Akciğer hücre hattında nitrofenin global gen ifadelenmesine etkilerinin RNA-Seq yöntemiyle incelenmesi

Amaç: Bu çalışmanın amacı, çevresel bir toksikan olan nitrofenin insan bronşiyal epitel hücre hattı BEAS-2B üzerindeki moleküler etkilerini transkriptomik düzeyde değerlendirmek ve elde edilen bulguları doğrulayıcı yöntemlerle desteklemektir. Materyal ve Metot: BEAS-2B hücreleri kültüre edildi ve hücre canlılığı analizi sonucunda belirlenen 800 µM nitrofen ile 24 saat muamele edildi. Ardından RNA izolasyonu yapıldı ve örnekler RNA-Seq analizi için dizilendi. Diferansiyel gen ekspresyon analizi yapıldı; anlamlı genler GO ve KEGG zenginleştirme analizleri ile değerlendirildi. Seçilen genlerin ekspresyon düzeyleri RT-qPCR ile, protein düzeyindeki değişimler ise Western blot ile doğrulandı. Bulgular: RNA-Seq analizi sonucunda 502 genin anlamlı düzeyde diferansiyel eksprese olduğu ve bu genlerin 320'sinin artan, 182'sinin azalan genler olduğu belirlendi. Zenginleştirme analizleri ile nitrofen maruziyetinin hücresel stres yanıtı, metabolik süreçler ve epitel fonksiyonları ile ilişkili yolakları etkilediği gösterildi. RT-qPCR sonuçları ile RNA-Seq bulguları arasındaki uyum büyük ölçüde doğrulandı, Western blot analizleri ile de seçilen hedeflerde benzer eğilimlerin gözlendiği belirlendi. Sonuç: Nitrofen maruziyetinin BEAS-2B hücrelerinde geniş kapsamlı gen ekspresyon değişimlerine yol açtığı ve stres yanıtı, metabolik düzenleme ile epitel bütünlüğüyle ilişkili yolakları etkilediği belirlendi. Bulgular, nitrofenin insan hava yolu epiteli üzerindeki çok yönlü etkilerine işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: BEAS-2B, Diferansiyel Gen Ekspresyonu, Nitrofen, RNA-Seq, Toksisite