76
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Ege bölgesi rektosigmoid kanserlerinde dominant K-RAS mutasyon tiplerinin belirlenmesi, ilgili mutasyonların protein fonksiyonu ve yanıtlarına etkisi
Rektum yerleşimli tümörler, tüm kolorektal grubunun ~%27-32?sini oluşturmaktadırlar. Bu bölge tümörlerinin; tümör davranışı ve metastatik süreçlerinin kolonun diğer bölgelerinden farklılandığı bildirilmektedir. Ancak bu bölge tümörlerinin gerek karsinogenez gerekse tedavi seçeneklerinde önemli bir hedef olan K-RAS mutasyon durumuna ilişkin literatürde ayrıntılı bilgi bulunmamaktadır. Amaç: Çalışmamızın amacı rektum yerleşimli tümörlerde K-RAS mutasyonlarının durumunu saptamak, bu mutasyonların protein fonksiyonları üzerine etkilerini belirleyerek tümör davranışları üzerine bilgi edinmektir. Yöntem: 2009-2011 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi?nde rektosigmoid kanser tanısı konulmuş, patoloji blokları uygun örneklerde, Temel Onkoloji AD?nda K-RAS mutasyon analizi yapıldı. Spin kolon tabanlı nükleik asit izolasyonu ile elde edilen DNA materyalinde K-RAS geni kodon 12 ve 13 bölgeleri RT-PCR yöntemi ile incelenerek elde edilen veriler mutasyon açısından değerlendirildi. Bulgular: Rektosigmoid grubun %11.4?ü G12D mutasyonuna, %8.6?sı G12V ve %5.7?si G12A mutasyonuna sahiptir. Olguların %65.7?si WT?dir. Buna karşın kolon grubunun %12.2?si G12D, %10.2?si G12V mutasyonuna sahiptir. Kolon grubunun %69.4?ü WT?dir. Kolon grubunda G12A ve G12S mutasyonları hiç saplanmazken, rektum grubunda G12C ve G13R mutasyonları hiç görülmemiştir. Tüm olgu grubunda en sık rastlanan mutasyon G12D (%11.9) mutasyonudur. Sonuç: Moleküler düzeyde yapılan çalışmalar ve protein modelleme çalışmaları, mutant K-RAS proteinlerinin heterojen davranış modellerini kanıtlamaktadır. Buna bağlı olarak tümör spesifik mutant K-RAS proteinlerinin tümör davranışına ve sağıltım çıktılarının farklılığına yönelik klinik çalışmalar henüz bulunmamaktadır. Çalışmamız rektosigmoid ve kolon bölgelerinde, K-RAS mutasyon tiplerinden agresif ve daha yavaş seyirli olarak bilinen fenotiplerin farklı dağılım hızlarına sahip olduğunu göstermiştir. Bu olgularda tümör davranışı ve sağaltım çıktılarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamakla birlikte olgu sayımızın azlığı buna neden olmuş olabilir. Bu konuya odaklanan prospektif, iyi dizayn edilmiş ve daha fazla olgunun yer aldığı bir çalışmanın literatüre önemli katkısı olacağını düşünmekteyiz. Anahtar Sözcükler: Rektosigmoid kanserler, K-RAS genotipi, K-RAS fenotipi
Fitokimyasal maddelerin nöroblastom ve metastaz potansiyeli üzerine etkileri
Amaç: Nöroblastom hücre hatlarında allicin ve resveratrolün antitümöral etkisi ve sisplatinin etkisini değiştirici rolü olup olmadığının; bu fitokimyasalların metastaz ilişkili genlerin ekspresyonları üzerine etkisinin araştırılmasıdır. Yöntem: Kelly ve SH-SY5Y insan nöroblastom hücre hatları kullanıldı. Gruplar: Grup1:Kontrol, Grup2:Sisplatin, Grup3:Allicin, Grup4:Resveratrol, Grup5:Sisplatin+Allicin, Grup6:Sisplatin+Resveratrol. Ajanların sitotoksik etkisi MTT ve LDH yöntemiyle, apoptoz TUNEL yöntemiyle değerlendirildi. 84 tümör metastaz geni ve DDX1 geni ekspresyonları RTPCR ile değerlendirildi. İstatistiksel analizler üretici firmanın internetteki PCR analiz sayfasında yapıldı. Mann Whitney U, Ki kare ve korelasyon analizi kullanıldı. Bulgular: Allicin sitotoksisite, apoptoz yapmadı ve sisplatinin sitotoksik, apoptotik etkilerini de değiştirmedi. Resveratrol apoptoz yapmadı, doza bağımlı sitotoksisite yarattı; sisplatinin sitotoksisitesini değiştirmedi, apoptotik etkisini azalttı. KELLY: Grup 3/4/5/6?da ekspresyonları en fazla artan ortak genler: CCL7, CDH1, CTSL1, ETV4, FXYD5, KISS1R, HTATIP2, IL1B, IL8RB, ITGA7, KISS1, MMP10, MMP13, MMP3, MMP7, MYC, MYCL1, SYK, TIMP4, TRPM1, TNFSF10. Grup 2/3/4/5/6?da RB1 ve DENR ?3kat azaldı. Grup4?de DDX1, nm23-H1 arttı, nm23-H2 azaldı; grup 5?de nm23-H1 arttı. SH-SY5Y: Grup 3/5?de KISS1, TNFSF10, MMP10, TRPM1, IGF1, MMP13, MMP7, ayrıca grup 3?de MMP3, CCL7, TIMP4, ITGA7 >100kat azaldı. Grup 4/6?da MET, KISS1, IGF1, TNSF10, MMP10, CXCL12, MMP13, MMP7, MMP3, CDH6, CCL7, TRPM1, CTSL1, FXYD5, HPSE, HTATIP2, IL1B, IL8RB, KISS1R, TIMP4 >100kat azaldı. Grup 2/3/4/5/6?da PNN, grup4?de DENR ?3kat arttı. Grup 3/4/5/6?da DDX1 arttı, nm23-H1 azaldı, grup 2?de DDX1, nm23-H2 arttı. Sonuç: Bulgularımız allicin ve resveratrolün çok sayıda metastaz geninde çok yönlü etkilenmeye neden olduğunu göstermiştir. Bu bağlamda nöroblastomda bu fitokimyasalların kemoterapiberaberinde veya tekli kullanımının uygun olmadığını, sorgulanması gerektiği düşünülmüştür. Anahtar Sözcükler: Nöroblastom, Metastaz, Sisplatin, Allicin, Resveratrol
Nörofibromatozis tip 1 olgularında DNA tamir genlerinin ekspresyonunun klinik önemi
Nörofibromatozis Tip 1 Olgularında DNA Tamir Genlerinin Ekspresyonunun Klinik Önemi Duygu Dursun DEÜ, Sa lık Bilimleri Enstitüsü, Onkoloji Enstitüsü, Temel Onkoloji Bölümü Yazı ma Adresi: E itim Mah. / Ekrem Güer Sok. / No:42/5 / Murat Öz Apartmanı Balçova/ ZM R AMAÇ: Nörofibromatozis Tip 1 (NF1), çe itli fenotiplere sahip, sık görülen otozomal dominant genetik bir hastalıktır. NF1 hastalarının klinik çe itlili inin genetik nedeni sorgulanmaktadır. DNA onarım genleri DNA? daki hataların onarımından sorumludur. Biz DNA onarım genlerinin ekspresyonunu ve onların NF1 hastalarındaki klinik önemini nörofibrom, hamartomatöz lezyon, di er tümörler ya da ailesel NF1 varlı ı ile kar ıla tırarak analiz etmeyi amaçladık. Bu çalı manın di er amacı gen ekspresyonları ile klinik bulgular arasında ili ki olup olmadı ını belirlemekti. METOD: NF1? li hastalar ve NF1 ile birlikte malignitesi olan hastalar çalı maya alındı. Kontrol grubu olarak da benzer ya grubundaki her hangi bir hastalı ı olmayan çocuklar ve NF1 ile ilgisi olmayan maligniteli olgular olu turdu. Çalı ma toplam 46 olgu içermekteydi: 36 NF1 hastası (30 çocuk; 6 ebeveyn), hiç bir hastalı ı olmayan 8 kontrol olgusu, rabdomiyosarkomlu NF1 olmayan 2 kontrol olgusuydu. 8 kontrol olgusunun ya ortalaması 17±7,03 (10-30 ya ) (ortanca 13 ya ) idi. NF1 olgularının 17? si kadın 19? u erkekti. NF1? li olgularımız için tanı anındaki ya ortalaması 10,08±8,86 (9 ay- 38 ya ) (ortanca 8 ya ) iken hastalarımızın çalı maya alınan ebeveynlerinin ya ortalaması 40,50±1,22 (39-42 ya ) (ortanca40 ya ) idi. 36 hastanın, 17? si nörofibromlu, 17? si hamartomatöz lezyonluydu. 1 hastada rabdomiyosarkom gözlenmi , 1 hasta meme kanseri ve 4 hasta da optik gliomluydu. Her bir hasta ve kontrol grubundan periferik kandan mononükleer hücre izolasyonu yapıldı. RNA izolasyonu ve cDNA dönü ümünden sonra, her bir olguda Real-Time PCR ile DNA onarımı ile ili kili 84 genin ekspresyonu (standart array, SABiosciences) belirlendi. Ekspresyonların kontrol grubuna göre kat de i iklikleri ve T test ile p de eri kar ıla tırmalı gruplarda de erlendirildi. BULGULAR: Ara tırma grubunu 36 NF1 hastası, kontrol grubunu ise 8 sa lam çocuk ve 2 adet de NF1 ile ili kisi olmayan maligniteli olgu (rabdomiyosarkom) olu turmaktadır. NF1 olgularında, PNKP, RAD18, XAB2, XRCC3, XRCC4 ve XRCC5 genlerinin ekspresyonu kontrol grup ile kar ıla tırıldı ında azaldı (p<0.05, T test). Nörofibromlu NF 1 olgularında, nörofibromsuz NF 1 olgularıyla kar ıla tırıldı ında POLB ekspersyonu artarken; ERCC3,LIG1,MGMT, MRE11A, MPG, MSH6, PARP2, PRKDC, RAD51B, RAD52, RPA3, SMUG1, TREX1, UNG ekspresyonu azaldı. RAD18 ailesel NF 1 varlı ında ekspresyonu azalmı ve istatistiksel olarak önemli oldu u saptandı. Malign tümör olgularında NF 1? li ya da NF 1? siz gruplar kar ıla tırıldı ında gen ekspresyonunda kat de i iklikleri vardı. DDB2, MGMT, MLH1, POLB UNG, XPA ekspresyonları arttı. NF 1?li RMS olgusu ile NF 1? siz RMS olguları kar ıla tırıldı ında DDB2, MGMT, MLH1, POLB, UNG, XPA olmak üzere 6 genin ekspresyonu 10 kattan fazla arttı. SONUÇ: Bulgularımız NF 1 olgularındaki klinik bulguları öngörmek için DNA onarım sistemi ili kili gen ekspresyon de i ikliklerinin rolü olabilece ini göstermi tir. ANAHTAR SÖZCÜKLER: Nörofibromatozis Tip 1, DNA onarım genleri, klinik ili ki
Anti kanser ilaçları metabolize eden enzimlerin polimorfik özelikleri
Amaç:. 5-Florourasil (5-FU) kırk seneden beri bir çok solid tumorun sağaltımı için kullanılmaktadır. 5-FU sağaltımı alan hastaların %15? indeki derece III-IV mukozit, nötropeni, bulantı, diyare, miyelosüpresyon, el-ayak sendromu toksisiteleri, 5-FU metabolik yolağındaki Dihidropirimidin dehidrogenaz (DPYD), Metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR), Timidilat sentaz (TS) enzimlerinin polimorfik özelikleri ile ilişkilendirilmektedir. Bu çalışmanın amacı 5-FU ilacının metabolizmasını ilgilendiren enzimlere ait genlerin populasyona özgü polimorfizimlerinin belirlenmesi; bu polimofizimler ile sağaltım sonuçlarının ve gözlenen toksisitelerin ilişkili olarak incelenmesidir. Yöntem: 5-FU sağaltımı alan 85 kanser hastası çalışmaya alındı. DPYD, TYMES, MTHFR enzimleri kodlayan genler, yeni nesil Sequenom MassARRAY Analyzer 4 ile tek nükleotid değişimleri açısından tarandı . Bulgular: Altı olguda toksisite saptanamazken, toksisite saptanan 79 olgunun, 47?sinde, hematopoeitik toksisite, 18?inde, el ve ayak sendromu, 11?inde, gastrointestinal toksisite ve 3?ünde ise, deri toksisitesi saptandı. MTHFR 677 C>T mutasyon oranı; % 47,1 wild tip, % 43,5 heterozigot, % 9,4 homozigot mutanttı. TS 1494 ins/del mutasyon oranı; % 36,5 wild tip, % 38,4 heterozigot, % 24,7 homozigot mutant olarak saptandı. DIVS14G>A/G allelik ferakansı %0.6 olarak saptandı. DPYD 85T>C mutasyon oranı; % 47,1 wild tip, % 43,5 heterozigot, % 9,4 homozigot mutant olarak saptandı. DPYD 2846A>T ve D1679T>G/T mutasyonları hiç saptanmadı. Sonuç: MTHFR 677C>T mutasyonu olan olgularda el ve ayak sendromu ve TS1494ins/del mutasyonu olan olgularda hematopoitik toksisiteler daha fazla gözlenmiştir. Ancak toksisite derecesi ile bir ilişki saptanmadı. Seçilen enzimlerin genotiplerinin belirlenmesi 5-FU toksisitesi riskini tahmin etmek için önemlidir. Toksisite ile genotip ve etnik kökenin ilişkisini doğrulamak için popülasyonu temsil gücüne sahip bir çalışmaya ihtiyaç vardır. Anahtar Sözcükler: 5-FU Metabolik Yolağı, MTHFR,TS, DPYD, polimorfizm, farmakogenetik.
Meme kanseri ve trastuzumab tedavisine dirençte p95'in rolü
Amaç: HER2 onkogenini hedefleyen trastuzumab, HER2 amplifikasyonu gösteren meme kanser hastalarında belirgin klinik yarar sağlar. Güçlü aktivitesine rağmen, HER2 pozitif meme kanser hastalarının bazıları, trastuzumab direnci nedeniyle klinik yarar görmez. Trastuzumab direncinin moleküler mekanizmalarından birisi, p95HER2 (truncated HER2)'nin aşırı ekspresyonudur. Bu çalışmanın amacı, p95HER2 aşırı ekspresyonu gösteren meme kanserlerinin trastuzumaba direnç gösterip göstermediğini araştırmaktır. Materyaller ve Yöntemler: p95HER2 ve HER2 ekspresyon seviyesi, eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile saptandı. HER2 protein ekspresyonu ve HER2 gen amplifikasyonu, immunohistokimya ve kromojenik in situ hibridizasyon ile belirlendi. Tüm değerlendirmeler, formalinde tespit edilmiş parafine gömülmüş 80 meme kanser dokusu arşiv materyalinden elde edilen örneklerde yapıldı. Tanı sırasında, hastaların hiçbirinde uzak metastaz yoktu. HER2 pozitif meme kanser hastalarına, kemoterapi ile birlikte yada tek ajan trastuzumab tedavisi uygulandı. Bulgular: Bu çalışma seksen meme kanser hastasından oluşmaktadır. Otuzdokuz olgu, HER2 pozitifti ve trastuzumab tedavisi aldı. Bu 39 hastanın 11'i (%28,2), trastuzumaba dirençli idi ve 28'i (%71,8) trastuzumaba dirençli değildi. Üç hasta takip sırasında eks oldu. Trastuzumab direnci gösteren 11 olguda, p95HER2 ortalama değeri 11,01±19,73 (0,41-5,89) olarak bulundu. Trastuzumab direnci göstermeyen 28 olguda ise p95HER2 ortalama değeri 1,99±1.37 (0,51-6,63) idi. p95HER2 oranı düşük ise, trastuzumab direnci yoktur şeklinde bir sonuç elde edilemedi (p=0,210 Mann-Whitney U testi). Ancak, p95HER2 oranının yüksek olduğu her durumda trastuzumab direnci vardı. Sonuç: p95HER2'nin, trastuzumab direnci ile korele olduğu bulundu. Ancak, yalnızca p95HER2'nin değerlendirilmesinin, trastuzumab direncinin belirleyicisi olmadığı saptandı. Bu sonuç, trastuzumab direncinin öngörülmesinde, p95HER2'nin duyarlı ancak özgün olmadığını düşündürmektedir.
