Theses supervised by Prof. Dr. Ahmet Koç
15 theses · İstanbul 29 MayIs University, İnönü University, Recep Tayyip Erdoğan University
Askeriyede manevi danışmanlık ve rehberlik
Ordu teşkilatlarında manevi danışmanlık ve rehberlik hizmeti Amerika Birleşik Devletleri başta olmak üzere dünyanın birçok ülkesinin askeri teşkilatlarında süregelen bir yapı olarak karşımıza çıkmaktadır. Tespit edebildiğimiz kadarıyla günümüzde dünya ordu teşkilatlarında din hizmetleri bulunmayan sadece 21 ülke mevcuttur. Dünyanın birçok ülkesinde Din İşleri Subaylığı (military chaplain) kurumu bulunmakta ve manevi danışmanlar yüzyıllardır ordu içerisinde çeşitli vazifelerde görev almaktadır. Türk tarihinin farklı dönemleri incelendiğinde de askeriyede din hizmetleri ve manevi danışmanlığa dair köklü bir geçmişe sahip olduğumuz görülmektedir. Özellikle Osmanlı Devleti'nde sistematik hale gelmiş ordu şeyhliği ve askeri imamlık müessesi bir anlamda askeri manevi danışmanlık ve rehberlik hizmetinin kapsamına girmektedir. Günümüzde ise Türk Silahlı Kuvvetleri'nde din subaylığı ve askeri manevi danışmanlık alanı yeni bir akademik ve fiili hizmet sahası olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmanın amacı başta din subaylığı ve askeri manevi danışmanlık müessesini yüzyıllardır bünyesinde barındıran ABD başta olmak üzere bazı dünya ülkelerindeki askeri manevi danışmanlığın tarihi, sistemi, organizasyonu ve güncel durumundan haberdar olarak ülkemizde yapılacak çalışmalar için akademik zemin oluşturmaktır. Araştırma çeşitli ülkelere dair askeri manevi danışmanlık üzerine yazılmış eserler, akademik tezler, makaleler ve haberler incelenerek yapılandırılmıştır. Araştırma neticesinde 21. yüzyılda faal olarak birçok ülkenin doğrudan ya da dolaylı olarak askeri manevi danışmanlık ve rehberlik hizmetinden yararlandığı ve din subaylığı müessesinin ordunun içerisinde önemli bir birim olduğu ortaya koyulmuştur.
Zernûcî‟nin Ta„lîmü‟l-Müte„allim adlı eseri ile İbn İsmail‟e atfedilen şerhi (karşılaştırmalı bir inceleme)
Zernûcî (ö.VI./XII. yüzyılın sonları), Ta'lîmü'l-Müte'allim Tarîka't-Teallüm adlı eserini öğretim yöntem ve tekniklerini sistematik biçimde inceleyen âlimlerdendir. Söz konusu eser Osmanlı döneminde yankı uyandırmış ve üzerine çok sayıda tercüme ve şerh çalışması yapılmıştır. Tezimize konu olan ve İbn İsmail'e atfedilen Şerhu Ta'limi'l-müte'allim ise matbu nüshaları ve el yazması nüshalarının fazlalığı sebebiyle Ta'lîmü'l-müte'allim'in en meşhur şerhi olarak kabul görmektedir. Bu çalışmanın amacı başta Zernûcî olmak suretiyle Ta'lîmü'l-müte'allim ile ilgili genel bir çerçeve çizerek akabinde İbn İsmail'e atfedilen şerhi incelemek ve İbn İsmail'in görüşlerini Zernûcî ile karşılaştırmalı olarak değerlendirmektir. Bu amaçla araştırmada Ta'lîmü'l-müte'allim ve İbn İsmail'e atfedilen şerhin el yazması nüshaları, konu ile ilgili yazılmış akademik tezler, makaleler ve eserler incelenmiş ve tez bu kaynaklar üzerine yapılandırılmıştır. Bu çerçevede araştırmada Zernûcî'nin hayatı kapsamlı şekilde incelenmiş, Ta'lîmü'l-müte'allim'in İslam eğitim tarihindeki yeri tespit edilmeye çalışılmış, İbn İsmail'in eğitimle ilgili görüşleri Ta'lîmü'l-müte'allim şerhinden hareketle ortaya konulmuş ve son olarak şârihin görüşleri Zernûcî ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir.
