35
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Bingöl il merkezinde bulunan hastanelerde görev yapan hekimlerin iş doyumları ve örgütsel bağlılıklarının değerlendirilmesi
Bu araştırma, hekimlerin iş doyumu ile görev yaptıkları hastaneye bağlılıklarını değerlendirmek amacıyla yapılmıştır. Kesitsel nitelikte ve tanımlayıcı olan araştırma, Bingöl il merkezinde bulunan Devlet Hastanesi, Doğum ve Çocuk Bakımevi Hastanesi ve Özel Uzmanlar Tıp Merkezi'nde görev yapmakta olan 73 hekimin tümü üzerinde gerçekleştirilmiştir. Veri toplama aracı olarak Kişisel Bilgi Formu, İş Doyumu ile Örgütsel Bağlılık ölçekleri kullanılmıştır.Araştırmada hekimlerin %69.9'u 30-39 yaş arasında, %72.6'sı evli, %83.6'sı erkek ve %61'inin eşi üniversite mezunudur. Hekimlerin %64.4'ü Devlet Hastanesinde, %21.9'u Doğum ve Çocuk Bakımevinde, %13.7'si Özel Uzmanlar Tıp Merkezinde çalışmaktadır. Hekimlerin yaşı artıkça ast-üst ilişkiler ile fiziksel koşullar iş doyumu alt ölçeklerinde doyumlarının artığı sonucu saptanmıştır (p<0.05). Araştırmada tüm hekimlerin toplam iş doyumu puan ortalaması 127.67±12.67 olarak bulunmuştur. Üç hastanedeki toplam iş doyumu puan ortalaması arasındaki farkın istatiksel olarak anlamlı olduğu (p=0.025) ve Özel Uzmanlar Tıp Merkezinde çalışan hekimlerin en yüksek puan ortalamasına sahip olduğu saptanmıştır. Tüm hekimlerin toplam örgütsel bağlılık puan ortalaması 48.20±6.87 olarak bulunmuştur. Üç hastanedeki toplam örgütsel bağlılık puan ortalaması arasındaki fark istatiksel olarak anlamlı bulunmamıştır (p=0.860). Ancak Uzmanlar Tıp Merkezi'nde çalışan hekimlerin en yüksek puan ortalamasına sahip olduğu saptanmıştır. Bekar hekimlerin duygusal bağlılık puan ortalamasının evli hekimlerin puan ortalamasından yüksek olduğu bulunmuştur (p=0.047).Sonuç olarak; Devlet Hastanesi ile Doğum Çocuk ve Bakımevi Hastanesinde çalışan hekimlerin iş doyumunu ve örgütsel bağlığını artırılması için yeni politikaların uygulanmasının gerektiği, hekimlerin iş doyumunu ve örgütsel bağlılığını olumsuz etkileyen faktörlerin iyileştirmesi için gerekli önlemlerin alınması gerektiği kanaatine varılmıştır.Anahtar Kelimeler: İş Doyumu, Örgütsel Bağlılık, Hastane, Hekimler
Elazığ il merkezinde ilköğretim öğretmenlerinde tükenmişlik düzeyi
Bu çalışmada; Elazığ il merkezindeki ilköğretim öğretmenlerinin tükenmişlik düzeylerini saptamak, değişkenler arasındaki ilişkiyi tespit etmek ve bu noktadan hareketle tükenme sorununa çözüm önerileri getirmek amaçlanmıştır.Tükenmişliğin ölçülmesinde; Maslach Tükenmişlik Ölçeği (MTÖ), kişisel ve mesleki özelliklerde; Kişisel Bilgi Formu (KBF) ve veri analizlerinde ise; Mann Whitney-U ve Kruskal Wallis-H testi uygulanmıştır. Alt ölçekler arasındaki ilişkinin tespitinde korelasyon analizi kullanılmıştır. Ölçekte geçerlilik-güvenilirlik analizi yapılarak, hata payı üst sınırı ? = 0.05 olarak kabul edilmiştir.Öğretmenlerin; görevi yürütme biçimleri, medeni durumları, eğitim düzeyleri, çocuk sayıları ve çalışma sürelerinin tükenmişlik düzeylerini etkilemediği (p>0.05), fakat cinsiyet, çalışma süresi, mesleki yeterlilik, iletişim kurma, takdir görme, ekonomik tatmin, yaş ve mesleki kıdemin ise etkili olduğu saptanmıştır (p<0.05). Ayrıca; duygusal tükenme (DT) ve duyarsızlaşma (D) alt boyutları açısından düşük, kişisel başarı (KB) açısından ise yüksek puanların alınması, öğretmenlerin düşük düzeyde tükenmişlik yaşadığını ortaya çıkarmıştır.Anahtar Kelimeler: Duyarsızlaşma, duygusal tükenme, kişisel başarı, Maslach tükenmişlik ölçeği, öğretmen
Batman ili merkezde yer alan hastanelerde görev yapan hemşirelerin iş doyumu ve örgütsel bağlılıklarının değerlendirilmesi
Bu çalışmada Batman il merkezinde yer alan hastanelerde görev yapan hemşirelerin iş doyumu ve örgütsel bağlılıkları çeşitli demografik faktörlerle karsılaştırılarak belirlemek amaçlanmıştır. Araştırma evrenini Batman il merkezindeki devlet ve özel hastanelerde görev yapan 379 hemşire oluşturmuştur. Ancak; yıllık izin, doğum izni, askerde olanlar ve anketi cevaplandırmak istemeyenler olması nedeniyle ankete katılım oranı %81 olmuştur. Araştırmada kullanılan anket üç bölümden oluşmaktadır. Birinci bölümde demografik faktörlere, ikinci bölümde iş doyumunu, üçüncü bölümde ise örgütsel bağlılığı ölçmeye yönelik sorulara yer verilmiştir.Elde edilen verilerin istatistiksel değerlendirmelerinde istatistik paket programı kullanılmış olup; hemşirelerin tanıtıcı özelliklerinin karşılaştırılmasında sayı ve yüzdelik bulunmuştur. Hemşirelerin iş doyumunun karşılaştırılmasında Kruskal Wallis varyans analizi ve Mann Whitney U testi kullanılmış olup, sonucun anlamlı çıktığı durumda farkın kaynağını bulmak için Mann Whitney U testi uygulanmıştır.Hemşirelerin örgütsel bağlılıklarının karşılaştırılmasında ise tek yönlü varyans analizi ve t testi kullanılarak, sonucun anlamlı çıktığı durumlarda farkın kaynağını bulmak için Duncan testi uygulanmıştır. Alt ölçekler arasındaki ilişkilerin belirlenmesinde Pearson Momentler Çarpımı Korelasyon Analizi kullanılmıştır.Araştırmada incelenen hemşirelerin %75.5'i kadın. %46.5'i 18-25 yaş arasında. %50'si evli, %63.2'si devlet hastanelerinde görev yapmaktadır. Tüm hemşirelerin toplam iş doyumu puan ortalaması 123.58±29.74, toplam örgütsel bağlılık puan ortalaması ise 50.18±11.96 olarak bulunmuştur.Sonuç olarak; devlete bağlı hastanelerde ve özel hastanelerde çalışan hemşirelerin iş doyumunun ve örgütsel bağlılığının arttırılması için tedbirler alınması gerektiği kanaatine varılmıştır.
