Batı akdeniz bölgesindeki gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) çiftliklerinden izole edilen bakteriyel hastalık etkenlerinin, antibiyotik direnç genlerinin ve bazı endemik mercan köşk (Origanum spp.) yağlarının etkenlere karşı antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi

Bu tez çalışmasında Batı Akdeniz Bölgesi'nde faaliyet gösteren gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) çiftliklerinde sık görülen ve ekonomik kayıplara sebep olan bazı bakteriler izole edilerek ilk olarak bu bakterilerde bulunan çeşitli antibiyotiklere karşı oluşan direnç genlerinin floR, ermA, ermB, tetA, tetE, tetM, sulI, sulII ve sulIII tespiti ve ikinci olarakda bu bakterilere karşı ülkemize endemik Origanum türlerinden olan O. minutiflorum, O. saccatum ve O. bilgeri'nin uçucu bitkisel yağlarına karşı antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Batı Akdeniz Bölgesi illerinden toplanan 108 adet hastalık belirtisi gösteren gökkuşağı alabalığından alınan bakteri örneklerinden mikrobiyolojik ekimler yapılarak ekonomik kayıplara sebebiyet veren yersiniosis, lactococcosis ve motil aeromonas septisemisi gibi hastalıkların gökkuşağı alabalıklarında etkeni olan Aeromonas hydrophila, Lactococcus garvieae ve Yersinia ruckeri bakteri türleri moleküler biyolojik yöntemlerden biri olan PCR yöntemi ile teşhis edilmiştir. Ayrıca matriks aracılı lazer dezorbsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi MALDI TOF (Bruker Microflex) olan bakteryal protein analiz yöntemi ile bu bulgular doğrulanmıştır. İzole edilen ve tanımlanan bakterilerin antibiyotiklerine duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle eritromisin (15 µg), florfenikol (30 µg), tetrasiklin (30 µg), sulfametakzasol (100 µg) ve sulfametakzasol-trimetoprim (25 µg) antibiyotikleri kullanılarak belirlenmiştir. Ayrıca tanımlanan bu üç bakteri türünün bu çalışmada elde edilen endemik O. minutiflorum, O. saccatum ve O. bilgeri'nin uçucu yağlarına karşı antimikrobiyal etkileri ve minimum inhibisyon konsantrasyon (MİK) değerleri çalışılmıştır. Sonuç olarak, bu bakteri türlerinin eritromisin (15 µg), florfenikol (30 µg), tetrasiklin (30 µg), sulfametakzasol (100 µg) ve sulfametakzasol-trimetoprim (25 µg) antibiyotiklere duyarlı oldukları belirlenirken en etkin antibiyotiğin florfenikol (30 µg) olduğu gözlemlenmiştir. Aeromonas hydrophila, Lactococcus garvieae ve Yersinia ruckeri bakterileri için florfenikol (30 µg) antibiyotik zon çapları ortalaması sıra ile 31,0 mm, 23,0 mm ve 30,0 mm olarak tespit edilmiştir. Bakterilerden Y. ruckeri (tetA, sulI,ile sulII) L. garvieae (floR, ermA, ermB, tetA, tetE, tetM, sulI, sulII ile sulIII) ve Aeromonas hydrophila (sulII) antibiyotik direnç geni taşıdıkları spesifik primer ve PCR ile tespit edilmiştir. Ayrıca çalışılan bakteriler üzerine endemik O. minutiflorum, O. saccatum ve O. bilgeri uçucu bitkisel yağlarının antimikrobiyal etkisinin olduğu, O. saccatum yağının O. minutiflorum ve O. bilgeri yağına göre antimikrobiyal etkisinin daha az olduğu belirlenirken, O. minutiflorum ve O. bilgeri yağının güçlü antimikrobiyal etki gösterdikleri belirlenmiştir. Endemik Origanum uçucu yağlarının minimum inhibisyon konsantrasyon değeri ise A. hydrophila, L. garvieae ve Y. ruckeri bakterileri türleri üzerine O. saccatum yağı için 3,90 µl/mL olarak, O. bilgeri ve O. minutiflorum yağları için ise 1,90 µl/mL olduğu belirlenmiştir.