40
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Polikistik böbrek hastalığında PKD1 gen varyasyonlarının RNA düzeyinde analizi
Polikistik böbrek hastalığı, en sık karşılaşılan kalıtsal böbrek hastalığıdır. Böbrek kistlerinin ilerleyerek büyümesi, böbrek yetmezliği ve hipertansiyon ile seyreden 500 ila 1000 doğumda bir görülen genetik bir hastalıktır. Polikistik böbrek hastalığı yenidoğanlardan yaşlılığa kadar uzanır ve bu hastalıkta böbrekte çok sayıda kist oluşur. Oluşan kistler, giderek büyüyerek sonunda böbreğin tamamen kistlerden oluşmasına ve işlevini yerine getirmemesine neden olur. Polikistik böbrek hastalığının takribi %85'i PKD1 (Polisistin1) gen bölgesiyle ilişkilidir. PKD1 geninin mutasyonlar açısından değerlendirilmesi bazı yöntemsel zorluklar barındırmaktadır. Genin 1 ile 32. ekzonları arasında kalan bölgesi, asıl gene 13-16 mb mesafede altı defa tekrarlandığı bir segmental duplike bölgenin içinde yer almaktadır. Bu bölgenin analizinde PKD1'e özgü olan geniş alanı kapsayan Uzun-Menzilli Polimeraz Zincir Reaksiyonu (long-range PCR, LR-PCR) kullanılarak yanlış pozitiflikten kaçınılmaya çalışılmaktadır. Tez çalışmamız kapsamında, PKD1 geninin DNA düzeyinde analizinde segmental duplikasyonlar nedeniyle yaşanan zorlukların aşılmasında, RNA'dan elde edilen cDNA'nın dizilenmesi ile PKD1 mutasyonlarının belirlenebilirliğini değerlendirmek amaçlanmıştır. Bu amaçla, Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi polikliniğine polikistik böbrek hastalığı ön tanısı ile gelen hastalardan aralarında akrabalık bağı olmayan 24 olgudan, PKD1 geninde patojenik/olası patojenik varyasyon bulunan 9 olgu belirlenmiş ve bu dokuz olgudan altısında, DNA düzeyinde belirlenen varyasyonlar RNA düzeyinde incelenmiştir. Çalışmamızda ayrıca PKD1 geni tarafından kodlanan RNA'nın iki farklı bölgesinin periferik kandaki gen ifade düzeyleri 6 olgu ve 10 kontrolde Gerçek Zamanlı Kantitatif Ters Tranksriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile incelenmiştir. Tez çalışmamız kapsamında beş olguda, daha önce DNA düzeyinde belirlenen varyasyonlar RNA düzeyinde doğrulanmıştır. Çalışmaya dahil edilen olgularda belirlenen altı varyasyondan üçü (%50) çalışmamızın yapıldığı tarihte literatürde ve veritabanlarında yer almayan novel varyasyonlardı. Olgu serimizde yer alan novel NM_001009944(PKD1): c.2853+2_2853+10del kırpılma bölgesi varyasyonunun PKD1 geninde kanonik kırpılma bölgesinin kaybı sonrasında, ilgili patojenik varyasyonun yukarı akış kısmında yer alan ekzonik bir AG dizisinin yeni kırpılma bölgesi olarak algılanmasına yol açtığı görülmüştür. PKD1 geninin periferik kandaki gen ifade düzeyi analizlerinde ise, genel olarak olgularda daha düşük ekspresyon görülme eğilimine karşın olgu ve kontroller arasında istatistiksel anlamlı bir ekspresyon farklılığı saptanmamıştır. Çalışmamızda RNA'dan Sanger dizi analizlerinde, düşük düzeyde olmakla birlikte, segmental duplike bölgeler içerisinde kalan PKD1 bölgelerinin gen dizilerini de kısmi olarak barındırdığı görülmüştür. Gerçek Zamanlı Kantitatif Ters Tranksriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu sonuçlarımıza göre olgu ve kontroller arasında anlamlı ekspresyon farklılığı gözlenmemiştir. Çalışmamıza dahil edilen olgu ve kontrol sayılarının az olması kısıtlılık oluşturmakla birlikte, bulgularımız, RNA ile yapılacak fonksiyonel analizlerin yeni kırpılma bölgesi varyasyonlarının gen ekspresyonu düzeyindeki etkilerinin belirlenmesindeki önemine işaret etmektedir. Buna karşın, PKD1 gen ekspresyonunun kanda düşük düzeyde olması ve segmental duplike bölgelere ait piklerin de izlenmesi, polikistik böbrek hastalığı olgularında periferik kandan izole edilen RNA'ya dayalı analizin, tek başına, tanısal olarak, uzun menzilli DNA dizi analizi yaklaşımına alternatif oluşturamayacağını göstermektedir.
Türler ve cinsler arası ayçiçeği melezlerinin orobanş parazitine ve mildiyö hastalığına dayanıklılıklarının belirlenerek ayçiçeği ıslahında kullanılması
Ülkemizde en önemli yağ bitkisi olan ayçiçeğinde, tane ve yağ verimi gibi ekonomik değeri olan faktörleri etkileyen nedenlerin başında orobanş paraziti (Orobanche cumana Wallr) ve mildiyö hastalığı (Plasmopara halstedii) gelmektedir. Bu iki biyotik stres etmenine genetik dayanıklılık veya yüksek tolerans üreticiler tarafından tercih edilen özelliklerdendir. Yabani ayçiçeği türleri, başta ülkemizde ve dünyanın birçok yetiştirici bölgesinde önemli zararlara neden olan orobanş paraziti, mildiyö ırkları ile diğer biyotik ve abiyotik stres koşullarına dayanıklı birçok gen kaynağına sahiptir. Çalışma kapsamında yabani kaynaklarda bulunan dayanıklılık gen kaynaklarından ayçiçeği ıslah çalışmalarında yararlanılması amaçlanmıştır. Bu çerçevede araştırmada birçok interspesifik ve interjenerik melezlemeler yapılmıştır. Bu doğrultuda 7 adet yabani ayçiçeği genotipi ile Asteraceae familyasından 4 adet yabani genotip baba hat olarak, orobanş paraziti ve mildiyö hastalığına hassas çeşitler olan 4 adet CMS, 2 adet maintainer ana hat olarak kullanılıp, melezlenerek F1 melezi elde edilmiş ve ertesi yıl bu melezler kendilenerek F2 nesli elde edilmiştir. Oluşturulan intersipesifik ve interjenerik hibritlerin orobanş ve mildiyö hastalığına karşı testleri laboratuvar koşullarında yapılmıştır. İnokülasyon testlerinde kullanılan orobanş tohumları keşif survey yöntemi kullanılarak Trakya bölgesinde geniş bir alanı temsil edecek şekilde toplanmıştır. Hastalık testlerin de kullanılan patojen materyalleri ise Trakya bölgesinde yaygın mildiyö epidemisi görülen farklı lokasyonlardan toplanmıştır. Orobanş testi değerlendirmelerinde; Pustovit yöntemi kullanılarak saldırı derecesi (SD) hesaplanmış, mildiyö testlerinde ise test edilen bitki sayısı / hasta bitki sayısı oranına göre dayanıklılık belirlenmiştir. Ayrıca elde edilen F2 jenerasyonlarının NMR spektrografisiyle yağ oranları ölçülmüştür. Carduus acanthoides L.ve 3 ayrı IMI-CMS hat ile yapılan türler arası melezlerinin kendilenmesiyle elde edilen F2 neslinde orobanşa dayanıklı ve yüksek yağ oranı içeren en yükseği %54 olan tek bitkiler elde edilmiştir. IMI-CMS-2×H.annuus F2 neslinde mildiyö hastalığna dayanıklı tek bitkiler elde edilmiştir. Centaurea solstitialis ve 2 ayrı IMI-CMS ve Cichorium intybus×Maintainer-1 ile melezlerinin F2 neslinde orobanşa dayanıklı, saldırganlık derecesi:0 tek bitkiler ile mildiyöye dayanıklı, test edilen bitki sayısı/hasta bitki sayısı:10/0 olan tek bitkiler mevcuttur. IMI069-A, IMI-CMS1 × IMI-078-A ve H.argophyllus melezlerinin F2 neslinde orobanşa dayanıklı ve mildiyöye yüksek toleranslı, yağ içeriği %45-51,8 arasında tek bitkiler elde edilmiştir. Hassas maintainer-1×H. bolanderi melezlerinin F2 neslinde saldırganlık derecesi:1 olan tek bitkiler elde edilmiş, ancak mildiyö testlerinde çimlenme olmaması nedeniyle net değerlendirme yapılamamıştır. IMI-CMS-1×H. grosseserratus ve H.atrorubens melezlerinin F2 neslinde orobanş ve mildiyöye genetik dayanıklılık barındıran tek bitkiler mevcuttur. Maintainer-1×H. petiolaris ve H. petiolaris subsp. melezlerinin F2 neslinde orobanşa dayanıklı ve mildiyöye toleranslı, yağ içeriği en yükseği %51,34 olan tek bitkiler elde edilmiştir. Çalışmanın sonucunda bulunan veriler değerlendirildiğinde, hassas hatlar ve yabani türler arasında yapılan melezlerin kendilenmesiyle elde edilen F2 nesillerinde orobanş ve mildiyö hastalığının yeni ırklarına dayanım gösteren genler mevcuttur. Bu dayanıklı bitkilerin ayçiçeği dayanıklılık ıslah çalışmalarında yeni kaynak oluşturmak için melezlemelerde kullanılmasının yolu açılmıştır. Ayrıca ayçiçeği üretimi açısından büyük önem taşıyan yüksek yağ oranına sahip melezler elde edilerek, yağ oranı yüksek yeni kaynak geliştirmede kullanılabilecektir.
