Ceviz (Juglans spp.) ağaçlarındaki viral etmenlerin yüksek kapasiteli dizleme ile incelenmesi

Cevizlerde gözlenen virüs benzeri simptomlar bilinen ve/veya bilinmeyen viral etkenlerle bağlantılı olabilmektedir. Cevizle ilgili hastalıklar üzerine yapılan güncel araştırmalarda virüs benzeri simptomları araştırmak için yüksek verimli dizileme teknolojileri kullanılmamıştır. Bu durumu ayrıntılı incelemek için, Ekim 2023'te Niğde ilindeki ceviz bahçelerinde ve ev bahçelerinde simptomatik ceviz ağaçları incelenmiştir. Çift zincirli RNA (dsRNA) ekstraksiyonu yapılmış, dsRNA'lar cDNA'ya dönüştürülmüş ve rastgele primerlerle PCR gerçekleştirilmiştir. B13, B22, B23 ve B21+5 örneklerinin PCR ürünleri Illumina Novaseq 6000 dizileme platformu kullanılarak dizilenmiştir. Elde edilen veriler Geneious Prime ve CLC Workbench kullanılarak biyoenformatik analize tabi tutulmuştur. CLC Workbench ile yapılan analizlerde daha fazla contig oluşturulmuştur ve bu veri ile yapılan Blastx analizlerinde daha kesin sonuçlar elde edilmiştir. Referans ile haritalama analizlerinde, cherry leaf roll virüsü (CLRV) (Nepovirus avii) örnek B21+5 örnek okumalarıyla eşleşirken, hıyar mozaik virüsü (CMV) (Cucumovirus CMV) örnek B23 okumalarıyla eşleşmiştir. Ceviz toplam RNA'ları, bu eşleşen virüslere spesifik primerler kullanılarak PCR ile test edilmiştir. Sadece B21 örneğinde CLRV (Nepovirus avii) tespit edilmiştir. Yüksek kapsiteli dizileme ile viral etmen tespitinde özellikle nukleik asit ekstraksiyon metotlarının geliştirilmesi önerilmektedir.