Varyans analizinin sağlık bilimlerinde uygulanışı
1. ÖZET Bu çalışmada, varyans analizi ve varyans analizinin yapısını tamamlayan Tukey testi incelenmiştir. Bu amaçla, Fırat Üniversitesi Elazığ Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksek Okulu'nun farklı bölümlerine 2002-2003 öğretim yılında kayıt yaptıran öğrencilerin güz yarıyılındaki basan notlan SPSS kullanılarak analiz edilmiştir. Çalışmada, Anestezi, Radyoloji ve Tıbbi Laboratuvar bölümlerinin ortak ders olarak gördükleri Fizyoloji ve Biyokimya dersleri basan notlan ile her iki dersin aritmetik ortalamaları esas alınmıştır. Bu notlar, SPSS üzerinde grup sırasına göre tek tek yazılmış ve yine SPSS yardımı ile incelenip analiz edilmiştir. Bu yöntemle, bölümler içi ve bölümler arası basan oranlan, dersler ve cinsiyet faktörüne göre incelenmiş ve aralarında istatistiksel anlamda önemli farklılıklar olup olmadığı irdelenmiştir. Ayrıca, tüm bölümler bir toplam olarak ele alınmış ve bu doğrultuda cinsiyet faktörüne göre tekrar incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar tablolar ve grafikler yardımı ile daha açık şekilde gösterilmeye çalışılmıştır. Bu istatistiksel incelemelere dayanarak elde edilen en temel sonuçlara bakacak olursak; kız öğrencilerin erkek öğrencilere göre genelde daha başarılı oldukları ve "Fizyoloji" dersinin en başarılı olunan ders, "Anestezi" bölümünün ise en başarılı bölüm olduğunu söyleyebiliriz. Anahtar Kelimeler: SPSS, Varyans Analizi, Tukey testi
Klinik çalışmalarda meta analizi ve meta regresyon: Bir uygulama
Bu çalışmanın amacı araştırıcılara meta analizi ve meta regresyon yöntemini tanıtarak, uygulanabilir bir çözüm haline getirmektir. Çalışma çölyak hastalığı ve kanser üzerinde yapılmış olan farklı yıllar ve ülkelerde dokuz çalışma üzerinde bir uygulama yapılarak gösterilmiştir. Regresyon veya çoklu regresyon yöntemlerini bir veya daha fazla ortak değişken (bağımsız değişken) ve bir bağımlı değişken arasındaki ilişkiyi değerlendirmek için kullanılmaktadır. Mevcut çalışmada, değişik sonuçlarla bildirilen çölyak hastalığının kanserle olan ilişkisine ait mevcut kanıtların gücünü değerlendirmek için meta analiz ve sonrası meta regresyon yapıldı. Çalışma sonuçlarındaki değişkenlik veya heterojenliğin incelenmesi de kritik bir sonucu incelemek açısından önem arz eder. çölyak hastalığı ile kanser arasındaki mevcut çalışmalar, meta analizi birleştirildi. İkinci adımda meta regresyon analizi uygulandı. Bu sonuç, çölyak hastalarında genel malignite insidansının biraz arttığı söylenebilir. Ayrıca Meta regresyon yönteminde etki büyüklüğü ile regresyon varlığı test edilmiştir. Test sonucunda ilişki olduğu belirlenememiştir. İlgili sonuca göre; çölyak hastalığı ve kanser arasındaki ilişki için yapılan çalışmada alınan verilerin heterojenite derecesinin orta düzeyde olduğu bulunmuştur. Meta-analizi yaparken kapsama alınan çalışma sayısı az veya çalışmaların güven aralıkları (%95 GA) çok geniş ise heterojenite açısından yanlış negatif bir sonuç elde edilebileceği dikkate alınmalıdır. Çalışma dizaynlarında (design) çalışmalar arası veya hasta popülasyonlarında heterojenite, meta-analizlerdeki yapılan en yaygın kusurlardan biridir. Ayrıca, çalışmada bilinen klasik regresyon yöntemleri kullanarak moderatör (bağımlı ve bağımsız bir değişken arasındaki ilişkinin gücünü etkileyen üçüncü bir değişken) değişkenlerin çalışma etki büyüklüğü (effect size) üzerindeki etkisini incelemek için meta-analizde kullanılan meta-regresyon yönteminin kritik yönleri tanıtılmıştır. Ayrıca, verilerin bir uygulaması yapılmıştır. Meta-regresyonda çalışmaların ve açıklayıcı değişkenlerin sayısının az olması durumu da, heterojenliğin potansiyel nedenleri olarak ifade edileceği bilinmelidir.
Yapay zekada veri madenciliği yöntemi kullanarak biyoinformatik yazılım geliştirilmesi : Sitrülin ile bir uygulama
Günümüzde sağlık alanında yapay zeka giderek büyük önem kazanmaya başlamıştır. Başta yapay zeka olmak üzere bilgisayar bilimi, makine öğrenmesi, veri görselleştirme, veri tabanı yönetimi ile algoritmalarını, istatistiği birleştiren, veri madenciliği disiplinler arası bir alanı oluşturmaktadır. Veriler arasından ihtiyaç duyulanın seçilmesi ve bunların işlenerek anlamlı bağıntılatın araştırılması veri madenciliğinin asıl konusunu oluşturmaktadır.Bu çalışma ile istatistik temelli bir yaklaşımla, biyosentez ve metabolik yolu henüz tam olarak aydınlatılmamış ve insan metabolizmasında da önemli bir aminoasit/protein olan sitrülinin veri madenciliği ile R Software kullanılarak bir arayüz oluşturulması amaçlanmaktadır. Bu çalışmanın sitrülin ile ilişkili gen verileri GenBank Overview-NCBI-GEO veri tabanından elde edilmiştir. Veriler üzerinde Bayes Sınıflandırma Algoritması kullanılmış ve biyoinformatik analiz yapılmıştır. Yapılan analizler ile sitrulin ilişkili genlerin protein hedefine ne düzeyde etki ettiği sayısal olarak ilişkilendirilmiştir. İlişkilendirme sonrasında ise olası metabolik yolaklar belirlenmesinde String, Reactome Pathway Database, Wiki Pathway, KEGG ve David Gen Pathway veri tabanları kullanılmıştır. Sitrulin ilişkili genlerin görev aldığı yolaklar değerlendirildiğinde; biyosentez yolağında en fazla görev alan gen CPS1 iken, metabolik yolakta en fazla görev alan genin ASS1 olduğu belirlenmiştir. Metabolik yolak analizinde sitrülinin en fazla görev aldığı ve etkili olduğu yolağın ise %30 'luk oran ile üre döngüsü olduğu belirlenmiştir. Bu kapsamda klinik tablo örneği olarak belirlenen böbrek transplantasyon ve doku hasarı bulunan klinik hasta verileri üzerinden üre döngüsünde sitrülin ilişkili 100 genin cluster analizi (heat-map analizi) yapılmıştır. Sonuçlar PlotMD, VolcanoPlot, BoxPlot, QQ-Plot analizi ile yorumlanmıştır.
Sağlık bilimlerinde varyans analizi ile ilgili bir deneme
28 5. ÖZET Bu çalışma, esas olarak iki bölümden oluşmuştur. Birinci bölümde, varyans analizi ve raryans analizinin yapısını tamamlayan Newman-Keuls testi incelenmiştir. İkinci bölümünde, üniversite öğrencilerinin başarısını etkileyen zihinsel olmayan bazı aktörler, birinci bölümdeki esaslara jöre incelenmiştir. Bu amaçla, Fırat Üniversitesi Elazığ üağlık Yüksekokulu'nun farklı bölümlerine 1998-1999 öğretim yılında kayıt yaptıran iğrentilerin bahar ve güz yarıyıllarındaki başarı notları analiz edilmiştir. İstatistiksel incelemelere jöre, evlerde kalan öğrencilerin yurtta kalan öğrencilere göre laha başarılı oldukları ve aynı zamanda Farmakoloji ve Fizyoloji dersleri açısından lemşirelik Bölümünde okuyan öğrencilerin diğer bölümlerde okuyan öğrencilerden daha »aşanlı oldukları gözlenmiştir.
Makine öğrenimi yöntemlerinin beyin tümörü tespitindeki başarısı
Amaç: Radyoloji uzmanları tarafından tümör tanısı konulmuş pediatrik hastaların beyin MR görüntülerinin makine öğrenimi yöntemi kullanılarak eğitilen modeller ile test edilerek başarı düzeyinin araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışma, metodolojik bir araştırma olup; 2010–2024 yılları arasında üçüncü basamak sağlık hizmeti sunan Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne başvuran 18 yaş altı pediatrik hastaların beyin MR görüntüleri retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Radyoloji uzmanları tarafından beyin tümörü saptanan 230 hasta ile beyin tümörü saptanmayan 230 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Toplam 460 hastadan elde edilen 1380 MR görüntüsü analiz edilmiştir. Hastalar, tümör pozitif ve tümör negatif olmak üzere iki gruba ayrılmıştır. MR görüntülerinde tümör lokasyon tespiti ve ikili sınıflandırma yapmak amacıyla derin öğrenme tabanlı YOLOv12 ve EfficientNetB4 mimarileri değerlendirilmiştir. Görüntülerin analizinde Python programlama dili kullanılmış ve görüntülerin etiketlemesinde Roboflow platformu kullanılmıştır. Bulgular: CNN modeli ile tümörlü ve tümörsüz MR imajı sınıflandırmasında EfficientNetB4 %97 doğruluk oranı bulunmuştur. YOLOv12 modeli ise mAP50 %89 doğruluk oranı bulunmuştur. Eğitim süreci boyunca her iki modelde de istikrarlı kayıp azalması ve doğrulama başarısı sağlanmıştır. Model hem eğitim hem test verilerinde tutarlı sonuçlar üretmiş olup, aşırı öğrenme gözlemlenmemiştir. Sonuç: Çalışmada elde edilen bulgular, geliştirilen modellerin klinik karar destek sürecine katkı sağlayarak radyoloji uzmanlarına yardımcı bir araç olarak kullanıldığında iş yükü ve maliyet açısından fayda sağlayabilmektedir.