MRNA yüklü iyonize edilebilen katyonik lipitler ile oluşturulan lipozomal nanoyapıların DPD yöntemi ile simülasyonu
mRNA, protein sentezinde DNA'dan genetik mesajı alıp ribozoma protein sentezi için taşıyan bir biyomoleküldür. Hücreye, sahip olmadığı bir genin proteinini sentezletmek için dışarıdan mRNA aktarımı yapılabilir. Günümüzde biyoteknolojinin gelişmesi ile hassas yapılı mRNA'nın hücre içine iletilmesi önemli bir araştırma konusu olmuştur. mRNA, protein sentez kodlarını taşıyan biyomolekül olması nedeniyle genetik tedavilerde ve aşı geliştirmede büyük potansiyele sahiptir, ancak hassas yapısı doğrudan hücreye iletilmesini zorlaştırır. Bu sorunun üstesinden gelmek için nanoteknoloji umut vaat etmektedir. Nanoyapılar mRNA'nın hücre içine taşınmasında yüksek potansiyele sahiptir. Birçok malzeme ile oluşturulabilen nanoyapılar biyouyumlu olmaları, biyoyararlanımı arttırmaları gibi pek çok avantaja sahiptir. Lipitler hücre zarında da bulunan biyomoleküller olduklarından lipit nanoyapılar mRNA'nın güvenli ve etkili taşınması için umut verici taşıyıcı sistemlerdendir. Biyogüvenli, sirkülasyon süresi uzun ve modifiye edilebilir özelliklere sahip lipit nanoyapılar, gen ve ilaç taşıyıcı sistemler olarak dikkat çekmektedir. Özellikle, iyonize edilebilir katyonik lipitler, pH'a duyarlı olmaları, negatif yüklü nükleik asitleri pozitif yükleri ile stabile edebilmeleri, hücre zarına entegrasyonları ve immün sistemden kaçabilme yetenekleri sayesinde, lipozomlar arasında daha güvenli ve etkili adaylar olarak gösterilebilirler. Moleküler Dinamik (MD) simülasyonları, moleküller arası ve molekül içi etkileşimleri bilgisayar teknolojileri ile inceleyen bir alandır. Deneysel verilerle uyumlu sonuçlar elde edilebilen MD simülasyonları araştırmacılara maliyet, zaman tasarrufunun yanı sıra moleküler düzeyi daha iyi anlamayı sağlar. Biyolojik sistemler gibi karmaşık sistemlerin simülasyonunda v kullanılan Dağıtıcı Parçacık Dinamiği (DPD) yöntemi, yüksek zaman ölçeklerinde ve büyük sistemlerde verimli simülasyonlar gerçekleştirebilir, bu da iyonize edilebilir katyonik lipitler ve hassas yapılı mRNA arasındaki etkileşimleri incelemek için idealdir. Bu çalışma, mRNA-ilaç taşıyıcı sistemlerde kullanılan iyonize edilebilir katyonik lipitlerin davranışlarını anlamak, moleküller arası ve molekül içi etkileşimi detaylıca incelemek için DPD yöntemi ile simülasyonlar yapmayı amaçlanmıştır. Sonuç olarak, mRNA'nın hücre içine taşınmasında iyonize edilebilir katyonik lipitlerle oluşturulan nanoyapıların DPD yöntemiyle incelenmesi, bu alandaki bilgi birikime katkılar sunmayı ve mRNA taşıma sistemlerinin geliştirilmesinde yeni ve etkili stratejilerin belirlenmesine yardımcı olmayı hedeflemektedir. Bu tezde, iyonize edilebilir katyonik lipitlerle oluşturulan nanoyapının mRNA taşıma mekanizmasını ve moleküller arası etkileşimlerini detaylıca incelemek amacıyla Dağıtıcı Parçacık Dinamiği (DPD) yöntemi kullanılacaktır.
Bazı çerezlik kabak (cucurbita pepo L.) F1 melez genotiplerinin performanslarının belirlenmesi üzerine bir araştırma
Bu çalışma bazı çerezlik F1 melez kabak genotiplerinin Trakya Bölgesi'nde iki lokasyonda verim ve diğer morfolojik ve kalite ile ilgili performanslarını belirlemek için yapılacaktır. Edirne ili başta olmak üzere Trakya Bölgesi ve Türkiye'nin en önemli çerezlik kabak üreticisi iken son yıllarda çerezlik kabak üretimi çok azalmıştır. Bunun nedenlerinden biri bölgeye uygun piyasanın kabul ettiği kalitede iyi çeşitler olmamasıdır. Bu nedenlerden dolayı hem Edirne ili hemde Trakya Bölgesinin diğer yerlerinde yetiştirilebilecek byüksek verimli piyasanın kabul ettiği yeni çerezlik kabak hat ve çeşitlerinin belirlenmesine ihtiyaç vardır. Bu çalışmada hibrit bitki ıslahı yöntemi ile geliştirilmiş 20 adet F1 melez çerezlik kabak çeşidi kontrol çeşitleri ile birlikte, Edirne Merkez ve Kırklareli- Lülburgaz- Ahmetbey'de iki lokasyonda yetiştirilecektir. Yürütülecek araştırma ile denemede yer alan genotiplerin verim, morfolojik ve kalite v.b özellikler yönünden performansları belirlenerek bölge için uygun F1 melez çerezlik kabak çeşitleri belirlenecektir.
Buğday-kahverengi pas etkileşiminde aday efektör PTTG_00016'nın rolünün gen susturma yoluyla belirlenmesi
Puccinia triticina (Pt), buğday bitkisinde kahverengi pas hastalığına sebep olan ve önemli verim kayıplarına neden olan bir patojendir. Patojenler tarafından salgılanan efektör proteinler, bitkinin savunma yanıtlarını baskılar ve hormon sinyal yollarını manipüle ederek enfeksiyon gelişimini sağlar. Patojene ait bu efektörlerin tespiti, gelişen hastalıkların enfeksiyon düzeylerini düşürmede ve kontrol altına almada, bitki savunma sistemlerinin aydınlatılmasında ve hastalıklara dayanıklı bitkiler geliştirmede önemlidir. Aynı zamanda tarımda çevresel, ekonomik ve biyolojik açıdan sürdürülebilir yaklaşımların desteklenmesine olanak sağlar. Bu tez çalışmasında daha önceki proteomik çalışmalarda tespit edilen aday efektörlerden birinin fonksiyonel analizi yapılarak gerçek efektör olup olmadığının analizi yapılmıştır. Analiz için aday efektör PTTG_00016 kullanılmıştır. Aday efektör geni, HIGS yöntemi ile susturularak enfeksiyon gelişimindeki etkinliği analiz edilmiştir. HIGS, patojene ait genlerin konak aracılığı ile susturulduğu RNAi tabanlı bir işlemdir. Özellikle biyotrofik fungusların saldırı stratejilerinin anlaşılmasında bu yöntem sıkça kullanılmaktadır. Tez kapsamında efektör adayı PTTG_00016'yı hedeflemek üzere eksonları içine alan 449 bp uzunluğundaki bir bölge RNAi fragmenti tasarımı için seçilmiştir. Tasarlanan RNAi fragmenti Arpa Çizgili Mozaik Virüsü (BSMV) vektörüne klonlanmış ve ardından Morocco buğday çeşidine dsRNA olarak transfer edilmeleri bu virus aracılığıyla gerçekleştirilmiştir. Viral semptomların belirgin olarak gözlendiği 10. günde BSMV inokulasyonunun ortalama olarak %75 oranında başarı ile gerçekleştiği tespit edilmiş ve bitkiler, Pt ırk1 ile inoküle edilmişlerdir. Fungal inokülasyonun 3. gününde gen ekspresyon düzeyi qRT-PCR ile ve enfeksiyon gelişimi mikroskobik olarak değerlendirilmiştir. Yapılan qRT-PCR analizleri sonucunda PTTG_00016 geninin ortalama olarak %25 oranında susturulduğu tespit edilmiştir. Mikroskobik değerlendirmede ise fungusun enfeksiyon yapılarının gelişiminde kontrole göre anlamlı bir fark gözlenmemiştir. Pt inokülasyonunun 12. gününde ise HIGS uygulanmış ve kontrol örneklerde enfeksiyon şiddeti Cobb skalasına göre değerlendirilmiştir. Buna göre pas yoğunluğunun anlamlı düzeyde azalmadığı, enfeksiyon şiddetinin kontrole göre sadece %10 düzeyinde gerilediği tespit edilmiştir. Tez çalışması sonucunda PTTG_00016'nın gerçek bir efektör olduğu yönünde yeterli bulgu elde edilememiştir.
