Medical Microbiology

Sifiliz tanısında kemilüminesan yönteminin performans değerlendirmesi

Cinsel yolla bulaşan hastalıklar ciddi komplikasyonlara ve ölümlere neden olarak toplum sağlığı için halen önemli bir sorun olmaya devam etmektedir. Bu hastalıklardan biri, etkeni Treponema pallidum olan sifilizdir. Hastalığın tanısında genellikle nontreponemal ve treponemal serolojik testler kullanılmaktadır. Son yıllarda kemilüminesan yöntemler kullanarak özgül treponemal antikorları saptayan otomatize sistemler geliştirilmiştir. Bu sistemler çok sayıda örnek ile sifiliz taraması yapan laboratuvarlarda yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır. Ancak bu testlerin değerlendirildiği sınırlı sayıda çalışma bulunmaktadır. Bu çalışmanın amacı, otomatize testlerden biri olan ve kemilüminesan immuno assay yöntemini kullanan ?Liaison® Treponema Screen? (CLIA) testinin performansını değerlendirmektir.Çalışma örnekleri Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Merkez Seroloji Laboratuvarı ve Kan Merkezi'ne Temmuz 2006-Temmuz 2011 tarihleri arasında sifiliz taranması amacı ile gönderilmiş serumlar arasından seçildi. Çalışmada CLIA testinin doğruluğu, duyarlılığı, özgüllüğü ve tekrarlanabilirliği değerlendirildi. Ayrıca, CLIA testinin düşük antikor seviyelerini saptamadaki performansının gözlenmesi amacıyla dilüsyon çalışması yapıldı. Buna ek olarak Kemilüminesan Mikropartikül Enzim İmmünolojik Testi (CMIA) ve CLIA testlerinin her ikisinde de pozitif saptanan örneklerin S/Co oranları arasında istatistiksel olarak bir uyum olup olmadığı araştırıldı.Çalışma sonucunda, CLIA testinin doğruluğu, duyarlılığı ve özgüllüğü sırasıyla %100, %100, %100 olarak saptandı. CLIA'nın gün içi ve günler arasında tekrarlanabilir sonuçlar verdiği belirlendi. Dilüsyon çalışmasında özellikle düşük antikor seviyelerini saptamada ?Architect® Syphilis TP? (CMIA) test performansının daha başarılı olduğu gözlendi. Ayrıca, CMIA ve CLIA S/Co oranları arasında orta düzeyde bir korelasyon olduğu saptandı.Sonuç olarak bu çalışmanın verilerine göre; CLIA yüksek doğruluk, duyarlılık ve özgüllük değerlerine sahip bir testtir. Çalışma içi ve çalışmalar arası tekrarlanabilirlik değerleri testin kendi prospektusunda ve FDA değerlendirme raporlarında bildirilen değerlerle uyum içindedir. Bu özellikleri ile CLIA testinin rutin seroloji laboratuvarlarında sifiliz taraması amacıyla kullanılmasının uygun olduğunu düşünmekteyiz. Ancak, antikor düzeyinin düşük olduğu ileri dilüsyonlarda CLIA'nın CMIA'ya göre daha kötü bir performans göstermesi, antikor seviyesi düşük olan hastaların yakalanmasında sorun oluşturabilir. Bu hipotezin gerçek hasta örnekleri ile yapılacak çalışmalarla desteklenmesi gereklidir.

Keratokonjonktivit yapan adenovirusların genotip prevalansı

Adenoviruslar insanda solunum sisteminde, gözde, üriner sistemde ve gastrointestinal sistemde enfeksiyonlara neden olabilmektedirler. Bunlar arasında en sık rastlanan keratokonjonktivitlerdir. Keratokonjonktivite sıklıkla genotip 3, 4, 8, 19 ve 37 neden olur. Adenovirus keratokonjonktivitleri çok bulaşıcıdır ve epidemilere neden olabilir. Bu yüzden tanının hızlı ve doğru yapılması önemlidir. Tanıda sıklıkla hızlı, duyarlı ve özgül bir yöntem olan PCR kullanılmaktadır. Genotipin belirlenmesi, spesifik tiplerle klinik tablo arasındaki ilişkiyi belirlemek ve virusun coğrafi dağılımını takip edebilmek açısından önemlidir. Bu konuda başta A.B.D ve Japonya kökenli olmak üzere yapılmış bir çok çalışma olmakla birlikte Türkiye ile ilgili veriler sınırlıdır. Bu çalışmada 2006-2010 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi'ne başvuran keratokonjonktivitli olgulardaki adenovirusların genotip prevalansının belirlenmesi amaçlanmıştır.Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na, 2006 Ocak ve 2010 Ağustos ayları arasında viral konjonktivit / keratokonjonktivit ön tanısı ile gönderilen 488 konjonktiva sürüntüsünden PCR ile adenovirus DNA pozitif bulunan 213 örnek (%44) çalışma grubunu oluşturmuştur. Bunlardan 101 tanesi (%47) randomize olarak seçilerek DNA dizi analizi ile genotiplendirilmiştir. Genotiplendirme için viral hexon geninin ?Hypervariable Region 7? (HVR-7) bölgesini de içeren ve genotipe göre farklılık gösteren 605-629 nükleotidlik fragman PCR ile saptanmış, elde edilen amplikonların sekans analizi yapılarak, referans ?Gen-Bank? dizileriyle birlikte filogenetik ağaç yardımıyla değerlendirilmiştir. Genotiplendirme çalışmaları Erasmus Üniversitesi Viroloji Departmanı'nda gerçekleştirilmiştir.Örneklerde 3, 4, 8, 11, 19, 22 ve 37 olmak üzere 7 adenovirus genotipi saptanmıştır. 101 örneğin %66.3'ünde genotip 8 ve %24.7'sinde genotip 4 bulunmuştur. Diğer beş genotip, örneklerin %8.9' unu oluşturmuştur. Genotip 8, 2008 dışındaki tüm yıllarda en sık saptanan genotip olurken, 2008 yılında en sık genotip 4'e rastlanmıştır.Genotip 8, 2006 ve 2010 yılları arasında merkezimizde en sık rastlanan genotip olmuştur. Daha önce yapılan çalışmalarda da genotip 8'in birçok ülkede hem sporadik enfeksiyonlar hem de salgınlar sırasında en sık rastlanan genotip olduğu bildirilmiştir. Türkiye'de oküler örneklerde adenovirus genotiplerini belirleyen iki adet çalışma vardır. Bu çalışmalarda incelenen örnek sayıları azdır ve çalışmalardan biri salgın incelemesidir. Her iki çalışmada da genotip 8 en sık saptanan genotip olmuştur.Çalışmamız bu konuda Türkiye'de yapılan ve yaklaşık 5 yıllık bir dönemde değişiklikleri inceleyen ilk kapsamlı çalışmadır. Çalışmanın kısıtlılıkları, tek merkezli olması ve hastaneye başvuran olguları değerlendirmesidir. Türkiye'de adenoviruslara bağlı göz enfeksiyonlarının epidemiyolojisini değerlendirmek için daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.Anahtar Kelimeler: adenovirus, genotip, keratokonjonktivit

Dispeptik yakınmalı hastalarda helicobacter pylori varlığı, direnç ve virulans faktörlerinin moleküler yöntemler ile değerlendirilmesi

H. pylori'de klaritromisin direncinin tedavi başarısızlığının en önemli nedeni olduğu düşünülmektedir. Çalışmamızda H. pylori'yi saptamak ve 23S rRNA geninin A2142G (A2146G), A2142C (A2146C), A2143G (A2147G), A2143C ve A2144G pozisyonlarındaki nokta mutasyonlarına bağlı oluşan klaritromisin direncinin floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemi, real-time PCR yöntemi, geleneksel kültür ve antimikrobiyal duyarlılık testleri ile belirlenmesi, cagA gen varlığının ve vacA genotiplerinin araştırılması amaçlanmıştır. Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Gastroenteroloji Polikliniği'ne dispeptik yakınmaları ile başvuran endoskopi endikasyonu konulan 234 (65 E, 169 K; yaş ortalaması 43.8±14.0) hasta çalışmaya alındı. Antrum ve korpus biyopsi örneklerine uygulanan hızlı üreaz testi, histopatoloji ve kültürün en az ikisinin pozitif olduğu olgular H. pylori enfeksiyonu olumlu olarak değerlendirildi. H. pylori suşlarının cagA pozitifliği PCR ile ürün uzunluğu 370-570 bp olarak saptandı. H. pylori suşlarının vacA genotipleri PCR ile ürün uzunlukları m1 bölgesi için 290 bp, m2 bölgesi için 350 bp, s1 bölgesi için 176 bp, s2 bölgesi için 200 bp olarak saptandı. Dört yüz altmış sekiz antrum ve korpus formalin-fikse-parafine-gömülü biyopsi kesitlerine FISH (BACTfish, Hungary) (23SrRNA gen bölgesinde 2143 ve 2144 pozisyonunda) yöntemi uygulandı. Dört yüz altmış sekiz antrum ve korpus biyopsi örneğinin DNA'ları QIAamp DNA mini kit ile ekstrakte edildi ve Real-time PCR (23SrRNA gen bölgesinde A2142G,A2142C,A2143G üç nokta mutasyonu) yöntemi uygulandı. İzole edilen H. pylori suşlarında klaritromisin duyarlılığı E-test ile değerlendirildi. En az iki test pozitifliğinde, 164 (%70.1) hasta H. pylori enfeksiyonu olumlu saptandı. Yüz altmış dört hastanın 114 (%69.5)'ü kültür olumlu, 137 (%83.5)'si FISH olumlu, 157 (%95.7)'si real-time PCR olumlu saptandı. Kültür duyarlılığı (%69.5) ve özgüllüğü (%100) ile karşılaştırıldığında, H. pylori'nin saptanmasında FISH yönteminin duyarlılığı (%83.5) daha iyi, özgüllüğü ise (%91.4) daha düşük saptandı. Real-time PCR yönteminin ise duyarlılığı %95.7, özgüllüğü %70 saptandı. H. pylori olumlu hastalarda antrum ve korpus birlikte değerlendirildiğinde; FISH ile klaritromisin direnci %20.2, E-test ile %28.0, real-time PCR ile %34.4 olarak saptandı. E-test ile, FISH arasındaki uyum %89.5, real-time PCR arasındaki uyum ise %75.4 saptandı. H. pylori kültür olumlu 114 hastadan 53 (%46.5)'ü cagA olumlu saptandı. Klaritromisin direnci ile cagA pozitifliği arasında ilişki saptanmadı. Yirmi-dokuz (%25.4) hastada vacA m1s1 genotipi (21 CagA+); bir (%0.9) hastada m1s2 genotipi; 40 (%35.1) hastada m2s2 genotipi (4 CagA+), 35 (%30.7) hastada m2s1 genotipi (25 CagA+), 9 hastada ise miks suş saptandı ve vacA genotipleri ile klaritromisin duyarlılığı arasında bir ilişki saptanmadı. vacA m1s1 ve m2s1 genotipi CagA pozitifliği ile, vacA m2s2 genotipi ise CagA negatifliği ile ilişkili saptandı. Sonuç olarak, FISH yöntemi geleneksel kültür yöntemi ile karşılaştırıldığında H. pylori'nin saptanmasında duyarlılığı belirgin şekilde arttırmaktadır. FISH dispeptik yakınmalı hastaların tanı ve tedavisinin belirlenmesinde hızlı karar verilmesi gerekliliği açısından kullanışlı, güvenilir ve yüksek duyarlılığa sahip bir tekniktir.

Flukonazol dirençli Candida albicans suşlarında atım pompalarını kodlayan genlerin ekspresyon düzeylerinin gerçek zamanlı polimeraz zincir tepkimesi ile araştırılması

Flukonazol Dirençli Candida albicans Suşlarında Atım Pompalarını Kodlayan Genlerin Ekspresyon Düzeylerinin Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Tepkimesi ile Araştırılması ÖZET Flukonazolün profilaksi ve sağaltımda yaygın ve tekrarlayan kullanımı, Candida albicans suşlarında direnç gelişimine yol açmıştır. Çalışmamızda, flukonazole dirençli ve duyarlı C. albicans izolatlarında atım pompalarını kodlayan CDR1, CDR2 ve MDR1 genlerinin ekspresyonu araştırılarak flukonazol direncinde bu mekanizmanın rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır. Türkiye?de üç üniversite hastanesinde çeşitli klinik örneklerden soyutlanan beş flukonazol dirençli, altı duyarlı ve dört kısmi inhibisyon etkisi gösteren duyarlı C. albicans suşu çalışmaya dahil edildi. Suşların flukonazol, itrakonazol, ketokonazol, vorikonazol, mikonazol, klotrimazol, 5-flusitozin ve amfoterisin B MİK değerleri CLSI M27-A3 standartlarına göre uygulanan mikrodilüsyon yöntemi ile belirlendi. Flukonazole dirençli suşların duyarlılıkları siklosporin A içeren ve içermeyen ?yeast extract peptone dextrose? agarda flukonazol E-test ile de incelendi. CDR1, CDR2 and MDR1 genlerinin ekspresyonu gerçek zamanlı polimeraz zincir tepkimesi ile belirlendi. Bu genlerin ekspresyonu ?housekeeping? gen (ACT1) seviyeleri ile normalize edildi ve duyarlı C. albicans ATCC 14053 kontrol suşu ile karşılaştırıldı. Gruplardaki gen ekspresyonu verileri SPSS versiyon 15.0 yazılımı kullanılarak ?Mann-Whitney U? testi ile karşılaştırıldı. Flukonazole dirençli/kısmi inhibisyon etkisi gösteren duyarlı, dokuz suşun altısı 5-flusitozine dirençli ve duyarlı suşların ise biri hariç tümü 5-flusitozine orta duyarlı olarak bulunmuştur. Tüm suşların amfoterisin B?ye duyarlı ve bir izolat hariç tümünün klotrimazole de duyarlı olduğu görülmüştür. Flukonazole dirençli/kısmi inhibisyon etkisi gösteren duyarlı dokuz suşun yedisinin itrakonazol ve ketokonazole dirençli, mikonazol için ise ?64µg/ml MİK değerlerine sahip oldukları belirlenmiştir. Flukonazole duyarlı tüm suşlar ketokonazole duyarlı, itrakonazole doza bağımlı duyarlı bulunmuştur. Flukonazole dirençli ve duyarlı suşların vorikonazole duyarlı olduğu belirlenmiştir. C. albicans ATCC 14053 kontrol suşuna göre, flukonazole dirençli beş suşun ikisi yüksek, üçü ılımlı düzeylerde CDR1/2; biri yüksek, üçü ise düşük düzeylerde MDR1?i fazla eksprese etmiştir. Kısmi inhibisyon etkisi gösteren duyarlı suşlardan birinde görülen yüksek MDR1 ekspresyonu dışında, ılımlı düzeylerde CDR1, CDR2 ve MDR1 fazla ekspresyonu gözlenirken, duyarlı izolatlar üç suş dışında atım pompalarını düşük düzeylerde eksprese etmiştir. CDR1 ve CDR2 ekspresyon düzeylerinin aynı suş için tüm izolatlarda paralel olduğu belirlenmiştir. Çalışmamızda atım pompa genlerinin ekspresyonlarının flukonazole dirençli, kısmi inhibisyon etkisi gösteren ve duyarlı C. albicans suşları arasında farklı olduğu gözlenmesine rağmen, yapılan istatistik analizine göre gruplar arasında anlamlı bir fark saptanmamıştır (p>0.05). Sonuç olarak, çalışmamıza alınan flukonazole dirençli C. albicans suşlarında ERG11 mutasyonları ile birlikte atım pompalarının fazla ekspresyonunun dirençten sorumlu önemli mekanizmalar olduğu belirlenmiştir. Anahtar kelimeler: C. albicans, flukonazol direnci, atım pompaları

Klinik örneklerden izole edilen corynebacterium suşlarında antibiyotik dirençliliğinin moleküler karakterizasyonu

Amaç: Bu çalışmada, Karadeniz Teknik Üniversitesi, Tıp Fakültesi Farabi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına Ocak 2017- Şubat 2020 tarihlerinde değişik kliniklerden gönderilen çeşitli örneklerden klinik etken olarak izole edilmiş Corynebacterium cinsine ait 117 suşun antibiyotik dirençliliğinin moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Metod: Bakteri identifikasyonu MALDI-TOF MS ile gerçekleştirilmiştir. Antibiyotik direnç genlerinin moleküler karakterizasyonu için tüm suşlarda EUCAST önerileri doğrultusunda KirbyBauer disk difüzyon yöntemiyle eritromisin, klindamisin, penisilin, siprofloksasin, gentamisin ile tetrasiklin, rifampisin, vankomisin ve linezolid dirençliliği fenotipik olarak gösterilmesini takiben bu antibiyotiklere dirençten sorumlu genlerin (ermB, ermX, ermA, ampC , mefA/E, gyrA, tetM, acc(3)-XI) varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve kinolon direncinden sorumlu gyrA geni mutasyonları DNA dizi analizi ile saptandı. Sonuç: Şusların 46'sı (%39,3) solunum yolu örneklerinden, 38'i (%32.4) yoğun bakım ünitelerinden izole edilmiş ve 95'i (%81) C. striatum olarak tanımlanmıştır. Şusların 114'ü (%97,4) penisilin ve siprofloksasin, 112'si (%95,7) klindamisin, 105'i (%90,5) tetrasiklin 89'u (%76) gentamisin, ve 68'i (%58,1) eritromisin dirençli olup vankomisin ve linezolide duyarlılık %100 saptanmıştır. Şusların 116'sında (%99,1) ermX, 10'unda (%8,5) ermB ve 103'ünde (%88,1) acc(3)-XI gen varlığı gösterilmiş olup ermA, tetM, ampC ve mefA/E genleri saptanmamıştır. Şusların 50'sinde (%42,7) gryA genlerindeki mutasyonlar taranmış ve 17'sinde (%33,3) 87-fenilalanin ve 91-alanin mutasyonu; 22'sinde (%43,1) ise 87-fenilalanin ve 91-glisin mutasyonu tespit edilmiştir. Bir C. striatum ile beş C. aurimucosum suşunun gyrA genlerinin 99-prolin mutasyonu literatürde ilk kez bu çalışmada tespit edilmiş olup, bu mutasyonla beraber 87-izolösin mutasyonunun, tek başına 99-prolin mutasyonuna göre siprofloksasin ve moksifloksasin MİK değerini arttırdığı gözlenmiştir. Bu mutasyon 87-valin mutasyonu ile meydana geldiğinde ise tek başına 99-prolin mutasyonuna göre siprofloksasin ve moksifloksasin MİK değerini düşürdüğü saptanmıştır.

