nin hem de miR-195-5p'nin MS'te kullanılan enjektabl immünomodülatör tedavilerin terapötik hedefi olabileceği düşünülmektedir. Bu tez çalışmasıyla birlikte clusterinin MS'teki rolü genotip, fenotip ve bilişsel seviyede değerlendirilmiştir. CLU rs11136000 C/T, rs3087554 T/C, rs2279590 C/T ve rs1532278 C/T SNP'leri ile RRMS riski arasındaki ilişki ilk defa bu tezde çalışılmıştır. Ayrıca, bu çalışmada ilk defa RRMS hastalarının plazma clusterin seviyesi, plazma miR-21-5p ve miR-195-5p rölatif ekspresyon seviyesi ile bilişsel performansları arasındaki ilişkiler incelenmiştir. RRMS'in teşhisi ve prognozunun takibi için plazmadaki potansiyel biyobelirteç adaylarını ortaya koyan bu çalışmanın geliştirilecek biyosensörlere, tedavi ajanlarına ve tanı kitlerine yol göstereceği öngörülmektedir. Multidisipliner bir yaklaşımın ürünü olan bu tez, bahsi geçen yönleriyle Biyomedikal Mühendisliği alanına katkı sağlayan bir çalışma niteliğindedir.
Relapsing-remitting multipl sklerozda clusterin genetik polimorfizmleri ve dolaşımdaki mikroRNA'ların plazma clusterin seviyesi ve bilişsel performans üzerine etkilerinin incelenmesi
Multipl Skleroz (MS), merkezi sinir sisteminin demiyelinizan, otoimmün ve nörodejeneratif kronik bir hastalığıdır. Etiyolojisinde genetik ve çevresel faktörlerin kompleks etkileşimlerinin rol oynadığı MS'in en yaygın klinik formu RRMS'tir. MS'te, progresyonun bir göstergesi olan bilişsel bozukluğun prevelansı %40-70 arasındadır. Clusterin, hücresel yaşam ve ölüm yolaklarında aktif rol oynamaktadır. Bu proteini kodlayan CLU geninde bulunan tek nükleotit polimorfizmleri (SNP) birçok hastalıkla ilişkili bulunmuş olup clusterinin dolaşımdaki seviyelerinin bilişsel performansla ilişkili olduğuna dair bulgular literatürde mevcuttur. Gen ifadesinin düzenlenmesinde rol alan mikroRNA'lar (miRNA) birçok hastalığın teşhisi ve seyri ile ilişkilendirilmiş olup biyobelirteç keşif çalışmalarının önemli odaklarındandır. Bu tez çalışması kapsamında RRMS riski ile CLU rs11136000 C/T, rs3087554 T/C, rs2279590 C/T ve rs1532278 C/T SNP'lerinin ilişkilerinin incelenmesi ve plazma clusterin konsantrasyonu ile CLU ekspresyon seviyesine etki ettiği bilinen miR-21-5p ve miR-195-5p'nin plazma rölatif ekspresyon seviyelerinin hastalık riski ve bilişsel bozukluk ile ilişkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda iki çalışma grubu oluşturulmuştur. Grup-1, 310 RRMS hastası ve 310 kontrol bireyden oluşurken Grup-2, 30 naif RRMS hastası, 30 tedavi alan RRMS hastası ve 30 kontrol bireyden oluşmaktadır. Grup-1'deki RRMS hastalarının genotiplemeleri PCR-RFLP ve RT-PCR ile gerçekleştirilmiştir. Grup-2'deki katılımcıların bilişsel değerlendirilmeleri BICAMS bataryası ile gerçekleştirilmiştir. Grup-2 katılımcılarının plazma miR-21-5p ve miR-195-5p ekspresyon seviyeleri qRT-PCR ile; plazma clusterin konsantrasyonu ise ELISA ile belirlenmiştir. Tüm örnekler Ankara Şehir Hastanesi Nöroloji Polikliniği'nden alınmıştır. Bu tez çalışmasında rs3087554 T/C SNP'sinin C alelinin hem RRMS riski hem RRMS progresyonu ile ilişkili olduğu görülmüştür. RRMS ile ilişkileri incelenen miR-21-5p ve miR-195-5p'nin plazma rölatif ekspresyon seviyelerinin RRMS teşhisi için biyobelirteç olabilecekleri görülmüştür. Ayrıca, miR-21-5p'nin potansiyel bir terapötik biyobelirteç olabileceğine dair bulgulara ulaşılmıştır. Buna ilave olarak, hem miR-21-5p'nin hem de miR-195-5p'nin MS'te kullanılan enjektabl immünomodülatör tedavilerin terapötik hedefi olabileceği düşünülmektedir. Bu tez çalışmasıyla birlikte clusterinin MS'teki rolü genotip, fenotip ve bilişsel seviyede değerlendirilmiştir. CLU rs11136000 C/T, rs3087554 T/C, rs2279590 C/T ve rs1532278 C/T SNP'leri ile RRMS riski arasındaki ilişki ilk defa bu tezde çalışılmıştır. Ayrıca, bu çalışmada ilk defa RRMS hastalarının plazma clusterin seviyesi, plazma miR-21-5p ve miR-195-5p rölatif ekspresyon seviyesi ile bilişsel performansları arasındaki ilişkiler incelenmiştir. RRMS'in teşhisi ve prognozunun takibi için plazmadaki potansiyel biyobelirteç adaylarını ortaya koyan bu çalışmanın geliştirilecek biyosensörlere, tedavi ajanlarına ve tanı kitlerine yol göstereceği öngörülmektedir. Multidisipliner bir yaklaşımın ürünü olan bu tez, bahsi geçen yönleriyle Biyomedikal Mühendisliği alanına katkı sağlayan bir çalışma niteliğindedir.