Nöroblastom mikroRNA ilişkisi
Giriş ve Amaç: Nöroblastom tüm çocukluk çağı kanserlerinin % 8-10'unu oluşturur. MikroRNA (miRNA)'lar küçük ve kodlayıcı olmayan RNA'lar olup gen ekpresyonunun posttranskripsiyonel düzenlenmesinde ve bazı kanserlerin patogenezinde önemli bir rol oynamaktadırlar. Bu çalışmanın amacı; farklı klinik ve histolojik özellikler gösteren nöroblastom dokularında miRNA ekspresyon profilini saptamaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada 17 adet hastanın arşiv parafin bloklarına ait toplam 24 adet farklı örnek kullanıldı. Bu dokular gruplandırılarak 5 ayrı analizde mikroarray ile mikroRNA profilleri karşılaştırıldı: I. analiz: İyi differansiye (n=6), andifferansiye (n=6) II. analiz: Kemoterapi öncesi (n=3), kemoterapi sonrası (n=3) III. analiz: İyi histoloji (n=10), kötü histoloji (n=8) IV. analiz: Nöroblastom (n=4), Ganglionörom (n=4) V. analiz: düşük risk (n=10), orta risk (n=6), yüksek risk (n=8) Biyoinformatik analizi sonrasında eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile validasyon yapıldı. Bununla birlikte yüksek ve düşük riskli yeni hastalara ait tümör dokularında valide mikroRNA'lar ile karşılaştırma yapıldı. Ayrıca klinik veriler ile farklı eksprese olan miRNA'lar açısından karşılaştırma yapıldı. Bulgular: I. analiz'de 25 adet, II. analiz'de 8 adet, III. analiz'de 3 adet, IV. analiz'de 4 adet, V. analiz'de düşük-orta risk için 7 adet, orta-yüksek risk için 1 adet ve düşük-yüksek risk için 14 adet farklı miRNA tespit edildi (p<0.01). KEGG yolak analizinde bu miRNA'ların en çok kanser yolağını hedefledikleri saptandı. Klinik veriler ile mikroRNA'lar karşılaştırıldığında en belirgin farklılık miR-132 ve miR-490' de görüldü. Yüksek ve düşük riskli yeni vakaların tümör dokuları arasında en çok kat değişimi miR-98-5p'de belirlendi. Sonuç: Çalışmamızın mikroRNA'ları hedefleyen tedavilerin gelişimi ve biyomarker çalışmaları için bilgi verebilecek nitelikte olduğunu düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: mikroRNA, nöroblastom, ganglionörom
Nöroblastomda kanser kök hücrelerine mezenkimal kök hücre ve tümör infiltre edici lenfositlerin etkisi
Nöroblastom , çocukluk çağında en sık görülen ekstrakranial solid tümördür. Kanser kök hücrelerinin (KKH'ler) tümörün başlatılması, ilerlemesi ve rekürrensinde merkezi bir rol oynadığı düşünülmektedir. Artmış KKH seviyeleri kötü prognoz ile ilişkilidir. Bu çalışmanın amacı; nöroblastom hücreleri, KKH'ler ve tümör infiltre edici lenfositler (TIL'ler) ve mezenkimal kök hücreler (MKH) olan tümör mikro çevre elemanları arasındaki etkileşimi ex vivo ilk defa araştırmaktır. Nöroblastom ameliyat materyali taze dokularından tek hücre süspansiyonu yapılıp kültüre edildi. CD133+ kök hücreleri, nöroblastoma kanseri hücrelerinden manyetik izolasyon kullanılarak izole edildi. TIL'ler, AIMV ortamı göç yöntemi MSC ile izole edildi ve CD54 +, CD90 + manyetik izolasyon ile izole edildi. İzole edilen hücreler, tümör infiltre edici lenfositler ve CDDP çok kuyucuklu platelere ekildi Sonra hücrelerin canlılığı 24 ve 48 saatte ölçüldü. TIL'lerin fenotipi flow sitometri ve immünhistokimyasal yöntemle belirlendi. nonparametrik sonuçların karşılaştırılması için Mann Whitney U testi testi kullanıldı. P<0.05 anlamlı kabul edildi. Çalışmada yaşları 2-168 (39 ortalama) ay arası 20 hastanın materyali hücre kültürü ile değerlendirildi. Bunların 8'i düşük riskli grupta, 12'si ise yüksek riskli grupta idi. Çalışmaya 10 kız ve 10 erkek çocuk alındı. MKH'ler KKH'leri üzerindeki CDDP'nin öldürücü etkisini azalttığını ve bunu apoptotik etkiyi azaltarak yaptığını bulduk. Ayrıca TIL'ler NB ve KKH üzerindeki CDDP'nin öldürücü etkisini arttırdığını bulduk. Bu etkileşimin kanıtlanması, nöroblastom ve KKH hedefli tedavilerin planlanmasında mikro ortamı düşünmek için yararlı bilgiler sunmaktadır. Anahtar Sözcükler: Nöroblastom, Kanser Kök Hücresi, Mezenkimal Kök Hücre, , Mikroçevre, Tümör İnfiltre Edici Lenfosit
Kolon kanserinde ve ilaç direncinde otofajinin rolü
Amaç: Kolorektal karsinom dünyada üçüncü en sık gözlenen kanserdir. Otofaji, hücresel proteinlerin otofajik vakuoller aracılığı ile lizozomal degredasyonudur. Otofaji gelişimde, uzun yaşamda ve kanser gibi pek çok hastalığın patogenezinde büyük rol oynamaktadır. Tümör gelişimi ve uyarılması üzerine bazı etkiler gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışmanın amacı, otofajinin, otofaji ilişkili protein beclin-1'in ve kolorektal kanserin klinikopatolojik özellikleri ile ilişkisinin belirlenmesidir.Yöntem: Kolorektal kanser hasta doku örnekleri Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı'ndan elde edildi. Tümör ve eşlenik normal doku örnekleri 36 kolorektal kanser hastadan elde edildi. Beclin-1 proteini, kolon kanser doku örneklerinde otofaji varlığını göstermek için western blotting yöntemi kullanılarak belirlendi. Beclin-1 ekspresyonu ile invazyon, metastaz ve evreyi içeren klinikopatolojik özellikler arasındaki ilişki araştırıldı.Bulgular: Beclin-1 protein ekspresyonu hem tümör hem de eşlenik normal doku örneklerinin çoğunda saptandı. Hastaların üçünde hem tümör hem de normal doku örneklerinde beclin-1 ekspresyonu saptanmadı. Beclin-1 protein ekspresyonu yalnızca iki hastanın tümör dokusunda ve dört normal doku örneğinde belirlendi. Buna karşın, kolorektal kanser hastalarının klinikopatolojik özellikleri ile beclin-1 protein ekspresyonu arasında herhangi bir korelasyon saptanmadı.Sonuç: Bu çalışmanın sonuçları otofajinin kolorektal karsinogenezisde işe karııştığını önermektedir. Genişletilmiş çalışmaların yapılması otofaji ve kolorektal kanser ile ilişkili klinikopatolojik özellikleri belirlemede faydalı olabilecektir.
Gastrointestinal stromal tümörlerde kit mutasyonlarının klinik önemi
Biyolojik davranışın oldukça değişken olduğu GİST'lerde, KİT geni ekzon 9, 11, 13 ve 17 aktivasyon mutasyonları tümörün klinik davranışı ile ilişkilidir. Bu çalışmanın amacı Türk populasyonunda ilk kez GİST'lerde KİT geni ekzon 9, 11, 13 ve 17 mutasyonlarının histopatolojik özellikler ve sağaltım yanıtları ile ilişkilendirilmesidir.Çalışmaya GİST tanısı alan 65 olgu alındı. Tümör dokusu DNA'sı KİT geni ekzon 9, 11, 13 ve 17 mutasyonları açısından DNA dizileme ile tarandı.Olguların %8,3'ü KİT geni ekzon 9, %47,5'si ekzon 11, %11,7'si ekzon 13 ve %1,7'si de ekzon 17 mutasyonları içermekteydi. Grubumuzda literatürde daha önce yayınlanmamış mutasyonlar saptandı.KİT geninde herhangi bir mutasyonu olanlar, mutasyonu olmayanlara göre 3,18 kat daha fazla malign potansiyel riski taşımaktadır (OR: 3,18). KİT geni ekzon 11 bölgesinde yer alan W557-K558 kodonlarında mutasyonu olan olgular, bu bölgede mutasyon taşımayan olgulara göre 11 kat daha fazla malign potansiyel riski taşımaktadır (OR: 11).Tüm olgularda ve metastatik olup imatinib kullanan olgularda KİT geni genel mutasyon varlığı ile ekzon 11 mutasyonu varlığı sağkalımı yabanıl tip olmaya oranla belirgin düzeyde uzatmıştır.KİT geninde herhangi bir mutasyonu olanlar, mutasyonu olmayanlara göre 2 kat daha fazla imatinib sağaltımından yararlanmıştır (OR:2). Sonuçlarımız, KİT mutasyonu olan GİST'lerin, imatinib ile adjuvan tedavisi için iyi bir aday olabileceğini düşündürmektedir.GİST'lerde tümör davranışı ile ilişkili moleküler özelliklerin tanımlanması tanı ve sağaltımda yeni biyobelirteçlerin bulunmasında önemlidir. Tümör davranışlarıyla ilişkili yeni moleküler biyobelirteçler, hastalığın daha iyi yönetimini sağlayacak ve yeni sağaltım hedefleri yaratacaktır.Anahtar kelimeler: Gastro İntestinal Stromal Tümörler, KİT gen mutasyonları, DNA Dizileme, Farmakogenomik, Biyobelirteç
Wilms tümöründe mikrosatellit instabilite varlığının ve DNA onarım genlerinden MLH1, PMS2, MSH2, MSH6'nın doku ekspresyon düzeylerindeki değişikliklerin araştırılması
Amaç: Lynch sendromuyla ilişkili kolorektal kanserlerin patogenezindeki rolü ayrıntılı olarak bilinen mikrosatellit instabilite (MSİ) ve yanlış eşleşme tamir (YET) genlerinin Wilms tümöründeki (WT) etkisi kapsamlı olarak araştırılmamıştır. Çalışmamızın amacı MSİ ve YET proteinlerinin WT'ündeki prognostik önemini belirlemektir.Yöntem: Nefroblastomlu 45 olgu çalışma kapsamına alındı. YET protein ekspresyonları arşiv bloklarından yapılan kesitlerde immünhistokimyasal yöntemle incelendi. Tüm olguların parafin bloklarından çıkartılan tümör ve normal böbrek dokularından ekstrakte edilen DNA'ların; BAT25, BAT26, NR21, NR24, mono27, penta D ve PentaC belirleyici genlerinde; real time PCR melting analiz ve floresan kapiller elektroforez (FKE) yöntemleriyle mikrosatellit instabilite varlığı irdelendi. Tüm sonuçlar istatistiksel olarak değerlendirildi.Bulgular: Düşük derecede MSİ 6 olguda (%13,3) gözlendi. MSİ ile evre ve sağkalım gibi bazı prognostik faktörler arasında istatistiksel korelasyon saptanmadı. On dokuz tümörde (%42,2) MLH1, PMS2, MSH2 veya MSH6 protein ekspresyonlarından bazılarında kayıp vardı. YET protein defektiyle; tümör boyutu (p=0,021), evre (p=0,017) ve sağkalım (p<0.01) arasında korelasyon gözlendi. Benzer şekilde MSİ ile tümör boyutu araşında ilişki saptandı (p=0,046). Fakat MSİ ve YET proteinleri arasında ilişki yoktu (p=0,198).Sonuç: Bu çalışma; YET gen defektine bağlı MSİ'nin, Wilms tümörlerinin küçük bir kısmının patogenezinde etkisi olabileceğini göstermiştir. Fakat MSİ ile YET proteinlerinin doku ekspresyonları arasında uyum olmaması; YET genlerinin WT gelişiminde farklı bir mekanizma ile etkili olabileceğini düşündürmektedir.
Multipl miyelomda düzenleyici T hücrelerin ve Programlı ölüm-1`in rolü
T düzenleyici hücreler (Treg) immünsüpresyonda ve otoimmün sistemin kontrolünde rol alarak tümör hücrelerine verilen immün yanıtta önemli bir görev üstlenmektedir. CD200 T hücre aracılı immünitede immünsüpresif etkiye sahiptir. Etkinliğinin arttırılması sonucunda tümör hücrelerinin immün sistemden kaçışı ile ilişkilendirildiği düşünülmektedir. Programlı ölüm-1 (PD-1), T hücreleri, B hücreleri, doğal öldürücü hücreler ve dendritik hücreler üzerinde ekprese edilmektedir. İmmün yanıtta inhibitör sinyallere sahiptir. T hücre apoptozunu uyarır. İnhibisyonu tümör progresyonu ile ilişkilidir.Bu çalışmanın amacı otolog kemik iliği transplantasyonu (OKİT) alan ve almayan multipl miyelom (MM) hastalarında CD4+ CD25+ Foxp3+ Treg hücrelerin, CD200 ve PD-1 pozitif hücrelerin seviyelerinin kıyaslanmasıdır.Hücrelerin analizi için yaşları 41 ve 78 arasında değişen 28 multipl miyelom hastasından (10 kadın, 18 erkek) kan örnekleri steril EDTA içeren tüplere alındı. Periferik kan mononükleer hücreleri (PBMC) Biocoll ayırma solusyonu (d 1.077g/ml) ile yoğunluk gradient santrifügasyonu ile izole edilerek hemen akım sitometri analizine tabi tutuldu. Sonuçların Mann Whitney nonparametric test ile Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) (9.05) yazılımı kullanılarak analizi yapıldı. P değerleri <0.05 olanlar istatistiksel olarak anlamlı olacak şekilde değerlendirildi.Bu çalışmada Treg hücre sayımları OKİT alan hastalarda daha yüksek seviyede tespit edilmiştir (p=0.042). Ayrıca iki grup arasında CD200 ve PD-1 ekspresyonlarının belirgin bir istatistiksel anlam ifade etmediği tespit edilmiştir (sırasıyla p=0.711, 0.404 ). OKİT veya Treg hücrelerin seviyeleri CD200 and PD-1 ekspresyonları ile korelasyon göstermemektedir. Treg hücreleri ve PD-1 seviyeleri arasında literatürde yer alan çalışmalara benzer bir negatif korelasyon gözlenmiştir. Sonraki çalışmalarda MM `da Treg hücrelerin kemik iliğine kemoterapötik ajanların varlığında ve yokluğundaki etkileri sorgulanmalıdır.
13q delesyonlu multipl miyelom hastalarında bortezomib etki mekanizmasının araştırılması
Multipl miyelom (MM), malign plazma hücrelerinin klonal proliferasyonu ile karakterize malign hematolojik bir hastalıktır. Multipl miyelomdaki en önemli sorunlardan biri ortalama sağkalımın 3-7 yıl ile sınırlı olmasıdır. Ayrıca, konvansiyonel ve yüksek doz terapilerin sıklıkla uygulanmasına rağmen, tümör hücrelerinin çeşitli tedavilere karşı direnç geliştirmesi etkin tedavi için diğer önemli sorunu oluşturur. Multip miyelomda kazanılmış tedavi direncinin patogenezini açıklayan mekanizmaların anlaşılması için ayrıntılı çalışmalara gereksinim vardır.Yapılan çalışmalarda 13.'cü kromozomda gözlenen anomalilerin kısa yaşam süresi, kötü prognoz ve konvansiyonel kemoterapötiklere yanıt azlığı ile ilişkisi bildirilmiş ve İntersellüler Adezyon Molekülü (ICAM) ve Nükleer Faktör Kappa B (NF-kB) molekülünün MM'da gelişen kazanılmış ilaç direncinde etkin rol oynayabileceğine dair sonuçlar bulunmuştur.Bu çalışmadaki amacımız, multipl miyelom tedavisinde umut vaad eden bir ajan olan bortezomibin, 13q delesyonu, ICAM ekspresyonu ve NF-kB aktifliği ile ilişkisini inceleyebilmektir.Çalışmamızda, tedavisinde bortezomib kullanılmamış 18 multipl miyelom hastasının kemik iliği aspirasyon örneklerinden Ficoll yöntemiyle izole edilen mononükler hücreler kültüre edildi ve bortezomib uygulandı. Kültür öncesi ve sonrası ICAM düzeyleri immunohistokimyasal olarak ve NF-kB seviyeleri ELİZA yöntemi ile incelendi. Ayrıca FISH yöntemi ile 13q delesyon incelemesi yapıldı.Sonuçlarımıza göre, 13q delesyon pozitifliği %44 olarak bulunmuştur. 13q delesyon varlığı ile NF-kB aktifiği karşılaştırıldığında anlamlı bir fark bulunamamışken, 13q delesyonu negatif hastalarda ICAM kültür öncesi değerlerin kültür sonrası değerlere göre yüksek olduğu bulunmuştur. Diğer yandan 13q delesyonu pozitif hastalarda kalsiyum, C- reaktif protein ve kemik iliği plazma hücre yüzdeleri anlamlı bir şekilde yüksek bulunmuştur.Bu çalışma sonucunda elde ettiğimiz veriler, ile 13q delesyon varlığının ilaç direnci gelişiminde ICAM üzerinden ilişkisinin olabileceğini düşündürmektedir. Ayrıca, NF-kB aktifliğinin, ICAM ekspresyonun daha fazla sayıdaki hasta serileri ile ayrıntılı incelenmesi gerektiğini düşündürmüştür.Anahtar kelimeler: Multipl miyelom, 13q delesyonu, ICAM, NF-kB, ilaç direnci
İnvaziv meme kanserinde 34 genin epigenetik incelemesi ve gen ekspresyon analizi
Meme kanserinin tanısal sürecinde, tedavi seçiminde yardımcı olabilmek ve tümörün moleküler olarak tanımlanabilmesini sağlayabilmek amacıyla 64 meme tümör, 51 tümör çevre, meme redüksiyon ameliyatından elde edilen 4 sağlıklı meme dokusunda 6'sı referans toplam 34 genin ekspresyon verileri kantitatif revers transkriptaz PCR ile değerlendirildi. Analiz, taze dokularda gerçekleştirildi. Yine aynı amaçla, aynı örneklerde CDH1 ve P16 genlerinin epigenetik değişimleri metilasyon spesifik PCR ile incelendi. Bunların histolojik ve klinik verilerle ilişkileri araştırıldı.Histolojik tiplere göre CDH1 metilasyon sıklığı: lobüler %32, duktal %10,5 miks tümörde %24 olarak bulundu. P16 metilasyonu evre sıfırda, CDH1 metilasyonu ileri evrelerde anlamlı olarak yüksekti.Histolojik derecenin %90.1'inin BRCA2, P16, P53, P73, CDH1, THBS1, PAX5, STK11, BCL2, CASP8, ESR, RARb, MLH3, evre'nin % 73.6'sının BRCA1, BRCA2, CDH1, P16, P15, P73, CDK6, GSTP1, TIMP3, CDH13, ATM, CASP8, ESR, HER2, MLH3, nükleer derecenin %42,2'sinin BRCA1, BCL2, CASP8, ESR, MSH6, MLH3, invaziv grade'in %52,9'unun P53, CDK6, TIMP3, RASSF1, PAX5, STK11, BCL2, RARb, diferansiasyonun %52.8'inin P53, CDK6, TIMP3, PAX5, STK11, BCL2, CASP8, RARb, lenf nodu tutulumunun %56.9'unun BRCA1, BRCA2, CDH1, P16, P15, CDK6, ATM, ESR, metastazın %55.5'inin CDH1, P73, P53, TIMP3, CDH13, ATM, CASP8, HER2, MSH6 gen ekspresyon değişiklikleri ile açıklanabileceği gösterildi. Ayrıca CDH1 ve TIMP3'ün gen ekspresyon değişiklikleri ile meme kanserinin histolojik tiplerine göre gruplandırılmasında %51.4; ESR, HER2, GSTP1 ve CDH13 gen ekspresyon değişikliklerinin ise meme kanserinin hormon reseptörüne göre (ER+HER2+, ER+HER-, ER-HER+,ER-HER2-) gruplandırılmasında %85.5 başarılı bulundu.Elde edilen verilerin meme kanseri hastalarının daha doğru sınıflandırılmasında ve tedavi karar sürecinde yardımcı olabileceği düşünüldü.
