542
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Gram negatif basillerdeki karbapenemazların kromojenik, MALDI-TOF ve moleküler testlerle saptanması
Karbapenemaz üreten organizmaların erken tespiti, bu organizmaların hastane ortamlarında yayılmasını önlemek için önemlidir. Bu çalışmada hastanemizdeki Enterobacterales ve Pseudomonas izolatlarındaki karbapenemaz tiplerinin dağılımının ve 3 farklı fenotipik testin (Carba NP, MALDİ-TOF ve DKT) bu izolatlarda karbapenemaz tespitindeki duyarlılık ve özgüllüklerinin saptanması amaçlanmıştır. Çalışmamıza Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 10.09.2022-02.08.2024 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen 85 Enterobacterales ve 32 Pseudomonas spp. izolatı dahil edilmiştir. Enterobacterales izolatlarının %30,6'sı (n=26) KPC, %36,5'i (n=31) OXA-48, %10,6'sı (n=9) NDM, %9,4'ü (n=8) NDM+OXA-48, %2,3'ü (n=2) KPC+OXA-48, %1,2'si (n=1) OXA-51 pozitif, %9,4'ü (n=8) negatif bulunmuştur. 32 Pseudomonas spp. izolatının %40,7'si (n=13) VIM, %3,1'i (n=1) NDM, %3,1'i (n=1) VIM+OXA-48 pozitif, %53,1'i (n=17) karbapenemaz negatif bulunmuştur. Hiçbir Enterobacterales ve Pseudomonas spp. izolatında IMP geni bulunamamıştır. Karbapenemaz üreten Enterobacterales üyelerinin %92,2'si (71/77) Carba NP, %85,7'si (66/77) MALDİ-TOF, %63,6'sı DKT (49/77) ile pozitif sonuç vermiştir. KPC, NDM+OXA-48 ve KPC+OXA-48 üreten suşların tamamı 3 testle de pozitif sonuç vermiştir. OXA-48 üreten Enterobacterales üyelerinin %87,1'i (27/31) Carba NP, %71'i (22/31) MALDİ-TOF, %16,1'i (5/31) DKT testi ile pozitif sonuç vermiştir. 3 test de OXA-51 pozitif K. aerogenes ile negatif sonuç vermiştir. Carba NP testi karbapenemaz pozitif Pseudomonas sp. izolatlarının hepsi ile pozitif sonuç vermiştir. DKT testi ise karbapenemaz pozitif Pseudomonas izolatlarının %73,3'ü (11/15) ile pozitif sonuç vermiştir. Pseudomonas spp. izolatlarında MALDİ-TOF yöntemi ile karbapenemaz tespiti yapılmamıştır.
Brucella spp.'ye karşı kullanılan antibiyotiklerin etest kombinasyon metodu ile sinerjik, aditif ve antagonist etkilerinin araştırılması
Özellikle retiküloendotelial sistem hücreleri içinde yerleşerek süregen infeksiyonlara neden olan brusellalar, insanlar için önemli bir morbidite ve bazen de mortalite nedenidir. Klinikte brusellozis tedavisi için genellikle ikili veya üçlü antibiyotik kombinasyonu uygulanmakla birlikte bu kombinasyonların in vitro etkinlikleri hakkında yeterince bilgi mevcut değildir. Bu çalışmada, Brucella spp. türlerine karşı kullanılan antibiyotik kombinasyonlarının in vitro etkinliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza 2010-2012 yılları arasında İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Turgut Özal Tıp Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarında kan kültürlerinden izole edilen 40 Brucella spp. suşu alındı. Bu suşlara karşı doksisiklin, rifampin, ko-trimoksazol, streptomisin ve siprofloksasin olmak üzere toplam 5 farklı antibiyotiğin etkinliği Etest ile çalışıldı. Bu antibiyotiklerden klinik uygulamada en sık kullanılmakta olan doksisiklin-rifampin; rifampin-kotrimoksazol; doksisiklin-streptomisin; siprofloksasin-kotrimoksazol ve siprofloksasin-streptomisin olmak üzere toplam 5 farklı kombinasyonun in vitro aktivitesi Etest kombinasyon yöntemi ile araştırıldı. Elde edilen sonuçlar fraksiyone inibitör konsantrasyon İndeksi (FIC) kullanılarak değerlendirildi ve sinerjistik, aditif ve antagonist etkileri hesaplandı. Çalışmamıza alınan 40 izolata karşı MIK düzeyi en düşük antibiyotik kotrimoksazol (0.016 ?g/ml) olarak bulunurken, MIK düzeyi en yüksek antibiyotik rifampin (1.5 ?g/ml) olarak saptandı. MIK50 ve MIK90 değerleri dikkate alındığında suşlara karşı çalışılan antibiyotiklerden en etkin bulunandan en az etkin olana doğru sıralama şöyle bulundu: Ko-trimoksazol 0.032 ?g/ml ve 0.064 ?g/ml; doksisiklin 0.064 ?g/ml ve 0.094?g/ml; siprofloksasin 0.094 ?g/ml ve 0.75 ?g/ml; streptomisin 0.25 ?g/ml ve 0.50 ?g/ml; ve rifampin 0.50 ?g/ml ve 0.75 ?g/ml. Doksisiklin-rifampin kombinasyonu çalışılan tüm suşlarda (%100) sinerjistik etki gösterirken, rifampin-kotrimoksazol kombinasyonu iki suşta antagonist (%5) etki gösterdi. Siprofloksasin-streptomisin ve rifampin-kotrimoksazol kombinasyonlarının suşlara karşı sinerjistik etki oranları sırasıyla %57.5 ve %52.5 olarak saptandı. Doksisiklin-streptomisin ve siprofloksasin-kotrimoksazol kombinasyonlarının sinerjistik etki oranları ise sırasıyla %32.5 ve %25 olarak saptandı. Çalışmamızda in vitro en etkin antibiyotik olarak kotrimoksazol saptanmışken en yüksek MİK düzeyleri rifampinde görülmüştür. Ancak, kotrimoksazolün diğer antibiyotiklerle olan kombinasyonlarında sinerjistik etkisi düşük olarak saptanmış, aksine, rifampinin doksisiklin kombinasyonu ise tüm suşlara karşı sinerjistik etki göstermiştir. Bu bağlamda brusella türlerine karşı antimikrobiyal duyarlılık testlerinde tekli antibiyotik duyarlılığının yanında kombinasyon aktivitelerinin in vitro saptanması faydalı olabilir.
Acinetobacter baumannii klinik suşlarının fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması
Amaç: Acinetobacter baumannii suşları, dünya üzerinde yaygın görülen nozokomiyal patojenlerdir. Bu çalışmada 2018-2019 yılları arasında Hitit Üniversitesi-Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde çeşitli klinik örneklerden izole edilen A. baumannii izolatlarının fenotipik ve genotipik testlerle virülans faktörlerinin test edilmesi (biyofilm oluşumu, haraket yeteneği, hemoliz oluşturma), direnç genlerinin araştırılması, uluslararası klon analizi yapılması, izolatlar arasındaki klonal yakınlığın belirlenmesi ve plazmid profilinin tanımlanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: 98 A. baumannii izolatının identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılığı Vitek 2 sistemiyle, kolistin antibiyotik duyarlılığı ise sıvı mikrodilüsyon metoduyla belirlendi. Karbapenem direnci ilişkili genler ve biyofilm ilişkili genler tarandı. İzolatlar moleküler yöntemlerle tiplendirildi, uluslararası klonları belirlendi ve alkali lizis yöntemiyle suşların plazmid profilleri çıkarıldı. İzolatların koloni tipi, hemoliz özelliği, motilitesi, biyofilm oluşumu ve metallobetalaktamaz üretimi fenotipik yöntemlerle test edildi. Biyofilm oluşumu seramik yüzey, plastik tüp, vasküler kateter ve foley kateter yüzeylerinde araştırıldı. Biyofilm seviyesi spektrofotometreyle ölçüldü, elektron mikroskobuyla görüntülendi. Bulgular: A. baumannii izolatlarının imipenem-meropenem direnci %87 (85/98), kolistin direnci %8 (8/98) olarak bulunmuştur. İzolatların %42'si çoklu ilaca dirençli, %45'i aşırı ilaç dirençli, %13'ü ise tüm antibiyotiklere duyarlı saptanmıştır. Suşların %83,5 (71/98)'inde metallobetalaktamaz enzimi pozitif bulunmuştur. Karbapenem dirençli izolatların %98,8 (84/85)'inde blaOXA-51, blaOXA-23, ISab1/blaOXA-51, ISAba1/blaOXA-23 genleri pozitif saptanırken, blaOXA-24/40 ve blaOXA-58 genleri saptanmamıştır. Hastane salgın izolatı Genotip D, uluslararası clon II olarak belirlenmiştir. Genel olarak, duyarlı ve dirençli izolatların plazmid profilleri, genotipleri ve klonalitesi arasında benzerlik gözlenmemiştir. İzolatların %88'inde farklı seviyelerde biyofilm oluşumu ölçülmüştür ve çoğunda biyofilm genleri saptanmıştır. Biyofilm oluşumu en güçlü foley kateter yüzeyinde gözlenmiştir. Çalışmada hemolitik aktivite haricinde virülansla direnç arasında ilişki bulunmamıştır. Sonuç: Dirençli A. baumannii suşlarının virülans özelliklerinin ve direnç mekanizmalarının belirlenmesi, suşların epidemiyolojik takibi A. baumannii enfeksiyonlarına karşı korunma ve tedavide fayda sağlayacak, olası komplikasyonları ve mortaliteyi azaltmada etkili olacak, gelecekte yeni tedavi yöntemlerin geliştirilmesine yardımcı olacaktır. Anahtar Kelimeler: A. baumannii, antibiyotik direnci, virülans, REP-PCR, plazmid
Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem direncinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Amaç: Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenemaz varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle test edilmesi, karbapenemaz enzim tiplerinin dağılımının tespit edilmesi ve test yöntemleri arasındaki korelasyonun belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Mart 2021-Mart 2022 tarihleri arasında Hitit Üniversitesi Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen ve karbapenem grubu antibiyotiklerden en az birine dirençli 100 K. pneumoniae suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Bakterilerin tanımlanması ve antibiyogramı VITEK 2 Compact (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ile yapılmıştır. Karbapenemaz direncini belirlemek amacıyla fenotipik yöntem olarak kombinasyon disk testi kullanılmıştır. Genotipik yöntem olarak ise en sık rastlanan karbapenemaz direnç genleri olan blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP ve blaOXA-48'i hedefleyen iki farklı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu uygulanmıştır. Bulgular: Kombinasyon disk testi ile tüm örneklerin karbapenemaz ürettiği saptanmış olup 87 (%87) izolatta OXA-48 benzeri, 13 (%13) izolatta MBL pozitifliği tespit edilmiştir. Polimeraz zincir reaksiyonu ile 91 izolatta pozitiflik saptanmış olup 76 (%76) izolat OXA-48, 13 (%13) izolat NDM, 2 (%2) izolat OXA-48 + NDM olarak sonuçlanmıştır. 9 (%9) örnekte araştırılan direnç genlerine rastlanmamıştır. Hiçbir izolatta KPC, VIM ve IMP gözlenmemiştir. İki test arasındaki uyum %89 olarak saptanmıştır. Kombinasyon disk testinin karbapenemaz varlığını saptama açısından duyarlılığı %100, pozitif prediktif değeri %91 olarak saptanmıştır. Kombinasyon disk testinin sadece OXA-48'e sahip izolatlar için duyarlılığı %100, özgüllüğü %54,1, pozitif prediktif değeri %87,3, negatif prediktif değeri %100 olarak saptanmıştır. Sadece NDM'ye sahip izolatlar için ise tüm değerler %100 olarak saptanmıştır. OXA-48 + NDM'ye sahip iki izolat kombinasyon disk testi ile OXA-48 benzeri olarak yorumlanmıştır. Sonuç: Türkiye'de OXA-48'in endemik olduğu düşünüldüğünde en sık saptanan karbapenemazın OXA-48 olması beklenen bir sonuç olmuştur. Kombinasyon disk testi ucuz maliyeti, uygulama kolaylığı, karbapenemaz direnç mekanizmalarını belirleyebilmesi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile büyük ölçüde uyumlu olması bakımından laboratuvarlarda karbapenemaz direnç genlerinin saptanması için kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: K. pneumoniae, Kombinasyon disk testi, Karbapenemaz, Karbapenem direnci, OXA-48
Karbapeneme dirençli pseudomonas aeruginosa suşlarında seftazidim avibaktam'a karşı in vitro duyarlılık yöntemlerinin karşılaştırılması ve bazı karbapenemaz genlerinin araştırılması
Amaç: Seftazidim avibaktam duyarlılığını güvenilir bir şekilde belirlemek için alternatif yöntemlere ihtiyaç vardır. Bu çalışmada karbapenem dirençli Pseudomonas aeruginosa suşlarında seftazidim avibaktam duyarlılığını değerlendirmek için referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon ile disk difüzyon yöntemlerinin karşılaştırılması ve polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle sık görülen karbapenemaz genlerinin (KPC, IMP, VIM, NDM, OXA-48, GES) araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Mart 2021-Ocak 2023 tarihleri arasında Hitit Üniversitesi Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli 103 P. aeruginosa izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. Seftazidim avibaktam duyarlılığının belirlenmesi için disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılmıştır. Karbapenemaz üretiminin fenotipik tayini, karbapenem inaktivasyon yöntemiyle yapılmıştır. Genotipik tayin için DNA izolasyonu yapıldıktan sonra polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi uygulanmış, çoğaltılan gen bölgeleri agaroz jel elektroforezi sayesinde yürütülmüş ve UV ışık altında görüntülenmiştir. Bulgular: İzolatların %69'u sıvı mikrodilüsyon sonuçlarına göre seftazidim avibaktama duyarlı, %31'i seftazidim avibaktama dirençli bulunmuştur. Disk difüzyon yöntemi uygulanan 98 izolat, sıvı mikrodilüsyon sonuçlarıyla uyumlu sonuç vermiş olup iki izolat teknik belirsizlik alanı içerisinde bulunmuş, üç izolatta uyumsuz sonuç gözlenmiştir. Teknik belirsizlik alanı içinde bulunan izolatlar sıvı mikrodilüsyon ile duyarlı bulunmuştur. İki izolat disk difüzyon ile seftazidim avibaktama dirençli bulunup sıvı mikrodilüsyon ile duyarlı bulunurken, bir izolat disk difüzyon ile seftazidim avibaktama duyarlı bulunup sıvı mikrodilüsyon ile dirençli saptanmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile 2 NDM, 1 VIM ve 8 GES üreten izolat tespit edilmiştir. NDM ve VIM üreten üç izolatta karbapenem inaktivasyon metodu pozitifliği saptanmış, karbapenem inaktivasyon metodu sonucu pozitif olan iki izolatta ise karbapenemaz geni saptanamamıştır.
Türk toplumundaki RhD varyantlarının genotiplendirilerek serolojik tanı ile korelasyonunun araştırılması
Güçlü immün yanıt oluşturma potansiyeli nedeniyle "RhD", en önemli eritrosit antijenlerinden biridir. Bazı RHD mutasyonları "varyant D" fenotiplere neden olur. RhD varyasyonları "Zayıf D" ve "Parsiyel D" olmak üzere iki ana gruba ayrılır. RhD varyasyonlarının, bağışçılarda, hastalarda ve gebelerde doğru tiplendirilmesi önemlidir. Hatalı bir şekilde Rh (-) veya Rh (+) olarak saptanmaları anti-D alloimmünizasyonuna, hemolitik transfüzyon reaksiyonlarına ve gebelerde yenidoğanın hemolitik hastalığına (YDHH) yol açabilir. Bu nedenle hastalar ve gebelerde zayıf D/ parsiyel D ayrımının doğru yapılması son derece önemlidir. Zayıf D ve parsiyel D gibi RhD varyasyonlarının belirlenmesinde, genotiplendirme referans yöntem olarak kabul edilir. Ancak D antijeninin farklı epitoplarına karşı üretilmiş monoklonal anti-D antikorlar kullanılarak, serolojik tiplendirme yapılabileceği öne sürülmektedir. Çalışmamızda öncelikle bölgemizde sık görülen "RhD varyasyonlarını genotiplendirme ile belirlemeyi amaçladık. Ayrıca, rutin kan gruplamada "RhD varyant" olarak belirlenen bu örnekler, poliklonal (human) ve çeşitli monoklonal anti-D antikorlar kullanılarak serolojik yöntemle de tiplendirildi. Serolojik yöntemle elde edilen sonuçlar, etkinlik ve güvenilirlik açısından genotiplendirme ile karşılaştırıldı. Çalışmamızda değerlendirilen varyant D örneklerde "zayıf D" %48,8, parsiyel D ise %51,2 sıklıkta bulunmuştur. En sık görülen varyasyonlar "zayıf D tip 1" ve "zayıf D tip 15" olarak belirlenmiştir. Gerek zayıf D - parsiyel D ayrımı, gerekse RhD varyasyonlarının tiplendirilmesi amacıyla serolojik yöntemle elde edilen sonuçlar, genotiplendirme sonuçları ile karşılaştırıldığında etkin ve güvenilir bulunmamıştır.
