Degrade adli örnekler için mitokondriyal dna amplifikasyon ve dizileme stratejisi geliştirme

İnsan mitokondriyal DNA'sının (mtDNA) analizi, stabilitesi ve hücre başına çok sayıda genom kopyası içermesi nedeniyle yüksek oranda bozunmuş iskelet kalıntılarının adli kimliğini test etmek için güçlü bir araç olmuştur. İleri düzeyde bozunmuş numuneler, boyut olarak ciddi şekilde kısıtlanmış DNA molekülü içerdiğinden, bu ürünlerin mtDNA dizi analizinde başarılı sonuçlar elde etmek için çeşitli alternatifler geliştirilmiştir. Yüksek oranda bozunmuş iskelet kalıntılarında mtDNA kontrol bölgesi dizi analizini kolaylaştırmak ve mtDNA profili elde edebilmek için midi ve mini primerlerle multipleks PCR setleri tasarlanmıştır. Bu çalışmada ileri derecede bozunmuş iskelet kalıntılarında midi ve mini multipleks PCR setlerinin etkinliğini araştırmak amacıyla 22-93 yaşları arasında, 3-68 yıllık toplam 14 kişiye ait diş veya femur kemiğine ait DNA örnekleri kullanılmıştır. Kısmen modifiye silika temelli DNA ekstraksiyon yöntemi ile 1 gr kemik tozundan izole edilen DNA örneklerinde mtDNA profili elde edebilmek için çeşitli uzunluklarda amplikon üretilebilecek iki ayrı multipleks PCR seti hazırlanmıştır. Multipleks PCR için seçilen primer setlerinden biri mtDNA'nın ortalama 250 bp uzunluğunda fragmanların amplifikasyonuna izin veren midi primer seti olup, 2 multipleks reaksiyon; diğeri ise daha ileri seviyede degrade örneklerde kullanılabilecek olan 100-150 bp uzunlukta fragmanların amplifikasyonuna izin veren mini primer seti olup, 3 multipleks reaksiyondan oluşmaktadır. Mini primer seti ile 68 yıla kadar iskelet kalıntılarında başarılı sonuçlar alınırken, midipleks set ile 45 yıla kadar olan iskelet kalıntılarında başarılı sonuçlar alınmıştır. Bu primer setleri başta iskelet kalıntıları olmak üzere ileri derecede bozunmuş DNA örneklerinde kullanılabilecektir. Monopleks ve multipleks setlerde ortalama aynı miktar DNA kullanıldığından, multipleks setler ile analiz için kullanılan genomik DNA miktarı azalmış ve örnek kaybı en aza indirilmiştir. Ayrıca monopleks analizler için kullanılan malzeme ve iş gücü karşılaştırıldığında, multipleks setlerle hem iş gücü hem de maliyetin önemli ölçüde azaltılması mümkün olacaktır.