MikroRNA ekspresyon seviyeleri ve genetik varyasyonları ile eksfoliasyon sendromu ve eksfoliatif glokom ilişkisinin incelenmesi
Eksfoliasyon sendromu (XFS) yaş arttıkça daha fazla gelişim gösterdiği bilinen, anormal fibriler moleküllerin göz dokularında birikmesi ile tanımlanan bir hücre dışı matriks hastalığıdır. XFS'nin patogenezinde oksidatif ve hücresel stres ile inflamatuar yolaklar önemli yer tutmaktadır. Aköz hümör sıvısının drenajını sağlayan kanalların eksfoliasyon birikintisi ile tıkanması ve bu suretle göz içi basıncının (GİB) artmasıyla ortaya çıkan eksfoliatif glokom (XFG), tedavi edilmediği takdirde körlüğe sebep olabilmektedir. Bu nedenlerle XFS'nin erken dönemde teşhisinin önemi büyüktür. mikroRNA'lar (miRNA) mesajcı RNA'ların (mRNA) regülasyonunda rol oynayan önemli post-transkripsiyonel düzenleyicilerdir. miRNA ekspresyon seviyelerinin çeşitli hastalıklarda değiştiği belirlenmiştir. miRNA'ların genlerinde bulunan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP), miRNA'ların işlenmesini etkilediği ve çeşitli hastalıklara yatkınlıkta rol oynayabildiği bilinmektedir. Bu çalışmada, inflamasyon ile ilişkili yolaklarda rol oynadığı bilinen miR-146a ve miR-196a-2'nin plazma ekspresyon seviyeleri ile mir-146a rs2910164 G/C ve mir-196a-2 rs11614913 C/T SNP'lerinin XFS ve XFG hastalıkları için biyobelirteç olma potansiyellerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışma grubu, genotipleme kısmında, 260 XFG hastası, 260 XFS hastası ve 295 kontrolden oluşurken, ekspresyon seviyesi belirleme kısmında, her grup içerisinden 27 XFG hastası, 25 XFS hastası ve 27 kontrolden oluşmaktadır. Kan örnekleri Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göz Hastalıkları Bölümü (Ankara, Türkiye) tarafından toplanmıştır. SNP'lerin genotiplemeleri PCR-RFLP yöntemi ile, miRNA'ların plazmadaki ekspresyon seviyelerinin belirlenmesi ise qRT-PCR yöntemi ile yapılmıştır. Relatif ekspresyon seviyeleri 2-ΔΔCt yöntemi ile hesaplanmıştır. Genotip analizlerine göre, rs2910164 ve rs11614913 için minör alel frekanslarının ve genotip dağılımlarının, XFG, XFS ve kontrol grupları arasında farklı olmadığı görülmüştür. Plazma hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin, XFG ve XFS gruplarında kontrol grubuna göre anlamlı ölçüde yüksek olduğu tespit edilmiştir (XFG vs. kontrol: P<.001, XFS vs. kontrol: P=.001). Hsa-miR-196a-5p relatif ekspresyon seviyesinin ise, gruplar arasında farklı olmadığı görülmüştür. Lojistik regresyon analizleri sonucunda, plazma hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin XFG ile yaklaşık 6 kat (P=.001; dominant model), XFS ile yaklaşık 4 kat (P=.005; dominant model) ilişkili olduğu tespit edilmiştir. ROC analizleri sonucunda, plazma hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin, XFG için "iyi" (AUC=0.897, P<.001, duyarlılık=%89, özgüllük=%78), XFS için "orta" (AUC=0.779, P=.001, duyarlılık=%52, özgüllük=%93) dereceli bir tanı testi olabileceği görülmüştür. Bu çalışmada, mir-146a rs2910164 G/C ve mir-196a-2 rs11614913 C/T SNP'leri ve miR-146a ve miR-196a-2'nin plazma ekspresyon seviyeleri ile XFS ve XFG arasındaki ilişki ilk kez araştırılmıştır. Sonuç olarak, hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin, XFG ve XFS için kan tabanlı biyobelirteç olma potansiyeline sahip olduğu görülmüştür. Bu tez çalışması ileride XFG ve XFS'nin erken teşhisi, prognozun takibi ve tedavisinde kullanılabilecek yeni tanı testleri, biyosensörler ve terapötik ajanlar geliştirilmesine öncülük edecek potansiyele sahip sonuçlar ortaya koyması nedeniyle Biyomedikal Mühendisliğine katkı sağlayan bir projedir.
MikroRNA ekspresyon seviyeleri ve genetik varyasyonları ile eksfoliasyon sendromu ve eksfoliatif glokom ilişkisinin incelenmesi
Eksfoliasyon sendromu (XFS) yaş arttıkça daha fazla gelişim gösterdiği bilinen, anormal fibriler moleküllerin göz dokularında birikmesi ile tanımlanan bir hücre dışı matriks hastalığıdır. XFS'nin patogenezinde oksidatif ve hücresel stres ile inflamatuar yolaklar önemli yer tutmaktadır. Aköz hümör sıvısının drenajını sağlayan kanalların eksfoliasyon birikintisi ile tıkanması ve bu suretle göz içi basıncının (GİB) artmasıyla ortaya çıkan eksfoliatif glokom (XFG), tedavi edilmediği takdirde körlüğe sebep olabilmektedir. Bu nedenlerle XFS'nin erken dönemde teşhisinin önemi büyüktür. mikroRNA'lar (miRNA) mesajcı RNA'ların (mRNA) regülasyonunda rol oynayan önemli post-transkripsiyonel düzenleyicilerdir. miRNA ekspresyon seviyelerinin çeşitli hastalıklarda değiştiği belirlenmiştir. miRNA'ların genlerinde bulunan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP), miRNA'ların işlenmesini etkilediği ve çeşitli hastalıklara yatkınlıkta rol oynayabildiği bilinmektedir. Bu çalışmada, inflamasyon ile ilişkili yolaklarda rol oynadığı bilinen miR-146a ve miR-196a-2'nin plazma ekspresyon seviyeleri ile mir-146a rs2910164 G/C ve mir-196a-2 rs11614913 C/T SNP'lerinin XFS ve XFG hastalıkları için biyobelirteç olma potansiyellerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışma grubu, genotipleme kısmında, 260 XFG hastası, 260 XFS hastası ve 295 kontrolden oluşurken, ekspresyon seviyesi belirleme kısmında, her grup içerisinden 27 XFG hastası, 25 XFS hastası ve 27 kontrolden oluşmaktadır. Kan örnekleri Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göz Hastalıkları Bölümü (Ankara, Türkiye) tarafından toplanmıştır. SNP'lerin genotiplemeleri PCR-RFLP