Phenotypic and genotypic biofilm formation characteristic of acinetobacter baumannii isolated from intensive care units

Acinetobacter baumannii is a significant pathogen commonly associated with nosocomial infections. Its ability to form biofilms enables it to survive in hospital settings and poses challenges for eradication. This study aimed to investigate the structural characteristics of biofilm formation in imipenem, meropenem, amikacin, gentamicin, levofloxacin, ciprofloxacin, trimethoprim/sulfamethoxazole, tigecycline and colistin resistant A. baumannii isolates from intensive care units (ICUs) and identify the genetic backgrounds contributing to biofilm formation. A total of 52 clinical A. baumannii isolates obtained from ICUs at Baskent University Ankara Hospital were included in the study. Antibiotic susceptibilities were tested, and biofilm formation ability was assessed using the crystal violet staining method. Additionally, biofilms were visualized under scanning electron microscope (SEM). Biofilm viability was measured using the MTT assay, and the presence of biofilm-related genes, including blaCsuE, blaOmpA, blaabaI, blapgaA, blabap, and blaPer1, was detected using PCR. Among the 52 A. baumannii isolates, 96.1% demonstrated biofilm formation ability. The biofilm-related genes blabap and blaabaI were detected in 98% of the isolates. Following these, blaOmpA and blaCsuE were present in 96.1% and 94.0% of the isolates, respectively. The presence of blapgaA and blaPer1 was observed in 50.0% and 40.3% of the isolates, respectively. The MTT assay revealed varying viability percentages ranging from 13.5% to 112.4%. Understanding the presence and relationships between these factors is crucial for developing novel approaches to prevent and manage A. baumannii infections. Attention should be directed towards the genes involved in biofilm formation to devise effective strategies for combating this pathogen

Susceptibility of acinetobacter baumannii to several disinfectants

Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium known for its ability to cause severe nosocomial and community acquired infections. In recent years, the rise in multidrug-resistant strains of A. baumannii has posed significant challenges to infection control and patient management. Disinfection plays an important role in preventing the transmission of A. baumannii within healthcare settings. However, the susceptibility of this pathogen to commonly used disinfectants depend on several factors such as the specific disinfectant, concentration, contact time, and the presence of biofilms. The susceptibility of A. baumannii to disinfectants is often influenced by its intrinsic characteristics, such as the production of efflux pumps, outer membrane impermeability, and the presence of resistance mechanisms. These factors can contribute to reduced susceptibility or resistance to disinfectants, rendering traditional disinfection methods less effective. This study aimed to evaluate the susceptibility of A. baumannii strains to two kinds of disinfectants (Oxivir excel foam®, chlortab®) that are currently in use at Başkent University Hospital Ankara, by determining minimum inhibitory concentrations (MICs) and minimum bactericidal concentrations (MBCs) using broth microdilution method. According to our results all strains were susceptible to tested disinfectants. According to the MBC/MIC ratio which were less than 4, both of disinfectants showed bactericidal activity. The susceptibility of A. baumannii to biocides which are currently used at hospitals should be determined periodically, this strategy will be successful in the management of infection control, and it will allow us to identify whether there is resistance to disinfectants or not, allowing change the disinfectants if there are decreases in susceptibility.

Phenotypic and genotypic analysis of macrolide-lincosamide-streptogramin B resistance among methicilin-resistant staphylococcus aureus and methicilin-susceptible staphylococcus aureus isolates

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains pose a serious treatment problem because of their multidrug resistance. The rapid transmission of the erm gene leading to macrolide lincosamide streptomycin B (MLSB) resistance severely limits the clinical application of traditional macrolides such as erythromycin. In this study, we aimed to characterize the MLSB phenotype and genotypic resistance genes of MRSA and MSSA isolates from Baskent University Hospital, and resistance rates of MSSA and MRSA isolates were compared. The study included 50 MSSA and 50 MRSA isolates collected between 2016 and 2022 from Baskent University in Ankara and Adana Hospitals. First, the S. aureus isolates were confirmed by catalase and coagulase tests, and the MRSA and MSSA isolates were confirmed by cefoxitin disc diffusion test. To determine the MLSB resistance, isolates were tested for clindamycin and erythromycin resistance using the disk diffusion (D test) test. According to D test, resistance phenotypes were detected and resistant phenotypes were screened for resistance genes using polymerase chain reaction (PCR). PCR amplification was made using primers specific for ermA, ermB, ermC, and msrA genes. Among 50 MRSA isolates, 25 (50%) isolates were resistant to erythromycin with D zone positivity and susceptible to clindamycin indicating inducible iMLSB phenotype. And 2 (4%) isolates were resistant to clindamycin and erythromycin without the D zone indicating constitutive cMLSB phenotype. Twenty-two (44%) isolates were susceptible to clindamycin and erythromycin with D-zone negative indicating S phenotype. Only one isolate (2%) was susceptible to clindamycin and has erythromycin resistance with absence of D-zone indicating MSB phenotype. Among all 50 MSSA isolates, 8 (16%) isolates showed iMLSB phenotype which were resistant to erythromycin with D zone positivity. Two (4%) isolates showed cMLSB phenotype which were resistant to both antibiotics without D zone. There were 40 (80%) isolates that were susceptible to clindamycin and erythromycin without D zone indicating S phenotype. We examined resistance genes in 28 MRSA and 10 MSSA isolates out of a total 38 isolates for resistance genes. For MRSA, ermC was positive in 25 isolates (89.3%) and positive for 4 MSSA isolates (40%). The second common gene was ermA; it was detected in 4 MSSA isolates (40%) and was not detected in MRSA isolates. msrA gene was positive in one MRSA isolate with MSB phenotype. All samples were negative for the ermB gene. In conclusion, iMLSB phenotype was the most common phenotype and it was more common in MRSA isolates in the present study that were carried out in the isolates from Ankara and Adana, Turkey. Among resistance genes for MLSB resistance, the most frequent gene was ermC. ermA positivity was less and ermB was not detected. Therefore, we can say that the ermC gene is more common in this region.

Bruselloz ve atipik pnömoni şüpheli hastalarda coxıella burnetıı antikor varlığının ELISA ve IFA yöntemleri ile araştırılması

Q ateşi, asemptomatikten, akut ve öldürücü kronik enfeksiyonlara kadar değişebilen klinik formlarda seyredebilen zoonotik bir enfeksiyondur. Klinik bulgularının özgül olmaması, tanının konulabilmesi için laboratuvar testlerine gereksinim olması, veterinerler ve hekimler arasında hastalığa karşı farkındalık eksikliği gibi pek çok faktör nedeniyle, hastalığın yeterli oranda tanısı konulamamaktadır. Bu çalışmada, Ocak 2013 ile Ağustos 2013 tarihleri arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Seroloji Laboratuvarı?nda çalışılan ve Brucella, Mycoplasma ve Chlamydia enfeksiyonları açısından negatif saptanan, Q ateşi ile uyumlu klinik ve laboratuvar bilgileri olan 84 hastanın serumunda, ELISA ve IFA yöntemleriyle C. burnetii?ye ait antikor varlığı araştırılmıştır. 1-67 yaşları arasındaki (yaş ortalaması: 30.00±21,764 yıl ) çalışma grubunda 46 kadın (%54.8) ve 38 erkek (%45.2) hasta bulunmaktadır. C. burnetii IgM ve IgG antikor varlığı ELISA ve IFA yöntemlerinin her ikisi ile de sırasıyla üç (% 3.6) ve dokuz (%10.7) hastada pozitif bulunmuştur. ELISA yöntemiyle, IgG antikorlarında iki hastada (%2.4) yalancı pozitiflik saptanmıştır. Kadınlarda IgM ve IgG tipi antikorların pozitiflik oranı sırasıyla % 2.2 ve % 8.7 bulunurken, erkeklerde bunlar sırasıyla % 5.3 ve % 13.2 olarak bulunmuş olup farklılıklar istatistiksel yönden anlamsız bulunmuştur (p>0.05). C. burnetii?ye karşı oluşan antikorların çocuk ve erişkin hastalara göre dağılımı incelendiğinde, IgM antikorları açısından çocuk ve erişkin hastalarda istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmazken (p>0.05), IgG antikorlarına sadece erişkinlerde ve %16.1 oranında rastlanmıştır ve bu durum istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0.05). IgM antikoruna en fazla 21-40 yaş arasında (%14.3) rastlanırken, IgG antikoruna ise en fazla 41-60 yaş arasında (%19.2) rastlanmıştır. Çalışmamızda sekiz hastada geçirilmiş enfeksiyon ile uyumlu IgG tipi antikorlara rastlanırken, iki hastada yalnızca IgM tipi antikorlara rastlanmıştır. Faz II IgM >1:50 ve faz II IgG >1:200 olan bir hastada ise, antikardiyolipin antikorlarının eşlik ettiği akut Q ateşi ile uyumlu klinik ve serolojik bulgular mevcuttur. Sonuç olarak, farklı klinik tablolara yol açabilen bu hastalığın tanısını atlamamak için, hayvanlarla teması olan riskli grupların yanı sıra nedeni bilinmeyen ateş olgularında, bruselloz şüpheli klinik bulguları olanlarda, influenza benzeri hastalıklarda, atipik pnömonide, hepatitte ve endokarditli olgularda Q ateşinin araştırılması gerektiğini düşünmekteyiz. Anahtar kelimeler: Q ateşi, ELISA, IFA, bruselloz, atipik pnömoni

Klinik örneklerden izole edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dizi analizi ile tanımlanması

Geçmişte hastalık etkeni olarak değerlendirilmeyen Tüberküloz dışı mikobakterilerin (TDM), günümüzde bağışıklık sistemini baskılayan hastalık ve tedavilerin artmasına bağlı olarak giderek artan sıklıkta enfeksiyon etkeni olarak izole edildiği görülmektedir. TDM?lerin oluşturdukları klinik tablolar ve tedavi protokolleri çok çeşitlilik gösterdiğinden tür düzeyinde tanımlanmaları gerekmektedir. Çalışmamızda, TDM?lerin tanımlanmasında altın standart olarak kabul edilen DNA dizi analizi ile izolatların tür düzeyinde identifiye edilmesi amaçlanmıştır. 2004-2010 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarında solunum yolu örneklerinden izole edilmiş olan 156 adet TDM izolatı LJ besiyerine pasajlanarak üretildi. DNA ekstraksiyonlarının ardından 65-kDa luk ısı şok proteinini kodlayan hsp65 gen bölgesinin 441 bp uzunluğundaki parsiyel bölgesi polimeraz zincir tepkimesi ile çoğaltıldı. hsp65 gen sekanslaması hizmet alımı ile gerçekleştirildi. Elde edilen DNA dizileri Genbank?tan indirilen referans mikobakteri hsp65 gen bölgesi dizileri ile karşılaştırılarak hizalandı. Hizalanmış DNA dizileri, BLAST programı ile analiz edilerek 156 adet izolat tür düzeyinde tanımlandı. Referans diziler ile karşılaştırılan izolatlardan 37?si %100, 111?i %99, dördü %98 ve birer tanesi ise %97, %95, %93 %90 uyumluluk ile tanımlandı. Çalışmaya alınan 156 izolatın tamamı hsp65 gen bölgesi sekans analizi ile belirlendi. Çalışmada 13 farklı TDM türü ve 2 farklı Nocardia türü olmak üzere, toplam 15 farklı tür saptandı. En fazla izole edilen TDM türü 69 (%44,2) adet ile M.abscessus oldu. Bunu sırasıyla 26 (%16,7) izolat ile M. xenopi, 17 (%10,9) izolat ile M.peregrinum, 13 (%8,3) izolat ile M. fortuitum, 6 (%3,8) izolat ile M. intracellulare, 5 (%3,2) izolat ile M.simiae, 5 (%3,2) izolat ile M. lentiflavum, 3 (%1,9) izolat ile N.cyriacigeorgica, 3 (%1,9) izolat ile M.avium, 2 (%1,3) izolat ile N. abscessus, 2 (%1,3) izolat ile M. chelonae, 2 (%1,3) izolat ile M. bolletii ve birer (%0,6) adet olmak üzere M. senegalense, M. porcinum ve M. kansasii?nin takip ettiği belirlendi. Sonuç olarak TDM türlerinin tanımlanmasında hsp65 gen bölgesinin parsiyel DNA dizi analizinin yeterli ve başarılı olduğu kanaatine varıldı.

Streptococcus salivarius K12 kullanımının ağız sağlığına etkisinin değerlendirilmesi

Probiyotik mikroorganizmaların, sistemik hastalıklar üzerinde iyileştirici etkisi ve bağışıklık sistemini desteklemesi çalışmalarla gösterilmiştir. Oral mikrobiyotadaki etkisine yönelik ise dişler ve çevresindeki yumuşak dokular üzerinde biyofilm tabakanın oluşumunun önlenmesine yönelik tartışmalı sonuçlar bulunmaktadır. Bu nedenle, bu tez çalışmasının birincil amacı karyojenik diyet sonrası değişen oral mikrobiyotada Streptococcus salivarius K12 diye bilinen oral probiyotiğin kullanımının Streptococcus mutans ve Lactobacillus türlerinin sayısı üzerindeki etkisinin değerlendirilmesidir. Ayrıca, ikincil amacı da probiyotik bırakıldıktan sonra da benzer etkinin sürüp sürdürmediğinin değerlendirilmesidir. Çalışma randomize, kontrollü, takip süreli ve kesitsel tasarlanmış bir hayvan çalışmasıdır. Çalışmaya 3-5 aylık dişi Sprague-Dawley türünden 32 adet sıçan dahil edilmiş ve karyojenik diyet ile probiyotik değişkenlerine göre 4 gruba dağıtılmıştır. Bu gruplar: (G1) Karyojenik diyet ve probiyotik uygulanan grup, (G2) Karyojenik diyet uygulanan, probiyotik uygulanmayan grup, (G3) Karyojenik diyet uygulanmayan, probiyotik uygulanan grup, (G4) Karyojenik diyet ve probiyotik uygulanmayan gruptur. Çalışma dahilinde karyojenik diyet uygulanan gruplarda sıçanlar, 2 ay boyunca sükroz ağırlıklı yem ile beslenmiştir. Probiyotik uygulanan gruplarda ise S. salivarius K12 içeren probiyotik tablet çözünmüş suları 1 ay boyunca içmeleri sağlanmıştır. İki aylık takip sürecinde, dahil edilen tüm sıçanlardan deney başlamadan önce (T0), 1 aylık (T1) ve 2 aylık (T2) takip süreci sonunda pipetaj yöntemi ile ağız içi örnekler alınmıştır. Alınan tüm örneklerden DNA izolasyonu yapılarak elde edilen DNA izolatlarındaki S. mutans, S. salivarius ve Lactobacillus türlerinin nicel miktarları gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (kPZR) ile analiz edilmiştir. Gerçek zamanlı kPZR analizi sırasında kullanılacak olan S. mutans, S. salivarius ve Lactobacillus türlerine özgü primer ve prob tasarımları yapılmış ve 'TaqMan' problarının kullanıldığı standart örnekler de dahil bütün reaksiyonlar 2 tekrarlı olarak çalışılmıştır. Gerçek zamanlı kPZR analizinden elde edilen verilerin gruplar arası karşılaştırmasında Lactobacillus türlerine ait veriler 'Friedman' sıralamalı iki yönlü varyans analizi, S. salivarius verileri de 'Kruskal-Wallis' varyans analizi ile test edilmiştir. S. salivarius verilerinin grup içi değerlendirilmesinde de 'Friedman' sıralamalı iki yönlü varyans analizi ve Bağımlı Örneklem T-testi ile istatistiksel analizler yapılmıştır. Tüm sonuçlar için istatistiksel anlamlılık düzeyi p<0.05 olarak kabul edilmiştir. İstatistiksel analiz sonucunda, Lactobacillus türlerine yönelik T0 (p=0.131; p≥0.05), T1 (p=0.676; p≥0.05) ve T2 (p=0.435; p≥0.05) dönemlerinde alınan örneklerde gruplar arasında ve her grupta kendi içerisinde zamana bağlı değişimi açısından değerlendirildiğinde G1 (p=0.430; p≥0.05), G2 (p=0.325; p≥0.05), G3 (p=0.882; p≥0.05) ve G4 (p=0.368; p≥0.05) istatistiksel fark görülmemiştir. S. salivarius verilerinin istatistiksel analizi sonucunda T0 (p=1; p≥0.05) döneminde istatistiksel fark görülmezken; T1 (p<0.05) ve T2 (p<0.05) dönemlerinde gruplar arasında istatistiksel fark görülmüş ve probiyotik uygulanan tüm gruplarda (G1-G2: p=0.002, G1-G4: p=0.002, G2-G3: p=0.001, G3-G4: p=0.001; p<0.05) istatistiksel olarak anlamlı fark görülmüştür. Grup içi karşılaştırma sonuçlarına göre, S. salivarius için probiyotik uygulanan G1 ve G3 gruplarında sırasıyla T0-T1 (p=0.018; p<0.05), T0-T2 (p=0.003; p<0.05) ve T0-T1 (p=0.03; p<0.05), T0-T2 (p=0.043; p<0.05) için farklı takip sürelerinde alınan örnekler arasında istatistiksel fark görülürken, yine sırasıyla G1 ve G3 gruplarında T1-T2 (p=1; p≥0.05) ve T1-T2 (p=0.448; p≥0.05) arasında istatistiksel fark görülmemiştir. S. mutans verileri incelendiğinde gruplarda kolonizasyon gözlenmemiştir. Hayvanlar üzerinde yürütülen bu çalışmanın sonuçlara göre, probiyotik kullanan gruplarda ise S. salivarius kolonizasyonunun anlamlı derecede yüksek olduğu ve probiyotik bırakıldıktan sonra bile etkisinin devam ettiği görülmüştür. Ayrıca, Lactobacillus sayısının da hem karyojenik diyet hem de probiyotik uygulanmasından etkilendiği ve anlamlı derecede olmasa da artış gösterdiği görülmüştür. Sonuç olarak, bu çalışma S. salivarius K12 probiyotik mikroorganizmanın oral mikrobiyota kolonizasyonunu gösterdiğinden, klinik çalışmalar için öncü çalışma olma niteliği taşımaktadır.