Spinal müsküler atrofi tedavisinde kullanılma potansiyeline sahip ve hücre membranından geçebilen modifiye rekombinant SMN1 proteininin üretilmesi ve saflaştırılması
Amaç: PEP1-SMN1 proteinini modifiye rekombinant şekilde üretip hücre membranından geçişini sağlamak. Fakat bu çalışma kapsamında preklinik ya da klinik çalışma bulunmamaktadır sadece proteinin üretimi ve hücre kültürü ortamında hücre membranından geçme potansiyeli araştırılmıştır. Materyal Metod: Çalışmada temel olarak PEP1 (sinyal peptidi) + SMN1 proteini + 6x histidin yapısında rekombinant protein üretimi yapıldı. Vektörün hazırlanması gen sentezi yollarından birisi ile yapıldı. Oluşturulan vektör DNA sekans analizi ile doğrulandıktan sonra E. coli BL21 suşuna aktarılırak ilgili proteinin bakteride ifade edilmesi sağlandı. Protein üretimi IPTG ile indüklendi ve sonrasında 6XHis işareti kullanılarak ticari bir metal afinite kromotografisi kiti ile saflaştırıldı. Saflaştırılan proteinin miktar tayini Bradford testi ile ve saflık derecesi SDS-PAGE analizi incelendi. Çalışmada İnsan nöron kökenli hücre hatları kullanıldı. (SHSY5Y). Besiyeri olarak nöron hücreleri için uygun olan DMEM ve Ham's F12 ortamı ve %10 ek fetal bovine serum kullanıldı. Farklı miktarlarda hücre kültürüne eklenen proteinin farklı zaman aralıklarında hücre içine girişi 6XHis spesifik antikor kullanılarak Western blotlama analizleri ile gösterildi. Bulgular: Yapılan analizler sonucunda, PEP1-SMN1 rekombinant proteininin hücre membranından geçme potansiyelinin başarılı bir şekilde doğrulandığı gözlemlendi. İndüksiyon sürecinde 0.5 mM IPTG ve 30°C'de 4 saatlik inkübasyonun en uygun şartlar olduğu belirlendi. Western blot analizleri, proteinin teorik ağırlığına yakın bir bant gösterdi. Hücre kültür deneylerinde, proteinin hücre yapışmasını ve membran geçişini destekleyen olumlu sonuçlar elde edildi. Sonuçlar: Bu çalışmada, PEP1-SMN1 rekombinant proteininin hücre membranından geçebilen potansiyel bir terapötik ajan olarak başarılı bir şekilde üretildiği ve saflaştırıldığı gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar, protein indüksiyonu ve saflığı için optimize edilen yöntemlerin etkili olduğunu göstermektedir. Bu bulgular, Spinal Musküler Atrofi tedavisi için gelecekteki preklinik araştırmaların temelini oluşturabilecek nitelikte önemli katkılar sunmaktadır. Anahtar kelimeler: SMN1, IPTG, BL21, SMA, DMEM, FBS, PEP1
Akciğer hücre hattında nitrofenin global gen ifadelenmesine etkilerinin RNA-Seq yöntemiyle incelenmesi
Amaç: Bu çalışmanın amacı, çevresel bir toksikan olan nitrofenin insan bronşiyal epitel hücre hattı BEAS-2B üzerindeki moleküler etkilerini transkriptomik düzeyde değerlendirmek ve elde edilen bulguları doğrulayıcı yöntemlerle desteklemektir. Materyal ve Metot: BEAS-2B hücreleri kültüre edildi ve hücre canlılığı analizi sonucunda belirlenen 800 µM nitrofen ile 24 saat muamele edildi. Ardından RNA izolasyonu yapıldı ve örnekler RNA-Seq analizi için dizilendi. Diferansiyel gen ekspresyon analizi yapıldı; anlamlı genler GO ve KEGG zenginleştirme analizleri ile değerlendirildi. Seçilen genlerin ekspresyon düzeyleri RT-qPCR ile, protein düzeyindeki değişimler ise Western blot ile doğrulandı. Bulgular: RNA-Seq analizi sonucunda 502 genin anlamlı düzeyde diferansiyel eksprese olduğu ve bu genlerin 320'sinin artan, 182'sinin