Makine öğrenimi yöntemlerini kullanarak evre III invaziv duktal karsinomlu hasta verilerinin sınıflandırılması
ÖZET Amaç: Tez çalışmasında, danışmanlı makine öğrenimi yöntemleri sınıflama performansına göre kıyaslanarak çalışmada kullanılan yöntemlerin içerisinden, sınıflama başarısı yüksek olan yöntemin bulunması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda, destek vektör makineleri, rasgele orman ve yapay sinir ağları yöntemlerinin sınıflama performanslarını kıyaslamak için meme kanseri türlerinden biri olan invaziv duktal karsinomlu 302 hastanın sağkalım bilgilerini içeren veri seti ile birlikte simülasyonla elde edilen 24 farklı veri seti kullanıldı. Kullanılan yöntemlerin sınıflama başarıları meme kanseri verilerinde genel doğruluk, duyarlılık, seçicilik, F-ölçütü, Matthews korelasyon kastsayısı, AUC ve ayırsama gücüne göre kıyaslandı. Simülasyon verilerinde ise eğitim-test doğrulukları farkı ve bu farkın anlamlılığı değerlendirildi. Bulgular: İnvaziv duktal karsinom evre III hastalarının test seti için en yüksek sağkalım sınıflama doğruluğu (%80) ve yüksek performans değerlendirme kriteri değerleri radyal çekirdekli destek vektör makinelerinden elde edildi. Simülasyon verilerinde de yüksek sınıflama doğruluğu ve doğruluklar arasındaki farkın küçüklüğü genel olarak destek vektör makinelerinden elde edildi. Sonuç: Destek vektör makineleri hem gerçek veri setinde hem de simülasyon verilerinde, rasgele orman ve yapay sinir ağlarına göre daha yüksek doğruluk oranına sahiptir.
Meme kanserli hastalarda sağkalım analizi
Amaç: Bu çalışmanın amacı meme kanserli hastalarda geriye dönük sağkalım analiz yönteminin bir uygulamasını yapmaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda 2017 yılı ile 2018 yılı arasında son bir yılda Dicle Üniversitesi Onkoloji Hastanesinde tedavi gören 334 meme kanseri hastasına ait veriler kullanılmıştır. Hastanın sağkalımı üzerinde etkili olan değişkenler belirlenmeye çalışılmıştır. Sağkalım analiziyle birlikte medyan, ortalama yaşam süresi ve faktörlerin etkileri üç farklı tedavi yöntemine göre karşılaştırılmıştır. Elde edilen veriler sağkalım analizinin Yaşam tabloları, Kaplan-Meier ve Cox Regresyon yöntemiyle analiz edilmiştir. Bulgular: Araştırmaya alınan 334 hastanın %5,7 (19) hasta ölürken , %94,3'ü (315) ise hayattadır. Hastaların % 99,4'ü (332) kadın ve %0,6'sı (2) erkektir. Hastaların %1,5'i (5) hakkında yeterli bilgi bulunmamaktadır. Sağkalım analizinin üç metoduna göre gerçekleştirilen analizde, yaşam süresi bakımından lenf noduna göre anlamlı bir fark yoktur (p>0,05). Kaplan-Meier yönteminde kullanılan testlerin karşılaştırılmasına göre sağkalım süresi yönünden sadece Log Rank (Mantel-Cox) testine göre anlamlı bir fark vardır (p<0,05). Cox Regresyon yönteminde sağkalım süresi yönünden lenf noduna göre sağkalım süresi yönünden anlamlı bir fark vardır (p<0,05). Yaşam süresi bakımından nüks durumu, nüks yeri ve metastaz şekline göre anlamlı bir fark vardır (p<0,05). Kaplan-Meier yönteminde kullanılan testlerin karşılaştırmasına göre sağkalım süresi yönünden nüks durumu, nüks yeri ve metastaz şekline göre anlamlı bir fark vardır (p<0,05). Cox Regresyon yönteminde sağkalım süresi yönünden nüks durumu, nüks yeri ve metastaz şekline göre anlamlı bir fark vardır (p<0,05). Sonuç: Çalışmamızda sağkalım analiz metodunun meme kanserli hastalar üzerinde uygulanabilirliği gösterilmiştir. Sağkalım analizinin üç yönteminde de benzer sonuçlar vermiştir. Anahtar Kelimeler: Sağkalım analizi, Yaşam tablosu analizi, Kaplan-Meier analizi, Cox Regresyon analizi
Gebelerde anemi görülme sıklığı ve günlük demir tüketimi arasındaki ilişkilere ait araştırmaların meta analizi ile deerlendirilmesi
Hiyerarşik bağlanım (loglinear regresyon) yöntemlerinin tanıtılması ve çağdaş hekimlik eğitiminde kullanılan teknikler ile ilgili bir uygulama
ÖZET HİYERARŞİK BAĞLANIM (LÎNEAR REGRESYON) YÖNTEMLERİNİN TANITILMASI VE ÇAĞDAŞ HEKİMLİK EĞİTİMİNDE KULLANILAN TEKNİKLER İLE İLGİLİ BİR UYGULAMA Bu çalışmanın amacı Dicle Üniversitesi tıp fakültesindeki öğretim elemanları, intörn doktor ve tıp fakültesi beşinci sınıf öğrencilerinin almış oldukları tıp eğitimi ve uygulamaları esas alınarak çağdaş hekimlik eğitiminde kullanılan tekniklerle ilgili anket formu hazırlanmış olup 370 kişiden alman bu bilgilere Hiyerarşik Bağlanım (Loglinear) analizi yöntemini uygulamaktır. Loglinear modeller kategorik değişkenler arasındaki ilişkiyi incelemeye yarayan bir yöntemdir. Loglinear modeller yardımıyla çapraz tabloların analizi sürekli değişkenler için doğrusal modeller olan varyans analizi ve çoklu regresyon analizine karşılık gelir. Öğretim üyelerine sorulan sizce en iyi tıp eğitim yöntemi hangisidir? sorusuna deneklerin % 45.7 si (169 kişi) "Mevcut entegre sisteme" ilaveten "interaktif tıp eğitim uygulamasının" eklenmesini önermiştir. "Mevcut uygulanan entegre sistemin" devam etmesini isteyenler örneklemin % 4.6 (17 kişi) sı kadardır. Ayrıca "Türkiye'de tıp eğitiminde hangi görüş öncelik taşımalıdır?" sorusuna; örneklemin %2.2 si fikir bildirmezken, % 71.6 sı (26S kişi) "Koruyucu hekimlik eğitimine önem verilmesini" gerektiği belirtilmiştir. Son olarak değişkenlerin hiyerarşik bağlanım çözümlemesi ile X10 - X12 - X13 değişkenleri kullanılmıştır. Bu çözümleme sonunda önerilen son model sınıflaması; X10 - X12 ve X10 - X13 ikili çaprazlanması olmuştur. Elenen çaprazlama ise X12 - X13 ikilisi olmuştur. Çağdaş hekimlik eğitimi ile ilgilenen konunun uzmanlarına önereceğimiz sonuçlar şunlar olacaktır. Çağdaş hekimlik eğitimi ve üniversitemizde uygulanan entegre tıp eğitim uygulaması ile ilgili sübjektif değerlendirmelere girmeden, yukarıda belirttiğimiz değişkenlerin sonuçlarına ait değerlendirmeler olacaktır. Anahtar kelime : loglinear modeller, backword elemination, Tıp Eğitim Sistemleri
Hastane bilgi sistemleri ve Dicle Üniversitesi Araştırma Hastanesi ile ilgili bir uygulama
ÖZET Hastane Bilgi Sistemleri ve Dicle Üniversitesi Araştırma Hastanesi İle İlgili Bir Uygulama Bu çalışmada, günümüz hastane bilgi sistemleri incelenmiş olup, ilgili sorunlar belirlenerek, Dicle Üniversitesi Araştırma Hastanesi Otomasyon Merkezinde çalışmakta olan Hastane Bilgi Sistemi ve bu sistemler için en önemli husus olan sistem güvenliğini tehdit eden unsurları kontrol amacıyla yazılan triggerler tanıtılmaktadır. Ayrıca araştırmalara katkı sağlamak ve hastanemiz hizmetleri hakkında bilgi sunmak amacıyla, istatistik menüsünde yer alan bazı istatistiklerin bir yıllık sonuçlan verilerek yorumlanmıştır. Trigger, belirli bir tablo üzerindeki kayıtlar üzerinde değişiklik yapıldığı zaman çalışan özel bir saklı işlem (stored procedure) türüdür. Trigger' lar izin verilmeyen ya da tutarsızlığa neden olacak işlemleri engelleyerek veri bütünlüğünün korunmasına yardımcı olurlar. Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi gerçek bir otomasyon projesinin gerektirdiği bütün donanım ve yazılım koşullan ile uyumlu, stratejik olarak genişleyebilen Açık-Hat Gerçek-Zamanlı (On-Line Real-Time) bir otomasyon sistemine sahip bulunmaktadır. Bundan dolayı triggerler yazılarak veri tabanı üzerinde ihtiyaç duyulan bilgilere ulaşılması gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi bilgi sistemi tanıtılmış, sistemde yer alan istatistikler aracılığıyla hastanemizin kapasitesi hakkında bilgi sunulmuş, yazılan triggerler sayesinde hastane bilgi sistemi programının güvenliği kontrol altına alınmıştır. Anahtar Sözcükler : Hastane Bilgi Sistemi, Trigger, İstatistik. II
Çok değişkenli istatistiksel yöntemlerden kümeleme yöntemi ve kronik sigara içiciler üzerine bir uygulama
Ill ÖZET Çok Değişkenli İstatistiksel Yöntemlerden Kümeleme Analizi ve Kronik Sigara İçiciler Üzerine Bir Uygulama Halil Coşkun ÇELİK Çalışmamızın amacı, sigara ile ilgili ele alınan çok değişkenli bir yapıyı kümeleme yöntemleriyle çözümlemektir. Kümeleme yöntemleri bu tür çok değişkenli yapılarda başarılı kümeler oluşturmaktadır. Bu çalışmada sigara ile ilgili değişkenleri incelemek amacıyla öğrenciler, öğretmenler, sağlık personelleri, polisler, esnaflar ve işsizler olmak üzere altı grupta toplam 1 133 kişiye ait 64 değişken incelenmiştir. Bu değişkenlere ilişkin ilginç gözlenme oranlan ile birlikte küme yapılarım ortaya çıkaran ward kümeleme yöntemi uygulanmıştır. Altı gruba ait veriler dikkate alınarak değişkenlerle ilgili dendogramlar elde edilmiştir. Dendogramlar yoluyla, sigarayla ilgili değişkenlerden kişilerin cinsiyetini, değişik alışkanlıklarını, sosyal ve psikolojik durumlarını ortaya çıkaran kümeler elde edilmiştir. Bunların görsel olması yorumlamalarda daha somut sonuçlara ulaşmayı sağlamıştır. Sonuç olarak sigarayla ilgili değişkenlere uygulanan ward kümeleme yöntemi, konuyla ilgili beklenen kümelerden başarılı ve anlamlı sonuçlar elde edileceğini göstermiştir.. Anahtar Kelimeler : Kümeleme analizi, aşamalı ve aşamalı olmayan kümeleme yöntemleri, sigara.