Bağırsak biyopsi örneklerinde CMV DNA pozitifliğinin tanısal değerinin retrospektif araştırılması
Sitomegalovirüs (Cytomegalovirus: CMV) primer enfeksiyon sonrasında latent kalarak kök hücre ve solid organ alıcıları, Human immunodeficiency virus (HIV)'le enfekte kişiler, hematolojik malignitesi olanlar ve inflamatuvar bağırsak hastalığı olanlarda sekonder enfeksiyonlara sebep olmaktadır. Hastalık pnömoni, retinit, kolit şeklinde görülebilir. CMV koliti tanısında dokuda CMV'nin gösterilmesi önerilmektedir. Çalışmamızın amacı, CMV koliti şüpheli hastaların bağırsak biyopsilerinde CMV DNA tespitinin tanısal değerini incelemektir. Bursa Uludağ Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Ocak 2019 – Mart 2022 tarihleri arasında CMV koliti şüphesiyle gönderilmiş biyopsi örnekleri retrospektif olarak incelendi. Eş zamanlı olarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemiyle bağırsak dokusunda CMV DNA araştırılan ve Tıbbi Patoloji Laboratuvarı'nda immünohistokimya (İHK) yöntemiyle CMV aranan 96 örnek çalışmaya dahil edildi. İHK incelemesi altın standart kabul edilerek dokuda ve kanda tespit edilen CMV DNA'nın tanıdaki yeri araştırıldı. Örneklerin 81'i ülseratif kolit (ÜK), altısı kök hücre ve solid organ nakli, dördü hematolojik malignite, ikisi Crohn, biri kronik böbrek yetmezliği, biri Behçet, biri diyabetes mellitus tanılı hastalara ait idi. İHK yöntemiyle 10, PZR yöntemiyle ise 61 dokuda, ayrıca CMV DNA araştırılan 43 plazmanın 25'inde pozitiflik saptandı. En büyük grubu oluşturan ÜK hastalarına istatistiksel analizler uygulandı. İHK incelemesine göre plazma CMV DNA'nın duyarlılığı %100, özgüllüğü %48,64, pozitif prediktif değeri (PPD) %24, negatif prediktif değeri (NPD) %100 olarak bulunurken; doku CMV DNA'nın duyarlılığı %100, özgüllüğü %41,9, PPD'si %15,68, NPD'si %90,12 olarak saptandı. ROC analiziyle dokuda 392 kopya/mg, plazmada 578 kopya/ml üzeri değerlerin tanı için yol gösterici olduğu belirlendi. Doku ve kan örneklerinde CMV DNA PZR testinin yüksek duyarlılık ve düşük özgüllükte olduğu görülmüştür. Dokuda CMV DNA kantitasyonu için standardize yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır.
Gaita kalprotektin düzeyinin gastroenteritlerin tanısında kullanımı
Kalprotektin bir kalsiyum bağlayıcı sitoplazmik nötrofil proteinidir ve nötrofilin immünomodülasyonunu ve antibakteriyel etkilerini uyarır. Dışkıda kalprotektin düzeylerinin varlığı inflamasyonun iyi bir göstergesidir. Bakteriyel enterit ve inflamatuar barsak hastalığı gibi bir dizi enflamatuar durumda yükselir. Viral gastroenteritlerde inflamasyon olmadığı klasik anlamda kabul edilmekle birlikte, bu çalışma hassas bir parametreyle viral gastroenteritlerde inflamasyon bulgusunun araştırılması amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Haziran-Kasım 2020 Tarihleri arasında Adenovirus, Rotavirus ve Norovirus tanısı amacıyla gönderilen gaita örnekleri çalışmaya dahil edilmiştir. Dışkı örneklerinde viral etkenleri saptanmasında immünokromatografik yöntem prensibi ile çalışan kaset testler üretici firma önerileri doğrultusunda çalışılmıştır. Rotavirus, Adenovirus testleri (Biomedica Diagnostic, Spain) ve Norovirus testi (Biopharm, Germany) immünokromatografik olarak çalışılmıştır. Güç analizi yapılarak çalışmaya dahil edilmesi gereken minumum örneklem sayısı 73 olarak bulunmuştur. Çalışmaya 73 örnek viral parametrelerinde pozitiflik saptanan (test grubu), 73 örnek de viral parametreleri negatif saptanan örnekler (kontrol grubu) dahil edilmiştir. Örneklerin tümünde kalprotektin düzeyi, test kasetlerindeki reaksiyonun bir okuyucuda okutulması ile kantitatif sonuç alınan immünokromotagrafik Call Fast (Eurospital, Italy) kiti ile çalışılmıştır. Test sonucu <70 µg/gr negatif olarak değerlendirilmiştir. Grup I ve Grup II arasında cinsiyet ve yaş dağılımı istatistik olarak benzer bulunmuştur. Test grubunda 33 örnekte (%45.2) ve kontrol grubunda 12 örnekte (%17.8) kalprotektin pozitif bulunmuştur. Test grubu ve kontrol grubu arasında kalprotektin düzeyinin pozitif ve negatif saptanması arasında istatistiksel anlamlı fark bulunmuştur. Kalprotektin düzeyi, bu çalışmada viral gastroenterit etkeni saptanan hastalarda yüksek bulunmuş olup, viral gastroenteritlerde inflamatuar cevabın irdelenmesine yönelik daha fazla sayıda çalışmanın yapılmasının faydalı olacağı düşünülmektedir.
Ticari olarak satılan paket tavuklarda Salmonella Spp. ve Camyplobacter Spp. varlığının araştırılması
Salmonella ve Campylobacter türleri tüm dünyada en sık rastlanılan önemli gıda kaynaklı patojenler olup, tavuk etiyle insanlara bulaşabilmektedir. Kanatlıların barsak florasında bulunan bu bakteriler hayvanın kesim ve paketlenme işlemi sırasında etin kontamine olmasıyla insana bulaşarak gastroenterit nedeni olmaktadır. Bu çalışma ticari olarak satılan farklı tavuk ürünlerinde bu iki bakteriyel etkenin varlığının araştırılması ve saklama koşullarına bağlı olarak bakteriyel yükün değişiminin moniterize edilmesi amacıyla yapılmıştır. Piyasada satılmakta olan 8 ulusal (Grup I) ve Gaziantep'de satılan 8 yerel markaya (Grup II) ait tüm tavuk ve but örnekleri alınmıştır. Alınan örnekler 2-8 °C'de saklanmıştır. Alınan örneklerden paketlenme tarihleri baz alınarak 1., 8. ve 15. günlerde örnek alınmıştır. Örnekler ön zenginleştirme ve homojenizasyonunun ardından, CHROMagar Campylobacter kromojenik agar besiyeri, xsiloz lysine deoxicholate agar, koyun kanlı agar, eosine metilen blue agara inoküle edilmiştir. Üremiş olan bakterilerin tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve Vitek2 bakteri tanımlama sistemiyle yapılmıştır. Grup I'de 8 farklı markanın 4'ünde (%50), Campylobacter, 2'sinde (%25) Salmonella saptanmıştır. Örnek bazlı bakıldığında 48'örneğin 17'sinde (%35.4) Campylobacter izole edilmiş olup, bunların 9'unun termofilik Campylobacter olduğu saptanmıştır. Örneklerin 3'ünde (%6.3) Salmonella saptanmıştır. Örneklerin tümünde Salmonella dışı enterik bakteri (SDEB) izole edilmiştir. Grup II'de 8 farklı markanın tümünde (%100)Campylobacter, 3'ünde (%37.5) Salmonella saptanmıştır. Örnek bazlı bakıldığında 48'örneğin 22'sinde (%45.8) Campylobacter tespit edilmiştir. Bunlardan 15'inin (%68.9) termofilik Campylobacter grubunda yer aldığı saptanmıştır. Örneklerin 7'sinde (%14.6) Salmonella saptanmıştır. Çalışmaya alınmış olan tüm markalarda Campylobacter ve/veya Salmonella üremesi olmuştur. Salmonella ve Campylobacter saptanması açısından iki grup arasında istatistiksel fark bulunmamıştır. Buzdolabı koşullarında bekletilen örneklerde süre geçtikçe bakteriyel yükün artığı saptanmıştır. Bu patojenlerin tavuk etlerinde eliminesi için, tüm üretim prosedürlerine uyularak çapraz kontaminasyon engellenmesi ve personel hijyenini sağlanmasının bu etkenlerle oluşan enfeksiyonlardan korunma açısından önemli olduğu düşünülmektedir
Bölgemizde varicella zoster virüs seroprevalansının araştırılması
Varicella-zoster virus (VZV), iki ayrı klinik hastalığa neden olan bir herpes virüsüdür. Varicella vaziküler döküntüyle seyreden bir hastalık olup iyileşmenin ardından onlarca yıl latent olarak kalmaktadır. Aktivasyon oluştuğunda zona hastalığı görülmektedir. Bu çalışmada Gaziantep ilindeki Varicella zoster virus (VZV) seroprevalansının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gaziantep ve Kilis illerinde yaşayan Türk ve yabancı uyruklu 96 kişi araştırmaya dahil edilmiş olup bunların 47'si (%48.95) kadın, 49'u (%51.05) ise erkekti. Çalışmaya dahil edilen gönüllülerden 92'si (%95.83) VZV IgG pozitif, 4'ü (%4.17) VZV IgG negatif, 1'i (%1.05) VZV IgM pozitif, 95'i (%98.95) VZV IgM negatifti. VZV IgG pozitifliğinin kadınlarda erkeklere göre daha fazla olduğu ancak gruplar arasındaki farkın istatistiksel açıdan anlamlı olmadığı görüldü. Yaşa göre VZV IgG pozitifliği açısından anlamlı fark bulunmadı. Suçiçeği geçirmiş veya aşılanmış olanların tamamı (n = 69; %100) VZV IgG pozitif, suçiçeği geçirmeyen veya aşısı olmayanların 23'ü (%85.2) pozitifti. VZV IgM açısından değerlendirildiğinde ise Suçiçeği geçirme veya aşılanma durumu olanların tamamı (%100.0) negatif, Suçiçeği geçirme veya aşılanma durumu olmayanların 1'i (%3.7) pozitif, 26'sı (%96.3) negatifti. Suçiçeği geçirmiş veya aşılanmış olanlarda VZV IgG pozitifliği anlamlı şekilde yüksek tespit edildi. Kilis'te ikamet edenlerde (yabancı uyruklu) VZV IgG pozitifliği daha yüksek olsa da Gaziantep'te ikamet edenler (Türk) ile VZV IgG pozitifliği açısından anlamlı fark olmadığı görüldü. Kronik hastalık olup olmama durumuna göre VZV IgG pozitifliği açısından anlamlı fark saptanmadı. Bu çalışmada Gaziantep ilindeki Varicella zoster virus (VZV) seroprevalansının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gaziantep ve Kilis illerinde yaşayan Türk ve yabancı uyruklu 96 kişi araştırmaya dahil edilmiş olup bunların 47'si (%49) kadın, 49'u (%51) ise erkekti. Çalışmaya dahil edilen gönüllülerden 92'si (%95.96) VZV IgG pozitif, 4'ü (%4.2) VZV IgG negatif, 1'i (%1.04) VZV IgM pozitif, 95'i (%98.95) VZV IgM negatifti. VZV IgG pozitifliğinin kadınlarda erkeklere göre daha fazla olduğu ancak gruplar arasındaki farkın istatistiksel açıdan anlamlı olmadığı görüldü. Yaşa göre VZV IgG pozitifliği açısından anlamlı fark bulunmadı. Suçiçeği geçirmiş veya aşılanmış olanların tamamı (n = 69; %100) VZV IgG pozitif, suçiçeği geçirmeyen veya aşısı olmayanların 23'ü (%85.2) pozitifti. VZV IgM açısından değerlendirildiğinde ise Suçiçeği geçirme veya aşılanma durumu olanların tamamı (%100.0) negatif, Suçiçeği geçirme veya aşılanma durumu olmayanların 1'i (%3.7) pozitif, 26'sı (%96.3) negatifti. Suçiçeği geçirmiş veya aşılanmış olanlarda VZV IgG pozitifliği anlamlı şekilde yüksek tespit edildi. Kilis'te ikamet edenlerde (yabancı uyruklu) VZV IgG pozitifliği daha yüksek olsa da Gaziantep'te ikamet edenler (Türk) ile VZV IgG pozitifliği açısından anlamlı fark olmadığı görüldü. Kronik hastalık olup olmama durumuna göre VZV IgG pozitifliği açısından anlamlı fark saptanmadı.
Metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatlarında hVISA oranlarının belirlenmesi için iki farklı yöntemin karşılaştırılması
Vankomisin, metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) enfeksiyonlarının tedavisi için son seçenek antibiyotiktir, ancak son zamanlarda vankomisine karşı direnç ve heterojen direnç bildirimiştir. Vankomisine dirençli S. aures (VRSA) ve vankomisine orta derecede dirençli S. aureus (VISA) dışında, stafilokok enfeksiyonlarının tedavi sürecindeki başarısızlığın önemli nedenlerinden birisi de vankomisine heterojen-orta dirençli S. aureus (hVISA) olduğu düşünülmektedir, ancak hVISA'yı tespit etmek yoğun emek isteyen ve uzmanlık gerektiren bir prosedürdür. Çalışmamızda Sanko Üniversitesi Hastanesinden izole edilmiş MRSA suşlarında hVISA oranlarının belirlenmesi amaçlanmış, Satola'nın geliştirdiği Brain Heart Infusion agar tarama yöntemi ve altın standart kabul edilen popülasyon analizi profili (PAP-AUC) yöntemi karşılaştırılmıştır. Öncelikle tüm bakterilerin sıvı mikro dilüsyon yöntemiyle MİK değerlerine bakılmış, tüm suşlar vankomisine karşı duyarlı bulunmuştur, daha sonra Satola yöntemi uygulanmıştır ve 48. saatteki sonuçlara göre 28 suş (%46.66) hVISA olarak saptanmıştır. hVISA olarak tespit edilen suşlar PAP-AUC yönteminde değerlendirilmiştir. 28 MRSA suşu içerisinde 12 suş hVISA olarak tespit edilmiştir. Satola testinde hVISA oranı %46.66 (28/60) olarak tespit edilmiştir. Bu izolatlara PAP-AUC metodu ile araştırma yapıldığında sadece 12 suş (tüm izolatların %20 'si) hVISAolarak tespit edilmiştir. Çalışmamızda Satola ve PAP-AUC yöntemiyle bölgemizde ilk defa hVISA oranları araştırılmıştır. Satola testi ile PAP-AUC karşılaştırıldığında Satola testinde yalancı pozitiflik oranının yüksek olduğu saptanmıştır.
Gram negatif bakterilerde demir ve demir metabolizmasının antimikrobiyal duyarlılık üzerine etkilerinin araştırılması
Bakteriyel etkenler gerek toplum ve gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda en sık rastlanan mikroorganizmalardır. Özellikle hastane kökenli izolatlarda yaygın antibiyotik kullanım gerekliliği, bakterilerin de kullanılan antibiyotiklere direnç geliştirmesi ile sonuçlanan bilindik bir süreç yaşanmaktadır. Bunun sonucu yeni antibiyotiklerin kullanıma girmesi ve bir süre kullanılması şeklinde olmaktadır. Bu çalışma başka bir bakış açısı ile, gram negatif bakterilerin enerji üretimi, oksijen taşınması ve gen ekspresyonunun regülasyonu gibi birçok önemli fizyolojik fonksiyonu için esansiyel bir element olan demirin antibiyotikler ile kombinasyonunun bakteriler üzerindeki etkinliğinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Çalışmaya Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD. arşivindeki standart bakteri suşları ve 11'er adet E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, A. baumannii ve P. mirabilis klinik izolatı olmak üzere toplam 55 izolat dahil edilmiştir. İzolatların tümüne sefepim, amikasin, meropenem, tigesiklin, seftriakson, kolistin ve levofloksasin için EUCAST standartlarına uygun olarak disk diffüzyon ve mikrodilüsyon testleri çalışıldı. Bu antibiyotiklerin etkinliğinin demir şelatörleri deferasiroks (DFX) ve deforaksamin (DFO) ve ortam demir konsantrasyonu ile ilişkisi disk diffüzyon, dama tahtası sinerji testi ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri kullanırak ayrıca test edildi. Test edilen antibiyotiklerde E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa ve A. baumannii izolatlarında antibiyotik duyarlılık sonuçları ile, antibiyotiklerin demir şelatörleri ve ortam demir konsantrasyonu ile kombinasyonlarında etkinlik değişmesi saptanmadı. P. mirabilis izolatlarında DFO ilavesiyle sefepim, amikasin, meropenem, tigesiklin ve levofloksasin antibiyotiklerinin zon çapları istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde artmış olduğu saptandı. Dama tahtası sinerji testi ile P. mirabilis izolatları için tigesiklin, sefepim, amikasin ve kolistin antibiyotikleri ile DFO arasında sinerjistik etki saptandı. Patojenlerle mücadelede yeni stratejilerin geliştirilmesi gerektiği, bu çalışmada saptanmış olduğu gibi bakterileri demirden mahrum bırakmanın bu yöntemlerden biri olabileceği sonucuna varılmıştır.