azalan genler olduğu belirlendi. Zenginleştirme analizleri ile nitrofen maruziyetinin hücresel stres yanıtı, metabolik süreçler ve epitel fonksiyonları ile ilişkili yolakları etkilediği gösterildi. RT-qPCR sonuçları ile RNA-Seq bulguları arasındaki uyum büyük ölçüde doğrulandı, Western blot analizleri ile de seçilen hedeflerde benzer eğilimlerin gözlendiği belirlendi. Sonuç: Nitrofen maruziyetinin BEAS-2B hücrelerinde geniş kapsamlı gen ekspresyon değişimlerine yol açtığı ve stres yanıtı, metabolik düzenleme ile epitel bütünlüğüyle ilişkili yolakları etkilediği belirlendi. Bulgular, nitrofenin insan hava yolu epiteli üzerindeki çok yönlü etkilerine işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: BEAS-2B, Diferansiyel Gen Ekspresyonu, Nitrofen, RNA-Seq, Toksisite
Paladyum karben komplekslerinin antikanser etkilerinin hücre kültüründe araştırılması
Amaç: Bu çalışmanın amacı, N-heterosiklik karben (NHC) öncüllerini sentezleyerek palladyum kompleksleri hazırlamak ve bu bileşiklerin hücre kültürü modelinde biyolojik aktivitelerini incelemektir. Materyal Metod: Bu çalışmada paladyum karben kompleksleri sentezlendi, yapısal karakterizasyonları doğrulandıktan sonra hücre kültürü deneylerinde değerlendirildi. Hücreler uygun koşullarda çoğaltılarak belirlenen konsantrasyonlarda bileşikler ve kontrol grupları ile muamele edildi. Tedavi sonrası hedef gen ekspresyonları RT-qPCR, protein düzeyleri ise Western blot ile analiz edildi. Hücre ölüm yanıtı Annexin V/PI boyaması ile akım sitometrisi kullanılarak, hücre döngüsü dağılımı ise PI boyaması ile belirlendi. Ayrıca, bileşiklerin etkileri migrasyon ve invazyon analizleri ile değerlendirildi. Elde edilen veriler uygun istatistiksel yöntemlerle analiz edilerek karşılaştırmalı olarak raporlandı. Bulgular: A549 hücre hattında yapılan analizler, sentezlenen paladyum karben komplekslerinin hücresel düzeyde belirgin biyolojik etkiler oluşturduğunu göstermiştir. RT-qPCR sonuçlarında p53 gen ekspresyonunun arttığı ve proliferasyonla ilişkili genlerde değişimler olduğu belirlenmiştir. Western blot bulguları bu değişimleri desteklemiştir. Ayrıca, migrasyon ve invazyonun baskılandığı, apoptozun arttığı ve hücre döngüsü dağılımının etkilendiği gözlenmiştir. Sonuçlar: Bu çalışmada, sentezlenen paladyum karben komplekslerinin hücresel düzeyde antikanser aktivite sergileyerek proliferasyonu baskıladığını, apoptozu indüklediğini ve hücre hareketliliğini azalttığını ortaya koymaktadır. Anahtar kelimeler: NHC, Pd, A549, M-NHC, Pt
İdiopatik parkinson hastalığının patogenezinde rol alan moleküler yolaklarda epigenetik değişikliklerin araştırılması
Amaç: İdiopatik Parkinson hastalığına nedeni moleküler düzeyde tam olarak belirlenememiştir. Dejenerasyona neden olabilecek moleküler mekanizmalardan yanlış katlanmış protein stresi ve otofaji ön plana çıkmıştır. Endoplazmik retikulum stresi ve otofajide görevli proteinlerin gen ekspresyonunu etkileyebilecek epigenetik değişikliklerin bu hastalığın patofizyolojisindeki rolünün araştırılması amaçlanmıştır. Materyal Metod: Parkinson tanısı almış hastaların kanlarından DNA izole edilerek metilasyon spesifik restrüksiyon enzimleri ile elde edilen DNA'lar kesilmiştir. Kesilmiş ve kesilmemiş DNA'lar RT PCR ile amplifiye edilerek DNA'lar arasındaki PCR sonucununn farkı ile metile olmayan DNA miktarı elde