yöntemi ile, miRNA'ların plazmadaki ekspresyon seviyelerinin belirlenmesi ise qRT-PCR yöntemi ile yapılmıştır. Relatif ekspresyon seviyeleri 2-ΔΔCt yöntemi ile hesaplanmıştır. Genotip analizlerine göre, rs2910164 ve rs11614913 için minör alel frekanslarının ve genotip dağılımlarının, XFG, XFS ve kontrol grupları arasında farklı olmadığı görülmüştür. Plazma hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin, XFG ve XFS gruplarında kontrol grubuna göre anlamlı ölçüde yüksek olduğu tespit edilmiştir (XFG vs. kontrol: P<.001, XFS vs. kontrol: P=.001). Hsa-miR-196a-5p relatif ekspresyon seviyesinin ise, gruplar arasında farklı olmadığı görülmüştür. Lojistik regresyon analizleri sonucunda, plazma hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin XFG ile yaklaşık 6 kat (P=.001; dominant model), XFS ile yaklaşık 4 kat (P=.005; dominant model) ilişkili olduğu tespit edilmiştir. ROC analizleri sonucunda, plazma hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin, XFG için "iyi" (AUC=0.897, P<.001, duyarlılık=%89, özgüllük=%78), XFS için "orta" (AUC=0.779, P=.001, duyarlılık=%52, özgüllük=%93) dereceli bir tanı testi olabileceği görülmüştür. Bu çalışmada, mir-146a rs2910164 G/C ve mir-196a-2 rs11614913 C/T SNP'leri ve miR-146a ve miR-196a-2'nin plazma ekspresyon seviyeleri ile XFS ve XFG arasındaki ilişki ilk kez araştırılmıştır. Sonuç olarak, hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin, XFG ve XFS için kan tabanlı biyobelirteç olma potansiyeline sahip olduğu görülmüştür. Bu tez çalışması ileride XFG ve XFS'nin erken teşhisi, prognozun takibi ve tedavisinde kullanılabilecek yeni tanı testleri, biyosensörler ve terapötik ajanlar geliştirilmesine öncülük edecek potansiyele sahip sonuçlar ortaya koyması nedeniyle Biyomedikal Mühendisliğine katkı sağlayan bir projedir.
MikroRNA ekspresyon seviyeleri ve genetik varyasyonları ile eksfoliasyon sendromu ve eksfoliatif glokom ilişkisinin incelenmesi
Eksfoliasyon sendromu (XFS) yaş arttıkça daha fazla gelişim gösterdiği bilinen, anormal fibriler moleküllerin göz dokularında birikmesi ile tanımlanan bir hücre dışı matriks hastalığıdır. XFS'nin patogenezinde oksidatif ve hücresel stres ile inflamatuar yolaklar önemli yer tutmaktadır. Aköz hümör sıvısının drenajını sağlayan kanalların eksfoliasyon birikintisi ile tıkanması ve bu suretle göz içi basıncının (GİB) artmasıyla ortaya çıkan eksfoliatif glokom (XFG), tedavi edilmediği takdirde körlüğe sebep olabilmektedir. Bu nedenlerle XFS'nin erken dönemde teşhisinin önemi büyüktür. mikroRNA'lar (miRNA) mesajcı RNA'ların (mRNA) regülasyonunda rol oynayan önemli post-transkripsiyonel düzenleyicilerdir. miRNA ekspresyon seviyelerinin çeşitli hastalıklarda değiştiği belirlenmiştir. miRNA'ların genlerinde bulunan tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP), miRNA'ların işlenmesini etkilediği ve çeşitli hastalıklara yatkınlıkta rol oynayabildiği bilinmektedir. Bu çalışmada, inflamasyon ile ilişkili yolaklarda rol oynadığı bilinen miR-146a ve miR-196a-2'nin plazma ekspresyon seviyeleri ile mir-146a rs2910164 G/C ve mir-196a-2 rs11614913 C/T SNP'lerinin XFS ve XFG hastalıkları için biyobelirteç olma potansiyellerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışma grubu, genotipleme kısmında, 260 XFG hastası, 260 XFS hastası ve 295 kontrolden oluşurken, ekspresyon seviyesi belirleme kısmında, her grup içerisinden 27 XFG hastası, 25 XFS hastası ve 27 kontrolden oluşmaktadır. Kan örnekleri Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göz Hastalıkları Bölümü (Ankara, Türkiye) tarafından toplanmıştır. SNP'lerin genotiplemeleri PCR-RFLP yöntemi ile, miRNA'ların plazmadaki ekspresyon seviyelerinin belirlenmesi ise qRT-PCR yöntemi ile yapılmıştır. Relatif ekspresyon seviyeleri 2-ΔΔCt yöntemi ile hesaplanmıştır. Genotip analizlerine göre, rs2910164 ve rs11614913 için minör alel frekanslarının ve genotip dağılımlarının, XFG, XFS ve kontrol grupları arasında farklı olmadığı görülmüştür. Plazma hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin, XFG ve XFS gruplarında kontrol grubuna göre anlamlı ölçüde yüksek olduğu tespit edilmiştir (XFG vs. kontrol: P<.001, XFS vs. kontrol: P=.001). Hsa-miR-196a-5p relatif ekspresyon seviyesinin ise, gruplar arasında farklı olmadığı görülmüştür. Lojistik regresyon analizleri sonucunda, plazma hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin XFG ile yaklaşık 6 kat (P=.001; dominant model), XFS ile yaklaşık 4 kat (P=.005; dominant model) ilişkili olduğu tespit edilmiştir. ROC analizleri sonucunda, plazma hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin, XFG için "iyi" (AUC=0.897, P<.001, duyarlılık=%89, özgüllük=%78), XFS için "orta" (AUC=0.779, P=.001, duyarlılık=%52, özgüllük=%93) dereceli bir tanı testi olabileceği görülmüştür. Bu çalışmada, mir-146a rs2910164 G/C ve mir-196a-2 rs11614913 C/T SNP'leri ve miR-146a ve miR-196a-2'nin plazma ekspresyon seviyeleri ile XFS ve XFG arasındaki ilişki ilk kez araştırılmıştır. Sonuç olarak, hsa-miR-146a-5p relatif ekspresyon seviyesinin, XFG ve XFS için kan tabanlı biyobelirteç olma potansiyeline sahip olduğu görülmüştür. Bu tez çalışması ileride XFG ve XFS'nin erken teşhisi, prognozun takibi ve tedavisinde kullanılabilecek yeni tanı testleri, biyosensörler ve terapötik ajanlar geliştirilmesine öncülük edecek potansiyele sahip sonuçlar ortaya koyması nedeniyle Biyomedikal Mühendisliğine katkı sağlayan bir projedir.