7-15 yaş grubu çocuklarda ELİSA yöntemiyle suçiçeği seroprevalansının araştırılması
Suçiçeği iyi huylu bir hastalık olarak nitelendirilse de hastaneye yatış ve hatta ölüme neden olabilen komplikasyonlara yol açabilmektedir. Bu çalışmada 7-15 yaş grubu çocuklarda ELISA yöntemiyle suçiçeği seroprevalansının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi'ne başvuran 7-15 yaş arası çocuklar dahil edildi. Çalışmada toplam 100 çocuktan alınan kan örneği değerlendirildi. Çalışmada Varicella-Zoster ELİSA IgG/IgM (Vircell Microbiologists, İspanya) kiti kullanıldı. Tam otomatik ELISA yöntemiyle ölçümleri hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarında Basic Robotic Immunoassay operator cihazı kullanılarak çalışıldı. Çalışma sonucunda VZV IgG pozitifliği %78 saptanmış olup çocukların %14'ü negatif, %8'i ise ara değer olarak tespit edilmiştir. 7-8 yaş arasındaki çocuklarda VZV IgG pozitifliği %84.6, 9-10 yaş arasında %72.5, 11-12 yaş arasında %82.6, 13-14 yaş arasındaki çocuklarda %81.3, 15 yaşındaki çocuklarda da %75'tir. İstatistiksel analiz sonucunda yaş gruplarına göre VZV IgG sonuçları açısından anlamlı fark olmadığı görüldü. Çalımamızda kızlarda VZV IgG pozitifliği (%86.7) erkeklere göre (%70.9) daha yüksek bulunsa da VZV IgG pozitifliğinin cinsiyete göre anlamlı şekilde farklılaşmadığı görüldü. Çalışmamızda suçiçeği geçiren veya suçiçeği aşısı olanların %90.1'inde VZV IgG pozitifliği saptanmış iken suçiçeği geçirmeyenlerde veya suçiçeği aşısı olmayanlarda bu oran %26.3 idi. Gruplar arasındaki fark anlamlı bulunmuştur. Çalışmadan elde edilen sonuçlar dikkate alındığında 7-15 yaş grubu çocuklarda VZV IgG seroprevalansının yüksek olduğu görülmektedir. Bununla birlikte suçiçeği geçirmemiş veya suçiçeği aşısı olmayanlarda %73.7 gibi oldukça yüksek bir VZV IgG negatifliğinin olması bu çocuklarda erişkin yaşlarda VZV ile karşılaşmanın daha ağır bir hastalığa yol açması ve hatta komplikasyaonlar gelişmesi açısından önemli olacağı düşünülmekte olup az da olmayan bu kesimin aşılanması için uyarılar yapılması gerekmektedir.
Viral gastroenterit nedenlerinden adenovirüs ve rotavirüs prevalansının ELISA ve kart test yöntemiyle araştırılması
Bu çalışmada viral gastroenterit nedenlerinden Adenovirüs ve Rotavirüs prevalansının ELISA ve kaset test yöntemiyle araştırılması amaçlanmıştır. Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Merkez Laboratuvarı Mikrobiyoloji Birimi'ne gastroenterit ön tanısı ile çeşitli poliklinik ve kliniklerden gönderilen hastalardan alınan dışkı örnekleri kullanılmıştır. Araştırmada ELİSA ve Kaset test kullanılmıştır. Kaset test olarak Rapidan Tester marka Adenovirus ve Rotavirus testleri, ELISA testleri olarak da RIDASCREEN® kitleri kullanılmıştır. Çalışmamızda toplam 92 hastadan dışkı örneği alınmış olup bunların 48'i (%52.2) erkek, 44'ü (%47.8) ise kadın hastalara aitti. Araştırmamız kapsamında değerlendirmeye alınan hastaların yaşları 0-81 arasında değişmekte olup ortalama yaş ise 16.52±20.05 yıl olarak hesaplanmıştır. Hastaların 62'si 18 yaş ve altında olup, 18 yaş ve üzeri hastaların oranı %32.6 idi. ELISA testi ile değerlendirilen gaita örneklerinin %4.3'ünde Adenovirus, %34.8'inde ise Rotavirus pozitifliği saptanmıştır. Kaset test sonuçları ELISA testi ile %100 uyumlu bulunmuştur. Çalışmamızda ELISA ve Kaset test sonuçlarına göre kadınların %2.3'ünde, erkeklerin %6.2'sinde Adenovirus, kadınların %31.8'inde, erkeklerin ise %37.5'inde Rotavirus pozitifliği saptanmıştır. Cinsiyete göre Adenovirus ve Rotavirus pozitifliği açısından anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Yaşa göre incelendiğinde Adenovirus pozitifliğinin tüm yaşlarda görülebildiği, anlamlı şekilde farklılaşmadığı saptanmıştır. Çalışmamızda yabancı uyruklularda Adenovirus pozitifliği saptanmamış iken 4 yabancı uyruklu hastanın 2'sinde (%50) ise Rotavirus pozitifliği tespit edildi. Türk hastaların ise %4.6'sında Adenovirus, %34.1'inde ise Rotavirus pozitifliği saptandı. Çalışmamızdan elde edilen sonuçlar dikkate alındığında ELISA yöntemi ile Kaset testinin, Adenovirus ve Rotavirus saptama açısından birbiriyle %100 uyumlu olduğu, bu nedenle kullanım kolaylığı ve fiyatının daha uygun oluşu açısından kaset testin güvenilir bir şekilde kullanılabileceği söylenebilir.
Suriye güvenli bölgesindeki su kaynaklarında legionella araştırması
Atipik pnömoni etkenlerinden Legionella bakterinin neden olduğu toplum kökenli pnömonilerin sayısı konusunda Suriye'nin güvenli bölgesinde yeterli veri bulunmamaktadır. Bu nedenle, bu çalışmada Suriye'nin güvenli bölgesindeki su kaynaklarından su örnekleri toplanarak Legionella yönünden araştırıldı. Çalışma, bu bölgede Legionella türlerinin belirlenmesi amacıyla yapılan ilk çalışma olması açısından önem arz etmektedir. Cerablus ilçesi nüfus sayısı göçmenlerle birlikte yaklaşık 65 bin civarındadır. Cerablus merkezinde 24 cami, 22 kamp, 1 meslek yüksekokul, 1 fırın bulunmaktadır. Ayrıca Cerablus ilçesine bağlı 35 köy ve 22 kamp mevcuttur. Çalışmada, 1 meslek yüksekokul, 1 fırın, 4 cami, ve 2 köy kuyuları, Cerablus merkez kuyu, Fırat nehri ve Ana depolardan 27.10.2022 ile 30.11.2022 tarihler arasında 100 su örneği toplandı. Her seferinde 10-15 örnek toplandı ve özel izinle soğuk zincire uyularak laboratuvara aynı gün içinde ulaştırıldı. Örnekler santrifüj edilip süpernatan kısmı atıldıktan sonra CV Legionella Seçici Besiyerisine (Becton Dickinson, Almanya) ekim yapıldı. Ekilen besiyerleri 36 derecede bir hafta inkübe edildi. Üreyen şüpheli kolonilere gram boyama işlemleri uygulandı. Bakterinin morfolojisi incelendikten sonra Legionella Dryspot Lateks aglutinasyon testi (Oxoid, İngiltere) uygulandı. Alınan 100 örneğin onunda (Musluk suyu ve sürüntüsü) Legionella bakterileri üredi. Latex aglütinasyon testi ile tiplendirildiğinde üreyen bakterilerin serogrup (2-14)'a sahip Legionella pneumophila olduğu saptandı. Su örneklerinin hiçbirinde Serogrup 1 saptanmadı. Bu çalışmada, Suriye'nin güvenli bölgesinde bulunan okul ve cami gibi kurumlara ait sularda Legionella bakterileri izole edildi ve serogrupları belirlendi. Ancak, epidemiyolojik önemi olan fenotipleri belirlemek için daha kapsamlı araştırmaların ve moleküler biyolojik çalışmaların yapılması gerekmektedir. Ayrıca, ilçelerin şebeke suları da dahil olmak üzere bütün binaların su depoları araştırılmalı, gerekli dezenfeksiyon işlemleri düzenli bir şekilde yapılmalıdır.
Metformin ve çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının pseudomonas aeruginosa izolatlarına karşı etkinliğinin in-vitro olarak araştırılması
Bakteriyel enfeksiyonlar insanlarda ciddi mortalite ve morbiditeye yol açmaktadır. P. aeruginosa kistik fibrozis hastaları, diyabetik hastalar ve yoğun bakımda yatan hastalar gibi özellikli hasta gruplarında sıklıkla enfeksiyon oluşturmaktadırlar. P. aeruginosa enfeksiyonları antibiyotiklere sık direnç geliştirmeleri, biyofilm oluşturmaları gibi özellikleri nedeniyle yeni tedavi alternatiflerinin odağındadırlar. Son dönemlerde antibiyotiklerin, farklı endikasyonlarda kullanılan ilaçlarla kombinasyonları üzerinde durulmaktadır. Bu çalışmada, Diabetes mellitus hastalığının tedavisinde kullanılan antidiyabetik bir ilaç olan metforminin; imipenem, seftazidim, sefepim, siprofloksasin ve levofloksasin ile kombine etkisi araştırılmıştır. Çalışmaya Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuarına gelen kistik fibrozisli hastalardan izole edilen 50 adet P. aeruginosa izolatı dahil edilmiştir. İzolatların antibiyotiklere duyarlılıkları sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle metforminle antibiyotiklerin kombine etkisi dama tahtası sinerji testiyle araştırılmıştır. Çalışmamızda dama tahatsı sinerji testi sonucunda; seftazidim ile metformin arasında 3 izolatta (%6) sinerjistik, 11 (%22) izolatta parsiyel sinerjistik; sefepim ile metformin arasında hiçbir izolatta sinerjistik etki saptanmazken, 23 izolatta (%46) parsiyel sinerjistik; imipenem ile metformin arasında 2 izolatta (%4) sinerjistik, 5 izolatta (%10) parsiyel sinerjistik; siprofloksasin ile metformin arasında 3 (%6) izolatta sinerjistik, 3 izolatta (%6) parsiyel sinerjistik, 1 izolatta (%2) antagonist etki; levofloksasin ile metformin arasında ise 1 izolatta (%2) sinerjistik, 6 izolatta (%12) ise parsiyel sinerjistik etki saptanmıştır. Çalışmamızda, metforminle antibiyotikler arasında farklı oranlarda sinerji ve parsiyel sinerji saptanmıştır. Metforminin antibiyotiklerin etkisini ne oranda arttıracağı, antimikrobiyal bir molekül olarak kullanılıp kullanılmayacağı ile ilgili yeni in-vitro çalışmalar ve hayvan deneylerinin yapılmasına ihtiyaç olduğu sonucuna varılmıştır.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen hipervirülan ve klasik klebsiella pneumoniae izolatlarında virülans genleri ve karbapenem direnç genlerinin araştırılması
Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Hipervirülan ve Klasik Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Virülans Genleri ve Karbapenem Direnç Genlerinin Araştırılması Klebsiella pneumoniae hastane kökenli ve toplum kökenli enfeksiyonlara sebep olabilen ve antibiyotiklere karşı kazandığı dirençle bilinen küresel bir patojendir. Hipervirülan K. pneumoniae (hvKp) diye tanımlanan ve klasik K. pneumoniae (cKp) izolatlarından daha öldürücü olan patotip, sağlıklı genç erişkinlerde karaciğer apsesi, endoftalmi, pnömoni gibi birçok toplum kökenli enfeksiyonlara sebep olmaktadır. HvKp‟yi tanımlamak için klinik ya da mikrobiyolojik net kriterler bulunmamaktadır. Hipermukoviskoziteyi gösteren string testi, kültür plaklarında üreyen kolonilerin öze yardımıyla yukarı doğru çekilmesi ve uzama miktarının ölçülmesiyle yapılır ve hvKp‟yi tanımlamak için en sık kullanılan mikrobiyolojik testtir. Çalışmamızda farklı klinik örneklerden üretilen 100 K. pneumoniae izolatı string testine göre hvKp ve cKp olarak gruplandırılmıştır. Tüm izolatlarda 6 virülans geni (fimH-1, rmpA, magA, aerobaktin, K1, K2) ve karbapenem dirençli izolatlarda 5 karbapenem direnç geni (OXA-48, KPC, IMP, VIM, NDM-1) varlığı araştırılmıştır. İzolatların %45‟i hvKp, %55‟i cKp olarak tanımlanmıştır. İzolatların %94‟ünde fimH-1 geni, %37‟sinde aerobaktin geni, %34‟ünde magA ve K1 geni, %5‟inde rmpA geni, %3‟ünde K2 geni bulunmuştur. HvKp izolatlarının %68,9‟unda, cKp izolatlarının %10,9‟unda aerobaktin geni pozitif saptanmıştır ve hvKp izolatlarında cKp izolatlarına oranla yüksek aerobaktin geni varlığı istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). MagA geni ve K1 serotipi hvKp izolatlarının %28,9‟unda, cKp izolatlarının %38,2‟sinde bulunmuştur. CKp izolatlarında magA geni oranı yüksek görülse de bu fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. (p>0,05). FimH-1 geni hvKp izolatlarının %93,3‟ünde, cKp izolatlarının %94,5‟inde pozitif bulunmuştur. Negatif gen sayısı az olduğu için iki grup arasındaki fark istatistiksel olarak değerlendirilememiştir. RmpA geni hvKp izolatlarının %8,9‟unda, cKp izolatlarının %1,8‟inde pozitif saptanmıştır. K2 geni hvKp izolatlarının %4,4‟ünde, cKp izolatlarının %1,8‟inde pozitif saptanmıştır. Bu genler için hvKp ve cKp grupları 13 arasındaki fark, sayılar az olduğu için istatistiksel olarak değerlendirilememiştir. HvKp ve cKp izolatları arasında antibiyotik duyarlılıkları açısından istatistiksel olarak anlamlı fark olmamasına rağmen seftriakson, sefuroksim, seftazidim, amikasin, sefoksitin, ertapenem, sefuroksim aksetil ve imipenem hvKp izolatlarında daha etkili bulunmuştur. Siprofloksasin ve trimetoprim sülfametoksazol ise hvKp izolatlarında cKp izolatlarına göre daha etkili saptanmıştır ve fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). CKp grubunda gentamisin, amoksisilin, piperasilin-tazobaktam istatistiksel olarak anlamlı olmasa da hvKp grubundan daha etkili bulunmuştur (p>0,05). Karbapenem dirençli izolatların %65,7‟si cKp, %34,3‟ü hvKp olarak saptanmıştır. İstatistiksel olarak anlamlı olmasa da hvKp izolatları karbapenemlere daha duyarlı bulunmuştur. Karbapenem dirençli izolatlarda en sık rastlanan gen OXA-48 olmuştur. KPC geni 5 izolatta tespit edilirken IMP, VIM ve NDM-1 izolatların hiçbirisinde saptanmamıştır. OXA-48 pozitif örneklerin %69‟u cKp, %31‟i hvKp izolatlarına ait bulunmuştur. KPC pozitif izolatların tümünün hvKp grubundan olduğu saptanmıştır. String testinin ve virülans faktörlerinin hipervirülansı göstermek için tek başına yeterli olmayacağı, hipervirülansı göstermek için hipervirülan enfeksiyonların klinik özelliklerini taşıyan olgularda birden fazla virülans faktörü kombinasyonunun gösterilmesi gerektiği kanısına varılmıştır.
Kilis Devlet Hastanesine başvuran ve anti HCV pozitif saptanan hastalarda HCV RNA ve genotip dağılımının araştırılması
Bu araştırmada Kilis Devlet Hastanesine başvuran ve anti HCV pozitif saptanan hastalarda HCV RNA ve genotip dağılımının araştırılması amaçlanmıştır. Araştırmanın amacı doğrultusunda Kilis Devlet Hastanesi'ne başvurup hepatit panelleri istemiyle kan örneği alınan ve anti-HCV pozitif tespit edilen 104 hastanın serumları toplanarak çalışılıncaya kadar -80°C de saklanmıştır. Anti HCV'leri ELISA yöntemiyle (Architect i2000, Abbott, Almanya) pozitif saptanan numunelerde Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarında HCV RNA araştırıldı. HCV RNA pozitif saptanan 61 örnekte üretici firmanın önerileri doğrultusunda, (Qiagen, Hilden Almanya) genotip çalışıldı. Altmış bir örneğin üçünde belirgin bir genotip saptanamadı. Genotip saptanan 58 hastanın 31'i (%53.4) kadın, 27'si (%46.6) erkek olup, 27'sinin (%46.6) Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı, 31'inin (%53.4) ise yabancı Uyruklu olduğu görüldü. Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı olan 27 kişide etkin olarak Tip 1b (%40.7), yabancı uyruklu 31 kişide ise en fazla görülen genotipin Tip 4 (%64.5) olduğu saptandı. Genotip dağılımının cinsiyet ile anlamlı bir farklılığı olmadığı saptandı. Baskın tipler olan Tip 1 ve Tip 4'ün ileri yaşlarda daha yüksek oranlarda olduğu görüldü. Çalışmada elde edilen bulgular, yabancı uyruklularda Tip 4 ve Tip 5'in daha fazla olduğunu göstermektedir. Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlarında ise Tip 1b'nin sık olduğu görülmektedir. Bu da, bölgedeki mültecilerin hastalığı kendi ülkelerinden getirdiğini düşündürmektedir. Çalışmamız, yabancı uyruklu kişilerdeki genotip dağılımını göstermesi açısından önemlidir. Yine tedavi rejimlerinin Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlarında daha dikkatli planlanmasının gerekliliğini gözler önüne sermektedir.