Akdeniz Üniversitesi bilgisayar bilimleri araştırma ve uygulama merkezinin bina içi veri iletişim ağını kontrol eden, arızaları yorumlayıp değerlendiren uzman sistem
Bu çalışmada Akdeniz Üniversitesi Bilgisayar Araştırma ve Uygulama Merkezinin bilgisayar ağını denetleyen, hata ve arızaları belirleyen bunların giderilmesi için uygun çözümler sunan bilgi tabanlı bir uzman sistem geliştirilmiştir. COMEX(Communication Expert) adı verilen uzman sistem, Xi Plus uzman sistem kabuğu üzerinde ileriye doğru zincirleme çıkarım mekanizması kullanılarak oluşturulmuştur. Bu uzman sistem sayesinde network yapısında ortaya çıkacak herhangi bir problem ya da arızaların network uzmanına gerek duyulmadan çözümlenmesi sağlanacaktır. Anahtar kelimeler: Veri iletişimi, Bilgisayar Ağı, Uzman Sistemler
Akdeniz Üniversiytesi Tıp Fakültesi Hastanesi için geliştirilen hastane otomasyon sisteminin dağıtık veritabanı modeli ile tasarlanması
Bu çalışmada, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi için geliştirilen Hastane Otomasyon Sisteminin, istemci/sunucu mimarisi çerçevesinde dağıtık veritabanı modeli ile gerçekleştirilmesi için gerekli olan tasarım yapılmıştır. Ayrıca yapılan sistem çözümleme çalışmalarına göre, global bir veritabanı oluşturulmuştur ve bu global veritabanının dağıtık veritabanı modeline nasıl uyarlanacağı tartışılmıştır. İstemci/sunucu arayüzleri performans, bakım ve gerçekleştirim'gibi kriterlere göre geliştirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Dağıtık Veritabanı, İstemci,Sunucu, Hastane Bilişim Sistemi 59
Çokluortam (Multimedia) olanakları kullanılarak tıp eğitiminde kullanuılmak üzere eğitim CD`si hazırlanması
ÇOKLUORTAM (MULTİMEDİA) OLANAKLARI KULLANILARAK TIP EĞİTİMİNDE KULLANILMAK ÜZERE ETKİLEŞİMLİ EĞİTİM CD'Sİ HAZIRLANMASI ÖZET Bu çalışmada çeşitli olanaksızlıklar ve kısıtlamalar nedeniyle Tıp Fakültesinde yeterince verimli yapılamayan teorik ve pratik derslerin çokluortam (multimedia) teknolojileri kullanılarak verimli ve etkili hale getirilmesi planlanmış, öğrenci ve akademik personel için eğitim CD'lerinin hazırlanmasına yönelik prototip tasannu yapılmıştır. Bu amaca yönelik seçilen "Artroskopik Diz Cerrahisi" konusunda prototip uygulama geliştirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Tıp Eğitimi, Çokluortam, Etkileşim
Kanser kaydı ve onkoloji hastalarının bakımına yönelik yazılım
ÖZET Hastaların tıbbi bilgilerinin elektronik ortama aktarılmasının pek çok avantajları vardır. Ülkemizde, bir çok büyük merkezde hastane bilişim sistemleri için çalışmalar olmakla birlikte, tıbbi verilerin kaydı konusunda gelişmeler yavaştır. Hastanelerde tedavi gören hastalar içinde kanser hastalarının özel bir önemi vardır. Hastane Bilgi Sistemimiz'de hastaların ayrıntılı tıbbi bilgisinin tutulması için öncü bir çalışma olarak kanser hastalarına yönelik bir modül hazırlamaya karar verdik. Bilgisayarda saklanacak verilerin neler olduğuna, varolan hasta kayıt sistemi ve Dünya Sağlık Örgütünün yayınlarından yola çıkarak ve oluşturulan bir komisyonda tüm değişkenler üzerine teker teker tartışılarak karar verildi. Bu değişkenler ile uygun bir veritabanı yapısı oluşturuldu. Hangi verilerin kodlanacağına karar verildi, bazı değişkenler için bilinen kodlama sistemleri kullanıldı, bazı değişkenler için kendimiz kodlama sistemi oluşturduk. Daha sonra bu veritabanının rahatça kullanılabilmesi için dördüncü kuşak bir programlama dili ile arayüzler yazıldı. Bu çalışmada, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde bakım gören kanser hastalarının tıbbi kayıtları için bir yazılım modülü geliştirilmiş ve varolan Hastane Bilgi Sistemine entegre edilmiştir. Bu modül, hastanemizin kanser kayıt merkezi için de yazılım desteği sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: Veritabanı, Hastane Bilişim Sistemi, Onkoloji, Kanser, Kanser kayıtları iv
Hastane merkezi laboratuar sistemindeki veri tabanında gerekli istatistiki analizin yapılabilmesi için laboratuar sistemine SPSS paket programının entegre edilmesi için bir ara yüz yazılımı geliştirmek
ÖZET Bu çalışmada, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi merkezi laboratuarında bulunan veritabanı üzerinden çekilen belirli özellikteki verilerin, SPSS paket programının anlayabileceği bir veri dosyası haline getirilmesi ve bu modülün geliştirilebilmesi için kullanılan hastane bilişim sistemi elemanları açıklanmıştır. Oluşturulan bu veri dosyası üzerinde SPSS 'in nesne otomasyonu kullanılarak istenen istatistiklerin uygulanması için gereken bir ara yüz yazılımı geliştirilmiştir. SPSS'in nesne otomasyonu bu uygulama içerisindeki açıklanmıştır. Anahtar Kelimeler: Veri Madenciliği, Veritabanı, Hastane Bilişim Sistemi, SPSS, OLE otomasyonu, Nesne tabanlı programlama, SQL iv
Hipotez testlerinin seçimi için geliştirilen WEB tabanlı karar destek yazılımı
ÖZET Bilimsel araştırmalarda en önemli noktalardan biri deney ve gözlemler ile toplanan verilerin istatistiksel analizidir. Doğru istatistiksel çözümleme yöntemleri uygulanmadığı taktirde araştırma sonuçları geçerli ve güvenilir olmaz. Araştırmacıların istatistik çözümleme aşamasında en sık karşılaştıkları sorun uygun istatistik yönteminin seçiminde görülmektedir. Araştırmacılar, istatistik uzmanlarının yardımına erişemediklerinde eksik bilgiden kaynaklanan yanlış uygulamalarda bulunabilirler. Bu durumun engellenebilmesi için hipotez testlerinin seçimine ilişkin bir karar destek sistemi oluşturulmuştur. Sistem, kolay ulaşılabilmesi için web tabanlı tasarlanmıştır. Bu sisteminin bir diğer amacı da istatistik ve araştırma yöntemleri konusunda öğrenim gören yada bu konulara merak duyan kişiler için bir eğitim aracı olabilmektir. Sitenin oluşturulmasında HTML dili kullanılmıştır. Site içeriğinde bazı temel istatistik tanım ve kavramları ile konulara yönelik şema ve resimler kullanılmıştır. Kullanıcılara yöneltilen sorular ve bu sorulara onlar tarafından verilen cevaplar ile araştırma için uygun olan istatistiksel çözümleme yöntemi seçilmektedir. Seçilen bu yöntemin en çok kullanılan istatistik paket programlarından biri olan SPSS (Statistical Package for Social Sciences) ile nasıl uygulanabileceğini gösteren görsel öğeler sunulmaktadır. Site ayrıca JavaScript ile yazılmış ve biri tanımlayıcı istatistiklerin hesaplanmasına yardımcı olan, diğeri ise dağılımlara normallik testi uygulayan iki adet uygulama da barındırmaktadır. Bu uygulamalar hem sitenin amacına yönelik doğru sonuçlar almak hem de bazı hesapları yaparak kullanıcılara yardımcı olmak amacıyla eklenmişlerdir. Sonuç olarak, araştırmacılara ve öğrencilere yönelik, hipotez testlerinin seçilmesinde kullanılması hedeflenen bir site oluşturulmuştur. Anahtar kelimeler: hipotez testleri, parametrik testler, parametrik olmayan testler, istatistik çözümleme teknikleri, karar destek sistemi, internet. iv