Atılım pompalarını fazla eksprese eden flukanazol dirençli/doza bağımlı duyarlı candida albicans suşlarında bu genlerin transkripsiyon faktörlerindeki mutasyonların araştırılması

Günümüzde, bağışık yanıtı bozulmuş hastaların sayısı ve bu hastalarda görülen Candida albicans infeksiyonlarının sıklığı artmaktadır. Buna paralel olarak, yan etkisi az ve iyi tolere edilen bir antifungal olan flukonazolün kullanımında artış ve direnç görülmektedir. C. albicans'da en sık görülen flukonazol direnç mekanizması CDR1, CDR2 ve MDR1 genlerinin aşırı ekspresyonu ve bu genlerin kodladığı Cdr1, Cdr2 ve Mdr1 pompaları ile ilacın hücre dışına atılmasıdır. Bu genlerde görülen aşırı ekspresyona, transkripsiyon faktörleri olan Tac1p ve Mrr1p'yi eksprese eden TAC1 ve MRR1 genlerinde görülen nokta mutasyonların neden olduğu bildirilmektedir. Bu çalışmada flukonazole duyarlı altı, kısmi inhibisyon etkisi gösteren duyarlı dört ve dirençli altı adet olmak üzere toplam 17 C.albicans suşunun TAC1 ve MRR1 gen bölgelerinin polimeraz zincir tepkimesi ve dizi analizi ile mutasyonlar açısından incelenmesi amaçlanmıştır. Araştırmanın sonucunda çalışılan suşlardan flukonazole dirençli olup Cdr1 ve Cdr2 pompalarını aşırı eksprese ettiği gösterilen iki tanesinde, TAC1 geninde aşırı ekspresyona neden olduğu bildirilmiş R673Q ve A736V mutasyonları saptanmıştır. Çalışılan suşlardan flukonazole dirençli olup Mdr1 pompasını aşırı eksprese ettiği bilinen bir tanesinin MRR1 gen bölgesinde ise yine fazla ekspresyona neden olduğu saptanmış P683H mutasyonu belirlenmiştir. Sonuç olarak, çalışmamıza alınan flukonazole dirençli C. albicans suşlarında, atılım pompalarını kodlayan genlerin transkripsiyon faktörlerinde görülen nokta mutasyonlarının, flukonazol direncinde önemli rol oynadığı belirlenmiştir. Anahtar kelimeler: Candida albicans, flukonazol direnci, atılım pompaları, transkripsiyon faktörleri, TAC1, MRR1, cdr1, cdr2, mdr1

Gastroenteroloji kliniğine başvuran hastalardan alınan mide biyopsi örneklerinde helicobacter pylori sıklığının ve virulans genlerinin araştırılması

Dünya nüfusunun yarıdan fazlası Helicobacter pylori (H.pylori) ile enfektedir ve non-ülser dispepsi, peptik ülser, gastrik kanser ve MALT lenfoma gibi çeşitli mide-duedonum hastalıklarının gelişimi ile doğrudan ilişkilidir. H.pylori enfeksiyonları özellikle gelişmekte olan ülkelerde olmak üzere önemli bir sağlık sorunudur. Bakteri ve konak faktörleri ile çevresel faktörler arasındaki etkileşimlerin, kişilerdeki farklı klinik sonuçların belirlenmesinde önemli rol oynadıkları düşünülmektedir. H.pylori enfeksiyonlarının patogenezinde önemli rol oynayabilen vacA ve allelleri, cagA, cagE, iceA ve allelleri ve babA2 gibi çeşitli virulans genleri tanımlanmıştır. Bu çalışmada, 176 hastanın [ endoskopik olarak gastrik/duodenal mukozal hasarı olan (gastrik/duodenal ülser, gastrik/duodenal erozyon, duodenit, gastrit, özefajit; Grup1, n=89) ve olmayan (Grup2, n=87)] mide biyopsi örneklerinde H.pylori sıklığının ve başlıca virulans genlerinin Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile belirlenmesi amaçlandı. Hastaların yaş ortalamaları 37.93 ± 15.31 idi ve %59.7'si kadındı. H.pylori sıklığının kadınlarda %52.4 ve erkeklerde %50.7 olmak üzere hastaların tamamında %51.7 olduğu görüldü. 93 izolatın 70'inde (%75.3) vacA s1a alleli, 58'inde (%62.4) m2 alleli bulundu. Suşların hiçbirinde s1c genotipi bulunamadı. Çalışılan izolatlar arasında cagA, cagE, iceA1, iceA2 ve babA2 genotiplerinin sıklığı sırasıyla %88.2, %96.8, %33.3, %35.5 ve %88.2 idi. Grup1 hasta izolatlarında en yaygın görülen vacA allellik kombinasyonunun 29 (%53.7) suş ile s1a/m2, Grup2 hasta izolatlarında ise 12 suş ile (%30.8) s1a/m1a olduğu görüldü. Sonuç olarak vacAs1a/m2 allellik kombinasyonu Grup1 hastalarında Grup2'ye göre istatistiki olarak anlamlı şekilde yüksek bulundu. En baskın genotip kombinasyonu vacAs1, cagA, cagE, babA2 ve iceA1 birlikteliği olarak bulundu.

Farklı primerler ve DNA izolasyon yöntemleri kullanarak polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle dışkı örneklerinde helicobacter pylori varlığının araştırılması ve sonuçların immünokromatografik yöntemle karşılaştırılması

H. pylori, kronik gastrite, gastroduodenal ülsere, gastrik adenokarsinoma ve lenfomaya neden olabilen karsinojenik bir bakteri olarak değerlendirilmektedir. Helicobacter pylori tanısında kesin olarak belirlenmiş altın standart bir test olmayışı nedeniyle günümüzde hala tanıda ve tedavi başarısının izlenmesinde endoskopi gerektiren testler referans olarak kullanılmaktadır.Bu çalışmada hastalardan Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Hasta Hizmetleri Laboratuvarı'na gönderilen ve antijen aranması esasına dayalı bir immunokromatografik yöntemle H. pylori açısından incelenen gaita örneklerinde, farklı primerler ve DNA izolasyon metotları kullanarak, konvansiyonel PCR ve real time PCR yöntemleriyle H. pylori varlığının araştırılması ve sonuçların karşılaştırılması amaçlandı.DNA izolasyonunda, fekal DNA izolasyon kiti (Epicentre) ve fenol kloroform ekstraksiyonu ve etanol presipitasyon yöntemi kullanıldı. Fekal DNA izolasyon kiti ile DNA izolasyonunda başarı sağlanamadı. Fenol-kloroform ekstraksiyonu ve etanol presipitasyonu yöntemiyle başarılı bir şekilde DNA izole edildi.vacA, ureA, ureC gen bölgelerine özgül primerler ile yapılan konvansiyonel PCR çalışmalarında, ureA geninin 411 bp uzunluğundaki fragmentini hedef alan HPU1-HPU2 primer çiftinin başarılı olduğu belirlendi.Çalışmaya dahil edilen 54 örnekten 43'ü HpSA testi ile, 42'si ureA PCR ile, 34'ü real time PCR ile H. pylori pozitif olarak belirlendi.Mide biyopsi örneğinin mikrobiyolojik inceleme sonuçlarını standart olarak kabul ettiğimizde duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla HpSA testinin %100 ve %46.15, ureA PCR'ın %92.86 ve %53.85, real time PCR'ın ise %92.86 ve %46.15 olarak hesaplanıştır.HpSA ile ureA PCR sonuçları arasındaki uyum %76, HpSA ile real time PCR sonuçları arasındaki uyum ise %80 olarak bulunmuştur.Çalışma sonucunda, H. pylori tanısında noninvaziv yöntem olarak gaita örneklerinde H. pylori DNA'sının gösterilmesinin antijen testi kadar tanı değerine sahip olduğu görülmüştür. Bununla birlikte avantajları nedeniyle HpSA testinin kullanılmasının daha mantıklı olduğu yargısına varılmıştır

Karbapenem dı̇rençlı̇ Klebsı̇ella pneumonı̇ae izolatlarında profaj izolasyonu ve karakterı̇zasyonu

Karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae (KDKP), hem intrinsik mekanizmaları hem de kazanılmış direnç geliştirme yetenekleri nedeniyle dünya genelinde ciddi bir halk sağlığı tehdidi oluşturmaktadır. Bu tez çalışmasında, Başkent Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı kültür koleksiyonunda yer alan ve çeşitli klinik örneklerden izole edilen 20 KDKP suşu, profaj varlığı açısından değerlendirilmiştir. UV, mitomisin C, levofloksasin ve siprofloksasin ile yapılan geleneksel indüksiyon işlemlerinde çift katmanlı teknikle plak oluşumu gözlenmemiş; MTT boyama yöntemiyle plak benzeri yapılar saptanmış ancak yeterli miktarda faj elde edilememiştir. Bu nedenle farklı sekans tiplerine sahip dört izolat seçilerek tam genom sekanslamaya alınmış ve toplam 19 profaj dizisi tespit edilmiştir. Profajların 14'ü "tam", 2'si "şüpheli", 3'ü ise "kısmi" olarak sınıflandırılmış; kısmi profajlar değerlendirme dışı bırakılmıştır. Seçilen izolatlara daha önce izole edilen litik fajlarla yeniden indüksiyon yapılmış ve 13 profajın aktif hale geçtiği in silico analizlerle doğrulanmıştır. Böylece bazı profajların klasik yöntemlerle tespit edilemese de moleküler düzeyde indüklenebilir olduğu gösterilmiştir. Tam genom analizlerinde, profajlarda doğrudan antibiyotik direnç genlerine rastlanmamış; ancak virülans faktörleri, stres yanıtı proteinleri, regülasyon ve savunma ile ilişkili çeşitli genlerin bulunduğu belirlenmiştir. Ayrıca bazı profajlarda anti-CRISPR proteinleri, tRNA genleri ve yatay gen transferiyle ilişkili mobil genetik elemanlar tespit edilmiştir. Bu öğelerin, doğrudan direnç geni taşımamasına rağmen, bakterinin çevresel streslere ve antibiyotik baskısına karşı adaptasyonunu kolaylaştırarak direnç gelişimine dolaylı yoldan katkı sağlayabileceği düşünülmüştür. Pangenom analizleri ise bu profajların yüksek genetik çeşitlilik gösterdiğini ve çoğunlukla esnek gen havuzunda yer alan kabuk genleri taşıdığını ortaya koymuştur. Elde edilen bulgular, KDKP genomlarında bulunan profajların moleküler düzeyde aktif, klasik yöntemlerle her zaman tespit edilemeyen ancak konak bakterinin evrimsel başarısına çok yönlü katkılar sunabilen mobil genetik elemanlar olduğunu göstermiştir

Kandan izole edilen enterokok suşlarının antimikrobiyal duyarlılıkları ve biyofilm oluşturma yeteneklerinin karşılaştırılması: Üç merkezli çalışma

Enterokoklar enfektif endokardit ve kateter ilişkili kan dolaşımı enfeksiyonları gibi mortal enfeksiyonlarda önemli patojenlerdir. Bu enfeksiyonların tedavisinde, sinerji koşullarının sağlanması halinde, beta-laktam/glikopeptit ve aminoglikozit kombinasyonu önemli bir tedavi seçeneğidir. Çalışmamızda kan kültürlerinden elde edilen, 3 farklı merkezden toplam 90 enterokok izolatı (45 Enterococcus faecalis ve 45 Enterococcus faecium) çeşitli demografik özellikler, kan kültürü sinyal pozitifleşme süreleri, antibiyotik duyarlılık profilleri ve bazı antibiyotik direnç genleri, biyofilm oluşturma kabiliyetleri ve biyofilm oluşumu-antibiyotik direnç ilişkisi açısından değerlendirilmiştir. Demografik açıdan E. faecalis izolatları kadın hastalara kıyasla erkek hastalardan anlamlı şekilde daha fazla izole edilmiştir. İzolatların %27,8'i cerrahi bölümlerdeki hastalardan %72,2'si dahili bölümlerdeki hastalardan elde edilmiştir. Dahili branşlardan onkoloji (%16,7) ve nefroloji (%13,3) başı çeken branşlar iken cerrahi branşlardan en sık kardiyovasküler cerrahi (%11,1) ve genel cerrahi (%8,9) branşlarından gelen izolatlara rastlanılmıştır. Antibiyotik duyarlılık profilleri değerlendirildiğinde E. faecalis izolatlarında glikopeptit direncine rastlanmazken E. faecium izolatlarının %31,1'inde glikopeptit direnci gözlenmiştir. Yüksek düzey gentamisin ve streptomisin direnç oranları E. faecalis için sırasıyla %24,4 ve %26,7 iken E. faecium için sırasıyla %66,7 ve %77,8'dir. Özellikle yüksek düzey gentamisin ve streptomisin direnç oranları açısından merkezler arasında da önemli farklılıklar gözlenmiştir. Bu farklılıklar beta-laktam/glikopeptit-aminoglikozit sinerjisi açısından tedavi rejimi seçimlerini etkileyebilecek olmasından ötürü önemlidir. Araştırılan direnç genleri açısından ise belirgin bir homojenite gözlenmiştir. Fenotipik glikopeptit direnci gösteren izolatların tümünde vanA geni izlenirken, fenotipik yüksek düzey gentamisin direnci gösteren izolatların %92,7'sinde aac(6')-Ie-aph(2'')-Ia genine ve fenotipik yüksek düzey streptomisin direnci gösteren izolatların ise %95,6'sında ant(6')-Ia genine rastlanmıştır. Bu bulgu bakteriyemi etkeni enterokoklarda yüksek düzey gentamisin direncinden çoğunlukla aac(6')-Ie-aph(2'')-Ia; yüksek düzey streptomisin direncinden ise çoğunlukla ant(6')-Ia geninin sorumlu olduğunu düşündürmüştür. Biyofilm oluşturma oranları açısından E. faecalis ve E. faecium izolatları arasında anlamlı farklılık (sırasıyla %100 ve %55,6) gözlenmiştir. Bu farklılık biyofilm oluşumunun gücünde de gözlenmiş ve E. faecalis izolatlarının %35,6'sı güçlü biyofilm oluştururken E. faecium izolatlarında güçlü biyofilm oluşumu gözlenmemiştir. Biyofilm oluşumunun çeşitli yollarla antimikrobiyal dirence yol açabileceği bilinmektedir. Çalışmamızda güçlü biyofilm oluşturan E. faecalis izolatları arasındaki YDGD oranı (%50), orta düzeyde biyofilm oluşturan izolatlar arasındaki YDGD oranından (%10) istatistiksel olarak anlamlı şekilde yüksek bulunmuştur. Biyofilm oluşturan ve oluşturmayan izolatlarının antibiyotik duyarlılıkları arasındaki farklar istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Bununla birlikte, kinupristin-dalfopristin duyarlılıkları (biyofilm oluşturan ve biyofilm oluşturmayan E. faecium izolatları için sırasıyla %52 ve %80) arasındaki fark istatistiksel anlamlılık sınırına yakın bulunmuştur (p=0.051). İstatistiksel olarak anlamlı olmamakla birlikte siprofloksasin, kinupristin-dalfopristin ve yüksek düzey gentamisin direnç oranları orta güçte biyofilm oluşturan E. faecium izolatlarında, zayıf veya hiç oluşturmayan E. faecium izolatlarına kıyasla daha yüksek görülmüştür. Enterokoklarda özellikle E. faecalis'te feromon aracılı konjugasyonun özel ve önemli bir gen aktarımı mekanizması olduğu, biyofilm oluşumunun ise bu mekanizmanın gelişme ihtimalini artırdığı düşünülmektedir. Nitekim literatürde bu yolla gen aktarımı yapan plazmitlerde tetrasiklin, vankomisin ve yüksek düzey gentamisin direnç genlerinin taşınabildiği belirtilmiştir. Bizim çalışmamızın sonuçları bazı izolatların bu mekanizma aracılığı ile -ve belki de bu plazmitler aracılı- bazı antibiyotiklere karşı direnç kazanmış olabileceğini düşündürmektedir. Eravasiklin; linezolid ve vankomisin dirençliler de dahil olmak üzere enterokoklar üzerine oldukça etkili, yeni geliştirilmiş florosiklin türevi antimikrobiyaldir. Global bir çalışmada enterokoklarda eravasiklin direnci sırasıyla E. faecalis ve E. faecium için %0,6 ve %2,3 olarak gözlenmiştir. Ülkemiz literatüründe bildirilmiş eravasiklin dirençli enterokok izolatı bulunmuyor oluşu ve bizim çalışmamızda 2 adet E. faecium izolatında bu duruma rastlamış olmamız önemlidir. Bu durum bu konuda çok merkezli araştırmaların yapılmasının ve direnç mekanizmalarının araştırılmasının önemini göstermektedir.

Su kaynaklarından karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarına etkili bakteriyofaj izolasyonu ve karakterizasyonu

Acinetobacter baumannii, birçok hastane enfeksiyonundan sorumlu Gram-negatif non- fermenter bir bakteriyel patojendir. A. baumannii keşfinden itibaren hem intrinsik mekanizmaları hemde kazanılmış direnç geliştirebilme yetenekleri nedeniyle birçok antibiyotiğe dirençli hale gelmiştir. Karbapenem dirençli A. baumannii (KDAB) suşlarının dünya çapında artan prevelansı, alternatif bir antimikrobiyal tedavi arayışına ve yeni terapötik stratejilerin gerekliliğini ortaya çıkarmıştır. Bakteriyofajlar (faj) da çoklu ilaç dirençli (ÇİD) bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisi için umut verici adaylardır. Bu çalışmada atık su ve göl gibi çeşitli su kaynaklarından, KDAB izolatlarını enfekte eden faj izole etmek, bu fajların klinik izolatlardaki litik aktivitesini araştırmak ve izole edilen fajları karakterize etmek amaçlanmıştır. A. baumannii, Başkent Üniversitesi Ankara Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobioloji Laboratuvarında çeşitli klinik numunelerden izole edilmiştir. İzolatların karbapenem direnci disk difüzyon yöntemi ile saptanmıştır. Çalışmamızda, blaOXA-23, blaOXA-24 ve blaOXA ve kromozomal blaOXA-51 karbapenem direnç genleri polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile saptanmıştır. Klinik A. baumannii izolatları arasındaki klonal ilişki Pulsed-Field Jel Elektroforezi (PFGE) ile belirlenmiştir. Faj izolasyonu için çeşitli su kaynaklarından periyodik olarak su örneği alınmıştır. İzole edilen fajlar zenginleştirilip saflaştırıldıktan sonra litik aktiviteleri "spot test" ile belirlenmiştir. Fajların, "One-step growth" eğrileri "multiplicity of infection" (MOI) değerleri, ısı ve pH stabiliteleri değerlendirilmiştir. Fajların morfolojilerini ve taksonomik ailelerini belirlemek üzere transmisyon elektron mikroskop (TEM) görüntüleri alınmıştır. Fajların moleküler karakterizasyonu ve proteom analizleri için restriksiyon profilleri karşılaştırılmış ve Sodyum Dodesil Sülfat-Poliakrilamid Jel Elektroforezi (SDS-Page) uygulanmıştır. Klinik KDAB izolatlarının hepsinde kromozomal blaOXA-51 geni saptanırken, 73'ünde (n=73/96, %70) blaOXA-23, 12'sinde (n=12/96, %12.5) blaOXA-24 geni olduğu bulunmuştur. İzolatların hiçbirinde blaOXA-58 genine rastlanmamıştır. PFGE analizine göre izolatlar 1 major olmak üzere 5 pulsotipe ayrılmıştır. Klinik KDAB izolatlarına karşı litik aktivite gösteren dört A. baumannii fajı Başkent Üniversitesi Ankara Hastanesi atık suyu, Kütahya atık suyu, Kızılırmak ve Kırıkkale at harası atık suyundan izole edilmiştir. φAb65'nın latent periyodu 5 dk, φAb31 ve φAb69'nın 10 dk, φAb59'nın ise 15 dk olarak bulunmuştur. φAb31, φAb59, φAb65 ve φAb69'larının patlama boyutları ise sırasıyla, 3500, 1699, 2600 ve 118 PFU/CFU olarak hesaplanmıştır. Bütün fajların termal olarak stabil oldukları ve farklı pH aralıklarına toleranslı oldukları belirlenmiştir. TEM analizi sonucunda, fajlar, Myoviridae ailesine ait olarak teşhis edilmiştir. Restriksiyon analizi, bütün fajların birbirinden farklı restriksiyon profilinin olduğunu göstermiştir. Bu çalışmada değerlendirilen fajların, daha ileri in vivo çalışmalar ve ÇİD bakterilerin tedavisinde terapötik bir ajan olarak kullanılmaya uygun olduğu ortaya konmuştur.