Paketli ve geleneksel yöntemlerle kaynatılmış sütlerdeki endotoksin miktarının saptanması
Süt, oldukça kompleks yapıya sahip olan bir besin kaynağıdır. Mikroflorasında bulunan başta Lactobacillus olmak üzere probiyotik bakteriler barsak florası ve mukozal immünitenin düzenlenmesinde önemli role sahiptir. Sütün dezenfeksiyon işlemlerinde temel amaç, probiyotik bakterilere zarar vermeksizin, kontaminan bakterilerin varlığının ortadan kaldırılmasıdır. Isıl işlem görmüş gıda kaynaklarında bakterilerin öldürülmesi mümkün olmakla birlikte, bakteriyel yıkım ürünleri barındırabilir. Bu ürünlerden biri insanda endotoksik etkiye yol açabilen lipid-A'dır. Bu çalışma UHT yöntemi ve geleneksel yöntemlerle dezenfeksiyonu yapılmış olan sütlerde endotoksin düzeylerinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Sütler şarküteri, marketler ve köylerden toplanmıştır. Açık olarak temin edilen çiğ süt örnekleri kaynatılıp soğutulduktan sonra -20 °C'de dondurulmuştur. Paketli süt örnekleri kapağı açılır açılmaz çalışılmıştır. Çalışmada 40 paketli süt örneği ile şarküteri ve köylerden toplanan 40 açık süt örneği alınmıştır. Örnekler kanlı agar ve EMB agara ekimleri yapılarak 36±1 °C'de 20-24 saat inkübe edildi. Üremiş olan bakterilerin tanımlanması konvansiyonel ve biyokimyasal yöntemler kullanılarak yapıldı. Endotoksin düzeyi; kantitatif olarak ELİSA testi ile saptandı. Çalışmaya 40 paketli, 40 açık olarak pazarlanmakta olan toplam 80 örnek dahil edilmiştir. Örneklerden paketli süt ve açık sütlerde sırası ile 35'inde (%87.5) ve 39'unda (%97.5) Lactobacillus spp. üremesi saptanmıştır. Lactobacillus izolasyanu açısından iki grup arasında istatististel olarak anlamlı fark bulunmamıştır (p = 0.09). Açık sütlerin 9'unda (%22.5), paketli sütlerde bir bakteri kontaminasyonu saptanmıştır. Kontaminan bakteri saptanma oranları açısından iki grup arasında istatististel olarak anlamlı fark bulunmuştur (p<0.05). Paketli sütlerde 9.5-35.48 pg/mL (ortalama 18.66±5.28) ve açık sütlerde 3.67-15.27 pg/mL (ortalama 9.34±2.45) oranında endotoksin saptanmıştır. Ortalama endotoksin saptanma oranları açısından iki grup arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur (p<0.05).
Bağ dokusu hastalıklarıyla ilişkili interstisyel akciğer hastalığında human herpes virus 6'nın (HHV-6) rolü
Bağ Dokusu Hastalıkları (BDH), kronik inflamatuar multisistemik romatizmal hastalıklardır. Bu hastalıkta solunum sistemi sık bir şekilde tutulur. İnterstisyel akciğer hastalığı (IAH) bu tutulumlardan birisidir. Bağ Dokusu Hastalıkları ve bu hastalıklara bağlı interstisyel akciğer hastalığı etyolojisinde virüslerin de rol aldığı düşünülmektedir. Herpes virüsler suçlanan etkenlerden birisidir. Çalışmada Bağ Dokusu Hastalıklarına bağlı interstisyel akciğer hastalığında HHV-6'nın rolünü araştırmayı amaçladık. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Romatoloji Polikliniği'ne başvuran BDH tanısı ile takipli 60 hasta ve 26 sağlıklı kontrol çalışmaya dahil edilmiş olup, hastaların 29'u BDH (IAH olmayan), 31'i bağ dokusu hastalığına bağlı interstisyel akciğer hastalığı (BDH-IAH) olan hastalardan oluşmaktaydı. Çalışmaya katılan bütün bireylerden serum örneği toplandı. Ayrıca hastalardan steril kaba balgam örneği alındı. Çalışma Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında yapıldı. Serum örneklerinde, ELISA yöntemiyle (Sunred Biological Technology, Şangay, Çin) HHV-6 IgG antikorlarına bakıldı. Tüm serum örneklerinde ve hastalardan alınan balgam örneklerinde HHV-6 DNA Real-Time PCR (Qiagen, Almanya) yöntemi ile araştırıldı. Pozitif bulunan örneklerde, virüsün replikasyon durumunu araştırmak için yine U42 ve U94 gen bölgeleri RT PCR ile mRNA'lar açısından ayrı primerler kullanılarak değerlendirildi. İlk PCR virüsün varlığını, ikincisi ise virüsün latentliğini ve reaktivasyon yapıp yapmadığının araştırılması için yapıldı. Çalışmada sağlıklı kontroller ile BDH ve BDH-IAH grupları arasında HHV-6 IgG serum titreleri karşılaştırıldığında anlamlı fark bulunmadı (p=0,108). Sağlıklı kontrol grubunun serum örneği analizlerinde HHV-6 DNA saptanmadı. Buna karşın hasta serumlarının 33'ünde(%55) HHV-6 DNA (U94 ve/veya U42 pozitif) pozitif saptandı ve kontrol grubuna göre istatiksel olarak anlamlı farklılık bulundu. (p=0,001). BDH-IAH ve BDH arasında ise serum HHV-6 DNA pozitifliği açısından anlamlı fark bulunmadı (p=0,979). Balgam HHV-6 DNA (U94 gen) pozitifliği, BDH-IAH'da 14(%45,2), BDH hastasında ise 5 örnekte (%17,2) tespit edildi. İstatiksel açıdan BDH-İAH'da balgam HHV-6 DNA (U94 gen) pozitifliği anlamlı olarak yüksek bulundu (p=0,020). HHV-6 DNA pozitif örneklerden sadece iki hastanın serumunda HHV-6 mRNA (U42 ve U94) pozitif saptanmış olup, bu hastalar BDH-IAH gelişen olgulardı. Bu çalışma sonuçları, bağ dokusu hastalıklarına bağlı interstisyel akciğer hastalığı ile HHV-6'nın ilişkili olabileceğini düşündürmekte olup, bu ilişkinin daha net anlaşılması için daha kapsamlı çalışmalara gereksinim olduğunu göstermektedir.
Melaleuca alternifolia (çay ağacı) yağının antileishmanial etkisinin araştırılması
Melaleuca alternifolia uçucu yağı üzerine yapılan literatür taramalarında, özellikle Leishmania tropica'ya karşı antileishmanial etkisi hakkında sınırlı sayıda çalışma olduğu görülmüştür. Türkiye'de ve Suriye'den göçlerle artan Şark Çıbanı olguları nedeniyle bu çalışmanın önemi artmaktadır. Leishmaniasis, Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından ihmal edilen tropikal hastalıklardan biri olarak bildirilmiş ve 2019 yılında tahmini 700.000-1 milyon yeni vaka rapor edilmiştir. Tedavi yönetimi sınırlı olup, direnç gelişimi nedeniyle yeni ve etkili ilaç arayışları devam etmektedir. Bu nedenle bu araştırmanın amacı, deride enfeksiyon oluşturan ve ülkemizde gittikçe yaygınlaşan Şark Çıbanı etkeni Leishmania tropica'ya karşı çay ağacı uçucu yağının antileishmanial etkisini incelemektir. Bu doğrultuda Türkçe literatürde ilk kez çay ağacı yağı, farklı konsantrasyonlarda Leishmania tropica promastigotları üzerine uygulanmış ve antileishmanial etkisi ATP ölçümleri ile değerlendirilmiştir. Fenolik bileşiklerin düşük dozlarda antioksidan, yüksek dozlarda pro-oksidan etkileri gözlemlenmiştir. LD50 dozu 1/8 sulandırmada bulunmuştur. Bu sulandırma ve 1/1,1/2 ve ¼ sulandırmalarda anlamlı inhibisyon gözlenmiştir. Dolayısıyla çay ağacı yağının antileishmanial özellikleri, Leishmania tropica promastigotlarına karşı etkili bir inhibisyon sağlayarak deride oluşan Şark Çıbanı enfeksiyonunu baskılayabilir hipotezi doğrulanmıştır. Çay ağacı yağının antiparaziter ve antimikozal etkilerinin yanı sıra, Leishmania tropica üzerinde yapılan ilk çalışma olması açısından önem taşıyan bu araştırma Şark Çıbanı tedavisinde yeni ve etkili bir doğal tedavi alternatifi sunabilir ve daha ileri çalışmalar için temel oluşturabilir.
Akut ishallerde campylobacter jejuni ve diğer etyolojik ajanların hızlı tanısında moleküler yöntemlerin değeri
Termofilik kampilobakterler, gelişmekte olan ülkelerde özellikle 0-2 yaş arası çocuk ishallerinin en önemli etyolojik ajanlarındandır. Yüksek mortalite ile seyreden çocukluk dönemi ishallerinde; antibiyotik kullanımı için sınırlı endikasyonlar arasında yer alan kampilobakter enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı, hasta kayıplarının en aza indirilmesi ve etkili bir tedavi planının oluşturulması açısından önemlidir. İshalli hastaların dışkı örneklerinden kampilobakterlerin tanısında kullanılan klasik kültür bazlı izolasyon ve identifikasyon yöntemleri, uygulanması zor, pahalı, zaman alıcı, düşük duyarlılık ve özgüllüğe sahiptir. Bu sebeple son yıllarda klinik örneklerden kampilobakter tanısında, klasik kültür bazlı tanı yöntemlerinden daha yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip olan Nükleik asit amplifikasyonu bazlı moleküler yöntemler kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada ishalle seyreden hastalıklarda, dışkı örneklerinden C.jejuni ve diğer termofilik kampilobakter türlerinin tanı ve tiplendirilmesinde, konvansiyonel kültür yöntemleri ile 23S rDNA bazlı PCR-RFLP yönteminin duyarlılığının tespiti amaçlanmıştır.Bu çalışmaya, Haziran-2006 ile Ekim-2007 tarihleri arasında kalan toplam 15 aylık süre içerisinde ishalli hastalardan alınan toplam 434 dışkı örneği dahil edilmiştir.Dışkı örneklerinden kampilobakter izolasyonu için, koyun kanı içeren Skirrow sellektif agar (SSA) besiyeri, Modifiye Kampilobakter Blood- Free Selective Agar (mCCDA agar) ve CAT suplement içeren CCDA besiyeri kullanıldı.Dışkı örneklerinden QIA-Gen dışkı ekstraksiyon kiti ile elde edilen DNA ekstraktı ile seçici besiyerlerinde üreyen, kampilobakter kolonilerinden dondurup çözme? yöntemi kullanılarak elde edilen DNA ekstraktı, termofilik kampilobakter türlerinin 23S rDNA geninde yer alan 491 bp uzunluğundaki dizilerin tespiti amacı ile çoğaltıldı. Amplikonlar Alu I ve Tsp 509I restriksiyon enzimi ile kesildikten sonra, jel elektroforezinde gösterdikleri fragment profil polimorfizmine göre tür düzeyinde tanımlandı.Çalışma sonunda bu yöntemlerden en az birisi ile; 13 (% 59)'ü kadın, 9 (% 41)'u da erkek hastalara ait olmak üzere 22 (% 5,1 ) örnekde kampilobakter pozitifliği tespit edildi. Örneklerin 16 (% 3,7)'sında mCCDA ve CAT besiyerlerinde, 13 (% 3 )'ünde de SSA besiyerinde üreme görüldü. PCR-RFLP ile dışkı örneklerinden 19 (% 4,5)'unda termofilik kampilobakter türleri için spesifik olan hedef dizilerin varlığı tespit edildi.Seçici besiyerlerlerinde izole edilen 17 izolatın hippurat hidroliz testi sonuçlarına göre yapılan tiplendirilmesi sonucunda, ensık tanımlanan türün 13 (% 76,5 ) izolatla C.jejuni olduğu görüldü. Aynı izolatlar PCR-RFLP ile tiplendirildiğinde en sık tanımlanan türün 14 (% 82,4) izolat ile yine C.jejuni olduğu tesbit edildi.Dışkıdan termofilik kampilobakterlerin tanısında ve tür düzeyinde identifikasyonunda moleküler yöntemlerin daha sensitif olduğu belirlendi
Aseptik menenjit/ensefalitli hastalarda herpes grubu virusların araştırılması
Viral menenjitler meningeal inflamasyon bulguları ile karakterize, bakteriyel ve fungal kültürlerin negatif olduğu merkezi sinir sistemi infeksiyonlarıdır. Viral ensefalitler bilinç bulanıklığı ve/veya nörolojik bozukluklar ile karakterize beyin parenkiminin inflamasyonudur. Bu çalışmaya, bölgemizde aseptik menenjit veya ensefalitli hastalarda Herpes Simpleks Virus infeksiyonlarının insidansını araştırmak amacıyla aseptik menenjitli 108 hasta ve ensefalitli 80 hasta olmak üzere toplam 188 hasta dahil edilmiştir. Hastalara ait beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinde HSV-DNA tespiti için konsensus Herpes Simpleks Virus Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) testi kullanıldı. HSV tiplendirilmesi restriksiyon enzim analizi ile yapıldı. Ayrıca, intratekal sentezlenen HSV-1 ve HSV-2 spesifik İmmunglobulin G (IgG) antikorları ELISA (Enzyme Linked Immun Assay) testi ile araştırıldı. HSV-1 DNA toplam 188 hastanın 4'ünde (% 2,1) tespit edildi. HSV-1 IgG antikorları 3 hastadan alınan BOS örneğinde bulundu. HSV-1 IgG pozitif 3 hastanın 2'sinde HSV DNA da pozitif idi. HSV-2 DNA ve HSV-2 spesifik IgG hastalarımızın hiç birinde bulunmadı. Sonuç olarak, PCR ve ELISA testleri birlikte değerlendirildiğinde 188 hastanın 5'inde( % 2,6) HSV-1 infeksiyonu tespit edildi. Herpes simpleks virusa bağlı merkezi sinir sistemi infeksiyonlarında spesifik antiviral tedavi ile mortalite önemli ölçüde azaldığından, HSV infeksiyonunun erken tanısı son derece önemlidir. Merkezi sinir sistemi infeksiyonlarının erken tanısında PCR'ın hızlı ve güvenilir bir test olduğu ve intratekal sentezlenen HSV IgG testinin tek başına tanısal değerinin sınırlı olup PCR test sonuçları ile birlikte değerlendirilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır.