Sağlık alanında maliyet etkililik analizi ve bir uygulama
Bu çalışmada, benign prostat büyümesi (BPB) hastalığının tedavisinde kullanılan açık ve kapalı ameliyatın maliyet ve etkililiklerinin veri madenciliği yöntemleri kullanılarak ortaya konması, bir ekonomik değerlendirme yöntemi olarak sağlık alanında çok sık kullanılan maliyet etkililik analizi (MEA) ile karşılaştırılması ve hastane açısından maliyet etkili olan tedavi yönteminin belirlenmesi amaçlandı. 2013 yılında BPB tanısı almış toplam 86 erkek hasta olduğu belirlendi ve tüm hastalar çalışmaya dahil edildi. Hastaların 2013 yılını içeren veri dosyaları taranarak demografik, klinik ve laboratuvar verileri ile hastaneye olan maliyetleri kaydedildi. Hastaların yaşı (yıl), boy uzunluğu (cm), vücut ağırlığı (kg), ameliyat türü, kronik hastalık varlığı, sigara içme durumu, operasyon süresi (dk), prostat spesifik antijen düzeyi (PSA) (ng/mL), prostat ağırlığı (gr), rektal tuşe (RT) muayene sonucu, hastanede kalma süresi (gün) ve hastane açısından doğrudan tıbbi maliyetlerinin toplamı (TL) incelendi. Tedavilerin etkililiğini ölçmede, hastaların hastanede kalma süreleri dikkate alındı. Toplam maliyet, değişkenlerin grupları arasında normal dağılmadığından; değişkenlerin grupları arasındaki karşılaştırmasında Mann Whitney U testi kullanıldı. Sınıflandırma ve regresyon ağacı yöntemi (SRA) ile her bir ameliyat türünün maliyetine etki eden değişkenler bulundu. Bu yöntemler dikkate alınarak BPB için karar ağacı çizildi ve MEA gerçekleştirildi. Değişkenlerin grupları arasında maliyet karşılaştırma sonucuna göre ileri yaş, yüksek PSA düzeyi, uzun operasyon süresi, yüksek prostat ağırlığı ve sert prostat dokusunun toplam maliyeti yükselttiği belirlendi. SRA yöntemine göre açık ameliyatın maliyetini, çalışmaya aldığımız değişkenler içerisinde etkileyen bir faktörün olmadığı; kapalı ameliyat olanların toplam maliyetini ise yaş, RT ve operasyon süresi değişkenlerinin etkilediği bulundu. MEA yöntemine göre ameliyat olanların hastanede bir gün kalmasını önleme maliyeti; kapalı ameliyat olanlarda 177,28 TL/gün; açık ameliyat olanlarda ise 987,12 TL/gün olarak bulundu. BPB tedavisinde kullanılan kapalı ameliyatın maliyet-etkili olduğu ve dolayısıyla hastanenin kaynak ayırması gereken bir tedavi seçeneği olduğu sonucuna ulaşıldı. Ayrıca yaşlı ve uzun operasyon süreli kapalı ameliyat geçiren hastalar ile 64 yaşından küçük olup prostat dokusu yumuşak olan hastaların maliyetlerinin daha yüksek olduğu sonucuna varıldı. Anahtar Kelimeler: Benign prostat büyümesi, maliyet etkililik analizi, sınıflandırma ve regresyon ağacı
Sağkalım analizinde kantil regresyon ve parametrik regresyon modellerinin performanslarının karşılaştırılması
Sağkalım Analizinde Kantil Regresyon ve Parametrik Regresyon Modellerinin Performanslarının Karşılaştırılması. Bu çalışmada, farklı örneklem büyüklüklerine göre simülasyon ile türetilen sağkalım veri setleri ile homojen, heterojen yapıdaki sağkalım verilerinde KR ile PR modellerinin sağkalım sürelerini tahmin etmedeki performanslarının karşılaştırılması ve minimum hataya sahip modelin belirlenmesi hedeflendi. Ayrıca çalışmanın uygulama aşaması için R yazılım programı kullanılarak simülasyon uygulaması için bir algoritma oluşturuldu. Bu algoritma yardımıyla, heterojen yapıda türetilmiş veri setleri ve gerçek veri setleri üzerinde hem PR modellerinin hem de KR modelinin sağkalım analizindeki performansları, HKOK ve OMH kriterlerine göre karşılaştırıldı. Yapılan simülasyon çalışması sonunda, farklı örneklem büyüklüklerinde KR modelinin hatalarının, her iki kritere göre minimum olduğu gözlendi. PR modelleri arasında, HKOK kriterine göre minimum hata değerine sahip olan modelin log-normal regresyon; OMH kriterine göre minimum hata değerine sahip olan modelin log-lojistik regresyon; her iki kritere göre maksimum hata değerine sahip olan modelin Weibull regresyon modeli olduğu belirlendi. Homojen ve heterojen yapıdaki meme kanseri veri setlerinin uygulamasında, KR yönteminin performansının PR yöntemlerinden daha iyi olduğu gözlendi. Homojen yapıdaki meme kanseri veri seti ve heterojen yapıdaki gbcs veri seti için HKOK ve OMH kriterlerine göre minimum hatanın KR modelinde olduğu belirlendi. PR modelleri arasında, homojen yapıdaki meme kanseri veri setinde HKOK ve OMH kriterleri bakımından minimum hataya sahip olan modelin log-lojistik regresyon modeli olduğu; heterojen yapıdaki gbcs veri setinde ise her iki kritere göre minimum hataya sahip olan modellerin sırasıyla log-normal ve log-lojistik regresyon modelleri olduğu sonucuna ulaşıldı. Sonuç olarak, sağkalım analizinde KR yöntemi, hem homojen hem de heterojen yapıdaki veri setleri için PR yöntemlerine göre daha iyi performans göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Kantil regresyon, Parametrik regresyon, Sağkalım analizi, Simülasyon.
EEG sinyallerinde farklı boyut indirgeme ve sınıflandırma yöntemlerinin karşılaştırılması
Bu çalışmada, epileptik ve epileptik olmayan EEG sinyallerinden elde edilen özniteliklerin boyutlarının Temel Bileşenler Analizi (TBA) ve Bağımsız Bileşenler Analizi (BBA) yöntemleri ile indirgenmesinin sınıflandırma başarısı üzerine etkilerinin belirlenmesi ve Lineer Diskriminant Analizi (LDA) ile Destek Vektör Makinesi (DVM) yöntemlerinin sınıflandırma performanslarının karşılaştırılması hedeflendi. Çalışmaya 10 kontrol ve uzman hekim tarafından epilepsi tanısı konmuş 10 hasta olmak üzere toplam 20 kişi dahil edildi. Epilepsi tanısı konmuş hastalardan alınan EEG kayıtları nöbet geçirmedikleri sırada alınan kayıtlardı. Epileptik ve epileptik olmayan sinyalleri sınıflandırmak için Ayrık Dalgacık Dönüşümü (ADD) ile sinyallerinin spektral analizi gerçekleştirildi ve sınıflandırmada kullanılacak olan öznitelikler elde edildi. Öncelikle özniteliklerin boyutu indirgenmeden, daha sonra TBA ve BBA ile indirgenerek sınıflandırma yapıldı. Sınıflandırma LDA, lineer ve radyal tabanlı çekirdek fonksiyonlarının kullanıldığı DVM yöntemleri ile gerçekleştirildi. Sonuç olarak, en yüksek sınıflandırma başarısı %92,2 duyarlılık %85,6 özgüllük ve %88,9 doğruluk oranlarıyla özniteliklerde boyut indirgenme yapılmadan ve radyal tabanlı çekirdek fonksiyonunun kullanıldığı DVM yöntemi ile elde edildi. BBA ve TBA ile boyutu indirgenen özniteliklerle yapılan sınıflandırmalarda benzer sonuçlar elde edildi.
