Genom sekanslama yöntemi ile Türkiye denizlerinde dağılım gösteren istavrit türlerine özgü (Trachurus mediterraneus, Trachurus trachurus, Trachurus picturatus, Perciformes: Carangidae) SNP marker geliştirilmesi

Türkiye denizlerinde dağılım gösteren Trachurus türlerinin (Trachurus mediterraneus, Trachurus trachurus ve Trachurus picturatus) morfolojik olarak birbirinden ayırt edilmesindeki güçlük, türlerin karıştırılmasına ve hatalı tür adlarının kullanılmasına neden olmuştur. Bu durum tür tanımının yetersiz yapılmasından ve denizlerimizdeki bu türlerin karışık stok oluşturduklarına ilişkin yeterli bilimsel verinin olmayışından kaynaklanmaktadır. Tür düzeyindeki bu belirsizlik, balık stoklarının yanlış yönetim stratejileriyle ele alınmasına yol açmakta ve türlerin uzun vadeli sürdürülebilirliğini tehdit etmektedir. Bu bağlamda, söz konusu Trachurus türlerinin doğru şekilde tanımlanmasını sağlayacak, türe özgü SNP'lerin belirlenmesi ve bu SNP'lere yönelik moleküler markır geliştirilmesi büyük önem taşımaktadır. Çalışmamızda Trachurus türlerinin ayrımı için üç türün tüm genom dizi verisi alınmış ve specifik SNP lokuslar içeren gen bölgelerine göre tür içi primerler ve türler arası primer ve problar tasarlanmıştır. Tasarlanan primer-problarla tür ayrımı başarılı bir şekilde sağlanmıştır. Bu çalışmada, evrensel problara dayalı ve ara primer tetiklemeli qPCR (UPIP-qPCR) yaklaşımı kullanılarak geliştirilen primer-prob tasarımları, stok değerlendirme çalışmalarında üç istavrit türünün karışık halde bulunduğu bölgelerin ve stokların karışım oranlarının tespitinde kullanılabilecek yeni bir analitik yöntem olarak potansiyel taşımaktadır. Sonuç olarak, balık türlerinin güvenilir şekilde tanımlanması ve potansiyel hibridizasyon durumlarının saptanmasına yönelik genetik markır geliştirilmesi, ülkemizde sürdürülebilir balıkçılık yönetimi kapsamında oluşturulmuş yasal düzenlemeler için giderek daha fazla önem arz etmektedir. Bu çalışma, yalnızca Trachurus türleri için değil, benzer sorunların yaşandığı diğer türler için de referans niteliğinde olacaktır.