Kateter ilişkili hastane enfeksiyonlarında sık karşılaşılan biyofilm oluşturan bakterilerde, biyofilm ilişkili antibiyotik direncinin araştırılması

Hastaneye yatıs sürecinde tanı ve tedavi amaçlı kullanılan yabancı cisimlerden kateterlerin, en önemli komplikasyonları arasında lokal ve sistemik enfeksiyon riski yer almaktadır. Bu çalısma kateter yüzeylerinde mikroorganizmalar tarafından olusturulan biyofilm yapısının tedaviye direnci artıran ve tedavi sürecini zorlastıran önemli bir etken olduğuna dayanılarak yapılmıstır. Çalısmada Baskent Üniversitesi Tıp Fakültesi Ankara Hastanesi'nde 2006-2009 yılları arasında çesitli servislerde ve yoğun bakımlarda yatarak tedavi gören hastaların kateterlerinde üremis metisilin dirençli S.aureus (MRSA), metisilin dirençli koagülaz negatif stafilokok (MRKNS) ve P.aeruginosa izolatlarının planktonik hücre asamasında ve in vitro kosullarda biyofilm yaptırıldıktan sonra sesil hücrelerinin çesitli antibiyotiklere duyarlılıkları arastırılmıstır. Antibiyotiklerin seçiminde MRSA ve MRKNS susları için vankomisin, siprofloksasin, rifampisin, gentamisin, meropenem, tigesiklin, linezolid, seftazidim ve sefazolin tercih edilirken, P.aeruginosa susları için de siprofloksasin, gentamisin, meropenem, tigesiklin, piperasilin, seftazidim ve amikasin çalısmaya alınmıstır. Seçilen bu antibiyotikler ile önce planktonik hücrelerde duyarlılık arastırılmıs, böylece minimal inhibitör konsantrasyonları (MĐK) ve minimal bakterisidal konsantrasyonları (MBK) belirlenmistir. Daha sonra her bir sus ile biyofilm olusturulup sesil hücrelerde aynı antibiyotikler ile yine MĐK ve MBK değerleri belirlenmistir. Ardından ikili ve üçlü antibiyotik kombinasyonları olusturulup, çoklu kombine bakterisidal test (ÇKBT) yöntemi ile hem planktonik hem de biyofilmde etkinlikleri belirlenmistir. Her bir antibiyotik ile planktonik ve biyofilm hücrelerinde elde edilen veri seti istatistiksel olarak iki oran z testi ile analiz edilmistir. Sonuç olarak; sesil hücrelerde planktonik forma göre genel olarak duyarlılıklarda anlamlı azalmalar tespit edilmistir. Hem ikili hem de üçlü kombinasyonlar ile yapılan çalısmaların sonucunda da sesil hücrelerin kombinasyonların çoğuna duyarlılıklarında anlamlı azalma olduğu görülmüstür. Planktonik ve sesil hücrelere kombinasyonların etkinliğinin karsılastırılmasında, susların % 90'ından fazlasını inhibe etme açısından, ikili kombinasyonlar ile üçlüler arasında anlamlı bir fark tespit edilmemistir.

Kandan izole edilen candida albicans suşlarında biyofilm oluşumunun, antifungal ajanlarla inhibisyonun ve biyofilm duyarlılığının araştırılması

Son yıllarda artan tıbbi gereç kullanımından dolayı Candida albicans biyofilmine bağlı enfeksiyonların artması ve bu biyofilmlerin antifungal ajanlara yüksek direnç gösterebilmesi nedeni ile yeni tedavi protokollerine ve özellikle riskli hastalarda biyofilm oluşumunu engelleyen profilaktik ilaç rejimlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada sıklıkla hastane enfeksiyonlarına neden olabilen Candida albicans'ın biyofilm oluşturma oranlarını görmek ve özellikle yoğun biyofilm yapan suşlarda antifungal duyarlılık paternlerini planktonik ve sesil hücre karşılaştırmalı olarak incelemek hedeflenmiş, ayrıca bu suşlarda antifungallerin biyofilm oluşumunu önlemedeki etkinliğini araştırmak amaçlanmıştır. Başkent Üniversitesi Ankara, Adana ve İstanbul hastanelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden elde edilmiş, germ tüp oluşumu ve Corn Meal Tween 80 besiyerindeki morfolojilerine göre tiplendirilmiş, 162 Candida albicans izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. Tüm suşlarda Modifiye Christensen 96 kuyucuklu plak yöntemi ile biyofilm oluşumu araştırılıp derecelendirilmiştir. Randomize seçilen 30 yoğun biyofilm yapan klinik izolat, C.albicans ATCC 10231 ve C.albicans ATCC 90028 standart suşu, toplam 32 suş ayrıca iğne kapaklı mikroplaklarda biyofilm yapma yetenekleri XTT yöntemi ile araştırılmıştır. Bu suşların kaspofungin, mikafungin, anidulafungin flukonazol,voriconazol, posakonazol, itrakonazol, ve amfoterisin B'nin standart toz formları ile CLSI standartlarına uygun olarak mikrodilüsyon yöntemi (M27-A3) ile antifungal duyarlılıkları çalışmıştır. Sesil formların antifungal duyarlılıkları ise aynı antifungal ajanlara karşı Modifiye Calgary biyofilm yöntemi ile minimum biyofilm inhibisyon konsantrasyon (MBİK) değerleri spektrofotometrik olarak belirlenmiştir. Ayrıca iğne kapaklı mikroplaklarda antifungal ilaçların planktonik hücreleri üzerinde biyofilm oluşumunu inhibe etme etkisi spektrofotometrik olarak ve spot ekimler ile araştırılmıştır. Çalışmamızda Modifiye Christensen yöntemi ile 162 suştan %38'i (n=61) orta düzeyde biyofilm yaparken, %29'unun (n=47) zayıf ve %23'ünün (n=37) ise yüksek düzeyde biyofilm oluşturduğu saptanmıştır. Biyofilm duyarlılık test sonuçlarına göre ekinokandinler en düşük MBİK değerlerine sahip olarak terapötik konsantrasyon aralığında bulunmuştur. Azoller ve amfoterisin B' ye karşı suşların tümü dirençli olarak saptanmıştır. Amfoterisin B'nin en düşük MBİK/ MİK oranı ile sesil hücrelere karşı en etkili olduğu görülse de, MBİK50 ve MBİK 90 değerleri CLSI'ın duyarlılık aralığında bulunmamıştır. Biyofilm oluşumunda inhibisyon etki sonucuna göre itrakonazolün diğer ajanlara göre daha çok suşta inhibisyon (26/32 suş; %81,3) yaptığı saptanmıştır. Sonuç olarak çalışmamızda ekinokandinler biyofilmlere karşı en etkin grup olarak bulunmuştur. İtrakonazol ise biyofilm oluşumu inhibisyonunda en etkili antifungal olarak görülmüştür. Biyofilm antifungal duyarlılık testleri için, gerece bağlı enfeksiyonların tedavi ve profilaksisinde, standardize yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır.

Helicobacter pylori CagA EPIYA motifleri ile klaritromisin direnci, gastropatolojik ve klinik ilişkinin araştırılması

Helicobacter pylori (H. pylori)'de CagA'nın tirozin fosforilasyonu CagA proteininin C-terminal bölgesinde çeşitli sayılarda bulunan beş aminoasit sekansından (Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala) oluşan EPIYA tekrar sekansları ile gerçekleşir. H. pylori suşlarımızdaki CagA EPIYA motiflerinin sayısı ve tiplerinin saptanması, histopatolojik korelasyonun ve ayrıca bu motiflerin klaritromisin direnci ile ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Endoskopi endikasyonu konulan dispeptik yakınmalı 124 hasta çalışmaya alındı. H. pylori suşlarının cagA pozitifliği PCR ile ürün uzunluğu 370-570 bp olarak saptandı. Amplifiye edilen PCR ürünleri QIAquick PCR kiti ile purifiye edildi ve sekans analizi için Macrogen'e gönderildi. Anti-H. pylori IgG ve CagA IgG antikorları ELISA yöntemi ile çalışıldı. Yüz yirmi dört hastanın 89 (%71.8)'u HUT, histopatoloji ve kültürün en az ikisinin olumluluğunda H. pylori enfeksiyonu olumlu saptandı. Altmış iki (%50) H. pylori kültür pozitif hasta suşlarından; 30 (%48.4)'u cagA pozitif, 32 (%51.6)'si cagA negatif saptandı. cagA pozitif hastalarımızda; 21 (%70)'i EPIYA-ABC, yedi (%23.3)'si EPIYA-ABCC ve iki (%6.7)'si ise hem EPIYA-ABC hem de -ABCC olmak üzere miks enfeksiyon saptandı. Ayrıca, 89 H. pylori pozitif hastanın 77 (%86.5)'si anti-H. pylori IgG antikoru; 14 (%46.6)'ü anti-CagA IgG antikoru olumlu bulundu. Sonuç olarak, cagA pozitif H. pylori suşlarının antrum ve korpus pitlerde enflamasyon (aktif enflamasyon) ve korpus atrofi ile ilişkisi olduğu saptandı. EPIYA motifleri ile histopatoloji ve klaritromisin direnci arasında bir korelasyon gözlenmedi.

İshalli hastalarda entamoeba histolytica 'nın saptanmasında kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması

Entamoeba histolytica'nın neden olduğu amibiyaz tüm dünyada paraziter enfeksiyona bağlı üçüncü ölüm nedenidir. İnvaziv amibiyaz tanısında yaygın kullanılan tanı yöntemi direkt ve boyalı mikroskobik bakıdır. E.histolytica'ya benzer morfolojide olup, patojen olmayan Entamoeba türlerinin varlığı anlaşılınca, dışkıda E. histolytica'ya özgü antijen varlığını araştıran ELISA ve PZR gibi yöntemler tanıda kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışma ile, ishal şikayeti ile başvuran ve intestinal amibiyaz ön/ayırıcı tanısı için E. histolytica araştırılması istenen hastaların dışkı örneklerinde, direkt ve boyalı mikroskobik inceleme, dışkıda E. histolytica'ya özgü adezin antijeni saptanmasına yönelik ELISA testi ve PZR testinin çalışılması ve bu testlerin tanı değerlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Toplam 546 dışkı örneği çalışmaya alınmıştır. Direkt mikroskobik inceleme ile örneklerin %36,3'ünde şüpheli E. histolytica/dispar/moshkovskii kist ve/veya trofozoiti görülmüştür. Bu örneklere trikrom boyama yapılmış ve 49 örnek E. histolytica/dispar/moshkovskii kist ve/veya trofozoiti varlığı açısından şüpheli bulunmuştur. Trikrom boyama ile şüpheli bulunan örneklerde PZR ve ELISA testleri çalışılmıştır. ELISA yöntemi ile örneklerin hiçbirinde pozitiflik saptanmamıştır. PZR yöntemiyle 49 örnekten 44'ü negatif bulunmuş, beş örnekte geçersiz test sonucu elde edilmiştir. Sonuç olarak amibiyaz tanısında E. histolytica'ya özgü antijen aranması veya PZR gibi daha özgül bir yöntem kullanılmalıdır. Sadece mikroskobik inceleme ile sonuç verilmesi, hatalı tanıya ve gereksiz tedaviye neden olacaktır.

Akdeniz Üniversitesi Hastanesinde yatan iki yaş ve üzeri hastalarda C.difficile ilişkili ishallerin toksijenik kültür, glutamat dehidrogenaz enzimi-toksin A/B elisa ve PZR ile araştırılması

Bu çalışmada amaç, C. difficile nedenli ishal olduğu düşünülen hastaların dışkı örneklerinden EIA yöntemi ile toksin varlığının aranması, aynı örneklerin kültürlerinden ise C. difficile kökenlerinin izolasyonunun yapılması ve PZR ile toksin araştırılması yaparak hastanemizde, C. difficile nedenli ishal sıklığının araştırılmasıdır.. Çalışma kapsamına, Haziran 2013-Aralık 2013 tarihleri arasında, Akdeniz Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı ELISA Birimi'ne C. difficile Toksin A/B isteği ile gönderilen dışkı örneklerinden, iki yaş üzeri 200 hasta alınmıştır. Dışkı örnekleri CDSA seçici besiyerine ekilip ve anaerop ortamda kültürü yapılmıştır. İzole edilen organizmalar MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics Microflex LT system, Becton Dickinson, Italya S.p.A) ile tanımlanmıştır. C.difficile çıkan örnekler ardından ELISA yöntemiyle veya PCR ile toksin varlığına bakılarak toksijenik kültür yapılmıştır. Aynı zamanda bu dışkılardan EIA (C.diff Quik Chek Complete (CdQCC), Techlab, Blacksburg, VA, USA) yöntemi ile GDH ve toksin B, PZR (BD Max Cdiff, BD Diagnostics ) ile de toksin B geni çalışılmıştır. Toksijenik kültür referans test olarak kabul edilmiştir.Hasta populasyonumuzda CDE sıklığı % 6.5 bulunmuştur.Toksijenik kültüre göre pozitif bulunan 13 örnekten hepsinde EIA GDH testi pozitif bulunmuştur.Bu 13 örneğin 11 inde EIA toksin testi ile, 12 sinde de PZR testi ile pozitiflik saptanmıştır. Sonuçlarımıza göre GDH EIA testi, riskli hasta gruplarında tarama testi olarak kullanılabilir. Pozitif sonuçların Toksin A+B yi saptayan EIA testi ve toksin B genini saptayan moleküler test ile doğrulanması gerekmektedir. Hastanın kliniği ile test sonucu uyumsuz olduğunda toksijenik kültür yapılması gerekmektedir.

Hematolojik maligniteli hastaların invaziv aspergillozis varlığı açısından değerlendirilmesinde polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin tanı değerinin araştırılması

Hematolojik malignite nedeni ile indüksiyon kemoterapisi alan ve Hematopoetik Kök Hücre Transplantasyonu nedeni ile yoğun tedavi altındaki hastalar İnvaziv Aspergillozis (İA) gelişimi açısından risk altındadır. Riskli gruptaki hastalarda özgül olmayan yüksek rezolüsyonlu bilgisayar tomografisi ve klinik bulgular, konvansiyonel methodların uygulanım zorluğu gibi nedenlerle tanı geç konulmakta bazen net bir tanıya ulaşılamamaktadır. Erken tanı, hızlı bir şekilde antifungal terapinin başlanmasını ve dolayısıyla uzun süreli yatış ve tedavi maliyetlerinin, en önemlisi de mortalitenin azalmasını sağlayacaktır. Bu çalışmada, ilk çıkan ticari Aspergillus gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) kiti olan MycAssay Aspergillus kiti ile bir diğer yeni ticari Aspergillus gerçek zamanlı PZR kiti olan Artus Qiagen Aspergillus kitini serum örneklerinde kullanarak febril nötropeni nedeni ile takip edilen hematolojik maligniteli hastalarda İA tanısındaki performansını değerlendirdik. Ocak 2015 - Ocak 2016 tarihleri arasında Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Hematoloji Servisi ve Yetişkin Kök Hücre Transplantasyon Ünitesinde takip edilen İA açısından riskli 32 hastanın 41 febril nötropenik epizoduna ait 168 serum çalışılmıştır. Çalışmaya alınan hastalara ait demografik bilgiler, İA için risk faktörü olabilecek veriler sorgulandı ve klinik izlemleri kaydedildi. Referans tanı olarak European Organisation for Research and Treatment of Cancer/Mycoses Study Group (EORTC/MSG)'nin 2008 yılında revize ettiği İA tanı kriterleri (Kanıtlanmış, olası, şüpheli İA) kullanıldı. Buna göre yapılan sınıflamada hastaların izlenen hiçbir epizodunda kanıtlanmış (proven) İA saptanmadı. İzlenen 41 epizodun; 21'i olası (probable) İA, 7'si şüpheli (possible), 13'ü ise İA riski taşıyanlar olarak sınıflandırıldı. Artus Qiagen PZR kitinin duyarlılığı %47.6, seçiciliği %100, pozitif prediktif değeri (PPD) %100, negatif prediktif değeri (NPD) %64.5 ve doğruluk %73 olarak saptandı. MycAssay Aspergillus PZR kitinin duyarlılığı %61.9, seçiciliği %100, PPD'i %100, NPD'i %71.4 ve doğruluk %80.5 olarak saptandı. Hematolojik maligniteli hastalarda İA varlığı açısından serum örneklerinde kullanılmak üzere ticari PZR kitlerinin tek başına rutin bir tanı testi olarak kullanılması yerine erken tanı ve pre-emptif tedaviyi yönlendirmek amacıyla destekleyici testler olarak kullanılması mümkündür. PZR testinin mikrobiyolojik tanı kriterleri arasında yer alması için çok merkezli, özellikle klinisyen desteği ile iyi kurgulanmış çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır.

Karaciğer transplant alıcılarında HBV DNA mutasyonlarının enfeksiyonun nüksündeki rolü

Hepatit B virüsüne (HBV) bağlı son dönem karaciğer hastalığı, ülkemizde önemli bir karaciğer transplantasyonu sebebidir. HBV'ye bağlı nedenlerle karaciğer transplantasyonu uygulanan hastalarda greftin tekrar infeksiyonu (rekürrens) mortalite ve morbiditeyi arttırması bakımından günümüzde önemini koruyan bir problemdir. Rekürrensin önlenmesi için kullanılan Hepatit B immün globulin (HBIG) ve revers transkriptaz (RT) inhibitörleri, virüs üstünde baskı oluşturmakta, virüs replikasyonunun devam etmesi durumunda bu tedavilere dirençli virüs mutantları seçilebilmektedir.Çalışmamızda, merkezimizde karaciğer transplantasyonu sonrası rekürrens görülen ve plazma HBV DNA'sı pozitifleşen hastalardaki mutasyon profilinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bunun için, 01/02/1997-06/08/2009 tarihleri arasında Dokuz Eylül Üniversite Hastanesi'nde kronik HBV infeksiyonuna bağlı komplikasyonlar nedeniyle karaciğer transplantasyonu uygulanmış ve transplantasyon sonrası HBV DNA'sı pozitifleşmiş hastalara ait plazmalar çalışmaya dahil edilmiştir. HBV'ye ait PreS/S ve bununla örtüşen RT gen bölgesi polimeraz zincir tepkimesi (PZT) ile çoğaltılarak Sanger yöntemiyle çift yönlü dizi analizi yapılmıştır. Analiz sonuçları, referans dizilerle karşılaştırılarak mutasyon ve varyasyonlar belirlenmiştir.Transplantasyon sonrasında HBV DNA pozitifleşmiş 13 hastanın beşinde (%38,5) RT geninde ilaç direnç mutasyonu, üçünde (%23,1) antikordan kaçışla ilişkili S geni mutasyonu, üçünde ise (%23,1) her iki tip mutasyon birlikte görülmüştür. İki hastada (%15,4) dirençle ilgili mutasyon saptanmamıştır. Onüç hastadan transplantasyon sonrası serum HBsAg'si pozitifleşen hastalar değerlendirildiğinde dokuz hastanın üçünde ilaç direnç mutasyonu (%33,3), üçünde kaçışla ilişkili S geni mutasyonu (%33,3), üçünde her iki tip mutasyon birlikte görülmüştür (%33,3). İlaç direnci görülen sekiz hastanın üçünde transplantasyon öncesi sekans verileri elde edilmiş, hastalarda bu dönemde de ilaç direnç mutasyonları bulunduğu saptanmıştır. Transplantasyon öncesi sekans verisi edilen diğer üç hastanın birinde antikordan kaçışla ilgili mutasyon görülmüş, bu mutasyonun transplantasyon öncesi de bulunduğu belirlenmiştir.Saptanan antikordan kaçışla ilgili mutasyonlar: sY100C, sT118K, sP120T, sT123A, sT131N, sM133L, sD144A'dır. Literatürde en sık bildirilen sG145R mutasyonuna rastlanmamıştır. Bir hastada, ?a? determinantı'nda literatürde hakkında bilgi olmayan sN146H mutasyonu saptanmıştır.Transplantasyon sonrası görülen ilaç direnci paternleri rtL80I + L180M + A181V + M204V; rtL180M + S202G + M204V; rtL180M + M204V; rtM204I + L80V; rtM204I + L80I; rtM204I; rtA181V'dir.PreS2 bölgesinde iki hastada (%15,4) delesyonlar saptanmıştır. Bir hastada PreS1 bölgesinin ?S promoter? CCAAT motifinde CCAAG değişimi görülmüştür.Çalışmamızda, rekürrens görülen hastalarda saptanan antiviral direnç oranları (66.6%), benzer çalışmalarda bildirilen oranlara (47-59%) yakındır. Transplantasyon öncesi saptanan mutasyonlar, transplantasyon sonrasına da yansımaktadır. Bu nedenle, transplantasyon öncesi anti-viral ilaç kullanılmasına karşın HBV DNA pozitifliği devam eden hastalarda direnç profilinin belirlenmesi, transplantasyon sonrası uygulanacak profilaksiyi yönlendirerek rekürrensi önlemede faydalı olabilir.