Aşamalı ve aşamalı olmayan bulanık modellerin sınıflandırma performanslarının karşılaştırılması
Bu çalışmada, simülasyon verisi ve gerçek veri seti ile farklı üyelik fonksiyonları kullanılarak aşamalı ve aşamalı olmayan bulanık modellerin sınıflandırma performanslarının karşılaştırılması hedeflendi. Çalışmanın uygulama basamağında MATLAB yazılım programı kullanılarak simülasyon uygulaması için algoritmalar oluşturuldu. Hem bu algoritmalar yardımıyla türetilmiş veri setleri hem de gerçek bir veri seti kullanılarak oluşturulan aşamalı ve aşamalı olmayan bulanık modellerin sınıflandırılma performansları; duyarlılık, özgüllük, doğruluk yüzdeleri ve HKOK kriterlerine göre karşılaştırıldı. Simülasyon uygulaması sonunda aşamalı olmayan bulanık modellerin duyarlılık, özgüllük ve doğruluk yüzdelerinin aşamalı bulanık modellerden daha yüksek; HKOK değerlerinin ise daha düşük olduğu belirlendi. Kural tabanının ise aşamalı bulanık modelde aşamalı olmayan bulanık modellere göre daha geniş olduğu görüldü. En iyi sonuç veren üyelik fonksiyonlarının ise üçgen ve çan üyelik fonksiyonları olduğu sonucuna ulaşıldı. Gerçek uygulamada da simülasyon sonuçlarına paralel olarak farklı üyelik fonksiyonları ile oluşturulan aşamalı olmayan bulanık modellerin aşamalı bulanık modellere göre duyarlılık, özgüllük, doğruluk yüzdelerinin daha yüksek, HKOK değerlerinin ise daha düşük olduğu belirlendi. Sınıflandırma bakımından en iyi sonuç veren modellerin Gauss ya da yamuk üyelik fonksiyonu ile oluşturulduğu sonucuna ulaşıldı. Sonuç olarak aşamalı olmayan bulanık mantık yöntemi, aşamalı bulanık mantık yöntemine göre daha iyi sınıflandırma yapmaktadır. Verinin yapısı, değişkenlerin dağılımı, birbiri ile ilişkisi, bulanıklaştırma adımında değişkenlerin alt kategorilere nasıl ayrılacağı ve hangi yöntemin kullanılacağı hususlarının ayrıntılı irdelenmesi gerektiği için mutlaka konuyla ilgili bilgi ve tecrübeye sahip uzman desteği alınmalıdır. Anahtar Kelimeler: Aşamalı Bulanık Model, Aşamalı Olmayan Bulanık Model, Sınıflandırma, Simülasyon.
Tıp eğitiminde öğretim teknolojileri: e-öğrenme ve probleme dayalı öğrenme entegrasyonu
Bu çalısmanın amacı, tıp egitiminde probleme dayalı ögrenmeyi destekleyen E-ögrenme ortamı gelistirmek ve web tabanlı ögrenme ortamları ile desteklenmis bir probleme dayalı ögrenme modülü ile klasik PDÖ modülü sınav puanları arasında bir fark olup olmadıgını ve ögrencilerin bu E-ögrenme uygulaması ile ilgili memnuniyetlerinin saptamaktır. Bu amaçla ögrencilere bagımsız çalısma sürecinde kullanabilecekleri ve PDÖ de yer alan konu ile ilgili ögrenme hedeflerini genis bir biçimde içeren bir web ögrenme sayfası olusturulmustur. Arastırmanın evrenini Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi 2006-2007 egitim ögretim yılında ögrenim gören Dönem-1 ögrencilerinin tümü (174 ögrenci) olusturmustur. Örnek seçimi yapılmamıstır. Anket sorularına Dönem I ögrencilerinin 165'i yanıt vermistir (ulasma oranı %94.8). Arastırma sonucunda ögrencilerin %66.0'ının E-ögrenme uygulamasından memnun oldukları, %15.0'inin kararsız, %19.0'ının ise memnun olmadıkları saptanmıstır. 2006-2007 egitim ögretim döneminde uygulanan bes PDÖ sınav puan ortalamaları arasında en yüksek sınav puanının 5. PDÖ de (E-ögrenme ile desteklenen PDÖ) alındıgı ve klasik PDÖ sınav puan ortalamaları ile anlamlı bir fark oldugu saptanmıstır (p=0.000). Sonuç olarak E-ögrenme uygulamasının ögrencilerin basarıları üzerine olumlu bir etkisi oldugu ve ögrencilerin büyük çogunlugunun uygulamadan memnun oldugu saptanmıstır. Anahtar kelimler: Tıp Egitimi, E-ögrenme, Probleme Dayalı Ögrenim.
Solunum sistemi hastalıklarının sınıflandırılmasında makine öğrenmesi yöntemlerinin kullanımı
En sık görülen solunum yolu hastalıkları olan astım, KOAH ve pnömoni (zatürre) gibi hastalıkların tanısı ve sınıflandırılması hayati öneme sahiptir. Son zamanlarda, bu önem nedeniyle sağlık verilerinin işlenmesine büyük ilgi gösterilmiştir. Makine öğrenmesi algoritmaları, bu amaç için önemli bir yere sahiptir. Önceki çalışmaların odağı astım, KOAH ve pnömoni hastalıklarının teşhisinde en öngörücü algoritmayı elde etmektir. Ancak, en önemli değişkenlerin belirlenmesi çok az ilgi görmüştür. Bu çalışmanın temel amacı, en önemli makine öğrenmesi algoritmalarını değişken önemine sahip sonuçlarla ayrıntılı olarak sunmaktır. Makine öğrenme algoritmalarına ve değişken önemi değerlendirmelerine dayalı kapsamlı bir karşılaştırma çalışması, doğruluk, precision(kesinlik), recall(duyarlılık), Kappa istatistikleri, F-ölçüsü, ROC eğrisi ve AUC değeri gibi farklı performans kriterleri dikkate alınarak yapılmıştır. Sağlıklı grup ile hastalıkların sınıflandırılmasında, astım hastalığı için rastgele orman (CART öğrenen ile) ve C5.0, KOAH için SVM (doğrusal olmayan çekirdek ile) ve GBM ve pnömoni hastalığı için Bagging ve Random Forest (CART öğrenen ile) en iyi algoritmalar olarak bulunmuştur. Ayrıca, tüm gupların birlikte sınıflandırılmasında en iyi test edilen algoritma GBM'dir. Değişken önemlilikleri dikkate alındığında sağlıklı grup ile hastalıklar arasında astım vakası sınıflandırma sonuçlarına göre, en önemli değişkenler FEV3, FVC, FEV1, MEF50 dır. KOAH'da MEF50, FVC, FEV3, PIF ve FEV1, pnömonide ise FVC, FEV3, MEF50 ve FEV1 dikkate değer değişkenlerdir. Tüm grupların birlikte sınıflandırmasında ise neredeyse tıbbi değişkenlerin hepsi büyük öneme sahiptir. Önemli değişkenlerin sırası, korelasyon analizi ve istatistiksel anlamlılık testleriyle desteklenmiştir. Ek olarak, ROC eğrileri ve AUC değerleri görsel olarak benzer ve destekleyici sonuçlar vermiştir. Sonuç olarak, bu çalışma sağlık bilimleri ve makine öğrenimi uygulamaları konusunda uzman sistemler üzerinde çalışan uygulayıcılar ve araştırmacılar için değerli olacaktır. Anahtar Kelimeler: astım, KOAH, pnömoni, hastalık tahmini, makine öğrenmesi, özellik seçimi.
ROC (Receiver operationg characteristic) eğrisi altı alan hesaplama yöntemlerinin karşılaştırılması
Sağlık alanında, koruyucu tıp veya klinik çalışmalarda doğru ve erken tanı konması, başta ilgili hastalığın toplumsal seyri ve tedavi uygulamaları olmak üzere, olası tüm etkileşimleri ve sonuçlarının kontrolünü sağlayacaktır. Tanı testi (diagnostik test) şüphelenilen hastalığın varlığı/yokluğunun belirlemesi amacıyla kullanılan değerlendirme kurguları veya özgün gereçlerin kullanımıyla elde edilen ölçüm veya hesaplama sonuçlarıdır.Yeni bir tanı test önerildiğinde, onun insan sağlığı üzerine olan etkisinin araştırlmasının amacı yalın uygulamalar ile risksiz, ekonomik olarak uygun ve yeterince doğruluğa sahip ve karalı sonuçlar verebiliyorsa kullanılacaktır. Tanı testi performans belirlenmesi ve kıyaslamalarda Receiver Operating Characteristic (ROC) eğrisi çözümlemesi kullanılır. ROC eğrisi altındaki alan (Area Under Curve) tanı testinin doğruluk düzeyinin en iyi göstergesi kabul edilir. Bu çalışmada,ROC eğrisi analizinin örneklem ve değişkenin sahip olduğu dağılım özelliklerine (parametrik/nonparametrik) bağlı olarak değişebildiği için, eldeki veriye en uygun çözümleme yaklaşımları ve özellikleri ele alınacaktır. Sürekli sonuçlu ölçütlerde altın standarda göre hasta ve sağlamların tanı testi sonuçlarının ve normal dağılımlı (parametrik) olduğu veya olmadığı (nonparametric) durumda kullanılan hesaplama yöntemlerinin sonuç bulgusu olan eğri altı alanların (AUC) birbirleri arasındaki farklılıklar incelenmiştir.Ayrıca, bir tanı testinin sürekli bir ölçütken bunun iki sonuçlu hale dönüştürmenin eğri altı alanların özelliklerine olan etkileri de örneklenmeye çalışılmıştır. Örnek veri seti üzerinde yapılan değerlendirmeler sonucunda, normal dağılıma sahip tanı testi sonuçlarının parametrik hesaplama yöntemlerinin daha uygun (yansız) olduğu sonucuna varılmıştır.Varyansın geniş olduğu ve/veya çarpık dağılımlı verilerde, parametrik olmayan yönteminlerin (Mann Whitney) kullanılması daha uygun olacaktır.Eldeki sürekli değişkenin iki biçimli (dikotom) hale dönüştürülmesi ve kesim noktası (cut-off point) seçimi de (yüksek/düşük) neden olduğu bilgi kaybı nedeniyle, hesaplama sonuçlarını çok önemli ölçülerde etkileyecektir. Bu çalışmada Binormal, Binomial exact_De Long ve Nonparametric (Mann-Whitney) çözümleme yöntemleri belli düzeylerde farklılıklar göstermesine ragmen,aralarında gözlenen farkların anlamlı olmadığı gözlenmiştir.