Malign melanomda tümör infiltre edici lenfositlerin (TIL) immunohistolojik karakterizasyonu ve regülatör T hücresi'nin tümör dokusu ve dolaşımda değerlendirilip prognoz ile ilişkisinin saptanması
Malign melanomun diğer solid tümörlerden farklı olarak spesifik bir immün cevap sayesinde spontan regresyonun görülmesi immünoterapistlerin ilgisini bu hastalığa çekmiştir. Günümüzde de immünoterapinin başarıya ulaşan hedeflerinden biri haline gelmiştir. İmmün sistemdeki görevleri incelenen regülatör T hücrelerinin (Treg) melanomdaki rolünün anlaşılması için ayrıntılı çalışmalara gereksinim vardır. Bu araştırmanın temel amacı, malign melanom hastalarında tümör infiltre edici lenfositlerin immünohistolojik karakterizasyonu ve dolaşımdaki Treg hücrelerinin serum S100B ile karşılaştırarak prognozu saptamadaki gücünün araştırılmasıdır. Bunun için hem melanom hastalarında (n=30) hem de sağlıklı kontrollerde (n=24), günümüzde en uygun Treg markeri olan FOXP3 transkripsyon faktörünü kullanarak, Treg'lerin miktar ve fenotip analizi yapıldı. Ayrıca immünhistokimyasal TIL tayini yapıldı.Çalışmamızda serum S100B ve dolaşımdaki CD4+CD25+, CD4+CD25+FOXP3+ ve CD8+CD25+FOXP3+ hücrelerinin hasta grubunda kontrol grubuna göre yüksek olduğu bulundu. Serum S100B ile hastaların periferik kanlarında ölçülen CD4+ hücreleri ve de tümörü infiltre eden B lenfositleri arasında ters yönde korelasyon bulundu. Tümörü infiltre eden T lenfositlerinin tümörün Breslow kalınlığı arttıkça azaldığı gösterildi. Clark seviyesi yükseldikçe de tümörü infiltre eden CD4+ T lenfositlerin azaldığı görüldü.Sonuçlarımıza göre tümör progresyonu, hastalığın klinik seyri ile serum S100B ve dolaşımdaki Treg hücre ölçümü paralellik göstermektedir. Ayrıca, hastalık prognozu ile TIL varlığı arasında ters yönde bir ilişki olduğunu ve tümörü süprese edecek olan lenfositlerin azlığının bu tümörün gelişmesine neden olduğunu söylemek mümkündür.Bu çalışma sonunda elde ettiğimiz veriler, Treg'lerin anti tümör immünitesinde olası bir rolü olduğunu göstermektedir. Gelecekte Treg'ler için spesifik marker ekspresyonunu araştıran, inhibisyon mekanizmalarının aydınlatılmasına yönelik ve antijen özgünlüğünü dikkate alan çalışmalar dizayn edilmesinin yararlı olacağı öngörülmektedir. Bununla beraber, CD4+ T hücrelerini artırma ve Treg hücrelerini kısıtlamaya yönelik yeni kanser aşı programları hem CD8+ T hücreleri hem de antijen spesifik immün cevabı düşünerek değerlendirilmelidir.
Kolorektal kanserlerde RAS/RAF/MAP kinaz yolağının klinikopatolojik özelliklerle ilişkisi
Giriş: KRAS mutasyonu, metastatik kolorektal kanserde setuksimab gibi anti-epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR) terapötik ajanlarında başarısızlığın doğrulanmış bir biyobelirteçtir. Pek çok çalışma NRAS gibi diğer RAS mutasyonlarının anti-EGFR monoklonal tedavilerine dirençle ilişkili olduğunu doğrulamıştır. Ancak, PIK3CA mutasyonlarının bu terapilerin etkinliği üzerindeki etkisi hala tartışmalıdır. Amaç: Bu çalışmanın amacı RAS/RAF/MAPK yolağı ilişkili KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA genlerinde mutasyona sahip kolorektal kanserli hastalarda bu mutasyonlarla klinikopatolojik özelliklerin ilişkisini saptamaktır. Metot: Bu çalışmaya, 2009-2014 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi'nde kolorektal kanser teşhisi konmuş hastalar dahil edilmiştir. Spin kolon tabanlı DNA izolasyon yöntemi ile formalinle sabitlenmiş parafine gömülü bloklardan genomik DNA izole edilmiştir. KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA mutasyon durumları elde edilen örneklerden QIAGEN Pyrosequencing Q24 ve AmoyDx Real-time PCR kullanılarak saptanmıştır. Bulgular: Hastaların %44,7'si 60 yaş ve üzeri ve %34,8'i kadındı. %90,6'sında en az bir metastaz vardı. KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA mutasyon oranı sırasıyla %21.2, %12.5, %4.2 ve %46.9 idi. KRAS'ta en sık görülen mutasyon %32,1 ile G13D idi. KRAS mutasyonu kadınlarda erkeklere göre anlamlı oranda fazlaydı (p=0,02). Primer tümör bölgesi kolon olan vakalarda NRAS mutasyonu rektuma göre anlamlı oranda fazlaydı (p=0,08). Q61K, NRAS kodon 61'de saptanan tek sübstitüsyondu. Saptanan diğer mutasyonlar E545D, E542K, E545K ve H1047L iken PIK3CA-H1047R en sık tekrarlanan mutasyondu. Belirtilenler dışında, gen mutasyonu ile yaş, cinsiyet, tümör farklılaşması, evre ve metastaz yeri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmadı. Sonuç: Sonuç olarak, çalışmamız, Türk toplumunda metastatik kolorektal kanserli hastalarda NRAS ve PIK3CA mutasyonları ile klinik özellikler arasında korelasyonun göstermesi için yapılan ilk retrospektif çalışmadır. KRAS, NRAS ve BRAF yabanıl tip hastalarda PIK3CA mutasyonları gözlenmiştir. Bizim kohortumuzda mutasyonlar ve klinikopatolojik özellikler arasında istatistiksel bir ilişki olmasa da bu belirteçler hastalar için uygun terapilerin seçiminde önemli rol oynamaktadır. Birden fazla gen mutasyon örneğinin bilgisi, hastaların anti-EGFR tedavisinden görecekleri yararların öngörülmesinde yararlı bilgiler verebilecektir. Anahtar Kelimeler: Kolorektal kanser, KRAS, NRAS, BRAF, PIK3CA
In vıtro ortamda, erişkin ve çocuk kanserleri sağaltım modelinde, mikro çevrenin apoptotik yolak üzerine etkileri
Amaç ve Hipotez: Yeni sağaltım stratejilerinin geliştirilmesi ve uygulanan kemoterapistratejilerinin daha etkin kılınması amacıyla yapılan çalışmalarda önemli hedeflerden biri detümör mikro çevresi ve doğal anti tümör sistemlerdir. Tümör hücresi ile mikro çevresiarasında çok sayıda etkileşmenin, tümör hücresinin yaşamında etkin rol aldığınıdüşünülmektedir. Reaktif oksijen ve nitrojen ürünlerini kapsayan mikro çevrenin, farklımetabolitler oluşturarak hücresel süreçlerde farklı yolakları etkileyebileceği bilinmektedir.Sağaltım süreçlerinde, apoptotik yolakta, RNS ve ROS temelli mikro çevre bileşenlerininetkileri, sağaltım stratejilerinin gelişmesini ve kemoterapi sağaltımının daha uygunkompozisyonda kullanılmasını amaçlayan yeni bir çalışma alanıdır. Bu çalışmanın amacı invitro bir kanser sağaltım modeli oluşturarak, reaktif oksijen ve nitrojen temelli bir mikroçevrenin apoptotik yolağı ve sağaltım süreçlerini nasıl etkilediğini göstermektir.Yöntem: SHSY5Y, Kelly HeLa ve HEp-2 hücre hatlarında in vitro sağaltım modelioluşturuldu. ROS ve RNS temelli mikro çevre modellerinin deneysel tasarımında; L-Arg,GSNO, SIN-1, H2O2, baskılayıcı olarak L-NAME, SOD, Ebselen, Aminoguanidine.Bicarbonate, viral enfeksiyon modeli olarak BHV-1 kullanıldı. Hücreler üzerine oluşansitotoksik etkiler MTT ve XTT yöntemleri ile değerlendirildi. Apoptotik hücre ölümü için,Hoechst 33342 / Propidyum iyodid çekirdek boyaması, (in situ TdT-mediated dUTP nick endlabeling technique) TUNEL tekniği, apoptozun erken dönemde saptanması için Annexin Vişaretlemesi uygulandı. Nitrik oksit yanıtları Griess Ayıracı ile total nitrit olarakdeğerlendirildi.Bulgular ve sonuç: Servikal karsinoma hücre hattında mikro çevre değişikliğine yanıtınaraştırıldığı deneylerde, L-Arg (endojen NO donörü), doza bağımlı olarak, apoptotik yolağıuyarmıştır. Ortamda süperoksit bulunduğu durumlarda, NO uyarıldığında, hücresel ölüm1sinerjik olarak artmıştır. Endojen NO uyarımı ile oluşan hücresel ölüm apoptotik ölümken,süperoksit ve NO'in birlikte bulunduğu durumlarda baskın olan ölüm şekli nekrotik ölümolmuştur. Bu sonuçlar, NO'in hücresel ölüm şeklini (ortamda baskın olan radikale bağlıolarak) yönlendirmede temel bir rol oynadığını göstermiştir.BHV-1'de ya normal hücresel mikro çevrede ya da kanser hücresinde ?E? döneminden ?L?dönemine geçiş sırasında sunulan proteinler, staurosporin ile uyarılmış apoptozu bilebaskılamaktadırlar. Tersine normal bir hücresel mikro çevrede (MDBK) BHV-1 ?E? genlerisunulurken apoptoz en fazla uyarılırken, kanser hücrelerinde (HEp-2) ?IE? genleri sunulurkenapoptoz uyarılmıştır. BHV-1 apoptozunun kaspaz-8 yolağı ile yani ?dış membran reseptör?yolağından oluştuğunu göstermiştir.SHSY5Y hücrelerinde; ekzojen NO (GSNO), peroksinitrit (SIN-1) radikalinin baskın olduğumikroçevrede, DOXO, CIS, ETOP sağaltım modellerinde, CARBO+ETOP uygulamasında,peroksinitrit ve süperoksit; CIS+ETOP uygulamasında ekzojen NO ve süperoksit hücreölümünü arttırmışlardır.Kelly hücrelerinde; ekzojen NO (GSNO), peroksinitrit (SIN-1) ve süperoksit ve hidroksilradikalleri (H2O2) radikalinin baskın olduğu mikro çevrede, DOXO, CIS, ETOP sağaltımmodellerinde CARBO peroksinitrit ve süperoksit, CIS+ETOP uygulaması, ekzojen NO ilebirlikte, CARBO+ETOP uygulamasında hem ekzojen NO hem de süperoksit hücre ölümünüarttırmıştır. Sağaltım sürecindeki nöroblastoma hücrelerinde gözlenen apoptotik hücre ölümü,ortamda peroksinitrit bulunduğunda 2. 74 kat; ekzojen NO bulunduğunda 2. 18 kat; ROSbaskın bir ortamda 3. 45 kat artmıştır.Bu sonuçlar, mikro çevrede bulunan serbest radikalin cinsine bağlı olarak sağaltımsüreçlerinin etkilendiğini desteklemektedir.TÜRKÇE ANAHTAR KEL MELERNöroblastoma, tümör mikro çevresi, in vitro sağaltım modeli, ROS, RNS, apoptotik yolak.2
Mesane kanserinde yeni immünoterapi ajanların etkinliği
Bu çalışmada, orta-riskli ve yüksek-riskli kas invaziv olmayan mesane kanseri (KİOMK) hastalarından elde edilen primer mesane kanseri hücre kültürlerinde onkogram olarak immünoterapötik ajanların ex vivo etkinliğini ve klinikopatolojik özelliklerle olası ilişkilerini değerlendirmeyi amaçladık. Çalışmada, 2018-2019 yılları arasında mesane tümörü nedenli transüretral rezeksiyon (TUR-Mt) uygulanan hastalardan taze tümör dokuları ve periferik kan örnekleri alındı. Mononükleer hücreler (MNC) kan örneklerinden izole edildi. Her doku örneğinden primer mesane kanseri hücre kültürleri üretildi. Her bir kültür 5 ilaç uygulama grubuna ayrıldı. Grup-1'de, ilaç verilmeyen primer hücrelere sadece MNC uygulandı. MNC'nin yanı sıra Grup-2 için Mitomisin-C (MMC), Grup-3 için Bacillus Calmette Guérin (BCG), Grup-4 için Nivolumab ve Grup-5 için İpilimumab uygulandı. Canlılık testleri, WST-1 kullanılarak test edildi. Programlanmış Ölüm-1, Ligand-1, Ligand-2 (sırasıyla PD-1, PD-L1 ve PD-L2) ve Sitotoksik T-lenfosit İlişkili Antijen-4 (CTLA-4) ekspresyonları immünohistokimyasal (İHK) olarak araştırıldı. Gruplarda, uygulamalar sonrası canlılık oranları İHK sonuçları ve klinikopatolojik özellikler değerlendirildi ve birbirleriyle karşılaştırıldı. Çalışmada 20 olgu değerlendirildi. Tümöral PD-1 pozitifliğinin, daha kötü patolojik sonuçlarla anlamlı şekilde ilişkili olduğu saptandı. Tüm ilaç gruplarında ilaç uygulamaları sonrası kendi kontrollerine kıyasla daha düşük canlılık oranları gözlendi. PD-L1 pozitif olguların iyi yanıt oranları, MMC (%66'ya karşı %0, p=0,045) ve Nivolumab (%66'ya karşı %0, p=0,045) uygulamaları sonrası PD-L1 negatif olgulara göre anlamlı olarak daha yüksek bulundu. Ayrıca, MMC'den sonra iyi yanıt oranının, yalnızca yüksek riskli ve peritümöral PD-1 pozitif olgularda negatif olgulara kıyasla daha yüksek olduğu gözlendi (%87,5'e karşı %20, p=0,032). Ek olarak, takipte rekürrens gözlenen fakat tedavi almamış 6 hastadan 5'inin hücre kültürlerinde MMC uygulaması sonrası iyi yanıt gösterdiği saptandı (p=0.035). MMC, BCG, Nivolumab ve İpilimumab'ın ex-vivo uygulamalarından elde edilen ilaç yanıtları, yani onkogram sonuçları, kontrolleri ile kıyaslandığında anlamlı düzeyde yüksek bulundu. Orta riskli ve yüksek riskli KİOMK'lu hastalarda İHK ve klinikopatolojik özelliklere göre bazı farklılıklar olmakla birlikte, özellikle PD-L1 pozitif hastalarda Nivolumab yanıt oranının daha iyi olduğu saptanmıştır.
Akciğer kanserli hastalarda KIFC1 proteininin ekspresyon ve metilasyon profillerinin araştırılması
Kansere bağlı ölümlerde ilk sıralarda yer alan akciğer kanseri en sık görülen kanser türüdür. Akciğer kanserinin tanı, tedavi ve takibine yönelik keşfedilen biyomarkerlar ve hedefe yönelik ajanlar olmasına rağmen halen hem ülkemizde hem de dünyada kanser bağlı ölüm nedenlerinin başında yer almaktadır. Bu nedenle akciğer kanserinin moleküler alt yapısını aydınlatmaya yönelik yeni mekanizmaların bilinmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Kinesin aile üyesi (KIFC1)'in normal hücrelerdeki işlevi ve fonksiyonel rolü tartışılmaktayken birçok kanser türünde malign hücrelerin hayatta kalmasında etkili ve kritik bir rol oynadığı bildirilmiştir. KIFC1 proteini kanser hücrelerinde sentrozomların kümelenmesinde ve mikrotübül dinamiğinde kritik rol oynayarak, apoptotik hücre ölümünden kaçmaya yardımcı olan malign hücrelerin hayatta kalması için oldukça önemlidir. Yürütülen çalışmada KIFC1 proteininin akciğer kanserinde invaziv veya non-invaziv biyomarker olarak kullanılıp kullanılmayacağının belirlenmesi amacıyla akciğer kanseri teşhisi alan 39 hastanın tümör dokusu ve tümöre eşlenik normal dokusu ile serum ve lenfositleri ve sağlıklı kontrollere ait lenfosit ve serum örneklerinde ekspresyon ve metilasyonu durumları araştırıldı. qRT-PCR yöntemi kullanılarak doku ve lenfosit numunelerinde KIFC1 gen ekspresyonu karşılaştırıldı. Metilasyon durumunu belirlemek için Metilasyon Spesifik PCR (MSP) yöntemi kullanıldı. Çalışmada ekspresyon düzeyleri artış/azalışı ile metilasyon profilleri ile hastaların klinik ve patolojik özellikleri istatistiksel yöntemler kullanılarak analiz edildi. KIFC1 gen ekspresyonu artan %62,1 (24/37) hastanın %95,8'inde (23/24) unmetilasyon tespit edildi. Hastaların tümör ve eşlenik normal doku örneklerinin ortalama fold&change değerleri karşılaştırıldığında tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre 3,2 kat KIFC1 geninin ekspresyon seviyesinde artma olduğu gözlendi. Hasta serum örnekleri ile sağlıklı serum örneklerinin fold&change değerleri karşılaştırıldığında hasta serumlarında sağlıklı serumlara göre 2,4 kat KIFC1 geninin ekspresyon seviyesinde artış olduğu tespit edildi. Aynı zamanda hastalara ait klinik parametreler ile metilasyon ve eskpresyon sonuçları istatistiksel olarak karşılaştırıldığın da KIFC1 ekspresyonu ile metastaz (p=0,013), tümör evresi (p=0,040) ve tümör grade (p=0,010) arasında istatistiksel olarak anlamlılık tespit edildi. Sonuç olarak, akciğer kanseri tanılı hastalara KIFC1 geninin ekspresyon seviyesindeki artışın sağlıklı popülasyona göre daha fazla olduğu ve bu nedenle KIFC1 geninin ekspresyon ve metilasyon durumlarınn akciğer kanser tarama biyomarkerı olarak kullanılabileceği düşünülmektedir. Ayrıca KIFC1 geninin metilasyon profilinin akciğer kanserinin skuamöz hücreli akciğer kanseri alt tipini tayin etmede potansiyel bir biyomarker olabileceği de değerlendirilebilir. Çalışma sonucu ortaya çıkan sonuçların, daha geniş hasta sayısı ile analiz edilerek devam etmesine ihtiyaç duyulmaktadır.
