Tüm genomu kapsayan slico dart ve SNP belirteçleriyle dünya şeker pancarı gen kaynaklarında genetik çeşitliliğin belirlenmesi

Şeker pancarının (Beta vulgaris ssp. vulgaris) nispeten kısa evrimsel geçmişi göz önüne alındığında, genotip/çeşitler arasındaki genetik çeşitlilik ve işlevsel genler hakkındaki bilgimiz sınırlıdır ve bu da ıslah çalışmalarındaki ilerlemeleri yavaşlatmıştır. Bu sorunu ele almak için, 4609 SNP ve 6950 SilicoDArT markırı kullanılarak 16 ülkeden toplam 94 genotipte popülasyon yapısı ve genetik çeşitliliği araştırılmıştır. Bu tez çalışmasında şeker pancarı genotipleri arasında yüksek düzeyde genetik çeşitliliğin var olduğu tespit edilmiştir. Ancak, SNP markırlarına ait veri seti, SilicoDArT markır sistemine kıyasla daha yüksek çeşitlilik değerlerine sahip olmuştur. Elde edilen veri ile yapılan analizlerde şeker pancarı çeşit/genotipleri üç ana kümeye ayrılmıştır: S-I, S-II ve S-III. S-I kümesi, 35 şeker pancarı çeşit/genotipini kapsamaktadır ve bunların %51'i ABD kökenlidir. Avrupa genotipleri kümenin %14'ünü oluşturmaktadır. Ayrıca, ABD orijinli çeşit/genotipleri de içeren S-III-B Kümesinin %80'den fazlası Orta Doğu ülkeleri orijinli genotiplerden oluşmaktadır. SilicoDArT markırlarının kullanımından elde edilen sonuçlar, NSL 176303 (Sırbistan) ve PI 140355'te (Karadağ) genotiplerinin en uzak genotipler olduğunu ortaya koymuştur. Şeker pancarı çeşit/genotipleri, D-I ve D-II olmak üzere iki gruba ayrılmıştır, D-I kümesi ABD'den gelen çeşit/genotiplerin %90'ını içermekte. D-II kümesi, İngiltere, Türkiye, İran ve Irak'tan gelen çeşit/genotipleri kapsayarak çeşitlilik göstermektedir. SNP tabanlı kümeleme, D-I kümesini desteklemiştir ve SilicoDArT markırlarına dayalı PCA kümeleme sonuçları, UPGMA ve STRUCTURE sonuçlarıyla örtüşmektedir. AMOVA sonuçları, şeker pancarı germplazmındaki genetik varyasyonların büyük ölçüde genotipler arasındaki veya kümeler içindeki farklılıklardan kaynaklandığını ve toplam varyasyonun %74.5-77.6'sını oluşturduğunu doğrulamıştır. Sonuç olarak, Ames 2644 ve Ames 8297 numaralı genotiplerin genom düzeyindeki analizler sonucunda elde edilen yüksek farklılığı, bu genotiplerin şeker pancarı ıslahında kullanımı için ideal olacağını düşündürmektedir.