Sürekli ölçümlerin uyum değerlendirmesinde kullanılan istatistiksel yöntemlerin irdelenmesi
Günümüzde tasarlanan yeni çalışmalar, geliştirilen yeni yöntemler veya var olan çalışmalara getirilen yeni bakış açıları ile klinik çalışmalar her geçen gün güncellenmektedir. Çalışma alanının önemi, çalışmaların ölçümünden tasarımına kadar olan süreci çok değerli kılmaktadır. Bu çalışmalarda kullanılacak verilerin ölçümü, ölçüm şekli ve bu ölçümlerin karşılaştırılabilir olması çalışmanın güvenilirliği için önemlidir. Metod karşılaştırma çalışmaları bu aşamada önemlidir. Karşılaştırma yapılırken çeşitli korelasyon ve regresyon yöntemlerine başvurulmaktadır. Biz bu çalışmada, klinisyen görüşüne açık olan, çeşitli hesaplama ve grafiklerle yorumlanan Bland-Altman Yöntemini, doğrusal regresyondan farklılaşarak hesaplanırken hata payını dikkate alan Deming Regresyon, tekrarlı ölçümlerin sistematik değişikliklerine duyarlı Sınıfiçi Korelasyon Katsayısını (SKK) ve SKK'da da göz önüne alınan sistematik hatanın yanı sıra rastgele hataya da duyarlı Concordance Correlation Coefficient (CCC) yöntemlerini inceledik. Anahtar Kelimeler; Sınıfiçi Korelasyon Katsayısı (SKK), Bland-Altman Yöntemi, Deming Regresyon, Concordance Correlation Coefficient (CCC)
Probit çözümlemesi ve sağlık alanında uygulanması
Bugün tıp ve daha birçok alanda çeşitli kimyasalların üretiminde klinik deneyler yapılmaktadır. Bu deneylerde öldürücü doz (LD50) hesaplanır. Biyolojik deneme, biyolojik bir canlıya uygulanan etkili maddelerin farklı doz düzeylerinin oluşturduğu cevapların incelenmesidir. Bahsedilen LD50 değeri, bir etkin maddenin öldürme, zarar verme kapasitesi olarak tanımlanabilir. Denemelerde canlının farklı dozlara verdiği cevaplar kullanılarak öldürücü hesabının yapılması olayına ise probit analizi adı verilir. Bu çalışmada genel anlamda, probit analizinin hangi alanlarda ne tür problemleri çözmeye yönelik bir yöntem olduğu, sağlık alanındaki yeri, kullandığı olasılık dağılımı, bu analizin matematiksel temellerinin incelenmesi irdelenecektir. Bu temel başlıkların altında araştırmanın amacı olarak, bu yöntemin sağlık alanında uygulanmasına dönük hesaplama şekilleri incelenecek ve bulgular kısmında daha önce 2015 yılında yapılan bir toksisite deneyine ait verilerden yararlanılarak, bu analiz türünün verilere uygulanması gösterilecektir. Uygulama kısmında verilerin teorik analizi yapılacak ve bu hesaplamalarda probit çözümlemesinin teorik özelliklerine de değinilecektir. Aynı veriler bilgisayar ortamında da hesaplanarak bulunan sonuçlar birbiri ile karşılaştırılacak ve birbirlerine göre olan farklılıkları, avantajları ve dezavantajları incelenecektir. Anahtar Kelimeler : probit analiz, letal doz, LD50, doz-tepki, biyolojik deneme, doğal ölüm
Meme kanserli hastalarda ölüm riskinin birleşik zayıflık modelleri ile incelenmesi
Meme kanseri, kadınlarda en sık görülen kanser türleri arasında yer almaktadır ve hastalığın görülme oranı gün geçtikçe artmaktadır. Dolayısıyla bu alanda yapılan çalışmalarda artmaktadır. Yapılan çalışmaların birçoğunda olguların sağkalım sürelerini etkileyen risk faktörleri araştırılırken, bireyler arasındaki heterojenlikler dikkate alınmamaktadır ve nüks,ölüm olayları birbirinden bağımsız değerlendirilmektedir. Ancak ölüm, nüks ve metastaz olaylarının birbirinden bağımsız değerlendirerek klasik sağkalım analizlerinin yapılması elde edilen parametre tahminlerinin yanlı olmasına neden olacaktır. Bu durumda birleşik zayıflık modellerinin kullanımı önerilmektedir. Birleşik zayıflık modelleri ile bireyler arasındaki heterojenlikler dikkate alınmakta ve bireylerin ölüm riskleri modellenirken tekrarlayan olaylar da değerlendirilmektedir. Yapılan bu çalışmanın amacı, meme kanserli hastalarda nüks ile ölüm arasındaki ilişkiyi, bireyler arasındaki heterojenliği araştırarak ve dikkate alarak, ölüm ve nüks üzerine etkili olan faktörleri birleşik zayıflık modeli ile incelemektir. Çalışmanın ikincil amacı ise, dinamik tahmin yöntemleri yardımıyla hastanın tüm hikayesini değerlendirerek ölüm risklerini tahmin etmektir. Çalışmada 2009-2016 yılları arasında İstanbul Tıp Fakültesi Onkoloji Enstitüsünde ameliyat olan 465 hastanın verileri kullanılmıştır. Çalışmanın sonucunda, nüks ve ölüm arasında pozitif ilişki gözlenmiştir. Ayrıca bireyler arasında heterojenlik gözlenmiştir. Nüks için tümör tipi, ameliyattan sonraki lenf nodu sayısı, neoadjuvan kemoterapi alma durumu, klinik evre, ameliyat tipi faktörlerinin etkileri istatistiksel olarak anlamlı bulunurken, ölüm için ise Cerb-B2, tümör tipi, ameliyattan sonra lenf nodu sayısı, neoadjuvan kemoterapi alma durumu faktörlerinin etkileri anlamlı bulunmuştur. Dinamik tahmin yöntemi ile elde edilen tahminlerin değerlendirilmesinde kullanılan Brier skorlarının değerleri 0,30'un altında bulunmuştur. Sonuç olarak, zayıflık etkisi anlamlı olduğu durumlarda, aynı özelliklere sahip bireylerin dahi ölüm riskleri birbirinden farklılık göstermektedir.Nüks ve ölüm olaylarının birbiri ile ilişkili olduğu ve heterojenlik etkilerinin saptandığı durumlarda birleşik zayıflık modellerinin kullanımı önerilmektedir.
Klinik denemelerde örneklem büyüklüğü hesaplanmaları ve klasik hesaplama yöntemleri ile karşılaştırılması
Clinical trials are well-planned studies. One of the earlier steps in clinical trials is the determination of sample size. The question "how many subjects should be used?" must be answered carefully by considering many important aspects of the study. Some of the clinical trials might be too expensive. Besides, in some of them, finding subjects may be difficult to include clinical trials. For such these reasons, it is not efficient including either too few or too many subjects in clinical trials. Therefore, sample size calculation is an important issue in clinical trials due to ethical, economic and scientific reasons. There are several factors that affect the sample size such as study design, trial objectives or clinical important difference. In this thesis, we give an overview of sample size calculation in clinical trials. Parallel group and cross-over study designs are taken into account. We also considered equality, superiority, non-inferiority and equivalence trials for two samples. First, we gave proofs of sample size calculations with both known and population variance. Then, we show numeric examples to clarify sample size calculation. Additionally, we share how these calculations are carried out RStudio. We also create simulation scenarios under different distributions, trial objectives, sample size with the clinical important difference and specified effect sizes to compare observed power. We show that the observed power is highest in non-inferiority trials compared to superiority and equality trials based on same clinical important difference, Type I error, study design and sample size. The observed power is higher in cross-over design compared to parallel group design with same clinical important difference, Type I error, trial objective and sample size. The responses are created under different distributions, however; there is no considerable effect of different distributions on observed power.
