İn vitro kültür ortamında kemik iliği nişi modellenmesine yönelik çalışmalar

Mezenkimal kök hücreler (MKH), preklinik araştırmalar, klinik çalışmalar ve yeni araştırma ilacı başvurularında en yaygın kullanılan kök hücre tipidir. İnsanlarda MKH izolasyonu başlıca kemik iliği ve adipoz dokudan yapılmakta olup, izole edilebilir MKH miktarı tüm çekirdekli hücrelerin yalnızca %0.001-3'lük kısmını oluşturmaktadır. Bu nedenle yeni izolasyon yöntemleri ve kaynaklarına ihtiyaç duyulmaktadır. Bu tez kapsamında ilk bölümde, kemik iliği nakli sırasında kullanılan ve sonrasında tıbbi atık olarak uzaklaştırılan filtre ve torba sistemlerinin MKH kaynağı olarak uygunluğu araştırılmıştır. Kök hücre uygulamalarında güncel yaklaşım, sistemik ve/veya bölgesel olarak doğrudan MKH uygulanması yerine "cell-free therapy" olarak adlandırılan MKH kaynaklı biyoaktif bileşenlerin kullanılmasıdır. Çalışmamızın ikinci aşamasında, kök hücre nişinin temelini oluşturan, MKH kaynaklı biyoaktif bileşenlerden olan ekstraselüler matriks yapısının üretimi ve güncel doku mühendisliği uygulaması olan çeşitli deselülerizasyon yöntemleri ile izolasyonu, mikroskobik inceleme çalışmaları, kalıntı DNA miktarı ve glikozaminoglikan içeriği açısından değerlendirilmiş ve proteomik tekniklerle yapısı aydınlatılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, "kullanılmış" filtre ve torba sistemleri, özgül antijen ifadesine sahip, adipojenik, osteojenik ve kondrojenik farklılaşma potansiyeli bulunan MKH izolasyonu için önemli bir kaynak oluşturmaktadır. Osteojenik farklılaşma besiyeri ile EM üretimi sonrasında Triton X-100, NH4OH içeren çözelti ile deselülerizasyon yöntemi ile insan trabeküler kemik morfolojisi benzeri MKH-dEM izole edilmiş ve nLC-MS/MS yöntemi ile MKH-dEM kompozisyonunda yer alan 2005 farklı protein tanımlanmıştır. EM yapısını oluşturan, bağlantılı olan ve düzenlenmesinde rol alan önemli proteinler insan matrizom veritabanı ile karşılaştırılarak analiz edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Rejeneratif tıp, kemik iliği nişi, mezenkimal kök hücre, ekstraselüler matriks, deselülerizasyon, doku mühendisliği (*) Bu çalışma THD-12181 numaralı Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Koordinasyon Birimi projesi tarafından desteklenmiştir.