Akut ishallerde campylobacter jejuni ve diğer etyolojik ajanların hızlı tanısında moleküler yöntemlerin değeri

Termofilik kampilobakterler, gelişmekte olan ülkelerde özellikle 0-2 yaş arası çocuk ishallerinin en önemli etyolojik ajanlarındandır. Yüksek mortalite ile seyreden çocukluk dönemi ishallerinde; antibiyotik kullanımı için sınırlı endikasyonlar arasında yer alan kampilobakter enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı, hasta kayıplarının en aza indirilmesi ve etkili bir tedavi planının oluşturulması açısından önemlidir. İshalli hastaların dışkı örneklerinden kampilobakterlerin tanısında kullanılan klasik kültür bazlı izolasyon ve identifikasyon yöntemleri, uygulanması zor, pahalı, zaman alıcı, düşük duyarlılık ve özgüllüğe sahiptir. Bu sebeple son yıllarda klinik örneklerden kampilobakter tanısında, klasik kültür bazlı tanı yöntemlerinden daha yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip olan Nükleik asit amplifikasyonu bazlı moleküler yöntemler kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada ishalle seyreden hastalıklarda, dışkı örneklerinden C.jejuni ve diğer termofilik kampilobakter türlerinin tanı ve tiplendirilmesinde, konvansiyonel kültür yöntemleri ile 23S rDNA bazlı PCR-RFLP yönteminin duyarlılığının tespiti amaçlanmıştır.Bu çalışmaya, Haziran-2006 ile Ekim-2007 tarihleri arasında kalan toplam 15 aylık süre içerisinde ishalli hastalardan alınan toplam 434 dışkı örneği dahil edilmiştir.Dışkı örneklerinden kampilobakter izolasyonu için, koyun kanı içeren Skirrow sellektif agar (SSA) besiyeri, Modifiye Kampilobakter Blood- Free Selective Agar (mCCDA agar) ve CAT suplement içeren CCDA besiyeri kullanıldı.Dışkı örneklerinden QIA-Gen dışkı ekstraksiyon kiti ile elde edilen DNA ekstraktı ile seçici besiyerlerinde üreyen, kampilobakter kolonilerinden dondurup çözme? yöntemi kullanılarak elde edilen DNA ekstraktı, termofilik kampilobakter türlerinin 23S rDNA geninde yer alan 491 bp uzunluğundaki dizilerin tespiti amacı ile çoğaltıldı. Amplikonlar Alu I ve Tsp 509I restriksiyon enzimi ile kesildikten sonra, jel elektroforezinde gösterdikleri fragment profil polimorfizmine göre tür düzeyinde tanımlandı.Çalışma sonunda bu yöntemlerden en az birisi ile; 13 (% 59)'ü kadın, 9 (% 41)'u da erkek hastalara ait olmak üzere 22 (% 5,1 ) örnekde kampilobakter pozitifliği tespit edildi. Örneklerin 16 (% 3,7)'sında mCCDA ve CAT besiyerlerinde, 13 (% 3 )'ünde de SSA besiyerinde üreme görüldü. PCR-RFLP ile dışkı örneklerinden 19 (% 4,5)'unda termofilik kampilobakter türleri için spesifik olan hedef dizilerin varlığı tespit edildi.Seçici besiyerlerlerinde izole edilen 17 izolatın hippurat hidroliz testi sonuçlarına göre yapılan tiplendirilmesi sonucunda, ensık tanımlanan türün 13 (% 76,5 ) izolatla C.jejuni olduğu görüldü. Aynı izolatlar PCR-RFLP ile tiplendirildiğinde en sık tanımlanan türün 14 (% 82,4) izolat ile yine C.jejuni olduğu tesbit edildi.Dışkıdan termofilik kampilobakterlerin tanısında ve tür düzeyinde identifikasyonunda moleküler yöntemlerin daha sensitif olduğu belirlendi