CCDC84'ün RNA kırpılması (Splicing) sürecindeki rolünün araştırılması

Ökaryotlarda pre-mRNA'ların olgun mRNA'lara dönüşmeleri için yapılarında yer alan intronların çıkartılması ve ekzonların birleştirilmesi gerekmektedir. RNA Kırpılması (Splicing) olarak adlandırılan bu süreç, küçük ribonükleoprotein komplekslerden oluşan splaysozom ile yürütülmektedir. Her bir snRNP bir küçük RNA ve kor protein olarak adlandırılan proteinlerden oluşmaktadır. Splaysozomun yapılanmasında, snRNP'lerin yapısındaki kor proteinlerle birlikte 300'den fazla farklı proteinin görev aldığı bilinmekle birlikte bu proteinlerin fonksiyonları ve RNA kırpılmasının tam olarak nasıl gerçekleştiği bilinmemektedir. Splaysozomda yer alan snRNP'lerin kor bileşenleri ve yapılanmalarını yöneten proteinleri kodlayan genlerin bir kısmının mutasyonları hastalıklarla ilişkilendirilmiştir. Grubumuz tarafından Microcephalic Primordial Dwarfism ile ilişkilendirilen ve RNA kırpılması sürecinde yer aldığı gösterilmiş olan CCDC84'ün fonksiyonu hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, CCDC84'ün fonksiyonunu aydınlatmaya yönelik olarak in vivo ve in vitro etkileştiği proteinlerin immünblot ve immünfloresan yaklaşımlarıyla aydınlatılması, eksikliğinin Cajal cisimciği oluşumu üzerine etkisinin immünfloresan yaklaşımıyla gösterilmesi, CCDC84'ün eksikliğinde RNA kırpılmasının fonksiyonu üzerine etkisi minigen ve RT-PCR ile belirlenmesi hedeflendi. Sonuç olarak, CCDC84'ün SART3 ile doğrudan etkileştiği, bu etkileşimin SART3'ün RNA bağlanma motifleri üzerinden olduğu, tri-snRNP yapılanmasının erken aşamalarında yer aldığı, eksikliğinde Cajal cisimciklerin yapı ve sayısında değişiklik olmadığı, minör intronların bir kısmının kırpılmasının bozulduğu görüldü. Elde ettiğimiz bu veriler, hem U2 tip hem de U12 tip tri-snRNP'nin yapılanmasında kritik rol oynayan SART3'ün U12 tip tri-snRNP yapılanmasına CCDC84 tarafından yönlendirildiğini işaret etmektedir.