edilmiştir. Hastalarla kontroller arasındaki metilasyon farklılığı ve hastaların inflamasyon markerları ile ilişkisi değerlendirilmiştir. Bulgular: ER stres ve otofaji ilişkili genlerin metilasyon düzeyi kontrollere göre düşük saptanmıştır. (EİF2AK3 p=0.015, MAOA p=0.003, ATF6 p=0.002, NBR1 p=0.007, GBA p=0.012, LRRK2 p=0.043, PRKN p=0.005, ASK1 p=0.035 ve CHOP p<0.001) değerleri ile istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmışken XBBP istatistiksel olarak anlamlı değildir (p=0.157). XBP1 metilasyon düzeyi ile mini mental test arasında pozitif (r=0.563, p=0.003), sedimentasyonları ile negatif korelasyon gözlenmiştir (r=-0.661, p=0.010). Otofaji ile ilişkili PRKN gen metilasyon düzeyi depresyon ile negatif korele olarak izlenmiştir (r=-0.434, p=0.030). CHOP geninin metilasyon düzeyi inflamasyon markerı olan M/HDL ile negatif koreledir (r=-0.437, p=0.038). LRRK2 metilasyon düzeyi ile sedimentasyon negatif korele olarak saptanmıştır (r=-0.546, p=0.043). Sonuçlar: PH patogenezinde ER stres, otofaji ve epigenetik regülasyon arasında ilişki mevcuttur. Bu ilişki nörodejeneratif ve nöroprotektif yolaklar arasındaki dengeyi oluşturmaktadır. Nörodejeneratif süreci hızlandırdığı düşünülen terminal ER stress ilişkili genlerde hipometilasyon patogenezde önemli role sahiptir. Özellikle PH geliştikten sonra bu genlerdeki hipometilasyon ve inflamasyonun çift yönlü etkileşimi PH kliniğinin ilerlemesinde önemli bir etkendir.
Borik asitin NFKB sinyali iletim yolağına etkisinin NFKB-GFP belirteç sistemi entegre edilmiş transgenic HEK293 hücre hattı kullanılarak çalışılması
Amaç: Araştırma, insan sağlığı üzerine birçok metabolik ve biyokimyasal etkisi olduğu bilinen borik asitin, inflamatuar yanıtların anahtar düzenleyicisi olan NF-κB yolağını regüle edebilme potansiyelini belirlemek amacıyla yapılmıştır. Materyal ve Metot: Bu araştırmada NF-κB-GFP belirteç sistemi entegre edilmiş transgenik HEK293 hücreleri model olarak kullanılmıştır. Bu doğrultuda, çalışma için uygun TNFα ve borik asit miktarları tespit edilmiştir. Ardından TNFα ile uyarılmış ve aktifleşmiş NF-κB sinyal iletim yolağına, kontrol grubuna kıyasla borik asitin etkisi incelenmiştir. Borik asitin NF-κB yolağını regüle edebilme kapasitesi akış sitometrik analizlerle belirlenmiştir. TNFα ve borik asit uygulanmış hücrelerin GFP yoğunluğunun ortalaması ve standart sapması, üç bağımsız biyolojik deneyden hesaplanmıştır. İstatistiksel testler için iki örneklem konum t-testi kullanılmıştır. Bulgular: Bu çalışmada kullanılan HEK293 hücrelerinin genomuna entegre GFP kaseti bulunduğundan, akış sitometrik analizlerle kontrol grubunda bir miktar GFP ekspresyonu gözlemlenmiştir. Belirli dozlarda TNFα verildiğinde, hücrelerde kontrol grubuna kıyasla 6-8 kat daha yoğun GFP ekspresyonu belirlenirken (p<0.0001), sadece borik asit uygulandığında, hücrelerde kontrol grubuna kıyasla eşit veya daha az yoğunlukta GFP ekspresyonu gözlemlenmiştir (p<0.05). TNFα ve farklı dozlarda borik asit birlikte verildiğinde ise, TNFα grubuna kıyasla GFP yoğunluğunun azaldığı gözlemlenmiştir (p<0.05). Sonuç: Analizler sonucunda, HEK293 hücrelerine tek başına borik asitin muamelesi kontrole kıyasla etkili bir fark oluşturmamışken, TNFα ile aktive edilen yolakta borik asit muamelesinin NF-κB aktivasyonunu azaltıcı yönde etkisi olduğu ortaya konmuştur.