Psödoeksfoliasyon sendromu ve glokomu ile bağ dokusu büyüme faktörü (CTGF) genetik polimorfizmleri ve ctgf gözyaşı ve aköz seviyeleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
Psödoeksfoliasyon sendromu (PES) göz dokularında anormal fibriler materyallerin üretilmesi ve birikmesi ile karakterize bir hücre dışı matriks hastalığıdır. Bazı durumlarda psödoeksfoliyatif materyal birikmesi sonucu aköz humor sıvısının drenajını sağlayan kanalların tıkanarak göz içi basıncının artıp optik sinire zarar vermesine ve glokom (PEG) oluşmasına neden olur. PEG görme alanında daralmaya ve sonunda tam görme kaybına neden olabilir ve bu durumun tedavisi yoktur. PES'in patofizyolojisinde elastik mikrofibrillerin fazla üretilmesi önemli yer tutmaktadır. Bu nedenle büyüme faktörlerinin patofizyolojide rolü olabileceği düşünülmüştür. PES'de TGF-β1'in normalden yüksek seviyelerde ifade edildiği görülmüştür ve CTGF ifadesi TGFβ tarafından indüklendiği için PES patofizyolojisinde CTGF'nin rolü olabileceği düşünülmüştür. Bu nedenle CTGF ifade seviyelerini etkilediği düşünülen rs6918698G/C, rs9399005C/T, rs9402373C/G, rs12526196T/C polimorfizmlerinin ve gözyaşı ile aközdeki CTGF konsantrasyonlarının çalışılması, bunların hem birbirleri ile hem de PEG ve PES ile ilişkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. 213 PEG, 214 PES ve 215 kontrolün kan örnekleri ve bu kişilerin bir kısmının gözyaşı ve aköz örnekleri Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Göz Hastalıkları ABD (Ankara) tarafından toplanmıştır. Genotipleme analizlerinde rs6918698G/C ve rs9399005C/T için PCR-RFLP, rs9402373C/G ve rs12526196T/C için eş zamanlı PCR yöntemleri kullanılmıştır. Gözyaşı ve aközdeki total protein konsantrasyonları Bradford assay yöntemi ile, CTGF konsantrasyonları ise ELISA metodu ile belirlenmiştir. Yapılan lojistik regresyon analizine göre PEG ile erkek olmak 1.8 kat ilişkili çıkmıştır. Çalışmadaki polimorfizmlerin genotiplerinin tEK 2aşlarına PEG ya da PES ile anlamlı bir ilişkisi bulunmamıştır. Ancak dört polimorfizmin her biri için genotipleme çalışmaları Türk toplumunda ilk kez yapılmış ve alel frekansları belirtilmiştir. İkili ve üçlü SNP genotip kombinasyonlarının PEG, PES ve kontrol gruplarında görülme frekanslarına göre yapılan analizlerin sonucunda bazı genotip kombinasyonlarının PES ve PEG için riskli ya da koruyucu etkiye sahip olabilecekleri görülmüştür. Gözyaşı ve aközdeki total protein konsantrasyonları PEG grubunda, PES ve kontrollere göre anlamlı seviyede yüksek bulunmuştur. Gözyaşı CTGF konsantrasyonunun PEG ve PES hastalarında kontrollerden anlamlı derecede yüksek olduğu görülmüştür. Gözyaşı ve aközdeki CTGF konsantrasyonu, total protein konsantrasyonu ve total protein içindeki CTGF oranı ile SNP bölgeleri arasında korelasyon görülmemiştir. Aynı zamanda bu parametreler için gözyaşı ve aköz arasında da bir korelasyon görülmemiştir. CTGF rs6918698G/C, rs12526196T/C, rs9402373C/G polimorfizmleri ve gözyaşında CTGF konsantrasyonunun PES ve PEG ile ilişkisi ilk kez bu çalışmada ele alınmıştır ve bundan sonra yapılacak çalışmaları yönlendirebilecek öneme sahiptir. Bu çalışmada dünyada ya da Türkiye'de ilk kez çalışılmış ilişkiler yer almaktadır ve bunlardan elde edilmiş veriler biyoinformatik alanında değere sahiptir. Aynı zamanda çalışmada bulunan ilişkilerden yola çıkılarak PES ve PEG teşhisi için kullanılabilecek biyobelirteçler bulunabilir, bunlara yönelik tanı laboratuvarlarında kullanılmak üzere cihazlar geliştirilebilir. Bu çalışma bu yönleriyle biyomedikal mühendisliğine katkı sağlamış bir proje niteliğindedir.