Karbapenem grubu antibiyotiklerin (Meropenem, İmipenem, Ertapenem) etkisi altında quorum sensing olumlu ve quorum sensing olumsuz Pseudomonas aeruginosa suşlarının konak etken etkileşiminin araştırması

İnsanlarda oportunistik bir patojen olan Pseudomonas aeruginosa biyotik ve abiyotik yüzeylere yerleşebilmektedir. Dünyada olduğu kadar ülkemizde de nozokomiyal enfeksiyonların önemli bir kaynağıdır.Çoğunluğu Algılama (ÇA, Quorum Sensing) olarak adlandırılan mikroorganizmaların kendi aralarında haberleşme sistemleri, virulans etkenlerinin üretiminin düzenlenmesinde etkin olduğu gösterilmiştir. Hücre dışı sinyal molekülleri ile çalışan bu sistemleri; bakteriler lokal yoğunluklarını belirlemek amacı ile kullanırlar. Pseudomonas aeruginosa, ( P. aeruginosa) çoğunluğu algılama sistemlerinin açıklanmasında üzerinde en çok çalışılan gram negatif bakteridir. P. aeruginosa ` da ?rhl?, ?las? sistemi ve kinolon ?PQS? olmak üzere üç ÇA sistemi tanımlanmıştır.Konak (in vitro sistem) ve değişik antibiyotik konsantrasyonları (subminimal inhibitör konsatrasyonlar =sub-MİK) ile karşılaşmış Pseudomonas arasındaki ilişkinin tanımlanması sağaltımın planlanmasında önem kazanmaktadır.Günümüzde Pseudomonas enfeksiyonlarının sağaltımında antibakteriyeller yanı sıra, bakterinin genotipik ve fenotipik tiplendirilmesinin de büyük önemi olduğu düşünülmektedir.Bu çalışmada; minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK) belirlendikten sonra imipenem, ertapenem ve meropenem antibiyotiklerinin MİK ve sub-MİK konsantrasyonları ile karşılaşmış las mutant Pseudomonas aeruginosa, rhl mutant Pseudomonas aeruginosa ve standart Pseudomonas aeruginosa PAO1 suşlarının ÇA sistemleri, biyofilm oluşumu önce in vitro olarak belirlenmiştir. Daha sonra bu suşlar ile HEp- 2 hücreleri in vitro koşullarda enfekte edilip, ÇA sistemlerinin yanı sıra nitrit, apoptoz-nekroz yanıtları değerlendirilmiştir.Sonuç olarak Pseudomonas aeruginosa sağaltımında ÇA' nın yeni, olası ?sağaltım hedefleri?ndeki rolünün anlaşılması ile; las ve rhl mutant Pseudomonas aeruginosa suşları ile konak arasındaki ilişkinin, ÇA sistemlerinin patojenite üzerine olası etkilerinin bilinmesi sağaltımın etkinliğini arttırabileceği düşünülmektedir.

Tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) etkenlerinin tür düzeyinde tanımlanması

Tüberküloz dışı mikobakterilerin günümüzde 125'den fazla türü tanımlanmıştır. Tüberküloz dışı mikobakteriler çevrede her yerde, sıklıkla toprakta, hem doğal hem de işlenmiş su kaynaklarında bulunmaktadır. Genellikle immün süpresif tedavi alan ya da immün yetmezliği olan insanlarda hastalık oluşturmasına rağmen bağışıklık sistemi normal kişilerde de TDM'lerin neden olduğu enfeksiyonların sıklığı giderek artmaktadır. Tüberküloz dışı mikobakteri türleri arasında klinik seyir ve tedaviler farklılık göstermektedir. Tüberküloz dışı mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanabilmesi için ucuz, kolay ve hızlı sonuç veren yöntemin uygulanması, TDM türleri ile meydana gelen enfeksiyonların klinik ve ekonomik açıdan duyarlı olduğu bilinen ilaçlar ile etkin tedavilerine olanak sağlar.Bu amaçla Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarında, 2004-2010 yılları arasında solunum yolu örneklerinden soyutlanan 156 adet TDM izolatı çalışmaya alındı. Tüberküloz dışı mikobakterilerin hsp65 gen bölgesini hedef alan PZT-restriksiyon enzim analizi yöntemi (PRA) kullanıldı.Çalışmamızda TDM'lerin tür dağılımı; Mycobacterium abscessus tip 1 (69/156), Mycobacterium xenopi (26/156), Mycobacterium fortuitum (14/156), Mycobacterium porcinum tip 1, Mycobacterium septicum tip 1, Mycobacterium peregrinum tip 2 (14/156), Mycobacterium simiae tip 5, Mycobacterium lentiflavum tip 1, Mycobacterium florentinum tip 1 (5/156), Mycobacterium intracellulare tip 1, Mycobacterium chimaera tip 1 (5/156), Mycobacterium genavense tip 2, M. simiae tip 1 (4/156), Mycobacterium chelonae (2/156), Mycobacterium novocastrense (1/156), Mycobacterium gordonae tip 6 (1/156), Mycobacterium colombiense tip 1, Mycobacterium avium s. avium tip 2 (1/156), Mycobacterium massiliense tip 1, Mycobacterium bolletii tip 1, M. abscessus tip 2 (2/156), M. avium s. avium tip1, M. avium s. paratuberculosis tip 1, M. avium s. silvaticum tip 1 (2/156) olarak sonuçlandı. On TDM izolatı hsp65 PRA yöntemi ile tanımlanamadı.Sonuç olarak, doğada çok yaygın olarak bulunan tüberküloz dışı mikobakteriler günümüzde artan sıklıkta ciddi enfeksiyonlara neden olmaktadır. Antimikrobiyal duyarlılıklarındaki farklılıklar nedeniyle TDM'lerin etkin ve doğru şekilde tedavi edilmesi ayrıca epidemiyolojik verilerin elde edilebilmesi için TDM'lerin tür düzeyinde tanımlanması önemlidir. Bu amaçla kullanılan hsp65 PRA yöntemi, kolay uygulanabilen, hızlı, güvenilir ve ucuz bir yöntemdir.

Çocuklarda görülen alt solunum yolu enfeksiyonlarında adenovirusların sıklığının araştırılması

Adenoviruses are wide spectrum illnes apents those we often see as the infections keep in the respiratory system, gastrointestinal system and eyes. The adenoviruses are responsible for the 5-10% of the lower respiratory track infections.In this study the frequency of adenoviruses appearence as lower respiratory track infection in children?s age group is searched by the cell culture, polymerase chain reaction (PCR) and direct fluorescent antibodies staining (DFA) methods and the positivity ratio is found 5,8%. It is found that adenoviruses are especially responsible for bronchitis-bronchiolitis picture but a significiant relationship is not determined between age, accompanying chronic disease, phisical examination, laboratory findings, radiologic findings and seasonal distribution. If cell culture is taken as the reference test PCR and DFA?s sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive volue (PPV) charecteristics are found 100%, 97.5%, 58.3%, 100% and 57%, 95.5%, 40%, 97.7% in order.As a result in this study it is detected that adenoviruses are factors of the cildren?s lower respiratory track infection. However the golden standart for adenoviruses infections diagnosis is the cell culture, PCR method can be used, which is highly sensitive and spesific in diagnosis. DFA?s low sensitivity restricts its application, however it should be kept in mind that the sample quality could be understood by this method.

Akdeniz Üniversitesi Hastanesinde kök hücre nakli yapılan pediyatrik hastalarda hhv-6 enfeksiyonlarının sıklığının ve klinik öneminin prospektif olarak araştırılması ve viral entegrasyonun tanısal testler üzerindeki etkisinin araştırılması

Kök hücre alıcılarına uygulanan immün sistemi baskılayıcı ilaçlardan dolayı, alıcılar aktif enfeksiyon için duyarlı hale gelmektedir. Kök hücre naklinden sonra major komplikasyon aktif enfeksiyondur. Aktif enfeksiyonun, aGVHD, allograft rejeksiyonu ve nonrelaps mortalitede artışa neden olduğu bilinmektedir.Nakil sonrasında görülen aktif HHV-6 enfeksiyonları; viral hepatit, ateş, deri döküntüsü, nötrofil ve platelet engraftment zamanında gecikme, akut GVHD, allograft rejeksiyonu ile ilişkilendirilmektedir. Nakilden sonraki aktif HHV-6 enfeksiyonunun rolünü daha iyi anlama, HHV-6 reaktivasyonu ile ilişkili komplikasyonların sıklığında azalmayı sağlayacak, koruyucu ve tedavi edici seçenekler için yol gösterici olabilecektir. Nakil sonrası HHV-6 aktif enfeksiyonu ve klinik ilşkisi daha önce bazı çalışmalarda erişkinlerde bildirilmesine rağmen çocuklarda büyük ölçüde klinik sonuçları bilinmemektedir.Bu çalışmada, kök hücre nakli olan çocuk hastalarda nakil öncesi hastaların HHV-6 enfeksiyonu açısından serolojik durumu, nakil sonrası ise HHV-6 enfeksiyon sıklığı belirlenerek, aktif HHV-6 enfeksiyonu için risk faktörlerini belirlemeyi ve aktif enfeksiyonlarla klinik bulguların ilişkisini araştırmayı amaçladık. Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesi çocuk kök hücre nakli biriminde 06.10.2011-04.06.2012 tarihleri arasında kök hücre nakli olan, yaşları bir ile 17 arasında değişen 39 hasta çalışmaya dahil edildi. Otuzdokuz hastanın 38'inde nakil öncesi plazma örneklerinden HHV-6 IgG'sine bakıldı. Hastaların %89.5'inde pozitif, %7.9'unda grey zone, %2.6'sında negatif bulundu. Toplam 39 hastanın 12'sinin (%30,8) en az bir örneğinde HHV-6 DNA pozitif bulundu. Nakil sonrası, HHV-6 DNA ilk pozitiflik günü, iki ile 42 gün arasında değişmekteydi.Toplam 26 erkek çocuğun %34.6'sında, 13 kız çocuğun %23.1'inde HHV-6 DNA pozitif bulundu. Serolojisi pozitif bulunan hastaların %29.4'ünün, aynı zamanda HHV-6 DNA'sı da pozitif bulundu. Grey zone çıkan üç hastanın ise ikisinde (%66.7) HHV-6 DNA pozitif saptandı, serolojisi negatif olan bir hastada ise enfeksiyon saptanmadı.Çalışmamızda HLA uyumsuz hastaların %62.5'inde, uyumlu hastaların ise %8.7'sinde HHV-6 DNA pozitif bulundu. HLA uyumsuz hastalarda HHV-6 pozitifliği daha fazla oranda saptandı. Bu bulgu istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p= 0.001).39 hastanın 10'unda (%25.6) aGVHD görüldü. HHV-6 DNA'sını pozitif bulduğumuz hastaların %33,3'ünde aGVHD gelişti. HHV-6 DNA'sı negatif olan 27 hastanın ise altısında (%22.2) aGVHD görüldü. HHV-6 DNA'sı pozitif olan hastalarla aGVHD arasında anlamlı bir ilişki saptanmadı (p>0.05).Tüm hastaların %23.1'inde deri bulgusu görüldü. HHV-6 DNA'sı pozitif olan 12 alıcının, dördünde (%33.3) deri bulgusu saptandı. HHV-6 DNA pozitifliği ile deri bulgusu arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı (p>0.05).HHV-6 DNA'sı pozitif bulunan hastaların %91.7'sinde ateş görüldü. HHV-6 DNA'sı negatif olan hastaların %96.3'ünde ateşin olduğu dönemler görüldü, bir (%3.7) hastada ise hiç ateşli dönem olmadı. HHV-6 DNA pozitifliği ile nakil sonrası ateş yüksekliği olan hastalar arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı (p>0.05).39 hastanın 16'sında (%41) KC enzimlerinde yükselme görüldü. HHV-6 DNA'sı pozitif olan 12 hastanın altısında (%50) karaciğer enzimlerinde yükselme görüldü. HHV-6 DNA'sı negatif olan 27 hastanın ise 10'unda (%37) enzimlerde yükselme vardı. HHV-6 DNA'sı pozitif olan hastalarla nakil sonrası KC enzimlerindeki yükseklik arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı.Nötrofil engraftment zamanı 10 ile 89 gün arasında değişmekteydi (ortalama: 20.60±16.50). Transplantasyondan sonra nötrofil engraftmenti görülme zamanının ortanca değeri 16'ydı. Platelet engrafmenti ise 10 ile 150 gün arasında değişmekteydi (ortalama: 26.90±26.811) ve nakilden sonra görülme zamanının ortanca değeri 17'ydi.Nötrofil engraftmenti dört hastada, platelet engraftmenti de dokuz hastada görülmedi. HHV-6 DNA'sını pozitif bulduğumuz 11 hastada nötrofil engraftmenti ortalama 16,55 günde görüldü. Negatif olan 24 hastada ortalama 18,67 günde görüldü. HHV-6 DNA'sı pozitif olan sekiz hastada platelet engraftmenti ortalama 9.19 gün olarak bulunurken, negatif olan 22 hastada ise 17.8 gün bulundu. HHV-6 DNA'sı pozitif olan hastalarla nötrofil ve platelet engraftmenti arasında anlamlı bir ilişki bulunmadı.Otuz dokuz hastanın dahil edildiği çalışmamızda hastaların hiç birinde kromozoma entegre HHV-6 tespit edilmedi.Sonuç olarak, çocuklarda, kök hücre naklinden sonra, aktif HHV-6 enfeksiyonu yüksek oranda görülmektedir. Alıcı ve verici arasındaki HLA uyumu ve miyeloablatif tedavi uygulanması, HHV-6 pozitifliği için önemli risk faktörleri olarak ortaya çıkmaktadır. Aktif HHV-6 enfeksiyonlarının, alıcılarda deri döküntülerine, ateşe ve karaciğer hasarına neden olabileceği düşünülmektedir. Kromozoma entegre HHV-6'nın tanı testleri üzerindeki etkisinin anlaşılabilmesi için daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır

Yenidoğanlarda konjenital cytomegalovirus (CMV) enfeksiyonu görülme sıklığının araştırılması

Cytomegalovirus (CMV) konjenital enfeksiyonların en sık sebebi olarak kabul edilmekte ve konjenital CMV enfeksiyonu tüm dünyada canlı doğumların %0,2-2,2?sinde görülmektedir. Bu enfeksiyon çocuklarda nörolojik hastalıkların ve sensörinöral işitme kayıplarının önemli sebeplerinden biri olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, Akdeniz Üniversitesi Hastanesi?nde yenidoğanlarda konjenital CMV enfeksiyonu görülme sıklığının araştırılmasıdır. Bu amaçla Mayıs 2012 - Temmuz 2013 tarihleri arasında Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak, Burun ve Boğaz Hastalıkları Anabilim Dalı Odyoloji Polikliniği?ne işitme testi için başvuran, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Yenidoğan Kliniği?nde takip edilen ve Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı Kliniği?nde doğumu takiben annelerinin yanında yatmakta olan 0-21 günlük toplam 886 (435 kız ve 451 erkek) bebek çalışmaya alınmıştır. Bebeklerin idrar örneklerinde ticari kit (High Pure Viral Nucleic Acid Kit v17.0, Roche Diagnostics, Almanya) ile DNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi (LightMix Human Cytomegalovirus, TIB MOLBIOL, Almanya) ile CMV DNA araştırılmıştır. Konjenital CMV enfeksiyonu prevalansı %0,9 olarak saptanmıştır, 3 (%37,5) olguda semptom (prematürite ve/veya düşük doğum ağırlığı ve/veya hiperbiliribünemi) bulunmaktadır. Konjenital CMV enfeksiyonu ile cinsiyet, doğum haftası, doğum şekli, doğum kilosu, kraniofasiyal anomali varlığı, hiperbilirübinemi, fototerapi ihtiyacı, yoğun bakım ihtiyacı, mekanik ventilasyon ihtiyacı, ailede sağırlık olup olmadığı, annenin gebelik döneminde ateşli hastalık geçirip geçirmediği ve işitme testi sonuçları arasında istatistiksel bir ilişki saptanmamıştır. Bu çalışma Türkiye?de yenidoğanlarda konjenital CMV enfeksiyonu görülme oranını araştıran ilk çalışmadır. Bir yılı aşkın bir sürede, çok sayıda olgu ile çalışılarak saptanan %0,9 pozitiflik oranı ülkemizde konjenital CMV enfeksiyonu olduğunu göstermektedir

Sitomegalovirüs spesifik T hücre yanıtının flow sitometri yöntemi ile optimizasyonu