Bölgemizden izole edilen Helicobacter. pylori suşlarının moleküler epidemiyolojik özelliklerinin tespiti
Giriş ve Amaç: Helicobacter pylori (H.pylori), kronik olarak dünya nüfusunun yarısından fazlasını enfekte eden ve midede neoplastik ve inflamatuar gastroduodenal hastalıkların major nedeni olan bir gastrik patojendir. Bakteri ve konak genetik faktörleri ile çevresel faktörler arasındaki kompleks etkileşimlerin, kişilerdeki farklı klinik sonuçların belirlenmesinde önemli rol oynadıkları düşünülmektedir. cagA patojenite adası, s1m1 vacA alleleri, babA2, sabA ve oipA'yı içeren birçok bakteriyel virulans genleri, yüksek derecede mukozal inflamasyonla ilişkilidir. Aynı zamanda immün sistem de, H.pylori enfeksiyonuna inflamatuar cevabın yoğunluğunu düzenleyerek gastroduodenal hastalıkların patogenezinde önemli rol oynamaktadır. IL-1B'da traskripsiyon başlangıç bölgesinden 511. ve 31. pozisyonlarda, hepsi Sitozin/Timin baz transizyonu sergileyen bazı biallelik polimorfizmler ile gastrik inflamasyonun derecesiyle ilişkili IL-RN2 polimorfizmleri bildirilmiştir. Bununla birlikte farklı popülasyonlarda duodenal ülser, gastrit ve gastrik kanserle IL-1B polimorfizminin ilişkisiyle ilgili epidemiyolojik çalışmaların sonuçları bazı çelişkilere sahiptir. Bu çalışma, Çukurova bölgesinde, sitokin gen polimorfizmlerinin (IL-1B, IL-1RN) ve bakteriyel virulans markerlarının H.pylori enfeksiyonu süresince gastrointestinal hastalıkların gelişimindeki rolünü araştırmak için yapılmıştır.Gereç ve Yöntem: Gastrik semptomu olan 210 hasta ve 90 sağlıklı kontrolde, IL-1B'nın farklı lokusları ve IL-1 reseptör antogonist (IL-1RN) genlerindeki polimorfizm, PCR-RFLP ile genotiplendirildi. Gastrik doku örneklerinde, H.pylori varlığı ve bakteriyel virulans markerları glmM, cagA, vacAs1/2, and vacAm1/2 PCR ile araştırıldı.Bulgular: glmM-PCR analizi sonucunda, 110 semptomatik hastanın 89 (% 80,9)'unda H.pylori DNA'sı tespit edildi. Kolonize suşların % 64'ünün Tip I suşlar olduğu ve Tip I ve Tip II suşlarda en çok görülen vacA allelik kombinasyonun 25 (% 28,0) suş ile s1/m2 ve 23 (% 25,8) suş ile s1/m1 olduğu belirlendi. Gastrit hastalarında, heterozigot IL-1RN 1/2 ve IL-1B C/T genotipleri daha sık oranda tespit edildi. IL-1RN*2 genotipi taşıyıcılarının gastrit riskini 1,81 odds ratio ile bağımsız olarak artırdığı [% 95 güven aralığı (GA), 1,094?3,0], (p=0,02) ve IL-1 RN L allelinin gastrit riskini 0,168 odds ratio ile azalttığı [% 95 güven aralığı (GA), 0,039-0,725], (p= 0,007) bulundu. IL-1B (-511 ve -31 C/T) genotip/allelleri, gastroduodenal patoloji ile ilişkili bulunmadı.Sonuç: H.pylori enfeksiyonunda sitokin gen polimorfizmi, gastrik inflamasyonu etkilemektedir. Bakteri virulans faktörleri ve sitokin genotipleri arasındaki etkileşim, farklı gastrik hastalıklara yol açan H.pylori enfeksiyonda muhtemelen ana yoldur. Yüksek riskli kişilerde, H.pylori eradikasyonunda bakteriyel testler ve konak genotiplerinin kombinasyonu hedef olarak kullanılabilir.Anahtar sözcükler: H.pylori, glmM, cagA, vacA, IL-1ß polimorfizmi
Yöremizde izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarında direnç profili
Dünya'da olduğu gibi ülkemizde de tüberküloz büyük bir sağlık sorunu olarak önemini korumaktadır. Akdeniz bölgesinde verem savaş dispanserinin 2006-2007 yıllarındaki tüberküloz insidansı sırasıyla 18.3/100.000 ve 17.8/100.000 olarak belirlenmiştir. Bu çalışmada Adana ve çevre illerden Ocak 2008-Temmuz 2010 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesinin çeşitli kliniklerine başvuran hastaların, Mikrobiyoloji laboratuvarına tüberküloz ön tanısıyla gönderilen materyallerinden izole edilen 179 M. tuberculosis suşunun antitüberküloz ilaçlara duyarlılıklarının BACTEC MGIT 960 sistemiyle belirlenmesi amaçlanmıştır. Toplam 179 suşun 148(%82.6)'i solunum yolu materyallerinden, 31(%18.4)'i diğer materyallerden(Eklem Mayisi, Abse, Doku, Biopsi Materyali, Lenf Sıvısı, Bos, İdrar) izole edilmiştir. Suşların 131 (%73.18)'i antitüberküloz ilaçların tümüne duyarlı iken, 48(%26.82)'i en az bir ilaca dirençli ve 18(%10.05)'i en az 2 ilaca dirençli bulunmuştur. Bu çalışmanın duyarlılık testlerinde kalite kontrol olarak, ilaçlara duyarlı olduğu bilinen Mycobacterium tuberculosis ATCC 27294 (H37Rv) suşu kullanılmıştır. Bu suşların streptomisin, izoniyazid, rifampisin, etambutol'e direnci sırasıyla 22(%19.89), 30(%27.63), 9(%9.87), 7(%6.85) olarak bulunmuştur. Çoklu ilaç direnci gösteren suşların 16(%9.49)'sı iki ilaca dirençli, 2(%1.12)'si üç ilaca dirençli ve tüm ilaçlara dirençli suş bulunmamıştır. Sadece tek bir ilaca dirençli suşların sayısı ise streptomisin, izoniyazid, rifampisin ve etambutol direnci sırasıyla; 15 (%8.38), 13 (%7.26), 1 (%0.56) ve 1 (%0.56) olarak bulunmuştur. M.tuberculosis'in ilaçlara olan yüksek direnci izoniyazid (%27.63) olarak tespit edilmiştir.
Çocuklarda üst solunum yolu enfeksiyon etkenlerinin multipleks pcr yöntemiyle araştırılması
ÖZET ÇOCUKLARDA ÜST SOLUNUM YOLU ENFEKSİYON ETKENLERİNİN MULTİPLEKS PCR YÖNTEMİYLE ARAŞTIRILMASI Tuğba TEKEREK Yüksek Lisans Tezi, Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Tez Danışmanı:Prof. Dr. Tekin KARSLIGİL 56 Sayfa, Mayıs 2024 Tüm yaş gruplarında sık görülen solunum yolu enfeksiyonları, dünya genelinde önemli bir halk sağlığı sorunudur. Virüs ve bakteri kaynaklı solunum yolu enfeksiyonlarının, kliniğe ve radyolojik duruma göre birbirinden ayırt edilmesi zordur. Bakteriyel ve viral enfeksiyon ayrımının erken dönemde yapılması, tedavinin başlatılması, mortalite ve morbiditenin azaltılmasında fayda sağlamaktadır. Çeşitli virüsleri ve bakterileri aynı anda kısa sürede tanımlayabilen Multipleks PCR testleri, doğru tedavinin başlatılmasına yardımcı olabilir. Çalışmamıza, Kasım -Aralık 2023 tarihleri arasında Gaziantep Abdulkadir Konukoğlu ASM'ne üst solunum yolu enfeksiyonu şikayetleriyle gelen 0-18 yaş arası 100 hasta dahil edildi. Hastalardan alınan solunum yolu örneklerinde M-PCR ile Adenovirus, influenza A, influenza B, PİV (1, 2, 3, 4), RSV (A/B), hMPV, HBoV, HCoV (HKU, 229E, NL63, OC43), Sars-CoV-2, paraechovirus, enterovirus / rhinovirus, Streptococcus pneumoniae, Bordetella pertussis, Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae ve Legionella pneumophila olmak üzere 18 virüs, 6 bakteri toplam 24 etken araştırıldı. Çalışmada 62 (%62) hastada en az bir etken saptandı. Multipleks PCR sonuçlarına göre en çok tespit edilen bakteriyel etkenler sırasıyla S.pneumoniae (n:28), H. influenzae (n:21) en sık tespit edilen viral etkenler ise hCoV türleri (n:10), enterovirüs /rhinovirus (n:9)' dür. 38 (%38) hastada negatif sonuç alındı. Koenfeksiyon oranı %18 olarak saptandı. Sonuçlar incelendiğinde pozitif etkenlerin; 50'si (%61.73) bakteriyel, 31'i (%38.27) viral etkendi. Etkenlerin cinsiyete göre dağılımı incelendiğinde sadece H. influenzae 'da erkeklerde kadınlardan anlamlı derecede fazlalık görüldü. Solunum yolu enfeksiyonlarında etkenlerin hızlı moleküler testlerle saptanması antimikrobiyal tedavinin ivedilikle düzenlenmesine olanak sağlayacak ve gereksiz antibiyotik kullanımın engellenmesine katkıda bulunacaktır. Ayrıca, enfeksiyonun yayılımını engellemek için gerekli izolasyon önlemlerinin vakit kaybedilmeden alınmasını sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: Multipleks PCR, üst solunum yolu enfeksiyonu, bakteri, virüs, etken.
Hamburger etlerindeki hastalık oluşturan 'escheria coli ve salmonella ' bakterilerinin var olup olmadığının araştırılması
Hamburger köfteleri genellikle hızlı ısıl işleme tabi tutularak tüketilmekte olup, köftenin yapıldığı hayvansal kaynaklara bağlı önemli bazı bakteriyel etkenlerin bulaşına neden olabilmektedir. Bu çalışma hamburger etlerinden geçişi olan önemli zoonotik etkenlerden "EHEC ve Salmonella" bakterilerinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Çalışmada Gaziantep'te 60 farklı hamburgerciden normal müşteri olarak bir et ve bir tavuk hamburger siparişi yapılıp, istenen yemeğin içindeki etin farklı alanlarından (kenar ve orta kısmın), kürdanla parçalar alınarak, içerisinde 2 mL steril serum fizyolojik bulunan ependorf tüplerine konuldu. Toplam 240 numune (120 et, 120 tavuk) toplandı. Alınan örnekler 1 saat içerisinde laboratuara ulaştırıldı. Örnekler vorteksle homojenize edildikten sonra, 1 öze dollusu alınarak EMB agar ve Sorbitollü Mac Conkey agara ekimi yapıldı. 37 °C'de 24-48 saat inkübasyon sonunda üremiş olan bakteriler konvansiyonel olarak tanımlandı. Kenar ve orta alan olmak üzere kültürü yapılan 120 et örneğinin 40'ında (%33.3), tavuk örneklerinin 47'sinde (%39.2) üreme saptanmazken, et örneklerinin %66.7'sinde, tavuk örneklerinin %60.8'inde en az bir bakteri üremesi saptandı. Örneklerin hiçbirinde EHEC ve Salmonella spp. saptanmadı. Et ve tavuk örneklerinde sırasıyla; 50'sinde (%41.7) ve 29'unda (%24.2) Bacillus spp., 30'unda (%25) ve 42'sinde (%35) E.coli, 11'inde (%9.2) ve 11'inde (%9.2) Klebsiella spp, 3'ünde (%2.5) ve 4'ünde (%3.3) Proteus spp. üremesi tespit edildi. Et örneklerinde Bacillus spp. üreme oranının tavuk örneklerine oranla anlamlı şekilde daha yüksek olduğu saptanmıştır. Çalışmamızın sonuçları tüketime hazır hamburger köftelerinin patojen mikroorganizmalarla kontaminasyonunun bir halk sağlığı riski olmaya devam ettiğini göstermektedir. Bu nedenle, tüketicilerin ve bir bütün olarak halkın sağlığını korumak için etkili gıda hijyeni ve güvenliği sistemleri gereklidir. Anahtar Sözcükler: Hamburger, gıda zehirlenmesi, zoonoz, Enterohemorajik E. coli, Salmonella
0-17 yaş grubunda gastroenterit etkenlerinin multiplex PCR yöntemiyle değerlendirilmesi
Amaç; Çocukluk çağı morbidite ve mortalitelerinin ilk sebebi akut solunum yolu enfeksiyonları iken ikinci en sık sebebi akut enfeksiyöz ishallerdir. Tanıda öykü ve klinik muayene yol gösterici olabilir ama kesin tanıya gidebilmek için laboratuvar desteğine ihtiyaç vardır. Bu çalışmada akut ishalli çocuklarda mikroskobik ve makroskobik incelemeye, immunokromotografik yönteme ve kültür yöntemine dayalı klasik testlerle moleküler yöntemleri birlikte kullanarak viral, bakteriyel, paraziter ajanları beraber değerlendirmek, etkenlerin sıklığını belirlemek ve ileride bu yönde yapılacak çalışmalara ışık tutmak amaçlanmıştır. Yöntem: Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuarına ishal şüphesiyle gönderilen 0-17 yaş arası toplam 101 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Gelen bütün örnekler makroskobik ve mikroskobik olarak incelenmeye alınmıştır. Örnekler rotavirus, enterik adenovirus, cryptosporidium, G. intestinalis, E. histolytica yönünden immunokromotografik yöntemle çalışan hızlı anijen testine alınmıştır. Örneklerin bakteriyolojik açıdan kültürü yapılmıştır. Multiplex PCR yöntemiyle de örnekler etkenler açısından bütüncül değerlendirme altına alınmıştır. Bulgular: Kız ve erkek çocuklarda benzer oranlarda enfeksiyon görülmüş olup cinsiyet açısından anlamlı bir farka rastlanmamıştır. En yüksek enfeksiyon oranının görüldüğü grup %100'lük bir oranla 2-5 yaş arası gruptur. Multiplex PCR yöntemi ile hastaların 84'ünde (%83.2) bakteriyel, 48'inde (%47.5) viral, 12'sinde (%11.9) protozoal etken saptanmıştır. Viral ajanların multiplex PCR sonuçları incelendiğinde rotavirusun ilk sırada yer aldığı, adenovirus ve nörovirusun da birbirine yakın oranlarda görülüp ikinci sırada birlikte yer aldıkları belirtilmiştir. Bakteriyel etkenlerin multiplex PCR yöntemi sonuçları incelendiğinde 84 hastada (%83,2) diyarojenik E. coli, 7 hastada (%6,9) campylobacter spp, 3 hastada (%3) Salmonella, 1 hastada da Shigella (%1) görüldüğü saptanmıştır. Klasik kültür yöntemiyle de 3 hastada Salmonella, 1 hastada Shigella tespit edilmiştir. Protozoal etkenlerin multiplex PCR yöntemiyle olan sonuçları incelendiğinde hastaların 2'sinde (%2) Cryptosporidium, 2'sinde (%2) Giardia lamblia etkeni saptanmıştır. İmmunokromotografik yöntemle de hastaların 2'sinde (%2) Cryptosporidium, 1'inde (%1) Giardia, 8'inde (%8) de E. histoytica saptanmıştır. Sonuç: Akut gastroenteritte etken virüs ya da parazit olduğunda tedavi destek tedavisinden oluşmaktadır. Antibiyotik tedavisi gerektiren gastroenteritler bakterilerden Shigella, parazitlerden ise E. histolytica kaynaklı ishallerdir. Yaptığımız çalışmada görmekteyiz ki moleküler yöntemler olmaksızın klasik yöntemlerle tanıya gidildiğinde gastroenterit tanısı ve tedavisi açısından önemli bir kayıp yaşanmayacaktır.
Çukurova bölgesinde izole edilen akciğer tüberkülozlu hastalara ait Mycobacterium tuberculosis suşlarının Spoligotyping ve Mycobacterial İnterspersed Repetetive Unit-Variable Number Of Tandem Repeat (MIRU-VNTR)) yöntemiyle tiplendirilmesi
Amaç: Tüberküloz gelişmekte olan tüm dünyada görülen ve giderek önem kazanan halk sağlığı problemleri arasındadır. HIV epidemisi ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artış trendine giren Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonlarının kontrolünde; yeni, daha hızlı, ucuz, sensitif ve spesifik tanı yöntemleri ile daha etkili anti-tüberküloz ilaçların yaratılması ve mikroorganizmanın toplum içerisindeki hareketleri ile bulaş yollarının tespitine imkan sağlayacak genom düzeyinde tanımlama yapabilen epidemiyolojik yöntemlerin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Özellikle riskli bölgelerde tüberküloz epidemiyolojisi ile ilgili Spoligotyping ve Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU) - Variable Number Tandem Repeats (VNTR) yöntemleri gibi moleküler bazlı yöntemlerin kullanıldığı birçok araştırma yapılmasına rağmen, ülkemizde ve bölgemizde Mycobacterium tuberculosis'in epidemiyolojik özelliklerini tespite yönelik çalışma yok denecek kadar azdır. Bu çalışma ile moleküler epidemiyolojik yöntemler kullanılarak Mycobacterium tuberculosis'in Çukurova bölgesindeki epidemiyolojik özelliklerinin tespiti amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ocak 2007- Haziran 2010 yılları arasında Çukurova bölgesinde bulunan farklı hastane ve verem savaş dispanserlerinden akciğer tüberkülozu veya temas kuşkusu ile laboratuarımıza gönderilen hastalara ait klinik materyalden izole edilen 467 Mycobacterium tuberculosis kompleks suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonal düzeyde tanı amacı ile Spoligotyping ve 12 lokus MIRU-VTR yöntemleri ile değerlendirilmiştir.Bulgular: Spoligotyping yöntemi ile 467 izolatın izolatın 443'ünün (% 94,9) 21 küme içerisinde yoğunlaştığı, 24'ünün (% 5,1) ise SpolDB4 veri bankasındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda bilinen hiçbir kümeye uymayan orphan suşlar oldukları belirlenmiştir. Bölgemizde en yaygın olan ailenin 239 izolat (% 51,9) ile T1 ailesi olduğu bunu 54 izolat (% 11,5) ile LAM7 TUR ailesinin izlediği görülmüştür.Sonuç:Bu çalışma sonunda, ülkemizde yapılan 5 çalışmaya ait sonuçlardan farklı olarak bölgemizde LAM7 TUR ailesinin değil T1 ailesinin daha yaygın olduğu görülmüştür.Anahtar Kelimeler: MIRU-VNTR, Mycobacterium tuberculosis, Spoligotyping
Çocuk yaş grubunda görülen gastroenteritlerde viral ve bakteriyel etkenlerin klasik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Amaç: Akut gastroenterit bütün dünyada, özellikle gelişmekte olan ülkelerde yenidoğan ve küçük çocuklar için önemli bir sağlık sorunu ve önde gelen bir ölüm sebebidir. Bu çalışmanın amacı bölgemizde çocuklarda görülen akut gastroenteritlerde klasik ve moleküler tanı yöntemleri kullanılarak viral ve bakteriyel etkenlerin araştırılmasıdır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Temmuz 2009 ile Ekim 2009 tarihleri arasında Adana Doğum ve Çocuk Bakımevi Hastanesi polikliniklerine ve acil servisine akut gastroenterit ile başvuran yaşları 0-12 yaş arasında değişen çocuklara ait 136 dışkı örneği dahil edildi. Dışkı örneklerinde bakteriyel enteropatojenlerin izolasyonu için klasik kültür yöntemi ve viral etkenlerden rotavirus, norovirus, astrovirus ve adenovirus antijenlerinin tanısı için Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) testi kullanıldı. Ayrıca rotavirus grup A antijeni pozitif bulunan dışkı örneklerinde önce reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) testi ile VP4 ve VP7 rotavirus genomları ve ardından semi-nested multipleks PCR testi ile G ve P genotipleri tespit edildi.Bulgular: Toplam 136 vakanın % 20,6'sında (28 vaka) viruslar ve % 8,1'inde (11 vaka) bakteriler olmak üzere % 28,7'sinde (39 vaka) gastroenterit etkeni tespit edildi. Akut gastroenterit etkenlerinden sırasıyla; norovirus vakaların % 11'inde (15 vaka), rotavirus % 7,3'ünde (10 vaka), Shigella sonnei % 6,6'sında (9 vaka), adenovirus % 2,2'sinde (3 vaka), Salmonella newport % 0,7'sinde (1 vaka) ve Campylobacter jejuni %0,7'sinde (1 vaka) bulundu. Miks infeksiyon ise 2 vakada (% 1,5) gözlendi. Rotavirus antijeni pozitif bulunan 10 örnekte en baskın bulunan genotip % 30 oranla G9P[8] olup, bunu G9P[11] % 20 ve G4P[8] % 10 oranla izledi. G genotiplerinden G9 % 60 ve P genotiplerinden P[8] % 50 oranla en yaygın bulunan genotiplerdi.Sonuç: Çalışmanın yapıldığı 2009 yaz döneminde akut gastroenteritli çocuklarda en fazla bulunan etkenler norovirus (% 11), rotavirus (% 7,3) ve Shigella sonnei (% 6,6)'dir. Akut gastroenteritlerin etyolojik tanısı ile destekleyici tedavi gerektiren viral etkenler ve antibiyotik tedavisi gerektiren shigella ve campylobacter gibi bakterilerin tespiti sonucu uygun hasta yönetimi sağlanacakır.Anahtar Kelimeler: Akut gastroenterit, bakteriler, çocuklar, ELISA, PCR, viruslar
0-5 yaş yabancı uyruklu çocuklarda saptanan gastroenterit olgularında rotavirüslerin moleküler tiplendirilmesi
Rotavirus (RV), çocukluk çağında görülen viral gastroenteritlerinin sebeplerindendir. Gelişmekte olan ülkelerde mortalite ve morbiditenin en yaygın nedenlerindendir. Bu çalışmada 0-5 yaş yabancı uyruklu çocuklarda saptanan gastroenterit olgularında rotavirüslerin moleküler tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışma Mayıs 2022- Kasım 2023 arasında Gaziantep bölgesinde 0-5 yaş arası 120 yabancı uyruklu çocuklardan dışkı örnekleri toplanarak yapılmıştır. İmmünokromatografik yöntem ile Rotavirus pozitif bulunan, 74 (33 kız, 41 erkek) hastanın örnekleri moleküler yöntemle tiplendirilmiştir.Çalışma Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında gerçekleştirilmiştir. Rotavirus VP7 ve VP4 genlerini amplifiye etmek için ileri (forward) ve geri (reverse) primerler (Macrogen, Kore Cumhuriyeti) kullanılmıştır. Genotiplendirme için de miRCURY LNA™ SYBR Green PCR Kitini kullanan (Qiagen, Hilden, Almanya) Tek Adımlı RT-PCR tekniği uygulanmıştır. Rotavirus antijen pozitifliği saptanan olguların cinsiyetler arasında dağılımı istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Çalışmaya alınan yabancı uyruklu çocukların (24) %32.4'ünde P4,(13)%17.6'sında P6,(28) %37.8'inde P8, pozitifliği saptanmıştır. G genotipleri ise örneklerin (24) %32.4'ünde G1, (14)%18.9'unda G4,(17) %23'ünde G9 olarak bulunmuştur. Hastaların hiçbirinde G8 pozitifliği bulunmamıştır. Hem G hem de P tipleri birlikte tespit edilen miks serotiplerde ise(15) %23.8 oranında G1P[8] genotip kombinasyonu görülmüş iken, (6) %9.5 G2P[4] ve G9P[6] saptanmıştır. VP7-G genotiplerinin dağılımı açısından yaş grupları arasında anlamlı farklılık saptanmadı. Kız çocuklarının %9'unda, erkek çocukların %22'sinde P9 genotipi saptanmış olup P9 genotip pozitifliği açısından kız ve erkek çocuklar arasındaki fark anlamlı bulunmuştur (p<0.05). Rotavirüs enfeksiyonu olan olgularda G1P[8], G2P[4], genotiplerinin en yaygın görülen genotiplerdi. Yabancı uyruklu çocuklarda bölgede yaygın görülen serotipler bulunmakla birlikte farklı serotiplerde saptanmıştır. Bu konuda daha detaylı çalışmaların yapılması gerekmektedir.
Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında CTX-M tipi geniş spektrumlu ß-laktamaz genlerinin PCR, PCR-RFLP, dizi analizi yöntemleri ile identifikasyonu ve suşlar arasındaki klonal ilişkinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi
CTX-M tipi GSBL üreten E.coli ve K.pneumoniae suşları tüm dünyada giderek artan prevalans oranları ile gerek toplum kökenli gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda tedavi başarısızlıklarının önemli bir sebebi haline gelmiştir. Alternatif tedavi seçeneklerinin başarısızlıkları ile çoklu ilaç dirençli hale gelen CTX-M tipi GSBL üreten suşların kontrolünde, en önemli alternatif klonal düzeyde etkin sürveyanstır.Ülkemizde CTX-M tipi Geniş Spektrumlu ß-laktamaz enzimi üreten E.coli ve K. pneumoniae türlerinin varlığı sınırlı sayıda çalışma ile gösterilmiştir. Ancak bölgemizde GSBL üreten suşların varlığı bilinmekle beraber CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşlar ve görülen subtipler hakkında bilgi mevcut değildir.Bu çalışmada hastanemizin Merkez Laboratuarında, hastane ve toplum kökenli enfeksiyonlara ait klinik materyallerden izole edilen, G.S.B.L. üreten E.coli ve K. pneumoniae suşları arasında, moleküler epidemiyolojik yöntemlerle, CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşların prevalansının, enzim tiplerinin ve bu suşlar arasındaki muhtemel klonal ilişkinin belirlenmesi amaçlandı.Çalışma sonunda; PCR yöntemi ile CTX-M tipi enzimleri, G.S.B.L. üreten E. coli izolatları arasında %87,31 (69/79), K. pneumoniae izolatları arasında da %88,88 (24/27) oranında belirlendi. Ayrıca Grup Spesifik PCR, PCR-RFLP ve Dizi Analizi çalışmalarıyla suşlarımızın % 94.6 (88/94)'sının CTX-M-1 grubu/CTX-M-15 alttipi enzim üreten suşlar olduğu, kalan 5 (%5.3) suşun da CTX-M-9 grubu/CTX-M-14 alt tipi enzim üreten suşlar oldukları belirlendi. İzolatlarımız arasındaki muhtemel klonal ilişkinin tespiti amacıyla kullandığımız PFGE yöntemi CTX-M tipi enzim üreten suşlar arasında klonal bir ilişkinin bulunmadığını gösterdi.
Endodontik enfeksiyonlu hastalarda moleküler ve konvansiyonel yöntemlerle etyolojik ajanların tespiti
Bu çalışmanın amacı, nekrotik pulpalı dişlerden ve endodontik tedavi başarısızlığı görülen kök kanallarından alınan örneklerde, belirlenmiş olan bazı anaerob bakterilerin varlığının PCR yöntemi kullanılarak araştırılması ve bu patojenlerin birbirleri ile ve klinik semptomlarla ilişkilerinin incelenmesidir.Çukurova Üniversitesi Diş Hastalıkları ve Tedavisi Anabilim Dalı kliniğine başvuran ve kök kanal tedavisi endikasyonu konmuş olan toplam 107 bireyin yer aldığı çalışmada, daha önce herhangi bir endodontik tedavi görmemiş 72 primer enfeksiyonlu (nekrotik pulpalı) ve endodontik tedavi görmüş ancak apikal periodontitis bulgusu gösteren 35 sekonder enfeksiyonlu (apikal periodontitisli ve eski kanal tedavili) dişlerden alınan kök kanalı örnekleri incelendi.Primer ve sekonder enfeksiyonu bulunan dişlerin kök kanallarından alınan klinik örneklerde anaerob bakterilerden Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Porphyromonas endodontalis, Prevotella intermedia, Prevotella melaninogenica, Prevotella nigrescens, Tannerelle forsythia, Peptostreptococcus micros suşlarının tanısı spesifik primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile yapıldı.Tüm örneklerdeki pozitiflik oranları değerlendirildiğinde 107 örnekten 55 (%51,4)'de pozitif bulunan P.gingivalis'in en yüksek orana sahip olduğu; bunu sırasıyla %46,7 ile P.micros, %44,9 ile P.endodontalis, %43,9 ile F.nucleatum, %33,6 ile P.intermedia, %30,8 ile T.forsythia, %22,4 ile P.melaninogenica ve %15,9 ile P. nigrescens' in takip ettiği belitlenmiştir.Hem primer hem de sekonder enfeksiyona sahip olan dişlerde pozitiflik oranları değerlendirildiğinde, P.gingivalis pozitifliğinin, sırasıyla %54,2 ve %45,7 oranlarında yer aldığı ve her iki grupta da en yüksek pozitifliğe sahip anaerob tür olduğu tespit edilmiştir.Tüm kök kanal örneklerinden elde edilen pozitiflikler değerlendirildiğinde, örneklerin %22,4'ü sadece tek bir tür bakteri pozitifliği gösterirken, %23,4'nün sadece iki bakteri, %13,1'nin sadece üç bakteri, %27,1'nin dört bakteri, %11,2'nin beş bakteri ve %2,8'nin ise 6 bakteri pozitifliği gösterdikleri tespit edilmiştir.Primer enfeksiyonlu dişlerde F.nucleatum ve P.gingivalis, sırasıyla %6,9 ve %4,2 ile tek başına en çok tespit edilen bakteri türleri olurken, sekonder enfeksiyonlu dişlerden alınan örneklerde, P.endodontalis ve P.gingivalis, sırasıyla %14,3 ve %8,6 oranları ile, sadece bir kanal örneğinde tek başına en çok bulunan bakteri türleri oldukları tespit edilmiştir.Tüm kök kanal içi örneği alınan 107 hastadan 21'nin klinik belirti ve bulgu göstermeyen asemptomatik vakalar oldukları, 86'nın da klinik olarak belirti ve bulgu gösteren semptomatik vakalar oldukları belirlenmiştir.Anahtar sözcükler: Anaerob bakteri, Endodontik, Primer enfeksiyon, Sekonder enfeksiyon, Semptom
Bölgemizdeki sağlıklı çocuklarda lenfosit subgruplarının referans aralıkları
Önceki yıllarda konu ile ilgili olarak bölgemizdeki yetişkin bireylerde lenfositsubgruplarının referans aralıkları belirlenmiş ve faydalı bilgiler elde edilmiştir. Buçalışma ile bölgemizdeki sağlıklı çocuklarda lenfosit subgruplarının referansaralıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışma Eylül 2010 ? Aralık 2010 tarihleri arasında yapılmıştır. Çalışmaya 0-18aralığında 48'i kız, 52'si erkek toplam 100 sağlıklı çocuk dahil edilmiştir. Çocuklar 0-4yaş, 5-9 yaş, 10-14 yaş ile 15-18 yaş olmak üzere 4 gruba ayrılmıştır. Tam kansayımları ve CD3, CD4, CD8, CD19, CD56 referans aralıkları ve CD4/CD8 oranlarınınbelirlemek için Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi MerkezLaboratuarında akım sitometrisi cihazı kullanılmıştır. Tüm verilerin istatistikselanalizleri Statistical Package for the Social Sciences (SPSS, version 18.0) programıyardımıyla yapılmıştır.İstatistiksel analizler ile 100 sağlıklı çocuğun total lökosit sayısı ve lenfosityüzdeleri sırasıyla; 7,943±2,232 ve 37,5±11,7 olarak bulunmuştur. Lenfosit subgrupyüzdeleri ise CD3, CD4, CD8, CD19, CD56 ve CD4/CD8 için sırasıyla; 69,4±4,9,40,5±4,9, 27,8±4,7, 14,6±4,3, 10,3±3,2 ve 1,51±0,36 olarak bulunmuştur.Çalışma sonunda bölgemizdeki sağlıklı çocukların CD3, CD4, CD8, CD19,CD16+56 (doğal öldürücü hücreler) lenfosit subgruplarının ve CD4/CD8 oranınınreferans aralıkları belirlenmiştir. Bu bilgiler doğrultusunda normal referans aralıklarının,bağışıklık sistemi ile ilgili dallarda konuyla ilgili hastaların takip ve tedavileriniyönlendirmede özellikle çocuk hematoloji kliniği hastalarına ciddi faydalar sağlamasıve böylece patolojik değerlere ışık tutarak çocukların sağlıklı olup olmaması ileilişkilendirilebilmesi beklenmektedir.Anahtar Sözcükler: Akım Sitometri, CD4, CD8, Lenfosit Subgrupları, SağlıklıÇocuklar.
Çukurova Üniversitesi Tropikal Hastalıklar Araştırma ve Uygulama Merkezi ve Bölge Tüberküloz Laboratuvarı'na gönderilen balgam örneklerinden izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarının major ve minör antitüberküloz ilaçlara duyarlılıklarının belirlenmesi
Tüm dünyada ilaç dirençli tüberküloz olgularının sayısındaki artış, 20.yy ilk yarısına kadar başarı ile sürdürülen tüberküloz kontrol programlarının tartışılır hale getirilmiştir. Ayrıca bu durum dirençli suşların daha duyarlı epidemiyolojik yöntemlerle izlenerek yeni kontrol programlarının geliştirilmesine sebep olmuştur. Bu bağlamda çok ilaca dirençli ve artmış ilaç dirençli izolatlarının izlenmesi, tanımlanması ve minor ilaç duyarlılıklarının belirlenerek vakaların en kısa sürede uygun tedavi protokolleri kullanılarak tedavisi hayati önem taşımaktadır.Bu çalışmada Bölge Tüberküloz Laboratuarına 2 yıllık periyod içerisinde 20 merkezden gönderilen 27.457 akciğer tüberkülozlu hastaya ait balgam örneklerinden izole edilen 14'ü RIF+INH 19'u da RIF+INH dışı major ilaçlara karşı dirençli bulunan suşlardaki minor antibiyotik direnci belirlenmiştir. Bu amaçla kullanılan yöntem proporsiyon (PPD) duyarlılık yöntemi ve MGIT-960 duyarlılık testlerinin nitroredüktaz aktivitesinin ölçümü ve hızlı sonuç üreten nitroredüktaz proporsiyon (NRPPD) yöntemlerinin duyarlılıkları karşılaştırılmıştır.Sonuç olarak; RIF+INF dirençli suşların 1(%7)'inin çalışılan tüm yöntemlerle minor antibiyotiklerin en az 3`üne karşı direnç geliştirdiği tespit edildi. Ayrıca çok ilaca dirençli tüberkülozun bölgemiz için ülke ortalamalarının üzerinde prevalans gösterdiği ve artan genişletilmiş ilaç dirençli tüberküloz olgularının arttığı bir duruma doğru ciddi tehtid yarattığı tartışılmıştır.Anahtar kelimeler: INH, MGIT, Mycobacterium tuberculosis, RIF
Yöremizde izole edilen Brusella Spp suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının E-Test yöntemi ile değerlendirilmesi
Bruselloz tüm dünyada yaygın olarak görülen ve ülkemizde kırsal alanlar başta olmak üzere önemli bir sağlık sorunu oluşturan zoonotik bir hastalıktır. Ülkemiz brusellozun endemik görüldüğü coğrafyada bulunmaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen Brusella cinsi bakterilerde tür tayini yapılması ve bu suşların klasik tedavi rejimlerinde kullanılan antibiyotiklere karşı in vitro duyarlılıklarının araştırılması amaçlanmıştır.Çalışmaya 2010 ile 2012 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesinde, klinik örneklerden izole edilen 50 Brusella suşu dahil edilmiştir. İzolatlar Vitek 2 otomatize sistemiyle tür düzeyinde tanımlanmıştır Brusella cinsi 50 izolata karşı doksisiklin, streptomisin, rifampisin, siprofloksasin, tigesiklin, gentamisin, trimetoprim-sulfametoksazole, eritromisin, ampisilin ve amoksisilin/klavulanik asit'in in vitro aktivitesi E-Test yöntemi ile belirlenmiştir.Tüm izolatlar Brusella melitensis olarak belirlenmiştir. Tüm izolatlar doksisiklin, streptomisin, siprofloksasin, tigesiklin, gentamisin, trimetoprim-sulfametoksazole, eritromisin, ampisilin ve amoksisilin/klavulanik asit'e duyarlı (%100) olarak bulunmuştur. Rifampisin'e 11 suş (%22) orta duyarlı, bir suşta (%2) dirençli olarak tespit edilmiştir. Tüm Brusella melitensis izolatlarına karşı minimal inhibitör konsantrasyon (MIK50; 0,023 ug/ml ve MIK90; 0,064 ug/ml) değerleri en düşük Trimetoprim-sulfametoksazole'de belirlenmiştir.Brusella türlerinin antibiyotik duyarlılıklarının belirli aralıklarla tespit edilmesinin ve buna göre tedavinin yönlendirilmesinin uygun olacağını düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Antibiyotik duyarlılık, Brusella spp, Bruselloz tedavisi, E-Test
Hastane enfeksiyonlarından izole edilen a.baumannii suşlarının AFLP ve pfge yöntemi ile moleküler karakterizasyonu
A. baumannii?nin hastane infeksiyonlarında önemi giderek artmaktadır. Özellikle yoğun bakm ünitelerinde sıklıkla izole edilmektedir. Hastane infeksiyonlarının önlenmesinde hijyen, personel eğitimi, akılcı antibiyotik kullanımı ve surveyans önemlidir. Tüm hastane infeksiyonlarında olduğu gibi A. baumannii?nin neden olduğu infeksiyonlarda da infeksiyonun epidemiyolojik özelliklerini değerlendirmek ve infeksiyon ile ilişkili izolatların klonal özelliklerini ortaya koymak için genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu yöntemlerden PFGE, A baumannii salgınlarının surveyansında, salgın izolatlarının klonal ilikisinin ve kaynağının tespit edilmesinde `?altın standart?? olarak kabul edilen bir yöntemdir. Ancak son yıllarda AFLP?nin sürveyans çalışmalarında PFGE yönteminin alternatifi olabileceği, yöntemin, PFGE?ye gore maliyet, geri dönüş süresi ve ayırım gücü yönünden avantajları olduğu ileri sürülmüştür. Bu çalışmada hastane infeksiyonlarının sürveyansında AFLP?nin kullanılabilirliğinin belirlenmesi amaçlanmış, test mikroorganizması olarak A. baumannii kontrol yöntem olarak da PFGE seçilmiştir. Çalışmada test suşu olarak Ç. Ü. Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuarına çeşitli servislerden gönderilen klinik materyalden izole edilen Karbapeneme dirençli 49 A. baumannii izolatıkullanılmıştır. Test suşları arasındaki klonal ilişki AFLP ve PFGE ile araştırılmıştır. PFGE yöntemi ile % 100 uyumlu bulunan ve A kümesi içerisinde alt kümelere dağılan 18 suşun 11?inin AFLP ile de % 100 ilişkili benzer alt kümelere dağıldıkları, bu küme içeriside yer alan 14 suşun da her iki yöntem ile bağımsız tek üyeli kümeler içerisine dağıldıkları görüldü. Böylece iki testin aynı suşları % 100 uyumlu ve ilişkisiz tek üyeli kümelere dağıtabilme yetenekleri dikkate alındığında AFLP?nin PFGE karşısında özgüllüğünün % 78.1 (25/32) olduğu görüldü. Ancak her iki yöntemin ayırım güçleri arasında anlamlı bir fark tespit edilemedi. Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, Amplified Fragment Length Polymorphism, Pulsed Field Gel Electrophoresis.
Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) mycobacterium tuberculosis izolatlarının filogenetik ilişkilendirilmesinde kullanılan IS6110, MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemlerinin karşılaştırılması
Tüberkülozun az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerdeki yüksek insidansı ve en az 2 major ilaca (MDR) ek olarak iki minor ilaca dirençli (XDR) suşlarının ortaya çıkışları,bu suşlarla birlikte özellikle anti-tüberküloz tedaviye cevap vermeyen Beijing suşlarının tüm dünyada yayılma eğilimi göstermesi tüberküloz kontrol programlarının en önemli handikapıdır. Bu global problem M tuberculosis suşlarının toplum içerisindeki hareketlerinin daha duyarlı ve yüksek ayırım gücüne sahip moleküler epidemiyolojik yöntemlerle izlenmesi ile aşılabilir. Bu amaçla Hsp65, IS6110, ve genomdaki random dağılım gösteren kısa tekrarların polimorfizmini hedef alan PCR, PCR-RFLP, MIRU-VNTR ve spoligotipleme gibi moleküler yöntemler ve modifikasyonları denenmiştir. Yapılan çalışmalarda bu yöntemlerin tek başlarına ayırım güçlerinin iki veya daha fazla yöntemin birlikte kullanılması ile elde edilecek ayırım gücünden daha düşük olduğu gösterilerek birden çok yöntemin kullanıldığı çalışmalar önerilmiştir. Daha önceki çalışmalarımızda bölgemizde akciğer tüberkülozlu hastalardan izole edilen M tuberculosis suşlarının epidemiyolojik özelliklerinin tespiti için bu yöntemlerden bazıları laboratuarımızda denenmiş, Beijing suşunun bölgemizdeki varlığı tespit edilmiştir. Bu çalışmada epidemiyolojik amaçlarla kullanılan IS6110 PCR-RFLP, 15 lokus MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemi ile M tuberculosis suşları arasındaki ilişkinin sorgulanması ve 3 yöntemin birlikteliği ile elde edilecek yüksek ayırım gücünün epidemiyolojik çalışmalara sağladığı muhtemel katkı tartışılacaktır. Bu proje kapsamında Ç.Ü THAUM ve Bölge Tüberküloz laboratuvarına gönderilen balgam örneklerinden sıvı [BACTEC 960 TB (hızlı)] ve katı [Löwenstein Jensen Besiyeri (yavaş)] kültür ortamlarında üretilen ve ticari kart testler ile M.tuberculosis kompleksi üyesi oldukları tespit edilen M.tuberculosis izolatları IS6110, MIRU-VNTR ve Spoligotyping yöntemleri ile tür düzeyinde tayin edilecek ve filogenetik ilişkileri irdelenecektir.
Klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında plazmid aracılı kinolon direnç geni QNR'nin araştırılması
K. pneumoniae bakterilere toplum ve hastane kökenli birçok enfeksiyonun etkeni olarak bilinmektedir. Özellikle son yıllarda ESBL üreten suşların artmasıyla K. pneumoniae?ya bağlı enfeksiyonların tedavisini güçleştirmiştir. 1962 yılından beri kullanımda olan kinolonlar hem Gram pozitif hem de Gram negatif bakterilere etkili ajanlardır. Kinolonlar, DNA giraz ve topoizomeraz IV enziminin inhibisyonu sonucu bakterisidal etki gösterir. Bakterilerdeki kinolon direnci, genellikle kromozomal genlerde meydana gelen mutasyonlar sonucunda ortaya çıkmaktadır. Ancak son yıllarda bu direnç mekanizmalarına ek olarak ortaya çıkan bir mekanizma da plazmid aracılı kinolon direncidir. Bu direnç genleri qnr olarak adlandırılmıştır. Son yıllarda artan plazmid aracılı kinolon direnç genleri enfeksiyonların tedavisinde güçlükler oluşturmaktadır. Qnr genleri tek başlarına kinolon direncine neden olmasa da kinolon duyarlılığında azalmaya ve minimum inhibitör konsantrasyonu değerlerinde artmaya neden olmaktadır. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 90 ESBL pozitif ve levofloksasin dirençli K. pneumoniae suşunda qnrA, qnrB ve qnrS genlerinin varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen suşlarda qnr genleri Real-time PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Çalışma sonunda 30 (%33,3) izolatta qnrB geni, 5 (%5,6) izolatta ise qnrS geni pozitif olarak bulunmuştur. Hiçbir suşta qnrA genine saptanmamıştır. Plazmid aracılığıyla aktarılabilen qnr genlerinin prevalansının yıllar geçtikçe artması klinik açısından önemli sonuçlar doğurabilecektir. Bu nedenle aktarılabilen kinolon direncinin izlenmesi ve yayılım oranlarının saptanması, alınacak önlemlerin belirlenmesi için önemlidir.
Çocuklarda viral solunum yolu enfeksiyonlarının multipleks real-time polymerase chain reaction (PCR) ve direkt immunfloresan test ile araştırılması
Viral solunum yolu enfeksiyonları, bütün dünyada çocuklarda morbidite ve mortalitenin önemli bir sebebidir. Bu çalışmanın amacı alt solunum yolu enfeksiyonu sebebiyle hastaneye yatırılan çocuklarda viral enfeksiyonların sıklığının multipleks real-time PCR ve direkt immunfloresan assay (DFA) ile araştırılmasıdır. Eylül 2012 ve Mart 2013 tarihleri arasında 17 yaş ve altındaki 158 çocuktan flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Örnekler 13 solunum yolu virusunun tespiti için multipleks real-time PCR (ARVI Screen Real-TM, Sacace, Italy) ve respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumovirus (hMPV), adenovirus ve parainfluenza virus (PIV) antijeni tespiti için DFA testi (Argene SA, France) ile analiz edilmiştir. Multipleks real-time PCR test ile 158 hastadan 114?ünün (%72.2) en az bir virus için pozitif olduğu bulunmuştur. Koenfeksiyon bütün hastaların 49?unda (%31) gözlenmiştir. Rhinovirus en yaygın virus olup 44 (%27.8) hastada tespit edilmiştir, bunu RSV (%17.7), adenovirus (%17.7), hMPV (%10.1), PIV 4 (%9.4), PIV 1 (%7.5), human bocavirus (%6.3), human coronavirus (HCoV) OC43/HKU1 (%4.4), PIV 2 (%3.1), PIV 3 (%3.1) ve HCoV 229E/NL63 (%1.8) izlemiştir. Real time PCR testine göre DFA testinin sensitivitesi RSV, hMPV, adenovirus ve PIV için sırasıyla %85.7, %75, %46.4 ve %70.4 ve spesifitesi %96.2, %96.5, %89.4 ve %94.7 bulunmuştur. Sonuç olarak çalışma grubumuzda viral solunum yolu enfeksiyonları %72.2 gibi yüksek bir oranda tespit edilmiştir. Gereksiz antibiyotik tedavisinin azaltılması ve nozokomiyal virus yayılımının önlenmesi için viral solunum yolu enfeksiyonlarının erken tanısında multipleks real-time PCR testinin yapılması önerilir ve daha hızlı test olan DFA testi de özellikle RSV ve hMPV için kullanılabilir.
Bakteriyel gastroenterit etkenlerinin araştırılması
Gastroenterit tüm dünyada, özellikle az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde önde gelen morbidite ve mortalite nedenlerindendir. Birçok etken gastroenterite yol açabilir. Bu etkenlerin tümünün rutin testlerle araştırılması hem pratik hem de ekonomik değildir. Genellikle epidemiyolojik amaçlı ya da tarama amaçlı elde edilen sonuçlarla tedavi yaklaşımı uygulanmaktadır. Tedavinin doğru yönlendirilmesi, mortalite ve morbiditeyi azaltmakla beraber gereksiz antibiyotik kullanımına engel olması açısından da önemlidir. Bu çalışma hastanemize başvuran hastalarda bakteriyel gastroenterit etkelerinin saptanması ve gastroenteritlerin tanısında kullanılan tanı yöntemlerinin irdelenmesi amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına 15.02.-31.05.2015 tarihleri arasında, gaita kültürü yapılması amacıyla gönderilen 115 örnek çalışmaya dahil edildi. Gaita örneklerinde direk mikroskobi, kültür ve PCR testleri ile etken patojenler araştırıldı. Kültür için eosin metilen blue agar ve xsiloz lysin deoksicolat agar kullanıldı. Üreyen bakterilerin tanımlaması Phoenix (Becton Dickinson, USA) cihazı ile yapıldı. PCR testi BD Max Enterik Bakteriyel Paneli ile multipleks olarak yapıldı ve Salmonella spp., Campylobacter spp. (jejuni ve coli), Shigella spp./Enteroinvaziv E. coli (EİEC), Shiga toksin 1 (stx 1)/ Shiga toksin 2 (stx 2) varlığı araştırıldı. Örneklerin 35'inde (% 30.4) her sahada 3 ve üzerinde lökosit saptandı. Kültür ile 10 (% 8.7) hastada enterik bir patojen saptandı. Kültürde 7 örnekte (% 6.1), Salmonella group, 3 örnekte (% 2.6) Shigella spp. saptandı. PCR ile örneklerin 7'sinde (% 6.1) Salmonella spp., 4'ünde (% 3.5) Shigella spp. ve 4'ünde (% 3.5) Campylobacter spp. olmak üzere 15'inde (% 13.1) bir etken patojen saptandı. Gastroenteritlerde tüm etkenlerin aynı anda saptanması zor olduğundan bölgesel olarak saptanacak olan verilerin sık rastlanılan bu tür hastalıklarda tanı ve tedaviyi yönlendirmede faydası olacağı sonucuna varılmıştır.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae türlerinin rep PCR yöntemi ile dna parmak izi analizi
Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama hastanesinde yatan hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarının Diversilab rep-PCR (Biomerieux, Fransa) yöntemi ile DNA parmak izi analizinin yapılması ve böylelikle suşlar arasındaki yakınlık ve epidemiyolojik özelliklerin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Rep-PCR ile yapılan klonal ilişki analizi sonucunda iki ana klon [A (7 izolat), B (5 izolat)], olmak üzere toplam 36 farklı klon tespit edilmiştir. 49 Klebsiella suşunun 7'sinin (%14) A klonunda; 5'inin (%10) B klonunda kümelendiği saptanmıştır. C, D ve E klonları ikişer suş şeklinde kümelenirken, örneklerin % 63'ü (n=31) tekli suştan oluşan kümeler şeklinde dağılım göstermiştir. A klonu pediatri ünitelerinden gönderilen örneklerden oluşmuş ve pediatri yoğun bakım ünitesi örneklerinin % 83'ü (5/6) A klonunda kümelenmiştir. B klonu erişkin hastalardan izole edilen suşlardan oluşmuştur; dahiliye yoğun bakım ünitesinden 3, genel cerrahi servisinden ve gastroenteroloji polikliniğinden birer suş B klonunda kümelenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada hastanemize ait Klebsiella suşlarının epidemiyolojik dağılımı değerlendirilmiştir. Çalışmadaki suşların % 63'ünün klonal ilişki göstermemesi hastanemizde yaygın bir Klebsiella epidemisi olmadığını göstermektedir. Anahtar Kelimeler. Klebsiella, Genotiplendirme, rep-PCR
Hepatit B virus ilaç direnci mutasyonlarının pyrosequencing metodu ile tespiti
Kronik hepatit B virus (HBV) enfeksiyonun uzun süreli tedavisi sırasında nükleoz(t)id analoglarına karşı ilaç direnci mutasyonlarının gelişmesi tedavi başarısızlığına yol açan önemli bir sorundur. Bu çalışmanın amacı kronik hepatit B enfeksiyonu olan hastalarda HBV ilaç direnci gen mutasyonlarının pyrosequencing metodu ile araştırılmasıdır. Kasım 2013 ve Mayıs 2014 tarihleri arasında kronik hepatit B enfeksiyonu olan 89'u tedavi almayan (naif) ve 48'i tedavi alan toplam 137 hastaya ait serum örnekleri lamivudin (LAM), adefovir (ADV), telbivudin (TEL), entecavir (ETV) ve tenofovir (TDF) ile ilişkili ilaç direnç mutasyonlarının tespiti için real-time PCR testi sonrası pyrosequencing metodu (PyroStar HBV Drug Resistance Test, Altona Diagnostics, Germany) ile analiz edilmiştir. Tedavi almayan 89 hastada TDF'e duyarlılığı azaltan rtA194T mutasyonu 1(%1.1) vakada bulunmuştur. Tedavi edilen 48 hastada LAM ve TEL'e ilaç direnci ve ETV'e karşı da çapraz dirence sebep olan rtM204I mutasyonu 1 (%2.1) vakada tespit edilmiştir. Kompensatuvar mutasyon olan rtL180M 2 (%4.2) hastada gözlenmiştir. ETV direncini gösteren rtT184S mutasyonu ile birlikte rtM204V'in varlığı 1 (%2.1) hastada tespit edilmiştir. Sonuç olarak, ilaç direnci mutasyonlarının insidansı tedavi alan hasta grubunda %8.3 ve tedavi almayan grupta %1.1 olarak bulunmuştur. Kronik hepatit B enfeksiyonu olan hastalarda tedavi öncesi ve sırasında pyrosequencing metodu ile ilaç direnci mutasyonlarının erken tanısı uygun antiviral ilaç seçimine katkıda bulunacaktır. Anahtar Sözcükler: Hepatit B virus ilaç direnci, pyrosequencing metodu, lamivudin, adefovir, telbivudin, entecavir, tenofovir.