Psödoeksfoliasyon sendromu ve glokomu ile bağ dokusu büyüme faktörü (CTGF) genetik polimorfizmleri ve ctgf gözyaşı ve aköz seviyeleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
Psödoeksfoliasyon sendromu (PES) göz dokularında anormal fibriler materyallerin üretilmesi ve birikmesi ile karakterize bir hücre dışı matriks hastalığıdır. Bazı durumlarda psödoeksfoliyatif materyal birikmesi sonucu aköz humor sıvısının drenajını sağlayan kanalların tıkanarak göz içi basıncının artıp optik sinire zarar vermesine ve glokom (PEG) oluşmasına neden olur. PEG görme alanında daralmaya ve sonunda tam görme kaybına neden olabilir ve bu durumun tedavisi yoktur. PES'in patofizyolojisinde elastik mikrofibrillerin fazla üretilmesi önemli yer tutmaktadır. Bu nedenle büyüme faktörlerinin patofizyolojide rolü olabileceği düşünülmüştür. PES'de TGF-β1'in normalden yüksek seviyelerde ifade edildiği görülmüştür ve CTGF ifadesi TGFβ tarafından indüklendiği için PES patofizyolojisinde CTGF'nin rolü olabileceği düşünülmüştür. Bu nedenle CTGF ifade seviyelerini etkilediği düşünülen rs6918698G/C, rs9399005C/T, rs9402373C/G, rs12526196T/C polimorfizmlerinin ve gözyaşı ile aközdeki CTGF konsantrasyonlarının çalışılması, bunların hem birbirleri ile hem de PEG ve PES ile ilişkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. 213 PEG, 214 PES ve 215 kontrolün kan örnekleri ve bu kişilerin bir kısmının gözyaşı ve aköz örnekleri Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Göz Hastalıkları ABD (Ankara) tarafından toplanmıştır. Genotipleme analizlerinde rs6918698G/C ve rs9399005C/T için PCR-RFLP, rs9402373C/G ve rs12526196T/C için eş zamanlı PCR yöntemleri kullanılmıştır. Gözyaşı ve aközdeki total protein konsantrasyonları Bradford assay yöntemi ile, CTGF konsantrasyonları ise ELISA metodu ile belirlenmiştir. Yapılan lojistik regresyon analizine göre PEG ile erkek olmak 1.8 kat ilişkili çıkmıştır. Çalışmadaki polimorfizmlerin genotiplerinin tEK 2aşlarına PEG ya da PES ile anlamlı bir ilişkisi bulunmamıştır. Ancak dört polimorfizmin her biri için genotipleme çalışmaları Türk toplumunda ilk kez yapılmış ve alel frekansları belirtilmiştir. İkili ve üçlü SNP genotip kombinasyonlarının PEG, PES ve kontrol gruplarında görülme frekanslarına göre yapılan analizlerin sonucunda bazı genotip kombinasyonlarının PES ve PEG için riskli ya da koruyucu etkiye sahip olabilecekleri görülmüştür. Gözyaşı ve aközdeki total protein konsantrasyonları PEG grubunda, PES ve kontrollere göre anlamlı seviyede yüksek bulunmuştur. Gözyaşı CTGF konsantrasyonunun PEG ve PES hastalarında kontrollerden anlamlı derecede yüksek olduğu görülmüştür. Gözyaşı ve aközdeki CTGF konsantrasyonu, total protein konsantrasyonu ve total protein içindeki CTGF oranı ile SNP bölgeleri arasında korelasyon görülmemiştir. Aynı zamanda bu parametreler için gözyaşı ve aköz arasında da bir korelasyon görülmemiştir. CTGF rs6918698G/C, rs12526196T/C, rs9402373C/G polimorfizmleri ve gözyaşında CTGF konsantrasyonunun PES ve PEG ile ilişkisi ilk kez bu çalışmada ele alınmıştır ve bundan sonra yapılacak çalışmaları yönlendirebilecek öneme sahiptir. Bu çalışmada dünyada ya da Türkiye'de ilk kez çalışılmış ilişkiler yer almaktadır ve bunlardan elde edilmiş veriler biyoinformatik alanında değere sahiptir. Aynı zamanda çalışmada bulunan ilişkilerden yola çıkılarak PES ve PEG teşhisi için kullanılabilecek biyobelirteçler bulunabilir, bunlara yönelik tanı laboratuvarlarında kullanılmak üzere cihazlar geliştirilebilir. Bu çalışma bu yönleriyle biyomedikal mühendisliğine katkı sağlamış bir proje niteliğindedir.
Psödoeksfoliasyon sendromu ve glokomu ile bağ dokusu büyüme faktörü (CTGF) genetik polimorfizmleri ve ctgf gözyaşı ve aköz seviyeleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
Psödoeksfoliasyon sendromu (PES) göz dokularında anormal fibriler materyallerin üretilmesi ve birikmesi ile karakterize bir hücre dışı matriks hastalığıdır. Bazı durumlarda psödoeksfoliyatif materyal birikmesi sonucu aköz humor sıvısının drenajını sağlayan kanalların tıkanarak göz içi basıncının artıp optik sinire zarar vermesine ve glokom (PEG) oluşmasına neden olur. PEG görme alanında daralmaya ve sonunda tam görme kaybına neden olabilir ve bu durumun tedavisi yoktur. PES'in patofizyolojisinde elastik mikrofibrillerin fazla üretilmesi önemli yer tutmaktadır. Bu nedenle büyüme faktörlerinin patofizyolojide rolü olabileceği düşünülmüştür. PES'de TGF-β1'in normalden yüksek seviyelerde ifade edildiği görülmüştür ve CTGF ifadesi TGFβ tarafından indüklendiği için PES patofizyolojisinde CTGF'nin rolü olabileceği düşünülmüştür. Bu nedenle CTGF ifade seviyelerini etkilediği düşünülen rs6918698G/C, rs9399005C/T, rs9402373C/G, rs12526196T/C polimorfizmlerinin ve gözyaşı ile aközdeki CTGF konsantrasyonlarının çalışılması, bunların hem birbirleri ile hem de PEG ve PES ile ilişkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. 213 PEG, 214 PES ve 215 kontrolün kan örnekleri ve bu kişilerin bir kısmının gözyaşı ve aköz örnekleri Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Göz Hastalıkları ABD (Ankara) tarafından toplanmıştır. Genotipleme analizlerinde rs6918698G/C ve rs9399005C/T için PCR-RFLP, rs9402373C/G ve rs12526196T/C için eş zamanlı PCR yöntemleri kullanılmıştır. Gözyaşı ve aközdeki total protein konsantrasyonları Bradford assay yöntemi ile, CTGF konsantrasyonları ise ELISA metodu ile belirlenmiştir. Yapılan lojistik regresyon analizine göre PEG ile erkek olmak 1.8 kat ilişkili çıkmıştır. Çalışmadaki polimorfizmlerin genotiplerinin tEK 2aşlarına PEG ya da PES ile anlamlı bir ilişkisi bulunmamıştır. Ancak dört polimorfizmin her biri için genotipleme çalışmaları Türk toplumunda ilk kez yapılmış ve alel frekansları belirtilmiştir. İkili ve üçlü SNP genotip kombinasyonlarının PEG, PES ve kontrol gruplarında görülme frekanslarına göre yapılan analizlerin sonucunda bazı genotip kombinasyonlarının PES ve PEG için riskli ya da koruyucu etkiye sahip olabilecekleri görülmüştür. Gözyaşı ve aközdeki total protein konsantrasyonları PEG grubunda, PES ve kontrollere göre anlamlı seviyede yüksek bulunmuştur. Gözyaşı CTGF konsantrasyonunun PEG ve PES hastalarında kontrollerden anlamlı derecede yüksek olduğu görülmüştür. Gözyaşı ve aközdeki CTGF konsantrasyonu, total protein konsantrasyonu ve total protein içindeki CTGF oranı ile SNP bölgeleri arasında korelasyon görülmemiştir. Aynı zamanda bu parametreler için gözyaşı ve aköz arasında da bir korelasyon görülmemiştir. CTGF rs6918698G/C, rs12526196T/C, rs9402373C/G polimorfizmleri ve gözyaşında CTGF konsantrasyonunun PES ve PEG ile ilişkisi ilk kez bu çalışmada ele alınmıştır ve bundan sonra yapılacak çalışmaları yönlendirebilecek öneme sahiptir. Bu çalışmada dünyada ya da Türkiye'de ilk kez çalışılmış ilişkiler yer almaktadır ve bunlardan elde edilmiş veriler biyoinformatik alanında değere sahiptir. Aynı zamanda çalışmada bulunan ilişkilerden yola çıkılarak PES ve PEG teşhisi için kullanılabilecek biyobelirteçler bulunabilir, bunlara yönelik tanı laboratuvarlarında kullanılmak üzere cihazlar geliştirilebilir. Bu çalışma bu yönleriyle biyomedikal mühendisliğine katkı sağlamış bir proje niteliğindedir.