RNAi aracılı gen susturma yönteminin bitki-patojen etkileşiminde kullanımı: PTTG_02001 efektör adayının fonksiyonel analizi
RNAi teknolojisi, tetikleyici molekülü dsRNA ile devreye giren kontrollü bir şekilde gen ifadesinin susturulmasını sağlayan organizmaların doğal gen regülasyonu ve savunma mekanizmasıdır. Uygulamada gen susturma tekniği olarak kullanılan bu teknoloji aday genlerin fonksiyonel analizinde de kullanılmaktadır. Buğday bitkisi dünyada ve ülkemizde önemli bir tahıl ürünü olarak tüketilmektedir. Buğday bitkisinin veriminin düşmesine sebep olan buğday kahverengi/yaprak pası bir mantar hastalığıdır. Hastalık etmeni patojen, Puccinia triticina Eriks (Pt), buğday bitkisinde yaygın görülen ve kaybın en fazla olduğu hastalıklarından biridir. Efektör proteinler, mantar patojenleri tarafından konakçının bağışıklık sistemini baskılar ve virülanslığı arttırıcı etki gösterir. Hastalığın kontrolünde etkin stratejiler geliştirmek için efektörleri tespit etmek ve RNAi teknolojisi gibi yöntemlerle virülanslıktaki etkinliğini ortaya koymak önemlidir. Çalışmada daha önce proteomik bir çalışma ile tespit edilmiş olan PTTG_02001 efektör adayının fonksiyonel analizi gerçekleştirilmiş ve aday genin gerçek efektör olduğu yönünde güçlü kanıtlar elde edilmiştir. Bu amaçla HIGS metodu kullanılarak RNAi ile PTTG_02001 geni susturulmuş ve enfeksiyon gelişimindeki etkinliği belirlenmiştir. PTTG_02001 efektör adayına spesifik 465 bp uzunluğunda bir RNAi02001 fragmenti tasarlanmış ve BSMV vektörüne klonlanmıştır. Hassas buğday çeşidi Morocco fideleri, RNAi02001 fragmentini taşıyan BSMV ile inoküle edilmiştir. Böylece virüs aracılığı ile efektör adayına özgü dsRNA molekülleri bitki hücrelerine aktarılarak çoğaltılmaları ve yeni hücrelere dağıtımı sağlanmıştır. BSMV inokülasyonun 10. gününde bitkiler Pt ırk1 urediniosporları ile inoküle edilmiş ve bitki-patojen etkileşimi sırasında dsRNA'ların patojene aktarılmaları sağlanmıştır. qRT-PCR analizleri yapılarak RNAi mekanizmasının etkinliği ve aday genin susturulma düzeyi belirlenmiştir. Ayrıca bitkilerdeki enfeksiyon gelişimi mikroskobik olarak ve enfeksiyon şiddeti ise Cobb skalasına göre değerlendirilmiştir. HIGS aracılı RNAi uygulaması sonucunda, PTTG_02001'in hedeflendiği test örneklerinde gen ekspresyonunun ortalama olarak 3. yapraklarda %76, 4. yapraklarda ise %95 oranında azaldığı görülmüştür. Buna paralel olarak test örneklerinde enfeksiyon şiddeti %10'un altında neredeyse 0 düzeyinde gözlenmiştir. Mikroskobik inceleme sonuçları bu bulguları destekler niteliktedir, test örneklerinde enfeksiyon yapılarının gelişim açısından oldukça gerilediği gözlenmiştir. Bu sonuçlara göre aday gen PTTG_02001'in gerçek efektör olduğu tespit edilmiştir.
Multipl miyelom olgularında sialiltransferaz genlerinin ekspresyon düzeylerinin araştırılması
Dünyada görülme sıklığı giderek artan Multipl miyelom (MM), kemik iliğindeki plazma hücrelerinin kontrolsüz ve klonal artışı ile gelişen heterojen bir hastalıktır. Multipl miyelom, Hodgkin dışı lenfomadan sonra en sık görülen ikinci hematolojik kanserdir. Tüm kanserlerin %1'ini ve hematolojik kanserlerin yaklaşık %10'unu oluşturur. Son yıllarda tedaviye yeni ilaçların eklenmesi MM tedavisini olumlu yönde etkilemiş ve sağkalım sürelerini önemli ölçüde iyileştirmiştir. Sağkalımdaki önemli iyileşmeye rağmen hastalığın heterojenitesi, ilk yanıt sonrasında MM'nin hızla nüks etmesi ve tedaviye direnç geliştirmesi MM'yi tedavisi zor bir malignite haline getirmiştir. Bu nedenle MM gelişimi ve ilerlemesinde rol oynayan mekanizmaların daha geniş bir perspektifte incelenmesi gerekmektedir. MM gelişim ve ilerlemesinde dikkat çeken konulardan biri de sialillenmiş yapılardır. Hücre yüzeyinde sialik asidin anormal ekspresyonu, kanser hücrelerine bağışıklık sisteminden kaçma, hücre göçü, adezyon ve anjiyogeneze yatkınlık gibi sıradışı özellikler kazandırır. Sialilasyon, kanser hücrelerinin metastatik yeteneklerini artırıp, kemoterapi ve radyoterapi gibi tedavi etkinliğinin azalmasına neden olduğu için de önemlidir (Berghuis vd., 2022; Natoni vd., 2019; Schultz vd., 2012). Sialilasyonda rol oynayan sialiltransferazların ekspresyon düzeylerinin ortaya konması da bu açıdan önem arz etmektedir. ST'lerin gen ekspresyonundaki artış MM de dâhil olmak üzere pek çok kanser türü ile ilişkilendirilmiştir, ancak her bir ST'nin kanserin progresyonunda nasıl bir rol aldığı hala bilinmemektedir. Çalışmamızda yeni MM tanısı almış ve tedavi görmemiş olgulardan kemik iliği ve periferik kan örnekleri, sağlıklı gönüllülerden periferik kan örnekleri alınarak ST ailesine ait genlerin ekspresyon düzeyleri araştırıldı. Ekspresyon düzeyleri incelenen ST genleri; ST3 beta-galaktozid alfa-2,3-sialiltransferaz 6 (ST3GAL6), ST6 beta-galaktozid alfa-2,6-sialiltransferaz 1 (ST6GAL1), ST6 alfa-N-asetilgalaktozaminid alfa-2,6-sialiltransferaz 1 (ST6GALNAC1) ve ST8 alfa-N-asetilnöraminat alfa-2,8-sialiltransferaz 1 (ST8SIA1) idi. Gen ekspresyon düzeylerinin belirlenmesinde kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) yöntemi kullanıldı. Çalışmamızda, seçtiğimiz ST genlerinin ekspresyon düzeylerini inceleyerek MM-gen ilişkisinin ortaya konmasını amaçladık. Literatürde MM'li olgularda kemik iliği ve periferik kan örneklerinde gen ifade düzeylerinin farklı olduğuna dair bir bilgiye rastlanmadığı için, ilk olarak MM'li olgularda kemik iliği ve periferik kan örneklerinde gen ekspresyon düzeyleri karşılaştırıldı. MM'li olgularda ST3GAL6, ST6GAL1, ST6GALNAC1 ve ST8SIA1'in kemik iliği ve periferik kan örneklerinde gen ekspresyon düzeyleri arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı (p>0,05). MM'li olgularda incelediğimiz tüm genlere ait gen ekspresyon düzeyleri, hasta kemik iliği örneklerinde kontrol grubuna göre daha yüksek bulundu (p<0,05). Kontrol grubu ile periferik kan örnekleri karşılaştırıldığında ise ST8SIA1 haricinde tüm genlerde ekspresyon düzeyi anlamlı olarak yüksek bulundu (p<0,05). ST6GALNAC1 ve ST8SIA1'in MM olgularında gen ekspresyon varlığı ile ilgili olarak literatürde bir çalışmaya rastlanmaması nedeniyle çalışmamız ST6GALNAC1ve ST8SIA1 için öncül çalışma olmuştur. Çalışmamızda, seçtiğimiz ST genlerinin ekspresyon düzeylerini inceleyerek MM-gen ilişkisinin ortaya konmasını amaçladık. Çalışmamız sonucunda, elde edilen bulguların MM'li olgularda ST'lerin klinik olarak anlamlı ve yararlı bilgiler sağladığı düşünülmektedir. MM'de elde ettiğimiz sonuçların daha büyük örneklem gruplarıyla doğrulanması bu konudaki kanıtları güçlendirecektir.
