Toplum kökenli pnömonilerden soyutlanan Streptococcus pneumoniae suşlarının moleküler yöntemler ile tanısı

Streptococcus pneumoniae toplum kökenli pnömoni etyolojisinde ilk sırada yer almakta olup, aşı ve antimikrobiyal tedaviye rağmen mortalite ve morbiditenin önemli bir sebebi olmaya devam etmektedir. Toplum kökenli pnömoni halen sık rastlanan, tedavi maliyeti yüksek ve ölümcül bir infeksiyon hastalığıdır. Günümüzde ileri tam olanaklarına karşın, toplum kökenli pnömonilerin yarısından çoğunda etken mikroorganizma saptanamamaktadır. Pnömokokların tanısında geleneksel olarak kültür, optokine duyarlılık testi, safrada erime deneyi ve serolojik testler kullanılmaktadır. Son yıllarda etkenin tanımlanmasında nükleik asitlerin in vitro şartlarda replikasyonu temeline dayanan moleküler tam yöntemlerinden de yararlanılmaktadır. Konvansiyonel polimeraz zincir reaksiyonunun (PCR) yanında, örnekte bulunan DNA/RNA miktarım kantitatif olarak gösteren bir yöntem olan real-time PCR da S. pneumoniae 'mn. identifikasyonunda kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada, toplum kökenli pnömoni hastalarına ait alt solunum yolu örneklerinden soyutlanıp, klasik tam yöntemleri ile S. pneumoniae olduğu düşünülen klinik izolatların konvansiyonel PCR ve real-time PCR yöntemleri ile tanımlanması ve bu yöntemlerin duyarlılık ve seçicilik yönünden karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda, Ocak 2004-Ocak 2005 tarihleri arasında alt solunum yollan infeksiyonu öntanısı alan erişkin hastalara ait balgam, trakeal aspirasyon sıvısı, bronş aspirasyon sıvısı ve plevral sıvı örnekleri değerlendirildi. Gram boyamada S. pneumoniae' 'nin tipik görünümüne sahip olan örnekler, %5 koyun kanlı ağara ekilerek kültürleri yapıldı. Kanlı besiyerinde alfa hemoliz oluşturan kolonilere optokin duyarlılık deneyi ve safrada erime deneyi yapıldı. Klasik tam yöntemleriyle pnömokok olduğu düşünülen suşlar konvansiyonel PCR ve real-time PCR yöntemleri ile çalışıldı ve sonuçlar karşılaştırıldı. Çalışmamızda 180 adet alt solunum yolu örneği incelendi; örneklerin 139'u (% 77.2) balgam, 16'sı (% 8.9) bronşiyal aspirasyon sıvısı, 16'sı (% 8.9) trakeal aspirasyon sıvısı ve 9'u (% 5) plevra sıvısı idi. Örnek alman hastaların % 46.6'sı erkek, % 53.3'ü kadın idi. Balgam örneklerinin 91'i (% 65.5), bronşiyal aspirasyon sıvısı örneklerinin 3'ü (% 18.7), trakeal aspirasyon sıvısı örneklerinin 6'sı (% 37.5), plevra sıvısı örneklerinin 4'ü (% 44.5) alfa hemolitik olup, pnömokokların tipik koloni morfolojisini gösterir nitelikteydi. Bu örnekler kültür pozitif olarak kabul edilerek, bunlara optokine duyarlılık ve safrada erime testleri yapıldı. Optokin testi yapılan toplam 104 kültür pozitif izolatın 65'i (% 62.5) optokine duyarlı, 12'si (% 11.5) optokine düşük derecede duyarlı, 27' si (% 26) optokine dirençli olarak bulundu. Safrada erime deneyinde 104 susun 73 'ünde (% 70.2) test sonucu pozitif bulunurken, 31 (% 29.8) susta negatif bulundu. Optokine duyarlı bulunan 65 susun tamamında safrada erime deneyi pozitifti. Optokine düşük derecede duyarlı olan 12 izolatın 8'inde (% 66.7) safrada erime deneyi pozitif bulunurken, 4'ünde (% 33.3) negatif olarak bulundu. Optokine dirençli olan 27 izolatın tamamında safrada erime deneyi negatifti. Kültür pozitif suşların moleküler yöntemlerle tanısında konvansiyonel PCR'da kültür pozitif balgam örneklerinin 55'i (% 60.4) pozitif, 36'sı (% 39.6) negatif, plevra sıvısı örneklerinin 3'ü (% 75) pozitif, li (% 25) negatif bulundu. Bronşiyal aspirasyon sıvısı ve trakeal aspirasyon sıvısı ömelderinin tamamı konvansiyonel PCR'la pozitif bulundu. Real-time PCR'da balgam örneklerinin 61 'i (% 67) pozitif, 30'u (% 33) negatif, plevra sıvısı örneklerinin 3'ü (% 75) pozitif, li (% 25) negatif bulundu. Bronşiyal aspirasyon sıvısı ve trakeal aspirasyon sıvısı örneklerinin tamamı real-time PCR'la pozitif bulundu. Kültür pozitif 104 susun 67'si (% 64.4 ) hem konvansiyonel PCR'da hem de real-time PCR'da pozitif bulunurken, 31 (% 29.8 ) suş her iki yöntemle de negatif bulundu. Altı ( % 5.8) suş konvansiyonel PCR ile negatif, real-time PCR ile pozitif bulundu. Sonuç olarak; S. pneumoniae' ına tanımlanmasında konvansiyonel PCR ve real-time PCR yöntemlerinin en az diğer klasik tam yöntemleri (mikroskopi, kültür, optokine duyarlılık testi, safrada erime deneyi) kadar duyarlı olduklarına karar verildi. Real-time PCR yönteminin pnömokoklaınn tanısında konvansiyonel PCR yönteminden daha duyarlı ve seçici olduğu ve laboratuarda güvenle kullanılabileceği kanısına varıldı.