Psödoeksfoliasyon sendromu ve glokomu ile clusterin genetik polimorfizmleri ve clusterin gözyaşı ve aköz humor seviyeleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
Psödoeksfoliasyon sendromu (PES), yaşa bağlı olarak gelişen, hücre dışı matrikste lifsi materyallerin hem oküler dokularda hem de çeşitli iç organlarda birikmesi ile karakterize edilen sistemik bir bozukluktur. Psödoeksfoliasyon sebebiyle oluşan glokoma psödoeksfoliatif glokom (PEG) adı verilir ve PEG tedavi edilmediğinde körlüğe sebep olabilmektedir. Bu nedenle PEG ve PES hastalığına yol açan potansiyel faktörlerin bulunması ve PEG gelişme riski olan PES hastalarının tespit edilmesi büyük önem taşımaktadır. Clusterin proteini hücresel stres durumlarında, yanlış katlanmış proteinlerin stresle tetiklenen çökelmesi ve yığışmasının önlenmesini sağlar. Isı şoku ve oksidatif stres gibi hücresel stres durumlarında clusterin ifadesi indüklenmektedir. PES hastalarında gözün ön kamarasındaki oksidatif ortam nedeniyle protein yanlış katlanmalarının meydana gelmesine rağmen PEG ve PES hastalarının aköz humor örneklerinde clusterin ifadesi azalmıştır. Clusterin ifadesindeki azalmanın sebeplerinden biri genetik polimorfizmler olabilir. Bu çalışma PEG ve PES riski ile clusterin genetik polimorfizmleri ve aköz humor ile gözyaşındaki clusterin protein seviyeleri arasındaki ilişkiyi incelemeyi amaçlamıştır. Bu çalışma kapsamındaki 213 PEG hastası, 214 PES hastası ve 215 kontrol bireyin tam kan örnekleri ile clusterin genetik polimorfizmlerinin genotiplemeleri PCR-RFLP ve real-time PCR yöntemleri ile yapılmıştır. 12 PEG hastası, 17 PES hastası ve 22 kontrolün aköz humor örneği ile 80 PEG hastası, 81 PES hastası ve 80 kontrolün gözyaşı örneğinin clusterin ve total protein konsantrasyonu analizleri ise ELISA ve Bradford yöntemleri ile yapılmıştır. Tüm örnekler Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göz Hastalıkları Servisi'nden (Ankara) alınmıştır. Bu çalışma erkek olmanın PEG riskini ~2 kat arttırdığını göstermiştir. Clusterin rs11136000 C/T, rs1532278 C/T ve rs2279590 C/T için TT genotipi ~3 kat koruyucu, rs3087554 A/G için ise AA genotipi PEG hastalığında ~2.4 kat koruyucu görünmektedir. Birleştirilmiş haplotip analizine göre, clusterin rs11136000 C/T, rs1532278 C/T ve rs2279590 C/T için CC genotipi ile rs3087554 A/G için GA genotipine sahip olmak PEG ile PES hastalıkları için ayırt edici olabilir gibi görünmektedir. Aköz humor örneklerindeki clusterin ve total protein konsantrasyonu ile gözyaşı örneklerindeki total protein konsantrasyonu PEG hastalarında PES hastalarına ve kontrollere kıyasla istatistiksel olarak anlamlı seviyede yüksektir. Gözyaşında clusterin seviyesini ve Türk toplumunda aköz humordaki clusterin seviyesini inceleyen herhangi bir çalışma bulunmamaktadır ve bu yönüyle bu çalışma ilktir. Clusterin rs1532278 C/T PEG ve PES kapsamında, clusterin rs3087554 A/G Türk popülasyonunda, clusterin rs2279590 C/T ise PEG ve PES kapsamında Türk popülasyonunda ilk kez bu çalışmada incelenmiştir. İleride bu konularda daha fazla çalışma yapılarak bu sonuçlar onaylanabilir ve biyobelirteç olarak kullanılacak bir parametre geliştirilebilir. Bu çalışma bu yönüyle Biyomedikal Mühendisliği'ne katkı sağlayan, ileride geliştirilecek tanı ve tedavi araçları için alt yapı hazırlayan bir proje özelliği taşımaktadır. Anahtar Kelimeler: Psödoeksfoliasyon, Glokom, Clusterin, rs11136000 C/T, rs3087554 A/G, rs1532278 C/T, rs2279590 C/T, Genotip, Polimorfizm, Aköz humor, Gözyaşı.
