Çukurova Bölgesi'ndeki Mycobacterium tuberculosis suşlarının filogenetik ilişkisinin SNP ile incelenmesi

Tüberküloz, küresel ölçekte en önemli enfeksiyon hastalıklarından biri olmayı sürdürmektedir ve etkeni olan Mycobacterium tuberculosis(M. tuberculosis), yüksek genetik kararlılığına rağmen zaman içinde çeşitli mutasyonlara uğramaktadır. Bu mutasyonlardan özellikle tek nükleotid polimorfizm (SNP)'ler, bakterinin virülans mekanizmaları üzerinde belirleyici etkilere sahip olabilir. SNP'ler insersiyon, delesyon ve substitüsyon gibi farklı tiplerde ortaya çıkabilmekte ve protein yapısı, gen ekspresyonu ya da regülasyon yolları üzerinden patojenin biyolojisini etkilemektedir. Bu çalışmada, Çukurova Bölgesi'nde izole edilen, en az bir antitüberküloz ilaca dirençli M. tuberculosis suşlarının virülansla ilişkili olduğu öngörülen mce1R, mce1A, yrbE1A, yrbE1A, phoP ve phoR gen bölgelerinde SNP varlığının araştırılması, varsa suşlar arasındaki filogenetik ilişkinin incelenmesi amaçlandı. Bunun için DNA Dizi Analizi yöntemi uygulandı. NCBI veritabanına dayanılarak, H37Rv ve H37Ra referans suşlarındaki bu gen dizilimlerinin karşılaştırılması sonucunda yalnızca phoP geninde tek bir noktada transversiyon (C→T) olduğu belirlenmiş olup, bütün klinik izolatlarımız bu pozisyonda virülan H37Rv suşu ile aynı dizilimi gösterdi. phoR geninde, H37Rv referans suşunun 852910. pozisyonundaki C nükleotidinin bütün klinik örneklerimizde T ile yer değiştirdiği, ayrıca farklı klinik örneklerimizde yrbE1A geni başta olmak üzere bütün gen bölgelerinde çeşitli SNP'ler tespit edildiği gözlendi. Sonuç olarak, bu tez kapsamında mce1 gen kümesi ve phoPR sistemi üzerinde yapılan SNP analizleri, insersiyon, delesyon ve substitüsyon şeklindeki bu farklı SNP tiplerinin M. tuberculosis'in virülans mekanizmalarını etkileyebileceğine dair ön veriler sağlamıştır.