A549 insan akciğer adenokarsinom hücre hattında rna temelli p53 tümör supresör gen aktivasyonu ve kras proto-onkogen inhibisyonunun kombine olarak terapötik kullanımının araştırılması
Amaç: Çalışmada, mutant KRAS ve yabani tip p53 taşıyan kanser hücrelerinde KRAS ekspresyonunu inhibe eden siRNA ile p53 ekpresyonunu aktive eden saRNA'nın birlikte kullanımının ayrı ayrı transfeksiyonlarına kıyasla antikanser etkisinin ortaya konması ve yeni bir RNA temelli terapötik yaklaşım geliştirilmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: Çalışmada temel olarak A549 hücre hattı ve kontrol olarak HCT116 hücre hattı kullanıldı. AuNP sentezi gerçekleştirildi, sentezlenen AuNP'lerin küçük RNA'lar ile konjugasyonları yapıldı ve hücreler konjugatlar ile transfekte edildi. Transfeksiyon sonrası mRNA ve protein ekspresyonu analizleri sırasıyla RT-qPCR ve Western Blot yöntemleri ile gerçekleştirildi. mRNA ve protein analizleri ile etkili küçük RNA konsantrasyonları belirlendi. Belirlenen konsantrasyonlar kullanılarak kombine ve ayrı ayrı olarak transfeksiyon işlemleri gerçekleştirildi ve hücre canlılığı testi, hücre döngüsü analizi, apoptoz ve nekroz testi, koloni oluşturma deneyi, yara iyileşmesi deneyi, invazyon ve migrasyon deneyleri yapılarak tranfeksiyonun neden olduğu hücresel düzeyde olaylar incelendi. Student's t-test uygulanarak sonuçlar istatistiksel olarak değerlendirildi. Bulgular: Her iki küçük RNA'nın birlikte 50 nM konsantrasyonla transfekte edilmesi, ayrı ayrı transfeksiyonlarına kıyasla sırasıyla A549 ve HCT116 hücre hatlarında p53 mRNA seviyelerinde (p<0.001, p<0.01) ve protein seviyelerinde (p<0.001, p<0.01) önemli bir artışa neden olduğu ve KRAS mRNA ve protein seviyelerini değiştirmediği saptandı (p>0.05). Her iki hücre hattında, kombine tedavi yaklaşımının ayrı ayrı transfeksiyonlara kıyasla hücre döngüsünü G0/G1 fazında daha fazla durdurduğu, apoptozu daha çok tetiklediği ve hücre proliferasyonunu, koloni oluşturma yeteneğini, invazyonu ve migrasyonu daha fazla azalttığı belirlendi. Sonuç: Çalışmamıza konu olan kombine yaklaşımın her iki hücre hattı için kontrol grubuna kıyasla antikanser etki sağladığı ve bu yaklaşımın her iki küçük RNA'nın ayrı ayrı sağlamış olduğu antikanser etkiye oranla çok daha fazla antikanser etkiye sahip olduğu ortaya konmuştur. Anahtar Kelimeler: A549, HCT116, siRNA, saRNA, KRAS, p53.
İnsan akciğer epitel hücresi ve akciğer kanseri hücrelerinde borik asidin endoplazmik retikulum stresi üzerindeki rolü
Amaç: Araştırma Borik asit akciğer epitel hücreleri ve akciğer kanser hücreleri modellerinde ER stresi yolağını aktif hale getiriyor mu? Western Blot ve RT-qPCR tekniğinden yararlanılarak borik asitin ER stresi üzerindeki rolünün araştırılması, protein ve mRNA ifadelenmesinin belirlenmesi amaçlanmaktadır. Materyal Metod: Bu araştırmada A549 ve BEAS2B hücreleri model olarak kullanılmıştır. Bu doğrultuda, çalışma için uygun borik asit miktarı MTT analizleriyle tespit edilmiştir. Bu çalışmanın ardı sıra uygun koşullarda kültüre edilmiş hücrelere borik asit uygulaması yapılarak RNA ve protein izolasyonları yapılarak RT-PZR ve Western Blot analiz testleri yapılmıştır. Bulgular: ER stres yolağında rol alan genlerin (PERK, XBP1, MAOA, ATF6) gen ifadelenmesi seviyeleri relatif kuantitatif analizler ve Student T testi yapılarak karşılaştırılmıştır. PERK, XBP1 genlerinde ER stresine bağlı UPR' ye cevap olarak borik asitin apoptozu tetiklediği (PERK p1=0.000488 p2=0.000977, XBP1 p1=0.000253 