Psödoeksfoliasyon sendromu ve glokomu ile clusterin genetik polimorfizmleri ve clusterin gözyaşı ve aköz humor seviyeleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
Psödoeksfoliasyon sendromu (PES), yaşa bağlı olarak gelişen, hücre dışı matrikste lifsi materyallerin hem oküler dokularda hem de çeşitli iç organlarda birikmesi ile karakterize edilen sistemik bir bozukluktur. Psödoeksfoliasyon sebebiyle oluşan glokoma psödoeksfoliatif glokom (PEG) adı verilir ve PEG tedavi edilmediğinde körlüğe sebep olabilmektedir. Bu nedenle PEG ve PES hastalığına yol açan potansiyel faktörlerin bulunması ve PEG gelişme riski olan PES hastalarının tespit edilmesi büyük önem taşımaktadır. Clusterin proteini hücresel stres durumlarında, yanlış katlanmış proteinlerin stresle tetiklenen çökelmesi ve yığışmasının önlenmesini sağlar. Isı şoku ve oksidatif stres gibi hücresel stres durumlarında clusterin ifadesi indüklenmektedir. PES hastalarında gözün ön kamarasındaki oksidatif ortam nedeniyle protein yanlış katlanmalarının meydana gelmesine rağmen PEG ve PES hastalarının aköz humor örneklerinde clusterin ifadesi azalmıştır. Clusterin ifadesindeki azalmanın sebeplerinden biri genetik polimorfizmler olabilir. Bu çalışma PEG ve PES riski ile clusterin genetik polimorfizmleri ve aköz humor ile gözyaşındaki clusterin protein seviyeleri arasındaki ilişkiyi incelemeyi amaçlamıştır. Bu çalışma kapsamındaki 213 PEG hastası, 214 PES hastası ve 215 kontrol bireyin tam kan örnekleri ile clusterin genetik polimorfizmlerinin genotiplemeleri PCR-RFLP ve real-time PCR yöntemleri ile yapılmıştır. 12 PEG hastası, 17 PES hastası ve 22 kontrolün aköz humor örneği ile 80 PEG hastası, 81 PES hastası ve 80 kontrolün gözyaşı örneğinin clusterin ve total protein konsantrasyonu analizleri ise ELISA ve Bradford yöntemleri ile yapılmıştır. Tüm örnekler Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göz Hastalıkları Servisi'nden (Ankara) alınmıştır. Bu çalışma erkek olmanın PEG riskini ~2 kat arttırdığını göstermiştir. Clusterin rs11136000 C/T, rs1532278 C/T ve rs2279590 C/T için TT genotipi ~3 kat koruyucu, rs3087554 A/G için ise AA genotipi PEG hastalığında ~2.4 kat koruyucu görünmektedir. Birleştirilmiş haplotip analizine göre, clusterin rs11136000 C/T, rs1532278 C/T ve rs2279590 C/T için CC genotipi ile rs3087554 A/G için GA genotipine sahip olmak PEG ile PES hastalıkları için ayırt edici olabilir gibi görünmektedir. Aköz humor örneklerindeki clusterin ve total protein konsantrasyonu ile gözyaşı örneklerindeki total protein konsantrasyonu PEG hastalarında PES hastalarına ve kontrollere kıyasla istatistiksel olarak anlamlı seviyede yüksektir. Gözyaşında clusterin seviyesini ve Türk toplumunda aköz humordaki clusterin seviyesini inceleyen herhangi bir çalışma bulunmamaktadır ve bu yönüyle bu çalışma ilktir. Clusterin rs1532278 C/T PEG ve PES kapsamında, clusterin rs3087554 A/G Türk popülasyonunda, clusterin rs2279590 C/T ise PEG ve PES kapsamında Türk popülasyonunda ilk kez bu çalışmada incelenmiştir. İleride bu konularda daha fazla çalışma yapılarak bu sonuçlar onaylanabilir ve biyobelirteç olarak kullanılacak bir parametre geliştirilebilir. Bu çalışma bu yönüyle Biyomedikal Mühendisliği'ne katkı sağlayan, ileride geliştirilecek tanı ve tedavi araçları için alt yapı hazırlayan bir proje özelliği taşımaktadır. Anahtar Kelimeler: Psödoeksfoliasyon, Glokom, Clusterin, rs11136000 C/T, rs3087554 A/G, rs1532278 C/T, rs2279590 C/T, Genotip, Polimorfizm, Aköz humor, Gözyaşı.
Psödoeksfoliasyon sendromu ve glokomu ile clusterin genetik polimorfizmleri ve clusterin gözyaşı ve aköz humor seviyeleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
Psödoeksfoliasyon sendromu (PES), yaşa bağlı olarak gelişen, hücre dışı matrikste lifsi materyallerin hem oküler dokularda hem de çeşitli iç organlarda birikmesi ile karakterize edilen sistemik bir bozukluktur. Psödoeksfoliasyon sebebiyle oluşan glokoma psödoeksfoliatif glokom (PEG) adı verilir ve PEG tedavi edilmediğinde körlüğe sebep olabilmektedir. Bu nedenle PEG ve PES hastalığına yol açan potansiyel faktörlerin bulunması ve PEG gelişme riski olan PES hastalarının tespit edilmesi büyük önem taşımaktadır. Clusterin proteini hücresel stres durumlarında, yanlış katlanmış proteinlerin stresle tetiklenen çökelmesi ve yığışmasının önlenmesini sağlar. Isı şoku ve oksidatif stres gibi hücresel stres durumlarında clusterin ifadesi indüklenmektedir. PES hastalarında gözün ön kamarasındaki oksidatif ortam nedeniyle protein yanlış katlanmalarının meydana gelmesine rağmen PEG ve PES hastalarının aköz humor örneklerinde clusterin ifadesi azalmıştır. Clusterin ifadesindeki azalmanın sebeplerinden biri genetik polimorfizmler olabilir. Bu çalışma PEG ve PES riski ile clusterin genetik polimorfizmleri ve aköz humor ile gözyaşındaki clusterin protein seviyeleri arasındaki ilişkiyi incelemeyi amaçlamıştır. Bu çalışma kapsamındaki 213 PEG hastası, 214 PES hastası ve 215 kontrol bireyin tam kan örnekleri ile clusterin genetik polimorfizmlerinin genotiplemeleri PCR-RFLP ve real-time PCR yöntemleri ile yapılmıştır. 