Bazı yabani ayçiçeği türlerinin süs bitkisi olarak kullanım olanaklarının araştırılması
Ülkemizde en önemli yağ bitkisi olan ayçiçeğinin yabani formları 18. yüzyılın öncesinden beri hem bahçe süsü, hem de kesme çiçekçilik alanına katkı sunmaktadır. Bu kullanım alanının yaygınlaşması için pazar değeri yüksek yabani ayçiçeğinin oluşturulması amacıyla, hem yabani ayçiçeği türlerinin kalıtımı hakkında bilgi sahibi olunmalı, hem de kalıtımın çevreyle etkileşimi incelenmelidir. Söz konusu tez çalışmasında süs bitkisi ticaretini etkileyen özellikler gözlemlenmiştir. Bu çalışma 2024 yılında Edirne ilinin Merkez ilçesinde Trakya Üniversitesine ait araştırma arazisinde yapılmıştır. Çalışma kapsamında 18 farklı yabani ayçiçeği türünün sap çapı, kök çapı, bitki boyu, izdüşüm (yayılma) alanı, ilk çiçeklenme gün sayısı, %50 çiçeklenme gün sayısı, tam çiçeklenme gün sayısı, çiçeklenme zamanı, toplam çiçeklenme gün sayısı, tabla çapı, tabla sayısı ve tohum sayısının gözlemlenmesi amaçlanmıştır. Bu çerçevede sıra usulüyle ekilmiş olan H. agrestis, H. annuus, H. anomalus, H. agrophyllus, H. atrorubens, H. cusickii, H. debilis, H. deserticola, H. exilis, H. longifolius, H. maximiliani, H. mollis, H. niveus, H. nuttallii, H. pauciflorus, H. petiolaris, H. porteri ve H. praecox yabani ayçiçeği türleri gözlemlenmiştir. Tez çalışması kapsamındaki yabani ayçiçeği türleri arasında ilk çiçeklenmesi en kısa (91 gün) süren türler H. debilis ve H. pauciflorus; en uzun (202 gün) süren tür H. atrorubens olarak belirlenmiştir. Tez çalışması kapsamındaki yabani ayçiçeği türleri arasında %50 çiçeklenmesi en kısa (97 gün) süren türler H. debilis ve H. pauciflorus; en uzun (221 gün) süren tür H. atrorubens olarak belirlenmiştir. Tez çalışması kapsamındaki yabani ayçiçeği türleri arasında tam çiçeklenmesi en kısa (173,33 gün) süren tür H. agrestis; en uzun (266,67 gün) süren tür H. maximiliani olarak belirlenmiştir. Tez çalışması kapsamındaki yabani ayçiçeği türleri arasında çiçeklenme günü en kısa (50 gün) süren tür H. atrorubens; en uzun (162,67 gün) süren tür H. maximiliani olarak belirlenmiştir. Tez çalışması kapsamındaki yabani ayçiçeği türleri arasında tabla çapı en düşük (1,13 cm) olan tür H. deserticola; en yüksek (18,33 cm) olan tür H. agrestis olarak belirlenmiştir. Tez çalışması kapsamındaki yabani ayçiçeği türleri arasında tabla sayısı en düşük (5 adet) olan tür H. agrestis; en yüksek (45,67 adet) olan tür H. atrorubens olarak belirlenmiştir. Sap çapına göre değerlendirme yapıldığında 0,5-1,5 cm aralığında olanların kesme çiçekçilik; 1,5 cm ve üzeri olanların dış mekân süs bitkisi alanında kullanılması uygun olduğu öngörülmüştür. Bu değerlendirmeye göre; H. annuus, H. cusickii, H. debilis, H. deserticola, H. exilis, H. longifolius, H. maximiliani, H. mollis, H. pauciflorus, H. petiolaris ve H. porteri kesme çiçekçilik açısından önem arz etmektedir. Bu türlerin dışında kalanlar (7) dış mekân süs bitkisi açısından değerlendirilebilir.
Endoplazmik retikulum stresinde rol oynayan CHOP geninin (DDIT3) CRISPR/Cas9 sistemi aracılığıyla diyabet ile ilişkisinin belirlenmesi
Diyabet patogenezinde ER stresi önemli bir rol oynamaktadır. Bu tez kapsamında, MIN6 pankreatik β hücre hattında ER stresinin tunikamisin ile indüklenme koşulları MTT ve RT-PCR analizleri ile belirlenmiştir. ER stresinin artması, UPR yolağını aktive ederek bir transkripsiyon faktörü olan CHOP protein ekspresyonunun güçlü bir şekilde indüklenmesine ve bu sayede hücrede stres–apoptoz dengesinin bozulmasına neden olmaktadır. CHOP proteinini kodlayan CHOP geninin CRISPR/Cas9 sistemleri aracılığıyla silinmesinin ER stresi etkilerini gidereceği hipotezine dayanarak yapılan çalışmalarda, CHOP geni başarılı bir şekilde silinmiş ve ER stresinin indüklendiği ve indüklenmediği koşullarda, ek olarak stres oluşturulmadan önce ve oluşturulduktan sonra yapılan bu gen düzenlemenin pankreatik β hücrelerinde, RT-PCR analizleri ile diyabet ile ilişki gen ifadelerinin değişimi incelenmiştir. Buna ek olarak diyabet patogenezinde merkezi bir rol oynayan ER stresinin, glukoz uyarılı insülin sekresyonu üzerinde etkileri ELİSA analizleri ile incelenmiştir. Bu bulgular ile CHOP proteinini hedef alan gen düzenleme yaklaşımlarının diyabet patojenezindeki etkileri üzerinde literatüre katkı sağlanması hedeflenmiştir. Tunikamisin ile oluşturulan ER stresinin MIN6 hücre hattında diyabetle ilişkili incelenen birçok genin ekspresyonunu artırdığı gösterilmiştir. Elde edilen bulgular, CHOP silinmesinin hücrelerdeki stres yükünü azalttığını, stresle ilişkili genlerin (IGF2BP2, CDKAL1, HNF1A, TCF7L2) ekspresyon profillerini dengelediğini ve özellikle insülin sekresyonunun korunmasına katkı sağladığını göstermektedir.
Endemik Centaurea kilaea bitkisinde antitümöral fitokimyasalların biyoteknolojik üretimi
Bu çalışmada ele alınan Centaurea kilaea, geleneksel tıpta uzun yıllardır kullanılan ve sahip olduğu biyolojik aktivitelerle dikkat çeken önemli bir türdür. Özellikle antitümör ve antioksidan özellikleriyle bilinen sekonder metabolitleri, farmasötik uygulamalar açısından büyük bir potansiyele sahiptir. Bu çalışmanın amacı, C. kilaea'dan elde edilen kallus ve hücre süspansiyon kültürlerinde metabolit üretimini optimize ederek, bu türün biyoteknolojik üretim potansiyelini araştırmak ve sürdürülebilir üretim yöntemleri geliştirmektir. Kallus indüksiyonu için farklı hormon kombinasyonları ve konsantrasyonları denenmiştir. Bu denemeler arasında,1 mg/L 2,4D içerikli besi yeri hızlı kitle artışı sağlamış ve 12 haftada yaklaşık 5 kat büyüklüğünde biyokütle artışı sağlanmıştır. Sekonder metabolit üretimi için Hücre Süspansiyon Kültürleri (HSK) kurulmuş ve antitümoral fenolik bileşik üretimi hedeflenmiştir. Bu süreçte, 1 mg/L BAP ve 1 mg/L 2,4D içerikli besi yerlerinde maksimum biyokütle artışı sağlanmıştır. Hem kallus hem de HKS de 6 haftalık ve 12 haftalık dokular hasat edilerek metabolit içeriği analiz edilmiş ve doğada yetişen bitki dokularındaki metabolit profili ve miktarı ile karşılaştırılmıştır. Yapılan analizler sonucunda, kallus ve hücre süspansiyon kültüründe hedeflenen antitümör bileşiklerinde arasında bulunduğu 2,5-dihidroksibenzoik asit, askorbik asit, kafeik asit, klorojenik asit, öpatorin, fumarik asit, hispidulin 7-glikozit, indol-3-asetik asit, jaseozidin, litospermik asit, p-kumarik asit, protokatekuik asit, pirokatekol, salisilik asit, şiringik asit, vanilik asit tespit edilmiştir. Kültür ortamlarında üretilen askorbik asit, kafeik asit, fumarik asit, indol-3-asetik asit, p-kumarik asit, salisilik asidin doğal bitkideki üretimlerine kıyasla daha fazla üretildiği gözlemlenmiştir. Ancak 2,5-dihidroksibenzoik asit, klorojenik asit, öpatorin, jaseozidin, litospermik asit, protokatekuik asit, pirokatekol, şiringik asit, vanilik asidin doğal bitkide daha yüksek seviyelerde üretildiği tespit edilmiştir. Tüm bu bulgular ışığında, ilgili antitümoral bileşiklerin C. kilaea kallus ve hücre süspansiyon kültürlerinde belirli seviyelerde eldesi sağlanmış olmakla birlikte, bileşiklerin daha verimli düzeylerde üretilebilmesi amacıyla farklı koşul ve ortam şartları altında ileri çalışmalar gerçekleştirilmesi gereklilik arz etmektedir. Bununla birlikte endemik bir tür olan C. kilaea'da üretim için esas olan doku kültürü sistemlerinin kurulumu ve maksimum biyokütle üretimi için optimizasyon yapılmıştır. Çalışmanın devam ettirilerek farklı kültür koşulları ve elisitör uygulamasıyla hedeflenen metabolitlerin daha yüksek düzeyde üretiminin sağlanması mümkündür. Böylece türün biyoteknolojik potansiyeli daha verimli bir şekilde değerlendirilebilir. Sunulan tez çalışmasının oluşturduğu temel süreçler, sürdürülebilir ve yüksek verimli üretim yöntemlerinin geliştirilmesi açısından büyük önem taşımaktadır.