Mitokondriyal elektron transportunda görev alan NDUFB3 geninin oral premalin lezyonlarda epigenetik biyobelirteç potansiyelinin araştirilmasi
Baş-boyun kanserleri arasında yer alan oral kavite kanserlerinin %90 gibi büyük bir kısmı oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC)'dan oluşmaktadır. Oral kanserler etiyolojik olarak sıkça çevresel özelliklerden etkilenmesi sebebiyle hem genetik hem de epigenetik çalışmaların birlikte incelendiği bir kanser türüdür. Oral kanserlerde gözlenen en yaygın epigenetik modifikasyon DNA'daki 5′-CG-3′ dizisindeki sitozinin 5 pozisyonundaki karbona bir metil grubunun (CH3) kovalent olarak eklenmesi olan DNA metilasyonudur. Demokan ve ark. yapmış olduğu TÜBİTAK-SBAG-114S497 no'lu çalışmada OSCC hastalarında tümör dokusunun eşlenik normal dokuya göre NADH:Ubikinon NADH Dehidrojenaz (NDUFB3) genine ait promoter bölgesinde yer alan CpG adacıklarında hipometillendiği ve ekspresyon seviyelerinde artış gözlenmiştir. Çalışmamızda, 30 OSCC ve 30 OPML hastasına ait eşlenik normal doku, tümör, vücut sıvıları ve 15 sağlıklının normal mukoza ve vücut sıvısı örneklerinde NDUFB3 geninin ekspresyon ve metilasyon seviyelerini inceledik. OSCC ve OPML hasta grupları ile sağlıklı gruplardan elde edilen veriler arasındaki moleküler farklılıklar ve klinik bilgiler karşılaştırılarak NDUFB3 geninin kanserin erken tanısında biyobelirteç olarak potansiyel kullanılabilirliği incelendi. NDUFB3 geninin ekspresyon düzeyini belirlemek için qRT-PCR yöntemi, metilasyon düzeyini belirlemek için qMSP yöntemi kullanıldı. Yapılan deneyler sonucunda; OPML hasta grubunun yaklaşık %23'ünde genin ekspresyon seviyesinde azalma, yaklaşık %36'sında genin ekspresyon seviyesinde artış gözlenirken %40'ında genin ekspresyonunda anlamlı bir değişiklik gözlenmedi. OSCC grubunun yaklaşık %33'ünde eşlenik normal dokuya kıyasla genin ekspresyon seviyesinde artma, %40'ında genin ekspresyon seviyesinde azalma tespit edildi. OSCC ve OPML gruplarının ve sağlıklı grubun tümör, normal doku ve vücut sıvı örneklerinde metilasyona rastlanmamıştır. OSCC ve OPML hasta gruplarının ekspresyon seviyesindeki değişiklikler klinik parametreler ile kıyaslandığında anlamlılık görülmesine rağmen metilasyon varlığı tespit edilememesinden dolayı değişen ekspresyon seviyeleri üzerinde anlamlı bir etkisinin olmadığı tespit edilmiştir. OPML grubunda NDUFB3 geninin hipometilasyonu ve NDUFB3 geninin ekspresyon seviyesinde artma görülmesi spesifik olarak maliniteye yatkın olduğu görüşünü destekler niteliktedir.
Çocukluk çağı sarkomlarında WASF3 geninin ekspresyon, metilasyon ve miRNA profilinin araştırılması
Sarkomlar çocuklarda ve genç erişkinlerde oldukça agresif seyreden, hızlı metastaz yapan malign bir tümördür. Sarkomlarda non-invaziv nitelikte diyagnostik, prognostik biyobelirteçlere gereksinim olmaktadır. WASF3' ün normal hücrelerde invazyonu desteklediği kanser hücre soylarında ise delete olduğu durumda invazyon ve metastazı baskıladığı gösterilmiştir. Çalışma sarkom tanısı almış toplam 25 hasta ve hasta popülasyonuyla yaş, cinsiyet ve etnik köken olarak eşleştirilmiş 22 sağlıklı çocuktan oluşturulan çalışma popülasyonunda yapılmıştır. Ayrıca 4 hastanın tümör dokusu ve 2 hastanın tümöre yakın eşlenik dokusu da çalışmaya dahil edilmiştir.Tedavi öncesi kanı alınan bir hastanın da tümör doku ile birlikte operasyon esnasında, tedavi sırasında ve sonrası periferik kanları çalışmaya dahil edilmiştir.Periferik kan ve doku numunelerine ait RNA örneklerinde WASF3 ekspresyon düzeyi ile miR-218-5p ifade seviyesi gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu(RT-PCR) yöntemi ile analiz edilmiş, DNA ile de metilasyon spesifik PCR tekniği kullanılarak hastaların metile ve unmetile durumları araştırılmıştır. Tedavi almamış sarkomlu pediyatrik hastalar ile sağlıklı kontrol grupları arasında yapılan incelemede, WASF3 ifade düzeyinin hasta gruplarında 3,6 kat azaldığı saptandı.Tümörü ve tedavi sonrası değerleri incelenen hastada ise tümör ve operasyon esnasında alınan periferik kan değerlerinde WASF3 ekspresyonunun yüksek ve birbirine yakın değerlerde olduğu, tedavi sonrasında ise WASF3 gen ekspresyon düzeyinin ise düştüğü saptanmıştır.miR-218-5p ifade düzeyinin sağlıklı kontrollere göre 6,3 kat arttığı ve bu artışın istatistiksel olarak anlamlı olduğu saptanmıştır.Çalışmada incelenen dört farklı tümör dokusunda DNA metilasyon kaybı görülürken, hastalara ve sağlıklı kişilere ait periferik kan örneklerinde metilasyon saptandı.Sonuç olarak miR-218-5p'nin kan ve tümör dokusunda araştırılan ifade düzeyinin, yüksek diyagnostik değere sahip olduğu,sarkomlarda hem terapötik hem de prognostik belirteç olarak kullanılabileceğini düşündürmektedir.
Oral kavitenin malin ve premalin lezyonlarında GBRC5C geninin genetik ve epigenetik profilinin incelenmesi
Oral kanser, gen-çevre etkileşimini gösteren en iyi kanser modellerinden biridir. Oral Skuamöz Hücreli Karsinoma (OSCC), dünyadaki yıllık baş ve boyun kanseri vakalarının %30'unu ve ağız kanserlerinin %95'ini oluşturmaktadır. OSCC'nin etiyolojik faktörleri arasında bulunan sigara/alkol kullanımı, HPV, UV'nin yanı sıra oral premalin lezyonların (OPML) dönüşümü sonucunda meydana gelir. OSCC ve OPML gelişimde genetik ve epigenetik mekanizmalar etkilidir. Tümörün oluşumu e gelişiminde DNA metilasyonu oldukça etkilidir. Prof. Dr. Semra Demokan ve arkadaşlarının TÜBİTAK-114S497 nolu projesinin array sonuçlarına göre metilasyona bağlı ekspresyon seviyesinde azalma gözlenen, GPRC5C geninin metilasyon ve ekspresyon seviyeleri oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC) ve oral premalin lezyon (OPML) hasta grubunda incelendi. Çalışmamızda, yüksek ve düşük malignite dönüşüm riski taşıyan OPML grupları arasında ve OPML ile OSCC arasındaki moleküler farklılıklar sağlıklı kişilerden elde edilecek verileri karşılaştırıarak belirlenmiş ve GPRC5C'nin non-invaziv yöntemlerle tanı, teşhis ve tedavide kullanılabilecek bir biyobelirteç olma potansiyeli incelenmiştir. Çalışmamızda, OSCC ve OPML tanısı almış ve ameliyat edilmiş 30'ar hastanın, tümör, eşlenik normal doku, serum ve tükürüğünde, kontrol grubu olarak 15 adet sağlıklı bireyin normal mukoza, serum ve tükürüğünde DNA ve RNA izolasyonları yapıldı. GPRC5C geninin metilasyon seviyelerini belirlemek için QMSP yöntemi kullanılmış olup ekspresyon düzeyinin belirlenmesinde QRT-PCR yöntemi uygulandı. Metilasyon ve ekspresyon oranları belirlenip, metilasyona bağlı ekspresyon kaybı incelendi. Yapılan deneyler sonucunda OSCC grubunda 30 hastanın 4'ünde (%13,33) GPRC5C geninin promotör bölgesinde metilasyon, 13'ünde (%43,33) GPRC5C geninin ekspresyon seviyesinde azalma ve 10'unda (%33,33) ekspresyon seviyesinde artma gözlemlenirken, 7 (%23,33) hastanın ekspresyon seviyelerinde farklılık gözlemlendi. OPML grubunda 30 hastanın 2'sinde (%6,67) GPRC5C geninin promotör bölgesinde metilasyon, 12'sinde (%40) GPRC5C geninin ekspresyon seviyesinde azalma ve 13'ünde (%43,33) ekspresyon seviyesinde artma gözlemlenirken, 5 (%16,67) hastanın ekspresyon seviyelerinde farklılık gözlemlendi. OSCC ve OPML hasta gruplarında ekspresyon seviyesindeki değişiklikler ile klinik parametreler (differansiyasyon derecesi, LNT, evre, anatomisi, patolojisi) arasında anlamlılıklar görülmesine rağmen, düşük oranlarda gözlemlenen metilasyonun, değişen ekspresyon seviyeleri üzerinde bir etkisinin olmadığı gözlemlendi.
Nazofarenks kanseri tedavisinde adaptif radyoterapi tekniğinin araştırılması
Yoğunluk ayarlı radyoterapi, nazofarenks kanserinde primer tedavidir ve başarısı tedavinin doğru biçimde uygulanabilmesine bağlıdır. Tedavi sürecinde ışınlanacak hedefte meydana gelebilen boyut ve pozisyon değişiklikleri tanımlanan dozun hedefe tam olarak verilememesi, sağlıklı dokuların yeterince korunamaması gibi istenmeyen sonuçlara neden olabilmektedir. Bu durum özellikle nazofarenks kanserindeki gibi hayati organlara yakınlığı bulunan tümörlerin radyoterapisinde büyük önem taşımaktadır. Radyoterapinin uygulandığı bölgedeki değişimleri hesaba katarak planlanan ve uygulanan tedavi arasında oluşabilecek dozimetrik farklılıkları en aza indiren yöntem adaptif radyoterapi(ART) tekniğidir. Bu çalışmada, nazofarenks kanseri için adaptif ve adaptif olmayan radyoterapi tedavilerinde tanımlanan tümör ve sağlıklı dokuların hacim ve doz değişimleri 20 hastada karşılaştırılmış, adaptif radyoterapinin dozimetrik etkileri ve uygulanabilirliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda, hastaların ilk çekilen bilgisayarlı tomografi (BT) görüntüleri üzerine tanımlanan hedef ve sağlıklı dokuların hacimlerindeki ve aldıkları dozlardaki değişimler, 10 hastalık ilk grupta 11. ve 21.fraksiyonlarda çekilen kontrol BT'lerinde, diğer 10 hastalık ikinci grupta ise 17. fraksiyonda çekilen kontrol BT'sinde gözlendi. Tüm hastalar için adaptif ve adaptif olmayan radyoterapi tedavilerinde tanımlanan hedef ve sağlıklı doku hacimlerinin hacim ve doz değişimleri karşılaştırıldı. Kontrol BT'leri üzerine hazırlanan adaptif planlar ile adaptif radyoterapinin dozimetrik etkileri her iki grup için araştırıldı. Gross tümör hacimleri (GTV), ilk grup için 1.,11. ve 21.fraksiyonlarda sırasyıla 9,27±6,10, 8,51±5,70 ve 7,67±5,51 cm3; ikinci grup için 1. ve 17.fraksiyonlarda 22,77±18,42 ve 20,27±17,82 cm3 olarak bulunmuştur. Kontralateral parotis dozları, adaptif planlamayla ilk grupta %9,27, ikinci grupta %5,37 daha düşük bulunmuştur. Çalışmamızda, ART'nin parotis dozlarını düşürmede etkin olduğu, uygulanması için en uygun zamanın tedavinin 17-21. fraksiyonları arasında olduğu, tedavinin hasta bazlı değerlendirilmesi gerektiği sonuçlarına varılmıştır.
Over kanserli hastalar ile sağlıklı kişilerin periferik dolaşımında MİR-3653-3P'nin ekspresyon düzeyinin karşılaştırılarak incelenmesi.
Over kanseri geç evrede tanı alan, erken ve sık nüks eden bir kanser türüdür ve hala etkin bir tedavisi bulunmamaktadır. Bu nedenle hastalıksız geçen zaman (PFS) ve sağkalım bu hastalık grubunda son derece kısadır. Hastalığın erken tanısı ve tedavisinin takibinde etkin olarak kullanılacak hassas ve spesifik biyobelirteçler bulunmamaktadır. Klinikte halihazırda kullanılanlar ise hastalığın erken tanı ve tedavi takibinde, minimal rezidüel hastalığın hassas bir şekilde belirlenmesi açısından son derece yetersizdir. Over kanserinin erken tanı ve tedavisinin geliştirilmesine ilişkin moleküler düzeyde çok sayıda çalışma yapılmaktadır. miRNA ekspresyon çalışmaları bu açıdan kanser hastalığında geniş yer tutmaktadır. Kodlanmayan küçük RNA sınıfında yer alan miRNA'ların deregülasyonunun veya disfonksiyonunun kanser gelişimine katkısı olduğu birçok çalışmayla gösterilmiştir. Bununla birlikte over kanserinde bir dizi miRNA'nın ekspresyonlarının farklılık gösterdiği bilinmektedir. Kanser araştırmalarında bilinen miRNA'ların ekspresyon paternlerinin hasta ve sağlıklı kişiler arasında karşılaştırılarak incelenmesi hastalıklara özgü biyolojik belirteçlerin bulunması açısından son derece önemli olup, over kanserinin patogenezinde bu moleküllerinin rollerinin de belirlenmesi anlamlıdır. Sunulan tez çalışmasında 150 yüksek riskli over kanserli hasta ile 100 sağlıklı kişiden oluşan control grubunda miR-3653-3p'nin ekspresyon profili araştırılmış ve her iki grup birbiri ile karşılaştırılmıştır. Over kanser hastalarının periferik kanında, miR-3653-3p ekspresyon düzeyinin kontrol gruplarından 9,49 kat fazla olduğu saptanmış ve sonuçların istatistiksel açıdan anlamlı (p=0,00) olduğu gösterilmiştir. Bu sonuçlara ilave olarak, miR-3653-3p'nin over kanseri için periferik kanda non-invaziv olmayan bir biyobelirteç olarak kullanılıp kullanılamayacağı, ROC analizi ile değerlendirilmiş ve söz konusu molekülün istatitiksel olarak anlamlı (p=0,000) bir biyobelirteç olduğu belirlenmiştir.
Over kanseri açısından diskordant olan monozigotik ikizlerde tüm genom düzeyinde transkriptomik farklılıkların araştırılması
Over kanseri, jinekolojik kanser türleri arasında malignite ve mortalite oranı yüksek olan ve en sık görülen ikinci kanserdir. Over kanserinin alt tipleri arasında en yaygın ve agresif nitelik taşıyan epitelyal over kanserinde (EOK) geç tanı ve erken aşamada kemoterapiye direncin gelişmesi bu hastalığın tedavisinin önündeki en büyük engeli oluşturmaktadır. Rutin tedavi protokollerinin ileri evre vakalarda etkili olmaması EOK'da, kişiselleştirilmiş tedavilerin önemini vurgulamaktadır. Over kanserinin %15-25'i kalıtsal nitelik taşımaktadır. Son yıllarda özellikle germline ve somatik BRCA1/2 gen mutasyonuna sahip olan over kanserli hastalarda PARP inhibitörlerinin kullanımı gündeme gelmiştir. BRCA1/2 gen mutasyonları sağlıklı bireylerde kanser riskini arttırmakla beraber tek başına kanserin gelişiminde yeterli olmadığı da bilinmektedir. Doğada neredeyse birbiri ile aynı genotipe sahip iki canlı olan monozigotik (MZ) ikizler dahi yaşam boyu farklı fenotipik özellikler geliştirilebilmektedir. MZ ikizlerdeki fenotipik farklılıklara neden olan bu değişiklikler, kanserin gelişiminde ilave mekanizmaların rol oynadığını ve farklı değişikliklere odaklanmamız gerektiğini düşündürmektedir. Bu bağlamda söz konusu tez çalışmasında yeni nesil dizileme teknolojisi kullanarak genom düzeyinde transkripte olan tüm RNA molekülleri over kanseri açısından diskordant olan monozigotik ikizler ile BRCA1 mutasyon taşıyıcısı olan diğer sağlıklı kardeşin periferik kan ve over dokuları karşılaştırılarak incelenmiştir. BRCA1 mutasyonu taşıyan ancak sadece birinin over kanserine yakalandığı tespit edilen yüksek riskli ailede over kanseri gelişiminin altında yatan genetik farklılıklar tüm genomda transkripte olan moleküller incelenerek araştırılmıştır. Over kanserine sahip MZ ikiz, sağlıklı ikizi ve sağlıklı kardeşin over dokuları ve periferik kan örneklerinden elde edilen 6 örneğe ait total RNA'nın, BGI-Seq500 NGS platformunda RNA-Seq dizileme işlemi ile yapılan transkriptomik analizi sonucunda, dokuda ve kanda sağlıklılara göre ekspresyon değişimi gösteren protein kodlayan genler, lncRNA'lar, öncül miRNA'lar ve füzyon transkriptler tespit edilmiştir. Yapılan analizde filtreleme işlemleri ve ekspresyon değişim katsayıları (log2Fc) over kanseri için bilinen tümör markerları olan CA125 ve CA15-3 ekspresyon verilerine göre belirlenmiştir. Bu analize göre, 3 farklı grupta ekspresyon değişimi gösteren 66 protein kodlayan gen, 25 novel lncRNA, 9 miRNA ve 2 füzyon transkriptin ekspresyon seviyelerinde farklılık gözlenmiş olup bu moleküllerin, epitelyal over kanseri ile ilişkili aday moleküller olduğu düşünülmektedir.
