Rekombinant mikroorganizmalar kullanılarak L-dopa ve dopamin'in eşzamanlı biyosentezi

Çalışmada, Citrobacter freundii (NRRL B-2643) ve Erwinia herbicola (NRRL B-3466) gibi gram-negatif bakterilerin doğal (yabanıl) suşları ile Vitrocella hemoglobin (VHb+/VHb-) geni (vgb+/vgb-)'nin aktarılması sonucu elde edilen rekombinant suşları (Citrobacter freundii pMK57, Citrobacter freundii pMK79, Erwinia herbicola pUC8, Erwinia herbicola pUC8:15) kullanılmıştır. Doğal ve rekombinant suşlar ile hücre içi ve hücre dışı L-DOPA ve Dopamin'in biyosentezi sentetik fermantasyon ortamlarında karşılaştırmalı olarak çalışılmıştır. Araştırmada L-DOPA ve Dopamin üretim miktarının, hem genetik mühendisliği uygulaması olan rekombinant DNA teknolojisi ile hem de metabolit mühendislik uygulamalarından olan ortam optimizasyonu ile artırılması amaçlanmıştır. Deneyler, 250 ml'lik erlenlerde ve 1 litre hacmindeki biyoreaktörde gerçekleştirilmiştir. Çalışmada, karbon kaynağı (glikoz) derişimi, organik (pepton, yeast ekstrakt, üre) ve inorganik ((NH4)2SO4, NaNO3) azot kaynakları ve derişimleri ile diğer ortam bileşenleri (NaCl ve CaCl2)'nin yanı sıra, inokulum oranı, pH, sıcaklık ve çalkalama hızının L-DOPA ve Dopamin üretimi üzerine etkisi sentetik ortamlarda kesikli sistemde incelenmiştir. En yüksek L-DOPA ve Dopamin üretimi Citrobacter freundii MK79 rekombinant suşu kullanılarak sırasıyla hücre dışı 663 mg L-1 ve 481 mg L-1, hücre içi ise 339 mg L-1 ve 190 mg L-1 düzeylerinde optimize edilen fermantasyon ortamında (5.0 g L-1 glikoz, 15.0 g L-1 pepton, 12.5 g L-1 yeast extract, 2.5 g L-1 amonyum sülfat, 1.0 g L-1 kalsiyum klorür, pHb: 7.0, İnokulum oranı: % 5.0 v/v; Ortam sıcaklığı: 30 oC ve çalkalama hızı 200 rpm) elde edilmiştir. Kesikli olarak işletilen biyoreaktördeki fermantasyon ortamında kütle aktarım parametreleri araştırılmıştır. Karıştırma ve hava giriş hızı arttıkça hacimsel kütle transfer katsayısı, kLa ve oksijen tüketim hızı, ro değerinin de arttığı görülmüştür. Kesikli olarak işletilen bioreaktör sistemde, Citrobacter freundii (NRRL B-2643)'den L-DOPA biyosentezi kinetiği incelenmiştir. Çalışmada literatürde mevcut çeşitli kinetik modeller ile Yapay Sinir Ağı (YSA) ile oluşturulan model kıyaslanmıştır. Kinetik parametrelerin değerleri Genetik Algoritma Toolbox'ı ile optimizasyon yapılarak belirlenmiştir. Mikrobiyal büyüme, L-DOPA üretimi ve glikoz tüketimine ait deneysel sonuçlar ile modellerden elde edilen sonuçlar kıyaslanmış ve YSA modelinin sistemin davranışını daha iyi tanımladığı belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: L-DOPA, Dopamin, Citrobacter freundii (NRRL B-2643) Citrobacter freundii pMK57, Citrobacter freundii pMK79, Erwinia herbicola (NRRL B-3466), Erwinia herbicola pUC8, Erwinia herbicola pUC8:15, Rekombinant DNA teknolojisi, Daldırmalı fermantasyon, Biyoproses şartları, Kesikli fermantasyon, Biyoreaktör işletim parametreleri, Kinetik model, Genetik algoritma, Yapay sinir ağı.