Endemik Centaurea kilaea bitkisinde antitümöral fitokimyasalların biyoteknolojik üretimi
Bu çalışmada ele alınan Centaurea kilaea, geleneksel tıpta uzun yıllardır kullanılan ve sahip olduğu biyolojik aktivitelerle dikkat çeken önemli bir türdür. Özellikle antitümör ve antioksidan özellikleriyle bilinen sekonder metabolitleri, farmasötik uygulamalar açısından büyük bir potansiyele sahiptir. Bu çalışmanın amacı, C. kilaea'dan elde edilen kallus ve hücre süspansiyon kültürlerinde metabolit üretimini optimize ederek, bu türün biyoteknolojik üretim potansiyelini araştırmak ve sürdürülebilir üretim yöntemleri geliştirmektir. Kallus indüksiyonu için farklı hormon kombinasyonları ve konsantrasyonları denenmiştir. Bu denemeler arasında,1 mg/L 2,4D içerikli besi yeri hızlı kitle artışı sağlamış ve 12 haftada yaklaşık 5 kat büyüklüğünde biyokütle artışı sağlanmıştır. Sekonder metabolit üretimi için Hücre Süspansiyon Kültürleri (HSK) kurulmuş ve antitümoral fenolik bileşik üretimi hedeflenmiştir. Bu süreçte, 1 mg/L BAP ve 1 mg/L 2,4D içerikli besi yerlerinde maksimum biyokütle artışı sağlanmıştır. Hem kallus hem de HKS de 6 haftalık ve 12 haftalık dokular hasat edilerek metabolit içeriği analiz edilmiş ve doğada yetişen bitki dokularındaki metabolit profili ve miktarı ile karşılaştırılmıştır. Yapılan analizler sonucunda, kallus ve hücre süspansiyon kültüründe hedeflenen antitümör bileşiklerinde arasında bulunduğu 2,5-dihidroksibenzoik asit, askorbik asit, kafeik asit, klorojenik asit, öpatorin, fumarik asit, hispidulin 7-glikozit, indol-3-asetik asit, jaseozidin, litospermik asit, p-kumarik asit, protokatekuik asit, pirokatekol, salisilik asit, şiringik asit, vanilik asit tespit edilmiştir. Kültür ortamlarında üretilen askorbik asit, kafeik asit, fumarik asit, indol-3-asetik asit, p-kumarik asit, salisilik asidin doğal bitkideki üretimlerine kıyasla daha fazla üretildiği gözlemlenmiştir. Ancak 2,5-dihidroksibenzoik asit, klorojenik asit, öpatorin, jaseozidin, litospermik asit, protokatekuik asit, pirokatekol, şiringik asit, vanilik asidin doğal bitkide daha yüksek seviyelerde üretildiği tespit edilmiştir. Tüm bu bulgular ışığında, ilgili antitümoral bileşiklerin C. kilaea kallus ve hücre süspansiyon kültürlerinde belirli seviyelerde eldesi sağlanmış olmakla birlikte, bileşiklerin daha verimli düzeylerde üretilebilmesi amacıyla farklı koşul ve ortam şartları altında ileri çalışmalar gerçekleştirilmesi gereklilik arz etmektedir. Bununla birlikte endemik bir tür olan C. kilaea'da üretim için esas olan doku kültürü sistemlerinin kurulumu ve maksimum biyokütle üretimi için optimizasyon yapılmıştır. Çalışmanın devam ettirilerek farklı kültür koşulları ve elisitör uygulamasıyla hedeflenen metabolitlerin daha yüksek düzeyde üretiminin sağlanması mümkündür. Böylece türün biyoteknolojik potansiyeli daha verimli bir şekilde değerlendirilebilir. Sunulan tez çalışmasının oluşturduğu temel süreçler, sürdürülebilir ve yüksek verimli üretim yöntemlerinin geliştirilmesi açısından büyük önem taşımaktadır.
Endemik Centaurea kilaea bitkisinde antitümöral fitokimyasalların biyoteknolojik üretimi
Bu çalışmada ele alınan Centaurea kilaea, geleneksel tıpta uzun yıllardır kullanılan ve sahip olduğu biyolojik aktivitelerle dikkat çeken önemli bir türdür. Özellikle antitümör ve antioksidan özellikleriyle bilinen sekonder metabolitleri, farmasötik uygulamalar açısından büyük bir potansiyele sahiptir. Bu çalışmanın amacı, C. kilaea'dan elde edilen kallus ve hücre süspansiyon kültürlerinde metabolit üretimini optimize ederek, bu türün biyoteknolojik üretim potansiyelini araştırmak ve sürdürülebilir üretim yöntemleri geliştirmektir. Kallus indüksiyonu için farklı hormon kombinasyonları ve konsantrasyonları denenmiştir. Bu denemeler arasında,1 mg/L 2,4D içerikli besi yeri hızlı kitle artışı sağlamış ve 12 haftada yaklaşık 5 kat büyüklüğünde biyokütle artışı sağlanmıştır. Sekonder metabolit üretimi için Hücre Süspansiyon Kültürleri (HSK) kurulmuş ve antitümoral fenolik bileşik üretimi hedeflenmiştir. Bu süreçte, 1 mg/L BAP ve 1 mg/L 2,4D içerikli besi yerlerinde maksimum biyokütle artışı sağlanmıştır. Hem kallus hem de HKS de 6 haftalık ve 12 haftalık dokular hasat edilerek metabolit içeriği analiz edilmiş ve doğada yetişen bitki dokularındaki metabolit profili ve miktarı ile karşılaştırılmıştır. Yapılan analizler sonucunda, kallus ve hücre süspansiyon kültüründe hedeflenen antitümör bileşiklerinde arasında bulunduğu 2,5-dihidroksibenzoik asit, askorbik asit, kafeik asit, klorojenik asit, öpatorin, fumarik asit, hispidulin 7-glikozit, indol-3-asetik asit, jaseozidin, litospermik asit, p-kumarik asit, protokatekuik asit, pirokatekol, salisilik asit, şiringik asit, vanilik asit tespit edilmiştir. Kültür ortamlarında üretilen askorbik asit, kafeik asit, fumarik asit, indol-3-asetik asit, p-kumarik asit, salisilik asidin doğal bitkideki üretimlerine kıyasla daha fazla üretildiği gözlemlenmiştir. Ancak 2,5-dihidroksibenzoik asit, klorojenik asit, öpatorin, jaseozidin, litospermik asit, protokatekuik asit, pirokatekol, şiringik asit, vanilik asidin doğal bitkide daha yüksek seviyelerde üretildiği tespit edilmiştir. Tüm bu bulgular ışığında, ilgili antitümoral bileşiklerin C. kilaea kallus ve hücre süspansiyon kültürlerinde belirli seviyelerde eldesi sağlanmış olmakla birlikte, bileşiklerin daha verimli düzeylerde üretilebilmesi amacıyla farklı koşul ve ortam şartları altında ileri çalışmalar gerçekleştirilmesi gereklilik arz etmektedir. Bununla birlikte endemik bir tür olan C. kilaea'da üretim için esas olan doku kültürü sistemlerinin kurulumu ve maksimum biyokütle üretimi için optimizasyon yapılmıştır. Çalışmanın devam ettirilerek farklı kültür koşulları ve elisitör uygulamasıyla hedeflenen metabolitlerin daha yüksek düzeyde üretiminin sağlanması mümkündür. Böylece türün biyoteknolojik potansiyeli daha verimli bir şekilde değerlendirilebilir. Sunulan tez çalışmasının oluşturduğu temel süreçler, sürdürülebilir ve yüksek verimli üretim yöntemlerinin geliştirilmesi açısından büyük önem taşımaktadır.
İn vitro insan kolon kanseri modelinde modifiye sakkaratin terapötik rolü
İki veya daha fazla farklı biyoaktif molekül veya farmakoforun kimyasal olarak birleştirilmesiyle oluşturulan hibrit moleküller, mevcut tedavi rejimlerinin etkinliğinin arttırılması ve toksisitesini azaltması açısından gözde moleküllerdir. Ülkemizde ve Dünyada en yaygın görülen üçüncü kanser türü olan kolorektal kanser için tasarlanan hibrit moleküller de tedavi rejiminin etkinliğini arttırmak ve görülen ciddi yan etki profilini düşürmek için önem arz etmektedir. Tezimiz, doğal biyoaktif fitokimyasal bileşikler vanilik asit ve indol-2-karboksilik asit ve sakkarit glukozamin kullanarak anti-kanser etkili mevcut tedavi rejimlerine alternatif olacak şekilde öncü molekül geliştirmeyi amaçlamıştır. Bu bağlamda, glukozamin, vanilik asit ve indol-2-karboksilik asit kullanılarak hibrit moleküller olan SI-2 ve SI-4 sentezlenmiş, 1H-NMR, FTIR ve LC/MS analizleri ile yapı karakterizasyonları yapılmıştır. Yapı analiz sonuçları SI-2 ve SI-4'ün başarıyla sentezlendiğini doğrulamıştır. Moleküllerin anti-kanser fonksiyonu, insan kolon adenokarsinoma HT-29 hücre hattı kullanılarak in vitro MTT deneyleri ile incelenmiş ve GraphPad Prism-8 yazılımı ile IC50 değerleri elde edilmiştir. Hibrit moleküllerimiz olan SI-2 ve SI-4, HT-29 insan kolon adenokarsinom hücre hattına karşı sitotoksik etkisiyle anti-kanser özellik göstermiştir. 24, 48 ve 72 saatlik inkübasyon sonucunda IC50 değerleri sırasıyla SI-2 için 116,40 μM, 33,54 μM ve 13,19 μM, SI-4 için 103,20 μM, 75,90 μM ve 42,69 μM olarak bulunmuştur. Kolorektal kanserin konvansiyonel tedavisinde kullanılan Oksaliplatin (OX) için 24, 48 ve 72 saatlik inkübasyon sonuçları 1283 μM, 42,98 μM ve 17,60 μM olarak bulunmuştur. Ayrıca hibrit moleküllerin, OX ile kombinasyonu yapılmış, bu kombinasyonlar Chou-Talalay metoduna göre değerlendirmiştir. SI-2+OX ve SI-4+OX kombinasyonlarının IC50, IC50/2, IC50/4, IC50/8, IC50/16 ve IC50/32 dozları olacak şekilde 48 saatlik maruziyetleri değerlendirilmiştir. SI-2+OX kombinasyonu için kombinasyon indeks (CI) değerleri sırasıyla 1,74, 1,01, 0,71, 0,65, 0,31 ve 0,26, SI-4+OX için CI değerleri sırasıyla 0,80, 0,47, 0,25, 0,39, 0,29 ve 0,21 olarak bulunmuştur. SI-2+Oksaliplatin kombinasyonundaki OX doz azaltım indeks (DRI) değerleri sırasıyla 1,51, 2,46, 3,18, 2,87, 6,13 ve 6,31, SI-4+OX kombinasyonundaki OX DRI değerleri sırasıyla 7,78, 11,95, 21,01, 7,70, 8,64 ve 10,34 olarak bulunmuştur. Kombinasyonlar sinerjist etki göstermektedir. Ayrıca mevcut tedavi rejiminde kullanılan OX ciddi yan etki profiline sahiptir. Kombinasyonların 48 saatlik maruziyetindeki OX DRI değerlerinin yüksek olması, yan etki profilinin düşürülebilmesi açısından anlamlıdır. FACS analizlerimiz, SI-2 ve SI-4'ün apoptoz yolağı ile hücre ölümüne neden olduğunu ortaya koymuştur. Bu bağlamda her iki molekül, insan anti-kolon kanser fonksiyonlu ilaç adayı öncü molekül olarak eşsiz potansiyellerini ortaya koymuştur.