Prostat kanserli hastalarda FMNL1 ve PAK1 seviyelerinin belirlenmesi
Prostat kanseri klinik olarak çok heterojen bir hastalıktır. Prostat spesifik antijenin (PSA) kansere spesifik bir belirteç olmaması nedeniyle ve ayrıca ileri evrede görülen yaygın kemik metastazları ve hormon tedavisinden kaynaklanan kemik deformasyonları sebebiyle hem prostat kanserine spesifik olan, hem de erken evrede tanı sağlayacak yeni biyobelirteçlerden faydalanılması gerekmektedir. Çok domainli polipeptidler olan formin protein ailesinin üyesi Formin like-protein 1 (FMNL1), aktin polimerizasyonu, hücre yüzey uzantıları oluşumu, vezikül transportu, hücre-hücre ve matriks-hücre bağlantısı (adezyon) ile hücre göçü süreçlerinde büyük öneme sahiptir. Protein kinaz olan p21 ile aktiflenmiş kinaz (PAK) proteinleri filopodyum ve lamellipodyum oluşumunu destekleyerek hücre iskeleti organizasyonunda rol oynar, aynı zamanda hücre sağkalımı, mitoz ve transkripsiyon gibi diğer hücresel aktiviteleri de düzenler. Çalışmamızda 60 prostat kanserli hasta ile 20 sağlıklı kontrolün plazma ve idrar örneklerinde çalışıldı. FMNL1 ve PAK1 mRNA ve protein ekspresyonlarının incelendiği çalışmada hasta ve kontrollerin FMNL1 mRNA ve protein ekspresyon seviyeleri arasında hem plazma hem idrar örneklerinde istatistiksel bir farklılık bulunamadı (p>0.05). Hasta ve kontrollerin PAK1 mRNA ekspresyon seviyeleri arasında plazma ve idrar örneklerinde istatistiksel bir farklılık bulunmadı (p>0.05). PAK1 protein seviyelerinde de plazma örneklerinde anlamlı fark bulunamazken (p>0.05) idrar örneklerinde hastalarda kontrol grubuna göre düşük bulundu (p=0.00). Hastaların PSA ve diğer klinik özellikleriyle plazma ve idrar FMNL1 ve PAK1 seviyeleri arasında herhangi bir ilişki bulunamadı.
Özofagus kanseri radyoterapisinde 2 farklı optimizasyon algoritmasının doz dağılımına etkisinin incelenmesi
Tedavi Planlama Sistemi'nde (TPS) VMAT tekniği ile hazırlanan planlardan elde edilen doz – volüm histogramları (DVH), optimizasyon sonucu elde edilen planlardan farklı olabilmektedir. Bu farklılığın ortadan kaldırılması amacıyla geliştirilen intermediate doz optimizasyon modülü, özellikle akciğer gibi inhomojen yapılarda daha iyi doz dağılımı sağlamaktadır. Çalışmada intermediate doz optimizasyon modülü kullanımının özellikle akciğerlerin yer alması sebebiyle inhomojenitenin daha yoğun olduğu toraks yerleşimli hastalardaki ve nispeten daha az yoğun olduğu abdomen yerleşimli hastalardaki etkisi iki ayrı hasta grubu için araştırılması amaçlanmıştır. Oluşturulan tedavi planları hedef hacim reçete edilen dozun %95'ini alacak şekilde normalize edilmiştir. Kritik organ dozlarının müsaade edilen doz limitlerinin altında olması sağlanmıştır. Bu tez çalışmasında Eclipse 15.6 TPS'de Analytical Anisotropic Algorithm (AAA) doz hesaplama algoritması ve AAA Intermediate doz optimizasyon modülü ile VMAT tekniği kullanılarak, 10 torasik özofagus ve 10 abdominal özofagus hastası olmak üzere toplam 20 özofagus kanseri tanılı hasta için her iki yöntem ile tedavi planları hazırlanmıştır. 20 hasta için öncelikle AAA doz hesaplama algoritmasıyla ve daha sonra AAA Intermediate doz optimizasyon modülü ile VMAT tekniği kullanılarak hazırlanan planlarda DVH'ler belirlenmiştir. Konformite indeks (CI) değerleri, homojenite indeks (HI) değerleri ve kritik organ dozları karşılaştırılmıştır. Yapılan tez çalışması sonucunda, intermediate doz optimizasyon modülü dahil edilerek oluşturulan tedavi planlarının CI ve HI değerleri için daha iyi sonuçlar verdiği görülmüştür. Özellikle inhomojenitenin akciğerlerin yer alması sebebiyle daha yoğun olduğu torasik özofagus hastalarında intermediate doz optimizasyon modülünün plan kalitesini arttırdığı, CI ve HI değerlerinde daha anlamlı düşüş sağladığı görülmüştür. Kritik organ dozlarında ise az da olsa bir azalma gözlenmiştir.
Küçük hacimli beyin metastazlarında robotik radyocerrahi ve yoğunluk ayarlı volümetrik ark radyoterapi tekniklerinin plan kalitelerinin karşılaştırılması
Beyin metastazları meme, akciğer kanserlerinde başta olmak üzere bir çok tümörlerde görülmektedir. Beyin metastazların ışınlanması, küçük radyasyon alanlarının kullanıldığı tekniklerle yapılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, İstanbul Üniversitesi Onkoloji Enstitüsü'nde tedavi olmuş 10 beyin metastazı hastasının CyberKnife (CK) ve volümetrik ark radyoterapi teknikleri (VMAT) ile hazırlanmış tedavi planlarının birbirine göre zayıf ve güçlü yönlerinin ortaya çıkarılmasıdır. Bu çalışmada, 6 hastada tümör kritik organlardan uzak ve 4 hastada tümör kritik organlara yakın olmak üzere 10 hasta seçilmiştir ve MultiPlan 5.4 Tedavi Planlama Sistemi (TPS) ile Cyberknife ve Eclipse v15.6 TPS ile VMAT planları hazırlanmıştır. Tedavi planları hedef hacim dozları için konformite indeksi (CI), gradyent indeksi (GI), homejenite indeksi (HI) değerleri ile karşılaştırılmıştır. Kritik organ dozları TG101 doz sınırlama kriterlerine göre karşılaştırılılmıştır. Karşılaştırmada kullanılacak parametreler tedavi planı sonucu oluşturulan Doz-Volüm histogramı (DVH)'ndan elde edilmiştir. Elde edilen sonuçların değerlendirmeleri, ortalama değerler üzerinden yapılmıştr. Her iki teknik ile elde edilen planlar karşılaştırıldığında, kritik organdan uzak tümörlerde VMAT planlarında CI ve HI daha iyi iken CK planlarında GI daha iyidir. Kritik organa yakın olan tümörlerde ise teknikler arasında anlamlı bir fark bulunamamıştır. Kritik organ dozları karşılaştırıldığında değerler her iki teknik için benzerdir. Beyin nekrozunda önemli olan V12Gy hacmi kritik organa yakın tümörlerde CK tekniğinde daha az iken, 1 cc beyin dokusunun aldığı doz VMAT tekniğinde daha düşüktür. Kritik organa yakın tümörlerde her iki teknik arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır. Çalışmanın sonucu her iki tekniğin de uygun olduğu, değerlendirme parametrelerine sahip olduğunu, düşük doz alan hacmin CK tekniğinde daha iyi olmakla beraber MU değerlerinin çok yüksek olduğunu göstermiştir.
Meme kanseri radyoterapisinde hibrit teknik kullanılmasının plan kalitesine etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, meme ışınlamalarında radyoterapinin başarısını arttırmak için hibrit planlama teknikleri kullanılarak hem tümöre uygulanan dozu daha homojen hale getirmek, hem de çevredeki sağlıklı dokulara uygulanan dozu en aza indirerek lokal kontrolü arttırmak hedeflenmektedir. Tez çalışmamız radyoretapi tedavisi almış meme kanseri tanılı 10'u sağ ve 10'u sol olmak üzere 20 hastanın BT görüntülerinden yararlanarak retrospektif olarak yapılmıştır. Her hastaya 3DCRT, IMRT, VMAT planları ve bu tekniklerden %50-%50 ağırlıklı kombinasyonlar ile elde edilen 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT ve IMRT+VMAT hibrit planları hazırlanmıştır.Tedavi plan kaliteleri değerlendirilirken Doz Volüm Histogramı (DVH) bilgileri kulllanılmıştır. Karşılaştırma parametreleri, Planlanan Hedef Volüm (PTV), Kritik Organ (OAR) dozları, Homojenite İndeks (HI), Konformite İndeks (CI) ve Monitör Unit (MU) değerleridir. Çalışmamızda, sağ ve sol meme ışınlamalarında en iyi CI değeri VMAT, HI değeri ise IMRT+VMAT hibrit planlarda elde edilmiştir. Akciğer için en düşük V20(%) değerleri IMRT+VMAT hibrit planlarında elde edilirken; V5(%) ve V10(%) değerleri 3DCRT, 3DCRT+IMRT ve 3DCRT+VMAT hibrit planlarında elde edilmiştir. Karşı meme dozları 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT hibrit planlarında en düşük değere sahiptir. Sol meme kalp V30(%) değeri en düşük olan teknik VMAT iken; V5(%) hacmi en düşük 3DCRT, 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT hibrit planlarla elde edilmiştir. Çalışmanın sonucunda; meme ışınlamalarında IMRT+VMAT, 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT hibrit planlarının aynı ve karşı taraf akciğer dozunu, ışınlanan akciğer hacmini, karşı meme dozunu, ışınlanan karşı meme hacmini ve kalp dozunu azaltarak plan kalitesini arttırdığı görülmüştür.
Oral skuamöz hücreli karsinomda GNG7 geninin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin incelenmesi
Çalışmamızda, Demokan ve arkadaşlarının 2013 yılında yayınladıkları Kuzey Amerikalı baş boyun kanserli hastalar ile yaptıkları çalışmalarında bu grubun bir alt grubu olan oral kavite kanserli hastalarda (n=9) tümör süpresör bir gen olan GNG7'nin %88,9 oranında metilasyonuna rastlanmış, söz konusu genin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin daha geniş sayıda oral skuamöz hücreli karsinomlu (OSCC) Türk hasta grubunda incelenmesi amaçlanmıştır. İnvaziv/non-invaziv yöntem geliştirerek OSCC'de tanı/erken teşhiste GNG7'nin biyomarker olarak kullanılabilirliğinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmamızda OSCC tanısı almış 50 hastaya ait ameliyat sonrasında elde edilmiş tümör, eşlenik normal doku örnekleri ve ameliyat öncesi toplanan serum örnekleri ile 10 sağlıklı bireyin normal mukoza ve serum örneklerinden DNA izolasyonu yapılarak GNG7 geninin metilasyon ve ekspresyon seviyeleri incelenip, metilasyona bağımlı/bağımsız ekspresyon analizleri gerçekleştirildi. Metilasyon analizi için QMSP, ekspresyon düzeylerinin analizi için ise QRT-PCR yöntemleri uygulanmıştır. Tümör dokusunda eşlenik normal dokuya oranla hastaların %48'inde (24/50) ekspresyon seviyesinde azalış, %32'sinde (16/50) ekspresyon seviyelerinde artış tespit edilmiştir. Dokuz hastaya (%18) ait tümör dokusunda genin promoter bölgesinde metilasyon gözlenirken, eşlenik normal doku ve serum örneklerinde metilasyona rastlanmadı. Metilasyon saptanan 9 hastanın 7'sinde (%77,8) ekspresyon oranında azalma gözlenirken, 2 hastada ekspresyon artışı bulundu. Tüm hastaların normal doku ve serum örnekleri ile sağlıklıların doku ve serum örneklerinde GNG7metilasyonu tespit edilmedi. Metilasyon gözlenen OSCC hastalarında sağlıklı bireylere oranla 35 kat ekspresyonunda azalma saptandı. Ekspresyon seviyesinde artış ile nüks arasında (p=0,05) ve sigara kullanımına bağlı olarak ekspresyon seviyelerindeki artış ve azalış arasında ileri derecede istatistiksel anlamlılık tespit edilmiştir (p=0,0001).GNG7 geninin OSCC hastalarının alt gruplarında yapılacak daha geniş popülasyon içeren çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. GNG7 geninin, OSCC'nin tanı/erken teşhis ve takibinde biyomarker olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.
Uveal malign melanomlu hastaların periferik dolaşımında miRNA'ların araştırılması
Uveal malign melanom yetişkinlerde göz içerisinde, görme yeteneğini, yaşam kalitesini ciddi anlamda etkileyen bir malignitedir. Kötü prognozlu olan bu tümör erken aşamalarda metastaz yapma eğilimi olması nedeniyle sağkalım süresini kısaltmaktadır. Bu nedenle bu hastalıkta özellikle periferik kanda gerek tedavi protokollerinin geliştirilmesi ve tedavi takibinin yapılmasında gerekse erken tanıda kullanılabilecek belirteçlere gereksinim olduğu görülmektedir. Ayrıca Uveal malign melanoma ile ilişkili literatürde genetik ve epigenetik araştırmalar son derece kısıtlıdır. MikroRNA'lar yaklaşık 22 nükleotid içeren, protein kodlamayan RNA'ların bir üyesidir. miRNA'lar gen anlatımının baskılanması ve hedef mRNA'ların post-transkripsiyonel aktivitelerinin düzenlenmesinde rol oynamaktadırlar. Bu nedenle kanser gelişiminde önemlidirler. miRNA'lar proliferasyon, farklılaşma ve apoptoz yolakları üzerinden hücrelerin malign transformasyonuna katkıda bulunmaktadırlar. Sunulan çalışmada miR-181b, miR-155, miR-454 olmak üzere 3 farklı miRNA'nın ifade düzeyi 72 uveal malign melanom hastası ve 72 sağlıklı kişiye ait serum örneklerinde Real-Time PCR yöntemleri kullanılarak araştırıldı. Çalışmanın sonucunda miRNA gen ifade düzeylerinin hasta gruplarında sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı, istatistiksel açıdan anlamlı (p< 0,05) olduğu görüldü. Her bir miRNA için elde edilen p değerlerinin sırasıyla; miR-181b, p< 0,001; miR-155, p< 0,001 miR-454, p=0,005 olduğu belirlendi. Ayrıca miRNA ifade seviyeleri ile hastaların klinik verileri karşılaştırmalı olarak incelendiğinde; hastaların miR-155 düzeyi ile radyasyon tedavisi arasında bir ilişki olduğu ve bu ilişkinin anlamlı olduğu (p=0,040(p<0,05)), miR-454'ün artan ifade düzeyi ile sırasıyla sigara ve alkol kullanımı arasında bir ilişki olduğu (p=0,009 ve p=0,026 (p<0,05)) saptandı. Elde edilen bulgular, incelenen miRNA'ların kanserli hastalarda onkogenik özellik gösterdiğini ve uveal malign melanoma hastalığının oluşumunu primer ve metastatik evrelerde tetiklediğini düşündürmektedir. miR-181b, miR-155 ve miR-454 uveal melanoma hastalığının diyagnozunda ve prognozunda kullanılmasında potansiyel biyobelirteçler niteliği taşıdığı görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Uveal malign melanoma, miR-181b, miR-155, miR-454, Biyobelirteç Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2019-35336
Pankreas kanserli hastaların periferik kanında EPS8 ve kank1 gen ekspresyonlarının incelenmesi
Pankreas kanseri, erken evrede tanısı mümkün olmayan, etkin tedavisi bulunmayan bir hastalıktır. Tek küratif seçenek cerrahi rezeksiyondur, genel sağkalım kısadır. Pankreas duktal adenokarsinomasının yönetiminde kullanılan FDA onaylı tek biyomarker CA19-9'dur. Rutin uygulamada pankreas kanserinin erken teşhisi için kullanılan herhangi bir tarama testi bulunmamaktadır. Bu nedenle yeni terapötik hedeflerin araştırılması, yararlı prognostik markerların belirlenebilmesi için çalışmalar yapılmalıdır. Yayınlanan in silico çalışmalarda ve literatür taramasında belirlenen EPS8 ve KANK1 gen ekspresyon düzeylerinin pankreas kanserinde son derece önemli olduğu gösterilmiştir. EPS8 geni normal pankreas hücrelerinde eksprese edilmezken pankreas tümörü hücrelerinde ekspresyonu son derece yüksektir. Ayrıca, her iki gen hücre iskeleti sistemiyle ilişkilidir. Kanser gelişiminde ve metastazda hücre iskeleti önemli bir yer tutmaktadır. Bu amaç doğrultusunda tez çalışmasında 68 pankreas kanserli hasta ile 71 sağlıklı kişide EPS8 ve KANK1 genlerinin ekspresyon düzeyi incelenmiş ve erken teşhis için biyomarker olup olamayacakları araştırılmıştır. Katılımcıların periferik kanından elde edilen RNA'dan qPCR yöntemiyle bu genlerin ekspresyonları belirlenmiş ve SPSSv28 ile sonuçlar analiz edilmiştir. Sonuç olarak; pankreas kanserli hastaların periferik kanında EPS8 ekspresyon düzeyinin sağlıklı kontrollere göre 1,62 kat; KANK1 ekspresyon düzeyinin ise 2,88 kat arttığı ve bu artışın istatistiksel olarak anlamlı olduğu (p < 0,05) görülmüştür. Ayrıca periferik kanda EPS8 ekspresyon düzeyi ile hastaların sağkalım durumları arasında anlamlı bir ilişki olduğu saptanmıştır (p = 0,027). KANK1 ekspresyon düzeyi ile ailesinde prostat kanseri görülen pankreas kanseri hastaları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmuştur (p = 0,048). Özetle, EPS8 ve KANK1 genlerinin pankreas kanseri için periferik kanda non-invaziv biyomarker olarak kullanılıp kullanılamayacağını gösteren ROC analizinde her iki genin de istatistiksel olarak anlamlı biyomarkerlar olduğu saptanmıştır.