Human Herpesvirüs 5 (HHV-5) olarak tanımlanan insan Sitomegalovirüs (Cytomegalovirüs : CMV), Herpesviridae ailesinin Betaherpesvirinae alt ailesinde Cytomegalovirus cinsi içerisinde yer alır. CMV, primer enfeksiyondan sonra endotelyal hücreler, lökositler ve çeşitli dokularda latent enfeksiyonlara neden olur. Organ naklinde verici CMV seropozitif (D +), alıcı seronegatif (R-) ise nakil alan hastalarda primer CMV enfeksiyonu; CMV seropozitif alıcılarda ise CMV reaktivasyonu ve reenfeksiyon gelişme riski yüksektir. Latent virüs enfeksiyonları transplantasyon alanında immün süpresif tedavi ile sağlanan başarıyı olumsuz yönde etkileyen en önemli faktörlerdendir. Bu nedenle nakledilen organın reddi hatta hastanın kaybı ile sonlanabilen CMV enfeksiyon hastalığının zamanında saptanması son derece önemli ve gereklidir. CMV enfeksiyonu tanısında hücre kültürü, histopatolojik inceleme, serolojik testler, moleküler yöntemler, CMV antijenemi testi ve immünolojik testler gibi geniş bir yelpazeye yayılan testler kullanılmaktadır. Hücre kültürü, CMV tanısında altın standard kabul edilse de günümüzde yerini daha hızlı sonuç veren, daha az emek ve iş gücü gerektiren testlere bırakmıştır. Nitekim günümüzde solid organ transplant hastalarında CMV enfeksiyonunun belirlenmesinde preemptif tedavi uygulanacak hastaların seçiminde ve tedavinin izleminde moleküler yöntemler ile viral yükün saptanması ve kantitasyonu pratik uygulamada yerini almıştır. Özellikle immün sistemi baskılanmış olgularda ve latent virüs enfeksiyonlarında konağın etkene yanıtı ya da yanıtsızlığı klinik tablonun belirlenmesinde anahtar rol oynar. Viral enfeksiyonlardan korunmada özellikle hücresel bağışıklık yanıtının önemi büyüktür ve hafıza CD4+ ve CD8+ T lenfositler hücresel immünitenin fonksiyonel imzalarıdır. Organ nakil hastalarında, etkenin özellikleri yanı sıra konak immün yanıtının bilinmesi, enfeksiyon hastalığının daha erken saptanmasını, immün süpresif tedavinin ve enfeksiyon tedavisinin monitörizasyonunu sağlayacaktır. Hücresel anti-viral immünite en yaygın olarak ELISPOT, Quantiferon ve akış sitometri yöntemleri ile çalışılmaktadır. Araştırmamızda kullandığımız sitokin akış sitometri yöntemi ile hücreleri büyüklük ve granülaritelerine göre birbirinden ayırmanın yanı sıra fonksiyonlarını da ölçmek mümkündür. Akdeniz Üniversitesi Hastanesi?nin güçlü yanlarından birisi organ naklinde göstermiş olduğu başarıdır. Bu başarı biz laboratuvar bilim dallarına da organ nakil hastalarında enfeksiyon hastalıklarının tanısı ve izleminde evrensel- bilimsel yaklaşımları takip etmek sorumluluğunu yüklemektedir. Biz de sorumluluğumuzun bilinci ile laboratuvarımızda organ nakil hastalarında virus spesifik hücresel yanıt araştırmalarına başlamış bulunuyoruz. Araştırmamızda, böbrek nakli yapılmış hastalarda CMV?ye spesifik T hücre yanıtını sitokin akış sitometri yöntemi ile optimizasyon ve validasyonunu ve ardından klinik olguların hücresel immün yanıtlarının monitörizasyonunu planladık. Bu amaçla Aralık 2012- Ağustos 2013 tarihleri arasında Akdeniz Üniversitesi Organ Nakli Merkezi tarafından canlı vericiden böbrek nakli planlanan, 18-66 Y (kısaltma yapma veya ilk yaptıgında ne oldugunu yaz) yirmi bir (7 K, 14 E) hastadan böbrek nakli öncesi ( 0.ay) ve nakil sonrası 1., 3. ve 6. aylarda toplam dörder kez örnek aldık. Prospektif araştırma sürecinde on iki hastanın planlanan tüm örnekleri alınmış ancak dokuz hastanın transplantasyon sonrası 6.ay örneklerini almak için projemizin süresi yeterli olamamıştır. Kontrol grubu olarak böbrek nakli planlanan hastaların sağlıklı, CMV seropozitif vericilerinden (24-66 Y, 10 E ,10 K) örnek alınmıştır. Çalışmamızın optimizasyon ve validasyon testlerinin tamamlanmasının ardından hastalarımızın ve kontrol grubumuzun testlerini çalıştık. Yöntemimizin ana basamakları, tam kandan periferik kan mononükleer hücre (PKMNH) izolasyonu, dondurulup saklanması, çözülmesi, ardından lenfositlerin CMV peptidleri ile ex vivo olarak uyarılması ve CMV spesifik IFN-? üreten T lenfositlerinin yüzey antijenleri ve hücre içi sitokin boyama sonucunda akış sitometride fonksiyonel ayırım yaparak sayılmasıdır. Elde edilen ana bulgular IFN-? üreten CMV spesifik CD4+ , CD8+ ve toplam (CD4++CD8+) T lenfosit yüzdeleridir. Hastanın periferal kanlarındaki lenfosit sayılarıyla bu değerler oranlanarak periferal kanlarında bulunan CMV spesifik IFN-? üreten T lenfosit sayısı hesaplanmıştır ve değerlendirmeler bu sayılar üzerinden yapılmıştır. Tüm hastalar ve kontrol grubu için yapılan testler tamamlandıktan sonra elde edilen bulgular değerlendirildiğinde nakilden sonraki 3.ayda ölçülen periferal kan lenfositlerinin 1.ay değerlerinden anlamlı oranda düşük olduğu görülmüştür. CMV spesifik CD4+ 1.aydan da 3.aya (p=0,003) doğru anlamlı oranda azalma gözterdiği; diğer gruplar arasında anlamlı fark olmadığı saptanmıştır. CMV spesifik CD4+ +CD8+ T lenfosit 3.ay değerinin 1.aya göre anlamlı oranda (p=0,039) azaldığı belirlenmiştir. Hastaların nakil öncesinde test edilen CMV IgG değerlerinin, yaşlarının, cinsiyetlerinin, hastalara uygulanan immün süpresyon ve indüksiyon tedavilerinin IFN-? salınımı yapan CMV spesifik T lenfositler üzerinde anlamlı etkilerinin olmadığı görülmüştür. 6.ay örneğinde düşük düzeyde viremi saptanan olgumuzun 3.ayında CMV hücresel immün yanıtının olmadığı, 6 ayda ise yüksek düzeyde CMV spesifik IFN-? salınımının mevcut olduğu izlenmiştir. Sonuç olarak biz bu çalışma ile hastanamizde ve Türkiye?de ilk defa uygulanan, flow sitometrik yöntem ile böbrek nakli hastalarında CMV spesifik T hücre kantitasyonu yaptık. Optimizasyon ve validasyon çalışmalarımız sonucunda gördük ki altı aylık dondurulma süresinde bile virüs spesifik T hücre yanıtı kantitasyonu olumsuz etkilenmemektedir. Bu çalışma sadece solid organ transplantasyonu değil kemik iliği transplantasyonu alanında da yapılacak olan daha geniş kapsamlı çalışmlara öncü olacaktır

Renal transplant hastalarında BKV spesifik immün yanıtın ELISPOT yöntemi ile ölçülmesi

RENAL TRANSPLANT HASTALARINDA BKV SPESİFİK İMMÜN YANITIN ELISPOT YÖNTEMİ İLE ÖLÇÜLMESİ BKV, böbrek nakil hastalarında geri dönüşü olmayan allograft hasarına neden olabilen en sık viral etkenlerden biridir. BKV seroprevalansı sağlıklı bireylerde %90'lara ulaşmaktadır. Asemptomatik seyreden ve genellikle erken çocukluk döneminde geçirilen primer enfeksiyonun ardından BKV böbrek ve ürotelyal hücrelerde latent olarak kalır. İmmün sistemi sağlam bireylerin %10-40'ında reaktivasyon ve asemptomatik virüriler görülebilir. BKV böbrek transplant hastalarında immün supresyonla birlikte kendi kendini sınırlayan reaktivasyonlara neden olabilir veya BKVN oluşturabilir. BKVN nakilden sonraki ilk yılda hastaların %1-10'unda görülür ve bu hastaların %50-90'ında greft kaybına neden olur. Çalışmamızda Prof. Dr. Tuncer Karpuzoğlu Organ Nakli Enstitüsünde böbrek nakli yapılan 31 olgudan nakilden önce ve nakli takiben +1 ay, +3 ay ve +6 ay sonra kan örnekleri alındıktan sonra PKMN izole edildi ve saklandı. PKMN'de BKV spesifik T hücre sıklığı ELISPOT yöntemi kullanılarak araştırıldı. Hastaların plazma veya idrar BKV viral yük tayinleri gerçek zamanlı PZR ile ölçüldü. Nakilden sonra 7. ayda reaktivasyon gelişen bir hasta da çalışmaya dahil edildi ve reaktivasyon sonrası toplam 4 kez BKV spesifik T hücre yanıtları ölçüldü. Çalışmaya dahil edilen hastaların tüm örneklerinde BKV spesifik T hücre yanıtı ölçülebilir düzeyde bulundu. Kontrol grubunun ortalama spot sayıları ile hastaların transplantasyon öncesi elde edilen spot sayıları arasında anlamlı fark saptanmadı. Hastaların BKV spesifik immün yanıtları karşılaştırıldığında, yanıtın immün supresyonun en yoğun olduğu 1. ayda en düşük olduğu saptandı. İzlem sırasında reaktivasyon gelişen hastalarla; reaktivasyon gelişmeyen hastaların nakil öncesi spot sayıları arasında fark gözlenmedi. İzlem süresince 8 hastada reaktivasyon gelişti. Reaktivasyon gelişen ve BKV DNA'ları 2 ve 3 kez bakılan 2 hastada reaktivasyon zamanında BKV spesifik T hücre yanıtının düştüğü ve immün yanıtta artışın BKV viral yükünde azalma veya temizlenme ile uyumlu olduğu gözlendi. Sonuç olarak, böbrek nakil hastalarında idrar veya kanda BKV DNA yükleri ile eş zamanlı olarak, BKV spesifik immün yanıtın ELISPOT yöntemi kullanılarak izlenmesinin, BKV reaktivasyonunun prognozu ile ilgili ön bilgi verebileceği böylece BKVN gelişiminin önlenebileceği ve tedavi sırasında immün yanıtta oluşan değişikliklerin değerlendirilebileceği düşünülmektedir. Anahtar sözcükler: BKV, Böbrek Nakli, Hücresel İmmünite, ELISPOT.

Antalya merkez bölgesi 17 no'lu sağlık ocağı'na bağlı 1-5 yaş arası çocuklarda haemophilus influenzae tip B doğal bağışıklığının araştırılması

Nozokomiyal kandidüritli hastalardan izole edilen candida türleri, duyarlılıklarının e-test ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri ile araştırılması

Mycobacterıum tuberculosıs kökenlerinde ilaç direncinin genotipik ve fenotipik yöntemlerle araştırılması

Amaç ve Hipotez: Tüberküloz, halen dünyada en yaygın ve ölümcül bulaşı¬cı hastalıklardan biri olmaya devam etmektedir. Tüberküloz kontrolünde en önemli konu, balgamında tüberküloz basili bulunan hastaları erken saptamak ve başkalarına bulaştırmadan etkili ilaçlarla en kısa sürede tedavi etmektir. Bu çalışmada, hastanemize ve Aydın ili Verem Savaş Dispanseri'ne başvuran tüberküloz olgularında tüberküloz hastalığı nedeni olan Mycobacterium tuberculosis'in saptanması, demografik veriler, antitüberküloz ilaçlara direnç oranlarının ve dirence yol açan mutasyonların saptanması, bölgemizdeki tüberküloz hastalara yaklaşımda yol gösterecek verilerin elde edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Bu çalışma 1 Ocak 2009-1 Haziran 2010 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteri Laboratuvarında yapılmıştır. Tüberküloz hastası toplam 63 kişiden 63 (% 100,0) M. tuberculosis kökeni izole edilmiştir. Çalışma kapsamına alınan bu kökenlerin identifikasyonunda NAP, PZR IS6110, PZR-RFLP; antitüberküloz ilaç direncinin saptanmasında BACTEC 460 TB (Becton Dickinson, ABD) sistemi ve direnç genlerinin saptanmasında Tüberküloz Direnç Kiti (Autoimmun Diagnostika GmbH, Almanya) kullanılmıştır.Bulgular: Çalışmaya dahil edilen toplam 63 (% 26,8) hastanın 48'i (% 76,2) erkek, 15'i (% 23,8) kadındı ve hastaların yaşları 13 ile 85 (ortalama 46,4±18,5) arasındaydı. Hastaların ARB sonuçları değerlendirildiğinde; 45 hastada (% 71,4) ARB pozitif, 18 (% 28,6) hastada ARB negatif bulunmuştur. BACTEC 460 TB ile 63 M. tuberculosis kökeninin 61'inde (% 96,8) antitüberküloz ilaçlar (izoniazid, rifampisin, etambutol, streptomisin) hassas bulunmuş ve ikisinde (% 3,2) antitüberküloz ilaçlardan birine karşı direnç saptanmıştır (bir (% 1,6) hastada izoniazid direnci, bir hastada (% 1,6) streptomisin direnci). BACTEC 460 TB ile çok ilaca dirençli tüberküloz saptanmamıştır. Tüberküloz Direnç Kiti ile test edilen antitüberküloz ilaçlara karşı direnç mutasyonları araştırıldığında, 47 (% 74,6) hastada herhangi bir mutasyon saptanmamıştır. Kalan 16 (% 25,4) hastada toplam 25 mutasyon saptanmıştır. Dört kökende sadece izoniazid mutasyonu, iki kökende sadece rifampisin mutasyonu, iki kökende sadece kinolon mutasyonu, iki kökende izoniazid ve rifampisin mutasyonu, iki kökende izoniazid ve kinolon mutasyonu, iki kökende rifampisin kinolon mutasyonu, bir kökende streptomisin ve kinolon mutasyonu, bir kökende ise izoniazid, rifampisin ve streptomisin mutasyonu saptanmıştır. İzoniazid mutasyonu saptanan dokuz kökenin beşinde katG 315 mutasyonu, dördünde inhA16,15,8 mutasyonu; rifampisin mutasyonu saptanan yedi kökenin ikisinde rpoB 516 mutasyonu, ikisinde rpoB 526 mutasyonu, birinde rpoB 513-516 mutasyonu, birinde rpoB 522-526 mutasyonu, birinde rpoB 529-533 mutasyonu; streptomisin mutasyonu saptanan iki kökenin ikisinde rpsL 43 mutasyonu, birinde rpsL 88 mutasyonu; kinolon mutasyonu saptanan yedi kökenin yedisinde gyrA 90-94 mutasyonu saptanmıştırSonuç: Mycobacterium tuberculosis'in antitüberküloz ilaçlara karşı artan ilaç direnci, tedavinin etkili bir şekilde yapılabilmesini engellemekte ve duyarlılık testlerinin yapılmasını gerekli hale getirmektedir. Tüberkülozun tedavisinde çok ilaca dirençli tüberküloz önemli bir problemdir. Çok ilaca dirençli tüberküloz olgularının artışı, tüberküloz ile mücadeleyi güçleştirmektedir. Bu nedenle çok ilaca dirençli tüberkülozun erken saptanmasında ve yayılmasının önlenmesinde duyarlılık testlerinin klasik kültür yöntemleri yerine daha kısa sürede sonuç veren hızlı yöntemler ile yapılması gerekmektedir. Genotipik yöntemler epidemiyolojik çalışmalarda yararlı olabilir. Ancak mutasyon her zaman fenotipik dirence yansımadığı için mutlaka fenotipik ve genotipik yöntemler birlikte kullanılmalıdır.Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, Tüberküloz, Çok ilaca dirençli tüberküloz, BACTEC 460 TB, Tüberküloz Direnç Kiti

Haemophilus ınfluenzae kökenlerinde antibiyotiklere direnç oranı ve ampisilin direncinin genotipik olarak belirlenmesi

Amaç ve hipotez: Haemophilus influenzae solunum sistemi normal florasında bulunmakla birlikte, akut otitis media, sinüzit, konjuktivit, pnömoni ve çocukluk çağı menenjiti gibi infeksiyonların en sık etkenlerinden biridir. Bu çalışmanın amacı, klinik örneklerden izole edilen H. influenzae kökenlerinde ampisiline ve çeşitli antibiyotiklere direnç oranı ile ampisiline direnç mekanizmalarını belirlemektir.Yöntem: Bu çalışma Aralık 2008-Mart 2011 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarında yapılmıştır. Laboratuvara gelen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 56 Haemophilus influenzae kökeni çalışmaya dahil edilmiştir. Kökenlerin tanımlanmasında, X, V, XV diskleri, yarı otomatik tanımlama sistemi ve PZR kullanılmıştır. Haemophilus influenzae olarak tanımlanan kökenlerin antibiyotiklere duyarlılıkları, disk difüzyon ve mikrodilüsyon yöntemiyle araştırılmıştır. Haemophilus influenzae serotip b varlığı, beta-laktamaz üretimi ve beta-laktamaz negatif ampisiline dirençli kökenlerin varlığı PZR ile araştırılmıştır.Bulgular: Test edilen kökenlerin hiçbirinde H.influenzae serotip b tespit edilmemiştir. Kökenlerin hepsi amoksisilin klavulonik asit, ampisilin sulbaktam, sefepim, sefiksim, seftriakson, sefuroksim sodyum, imipenem, kloramfenikol, levofloksasin, meropenem, sparfloksasin ve tetrasikline duyarlı bulunmuştur. Test edilen kökenler; ampisiline % 92,8 duyarlı, % 5,4 orta duyarlı, % 1,8 dirençli, sefaklora % 94,6 duyarlı, % 5,4 orta duyarlı, klaritromisine % 71,4 duyarlı, % 23,2 orta duyarlı, % 5,4 dirençli, ko-trimaksazole % 50 duyarlı, % 14,3 orta duyarlı, % 35,7 dirençli tespit edilmiştir. Ampisiline dirençli olan 1 kökende beta-laktamaz üretimi (% 1,8) pozitif bulunmuştur. ftsI-S geni tespit edilmeyen 11 (% 19,6) kökende Grup III ftsI-BLN geni de tespit edilmemiştir. ftsI-S geni ve Grup III ftsI-BLN geni tespit edilmeyen 11 köken zayıf BLNAR (Grup I ve/veya Grup II) olarak kabul edilmiştir.Sonuç: Çalışmamızda H. influenzae serotip b tespit edilmemiştir. Beta-laktamaz üretimi (% 1,8) düşük oranda tespit edilmiştir. Çalışmamızda Grup III BLNAR saptanmamıştır. Zayıf BLNAR olarak değerlendirilen 11 kökenin ampisilin MİK'inin duyarlı kökenlere göre daha yüksek olduğu görülmüştür. BLNAR kökenlerde diğer ß-laktam antibiyotiklere de (ampisilin-sulbaktam, amoksisilin klavulonik asit, sefaklor, sefiksim, sefuroksim, imipenem, meropenem) MİK'lerinin yükseldiği görülmüştür. Ampirik tedavide amoksisilin klavulonik asit, ampisilin sulbaktam, sefepim, sefiksim, seftriakson, sefuroksim sodyum, imipenem, kloramfenikol, levofloksasin, meropenem, sparfloksasin ve tetrasiklin antibiyotiklerinin kullanılabileceği düşünülmüştür. Çalıştığımız H. influenzae kökenlerinde henüz yüksek bir direnç oranı olmadığı görülmüş ancak zayıf BLNAR'ların varlığı sürveyans çalışmalarının düzenli takibinin yapılmasının gerekli olduğunu düşündürmüştür.Anahtar Kelimeler: Haemophilus influenzae, BLNAR, PZR, MİK

Aydın ilinde bartonella henselae ve bartonella quintana seroprevalansı ve risk faktörlerinin araştırılması