p2=0.000506) p<0.05 değerleri ile istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmışken, MAOA ve ATF6 strese bağlı aşırı gen ifadelenmesi tesbit edilmemiş olup (MAOA p1=0.450321203 p2=0.900642405, ATF6 p1=0.496131 p2=0.992261) değerleri ile anlamlı fark saptanmadığı görülmüştür. İmmünblotlama analizlerinde de PERK, XBP1'de protein seviye analizlerinin kontrole oranladığında RT-PZR analiz sonuçlarını desteklediği görülmüştür. ATF6 ve MAOA için ise PZR sonuçlarına benzer anlamlı fark görülmemiştir. MAOA, RT-PZR analiz sonucuna nazaran immünblotlama analizinde anlamlı fark görülmüştür. Sonuç: Analizler sonucunda, A549 ve BEAS2B hücrelerine borik asit muamelesi kontrole kıyasla ER stresini artırdığını buna bağlı olarak PERK, XBP1 ve MAOA anlamlı bir fark görülmüş olup ATF6 'da anlamlı fark görülmemiştir. Anahtar Kelimeler: ATF6, Bor toksisitesi, Endoplazmik Retikulum(ER) stresi, Real Time qPCR, Western blot
İnsan P53 tümör süpresör proteini ile insan aprataksin, SACM1L ve METAP1 proteinleri arasındaki protein-protein etkileşimlerinin ortaya çıkartılması
Amaç: p53 transkripsiyon faktörü; hücre döngüsünün durması, DNA onarımı ve apoptoz gibi birçok biyolojik fonksiyonlarda görev almaktadır. p53 aktivitesi, post-translasyonel modifikasyonlar dahil birçok faktör tarafından düzenlenir. Daha önce yapılan ön çalışmada, heterolog maya sistemindeki insan p53 aktivitesini düzenleyen antioksidan genlerin bulunması için antioksidan genleri bulunmayan 109 farklı mutant taranmıştır. Bu tarama kapsamında üç tanesinin (Δhnt3, Δsac1 ve Δmap1), yabanıl tip hücrelere kıyasla daha düşük p53 aktivitesi gösterildiği bulunmuştur. Bu genlerin insan homologlarının (APTX, SACM1L ve METAP1) p53 regülasyonunda rol oynamaları muhtemeldir. Tez çalışması dahilinde p53 ile insan APTX, SACM1L ve METAP1 proteinleri arasındaki protein-protein etkileşimlerinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: p53 ve hedef proteinler arasındaki protein-protein etkileşimlerini incelemek için maya ve insan hücre kültür modelleri kullanılmıştır. Maya ikili hibrit sistemi ve Co-IP tekniklerinden faydalanılarak protein-protein etkileşimlerinin analizleri yapılmıştır. Bulgular: Maya ikili hibrit ile ilgili deneylerde protein interaksiyonlarının belirlenebilmesi için LacZ raportör geninden faydalanılarak analizler yapılmıştır. Analiz sonucunda p53 içeren transformantlar ile kontrol grubu transformantlar arasında p53-APTX transformantında anlamlı farklılık olduğu görülmüştür (p<0.05). Daha sonra yapılan Co-IP deneylerinde, normal büyüme şartlarındaki MCF 10A hücrelerindeki p53 ile hedef genler arasında Western Blot analizi ile direkt bir etkileşim saptanamamıştır. Sonuç: Analizler sonucunda sadece APTX' in p53 proteini ile etkileştiğini göstermektedir. Bununla birlikte, bu etkileşim MCF 10A hücrelerinde normal büyüme koşulları altında Co-IP deneyleri ile belirlenememiştir. Anahtar Kelimeler: APTX, kanser, METAP1, p53, protein-protein etkileşimi, SACM1L
İnsan p53 Transkripsiyon faktör aktivitesinin tersinir metiyonin oksitlenmesi ile düzenlenmesi
