Moleküler yöntemler kullanılarak farklı işlem görmüş etlerde tür tayini ve işlem koşullarının optimizasyonu

Bu çalışmada, sığır (Bos taurus) etine farklı oranlarda karıştırılan domuz (Sus scrofa) etinin tespiti, SYBR Green temelli gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (SG-qPCR) yöntemiyle yapılmıştır. Domuz ve sığır türü için türe spesifik primerler, mitokondriyal DNA üzerindeki Adenozin trifosfat sentaz alt birimi 8 ve 6 gen bölgelerinden tasarlanmıştır. Domuz primer setinin; sığır, tavuk, at ve eşek türleriyle çapraz reaksiyon vermediği görülmüştür. Çiğ ikili karışım örneklerine; dijital kumpas yardımıyla 6 cm çapında, 0.5 cm yüksekliğinde köfte şekli verilmiştir. Şekillendirilen her 14 grup et örneğinden 10'ar adet köfte elde edilmiştir. Her gruptan 5 adet köfte örneğine 121 0C'de 15 psi'de 30 dakika boyunca otoklavlama işlemi uygulanmıştır. Çiğ ve ısıl işlem uygulanmış tüm et örneklerinden DNA izolasyonu, ticari bir kitle yapılmıştır. Domuz ve sığır türüne spesifik tasarlanan primerler, çiğ ve ısıl işlem görmüş etler için ayrı ayrı optimize edilmiştir. Optimizasyon sonunda protokol koşulları: ısıl işlem görmüş örneklerde; 15 μL reaksiyon hacmi, 300 nmol primer konsanstrasyonu, 50 ng/4 μL DNA konsantrasyonu ve 40 döngü, çiğ et örneklerinde ise; 10 μL reaksiyon hacmi, 250 nmol primer konsanstrasyonu, 50 ng/4 μL DNA konsantrasyonu ve 40 döngü olacak şekilde belirlenmiştir. Çalışma, her bir örnek grubu için 3 tekrarlı ve her tekrar 3 teknik tekrarlı olarak yürütülmüştür. Tüm deneme gruplarına ait örneklerin SG-qPCR ürünleri, %2'lik agaroz jelde yürütülerek hedef bantlar görüntülenmiştir. Buna göre SG-qPCR'de domuz etinin tespit düzeyi ve tespit limiti; ısıl işlem görmüş karışım örneklerinde %0.5 (a/a) ve 0.25 ng/μL, çiğ et karışımlarında ise %0.1 (a/a) ve 0.05 ng/μL olarak tespit edilmiştir.