Amaç ve hipotez: Bartonella henselae, B. quintana bakterileri önemli halk sağlığı sorunlarına neden olmaktadır. Aydın ilinde Bartonella henselae, B. quintana seroprevalansı bilinmemektedir. Bu çalışmanın amacı Bartonella henselae, B. quintana türlerinin erişkinlerde epidemiyolojik özellikleri, seroprevalansı, taşıyıcılığını belirlemek ve risk faktörlerini saptamaktır.Yöntem: Bu çalışma Nisan 2009-Mart 2011 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarında yapılmıştır. Aydın merkez ve ilçe sağlık ocaklarına başvuran 18 yaş üstü 344 erişkinden alınan kan örnekleri IFA yöntemi ile incelenmiştir. Alınan serum örneklerinde Bartonella henselae ve Bartonella quintana IgG antikor pozitifliği araştırılmıştır. Seropozitif saptanan serum örneklerinde PZR ile Bartonella türleri aranmıştır.Bulgular: Serum örneklerinde Bartonella henselae IgG antikoru 1/64 dilüsyonda %6,1, 1/128 dilüsyonda %2,6, 1/256 dilüsyonda %2,6 olarak, Bartonella quintana IgG antikoru 1/64 dilüsyonda %2,0, 1/128 dilüsyonda %0,3, 1/256 dilüsyonda %0,3 olarak saptanmıştır. Bartonella quintana IgG 1/64 dilüsyonda pozitif saptanan 7 örneğin tümünde Bartonella henselae IgG 1/64 ve üzeri dilüsyon pozitif olarak bulundu. Seropozitif olarak saptanan serum örneklerinde PZR yöntemiyle pozitiflik saptanmamıştır. Araştırmaya katılan kişilerin yaşam özellikleri ve demografik verileri seropozitiflikle karşılaştırıldığında; Bartonella henselae seropozitifliğiyle; kadın cinsiyette olma, 20 yaş altında olma, kedi-köpek teması öyküsü, evde hayvan besleme öyküsü, kedi tırmalaması öyküsü ve doğada uğraş öyküsü olanlarda anlamlı ilişki (p<0.05),Bartonella quintana seropozitifliğiyle; kedi-köpek teması öyküsü, evde hayvan besleme öyküsü, kedi tırmalaması öyküsü ve doğada uğraş öyküsü olanlarda anlamlı ilişki saptanmıştır (p<0.05).Sonuç: Aydın ve çevresinde özellikle çocuklarda ve genç yaş grubunda Bartonella türlerinin neden olduğu infeksiyonlar tanıda düşünülmeli diğer benzeri infeksiyonların ayırıcı tanısında göz önünde tutulmalıdır.Anahtar kelimeler: Bartonella henselae, Bartonella quintana, seroprevalans, IFA, PZR

Dermatofitozların tanısında moleküler yöntemlerin kullanılması

Dermatofitler tüm dünyada yaygın ve sık olarak görülen infeksiyon hastalıklarına (dermatofitoz) neden olan mantarlardır. Bu infeksiyonların tanısında, kullanılan klasik yöntemlerden; direkt mikroskobide yalancı negatiflikler görülmekte ve türe spesifik tanı yapılamamaktadır. Mantar kültürü ise özgül bir yöntem olmasına rağmen üreme için uzun inkübasyon süresi gerektirmekte ve izolatların doğru olarak identifiye edilebilmesi için çoğu zaman ek testlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada dermatofitozların tanısında moleküler yöntemlerin yerinin araştırılması amaçlanmıştır.Aydın Devlet Hastanesi Dermatoloji Polikliniğinden 01. 03. 2010- 30. 06. 2010 tarihleri arasında dermatofitoz şüphesi ile aynı hastanenin Mikrobiyoloji Laboratuvarına yönlendirilen 110 hastadan alınan 123 örnek (63 deri kazıntısı, 60 tırnak örneği) çalışmaya dahil edilmiştir. Örneklerin mikrobiyolojik ve moleküler incelemeleri Adnan Menderes Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında yapılmıştır. Örnekler % 20'lik potasyum hidroksit solüsyonu ile direkt mikroskobik olarak incelenmiş, mantar kültürü için Sabouraud dekstroz agar ve patates dekstroz agar besiyerlerine ekilmiştir. Kültürde üreyen suşlara ve kazıntı örneklerine direkt olarak dermatofitlerin kitin sentaz 1 (CHS1) gen bölgesini hedefleyen primerlerle pan-dermatofit nested PZR, bunun yanı sıra Tricophyton rubrum ve Tricophyton mentagrophytes'e özgü primerlerle nested PZR uygulanmıştır. PZR yöntemleri arasında uyumsuzluk saptanan örneklerde dizi analizi ile tanıya gidilmiştir.Örneklerin 62 (% 50,4)'sinde direkt mikroskobik incelemede mantar elemanları görülmüş, 30 (% 24,4)'unun kültüründe dermatofit üremiştir. Kültürde üreyen suşların klasik yöntemler ve T. rubrum/T. mentagrophytes nested PZR ile identifikasyon sonuçları aynı bulunmuştur. Örneklerin 67 (% 54,5)'sinde pan-dermatofit nested PZR, 65 (% 52,9)'inde T. rubrum/T. mentagrophytes nested PZR pozitif sonuç vermiştir.Çalışmamızda kullanılan moleküler tanı yöntemleri ile dermatofitoz etkenleri hızlı bir şekilde tür düzeyinde tanımlanabilmiştir. Alt yapısı uygun olan laboratuvarlarda dermatofitozların rutin tanısında moleküler yöntemlerin uygun bir tanı aracı olabileceği sonucuna varılmıştır.

HLA-DRB1 tiplerinin kronik hepatit C virüs enfeksiyonu ve prognozu ile ilişkisi

Giriş: Hepatit C virüs enfeksiyonu yüksek kronikleşme oranı ile ciddi bir halk sağlığı problemi oluşturmaktadır. Dünyada her yıl yaklaşık 350.000 kişi kronik HCV enfeksiyonları yüzünden hayatını kaybetmektedir. Hastalığın prognozunu etkileyen faktörlerle ilgili çalışmalar yapılmaktadır. İnsan doku uygunluk antijenlerinin (HLA) allel değişiklerinin HCV enfeksiyonunun prognozu üzerinde etkisinin olduğu bildirilmektedir. Bu çalışmada HLA DR-B1 allellerinin, HCV enfeksiyonunda tedaviye yanıt ve hastalığın prognozu üzerinde etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Materyal-Metod: Çalışmaya Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde Şubat 2014- Ocak 2015 tarihleri arasında takip edilen kronik HCV enfeksiyonu olan toplam 65 HCV enfeksiyonlu hasta alınmıştır. Çalışmaya dahil hastalarda kronik HCV enfeksiyonunun prognozu HCV-RNA değerleri kullanılarak belirlenmiştir. Buna göre hastalar; spontan düzelenler : herhangi bir tedavi görmeden altı aylık kontrolleri sırasında viral yükte ≥ 2 log10 kadar düşme tespit edilenler, tedaviye yanıt verenler: HCV-RNA viral yük takibinde, tedavi sonrası 24. haftada, 48. haftada ve takiben altı ayda bir yapılan kontrollerde viral yükte ≥ 2 log10 kadar düşme olanlar, tedaviye yanıt vermeyen veya nüksedenler :Tedavi sonrası 24. hafta ve 48. hafta viral yükte < 2 log10 düşme olmayanlar veya viral yüklerinde düşme olan ancak altı aylık kontrollerinde tekrar yükselme tespit edilenler olmak üzere üç gruba ayrılmıştır.HLA DR-B1 belirlemek için EDTA'lı tüplere hastalardan alınan tam kan örneklerinden, spin kolon yöntemiyle DNA ekstraksiyonları yapılmış ve alleller LIFECODES HLA-DRB1 eRES Typing Kit (ImmucorTransplant Diagnostics, Inc, Stamford, USA) kitleri ile sekansa spesifik oligonükleotid (SSO) – Luminex yöntemi kullanılmıştır. Çalışmada elde edilen veriler SPSS 23.0 (Inc, Chicago, IL, USA) paket programı ile değerlendirilmiştir. Analitik analizlerde ki-kare testi kullanılmıştır. Bulgular: Çalışmaya alınan toplam 65 hasta 22-79 yaş aralığında olup, yaş ortalaması 56.5±12,9'dur. Hastaların %43,1 (28)'si erkek, %56,9 (37)'u kadındır. HCV enfeksiyonu olan hastalar prognozlarına göre gruplandırıldığında 36'sı (%55,4) tedaviye yanıt veren grubu, 16'sı (% 24,6) nüks eden veya tedaviye yanıt vermeyen grubu, 13'ü (%20) spontan olarak iyileşen grubu oluşturmuştur. Hastalardan izole edilen HCV-RNA genotiplerinin dağılımı, genotip 1 % 93,6 (61), genotip 2 %1,6 (1), genotip 3 % 1,6 (1), genotip 4 % 3,2 (2) olarak belirlenmiştir. HLA-DRB1 allelleri sıklık sırasıyla 34'ü (%26,15) *11, 20'si (% 15,38) *4, 14'ü (%10,17) *15, 13'ü (%10) *13, 11'i (%8,46) *1, 7'si (% 5,38) olarak en fazla görülmüştür. Daha az oranda görülen alleller ise HLA-DRB1 *3,*10,14,16*7,8 olmuştur. HLA-DRB1*2,5,6,12 allelelerine hiç rastlanmamıştır. Kronik HCV enfeksiyonu ile HLA-DRB1 alleleri arasındaki ilişki değerlendirildiğinde, HLA-DRB1*13 sıklığı ile hastalığın prognozu ve tedaviye yanıt arasında negatif bir ilişkinin olduğu istatistiksel olarak belirlenmiştir. (p< 0,002). Sonuç: Çalışmada hastaların en sık HLA-DRB1*11 alleli taşıdıkları ancak bu alllelin hasta grupları arasında anlamlı bir farklılık oluşturmadığı belirlenmiştir. HLA-DRB1*13 alleli dördüncü sıklıkta görülen allel olmasına rağmen kötü prognoz ve tedaviye yanıt vermeme ilişkili bulunmuştur. Bu sonuçlara göre HLA-DRB1*13 alleli taşımanın HCV infeksiyonun prognozu ve tedaviye yanıtı için risk faktörü olabileceği düşünülmektedir. Bu nedenle HCV enfeksiyonu olan hastalarda prognozun öngörüsü ve etkin tedavi planlanması için HLA-DRB1 allellerinin belirlenmesinin gerekli olabileceği sonucuna varılmıştır

Clostridium difficile toksin A geninin klonlanması

Son 20 yılda gerek hastane, gerekse toplum kaynaklı Clostridium difficile enfeksiyon insidans ve mortalitesinde belirgin bir artış görülmektedir. Hastalığın patogenezinden toksin A (enterotoksin) ve toksin B (sitotoksin) sorumludur. Ayrıca son yıllarda hastane salgınlarına neden olan binary toksin tanımlanmıştır. Bu çalışmada C. difficile toksin A geninin klonlanması ile toksin A elde edilerek tanı testlerinde kullanılabilecek antijen elde edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmamızda, Türkiye Halk Sağlığı Kurumu (Ankara)'ndan temin edilen tcdA pozitif C. difficile 06012 suşu kullanılmıştır. Gen bankasından NCBI Reference Sequence: NC-009089.1 nolu tcdA sekansı baz alınarak spesifik primerler dizayn edilmiş ve primerler sonlarına BamHI restriksiyon enzim yeri eklenerek modifiye edilmiştir. C. difficile suşundan DNA saflaştırılmış ve PCR yoluyla ExTaq polimeraz enzimi yardımıyla tcdA genini içeren DNA fragmanıçoğaltılmıştır. Amplikon ve pUC19 plazmidi Bam HI enzimi ile kesilmiş ve ligasyondan sonra E. coli DH10B suşuna elektroporasyon yoluylaaktarılmıştır. Rekombinant plazmidler incelenmiş ve tcdA geni içeren plazmid seçilerek ileri araştırmalar için stoklanmıştır. Bu çalışmada C. difficile tcdA geni rekombinant toksin sentezi için klonlanmıştır. Toksin A'nın rekombinant teknoloji ile sentezlenmesi ve saflaştırılması daha ileri çalışmalar için kolaylık sağlayacaktır. Toksinin saflaştırılmasıyla poliklonal ve monoklonal antikorların eldesi, serum antikor düzeylerinin saptanması, enzim aktivitesi üzerine in vitro ve in vivo çalışmalar yapılabilmesi mümkün olacaktır.

Genotyping of rhinoviruses in acute respiratory tract infections

Introduction: Rhinovirus (RV) is the most frequent cause of acute respiratory illness. RV is usually the causative agent of upper respiratory infections with mild symptoms and cold. However, it is related with asthma, cystic fibrosis and chronic obstructive pulmonary disease (COPD), pneumonia, sinusitis otitis and wheezing especially in children. RV was identified in three species by molecular methods which are RV-A, RV-B and RV-C. In most of the cases, it was reported that RV-A and RV-C were related to lower respiratory tract infections and asthma inflammation, while RV-B was rarely reported in lower respiratory tract infections. It was also reported that RV-C causes severe infections in children. The aim of the present study was detection of RV species by sequence analysis among the patients with respiratory tract infections and RV positive in nasopharyngeal samples. Additionally, the relation between species and clinical picture, viral load, age and gender was also in the purpose of study. Materials and Methods: The study group was consisted of 96 patients (50 children and 46 adults) who admitted to Adnan Menderes University Hospital with acute respiratory claims and were detected as RV positive previously with two commercial kits [(FTD Respiratory pathogens 21 (Fast-track diagnostics Ltd., Malta) and Anyplex™ II RV16 Detection V1.1 (Seegene Inc., Seoul, Korea)]. Viral loads of samples were determined with a quantitative real-time PCR (LightCycler® 480 RNA Master Hydrolysis Probes, USA). Following the real-time in order to represent the amplicons FastStart High Fidelity PCR System, dNTPack was used as a conventional PCR method. After purification of PCR products BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit was used in sequence analysis PCR. Purified PCR products were also loaded to ABI Prism 3100/3100 and sequencing was performed in two directions. Data from study was evaluated with SPSS 17.0 (Inc, Chicago, IL, USA) pocket program for Windows. Chi-square test was used for analytical comparisons. Phylogenetic analysis was performed with Geneious 9.1.3 program. In the analysis a 400 bp region of VP4/VP2 rhinovirus capsid protein coding region was included. Rhinovirus species were determined by analysing the sequences with references for VP4/VP2 coding region by neighbour-joining method. References were downloaded from GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Test parameters were set as minimum identification 70%, Bootstrap value 1000 replication. Clustering of sequences with references was the approach that we used to determine species of isolates. Results: The age of children were changing from 22 days to 16 years and the mean was 24 months (6,19-72) and the age of adults were changing from 18 to 86 and the mean was 57,63±15,68. After the quantitative PCR analysis, 31 isolates were excluded from the study among 127 samples which were positive with commercial multiplex PCR. Of the 96 samples in which expected amplicons were observed in 32 of adults and 33 of children, totally 65 isolates. After sequence analysis, 28 were (43,07%) RV-A, 7 were (10,76%) RV-B and 28 were (43,07%) RV-C; moreover one sample was EV-D68 (1,53%) and one sample was EV-C (1,53%). The distribution of species in adults was: 15 (48,3%) RV-A, 5 (16,1%) RV-B and 11 (35,4%) RV-C. The distribution of species in children was 13 (%40,6) RV-A, 2 (%6,3) RV-B and 17 (%53,1) RV-C. There was statistically significant relations with RV species and clinical Picture, viral loads, age and gender in both of the age groups (p> 0,05). Discussion: We detected RV-A and RV-B species in same rates, RV-B in lower rate. In child patients RV-C, in adult patients RV-A was the most common species. No statistically significant relationship was found with RV species and clinical severity, viral loads, age and gender in both of the age groups. This was the first study from Turkey that reported the RV species. The findings will have a contribution to understanding of rhinovirus epidemiology and pathogenesis. There is a gap in the field of clinical picture and RV species and that indicates the need for further studies including larger patient populations.

Kinolon dirençli escherichia colı klinik izolatlarında plazmidik direnç mekanizmalarının araştırılması

Kinolonlar, Escherichia coli gibi Gram negatif mikroorganizmaların oluşturduğu enfeksiyonların tedavisinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak kinolon direnci bu grup antibiyotiklerin ampirik tedavide sıkça kullanılması nedeniyle hızlı bir artış göstermektedir. Bu çalışmanın amacı 2012 Ocak ve 2013 Aralık tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı'nda kinolon direnci tespit edilen Escherichia coli suşlarında plazmid aracılı qnr, aac(6')-Ib ve qepA direnç genlerinin araştırılmasıdır. Çeşitli klinik örneklerden elde edilen kökenlerin disk difüzyon yöntemiyle ampisilin, ampisilin/sulbaktam, sefazolin, seftazidim, sefotaksim, sefoksitin, sefuroksim, gentamisin, tobramisin, amikasin, siprofloksasin, levofloksasin, norfloksasin, ofloksasin, nalidiksik asit, piperasilin-tazobaktam, ertapenem, imipenem, meropenem, trimetoprim-sülfometoksazol antibiyotik duyarlılıklarına bakıldı. Bu kökenlerin siprofloksasin, levofloksasin, ofloksasin ve norfloksasin MİK değerleri mikrodilüsyon yöntemi ile tespit edildi. Daha sonra qnrA, B, S, C, aac(6')-Ib ve qepA direnç genleri PZR ile araştırıldı. Kinolon dirençli Escherichia coli kökenlerinden 62' sinde (%60,19) plazmid aracılı kinolon direnç geni tespit edilmiştir. Dirençten sorumlu plazmid genleri içinde en sık aac(6')-Ib (%52,42) bulunmuştur. Daha sonra sırasıyla qnrS (%3,88), qepA (%1,94) ve qnr B (%0,97) tespit edilmiştir. Bir izolatta (%1), qnrS ve aac(6')-Ib birlikte bulunmuştur. İzolatların hiçbirinde qnrC ve qnrA direnç genleri bulunamamıştır. En fazla tespit edilen plazmid aracılı direnç geni yapılan çalışmalarla korele olarak, aac(6')-Ib genidir. Bu gen pozitif tespit edilen suşlardaki anlamlı GSBL pozitifliği, tobramisin ve ampisilin sulbaktam direnci, bu direnç geninin diğer direnç paternlerine sıklıkla eşlik ettiğini desteklemiştir.

Escherichia coli ve klebsiella pneumoniae izolatlarında karbapenem direnci ve dirençten sorumlu enzimlerin araştırılması

Karbapenemler çoklu ilaç direncine sahip Gram negatif bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde önemli bir yere sahiptirler. Fakat günümüzde karbapenemleri hidroliz eden enzimlerin ortaya çıkmasıyla birlikte karbapenemlerin de antimikrobiyal etkinliklerinin de azalmasına sebep olmuştur. Karbapenemazlar en güçlü hidrolitik aktiviteye sahip bete-laktamazlardır. Enterobacteriaceae ailesi için karbapenem direncinden en sık OXA-48, OXA-58, KPC karbapenemazları ve IMP, NDM, VIM gibi beta-laktamazların sorumlu tutulduğu bilinmektedir. Bu çalışmada enfeksiyon etkeni olarak en sık izole edilen 2 Enterobacteriaceae üyesinde karbapenemaz gen bölgelerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışma Ocak-Aralık 2017 tarihleri arasında Afyon Kocatepe Üniversitesi Hastanesi'nde gerçekleştirilmiştir. Çalışma süresince, çeşitli klinik örneklerden izole edilen, 207 Klebsiella pneumoniae, 57 Escherichia coli olmak üzere Enterobacteriaceae üyesi toplam 264 ait suş çalışmaya dahil edilmiştir. Karbapenemlerden herhangi birine direnç ya da azalmış duyarlılık gösteren klinik izolatlarında sorumlu gen bölgeleri araştırılmıştır. Bakteri tanımlanması ve antibiyotik testleri, geleneksel yöntemler ve otomatize sistemler (Vitek 2, BioMerieux, USA) gerçekleştirilmiştir. IMP, NDM, OXA-58, OXA-48, KPC ve VIM, karbapenemazlarını kodlayan gen bölgeleri Polimeraz zincir reaksiyon yöntemi (PZR) kullanılarak araştırılması yapılmıştır. Suşların çoğu Anestezi yoğun bakım ünitesi başta olmak üzere cerrahi tıp birimlerinde yatarak tedavi gören hastalardan (% 65,5) ve idrar (% 47,3), kan (% 19,3), yara (% 11,7), trakeal aspirat (% 10,6), balgam (% 6,8) ve diğer örnekler (% 4,3) olmak üzere izole edilmişlerdir. İzolatların % 43'ünde (102 K. pneumoniae, 12 E. coli) imipenem, ertapenem ve meropenemden en az birine direnç veya azalmış duyarlılık tespit edilmiştir. Karbapenem dirençli izolatların % 88'inde, karbapenemaz kodlayan gen bölgelerinden en az birinin varlığı saptanmıştır. Karbapenemaz kodlayan genlerden en sık OXA-48 gözlenmiştir (63 K. pneumoniae, 5 E. coli). Bunu takip eden diğer genler IMP (12 K. pneumoniae) ve VIM (45 K. pneumoniae), NDM-1 (27 K. pneumoniae) şeklinde belirlenmiştir. 264 Enterobacteriaceae Suşlarının hiçbirinde KPC ve OXA-58 genleri saptanmamıştır. Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae üyelerinin dünya çapındaki yayılımı, bu suşlarla oluşan enfeksiyonlarda tedavi seçeneklerinin oldukça sınırlı olması nedeniyle evrensel boyutta önemli bir sağlık sorununu oluşturmaktadır. Bu çalışmanın sonuçlarına bakıldığında karbapenem direncinin özellikle K. pneumoniae suşlarında daha yüksek olduğu ve karbapenem direncinden sorumlu primer enzimin OXA-48 olduğu fakat metallo-beta-laktamazlarında oldukça sık saptandığını göstermektedir.