Çukurova bölgesinde klinik örneklerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK)suşlarında çoklu ilaç direnci (ÇİD) ile beraber ikinci seçenek anti-tüberküloz ilaçlara da karşı gelişen yaygın ilaç direncinin (YİD) fenotipik ve genotipik olarak incelenmesi
Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK) suşlarının, ikinci seçenek anti-tüberküloz (anti-TB) ilaçlara da direnç geliştirmesiyle yaygın ilaç dirençli (YİD) suşların ortaya çıkışı en önemli insan sağlığı tehditlerinden birini oluşturmaktadır. Bu sebeple, araştırmamızda bölgemizde izole edilen MTBK suşlarının birinci ve ikinci seçenek ilaç duyarlılık paterninin değerlendirilmesi, ÇİD ve YİD suşların hızlı tanısında mutasyonları tespit etmeye yönelik multipleks Real-Time PCR yönteminin kullanılması, böylece elde edilen fenotipik ve genotipik sonuçların karşılaştırılması amaçlandı. ÇÜ THAUM ve Bölge Tüberküloz laboratuvarına gönderilen klinik örnekler ÇİD MTBK suşunun izole edildiği 44 kültür örneği ve ARB pozitif 50 balgam örneğinden oluşan iki grup halinde incelendi. Fenotipik olarak, MTBK identifikasyonunu takiben suşların birinci ve ikinci seçenek anti-TB ilaçlara direnç paternleri BACTEC MGIT 960 sistemi ve Lowenstein Jensen agar proporsiyon duyarlılık (APD) yöntemleri ile belirlendi. Genotipik olarak ise, multipleks Real-Time PCR yöntemi ile yeni bir Anyplex™ II MTB/MDR/XDR Detection kit (Seegene) kullanarak bütün örneklerde aynı anda hem MTBK varlığı, hem de ÇİD ve YİD yönünden direnç durumu ortaya çıkarıldı. Çalışma sonucunda, fenotipik ve genotipik inceleme sonuçlarının çok uyumlu olduğu, ÇİD tespitinde fenotipik yöntemlere göre kullandığımız moleküler yöntemin duyarlılığının %80, özgüllüğünün de % 100 olduğu görüldü. Ayrıca, MTBK suşlarımız içerisinde YİD bulunamazken, her iki yöntemle de, ikisi florokinolonlara, biri de injektabl ilaçlara dirençli olmak üzere toplam üç ön-YİD MTBK tespit edildi. Sonuç olarak, yeni multipleks Real-Time PCR yönteminin MTBK, ÇİD ve YİD tespitinde kullanılabilir ve güvenilir bir yöntem olduğu kanaatine varıldı. Anahtar Kelimeler: Agar proporsiyon duyarlılık yöntemi, Çoklu İlaç Direnci (ÇİD), M.tuberculosis kompleks (MTBK), Real-Time PCR, Yaygın İlaç Direnci (YİD)
Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli gram olumsuz basillerde karbapenem direncinin moleküler analizi
Gram negatif basillerde görülen karbapenem direnci tüm dünyada ve ülkemizde uzun yıllardır süren bakteriyel direnç probleminin son basamağıdır. Tedavide klinisyenlerin çoğu zaman çaresiz kaldığı karbapenem dirençli gram negatif basil infeksiyonlarında uzun vadede başarıya ulaşmanın tek yolu mikrobiyolojik yöntemlerle mekanizma ve epidemiyolojiyi aydınlatacak çalışmalar yapmaktır. Ülkemizde bu konuda yapılan araştırmalar çok sınırlı ve geniş bir sürveyans çalışması mevcut değildir. Bu çalışmada çeşitli klinik infeksiyonlardan izole edilen karbapeneme dirençli olduğu belirlenem gram negatif bakterilerin fenotipik yöntemlerle çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının belirlenmesi ve genotipik yöntemlerle dirence yol açan enzimlerin belirlenerek epidemiyolojik veriler sunulması amaçlanmıştır. Çalışma sonunda; karbapenem dirençli gram negatif bakteri infeksiyonlarında güvenle kullanılabilecek tek antibiyotiğin kolistin olduğu, diğer antibiyotiklere karşı %50-100 oranında direnç olduğu görülmüştür. Karbapenem direncinin genotipik olarak analiz edilmesinden sonra tüm türlerde en baskın karbapenemaz genlerinin OXA-48 ve OXA-58 olduğu, non-fermenterler türlerde GES ve PER genlerinin ayrıca Enterobacteriaceae türlerinde ise IMP, VIM ve NDM tipi genlerin karbapenem direncinden sorumlu karbapenemaz enzimleri olduğu belirlenmiştir.İzolatların %26.7`sinde ise direncin karbapenemazlar dışında kalan G.S.B.L. enzimlerinden kaynaklandığı belirlenmiştir.
Kan kültüründen izole edilen candida türü mayaların repetetive-PCR ile klonal dağılımlarının belirlenmesi
Yoğun bakım üniteleri (YBÜ) hastane enfeksiyonlarının en sık rastlandığı hastane birimleri olup, son yıllarda maya enfeksiyonlarında da artış gözlenmektedir. Maya enfeksiyonlarının çoğunun endojen kökenli olduğu bilinmekle birlikte çapraz bulaşın da olabileceği düşünülmektedir. Bu çalışma, YBÜ'sinde yatmakta olan hastaların kan kültürü örneklerden izole edilmiş Candida izolatlarının DNA parmak izi analizi ile benzerliklerinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Mayıs-Aralık 2014 tarihinde, YBÜ'sinde yatmakta olan hastaların kan kültürü örneklerinden izole edilen Candida izolatları çalışmaya alındı. Kan kültürü örnekleri Bactec (BD, USA) sisteminde değerlendirildi. Üreme olan kan kültürü şişelerinden önerilen prosedüre uygun olarak subkültürler yapıldı. Tanımlama, konvansiyonel yöntemler ve Phoenix (BD, USA) kullanılarak yapıldı. Candida olarak saptanan mikroorganizmaların Diversilab (Biomerieux, Fransa) cihazı ile rep-PCR ile DNA parmak izi analizi yapıldı. Çalışma kapsamında 44 farklı hastadan soyutlanmış izolatta DNA parmak izi araştırması yapıldı. Bununla birlikte 40 izolatta sonuç alındı. Çalışmada değerlendirilen 40 izolatın, 21'i (% 52.5) C. albicans, 12'si (% 30) C. parapisilosis, 7'si (% 17.5) C. tropicalis, idi. DNA parmak izi analizi sonrasında 9 C. parapisilosis izolatının aynı klon olduğu saptandı. Ayrıca C. albicans izolatları arasında 3 farklı benzerlik (her birinde iki izolat bulunan) saptandı. Kandidemide mikroorganizmanın kaynağının sıklıkla endojen olduğu bilinmekle birlikte, izolatların bazılarının identik saptanması kandida için ekzojen kaynaklar olabileceğini düşündürmüştür. YBÜ gibi birçok risk faktörü taşıyan hastaların yattığı alanlarda enfeksiyon kontrol önlemlerinin doğru uygulanmasınınen önemli yaklaşım olacağı düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Kandidemi, Yoğun bakım ünitesi, rep-PCR
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde saptanan hıv-1 izolatlarında sekans analizi yöntemi ile alt grupların saptanması
Keşfedileli çok az zaman olmuş olmasına rağmen Human Immunodeficiency Virus(HIV) günümüzde enfeksiyon hastalıkları etkenleri içerisinde önemli bir yere oturmuştur. Özellikle CD4+T lenfositleri hedef alan virüsün, sahip olduğu bazı enzimatik mekanizmalarla konak hücre DNA'sına integre olmasıyla seyreden süreç, virüsün tüm bağışıklık mekanizmalarını yetersiz hale getirmesi, ardından gelişen malignite ve enfeksiyonlar ile hastanın ölümüne kadar giden bir seyir göstermektedir. Virüsün HIV-1 ve HIV-2 olarak iki alt türü tanımlanmış olup, coğrafik olarak dünya üzerindeki dağılımları farklılık göstermektedir. Gaziantep ili son yıllarda göçmen hareketliliğinin sık rastlandığı illerden biri olup, bu çalışma ilimizde saptanan HIV izolatlarının alt-tür dağılımının belirlenmesi ve HIV enfeksiyonlarındaki epidemiyolojik bulguların (bulaş kaynağı, yaş dağılımı, vb.) irdelenmesi amacıyla yapılmıştır. Mart-Kasım 2015 tarihleri arasında laboratuarımıza HIV RNA testi çalışılması amacıyla gönderilen ve RNA testi >1000 kopya/mL olarak saptanan 35 hasta çalışmaya dahil edildi. HIV-1 RNA testi real-time PCR ile QIAsymphony SP/Artus HIV-1 QS-RGQ Kit (QIAGEN GmbH, Almanya), kiti kullanılarak yapıldı. Çalışmaya dahil edilen hastalardan 2'sinde amplifiye edilen RNA dizileri, sekans için uygun olmadığından 33 örnekte sekanslama yapılarak subtip analizi ve filogenetik değerlendirme yapıldı. HIV-1 (ters transkriptaz domaini, kodon 41-232) dizilenmesinde, TheFrench ANRS (National Agency for AIDS Research) AC11 Direnç Grubu'nun PCR ve dizileme algoritmasından yararlanıldı. Filogenetik analiz çalışmaları sonucunda HIV-1 subtiplendirmesi sonucunda 33 hastanın 22'si (% 66.6) subtip B olarak saptanmıştır. Hastaların 7'sinde (% 21.21) subtip A1 saptanmıştır. Hastaların 3'ünde (% 9.09) CRF02_AG olarak saptanmıştır. Bir (% 3.03) hastada ise subtip C olarak saptanmıştır. Dünya üzerinde eskiye oranla sık yaşanan insan hareketliliğinin, enfeksiyon etkenlerinin dağılımına da etkisi olacağından, HIV'in subtip analizlerinin yapılması virüsün yayılımını gözlemlemek açısından önemlidir.
Diyabetik hastalarda latent tüberkülozun quantiferon gold testi ile araştırılması
Tüberküloz (TB), insanlık tarihi boyunca, enfeksiyon hastalıklar içinde her zaman önemli bir yere sahip olup son yıllarda yeni TB olgularının sayısı hızla artmaktadır. Bu artışta Latent tüberküloz (LTB) olgularının da önemli bir yeri bulunmaktadır. LTB enfeksiyonu olan bireylerdeki en önemli risk, hayatlarının bir döneminde aktif TB enfeksiyonu gelişmesidir. TB enfeksiyonunun hastalığa ilerleme riski konağa ait risk faktörlerine göre değişmektedir. Bu risk normal popülasyonda %5-10 arasındır ve aktif hastalık ve gelişme riski enfeksiyonun edinilmesinden sonraki ilk 2 yıl içinde maksimum düzeydedir. Bu yüzden gelişmiş ülkelerde TB kontrol stratejilerinin en önemli basamaklarından biri de enfekte olan kişilerin belirlenmesi ve bunların tedavi edilmesidir. Bu da LTB enfeksiyonu olan bireylerin doğru tanı ve tedavisini önemli kılmaktadır. Enfekte olduktan sonra hastalanma riskini arttıran en önemli neden kişinin immünsüpresyonudur. Diabetes Mellitus (DM) hastalığı toplumda yaygın olarak bulunan ve immün sistemi baskılayan önemli hastalıklardan biridir. Bu nedenle çalışmada, diyabetli hastalarda latent Mycobacterium tuberculosis prevalansının Quantiferon- TB Gold yöntemiyle saptanması amaçlanmıştır. Çalışmada, endokrinoloji polikliniğinde tanısı konmuş veya tedavi alan Tip 1 ve Tip 2 DM hastaları ve toplumdan randomize olarak oluşturulan kontrol grubu olmak üzere üç grup kendi arasında karşılaştırılmıştır. Her gruptan 25 er kişi olmak üzere toplam 75 kişiden kan alınarak çalışılmıştır. Bu çalışma sonucunda, Tip 1 DM hastalarda 5 (%20), Tip 2 DM grubunda 10 (%40) ve kontrol grubunda 6 (%24) olmak üzere 75 kişinin 21'inde (%28) pozitiflik saptanmıştır. Gruplar arasında ve grupların kontrol grubu ile yapılan istatistiksel değerlendirmesinde anlamlı bir farklılık saptanmamıştır. Cinsiyet olarak bakıldığında erkeklerde daha fazla görülmekle birlikte anlamlı farklılık bulunmamıştır. Yaş grupları arasında da anlamlı farklılık saptanmamıştır. Sonuç olarak LTB enfeksiyonunu,özellikle immünsüprese kişilerde daha sık saptandığı ve bu nedenle diyabetli kişilerde latent tüberkülozun araştırılması gerekliliği görülmektedir. Anahtar kelimeler: Diyabet, Latent tüberküloz, Quantiferon TB-Gold testi
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen enterokoklarda yüksek düzey aminoglikozid direncinin araştırılması ve moleküler analizi
Enterokoklar son yıllarda hastanelerde en sıklıkla izole edilen patojenler olup, sahip oldukları doğal direnç mekenizmaları yanı sıra, kazanılmış direnç genleri ile de en dirençli bakterilerden biridir. Aminoglikozid grubu antibiyotiklerin enterokok enfeksiyonlarında tek başına kullanımı bakterinin metabolik aktivitesine uygun olmadığından, genellikle bir hücre duvar sentezini inhibe eden antibiyotikle kullanımı gereklidir. Bununla birlikte eğer bakteride yüksek düzey aminoglikozid direnci de bulunuyorsa bu sinerjik etkili kombinasyon tedavide kullanılamamaktadır. Yüksek düzey aminoglikozid direnci kazanılmış bir direnç olup, genellikle aminoglikozid modifiye edici enzimler ile oluşmaktadır. Bu çalışma bir moleküler epidemiyolojik çalışma olarak, hastanemizde izole edilen enterokoklarda rastlanan aminoglikozid modifiye edici enzimlerin, yada bunları sentezleten genlerin neler olduğunun saptanması amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına sürveyans amacıyla gönderilen rektal sürüntü örneklerinden izole edilen vankomisin dirençli enterokoklar (VRE) ile bu çalışma yapıldı. Sürveyans için gönderilen örnekler vankomisin selektif agar besiyerine ekildi. Üreme olan enterokok izolatlarının vankomisin için MİK değeri E test ile belirlendi. Bakterilerin tanımlaması, Bruker (BD, ABD) ile yapıldı. İzolatların 120 µg gentamisin içeren disk kullanılarak yüksek düzey aminoglikozid direnci belirlendi. Yüksek düzey aminoglikozid direnci saptanan izolatların multiplex PCR ile; [aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia, aph(2_)-Ib1, aph(2_)-Ic, aph(2_)-Id, aph(3_)-IIIa] gen bölgeleri çalışıldı. Gen dizaynı için literatür kullanıldı. Dizayn edilen bölgeler, Light Cycler (Roche) cihazı ile çalışıldı. Çalışmaya alınan, vankomisine ve, yüksek düzey aminoglikozid direçli 100 enterokok suşunun 82'si (% 82) E. feacium, 11'i (%11) E. faecalis, 7'si E. gallinarum olarak tanımlandı. Suşların 67'sinde (% 67) aph(3_)-IIIa gen bölgesi, 2'sinde (% 2) aph(2_)-Id gen bölgesi ve 1 izolatta aph(2_)-Ib1 bölgesinde pozitiflik bulundu. aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia ve aph(2_)-Ic bölgeleri hiçbir izolatta saptanmadı. İzolatların % 30'unda hiçbir gen bölgesinde pozitiflik saptanmadı. Enterokoklardaki aminoglikozid direncinden hastanemizde de çoğunlukla aminoglikozid modifiye edici enzimlerin sorumlu olduğu bulunmuştur. Bakteriler arasında bu enzimleri taşıyan ve kodlayan genler aktarılabileceğinden direnç gelişiminin kontrol altında tutulabilmesi için rasyonel antibiyotik kullanımı önemli olduğu görülmüştür.
Vaginal örneklerden izole edilen candida'ların tiplendirilmesi ve broth mikrodilüsyon yöntemi ile antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Candida türleri, dünya çapında görülen ikinci en yaygın vulvovajinit etkenidir. Klinik tablo,kalın veya çok ince olabilen beyaz renkli akıntı ve kaşıntı şikayetlerini içermektedir. Enfeksiyon, vulvovajinal mukozada, ayrıca perianal bölgede, kızarıklık ile ilişkilendirilmiştir. Bu çalışmada, vajinal örneklerden izole edilen Candida'ların identifikasyonu ve antifungal direnç durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Kliniğine Aralık 2014-Temmuz 2015 tarihleri arasında vajinal kaşıntı, akıntı gibi şikayetler ile başvuran 481 hastadan mantar etkeni araştırmak amacıyla alınan vajinal örnek kültüründe saptanan 100 (%20.8) Candida suşu değerlendirmeye alınmıştır. İzole edilen Candida'ların identifikasyonu klasik yöntemler yanında, kromojenik agar ve otomatize identifikasyon yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Kökenlerin amfoterisin B, itrakonazol, flukonazol, ketokonazol vorikonazol ve kaspofungin duyarlılıkları, Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) M27-A3, M27-S3 ve M27-S4 dökümanlarındaki referans broth mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Vulvovajinal kandidiyazis (VVC) olduğu belirlenen 100 kadından 21'i (%21) 18-25 yaşları arasında, 40'ı (%40) 26-40 yaşları arasında ve 39'u (%39) 41 ve üzeri yaşta idi. Hastaların 42'sinin (%42) tekrarlayan mantar enfeksiyonu, 58'inin (%58) akut mantar enfeksiyonu olduğu belirlenmiştir. Hastalarımızın 13'ü (%13) Diyabetes Mellitus tanısı almış hastalardı. Hastaların vajinal örneklerinden izole edilen 100 Candida suşunun 47'si (%47) Candida albicans, 43'ü (%43) C.glabrata, 5'i (%5) C.kefyr, 2'si (%2) C.krusei, 2'si (%2) C.tropicalis, 1'i (%1) C.guilliermondii olarak identifiye edilmiştir. Çalışmamızda, antifungal ilaçların MİK aralıkları amfoterisin B için 0.25-1 µg/mL itrakonazol için 0.03-16 µg/mL arasında, flukonazol için 0.125-64 µg/mL arasında, ketokonazol için 0.03-16 µg/mL arasında, vorikonazol için 0.03-16 µg/mL arasında, kaspofungin için 0.015-2 µg/mL arasında saptanmıştır. İzole edilen Candida suşlarının 13'ü (%13) kaspofungine, 12'si (%12) flukonazole, 42'si (%42) itrakonazole dirençli olarak tespit edilmiştir. C.glabrata dışındaki Candida'ların 14'ü (% 24.6) vorikonazole dirençli bulunurken, amfoterisin B'ye dirençli suş tespit edilmemiştir. MİK değeri ≥16 µg/mL olan suşlar dirençli kabul edilerek, izole edilen Candida'ların 3'ü (%3) ketokonazole dirençli bulunmuştur. Çalışmamızda VVC'de C. albicans'dan sonra en sık saptanan etken C. glabrata olarak tespit edilmiştir. Tedavide sistemik olarak kullanılabilen azol grubu ilaçlara karşı saptanan direnç oranları ve kaspofungin direnci dikkat çekici boyutlardadır.