Enterik ve paraenterik enfeksiyonda virülans E.coli (Fim ve Pap) genlerinin prevalansı

Escherichia coli (E. coli), insanları etkileyen, ishal ve idrar yolu enfeksiyonu (İYE) başta olmak üzere birçok hastalığa neden olan en önemli bakterilerden biridir. E. coli bakterisinin idrar yolu ve sindirim sistemi kolonilerine yerleşmesine yardımcı olan birçok virülans faktörü geliştirdiğinden antibiyotiklere karşı direnci yüksektir. Bu çalışmada E. coli'nin (Fim ve Pap) virülans genlerinin bağırsak ve idrar yolu enfeksiyonlarında yaygınlığınının tespit edilmesi ve bu genlerin E. coli patojenitesini artırıcı etkisinin belirlenmesi amaçlandı. Bağdat – Irak'taki hastane laboratuvarından 12 Aralık 2022 - 31 Ocak 2023 tarihleri arasında idrar yolu enfeksiyonu ve ishali olan 209 hastadan 209 örnek toplandı. Örnekler öncelikle MacConkey agar ve Eosin-Metilen Mavisi ile teşhis edildi ve biyokimyasal testler ile Vitek 2 sistemi ile doğrulandı. Örneklerin (94) erkek ve (115) kadın olmak üzere (131) idrar ve (78) dışkı örneği olduğu, (50) idrar örneğinde E. coli tanısı konulduğu ve tamamının patojen olduğu, (61) dışkı örneğinde E. coli tanısı konuldu ve bunların (50) örneğinin patojen olduğu belirlendi. 100 izolat (50 idrar ve 50 dışkı) örneğinde virülans genlerinin moleküler tespiti yapıldı. Patojenitede kritik rol oynayan adhesin genleri (Fim ve Pap), Polimeraz Zinciri Reaksiyonu (PCR) kullanılarak tespit edildi. Sonuçlar, her ikisinin de idrar örneklerinde dışkı örneklerine kıyasla daha yüksek prevalans gösterdiğini ortaya koydu. İdrar örneklerinde %90 Fim geni, %86 Pap geni; dışkı örneklerinde ise %74 Fim geni, %56 Pap geni belirlendi. Vitek 2 Sistemi ile yapılan duyarlılık testi, patojen bakterileri tespit etmek ve virülens genlerin enfeksiyonu arttırma etkisini görmek için kullanıldı. Ampisilin, Cefazolin, Ciftriaxone ve ESBL dışkı örneklerinde bakterilere karşı test edilen antibiyotikler arasında en dirençli iken Tigecycline, Ertapenem, Amikasin ve Imipenem en etkili antibiyotiklerdi. İdrar örneklerindeki bakterilere test edilen antibiyotikler arasında en dirençliler Ampisilin, Cefazolin, Siprofloksasin, Levofloksasin, Trimetoprim/Sulfametoksazol ve ESBL iken en etkililer ise Piperacillin/Tazobactam, Cefepim, Ertapenem, Imipenem, Amikasin ve Tigecycline oldu. Bu çalışmada, örnekler yüksek çoklu ilaca direnç ve genişletilmiş spektrumlu beta-laktamaz (ESBL) direnci göstermiştir. Dışkı örneklerinde toplam gen varlığı %77 çoklu ilaca direnç, %70 ESBL direnci; idrar örneklerinde ise toplam gen varlığı %98 çoklu ilaca direnç, %72 ESBL direnci olarak tespit edilmiştir. Ek olarak, Fim geni ile Trimetoprim/Sülfametoksazol arasında anlamlı p değeri (0.006) ve Pap geni ile ESBL, Levofloksasin, Siprofloksasin ve Trimetoprim/Sülfametoksazol arasında sırasıyla (0.000, 0.000, 0.001, 0.013) anlamlı p değeri saptanmıştır. Bu bulgular, Fim ve Pap genlerinin E. coli'nin bu antibiyotiklere direncini artırma üzerindeki etkisini işaret etmektedir. Bu çalışmanın sonuçları, E. coli patojenitesinin arttırılmasında, E. coli enfeksiyonu tedavilerinin ve önleme stratejilerinin geliştirilmesinde ve uygunsuz antibiyotik kullanımının azaltılmasında bu virülans faktörlerinin önemini göstermektedir