Gen dizilerinde temel bileşenler analizinin uygulanması

Bu çalışmada, farelerin karaciğerleri üzerine belirli zaman periyotlarında uygulanmış olan, toksikolojik çalışmalardan alınan ve cDNA mikrodizi teknolojisi kullanılarak elde edilen 6675 gen ve 20 dizi içeren verilere temel bileşenler analizi uygulanmıştır. cDNA mikrodizi analizi, birden çok deneme ya da örnekten alınan binlerce geni aynı anda analiz etmede kullanılan bir teknolojidir. Temel bileşenler analizi ise orijinal değişkenlere ait varyans-kovaryans yapısının açıklanmasını ve bağımlılık yapısının ortadan kaldırılmasını ve tüm veri yapısını ifade edebilecek ve daha az sayıda bileşen için boyut indirgenmesi amacıyla kullanılan çok değişkenli istatistik tekniğidir. cDNA teknolojisi kullanılarak, birbirine benzer ifade profilleri ile gen gruplarının oluşturulması ve gruplar içerisindeki benzer bileşen (component) yükleri vasıtasıyla birbirleriyle ilişkili genlerin tanımlanması açıklanmıştır. Bunun yanı sıra aynı veri kümesine ait korelasyon matrisinden faktörlerin ayrıştırılması ve yorumu izah edilmiştir. Kullanılan veri seti içinde, bütün veri yapısın izah edebilecek daha az sayıda bileşene indirgemek için temel bileşen sayısına karar verme yöntemlerinden bir kaçı burada değerlendirilmiştir. Bunlardan biri olan Scree grafiğe göre, eğrinin bileşen ekseninde düzleştiği bölgeye kadar olan bileşenler kabul edilmektedir. Yani eğrinin düz bir doğru halini almaya başladığı noktadan itibaren ana bileşenler red edilebilmektedir bu yönteme göre de 9 veya 10 temel bileşenin yeterli olacağı sonucu çıkmaktadır. Bunun yam sıra Kaiser' in ve Bartlett' önerdiği yöntemlerde göz önünde bulundurulmuştur. İlk 10 temel bileşenin bütün yapımn varyansını izah etmeye yeterli olduğu düşünülürse bu durumda %17.372'lik bir varyans kaybı ile 20 temel bileşen yerine 10 temel bileşen ile açıklamanın yeterli olduğu düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: cDNA mikrodizileri, Genetik analizler, Gen ifadesi, Temel bileşenler analizi