İnsan p53 Transkripsiyon Faktör Aktivitesinin Tersinir Metiyonin Oksitlenmesi ile Düzenlenmesi Amaç: p53 insanda bulunan en önemli tümör baskılayıcı proteini olup, hücre döngüsünün durdurulmasında,DNA tamirinde ve apoptoz gibi birçok biyolojik fonksiyonda görev almaktadır.p53 aktivitesini kontrol eden birçok post-transasyonel mekanizma bilinmektedir fakat oksidatif stres ile kontrol edilmesi net bir şekilde bilinmemektedir.p53'ün yapısında bulunan metiyonin amino asitleri bir oksidasyon durumunda metiyonin sülfoksit gruplarını(metO) oluşturmakta ve bu da p53'ün işlevini bozmaktadır.Antioksidan grubu enzimler olan Metiyonin Sülfoksit Redüktazlar metiyonin sülfoksitleri indirgeyerek tekrar metiyonine indirgemektedirler.Bu projenin genel amacı p53 üzerindeki metiyonin oksidasyonu/Redüksiyonu ile Msr grubu enzimlerin rol aldığı bir aktivite kontrol mekanizmasının olup olmadığının tespit edilmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Msr enzimlerinin p53 aktivitesi üzerine olan etkisi, normal şartlar ve oksidatif stres şartları altında maya hücrelerinde incelenmiştir. Bulgular: Metiyonin Sülfoksit Redüktaz genleri olmayan mutantların, p53'e bağlı Lac-Z aktivitesi kontrol hücrelere kıyasla daha yüksek çıkmıştır. Bununla birlikte MSR genlerinin aşırı ekpresyonu p53 aktivitesinde bir değişime neden olmamıştır. Mutantların 1mM hidrojen peroksit ile muamelesinde p53 aktivitesinde farklılıklar gözlenmiştir. Spesifik olarak hem MSRA hem MSRB genlerine sahip olmayan hücrelerin p53 aktivitesinin daha az olduğu görülmüştür. Sonuç: Oksidatif streste p53'te meydana gelen aktivite kaybının Msr enzimleri tarafından korunduğu ve kontrol edildiği sonucu oluşmuştur. Anahtar Kelimeler: Metiyonin Sülfoksit Redültaz, Transkripsiyon, p53, Oksidatif Stres, Antioksidan Regülasyon
Yeni nesil triazole grubu antifungal ilaçlardan tioconazole dirençlilik sağlayan genlerin bulunması
Yeni Nesil Triazole Grubu Antifungal İlaçlardan Tioconazole Dirençlilik Sağlayan Genlerin Bulunması Amaç: Tıp alanındaki yeni gelişmeler: Kemik iliği nakli, kemoterapi, karaciğer ve böbrek transplantasyonları, yoğun bakımda tedavi gerektiren hasta sayısının artmasına neden olmaktadır. Tedavilerde kullanılan geniş spektrumlu antibiyotikler, kortikostereoitler, yoğun bakım sürecinin uzaması, organ ve doku nakillerinde organ reddini engellemek için kullanılan ümminsüpresiflere bağlı sistemik mantar enfeksiyonlarının morbidite ve mortalitesinde önemli artışa neden olmaktadır. Hastanelerde antifungal duyarlılık testlerinin çıkması uzun sürdüğünden hastalara gerekli tedavinin verilmesinde gecikmelere ve antifungallerin etkili kullanılamamasına neden olmaktadır. Amacımız maya mantarında uygulanabilen genetik/ genomik yöntemlerden yararlanarak mantar enfeksiyonlarının tedavisinde kullanılan tioconazole karşı hücrelerin nasıl dirençlilik kazandıklarının saptamaktır. Materyal ve Metot: Çalışmamızda BY4741 S. cerevisiae maya suşu için YPD agar ortamında TIO için MIC dozunu belirledik. Tarama amacı ile gDNA transforme edilmiş hücreleri, ilacın öldürücü dozlarını içeren YNB plaklarına yaydık ilaca az duyarlı olan koloniden plazmitleri izole ettik. İlacın varlığında büyümeden sorumlu olduklarını kanıtlamak için taze yabanıl tiplerini trasforme etmek için kullandık. Onayladıktan sonra plazmitler Yep13F1 primeri kullanılarak sekanslandı. Bulgular: Dirençli koloninin, Maya 12. Kromozomu üzerinde bir DNA bölgesini içermiş olduğu saptandı. Bu DNA sekans dizisi Yeast Genome Database (https://www.yeastgenome.org) veri tabanında BLAST analizi yapmak için kullanıldı ve YLR117w isimli gene tekabül ettiği anlaşıldı. Sonuç: Bulduğumuz YLR177w geninin aşırı ekspresyonu, TIO duyarlılığını azalttığını gözlemledik. YLR177w'nin bulunmadığı delesyon mutantını, ilacın varlığında büyüme yeteneği açısından analiz ettik ancak YLR177w yokluğunda hücrelerin TIO'ya duyarlı hale gelmediğini gözlemledik.