Lokalize prostat kanserinde stereotaktik vücut radyoterapi tedavi planlarının dozimetrik karşılaştırılması
Amaç: Bu çalışmada; klinik olarak lokalize prostat kanserli hastalara uygulanacak olan radyoterapi tedavisi için hazırlanacak düzleştirici filtreli (FF) ve düzleştirici filtresiz (FFF) ışınlar kullanılarak Volümetrik Modülasyonlu Ark Tedavisi (VMAT) ve Streotaktik Vücut Radyoterapisi (SBRT) tekniğiyle oluşturulan tedavi planlarının doz dağılımlarını karşılaştırmak amaçlanmıştır. Metot: Çalışmaya lokalize prostat kanseri olan 17 orta ve yüksek risk grubundaki hasta dahil edildi. Her hasta için hem tek izosentırlı 2 tam ark FF ışınları ile VMAT planları hem de FFF ışınları ile SBRT planları hazırlandı. Her hasta için hazırlanan planlar 6 MV enerjide 6,7 Gy'lik fraksiyon dozunda 5 fraksiyonda toplam hedef doz 33,5 Gy olacak şekilde planlandı. Tüm planlar için, hedef hacimler ve risk altındaki organlar (OAR) için kümülatif doz hacmi histogramları (DVH'ler) oluşturuldu. Her plan için elde edilen değerler karşılaştırıldı. Çalışma sonunda FF ışınları kullanılarak hazırlanan VMAT tedavi planları ile FFF ışınları ile hazırlanan SBRT planlarının dozimetrik olarak karşılaştırılması yapıldı. Elde edilen CI,HI, PTV'nin aldığı maksimum, minimum ve ortalama doz değerleri ile kritik organların farklı hacimlerine karşı gelen doz değerlerinin karşılaştırılması yapıldı ve raporlandı. Elde edilen verilerden ve literatürdeki benzer çalışmalardan lokalize prostat kanserli hastaların tedavisinde dozimetrik dağılım açısından VMAT-FF ve CK-FFF planlarının SBRT tekniği olarak uygun bir tedavi yöntemi olduğunu gösterildi.
Prostat kanserlerinin hacim modülasyonlu ark terapisinde filtreli ve filtresiz ışınların ve PTV boyutunun tedavi planına etkilerinin karşılaştırılması
Bu çalısmanın iki amacı vardır. Birincisi düzlestirici filtreli (WFF-6X) ve düzlestirici filtresiz (FFF-6X) ışınlarla Hacim ayarlı Ark Terapisi tekniğiyle oluşturulan tedavi planlarını karşılaştırmak. İkinci ise bu iki plan arasında oluşan farkın hedef hacmin boyutuyla olan bağımlılığını gözlemlemektir. Bu çalışmaya, tedavi planları VMAT tekniği ile hazırlanan 20 prostat kanserli hasta dahil edilmiş ve bu hastalar "Grup A" ve "Grup B" olmak üzere onar kişilik iki grupta incelenmiştir. Grup A'ya dahil olan hastaların seminal vezikül ve lenf nodu tutulumu vardır. Grup B hastalarının ise tümörleri prostat bezi ile sınırlıdır. Her hastaya WFF ve FFF ışınlarıyla iki farklı VMAT planı hazırlanmıştır. Bütün VMAT planları, PTV70'in %95'inin verilmek istenilen dozun %95'ini alacağı şekilde normalize edilmiştir. Optimizasyon yaparken hiçbir planda maksimum dozun verilmek istenilen dozun %110'unun üstüne çıkmamasına dikkat edilmiştir. WFF-VMAT ve FFF-VMAT planları arasında sağlıklı karşılaştırma yapmak için her hastanın iki planında da aynı optimizasyon değerleri kullanılmıştır. TP'lerin karşılaştırılmasında DVH kullanılarak hedef hacim ve kritik organ dozlarına, hedef hacimler için hesaplanan CI ve HI değerlerine ve her plan için toplam MU değerlerine bakılmıştır. Her iki teknikle hazırlanan tedavi planlarında hedef hacimler için dozimetrik olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). VMAT-FFF(Grup B) planlarında rektumun D17'si %0,4 oranında, Dmean'i %0,5 oranında düşük iken sağ femurun Dmean'i %2.3 oranında yüksek doz almıştır (p<0,05). Bunlar dışında kritik organlarda istatistiksel olarak anlamlı bir dozimetrik fark yoktur. Gözle görülür en büyük fark MU değerlerinde olmuştur. VMAT-FFF planlarında MU değerleri Grup A için %20.3, Grup B için %11 oranında fazla çıkmıştır.
miR142-3p'nin ekspresyon düzeyinin over kanserli hastaların periferik dolaşımında araştırılması
Kadınlarda en sık görülen kanserler meme, tiroid, kolorektal, uterus korpus, akciğer ve over kanseri şeklinde sıralanmaktadır. Over kanseri, dünya genelinde yılda 150.000'den fazla ölüme sebep olmaktadır. Bu kanserin, geç evrede kendini göstermesi ve kötü prognoz ile karakterize olan bir hastalık olması vakaların büyük çoğunluğunun ölümle sonuçlanmasına neden olmaktadır. Over kanserinin tanı ve tedavisinde hedef, ölüm sayısının azaltılması ve yaşam kalitesinin artırılmasıdır. mikroRNA'lar hedef genler üzerinde süpresör etki gösteren, 19-24 nükleotit uzunluğunda kodlanmayan RNA'lardır. miRNA'lar, kanser dahil birçok hastalığın patolojisinde rol almaktadır. miRNA'ların tanıda biyobelirteç adayı olması ve tedavide miRNA'yı taklit eden moleküllerin inhibitörler olarak kullanılması onların yeni terapötik hedef ve ajan olarak kullanılabilecek moleküller olduğunu göstermektedir. Grubumuzda daha önceden miRNA ile ilgili yapılan öncül araştırmada over kanserinin tanısı ve takibinde kullanılacak 99 aday miRNA varlığı saptanmıştır. Sunulan tez çalışmasında bu miRNA'lar arasından miR-142-3p'nin ekspresyon düzeyi daha büyük bir over kanser hasta grubu ile kontrol grubunda karşılaştırmalı olarak incelendi. 147 hasta ve 100 sağlıklı kontrol grubunu kapsayan çalışmada miR-142-3p ekspresyon düzeyi Real-Time PCR yöntemi kullanılarak belirlendi. Over kanserli hasta ve sağlıklı kontroller grubunun periferik kan lenfositlerinde saptanan miR-142-3p'nin ekspresyon düzeyleri arasındaki farklılıklar istatistiksel olarak değerlendirildi. Over kanser hastalarında miR-142-3p ekspresyon düzeyinin sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı saptandı ve bu farkın istatistiksel olarak anlamlı olduğu görüldü (p=0,00). Bu sonuçlar, over kanser hastalarının periferik kanında sağlıklı kontrollere göre anlamlı derecede yüksek bulunan miR-142-3p'nin over kanserinin erken tanısında hassas, non-invaziv bir biyobelirteç olabileceği düşündürmekle beraber overin benign hastalıklarında da ilgili molekülün araştırılması ve değerlendirilmesi için ileri araştırmalara gereksinim duyulmaktadır.
Kodlanan DNA üzerinde kritik noktada var olan SNP'lerin MRNA kırpılması üzerindeki etkisinin araştırılması
Kanser hastalarında yapılan genetik araştırmalar sonucunda DNA üzerinde gözlemlenen bazı mutasyonların, hücredeki tüm mekanizmalarda anahtar rol oynayan proteinler üzerine nasıl etki ettiği bilinmemektedir. Mutasyonların hücresel fonksiyonları nasıl etkilediğini araştıran çalışmalar sonucunda elde edilen bilgileri toplayan online erişimli bilgi bankaları sayesinde hakkında çalışma yapılmış mutasyonları tanıma ve etkilerini tahmin etme şansımız bulunmaktadır. Etkileri henüz araştırılmamış olan varyantların yol açtığı sonuçları tahmin edebilmek için biyoinformatik analiz programları ile in-siliko değerlendirmeler yapılmaktadır ve bu araçlardan elde edilen sonuçlar, mutasyonların klinik önemlerini belirlemede önem taşımaktadır. Biyoinformatik bilimcilerinin ürettiği bilgisayar programları kullanılarak gerçekleştirilen in siliko analizlere ait çıktılar ancak RNA kırpılma analizleri ile doğrulandıktan sonra kesinleştirilebileceğinden, etkileri henüz tanımlanmamış mutasyonlar ile ilgili araştırmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Çalışmamızda, kanser üzerinde etkili genlerde tespit edilmiş ve RNA üzerindeki etkileri bilinmeyen varyantların mRNA'yı nasıl değiştirdiğini ortaya koymak amacı ile 14 varyant incelenmiş ve bunlardan 8 tanesinin RNA üzerine etkisinin olmadığı, 2 tanesinin şüpheli olduğu ve 4 tanesinin (BRCA1 c.5152+5G>A, BRCA1 c.4358-3A>G, APC c.532-1G>A, CHEK2 c.921+2T>A) patojenik olduğu tespit edilmiştir.
Epitelyal over kanserinde MIR-451A ifade düzeyinin araştırılması
Epitelyal over kanseri, yumurta hücrelerin kontrolsüz bölünmesi ve çoğalması sonucunda oluşur. Epitelyal over kanseri (EOC), son 30 yılda yapılan teşhis ve tedavilerdeki kazanımlara rağmen, dünya genelinde kadınlar arasında kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedenlerinden biri olmaya devam etmektedir. Over kanserinde sınırlı tarama yöntemleri ve gecikmiş tanı sebebi ile, hastaların çoğunluğu tanı sırasında ileri evre hastalıkla kliniğe başvurmaktadır ve bu hastalarda 5 yıllık sağkalım oranı ~% 20'lerde seyretmektedir. Yumurtalık kanserinin kötü prognozu temel olarak kemoterapi direncinin ortaya çıkması, tümör metastazı veya hastalığın yeniden nüks etmesinden kaynaklanmaktadır. Bu nedenle, tedavilerin daha fazla kişiselleştirilmesinde, tedavi seçimi, takibi ve erken tanıda prognostik belirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Son yapılan çalışmalar ve bunlardan edinilen bilgiler, yumurtalık kanserinin gelişiminde, çeşitli miRNA'ların etkili olduğunu göstermektedir. Bu nedenle miRNA'ların gerek tanı ve gerekse tedavide biyobelirteç olarak kullanılabilecekleri düşünülmektedir. 150 over kanserli hasta ve 100 sağlıklı kontrolden oluşan çalışma grubunda miR-451a gen ekspresyonu araştırıldı ve iki grup arasında karşılaştırıldı. Bu iki grup arasında ekspresyon düzeyinin 12.5 kat arttığı ve istatistiksel açıdan anlamlı (p<0,05) olduğu görüldü. miR-451a ekspresyon düzeyi ile metastaz varlığı (p=0,948), evreleme (p=0,499), tümör çapı (p=0,716), tanı yaşı (p=0,081), oral kontraseptif kullanımı (p=0,429), menopoz durumu (p=0,923), ailede görülen toplam kanser sayısı (p=0,473), infertilite (p=0,627), hamilelik (p=0,699) olmak üzere farklı parametreler arasında her hangi bir istatistiksel anlamlılık görülmezken (p>0,05), ailede var olan over kanseri ve meme kanser vaka sayıları ile miR-451a ekspresyonu arasında istatistiksel anlamlılık saptandı (p=0,018). Bundan başka yapılan ROC analizine göre miR-451a molekülünün yumurtalık kanseri için biyolojik belirteç niteliği taşıdığı belirlendi.
Yüksek riskli over kanser hastalarında MİR-27A-3P düzeyinin araştırılması
Kadınların çoğunda yumurtalık kanseri tanısı, erken evrede asemptomatik olması ve yeterli erken teşhis tarama yöntemlerinin bulunmaması sebebiyle ileri evrede koyulmaktadır. Yumurtalık kanserinin erken tanısı, tedavisi ve takibi için hastalığın moleküler patogenezinin açıklanması gerekmektedir. Bu sayede yeni biyolojik belirteçlere gereksinim duyulmaktadır. MikroRNA'lar, posttranskripsiyonel seviyede gen ekspresyonunu düzenleyen küçük kodlayıcı olmayan 18-25 nükleotid uzunluğunda bir RNA molekülü sınıfıdır. Onkogenezde hücre çoğalmasını, hücre farklılaşmasını ve onkogen veya tümör baskılayıcı olarak apoptozu düzenleyerek çok önemli bir işlevi olduğu gösterilmiştir. Yumurtalık tümörü oluşumunda çok sayıda miRNA'nın ilişkili olduğu gösterilmiş ve bu miRNA genlerinin bazılarının tanı, prognoz ve tedavi için ideal hedefler olabileceği gösterilmiştir. Sunulan tez çalışmasında grubumuz tarafından daha önce yumurtalık kanseri açısından önemli olduğu saptanan miRNA'lar arasından seçilen miR-27a-3p'nin ekspresyon düzeyi, yumurtalık kanserli hastalar ile sağlıklı kişilerin periferik kanında araştırıldı. RT-PCR tekniği kullanılarak yapılan ekpresyon analizleri SPSS v21.0 programı kullanılarak istatiksel olarak değerlendirildi. Mann-WhitneyU testi ve ROC analizi sonucunda sağlıklı kontroller ile yumurtalık kanserli hasta grupları arasında çalışılmış olan miRNA'nın belirgin bir farka sebep olduğu saptandı. Yumurtalık kanserli hastalarda kontrol grubuna göre miR-27a-3p ekspresyonunun 1,95 kat arttığı gösterildi ve bu artışın istatistiksel açıdan anlamlı (p<0,05) olduğu hesaplandı. Literatürde, miR-27a-3p'nin yumurtalık kanseri dahil birçok kansere ait tümör dokusunda aşırı eksprese edildiği bildirilmiş olmakla beraber miR-27a-3p seviyesinin yumurtalık kanserli vakaların periferik dolaşımdaki düzeyine ilişkin bir bilgi bulunmamaktadır. Sunulan tez çalışmamız ile ilk kez yumurtalık kanserli vakaların periferik dolaşımda sağlıklı kotrollere göre miR-27a-3p ekspresyon seviyesinin artmış olduğu, söz konusu molekülün biyolojik belirteç olma potansiyeli olduğu belirlenmiştir. Gelecekte yapılacak çalışmalarla miR-27a-3p ekspresyon düzeyinin hastalığın tanısı ve tedavisinin izlenmesinde kullanması ile prognostik öneminin de gösterilebileceği düşünülmektedir.
BRCA1 mutant olan ve olmayan meme kanser hücre hatlarında wısp-1 geninin ekspresyonunun araştırılması
Meme kanseri, kadınlarda en sık görülen malign hastalıktır.Meme kanserinde çeşitli genomik farklılıkların özellikle gen ekspresyon düzeylerinin kötü prognoz ile ilişkili olduğu bilinmektedir. Meme tümörigenezinde önemli rol alan BRCA1 geninin mutasyonu ve buna bağlı WISP-1 geninin aktivasyonu, TP53 geni aracılı apoptozu engellemektedir. Ayrıca WISP-1 genini negatif düzenleyen TGFβ1'in, meme kanserinde terapötik bir hedef olabileceğini düşündürmektedir. CCN protein ailesinden olan WISP-1 (CCN4) geni, genellikle farklı kanserlerde yüksek oranda eksprese edilen bir molekül olup kanserde progresyon, uzak metastaz ve kötü prognoz ile ilişkilidir. Bu etki söz konusu genin onkogen gibi davrandığını göstermektedir, ancak bu genin aynı zamanda bazı doku tiplerinde tümör baskılayıcı gibi davrandığı da bildirilmektedir. Tez çalışmasında çeşitli gen mutasyonları taşıyan farklı meme kanser hücre soylarında MDA-MB-231, MDA-MB-453, MCF-7 ve MDA-MB-436, WISP-1 gen ekspresyon düzeyi değişimi TGFβ1 uygulamasına bağlı olarak gerçek zamanlı kantitatif PZR ile değerlendirildi. MDA-MB-231, MDA-MB-453, ve MCF-7 hücre hatlarında, WISP-1 geninde görülen ekspresyon artışına bağlı olarak kanser oluşumunda onkogen gibi davrandığı gösterildi. MDA-MB-436 hücre soyunda ise WISP-1 ekspresyonu yok denecek kadar azdır yani onkogenik özellik taşımamaktadır. TGFβ1 uygulaması ile ER-pozitif MCF-7 hücre hattında, WISP-1 ekspresyonu 6 kat artmıştır. MCF-7 hücre hattında TGFβ1'in, hücre proliferasyonunu arttırdığı görülmüştür. MDA-MB-453, CDH1 mutant hücre hattında TP53 yolağının düzenli çalışmasına bağlı olarak TGFβ1 uygulaması sonrası WISP-1 geninde meydana gelen azalış TGFβ1'in terapötik bir hedef olabileceğini göstermektedir. WISP-1 geni, meme kanseri hücre hatlarında gen mutasyonlarına bağlı olarak biyolojik belirteç niteliği taşıyabilirken, TGFβ1'de terapötik bir hedef olabileceği gösterilmiştir, ancak daha detaylı ve klinik düzeyde çalışmalara ihtiyaç vardır.