İn vitro insan kolon kanseri modelinde modifiye sakkaratin terapötik rolü
İki veya daha fazla farklı biyoaktif molekül veya farmakoforun kimyasal olarak birleştirilmesiyle oluşturulan hibrit moleküller, mevcut tedavi rejimlerinin etkinliğinin arttırılması ve toksisitesini azaltması açısından gözde moleküllerdir. Ülkemizde ve Dünyada en yaygın görülen üçüncü kanser türü olan kolorektal kanser için tasarlanan hibrit moleküller de tedavi rejiminin etkinliğini arttırmak ve görülen ciddi yan etki profilini düşürmek için önem arz etmektedir. Tezimiz, doğal biyoaktif fitokimyasal bileşikler vanilik asit ve indol-2-karboksilik asit ve sakkarit glukozamin kullanarak anti-kanser etkili mevcut tedavi rejimlerine alternatif olacak şekilde öncü molekül geliştirmeyi amaçlamıştır. Bu bağlamda, glukozamin, vanilik asit ve indol-2-karboksilik asit kullanılarak hibrit moleküller olan SI-2 ve SI-4 sentezlenmiş, 1H-NMR, FTIR ve LC/MS analizleri ile yapı karakterizasyonları yapılmıştır. Yapı analiz sonuçları SI-2 ve SI-4'ün başarıyla sentezlendiğini doğrulamıştır. Moleküllerin anti-kanser fonksiyonu, insan kolon adenokarsinoma HT-29 hücre hattı kullanılarak in vitro MTT deneyleri ile incelenmiş ve GraphPad Prism-8 yazılımı ile IC50 değerleri elde edilmiştir. Hibrit moleküllerimiz olan SI-2 ve SI-4, HT-29 insan kolon adenokarsinom hücre hattına karşı sitotoksik etkisiyle anti-kanser özellik göstermiştir. 24, 48 ve 72 saatlik inkübasyon sonucunda IC50 değerleri sırasıyla SI-2 için 116,40 μM, 33,54 μM ve 13,19 μM, SI-4 için 103,20 μM, 75,90 μM ve 42,69 μM olarak bulunmuştur. Kolorektal kanserin konvansiyonel tedavisinde kullanılan Oksaliplatin (OX) için 24, 48 ve 72 saatlik inkübasyon sonuçları 1283 μM, 42,98 μM ve 17,60 μM olarak bulunmuştur. Ayrıca hibrit moleküllerin, OX ile kombinasyonu yapılmış, bu kombinasyonlar Chou-Talalay metoduna göre değerlendirmiştir. SI-2+OX ve SI-4+OX kombinasyonlarının IC50, IC50/2, IC50/4, IC50/8, IC50/16 ve IC50/32 dozları olacak şekilde 48 saatlik maruziyetleri değerlendirilmiştir. SI-2+OX kombinasyonu için kombinasyon indeks (CI) değerleri sırasıyla 1,74, 1,01, 0,71, 0,65, 0,31 ve 0,26, SI-4+OX için CI değerleri sırasıyla 0,80, 0,47, 0,25, 0,39, 0,29 ve 0,21 olarak bulunmuştur. SI-2+Oksaliplatin kombinasyonundaki OX doz azaltım indeks (DRI) değerleri sırasıyla 1,51, 2,46, 3,18, 2,87, 6,13 ve 6,31, SI-4+OX kombinasyonundaki OX DRI değerleri sırasıyla 7,78, 11,95, 21,01, 7,70, 8,64 ve 10,34 olarak bulunmuştur. Kombinasyonlar sinerjist etki göstermektedir. Ayrıca mevcut tedavi rejiminde kullanılan OX ciddi yan etki profiline sahiptir. Kombinasyonların 48 saatlik maruziyetindeki OX DRI değerlerinin yüksek olması, yan etki profilinin düşürülebilmesi açısından anlamlıdır. FACS analizlerimiz, SI-2 ve SI-4'ün apoptoz yolağı ile hücre ölümüne neden olduğunu ortaya koymuştur. Bu bağlamda her iki molekül, insan anti-kolon kanser fonksiyonlu ilaç adayı öncü molekül olarak eşsiz potansiyellerini ortaya koymuştur.
İn vitro insan kolon kanseri modelinde modifiye sakkaratin terapötik rolü
İki veya daha fazla farklı biyoaktif molekül veya farmakoforun kimyasal olarak birleştirilmesiyle oluşturulan hibrit moleküller, mevcut tedavi rejimlerinin etkinliğinin arttırılması ve toksisitesini azaltması açısından gözde moleküllerdir. Ülkemizde ve Dünyada en yaygın görülen üçüncü kanser türü olan kolorektal kanser için tasarlanan hibrit moleküller de tedavi rejiminin etkinliğini arttırmak ve görülen ciddi yan etki profilini düşürmek için önem arz etmektedir. Tezimiz, doğal biyoaktif fitokimyasal bileşikler vanilik asit ve indol-2-karboksilik asit ve sakkarit glukozamin kullanarak anti-kanser etkili mevcut tedavi rejimlerine alternatif olacak şekilde öncü molekül geliştirmeyi amaçlamıştır. Bu bağlamda, glukozamin, vanilik asit ve indol-2-karboksilik asit kullanılarak hibrit moleküller olan SI-2 ve SI-4 sentezlenmiş, 1H-NMR, FTIR ve LC/MS analizleri ile yapı karakterizasyonları yapılmıştır. Yapı analiz sonuçları SI-2 ve SI-4'ün başarıyla sentezlendiğini doğrulamıştır. Moleküllerin anti-kanser fonksiyonu, insan kolon adenokarsinoma HT-29 hücre hattı kullanılarak in vitro MTT deneyleri ile incelenmiş ve GraphPad Prism-8 yazılımı ile IC50 değerleri elde edilmiştir. Hibrit moleküllerimiz olan SI-2 ve SI-4, HT-29 insan kolon adenokarsinom hücre hattına karşı sitotoksik etkisiyle anti-kanser özellik göstermiştir. 24, 48 ve 72 saatlik inkübasyon sonucunda IC50 değerleri sırasıyla SI-2 için 116,40 μM, 33,54 μM ve 13,19 μM, SI-4 için 103,20 μM, 75,90 μM ve 42,69 μM olarak bulunmuştur. Kolorektal kanserin konvansiyonel tedavisinde kullanılan Oksaliplatin (OX) için 24, 48 ve 72 saatlik inkübasyon sonuçları 1283 μM, 42,98 μM ve 17,60 μM olarak bulunmuştur. Ayrıca hibrit moleküllerin, OX ile kombinasyonu yapılmış, bu kombinasyonlar Chou-Talalay metoduna göre değerlendirmiştir. SI-2+OX ve SI-4+OX kombinasyonlarının IC50, IC50/2, IC50/4, IC50/8, IC50/16 ve IC50/32 dozları olacak şekilde 48 saatlik maruziyetleri değerlendirilmiştir. SI-2+OX kombinasyonu için kombinasyon indeks (CI) değerleri sırasıyla 1,74, 1,01, 0,71, 0,65, 0,31 ve 0,26, SI-4+OX için CI değerleri sırasıyla 0,80, 0,47, 0,25, 0,39, 0,29 ve 0,21 olarak bulunmuştur. SI-2+Oksaliplatin kombinasyonundaki OX doz azaltım indeks (DRI) değerleri sırasıyla 1,51, 2,46, 3,18, 2,87, 6,13 ve 6,31, SI-4+OX kombinasyonundaki OX DRI değerleri sırasıyla 7,78, 11,95, 21,01, 7,70, 8,64 ve 10,34 olarak bulunmuştur. Kombinasyonlar sinerjist etki göstermektedir. Ayrıca mevcut tedavi rejiminde kullanılan OX ciddi yan etki profiline sahiptir. Kombinasyonların 48 saatlik maruziyetindeki OX DRI değerlerinin yüksek olması, yan etki profilinin düşürülebilmesi açısından anlamlıdır. FACS analizlerimiz, SI-2 ve SI-4'ün apoptoz yolağı ile hücre ölümüne neden olduğunu ortaya koymuştur. Bu bağlamda her iki molekül, insan anti-kolon kanser fonksiyonlu ilaç adayı öncü molekül olarak eşsiz potansiyellerini ortaya koymuştur.
