Dna sıralarındaki tekrarlı örüntülerin ve potansiyel motiflerin veri madenciliği yöntemiyle çıkarılması

ÖZETYÜKSEK LİSANS TEZİDNA SIRALARINDAKİ TEKRARLI ÖRÜNTÜLERİN VEPOTANSİYEL MOTİFLERİNVERİ MADENCİLİĞİ YÖNTEMİYLE ÇIKARILMASIUlaş Baran BALOĞLUFırat ÜniversitesiFen Bilimleri EnstitüsüBilgisayar Mühendisliği Anabilim Dalı2006, Sayfa: 45Bu tezde DNA veri kümesinde bulunan biyolojik sıralar üzerinde veri madenciliğiyapılarak tekrarlı örüntüler ve potansiyel motifler çıkartılmıştır. Motif bulma problemi olarakadlandırılan bu konuda yapılmış başka çalışmalar da mevcuttur. Fakat çoklu dizi hizalamasıkullanan bu çalışmalar performans açısından kötü sonuç vermektedir.Önerilen yöntem yukarıdan-aşağı veri madenciliği ve genetik algoritma tabanlı hibrit birçözümdür. Bu yöntemdeki yaklaşım iki temel adımda ele alınabilir. Birinci adım, genetikalgoritma kullanılarak aday motiflerin bir popülasyonun oluşturulmasıdır, bunu diğer nesilleringenetik operatörler ve uygunluk fonksiyonu kullanılarak oluşturulması takip eder. İkinci adımda,veri madenciliği yöntemi yukarıdan-aşağı haliyle kullanılarak aday motiflerin uygunluğunundeğerlendirilmesi yapılır.E. coli bakterilerinden alınmış DNA sıralarında önerilen yöntem denenerekuygulanabilirliği ve üstün yanları gösterilmiştir.Anahtar Kelimeler: Veri madenciliği, biyoenformatik, motif bulma problemi, tekrarlıörüntüler