Oral kavitenin malin ve premalin lezyonlarında tubulin folding cofactor d (TBCD) geninin genetik ve epigenetik profilinin incelenmesi
Oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC), oral kavite kanserlerinin en sık görülen türüdür. Yüksek morbidite ve mortalite oranları sebebiyle, OSCC gelişiminin altında yatan epigenetik/genetik mekanizmaları çözmek için moleküler çalışmalara ihtiyaç vardır. Oral premalin lezyonlar (OPML) ise farklı oranlarda malin transformasyon riski olan neoplastik oluşumlardır. Demokan ve arkadaşlarının yaptığı TÜBİTAK-SBAG-114S497 no'lu çalışmada ekspresyon/metilasyon array verilerine göre OPML hastalarında Tubulin Folding Cofactor D (TBCD) geninin metilasyona bağlı ekspresyon seviyesinde azalma gözlenmiştir. Çalışmamızda (IU-BAP-TYL-2019-35409) OSCC ve OPML'de TBCD geninin promoter bölgesindeki metilasyona bağlı ekpresyon seviyeleri arasındaki ilişki daha geniş hasta grubunda araştırılarak, TBCD geninin rolü araştırılmış ve kanserin erken tanısı için invaziv veya non-invaziv biyobelirteç olarak kullanılabilirliği test edilmiştir. Çalışmamızda 30 OSCC ve 30 OPML tanılı hastalara ait tümör-eşlenik normal doku ve vücut sıvıları (serum ve tükürük) ile kontrol grubu olarak 15 adet sağlıklı bireyin normal mukoza ve vücut sıvısı örneklerinde TBCD geninin metilasyon ve ekspresyon seviyeleri belirlenmiş ve metilasyona bağlı ekspresyon kaybı incelenmiştir. OSCC hastalarının %66,6'sında (20/30) tümör dokusunda eşlenik normal dokuya kıyasla ekspresyon seviyesinde azalma ve %20'sinde (6/30) ekspresyon seviyesinde artma gözlenirken, 4 hastanın ekspresyon seviyesinde değişiklik gözlenmemiştir. OPML alt gruplarında LP tanılı hastaların %30,8'inde (4/13), OL tanılı hastaların %42,8'inde (3/7) ve OLD tanılı hastaların %50'sinde (5/10) ekspresyon seviyesinde azalma meydana gelmiştir. Genin promoter bölgesinde ise OSCC hastalarının %13,3'ünde (4/30) ve OPML hastalarının %10'unda (3/10) metilasyon saptanmıştır. OPML grubunda metilasyon saptanan hastaların %66,7'si (2/3) OLD tanılıdır. OSCC hastalarında metilasyon saptanan 4 hastanın 2'sinde (%50) ekspresyon seviyesinde azalma ve 1'inde ekspresyon seviyesinde artma (%25) gözlenirken; 1 hastada herhangi bir değişim gözlenmemiştir. OPML hastalarında ise metilasyon saptanan 3 hastanın 2'sinde (%66,7) ekspresyon seviyesinde azalma ve 1'inde (%33,3) ekspresyon seviyesinde artma gözlenmiştir. Tümör dokusunda metilasyon gözlenen hastaların eşlenik normal doku, serum ve tükürük örneklerinde ve sağlıklı bireylerde metilasyon varlığı saptanmamıştır. OSCC ve OPML hastalarında ekspresyon seviyesindeki meydana gelen değişiklikler ile çeşitli klinik parametreler (sigara tüketimi, evre, anatomik tutulum, patolojik alt grup) değerlendirildiğinde anlamlılıklar görülmesine rağmen, düşük oranlarda gözlenen metilasyonun, değişen ekspresyon seviyeleri üzerinde bir etkisinin olmadığı gözlenmiştir. Bu sebeple TBCD geninde tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre meydana gelen ekspresyonda azalmanın, OSCC ve OPML'de önemli rol oynayabileceği düşünülmektedir.
Özofagus kanseri radyoterapisinde hasta solunum hareketinin doz dağılımına etkisinin farklı planlama teknikleri ile araştırılması
Özofagus kanseri dünya çapında sık görülen kötü huylu tümör tiplerindendir. Günümüzde tıbbi olarak uygun olan özofagus kanserli hastalar için tam cerrahi rezeksiyon standart tedavi şeklidir. Radyoterapi, özofagus kanserinin multimodalite sistemik tedavisinde kritik bir bileşendir. Torasik yerleşimli özofagus kanseri için nefes hareketinin neden olduğu yer değiştirme ve deformasyon, tedavi doğruluğunu ve hassasiyetini etkileyen kritik faktörlerdendir. Aktif solunum kontrolü uygulamasının, solunumun neden olduğu hareketi azalttığı birçok araştırmada gözlenmiştir. Bu çalışmada Sievert II-III yerleşimli özofagus karsinomunun serbest solunum, derin inspirasyon ve ekspirasyon solunumu olmak üzere 3 faz ile yapılan aktif solunum kontrollü radyoterapisinde 3 boyutlu konformal (3BKRT), yoğunluk ayarlı radyoterapi (YART) ve volümetrik ark tedavi (VMAT) teknikleri kullanılarak tedavi planları oluşturulup, hastaların solunum hareketlerinin doz dağılımına etkisinin araştırılması, hedef hacmin aldığı doz ve kritik organ dozları bakımından birbirlerine karşı üstünlüklerini karşılaştırmak amaçlanmıştır. Tez çalışmamızda kullanılan özofagus kanserli 10 hastanın 3 farklı solunum fazı ile bilgisayarlı tomografi (BT) görüntüleri çekilip, hastanın kritik organları ve hedef volümü (PTV) konturlanmıştır. Her hasta için aynı kriterler kullanılarak tedavi planları hazırlanmış, planlara ait konformite ve homojenite indeksleri (KI-HI) hesaplanıp, PTV ve kririk organların (OAR) aldığı doz değerleri ve tedavi süreleri karşılaştırılmıştır. Çalışmamızın sonunda, özofagus ışınlamalarında kulanılan radyoterapi tekniğinden bağımsız olarak, derin nefes alıp tutma yöntemi ile kritik organ dozlarının azaldığı görülmüştür. Torasik yerleşimli özofagus kanseri tanılı, solunum kontrol sistemleri ile koopere olabilecek hastaların tedavilerinde derin inspirasyon solunum yöntemi güvenilir bir teknik olarak görülebilir. VMAT tekniği yüksek doz konformite-homojenitesi sağlaması, kritik organları daha iyi koruması ve düşük tedavi süreleri ile özofagus kanseri ışınlamalarında tercih edilebilir bir radyoterapi tekniğidir.
Over kanserlerinde MİR-1260 mikrorna ailesinin araştırılması
Kadınlarda en sık görülen kanserler arasında meme, tiroid ve kolorektal kanser sayılabilir. Jinekolojik kanserler açısından bakıldığında ülkemizde de en sık görülen jinekolojik kanserler, rahim kanseri, over kanseri ve rahim ağzı kanseridir. Bu verilere göre Türkiye'de her yıl ortalama 3800 kişi rahim kanseri, 2790 kişi over kanseri, 1950 kişi rahim ağzı kanseri ve 400 kişinin de diğer genital kanserlerine yakalandığı bildirilmektedir. Amerika Birleşik Devletleri'nde ise yılda ortalama 14.270 kişinin jinekolojik kanserlere yakalandığı bildirilmektedir. Over kanseri tedavisi genellikle kemoterapi ve cerrahiden oluşmaktadır. Genellikle önce cerrahi tedaviyi takiben kemoterapi uygulanmaktadır. Klinikte etkili bir over kanseri tedavisi için öncelikle over kanserinin moleküler patogenezinin açıklanması ve tedavinin takibini kolaylaştıran yeni moleküler biyomarkerler gereklidir. miRNA'ların birçok kanser türü için biyolojik marker olabileceği bildirilmektedir. Over kanserinde miRNA'ların etkinliğine ilişkin grubumuzun yaptığı öncül bir araştırmada over kanserinin etiyolojisinde 99 aday miRNA'nın önemli olduğu belirlenmiştir. Bu tez çalışması kapsamında, bu miRNA'lar arasından miR-1260 mikroRNA ailesine ait 2 miRNA'nın ailesel ve sporadik over kanser hastalarından oluşan daha geniş bir hasta grubunda validasyonlarının yapılması planlanmıştır. Çalışmada 150 ailesel ve sporadik over kanser hastası ile hasta grubu ile yaş, cinsiyet ve etnik olarak eşleştirilmiş 100 sağlıklı kontrol grubunda miR-1260 mikroRNA ailesine ait 2 miRNA'nın ekspresyon düzeyleri incelendi ve over kanseri için biyomarker özelliği taşıyıp taşımadığı araştırıldı. Çalışmada over kanserli hastalara ait ekspresyon sonuçları sağlıklı kontroller ile karşılaştırılarak değerlendirildi. Over kanserli hastalarda miR-1260a ve miR-1260b ekspresyon düzeylerinin kontrol grubuna göre yüksek oranlarda artmış olduğu saptandı. Over kanseri hastalarında miR-1260a ekspresyon düzeyinin sağlıklı kontrol grubuna göre yaklaşık 17 kat arttığı, miR-1260b ekspresyon düzeyinin ise sağlıklı kontrol grubuna göre yaklaşık 33 kat arttığı saptanmıştır. Hem over hem de diğer tip kanserler için de tanı alan hastalarda da kontrol grubuna göre miR-1260a ve miR-1260b ekspresyon düzeylerinin yüksek oranlarda arttığı görülmüştür. Sonuç olarak öncül çalışmasında da over kanseri ile ilişkili ekspresyon artışı saptanan miR-1260a ve miR-1260b mikroRNA'larının bu çalışma sonucunda ekspresyonlarının yüksek olduğu gözlenmiş ve validasyonları sağlanmıştır. 150 hastadan oluşan over kanser grubunda ve 100 hastadan oluşan sağlıklı kontrollerde valide edilen miR-1260a ve miR-1260b miRNA'larının, epitelyal over kanserinin (EOK) tanısında kullanılabilecek girişimsel olmayan yeni biyolojik markerlar olabileceği düşünülmektedir. Ayrıca bu moleküllerin etkileştiği gen ve yolaklar üzerindeki moleküllerin ise gelecekte terapötik birer hedef olarak çalışılması gerektiği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Ailesel ve Sporadik Over kanseri, miRNA ifadesi, biyomarker, Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No:31188
Ailesel ve sporadik over kanserli hastalarda miR423-5p ve miR664b-5p'nin araştırılması
MikroRNA'lar(miRNA'lar),yaklaşık 22 nükleotid uzunluğunda,endojen, kodlamayan,tek sarmallı RNA molekülleridir.Over kanseri,klinik ve moleküler düzeyde farklı biyolojik davranışları içeren heterojen bir hastalıktır.miRNA'lar overde ekspresyona uğrayarak üremenin düzenlenmesinde,over kanserinin erken teşhisi,prognozu ve kemoterapi duyarlılığında rol oynamaktadır.Çalışmada,önceki çalışmalarımızda over kanseri etiyoloji açısından önemli olduğu saptanan miRNA'lar arasından seçilen,miR-423-5p ile miR-664b-5p adlı 2 miRNA'nın ekspresyon düzeyi ailesel ve sporadik over kanserli hastalar ve sağlıklı kişilerin periferik kanında araştırıldı.RT-PCR tekniği kullanılarak yapılan ekpresyon analizleri SPSS v21.0 programı kullanılarak istatiksel olarak değerlendirildi.Sonuçlara göre;sağlıklı kontroller ile over kanserli hasta grupları arasında her 2 miRNA için de istatistiksel açıdan anlamlı bir fark olduğu saptandı(p=0,000).Over kanserli hastalarda kontrol grubuna göre miR-423-5p ekspresyonunun 2,35 kat,miR-664b-5p'nin ise 2,47 kat arttığı görüldü.Literatürde,over kanseri hariç birçok kanser türünde ve farklı hastalık aşamalarında aşırı eksprese edildiği bildirilmiş miR-423-5p'nin tez çalışmamız ile ilk kez over kanser vakalarına ait periferik dolaşımdaki lenfositlerde artmış olduğu gösterilmiştir.Genelde,over kanserli hasta grubunda miR-664b-5p'nin ifade düzeyinin yükseldiği ancak over kanserli vakalar arasında BRCA mutasyon taşıyıcılarının %60'ında azalmış olduğu saptanmıştır.Her 2 miRNA molekülünün ekspresyonunun over kanser alt grupları arasında over kanseri ile beraber endometriyum kanserini 2.primer olarak taşıyan hastalarda azalması,buna karşılık over kanserine ek olarak meme ve endometriyum hariç,farklı bir ikincil kanser tanısı almış hastalarda da en yüksek düzeyde görülmesi bu 2 molekülün üzerinde ileri araştırılmalar yapılması gerektiğini düşündürmektedir.Her 2 miRNA molekülün ekspresyon artışının over kanseri ile ilişkili olduğu,azalışının da endometriyum kanseri için bir özellik olabileceği düşünülmektedir.Özetle,bu çalışmadaki miRNA moleküllerinin over kanseri için non-invaziv biyolojik belirteç olma potansiyeli olduğu anlaşılmış olup,bu moleküllerin gelecekteki çalışmalarda tümör dokusu üzerinde ve tedavi süresince değişimlerinin gösterilmesi yararlı olacaktır.
Meme tümörlerinin radyoterapisinde iki farklı optimizasyon algoritmasının doz dağılımlarına etkisinin incelenmesi
İnsan vücudu farklı yoğunluklara sahip organlardan oluşmaktadır. Tedavi planlama sistemleri, akciğer gibi farklı yoğunluktaki organların doz dağılımlarını doğru hesaplayabilmek için sürekli geliştirilmekte olan doz hesaplama algoritmalarını kullanmaktadır. Bir doz hesaplama algoritması olan Analytical Anisotropic Algorithm (AAA) içine inhomojen yapılarda doku düzeltmesi yapabilen Intermediate doz hesaplama modülü eklenmiştir. Bu çalışmada, 20 sol meme kanserli hastanın IMRT ile hazırlanan radyoterapi planlarında intermediate modülünün doz dağılımına olan katkısının araştırılması amaçlanmıştır. Tedavi hacimleri 434,7 cm3 ile 1595,2 cm3 arasında değişmekte olan 20 sol meme kanserli hastanın tedavi planları IMRT tekniği ile hazırlanmıştır. Planlar hazırlanırken, Eclipse 8.9.0 TPS ve Eclipse 15.6.03 TPS'ndeki AAA ve AAA Intermediate doz hesaplama algoritmaları kullanılmıştır. PTV'nin %95'inin verilmek istenen dozu alması için normalizasyon yapılmış ve doz volüm histogramları (DVH) oluşturulmuştur. Her hasta için intermediate doz modülü kullanılarak ve kullanılmadan hazırlanan tedavi planları, planlara ait DVH'ler kullanılarak, hedef volüm için homojenite indeks (HI), konformite indeks (CI), riskli organlar olan kalp, medulla ve akciğerin aldığı dozlar bakımından karşılaştırılmıştır. Yapılan çalışmanın sonunda; Intermediate doz hesaplama algoritması ile hazırlanan planlarda bazı kritik organlar daha düşük dozlar almış, CI ve HI değerleri yapılan diğer planlamalara göre daha iyi sonuçlar vermiştir. Intermediate doz hesaplama modülü kullanıldığında, tedavi planı kalitesinin arttığı görülmektedir.
Oral skuamöz hücreli karsinomda Glycophorin C (GYPC) geninin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin incelenmesi.
Oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC), alkol ve tütün kullanımı, coğrafi bölge, kötü ağız hijyeni gibi faktörlerin insidans ve mortalite oranlarını etkilediği oral kavite karsinomunun en sık görülen türüdür. Prof. Dr. Semra Demokan ve arkadaşlarının tamamladığı TÜBİTAK-SBAG-114S497 nolu projesinde OSCC hastalarına ait tümör ve eşlenik normal dokularda tespit edilen ekspresyon ve metilasyon array sonuçlarının biyoinformatik analizine göre Glycophorin C (GYPC) geninin CpG adacıklarının metillenmiş olduğu ve bu duruma bağlı olarak ekspresyon düzeylerinde azalma olduğu tespit edilmiştir. GYPC geni, eritrositler tarafından taşınan ve membrana entegre olabilen GPC ile GPD proteinlerini kodlayarak, kırmızı kan hücrelerinde zar stabilitesini sağlar. Kanser gelişiminde DNA hipermetilasyonu gen ifadesini baskılaması sonucu karsinogenezde önemli bir rol oynamaktadır. Çalışmamızda GYPC genindeki metilasyon durumunun OSCC'de erken tanı ve prognozda kullanılabilecek bir biyobelirteç olabilme potansiyeli araştırıldı. OSCC tanısı konulan 50 hasta ve 10 sağlıklı bireyin doku ve serum örneklerinin metilasyon ve ekspresyon durumunu incelemek için sırasıyla QMSP ve QRT-PCR yöntemi kullanıldı. Elde edilen bulgular ile klinik parametreler karşılaştırılarak istatistik analizi değerlendirildi. "GYPC geninde, hastaların tümör dokusunun %48'inde (24/50) metilasyon gözlenirken; %50' inde (25/50) tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre ekspresyon seviyesinde azalma gözlendi. Tümör dokusunda metilasyon gözlenen 24 hastanın %52'sinde (13/25) metilasyona bağlı ekspresyon seviyesinde azalış gözlendi. GYPC geninin ekspresyon azalışı ile metastaz (p=0,006), tümör dokusunda metilasyon gözlenen hastalar ile lenf nodu tutulumu (p=0,011) ve metastaz (p=0,044) arasında istatistiksel anlamlılık bulunmuştur. Buna ek olarak metilasyona bağlı ekspresyon azalışı durumu ile sigara (p=0,019), alkol tüketimi (p=0,031) ve metastaz (p=0,019) arasında istatistiksel anlamlılık gözlenmiştir. Anahtar Kelimeler: metilasyon, gen ekspresyonu, epigenetik biyobelirteç, oral skuamöz hücreli karsinom, GYPC geni Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TYL-2018-32628
Erken evre glottik larenks radyoterapisinde yoğunluk ayarlı radyoterapi ile robotik kollu radyocerrahi tekniğinin dozimetrik karşılaştırılması
Bu çalışmanın amacı, daha önceden standart doz/fraksiyon şemaları ile tedavi edilmiş 15 EGL vakasının, Yoğunluk Ayarlı Ark Radyoterapi (YAAT) ve Robotik kollu stereotaktik vücut radyoterapisi (RK-SBRT) teknikleri ile hipofraksiyon şemaları kullanılarak yeniden yapılan tedavi planlarının konformite indeks (CI), homojenite indeks (HI), monitor unit (MU) değerleri ve kritik organların aldığı dozlar bakımından istatistiksel olarak karşılaştırılmasıdır. Daha önceden standart doz/fraksiyon şemaları kullanılarak tedavi edilmiş 15 hastanın, tedavi planlaması için gereken 3 boyutlu görüntüleri İ.Ü Onkoloji Enstitüsü arşivinden elde edilmiş olup yeniden planlama için tedavi planlama sistemlerine yüklenmiştir. Fraksiyon başına 4.5 Gy tanımlanmış olup toplamda 10 fraksiyon tedavi dozu planlanmıştır. Tedavi dozunun, PTV hacminin en az %95'ni sarması amaçlanmıştır. Seçili bir lenf nodu ışınlaması yapılmamıştır. PT tedavi hacimlerinin maksimum doz (Dmak), minimum doz (Dmin) değerlerinin yanı sıra ortalama doz (Dort) karşılaştırmaları yapılmıştır. PTV hacmi değerlendirilmesinde, YAAT tekniğinin, RK-SBRT tekniğine göre istatiksel olarak anlamlı daha uygun Dmak, Dort doz değerleri ve HI değerleri elde edilmiştir(p<0,05). Teknikler arasında CI değerlerinin incelenmesinde istatiksel olarak anlamlı bir farklılık görülmemiştir(p>0,05). RK-SBRT tekniği ile YAAT tekniğine göre istatiksel olarak anlamlı daha düşük spinal kord Dmak değerleri elde edilmiştir(p<0,05). YAAT tekniği ile istatiksel olarak anlamlı daha düşük karotis arteri Dort ve Dmak değerleri elde edilirken (p<0,05), tiroid bezi Dort değerlerinde de RK-SBRT tekniğine göre istaitksel olarak anlamlı daha düşük değerler elde edilmiştir (p<0,05). RK-SBRT tekniği ile YAAT tekniğine göre istatiksel olarak anlamlı daha yüksek MU değerleri elde edilmiştir. Radyoterapi teknikleri ve radyobiyolojideki gelişmeler sayesinde, günlük yüksek tedavi dozlarının düşük fraksiyonda verilmesine olanak sağlamaktadır. EGL kanserinin tedavisinde SBRT tekniklerinin karşılaştırıldığı bu çalışma da YAAT tekniği ile RK-SBRT tekniğine göre spinal kord Dmak değerleri dışında, tedavi hacimi doz değerlendirmesi, tiroid bezi, karotis arteri ve MU değerleri bakımından daha uygun bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: YAAT, RK-SBRT, Erken Evre Glottik Larenks
Akciğer kanserlerinde solunum hareketlerinin iç hedef hacmine etkisinin araştırılması
Çalışmada, akciğer kanseri SBRT tedavilerinde, 4B-BT ile üretilen 10 solunum fazında GTV konturlamanın getirdiği iş yükünü azaltmak için alternatif hedef tanımlama stratejilerinin kullanılabilirliği araştırıldı. 1 cm ve 4 cm çapında tümörler içeren ve ±1,5 cm genlikle hareket eden silindirik mini bir fantom CIRS akciğer fantomuna yerleştirildi. Fantomun 4B-BT'si çekildi. 10 fazda konturlanan GTV'lerin birleşimiyle altın standart ITV (iç hedef hacim) üretildi. 2faz (%0, %50); 4faz (%0, %20, %50, %70); maksimum yoğunluk projeksiyon (MIP)-BT ve ortalama yoğunluk projeksiyon (AIP)-BT görüntülerinde alternatif ITV'ler oluşturuldu. 5 mm marjla PTV'ler oluşturuldu. Alternatif hedef hacimlerin uygunluk numaraları (CN) hesaplandı. Alternatif hacimlerle optimize edilen SBRT planların film ile ölçülen doz dağılımları, altın standart hacimle optimize edilen planın film ile ölçülen doz dağılımıyla karşılaştırıldı. Akciğer kanserli 15 hastanın 4B-BT görüntüleri kullanılarak, fantomda uygulanan ITV tanımlama yöntemleriyle ITV'ler ve PTV'ler oluşturuldu. Alternatif hedef hacimlerin CN değerleri hesaplandı. Fantomda 1 cm ve 4 cm çapında tümörlerin 2faz, 4faz, MIP, AIP görüntülerinde oluşturulan PTV'lerin CN değerleri sırasıyla 0,813; 0,971; 0,846; 0,817 ve 0,936; 0,953; 0,946; 0,901'dir. %3-3 mm kriterine göre gamma geçme oranı; küçük tümörün 4faz optimizeli planında %90'nın üzerindeyken, büyük tümörün dört alternatif hacim optimizeli planların her birinde %90'nın üzerindedir. Klinik çalışmada; hareket büyüklüğü >1 cm ve <1 cm olan tümörlerin 2faz, 4faz, MIP, AIP görüntülerinde oluşturulan PTV'lerin CN değerleri sırasıyla; 0,842±0,054; 0,920±0,028; 0,798±0,076; 0,730±0,088 ve 0,931±0,025; 0,959±0,011; 0,827±0,043; 0,816±0,059 olarak bulundu. Fantom ve klinik çalışmaya göre altın standarda en uyumlu alternatifin 4faz olduğu tespit edildi.
Over kanserli hastalarda miR-16-5p, miR-17-5p, miR-638 'in ifade düzeylerinin araştırılması
Over kanseri, kadınlar arasında ölümcül jinekolojik malignitelerden biridir. Over kanserli kadınların % 70'inden fazlası ileri evrelerde tanı alır ve bu vakaların çoğu tedavi edilemez. Hastaların çoğu primer kemoterapiye iyi yanıt vermesine rağmen, tümörler tedaviye dirençli hale gelmektedir. MikroRNA'lar (miRNA'lar) hedef mRNA'larının translasyonal inhibisyonu ve degradasyonu yoluyla posttranskripsiyonel seviyede gen ekspresyonunu düzenleyen 19-25 nükleotid uzunluğunda, protein kodlamayan küçük RNA'lardır. Birçok miRNA'nın onkogenler, tümör baskılayıcılar ve hatta kanser kök hücreleri ve metastaz modülatörleri olarak görev yaptığı belirlenmiştir. Çalışmamızda daha önce ekibimiz tarafından yapılan mikroarray araştırmasından elde edilen bulgulara göre miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 genlerinin over kanseri ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Söz konusu miRNA'ların validasyonlarının yapılması ve yüksek riskli over kanserli hastaların erken tanısında ve hastalığın prognozunda kullanılabilecek birer biyobelirteç olup olmadıklarının belirlenmesi için 142 over kanserli hasta ile 97 sağlıklı kontrole ait periferik kan örneklerinde miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 genlerinin ekspresyon düzeylerinin araştırılması amaçlandı. miRNA ekspresyon analizi periferik kan lenfositlerden RNA izolasyonunu takiben incelenen miRNA'lara özgü cDNA sentezi ve Real-Time PCR yöntemleri kullanılarak gerçekleştirildi. Çalışmanın sonucunda miRNA gen ifade düzeylerinin hasta gruplarında sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı ve istatistiksel açıdan anlamlı (p< 0,05) olduğu görüldü. Her bir miRNA için elde edilen p değerleri; miR-16-5p, p< 0,001; miR-17-5p, p< 0,001 miR-638, p=0,005 şeklindedir. Ayrıca miRNA ekspresyon seviyelerini hastaların klinik verileri ile karşılaştırdığımızda; hastaların sigara içme durumu ile miR-17-5p'nin artan ifade düzeyi arasında anlamlı bir fark saptandı (p=0,007). Ayrıca miR-638'in artan ekspresyon düzeyi ile lokal ileri hastalığı olan abdominal metastazlı hastalar arasında anlamlı bir fark bulundu (p=0.03). Elde edilen bulgular, incelenen miRNA'ların kanserli hastalarda onkogenik özellik gösterdiğini ve bu yolla lokal ileri evre hastalığı tetiklediğini düşündürmektedir. miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 moleküllerinin over kanserini saptamak ve prognozunu göstermek açısından potansiyel biyobelirteçler olma olasılıklarının yüksek olduğu düşünülmektedir.
Mikro yapraklı kolimatör sistemlerinin düzleştirici filtreli ve filtresiz 10 MV foton demetleri için monte carlo metoduyla incelenmesi
Bu çalışmada, EGSnrc Monte Carlo programı kullanılarak HDMLC sistemine sahip Varian TrueBeam STx lineer hızlandırıcısı modellenmiş ve Varian Eclipse tedavi planlama sisteminde AAA ve AXB algoritmaları kullanılarak hazırlanan tedavi planları simüle edilmiştir. Cihazın modellenmesi sırasında öncelikle MLC içermeyen açık alanlar, sonra MLC'nin jawdan içeride olduğu statik alanlar değerlendirilmiştir. Test için alınan ölçümler Sun Nuclear 3D Scanner su fantomu kullanılarak 100 cm kaynak yüzey mesafesinde (SSD) ölçülmüştür. Tüm PDD ve profil değerlendirmelerinde alan boyutu, penumbra ve QI gibi değerlendirme kriterlerinin yanı sıra %2 DD ve 2 mm DTA kriterleriyle yapılan gama analizleri ölçüt alınmıştır. Bir açıklaması olmadıkça, her ölçümün bu değerler içinde yapılan gama analizinde tam uyum göstermesi amaçlanmıştır. Tedavi planı simülasyonunda, rando fantom görüntüsü üzerinde bir geniş alan serviks ve bir küçük alan sol akciğer 3D konformal planları değerlendirilmiştir. Değerlendirme aşamasında MATLAB ve CERR programlarından faydalanılmıştır. Tedavi planı değerlendirmelerinde yapı bazlı üç boyutlu gama analizleri kullanılmış; ayrıca DVH karşılaştırmalarından yararlanılmıştır. Oluşturulan modelin gerçek ölçümlerle çok yüksek bir uyum gösterdiği ve karşılaştırma verilerinin uyumlu olduğu görülmüştür. Hem serviks hem de akciğer tedavi planlarında EGSnrc modelleriyle AXB algoritması arasında %1 DD ve 1 mm DTA kriterlerinde yüksek, %3 DD ve 3 mm DTA kriterlerinde tam uyum görünmüştür. Ancak, AAA algoritmasının heterojen ortamlarda %1 DD ve 1 mm DTA kriterleri kullanıldığında başarısız olduğu gözlenmiştir. Çalışmamızda, ölçümlerden ve tedavi planlama sistemlerinden tamamen bağımsız ve yüksek doğruluğa sahip bir Monte Carlo hesaplama yöntemi geliştirilmiştir. Bu sistem sayesinde herhangi bir durumu yüksek bir hassasiyetle modellememiz ve doğrulamamız mümkündür.
Yoğunluk ayarlı ve ark radyoterapi uygulanan baş-boyun kanseri tanılı hastalarda hedef ve riskli organlardaki değişimin retrospektif araştırılması
Baş-boyun kanseri radyoterapisi 6-7 hafta sürer. Tedavi sırasında anatomik değişiklikler oluşur. Bu değişiklikler tedavi hacminin düşük doz almasına ve riskli organların yüksek doz almasına neden olabilir. Çalışmanın amacı, radyoterapi görmüş baş-boyun kanserli hastalarının tedavi sırasında çekilen kontrol filmleri kullanılarak tedavi sırasında oluşan anatomik ve dozimetrik değişiklikleri retrospektif olarak araştırmaktır. Çalışmaya IMRT/VMAT ile tedavi edilmiş 10 nazofarinks kanseri hastasına dahil edildi. Tedavi plan için çekilen CT0 ile kontrol amaçlı 15.fraksiyonda çekilen CT15 ve 25.fraksiyonda çekilen CT25 üzerindeki GTV ve parotis hacimleri karşılaştırıldı. CT15 ve CT25 kullanılarak sanal adaptif planlar ve hibrit planlar oluşturuldu. PTV, CTV, ipsilateral parotis, kontralateral parotis hacimlerindeki doz değişimleri ile spinal kord ve beyin sapındaki doz değişimleri araştırıldı. GTV-tm hacmi CT15 ve CT25 görüntülerine göre %22,7 ve %32,2 azalmıştır. GTV-lap ise sırasıyla %31,5 ve %39,4 azalmıştır. İpsilateral parotis sırasıyla %29,5 ve %40,6 azalmıştır. Kontrolateral parotis sırasıyla %25,5 ve %33,5 azalmıştır. Hacimlerindeki azalma istatiksel olarak anlamlıdır. Boyun çap azalması oransal olarak sırasıyla %5,7 ile %7,4'dır, faklar anlamlıdır. CTV hacimlerin %98'nin ve PTV hacimlerinin %95'inin doz değerlerindeki değişim istatiksel olarak anlamlı değildir. İpsilateral parotis D-ortalama dozu adaptif planlarda %13,5 ile %20,2 artarken hibrit planlarda %16,5 ile %22,1 artmıştır. Kontralateral parotis D-ortalama dozu adaptif planlarda %10,9 ile %16,5 artarken hibrit planlarda %14,8 ile %19 artmıştır. D-ortalama artışları istatistiksel olarak anlamlıdır. Spinal kord ve beyin sapının maksimum dozlarındaki değişim anlamı değildir. Boyun çap ile hacimsel değişimler arasında anlamlı ve yüksek korelasyon vardır. Çap azalması xvi ile parotis D-ortalama dozu, spinal kord ve beyin sapının maksimum dozu arasındaki korelasyon anlamlı değildir. Çalışmanın sonucunda, Baş boyun tümörlerinde tedavi boyunca tümör ve kritik organ hacminin değiştiği ve buna bağlı olarak hacimlerin aldığı dozların değiştiği görülmüştür. Bu değişiklerin tedavi sırasında düzeltilmesi tedavinin başarısını arttıracaktır.
Meme kanserinde histon 4 lizin 20 üçlü metillenmesinin (h4K20ME3) öneminin araştırılması
Kadınlarda en sık görülen malign hastalık olan meme kanserinin gelişiminde genetik ve epigenetik değişiklikler birlikte rol oynamaktadır. Histon modifikasyon yolaklarında meydana gelen bozulmalar, birçok kanserde olduğu gibi, meme kanserinin gelişimi ve progresyonuyla da ilişkilidir. Memeli hücrelerinde H4 lizin 20 (H4K20) metillenmesi 3 farklı düzeyde gerçekleşir: tekli (H4K20me1), ikili (H4K20me2) ve üçlü metillenme (H4K20me3). Bunlardan H4K20me3 genomda heterokromatik bölgeler, telomerler, damgalı bölgeler ve tekrarlanan elementlerde yoğunlaşmıştır ve bu bölgelerin transkripsiyonel olarak sessizleştirilmesinde görev alır. H4K20'nin üçlü metillenmesi, SUV420H2 olarak kısaltılan metil transferaz tarafından gerçekleştirilir. Bu enzimin anlatım düzeyinin birçok kanserde değiştiği rapor edilmiştir. Literatürde yer alan çalışmaların bir kısmı H4K20me3 işaretlenmesinin farklı kanserlerde azaldığını bildirirken, bu modifikasyonun insan tümörlerinde arttığını gösteren çalışmalar da bulunmaktadır. Tez çalışmasında, meme kanserli hastaların tümör ve eşlenik normal dokularında SUV420H2 ekspresyonu ve H4K20me3 miktarının incelenmesi amaçlandı. Ayrıca, deneysel olarak SUV420H2 geninin susturulmasının meme kanseri hücrelerinin sağ kalımları üzerine etkisi araştırıldı. SUV420H2 gen ifadesi mRNA düzeyinde yarı nicel olarak belirlendi; H4K20me3 ise dokulardan elde edilen histon proteinlerinde ELİZA-benzeri yaklaşımla ölçüldü. Tez çalışmasının bulguları, SUV420H2'nin tümör dokularında eşlenik normal dokulara göre daha fazla ifade edildiğini göstermektedir. Hastaların hormon reseptör durumu ile SUV420H2 ifade düzeyi arasında dikkat çekici bir ilişki saptandı. H4K20me3 miktarları tümör dokularında, normal dokulara göre anlamlı düzeyde daha yüksek bulundu. Hastalığı daha ileri evresinde bulunan hastaların tümörlerinin daha fazla H4K20me3 düzeyine sahip olma eğiliminde oldukları belirlendi. Meme kanseri hücre soylarında SUV420H2 geninin baskılanması hücre çoğalmasının uyarılması ile sonuçlandı. Çalışmada elde edilen veriler, SUV420H2 ve H4K20me3 düzeylerinin meme kanserinde değişime uğradığını ve SUV420H2'nin hücre çoğalması ile ilişkili olduğunu ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, Epigenetik, Histon metillenmesi, H4K20me3, SUV420H2 Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2017-27336