Yerfıstığında yeni nesil dizileme verileri kullanarak SSR ve InDel markerlerın geliştirilmesi

Baklagiller familyasında bulunan yerfıstığı (Arachis hypogaea L) gıda ve yem sanayinde yoğun olarak kullanılan önemli bir yağ protein, mineral ve vitamin kaynağıdır. Dünyada 100'den fazla ülkede üretimi yapılan yerfıstığında yoğun bir şekilde ıslah çalışmaları yürütülmekte olup yüksek verim, kalite ve son zamanlarda biyotik/abiyotik stres faktörlerine dayanıklılık çalışmaların temel hedefleri olmuşlardır. Son yıllarda yerfıstığı ıslahında başarıyla uygulanan marker destekli seleksiyon ıslah programlarının hızını büyük ölçüde artırmış ve seleksiyon etkinliğini iyileştirmiştir. Ancak yerfıstığı ıslah programlarında farklı amaçlarla kullanılması bakımından geliştirilen marker sayısı soya, ayçiçeği gibi endüstriyel bitkilere kıyasla ne yazık ki istenen seviyede değildir. Bu kapsamda ele alınan bu tez projesi ile yerfıstığı ıslah çalışmalarında kullanılabilecek InDel (insersiyon-delesyon) ve SSR (simple sequence repeat – basit dizi tekrarı) markerlerin geliştirilmesi hedeflenmiştir. ddRAD-Seq dizileme teknolojisinin kullanıldığı çalışmada farklı kıtalardan köken alan 25 adet yerfıstığı genotipi genetik materyal olarak kullanılmıştır. Yürütülen biyoinformatik analizler sonrasında referans genomdan farklılık gösteren 62728 lokus belirlenmiştir. Belirlenen bu bölgelerin 35140 tanesi delesyon, 27588 tanesi ise insersiyon olarak tanımlanmıştır. Agaroz jelde ayırt edilebilirlik bakımından 10 bp ve üzeri 1013 insersiyon-delesyon bölgesi potansiyel marker olarak tespit edilirken seçilen 24 bölge primer dizaynı için kullanılmıştır. Geliştirilen 3 SSR ve 21 InDel marker genotipler üzerinde testlenmiş ve beklenen bölgelerde bantlar elde edilmiştir. Geliştirilen SSR ve InDel markerlerin moleküler temelli yerfıstığı ıslah çalışmalarına katkıda bulunması beklenmektedir.