12 PEG hastası, 17 PES hastası ve 22 kontrolün aköz humor örneği ile 80 PEG hastası, 81 PES hastası ve 80 kontrolün gözyaşı örneğinin clusterin ve total protein konsantrasyonu analizleri ise ELISA ve Bradford yöntemleri ile yapılmıştır. Tüm örnekler Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesi Göz Hastalıkları Servisi'nden (Ankara) alınmıştır. Bu çalışma erkek olmanın PEG riskini ~2 kat arttırdığını göstermiştir. Clusterin rs11136000 C/T, rs1532278 C/T ve rs2279590 C/T için TT genotipi ~3 kat koruyucu, rs3087554 A/G için ise AA genotipi PEG hastalığında ~2.4 kat koruyucu görünmektedir. Birleştirilmiş haplotip analizine göre, clusterin rs11136000 C/T, rs1532278 C/T ve rs2279590 C/T için CC genotipi ile rs3087554 A/G için GA genotipine sahip olmak PEG ile PES hastalıkları için ayırt edici olabilir gibi görünmektedir. Aköz humor örneklerindeki clusterin ve total protein konsantrasyonu ile gözyaşı örneklerindeki total protein konsantrasyonu PEG hastalarında PES hastalarına ve kontrollere kıyasla istatistiksel olarak anlamlı seviyede yüksektir. Gözyaşında clusterin seviyesini ve Türk toplumunda aköz humordaki clusterin seviyesini inceleyen herhangi bir çalışma bulunmamaktadır ve bu yönüyle bu çalışma ilktir. Clusterin rs1532278 C/T PEG ve PES kapsamında, clusterin rs3087554 A/G Türk popülasyonunda, clusterin rs2279590 C/T ise PEG ve PES kapsamında Türk popülasyonunda ilk kez bu çalışmada incelenmiştir. İleride bu konularda daha fazla çalışma yapılarak bu sonuçlar onaylanabilir ve biyobelirteç olarak kullanılacak bir parametre geliştirilebilir. Bu çalışma bu yönüyle Biyomedikal Mühendisliği'ne katkı sağlayan, ileride geliştirilecek tanı ve tedavi araçları için alt yapı hazırlayan bir proje özelliği taşımaktadır. Anahtar Kelimeler: Psödoeksfoliasyon, Glokom, Clusterin, rs11136000 C/T, rs3087554 A/G, rs1532278 C/T, rs2279590 C/T, Genotip, Polimorfizm, Aköz humor, Gözyaşı.
Prostat kanserinin erken tanısına yönelik prostat spesifik membran antijeni (PSMA) tabanlı immünosensörlerin geliştirilmesi ve performanslarının karşılaştırılması
Prostat Kanseri (PK), erkeklerde genellikle periferal bazal hücrelerde gelişen bir kanser tipidir. Hastalığın klinikteki tanısında, serum Prostat Spesifik Antijeni (PSA) testi, parmakla rektal muayene (PRM) ve Trans-rektal Ultrasonografi (TRUS) gibi testler kullanılmakta, normal dışı PRM/TRUS ve/veya PSA değerinin 4 ng/mL' nin üzerinde olması gibi anomalilerden herhangi ikisi birlikte olduğunda iğne biyopsisi yapılmaktadır. Hastalığın aşamasının belirlenmesinde, yukarıda bahsi geçen test sonuçları baz alınarak Gleason Skorlaması kullanılmaktadır. Erkeklerde akciğer kanserinden sonra ikinci sırada kansere bağlı mortaliteye ve morbiditeye sebep olan bu hastalığın erken dönemde ve doğru tanısının yapılması oldukça önemlidir. Ancak serum biyobelirteci PSA'nın prostat kanserine özgü değil sadece prostata spesifik bir biyobelirteç olması hastalığın doğru tanısını engellemektedir. Bu nedenle prostat kanserinin doğru ve erken tanısında kullanılabilecek, prostat kanserine özgü biyobelirteçlere dayalı, yüksek performanslı tanı yöntemleri/testlerinin geliştirilerek klinik uygulamalara kazandırılması önem teşkil etmektedir. Bu doğrultuda, doktora tez çalışması kapsamında, prostat kanserine spesifik bir biyobelirteç olduğu literatürdeki çalışmalarda sıklıkla ifade edilen Prostat Spesifik Membran Antijeni (PSMA) ölçümünü hedef alan, kuvars ayar çatalı (QTF) tabanlı kütle hassas ve ekran baskılı elektrot (SPE) tabanlı elektrokimyasal PSMA immünosensörlerinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmanın ilk basamağında, QTF dönüştürücü yüzeyleri sırasıyla amino gruplarınca zengin amiloid benzeri protein nanofiberler ve plazma polimerize ince filmler ile modifiye edilmiştir. Yüzey aktivasyonundan sonra, PSMA antijene özgü antikorun (a-PSMA) QTF yüzeylerine immobilizasyonu yapılmış ve geliştirilen immünosensörün hedef analiti PSMA ile etkileşimi rezonans frekansındaki değişimler ölçülerek takip edilmiştir. İkinci aşamada, elektrokimyasal tabanlı immünosensörün geliştirilmesi hedeflenmiş ve bu hedef doğrultusunda altın çalışma elektrotlu SPE' lerin yüzeyleri sisteamin fonksiyonelleştirilen altın nanoparçacıklar (Cys-AuNp) ile modifiye edilmiştir. Yüzey fonksiyonelleştirilmesi sonrasında, N,N-karbonildiimidazol (CDI) aracılığı ile antikor immobilizasyonu gerçekleştirilmiş ve geliştirilen immünosensörün hedef analiti -PSMA- ile etkileşimi sırasıyla voltametrik analiz ve empedans spektroskopisi ile test edilmiştir. Cys-AuNp modifikasyonu, elektrokimyasal immünosensörlerin analitik ölçüm performansını arttırarak pikogram seviyesindeki analitin dahi fizyolojik tampon çözeltisi (pH:7,4) ve serum ortamlarında tayin edilmesine olanak sağlamıştır. Özetle, bu doktora tez çalışması kapsamında, prostat kanserine spesifik PSMA antijeninin ve PSMA ekspresyonu gösteren hücrelerin ölçümünü temel alan, prostat kanserinin teşhisinde doğrudan/destekleyici olarak kullanılabilecek, QTF-tabanlı kütle hassas ve SPE-tabanlı elektrokimyasal immünosensörlerin tasarımları gerçekleştirilmiş ve geliştirilen immünosensörlerin performansları değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, bu doktora tezinde sunulan elektrokimyasal tabanlı immünosensorün prostat kanseri veya diğer kanser tiplerinde geliştirilmesi planlanan gelecekteki tanı sistemleri için bir altyapı sunacağına inanılmaktadır.