Kapsüllenmiş ve kapsülsüz aronya (Aronia Melanocarpa)ekstraktının sıçanların PON1 geni mRNA ekspresyonu, karaciğer dokularındaki PON1 enzim aktivitesi ve aterosklerozis üzerine etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, Aronya (Aronia melanocarpa) ekstraktının kapsülsüz (E) ve mikroenkapsüle (K) formlarının, yüksek yağlı diyet (YYD) ile beslenen Sprague-Dawley (SD) sıçanların serum ve karaciğer dokusu lipit profili, kan ve karaciğer dokularında PON1 enzim aktivitesi, gen ekspresyonu, aortta aterosklerotik plakların histopatolojik oluşumu ve karaciğer dokusunun histopatolojisi üzerine etkileri incelenmiştir. Araştırmada, 26 haftalık yaşta 42 adet erkek SD cinsi sıçan kullanılmıştır. Sıçanlar, 7'şerli olarak 6 gruba ayrılmıştır. Deney diyet grupları şu şekilde oluşturulmuştur: Standart diyet kontrol (SDK) Yüksek yağlı diyet (YYD) YYD400E; YYD + 400 mg/kg aronya ekstraktı (E) YYD200E; YYD + 200 mg/kg aronya ekstraktı (E) YYD400K; YYD + 400 mg/kg mikroenkapsüle aronya (K) YYD200K; YYD + 200 mg/kg mikroenkapsüle aronya (K) Onuncu haftadan itibaren 20 haftalık yaşa ulaşıncaya kadar sıçanlar (SDK grubu hariç) 10 hafta boyunca YYD ile beslenmiştir. Yirmi haftanın sonunda, YYD ile beslenen sıçanların diyetlerine ek olarak, 1 kg vücut ağırlığına (VA) 200 ve 400 mg/kg dozajda E ve K aronya formları oral gavaj yoluyla 6 hafta boyunca uygulanmıştır. Aronya uygulaması öncesi ve sonrası SD sıçanların ortalama vücut ağırlıkları ölçülmüştür. YYD200E uygulamasının, YYD grubundaki sıçanlara göre kilo artış hızına (g/h) negatif bir etkisi olmuştur (-4.62 g; P<0,001). Deneme grubu sıçanların aronya uygulaması öncesi (20 haftalık yaşta) ve 6 haftalık aronya uygulaması sonrası (26 haftalık yaşta) Lee Obezite İndeksi ortalamaları arasındaki farklar istatistiksel olarak anlamlı değildir (P>0,05). Sıçanların kan serumlarındaki toplam kolesterol düzeyleri, YYD400E grubundaki sıçanlarda (167,7±0,57 mg/dl) SDK (158,9±2,05 mg/dl; P<0,0070) ve YYD (159,7±2,13 mg/dl; P<0,0166) gruplarına göre daha yüksek bulunmuştur. Trigliserid (TG) seviyeleri, YYD400E grubundaki sıçanlarda (93,0±1,67 mg/dl) YYD grubuna (172,1±23,27 mg/dl) göre anlamlı düzeyde düşmüştür (P<0,0107). YYD400E grubundaki sıçanların HDL düzeyleri (77,15 mg/dl), SDK (63,09±2,34 mg/dl; P<0,0006) ve YYD (61,08±0,97 mg/dl; P<0,0001) gruplarına göre daha yüksek ve anlamlıdır. YYD400E grubundaki sıçanların VLDL düzeyleri (18,60±0,33 mg/dl), YYD grubundaki sıçanların (34,43±4,65 mg/dl) kanlarındaki VLDL düzeylerine göre önemli ölçüde düşük ve anlamlıdır (P<0,0107). Deneme grubu sıçanların kanlarındaki LDL/HDL oranı, en düşük YYD400E grubunda (0,95±0,07 mg/dl) bulunmuştur. Sıçanların kan örneklerine dayanılarak yapılan PON1 gen ekspresyonu [2-(∆∆Ct) değerleri] YYD400E grubunda 1,15±0,06 olarak belirlenmiştir. YYD400E grubundaki sıçanlar (64,59±0,4 ng/ml), SDK (49,65±4,68 ng/ml; P<0,0025) ve YYD (45,39±1,63 ng/ml; P<0,00001) gruplarına göre daha yüksek PON1 enzim aktivitesine sahiptir. Gruplar arası PON1 gen ekspresyon değerleri arasındaki farklar anlamlı olmasa da, YYD400E grubuna 400 mg/kg aronya ekstraktının PON1 enzim aktivitesini diğer deneme gruplarına göre artırdığı görülmüştür. Sıçanların kanlarındaki MDA değerleri, YYD400E grubundakilerde (3,01±0,04 nmol/ml) SDK grubundakilere (P<0,0290) göre daha yüksek bulunmuş, ancak YYD ve diğer gruplara göre istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmemiştir (P>0,05). SD sıçanların YYD400E grubundakilerin karaciğer ağırlıkları (12,80±0,24 g), SDK (17,43±0,79 g; P<0,0001) ve YYD (18,26±0,81 g; P<0,0001) gruplarına göre anlamlı düzeyde düşmüştür. YYD grubuna göre 400 mg/kg ekstrakt veya mikroenkapsüle aronyanın karaciğer ağırlıkları üzerinde düşürücü etkisi saptanmıştır. YYD400E grubundaki sıçanların karaciğer ağırlığının/vücut ağırlığına oranı, SDK (P<0,0001) ve YYD (P<0,0001) gruplarına göre daha düşüktür. 400 mg/kg aronya ekstraktı, vücut ağırlığına göre karaciğer oranını (%3,20±0,18) en düşük düzeyde tutmuştur. Denemedeki sıçanların ALT ve AST sonuçları, SD'ler için belirlenen normal standart aralıkta olup, en düşük ALT (35,10±1,98 U/L) ve AST (26,68±2,58 U/L) değerleri YYD400E grubunda belirlenmiştir. ALT değerleri gruplar arası farklar istatistiksel olarak anlamsız iken, AST değerleri bakımından SDK (P<0,0001) ve YYD (P<0,0001) gruplarındaki sıçanlara göre YYD400E değeri daha düşük ve anlamlıdır. Sıçanların karaciğer dokularında PON1 enzim aktivitesi, 62,18±7,60 ng/ml (SDK) ile 81,00±1,11 ng/ml (YYD400E) arasında değişmektedir. YYD ile beslenen sıçan gruplarında en yüksek enzim aktivitesi, diyetleri 400 mg/kg aronya ekstraktı ile desteklenen YYD400E grubunda görülmüş, ancak fark anlamsızdır (P>0,05). Sıçanların PON1 gen ekspresyonu [2-(∆∆Ct) değeri] bakımından YYD400E grubunda (0,48±0,17) diyetin olumlu etkisi gözlenmiş, ancak 2-(∆∆Ct) değerleri bakımından gruplar arası farklar anlamsızdır. Karaciğer MDA değerleri bakımından da gruplar arası anlamlı bir fark yoktur (P>0,005). YYD400E grubundakilerin karaciğer dokularındaki HDL düzeyleri (67,99±0,98 mg/dl), YYD grubuna (52,62±2,35 mg/dl) göre yüksek ve anlamlı bulunmuştur (P<0,0001). Karaciğer doku örneklerinin histopatolojik incelemesinde; SDK grubundaki sıçanların karaciğer dokuları normal histolojik yapısındadır. YYD grubundaki sıçanların karaciğer dokularında portal alanda az oranda inflamasyon bulgularına rastlanmıştır. Dolayısıyla, YYD etkisine bağlı olarak karaciğerde yüksek oranda mikrosteatoz ve orta düzeyde makrosteatoz bulguları tespit edilmiştir. SDK grubu ile karşılaştırıldığında karaciğer hasar skoru bu grupta yüksek bulunmuştur (P<0,001). YYD200K ve YYD400K aronya ekstraktı verilmiş sıçanların karaciğer bulgularında YYD grubuna benzer bulgular elde edilmiştir (sırasıyla P>0,988, P>0,953). YYD200E ve YYD400E gruplarının karaciğer skorları, YYD grubuyla karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı düzeyde azalmıştır (P<0,001). Fakat sadece intragastrik olarak YYD400E grubunda, SDK grubuna benzer morfoloji tespit edilmiştir. YYD400E grubunun karaciğer skorunda, mikro ve makrosteatoz bulguları azalmıştır. Aort dokuları değerlendirildiğinde, tüm deney gruplarında normal doku morfolojisi olduğu ve hiçbir deney grubunda torasik aorta veya aort arkı dokularında ateroskleroz plaklarına rastlanmamıştır. Hiyalin veya mukoid değişiklikler ya da endotelyal anomaliler tespit edilmemiştir. Sıçanların ateroskleroz ve koroner risk indeksi, YYD200E grubunda SDK grubundaki sıçanlara göre daha yüksek ve anlamlı hesaplanmıştır (P<0,05). Sonuç olarak, antosiyaninler ve diğer polifenolik bileşikler açısından zengin olan aronyanın, lipit oksidasyonunun önlenmesine yardımcı olduğu ve aterosklerozun ilk adımı olan PON1 enzim aktivitesini artırarak aterosklerozun önlenmesinde ve yavaşlatılmasında kullanılabileceği gösterilmiştir. Özellikle YYD400E uygulamasının, PON1 gen ekspresyonunu olumlu yönde etkilediği, PON1 enzim aktivitesini ve HDL düzeylerini artırdığı ve karaciğer dokularında MDA seviyesindeki azalma (2,38 nmol/g) nedeniyle oksidatif strese karşı uzun vadeli koruma sağladığı düşünülmektedir.