İdeal bir genç modeli olarak Safahat'ta Asım
İdeal Bir Genç Olarak Safahat'ta `Asım' başlığını taşıyan bu çalışma `Giriş' ve `Sonuç' bölümleri dışında iki ana bölümden oluşmaktadır.Giriş Bölümünde araştırmanın konusu, amacı, önemi, yöntemi ve sınırlılıklarla ilgili bilgiler verilmiştir.Birinci Bölümde, Mehmet Akif Ersoy'un Yaşadığı Dönemin Tahlili; Osmanlı Modernleşmesi bağlamında, Siyasi, Sosyo-Ekonomik ve Fikri planda ortaya koyulmuş ve Akif'in Biyografisi (Hayatı ve Eserleri) incelenmiştir.İkinci Bölümde, İdeal Genç Modeli Olarak Asım fiziksel ve ahlaki özellikleri çerçevesinde incelenmiş ve Asım'dan beklenenler ortaya koyulmuştur.Sonuç bölümünde, Mehmet Akif'in ideal bir genç olarak sunduğu Asım'ın şahsında, yetiştirilmek istenen insan prototipi ortaya koyulmaya çalışılmıştır.
Milli Eğitim Şuralarında din eğitimi
Milli Eğitim Şûralarında Din ve Ahlak Eğitimi? başlığını taşıyan bu çalışma ?Giriş? ve ?Sonuç ve Değerlendirme? bölümleri dışında iki ana bölümden oluşmaktadır.Giriş bölümünde, araştırmanın konusu ve problemi, amacı ve önemi, yöntemi ve sınırlılıkları üzerinde durulmuştur.Birinci bölümde, Milli Eğitim Şûrasının tarihçesi, Milli Eğitim Şûralarının gündem maddeleri ve Milli Eğitim Şûrasının hukuki dayanağı ve çalışma Esasları, Maarif Kongresi ve Heyet-i İlmiye'lere yer verilmiştir. Ayrıca 1939 yılından günümüze kadar yapılan on sekiz Milli Eğitim Şûrasında din ve ahlak eğitimi ile ilgili alınmış kararlara da yer verilmiştir.İkinci bölümde XIII. Milli Eğitim Şûrasından itibaren yapılan şûralarda yapılan müzakereler ve alınan kararlar, Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi dersi ve İmam Hatip Liseleri olmak üzere iki başlık altında toplanmıştır. Ana başlık altında ise il komisyon raporları, bölge komisyon raporları ve şûra gündemi ve değerlendirmeler yer almaktadır. Şûra gündemlerinde ele alınan en önemli konular ise sekiz yıllık kesintisiz zorunlu eğitim, katsayı uygulaması, İmam Hatip Liselerinin mesleğe hazırlamadaki rolü, ahlak eğitimi, Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi dersinin kaçıncı sınıftan itibaren başlaması gerektiği ve notla değerlendirmesi meseleleri olmuştur.Sonuç ve değerlendirme bölümünde, XIII. Milli Eğitim Şûrasından itibaren yapılan şûralarda din ve ahlak eğitimi ile ilgili alınan kararlar ve şûra üyelerinin görüşleri özetlenmeye ve değerlendirilmeye çalışılmıştır.?
4 ve 5. sınıflar din kültürü ve ahlak bilgisi derslerinde oynatılabilecek eğitsel oyunlar
This study entitled 'The Role Of Mature Behaviors During The Religious Identity Formation (With The Examples Of Child hood Memories)' consists of two main chapters except 'Introduction' and 'Conclusion' chapters. In the introduction chapter, the subject and the problem, purpose and importance, hypothesis, restraints, method, population and sample of there search and the data collection and solutions have been expressed. In the first chapter, religious identity and the factors affecting the religious identity have been investigated. In the second chapter, personal information about the surveyees, the factors affecting the formation of their religious identities during their child hood, the religious situation of their families and environment, the behaviors of their families in the orientation of religious responsibilities and the child hood memories of the surveyees about these have all been taken into account and commented. In the conclusion chapter, the data obtained from the research results have been evaluated and solution proposals have been presented to the determined problems.