Rifampisin dirençli M. Tuberculosis izolatlarında rifabutin direncinin belirlenmesi

Mycobacterium tuberculosis, yavaş üreme hızı ve yüksek oranda lipit taşıyan özel hücre duvarı nedeni ile diğer bakterilerden ayrılan önemli bir patojendir. Diğer bakterilere kıyasla doğal direci yüksektir. Son yıllarda klinikte sorun oluşturan ilaç direnci hedef bölgeleri kodlayan gen alellerinde meydana gelen mutasyonla ilişkilidir.Çalışma, rifampisin dirençli M.tuberculosis'e karşı rifabutinin in vitro etkinliği agar proporsiyon yöntemi ile araştırılması amacıyla yapılmıştır.Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteriyoloji Laboratuvarı stoklarında rifampisin dirençli olduğu bilinen 20 suş ve bir standart M. tuberculosis suşu olmak üzere toplam 21 M. tuberculosis suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Çalışmamızda 11(%52) suşun rifabutine duyarlı olduğu gözlendi. Yalnızca 0.5 µg/ml ilaç konsantrasyonunda duyarlılık gösteren suşların 9 (%43) olduğu gözlenmiştir. Ancak çalışmada kullanılan suş sayısının az olması ve moleküler alt yapılarının bilinmemesi nedeniyle rifabutin etkinliklerinin belirlenmesinde bir kısıtlama olarak değerlendirilmiş, konunun geniş kapsamlı çalışmalarla aydınlatılabileceği kanaatine varılmıştır.

Klinik örneklerden izole edilen staphylococcus suşlarının direnç profillerinin belirlenmesi

Klinik örneklerden izole edilen Staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokoklarda metisilin direnci, oksasilin ve sefoksitin disk difüzyon testi ve dirençten sorumlu mecA genin polimeraz zincir reaksiyonu ile gösterilmesi planlandı.Kasım 2009 ? Nisan 2010 tarihleri arasında Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuarına gelen klinik örneklerden izole edilen ve metisilin direnci şüpheli toplam 150 stafilokok suşuna bu testler uygulandı. Altın standart olarak kabul edilen mecA geni ise polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırıldı.Oksasilin disk difüzyon testine göre Staphylococcus aureus izolatlarının %52'si, KNS izolatlarının %91,1'i dirençli, sefoksitin disk difüzyon testine göre Staphylococcus aureus izolatlarının %53,1'i, KNS izolatlarının %93,3'ü dirençli bulundu. İzole edilen 45 KNS suşunun %66,7'si S.epidermidis, %31,1'i S.hominis ve %2,2'si S.haemolyticus olarak tanımlandı. MRSA suşları arasında bir suş linezolide dirençli bulunmuştur.Stafilokoklarda heterojen dirençli suşlar nedeniyle metisilin direncinin fenotipik yöntemlerle gösterilmesi sıklıkla yanlışlıklara neden olmaktadır. Bu sorunun özellikle koagülaz negatif stafilokok suşlarında, Staphylococcus aureus'a göre daha da belirgin olduğu gözlenmektedir. Çalışmamızda Staphylococcus aureus'lar da fenotipik yöntemlerden, oksasilin (duyarlılık %98,6 ve özgüllük %100) ve sefoksitin disk difüzyon testinin (duyarlılık %100 ve özgüllük %99,2) sonuçları birbirine yakın bulundu. KNS suşlarında fenotipik yöntemlerden oksasilin (duyarlılık %95,3 ve özgüllük %100) ve sefoksitin disk difüzyon testinin (duyarlılık %97,6 ve özgüllük %100) sonuçları yakın bulundu. Ancak, hem Staphylococcus aureus, hem de koagülaz negatif stafilokok suşların da metisilin direncinin gösterilmesinde en uygun yöntem polimeraz zincir reaksiyonu ile mecA geninin belirlenmesidir.

Solunumsal patojen viruslar ve influenza A H1N1(domuz gribi)'nin multiplex PZR yöntemleri ile tanısı

Viral solunum yolu enfeksiyonlarının hızlı, kesin tanısı ve zamanında tedavi girişimlerin sağlanması açısından önemlidir. Bu çalışmamızda solunumsal virusların dağılımının belirlenmesi amacı ile örneklerden DPO? (Dual Priming Oligonucleotide-çift astar oligonukleotid) teknolojisi kullanan multiplex RT PZR kiti RV 12 ile (Seegene Inc., Seoul, Korea) 12 adet solunumsal virus(influenza virus A ve B, insane Respiratory Syncytial Virus(RSV) A-B, rhinovirus A, parainfluenza viruses 1, 2, ve 3, human metapneumovirus, human coronavirus 229E/NL63 ve OC43, adenovirüs) araştırılmıştır.Kasım 2009- Mayıs 2010 tarihleri arasında, 170 örnek UTM transport medium(Copan diagnostics) ile alındı. Test edilinceye kadar -40OC'da saklandı. Bazı örnekler QuickVue ® Influenza A + B flu Dipstick kiti ile A ve B yönünden test edildi. Donmuş örneklerden 12 solunumsal virusun tespiti için mRT-PZR (Seeplex® RV detection kit, SeeGene, Seoul, Korea) uygulandı.mRT-PZR 3 koenfekte olgu dahil 39 hastada (% 33), içinde etken virüsler tespit edildi. RSV A / B (% 35 % 21), influenza A / B (% 3), insan metapneumovirus (% 3), adenovirüs-RSV B (% 3), rinovirüs (% 27 ) ve coronavirüs OC43 (% 3). İnfluenza A, daha sonra referans laboratuvarlarında H1N1 olarak teyit etti.Multiplex PCR metodunun çocuklarda respiratuvar viral patojenlerden kaynaklanan solunum yolu enfeksiyonlarının tanısında oldukça hızlı ve güvenilir yöntem olduğu anlaşılmaktadır.

Klinik örneklerden izole edilen streptococcus pneumoniae suşlarında antibiyogram direnci ve izolatların serotiplendirilmesi

.

Seftazidim dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarında Beta laktamazların moleküler epidemiyolojisi

Pseudomonas aureginosa doğada çok yaygın olarak bulunur ve organik materyalin yeniden düzenlenmesinde, önemli rol oynar. Çoğu türler bitki ve hayvanlar için patojendir. P.aeruginosa fırsatçı patojen enfeksiyonlara neden olmaktadır. Sağlıklı kişilerde nadiren hastalığa sebep olur. Sağlıklı bireylerde perine, dış kulak yolu, aksilla, alt gastrointestinal sistem gibi nemli alanlarda kolonize olabilir. Mekanik ventilasyon altındaki erişkinler veya nötropenik hastalar, özellikle geniş spektrumlu antibiyotik tedavisi sırasında veya sonrasında P.aeruginosa?ya bağlı ventilatör kaynaklı veya diğer pnömoniler açısından büyük risk altındadırlar. Bu çalışmada, Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesinde yatmakta olan hastalardan izole edilen P.aeruginosa suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının tespit edilmesi, PER, GES, KPC, VIM, IMP ve OXA gibi direnç enzimlerinin fenotipik ve genotipik olarak saptanması amaçlanmıştır. Çalışmaya alınan 195 P.aeruginosa örneğinin antibiyotik direnç oranları seftazidime %100, gentamisine %11,8, tobramisine %6,2, piperasilin %44,1, amikasine %8,7, aztroenama %60,5, sefepime %50,2, siprofloksasine %26,2, levofloksasine %31,3, imipeneme %48,2, meropeneme %47,2, tazobaktam-piperasiline %90,8 ve ofloksasine %47,2 şekilnde tespit edilmiştir. Çift disk indüksiyon yöntemi ile 195 suştan 174?inde indüklenebilir beta laktamaz tespit edilmiştir. Çift disk sinerji yöntemi ile taranan 195 örneğin 60?ında GSBL pozitifliği saptanmıştır. 52 suşta MBL E test ile metallo beta laktamaz enzimi fenotipik olarak tespit edilmiştir. Moleküler çalışmalar ve dizi analizlari sonucunda 5 izolatta OXA-10, 4 izolatta OXA-14, 4 izolatta VIM-2, 2 izolatta IMP-1, 26 izolotta GES-1 ve 87 izolatta ABC transporter permease geni saptanmıştır. PER ve KPC enzimlerine rastlanmamıştır. Antibiyotik direnci tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de ciddi bir sağlık sorunudur. Bu nedenle antibiyotik direnç mekanizmaları bilinmeli ve direnç gelişimi önlenmelidir. Beta laktamazların ve bu beta laktamazları kodlayan genleri taşıyan kökenlerin saptanması enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde kullanılacak antibiyotiklerin seçiminde, tedavinin takibinde, enfeksiyon hastalıklarının önlenmesinde ve enfeksiyon kontrol programlarının geliştirilmesinde yol gösterici olacaktır.

Di̇yali̇z hastalarinda occult hepati̇t c'ni̇n araştirilmasi

7. ÖZET DİYALİZ HASTALARINDA OCCULT HEPATİT C'NİN ARAŞTIRILMASI Occult C Hepatit (OCH) karaciğer enzimleri yüksek veya normal olan, serumda anti-HCV ve serumda HCV RNA negatif saptanan hastalarda Periferik Kan Mononükleer Hücrelerde (PKMNH) HCV RNA'nın pozitif bulunması olarak tanımlanmaktadır. Bu çalışmada hemodiyaliz hastalarında OCH sıklığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya rutin olarak hemodiyalize giren 18 yaşın üzerindeki kronik böbrek yetmezliği olan 60 hasta alınmıştır. Hastaların demografik verileri, HCV için olası bulaş yolları, hemodiyaliz süresi, karaciğer fonksiyon testleri, hepatit göstergeleri ile serumda ve PKMNH'de HCV RNA araştırılmıştır. Hepatit göstergeleri Enzyme İmmunoassay (EIA) (VITROS) yöntemi ile serum ve PKMNH'de HCV RNA ise Real Time PCR yöntemi (TaqMan 48, Roche) ile araştırılmıştır. PCR testinin ölçüm aralığı 15-1.7x108 IU/mL, hassasiyeti ise 15 IU/mL'dir. Hastaların yaş ortalaması 62.75±12.36 yıl, %60'ı erkek olup ortalama diyaliz süresi 8.41±3.99 (1-19) yıl olarak hesaplanmıştır. Çalşmaya alınan ALT değeri yüksek ya da normal, anti HCV'si negatif olgularda serumlarında ve PKMNH'de PCR yöntemi ile HCV RNA araştırılmış ve occult Hepatit C olgusuna rastlanmamıştır. Hemodiyaliz hastalarında HCV enfeksiyonunun sessiz seyretmesi hastalığın ilerlemesi ve virusun bulaşı açısından önemli bir risk oluşturur. PKMNH'de HCV RNA araştırılması occult enfeksiyonu saptamaya yardımcı olacak noninvaziv bir yöntemdir. Anahtar kelimeler: Diyaliz, Occult HCV , periferik kan mononükleer hücreleri.

Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus ve adenovirusun sıklığı ve rotavirusun moleküler epidemiyolojisi

Enterik viruslar (özellikle rotavirus, adenovirus ve nörovirus) bakteriyel olmayan akut gastroenteritlerin en sık nedenidir. Bu çalışmanın amacı, 0-6 yaş akut gastroenteriti olan çocuklarda viral etyolojinin sıklığını araştırmak ve rotavirusların baskın genotiplerini belirlemektir. Yaygın ishal virüsleri ile ilgili epidemiyolojik çalışma, Eylül 2012-Kasım 2013 döneminde Afyonkarahisar ilinde gerçekleştirilmiştir. Afyon Kocatepe Üniversitesi Hastanesi Çocuk Hastalıkları Polikliniği başvuran 6 yaşın altındaki 492 aşılanmamış ve ishali olan çocuklardan alınan dışkı örnekleri çalışma kapsamına alınmıştır. Dışkı örneklerinin tümü bakteriyel etkenlerin varlığını belirlemek amacıyla kültür yöntemleri ile değerlendirilmiş ve herhangi bir bakteriyel üreme gözlenmemiştir. Rotavirus ve adenovirus antijenleri immunokromatografik yöntem (ICT) ile araştırılmıştır (VIKIA Rota-Adeno Kaset Testi, biyo-Merieux, Marcy l'Etoile, Fransa). ICT ile rotavirus pozitif bulunan dışkı örnekleri, reverse transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu tabanlı genotipleme Akut gastroenteritli 492 çocukta rotavirus ve adenovirus pozitifliği sırasıyla %20.3 ve %3.3 olarak bulunmuştur. Viral gastroenteritli çocukların %0.6'sında ise rotavirus–adenovirus birlikteliği saptanmıştır. Kış ve ilkbahar aylarında rotavirus antijeni pozitif olguların sayısında artış gözlenmiştir. Rotavirus epizotlarının %73'ü yaşamın ilk iki yılında gözlenmiştir. G ve P genotiplerinin G1, G2, G4, G9 ve P[4], P[8] genotiplerini içeren toplamda altı farklı kombinasyonu bulunmuştur. En yaygın rotavirus genotipleri; G9P[8] (% 48.7) ardından G9P[4] (% 17.5) olarak bulunmuştur. G1P [8] (% 16.2), G2P [8] (% 11.2), G1P [4] (% 3.7), G4P [8] (% 2.5) diğer genotipleri oluşturmuştur. Bölgemizdeki rotavirus genotiplerinin %66'sının G9P[8] ve G9P[4] olduğu gözlenmiştir. Adenovirus pozitifliğinin sıklığı rotavirustan daha düşüktür. Rotavirus enfeksiyonunun yüksek oranlarıyla ile ilgili olarak, gastroenterit önleme programları hakkında bilgilendirmenin yanı sıra yeni rotavirus suşların ortaya çıkması hakkında bilgi sağlamak amacıyla sürekli izlem gereklidir. Bu durum aynı zamanda, rotavirus aşısı yapımında karar verme politikalarına da yardımcı olacaktır.

Enterobacteriaceae üyelerinde karbapenem direnci ve dirençten sorumlu enzimlerin varlığının araştırılması

Karbapenemler çoklu ilaç dirençli gram negatif bakteri enfeksiyonlarında önemli bir tedavi seçeneği olarak kabul edilmektedirler. Ancak, günümüzde karbapenemleri hidrolize eden enzimlerin görülmesiyle birlikte karbapenemlerin antimikrobiyal etkinlikleri azalmıştır. Karbapenemazlar en güçlü hidrolitik aktiviteye sahip beta-laktamazlardır. Enterobacteriaceae üyelerinde karbapenem direncinden en sık KPC, OXA-48, OXA-58 karbapenemazlar ve VIM, IMP, NDM gibi metallo-beta-laktamazların sorumlu olduğu bildirilmektedir. Bu çalışmada enfeksiyon etkeni olarak en sık izole edilen üç Enterobacteriaceae üyesinde karbapenemaz gen bölgelerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışma Ocak 2012 ve Aralık 2012 tarihleri arasında Afyon Kocatepe Üniversitesi Hastanesi'nde gerçekleştirilmiştir. Çalışma süresince, çeşitli klinik örneklerden izole edilen, 138 Klebsiella pneumoniae, 52 Escherichia coli ve 47 Enterobacter spp. olmak üzere Enterobacteriacea üyesi toplam 237 ait suş çalışmaya dahil edilmiştir. Karbapenemlerden herhangi birine direnç ya da azalmış duyarlılık gösteren klinik izolatlarda sorumlu gen bölgeleri araştırılmıştır. Bakteri tanımlanması ve antibiyotik testleri, geleneksel yöntemler ve otomatize sistemle (Phoenix100, Becton Dickinson Co, Sparks, MD, ABD) gerçekleştirilmiştir. KPC, VIM, IMP, NDM, OXA-58 ve OXA-48 karbapenemazları kodlayan gen bölgeleri Polimeraz zincir reaksiyon yöntemi (PZR) kullanılarak araştırılmıştır. Suşlar, pediatri kliniği başta olmak üzere dahili tıp birimlerinde yatarak tedavi gören hastalardan (% 75) ve idrar (n=108), yara (n=48), kan (n=43), trakeal aspirat (n=23) ve balgam (n=15) örneklerinden izole edilmiştir. İzolatların % 19'unda (33 K. pneumoniae, 7 E. coli ve 6 Enterobacter spp.) ertapenem, imipenem ve meropenemden en az birine direnç veya azalmış duyarlılık tespit edilmiştir. Karbapenem dirençli izolatların %89'unda, karbapenemaz kodlayan genlerden en az birinin varlığı saptanmıştır. Karbapenemaz kodlayan genlerden en sık blaOXA-48 gözlenmiştir (21 K.pneumoniae, 2 E.coli, 3 Enterobacter spp.). Bunu takiben diğer genler blaVIM (21 K.pneumoniae, 2 Enterobacter spp.), blaIMP (10 K.pneumoniae, 1 Enterobacter spp.) ve blaNDM-1 (1 K. pneumoniae) şeklinde belirlenmiştir. Suşların hiçbirinde KPC ve OXA-58 genleri gözlenmemiştir. Karbapenemaz üreten Enterobacteriacea üyelerinin dünya çapındaki yayılımı, bu suşlarla oluşan enfeksiyonlarda tedavi seçeneklerinin oldukça sınırlı olması nedeniyle evrensel boyutta önemli bir sağlık sorununu oluşturmaktadır. Bu çalışmanın sonuçları karbapenem direncinin özellikle K.pneumoniae suşlarında daha yüksek bulunduğu ve karbapenem direncinden sorumlu primer enzimin OXA-48 olduğu ancak metallo-beta-laktamazlarında oldukça sık saptandığını göstermiştir. Bu bulgulara ilaveten hastanemizde ilk kez NDM-1 karbapenemaz üreten K.pneumoniae izolatı tanımlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Enterobacteriacea, karbapenemler, direnç.