Kısmi ilişkili verileri incelemekte kullanılan parametrik ve parametrik olmayan yöntemler ve benzetim çalışması
Kısmi ilişkili veri bağımlı iki gruplu veride kayıp değerlerin ortaya çıkmasıyla oluşan bir durumdur. Bağımlı gruplu veride aynı bireyler üzerinde tekrarlı ölçümler yapılır. Kısmi ilişkili veri iki alt gruptan oluşur. Bunlar eşli veri ve eşli olmayan veridir. Eşli veride iki grupta da kayıp veri gözlenmez. Eşli olmayan veride ise iki gruptan birinde kayıp veri oluşur. Kısmi ilişkili veri eşli ve eşli olmayan verinin kombinasyonudur. Yapılan literatür taraması sonucunda kısmi ilişkili veriyi incelemekte kullanılan sekiz adet parametrik ve on bir adet parametrik olmayan yöntem bulunmuştur. Bu çalışmanın amacı geleneksel yöntemlerle çalışmada tanıtılan yöntemleri karşılaştırmak ve performansı en iyi olan yöntemi belirlemeye çalışmaktır. Bu çalışmada parametrik ve parametrik olmayan yöntemler için iki uygulamaya yer verilmiş ve geleneksel yöntem olarak seçilen liste boyunca silme yöntemi ile çalışmada tanıtılan yöntemler karşılaştırılmıştır. Ayrıca parametrik ve parametrik olmayan yöntemler için iki adet benzetim çalışması yapılmıştır. Parametrik yöntemler ile ilgili benzetim çalışmasında kayıp veri içermeyen bir veri setinin rastgele %10, %30 ve %50'si silinmiş ve geleneksel yöntem olarak liste boyunca silme yöntemi alınmıştır. Benzetim çalışması sonucunda sekiz yöntemden dördünün liste boyunca silme yönteminden üstün olduğu ve en güçlü yöntemin ise ağırlıklı t testi olduğu belirlenmiştir. Parametrik olmayan yöntemlerle ilgili benzetim çalışmasında tüm bir veri setinin rastgele % 25'i silinmiş ve geleneksel yöntem olarak liste boyunca silme yöntemi seçilmiştir. Benzetim çalışması sonucunda on bir yöntemden altısının liste boyunca silme yönteminden üstün olduğu ve en güçlü yöntemin yeni işaret sıra testi olduğu belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler : Eşli veri, eşli olmayan veri, kısmi ilişkili veri, kayıp veri, tamamen rastgele kayıp
GMDH türünde sinir ağı algoritması ile ikili sınıflandırma
Group Method of Data Handling (GMDH) - type neural network algorithms are the self organizing algorithms for modeling complex systems. GMDH algorithms are used for different objectives; examples include regression, classification, clustering, forecasting, and so on. In this thesis, we propose a new algorithm named as diverse classifiers ensemble based on GMDH (dce-GMDH) algorithm for binary classification. Also, we develop an R package, GMDH2, to make our proposed algorithm available. The package offers two main algorithms, GMDH and dce-GMDH algorithms. GMDH algorithm performs binary classification and returns important variables. dce-GMDH algorithm performs binary classification by assembling classifiers based on GMDH algorithm. The package also provides a well-formatted table of descriptives in different format (R, LaTeX, HTML). Moreover, it produces confusion matrix and related statistics, and interactive scatter plot (2D and 3D) with classification labels of binary classes to assess the prediction performance. All properties of the package are demonstrated on Wisconsin Breast Cancer data. A Monte Carlo simulation study is also conducted to compare GMDH algorithms to the other well-known classifiers under the different conditions. Moreover, a user-friendly web-interface of the package is developed especially for non-R users. This web-interface is available at http://www.softmed.hacettepe.edu.tr/GMDH2.
Riboşalterlerin insan genomunda aranması ve bilgisayar ortamında vaka çalışmaları ile potansiyel bir ilaç hedefi olarak tahmin edilmesi
Riboşalterler genellikle mRNA'nın 5' ucu bölgelerinde bulunan genetik düzenleyici yapılardır. Riboşalterlerin en belirleyici özelliği, doğrudan bir fizyolojik sinyali tanımaları ve RNA yapısında ortaya çıkan kaymalar ile spesifik genlerin regülasyonunu etkilemeleridir. Mevcut Rfam veri tabanı 40 riboşalter ailesi içermektedir. Riboşalterler, belirli efektörleri bağlamak için farklı moleküler belirleyiciler geliştirdiklerinden, sadece ideal geri bildirim mekanizmaları için değil, aynı zamanda yeni ilaç hedefleri olarak hizmet etme potansiyelleri için de ilgi toplamışlardır. Diğer taraftan, riboşalterlerin, geri besleme mekanizmaları yoluyla hücrede hayati yolların düzenlenmesinde önemli rolleri vardır. Bu özelliklerinden dolayı riboşalterler, çoklu ilaç direncine (MDR) bir çözüm bulmak amacıyla, teorik ve pratik olarak antibiyotik tasarımı için potansiyel yeni hedefler olarak kabul edilmiştir. Bu çalışmada iki amaç yer almaktadır. Birinci amacımız insan genomunda literatürde mevcut olan riboşalter yapılarıyla anlamlı derecede uyumluluk gösteren gen sekanslarının tespit edilmesi ve bu gen sekanslarının bilinmeyen fonksiyonlarının ortaya çıkarılmasıdır. Bu doğrultuda lizin (lysine) riboşalteri ile insan genomunun belirli bölgelerinde anlamlı kabul edilebilecek sınıra yakın eşleşmeler elde edilmiştir. Çalışmamızın ikinci amacı ise, "Rfam" biyolojik veri tabanında yer alan erişime açık verileri kullanarak, riboşalter RNA aile üyelerinin potansiyel bir ilaç hedefi olarak düşünüldüğü sanal tarama analizi süreçlerini organize eden bir ardışık düzen oluşturmaktır. Çalışma sonucunda oluşturduğumuz ardışık düzen "V. vulnificus" genomuna ait sanal tarama analizi sonuçlarını elde etmeyi başarmıştır. Elde edilen sanal tarama analizleri Lipinski kuralı dikkate alınarak incelendiğinde "ZINC000040394717" erişim kimliğine sahip molekülün "Ceftazidime"; "ZINC000004097280" erişim kimliğine sahip molekülün ise "Ciprofloxacin" ile benzer moleküller olduğu söylenebilir. Ceftazidime ve Ciprofloxacin "V. vulnificus" organizması kaynaklı hastalıkların tedavisinde kullanılan ilaçlar arasındadır. Benzerlik bulduğumuz ZINC erişim kimliğine sahip moleküllerin literatürde henüz bilinen bir kullanımı yoktur. Bu açıdan literatüre katkıda bulunulmuştur.
Köylerden Adana'ya gelen ailelerin sağlık ve hastalıkla ilgili bilgi, tutum ve davranışlarını etkileyen sosyo-ekonomik faktörler
Kırsal yörelerden kentsel yörelere göçlerin yaygın olması ve hızla artış göstermesi, göç edenlerin gecekondularda olumsuz koşullarda yaşaması bu grubun sağlıkla ilgili davranış ve tutumlarının incelenmesini önemli kılmaktadır. Kentleşme ile ilgili araştırmalar incelendiğinde bu konunun ele alındığına rastlanmamıştır. Giderek artan kentsel nüfusun sağlıkla ilgili tutumları, hastalandıklarında nasıl davrandıkları, kimlere başvurdukları konusunun incelenmesi açıklayıcı bilgiler sunabilir ve önlemler alınmasına yol açabilir. Bu gerekçe ile Adana gecekondu mahallelerinde yerleşmiş kırsal yörelerden göç etmiş ailelerin sağlık konusundaki tutumları ve hastalanınca kimlere başvurdukları açılarından değerlendirmeler yapmak üzere bu araştırma planlanmıştır. Bu ailelerin tutum ve davranışlarında aile yapısı, gelir, eğitim durumu ve benzeri sosyo demografik değişkenlere göre farklılaşmalar olacağı ileri sürülmüştür. Ayrıca ailelerin sağlıkla ilgili tutum ve davranışlarında gelenekselden moderne değişimler araştırılmıştır. Araştırma Adana kentinin gecekondu mahallelerinden tabakalı rastgele örnekleme yöntemi ile seçilen 450 kişiyi kapsamıştır. Araştırıcı tarafından geliştirilen sağlıkla ilgili tutum ve davranışlar soru kağıdı yoluyla bilgiler alınmıştır. Sorular çeşitli hastalıklarda ne yapar, kime başvurur veya ne tür uygulamalar yapar konularını kapsamaktadır. Verilerin istatistiksel değerlendirmesinde çoklu varyans analizi ve korelasyon teknikleri kullanılmıştır. Sonuçlar kente göç etmiş kişilerin yaşına, eğitim, gelir, çalışma durumuna, kent kalış süresi gibi değişkenlere göre sağlıkla ilgili tutum ve davranışlarda anlamlı farklılaşmalar olduğunu ortaya koymuştur. Sosyo ekonomik düzeyi yükseldikçe sağlıkla ilgili tutum ve davranışlarda geleneksel yöntemlere başvurma azalmıştır. Genelde Gecekondularda yaşayan göçmenlerin sağlıkla ilgili sorunların yaşanması durumunda doktor hastane yerine halk içinde bilinen geleneksel kişilere ve geleneksel uygulamalara başvurdukları ortaya çıkmıştır. Sosyo-ekonomik düzey yükseldikçe tutum ve davranışlarda modernleşme artmıştır.