Küçük hücreli dışı akciğer kanseri hasta örneklerinin ileri proteomik analiz yöntemleri kullanılarak incelenmesi

Kütle spektrometrelerindeki son teknolojik ilerlemeler ve buna paralel olarak geliştirilen yöntemler, kompleks biyolojik numunelerdeki proteinlerin derinlemesine incelendiği geniş ölçekli çalışmalara imkan sağlamaktadır. Proteomik stratejilerdeki bu etkileyici gelişim sayesinde kanser biyolojisindeki anlayışımız da artmaktadır. Kötü prognoz sergileyen ve düşük sağkalım oranına sahip akciğer kanseri için çalışmalar, genel olarak erken tanı ve kişiselleştirilmiş tedaviye odaklanmıştır. Bu nedenle kütle spektrometresi tabanlı proteomik yaklaşımlar, daha etkili ve uygun tedavi için doku veya vücut sıvılarındaki hedeflenebilecek proteinlerin tespitinde modern ve umut verici teknolojiler olarak görülmektedir. Bu amaçla çalışmamızda büyük hücreli karsinom (BHK) hastalarına ait klinik örneklerin geniş ölçekli proteomik analizleri gerçekleştirilmiştir. Öncelikle doku örnek setinin protein profili ortaya çıkarılmış ve ifade değişimi olan proteinler tespit edilmiştir. Daha sonra aynı hastalara ait serum örnekleri incelenmiş ve doku örnek setiyle ortak protein ifade farklılığı görülen proteinlerin PRM analiziyle doğrulaması yapılmıştır. Yapılan informatik analiz sonrasında doku örnek setinde 6000'in üzerinde ve serum örnek setinde 500'ün üzerinde protein tanımlanmıştır. Gruplar arası değerlendirme sonrasında anlamlı ifade farklılığı olan tümör doku grubunda 503 ve BHK serum grubunda 52 protein tespit edilmiştir. Ayrıca 7 proteinin hem serum hem de dokuda benzer ifade değişimine sahip oldukları tespit edilmiş, elde edilen sonuçlar serum örneklerindeki tekrarlı PRM analizleriyle doğrulanmıştır. Bu çalışma sayesinde diğer akciğer kanserlerinin yaygın görülen histolojik alt türlerinin aksine daha az çalışmaya rastlanılan büyük hücreli karsinom olgularında, MS tabanlı proteomik yaklaşımlar kullanılarak binlerce protein aynı anda hassas bir şekilde incelenmiş ve geniş kapsamlı veriler elde edilmiştir. Bu nedenle çalışmamızın, BHK için yapılacak sonraki çalışmalara katkı sağlayacak önemli bir veri kaynağı olacağını değerlendirmekteyiz.