Kapsüllenmiş ve kapsülsüz aronya (Aronia Melanocarpa)ekstraktının sıçanların PON1 geni mRNA ekspresyonu, karaciğer dokularındaki PON1 enzim aktivitesi ve aterosklerozis üzerine etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, Aronya (Aronia melanocarpa) ekstraktının kapsülsüz (E) ve mikroenkapsüle (K) formlarının, yüksek yağlı diyet (YYD) ile beslenen Sprague-Dawley (SD) sıçanların serum ve karaciğer dokusu lipit profili, kan ve karaciğer dokularında PON1 enzim aktivitesi, gen ekspresyonu, aortta aterosklerotik plakların histopatolojik oluşumu ve karaciğer dokusunun histopatolojisi üzerine etkileri incelenmiştir. Araştırmada, 26 haftalık yaşta 42 adet erkek SD cinsi sıçan kullanılmıştır. Sıçanlar, 7'şerli olarak 6 gruba ayrılmıştır. Deney diyet grupları şu şekilde oluşturulmuştur: Standart diyet kontrol (SDK) Yüksek yağlı diyet (YYD) YYD400E; YYD + 400 mg/kg aronya ekstraktı (E) YYD200E; YYD + 200 mg/kg aronya ekstraktı (E) YYD400K; YYD + 400 mg/kg mikroenkapsüle aronya (K) YYD200K; YYD + 200 mg/kg mikroenkapsüle aronya (K) Onuncu haftadan itibaren 20 haftalık yaşa ulaşıncaya kadar sıçanlar (SDK grubu hariç) 10 hafta boyunca YYD ile beslenmiştir. Yirmi haftanın sonunda, YYD ile beslenen sıçanların diyetlerine ek olarak, 1 kg vücut ağırlığına (VA) 200 ve 400 mg/kg dozajda E ve K aronya formları oral gavaj yoluyla 6 hafta boyunca uygulanmıştır. Aronya uygulaması öncesi ve sonrası SD sıçanların ortalama vücut ağırlıkları ölçülmüştür. YYD200E uygulamasının, YYD grubundaki sıçanlara göre kilo artış hızına (g/h) negatif bir etkisi olmuştur (-4.62 g; P<0,001). Deneme grubu sıçanların aronya uygulaması öncesi (20 haftalık yaşta) ve 6 haftalık aronya uygulaması sonrası (26 haftalık yaşta) Lee Obezite İndeksi ortalamaları arasındaki farklar istatistiksel olarak anlamlı değildir (P>0,05). Sıçanların kan serumlarındaki toplam kolesterol düzeyleri, YYD400E grubundaki sıçanlarda (167,7±0,57 mg/dl) SDK (158,9±2,05 mg/dl; P<0,0070) ve YYD (159,7±2,13 mg/dl; P<0,0166) gruplarına göre daha yüksek bulunmuştur. Trigliserid (TG) seviyeleri, YYD400E grubundaki sıçanlarda (93,0±1,67 mg/dl) YYD grubuna (172,1±23,27 mg/dl) göre anlamlı düzeyde düşmüştür (P<0,0107). YYD400E grubundaki sıçanların HDL düzeyleri (77,15 mg/dl), SDK (63,09±2,34 mg/dl; P<0,0006) ve YYD (61,08±0,97 mg/dl; P<0,0001) gruplarına göre daha yüksek ve anlamlıdır. YYD400E grubundaki sıçanların VLDL düzeyleri (18,60±0,33 mg/dl), YYD grubundaki sıçanların (34,43±4,65 mg/dl) kanlarındaki VLDL düzeylerine göre önemli ölçüde düşük ve anlamlıdır (P<0,0107). Deneme grubu sıçanların kanlarındaki LDL/HDL oranı, en düşük YYD400E grubunda (0,95±0,07 mg/dl) bulunmuştur. Sıçanların kan örneklerine dayanılarak yapılan PON1 gen ekspresyonu [2-(∆∆Ct) değerleri] YYD400E grubunda 1,15±0,06 olarak belirlenmiştir. YYD400E grubundaki sıçanlar (64,59±0,4 ng/ml), SDK (49,65±4,68 ng/ml; P<0,0025) ve YYD (45,39±1,63 ng/ml; P<0,00001) gruplarına göre daha yüksek PON1 enzim aktivitesine sahiptir. Gruplar arası PON1 gen ekspresyon değerleri arasındaki farklar anlamlı olmasa da, YYD400E grubuna 400 mg/kg aronya ekstraktının PON1 enzim aktivitesini diğer deneme gruplarına göre artırdığı görülmüştür. Sıçanların kanlarındaki MDA değerleri, YYD400E grubundakilerde (3,01±0,04 nmol/ml) SDK grubundakilere (P<0,0290) göre daha yüksek bulunmuş, ancak YYD ve diğer gruplara göre istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmemiştir (P>0,05). SD sıçanların YYD400E grubundakilerin karaciğer ağırlıkları (12,80±0,24 g), SDK (17,43±0,79 g; P<0,0001) ve YYD (18,26±0,81 g; P<0,0001) gruplarına göre anlamlı düzeyde düşmüştür. YYD grubuna göre 400 mg/kg ekstrakt veya mikroenkapsüle aronyanın karaciğer ağırlıkları üzerinde düşürücü etkisi saptanmıştır. YYD400E grubundaki sıçanların karaciğer ağırlığının/vücut ağırlığına oranı, SDK (P<0,0001) ve YYD (P<0,0001) gruplarına göre daha düşüktür. 400 mg/kg aronya ekstraktı, vücut ağırlığına göre karaciğer oranını (%3,20±0,18) en düşük düzeyde tutmuştur. Denemedeki sıçanların ALT ve AST sonuçları, SD'ler için belirlenen normal standart aralıkta olup, en düşük ALT (35,10±1,98 U/L) ve AST (26,68±2,58 U/L) değerleri YYD400E grubunda belirlenmiştir. ALT değerleri gruplar arası farklar istatistiksel olarak anlamsız iken, AST değerleri bakımından SDK (P<0,0001) ve YYD (P<0,0001) gruplarındaki sıçanlara göre YYD400E değeri daha düşük ve anlamlıdır. Sıçanların karaciğer dokularında PON1 enzim aktivitesi, 62,18±7,60 ng/ml (SDK) ile 81,00±1,11 ng/ml (YYD400E) arasında değişmektedir. YYD ile beslenen sıçan gruplarında en yüksek enzim aktivitesi, diyetleri 400 mg/kg aronya ekstraktı ile desteklenen YYD400E grubunda görülmüş, ancak fark anlamsızdır (P>0,05). Sıçanların PON1 gen ekspresyonu [2-(∆∆Ct) değeri] bakımından YYD400E grubunda (0,48±0,17) diyetin olumlu etkisi gözlenmiş, ancak 2-(∆∆Ct) değerleri bakımından gruplar arası farklar anlamsızdır. Karaciğer MDA değerleri bakımından da gruplar arası anlamlı bir fark yoktur (P>0,005). YYD400E grubundakilerin karaciğer dokularındaki HDL düzeyleri (67,99±0,98 mg/dl), YYD grubuna (52,62±2,35 mg/dl) göre yüksek ve anlamlı bulunmuştur (P<0,0001). Karaciğer doku örneklerinin histopatolojik incelemesinde; SDK grubundaki sıçanların karaciğer dokuları normal histolojik yapısındadır. YYD grubundaki sıçanların karaciğer dokularında portal alanda az oranda inflamasyon bulgularına rastlanmıştır. Dolayısıyla, YYD etkisine bağlı olarak karaciğerde yüksek oranda mikrosteatoz ve orta düzeyde makrosteatoz bulguları tespit edilmiştir. SDK grubu ile karşılaştırıldığında karaciğer hasar skoru bu grupta yüksek bulunmuştur (P<0,001). YYD200K ve YYD400K aronya ekstraktı verilmiş sıçanların karaciğer bulgularında YYD grubuna benzer bulgular elde edilmiştir (sırasıyla P>0,988, P>0,953). YYD200E ve YYD400E gruplarının karaciğer skorları, YYD grubuyla karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı düzeyde azalmıştır (P<0,001). Fakat sadece intragastrik olarak YYD400E grubunda, SDK grubuna benzer morfoloji tespit edilmiştir. YYD400E grubunun karaciğer skorunda, mikro ve makrosteatoz bulguları azalmıştır. Aort dokuları değerlendirildiğinde, tüm deney gruplarında normal doku morfolojisi olduğu ve hiçbir deney grubunda torasik aorta veya aort arkı dokularında ateroskleroz plaklarına rastlanmamıştır. Hiyalin veya mukoid değişiklikler ya da endotelyal anomaliler tespit edilmemiştir. Sıçanların ateroskleroz ve koroner risk indeksi, YYD200E grubunda SDK grubundaki sıçanlara göre daha yüksek ve anlamlı hesaplanmıştır (P<0,05). Sonuç olarak, antosiyaninler ve diğer polifenolik bileşikler açısından zengin olan aronyanın, lipit oksidasyonunun önlenmesine yardımcı olduğu ve aterosklerozun ilk adımı olan PON1 enzim aktivitesini artırarak aterosklerozun önlenmesinde ve yavaşlatılmasında kullanılabileceği gösterilmiştir. Özellikle YYD400E uygulamasının, PON1 gen ekspresyonunu olumlu yönde etkilediği, PON1 enzim aktivitesini ve HDL düzeylerini artırdığı ve karaciğer dokularında MDA seviyesindeki azalma (2,38 nmol/g) nedeniyle oksidatif strese karşı uzun vadeli koruma sağladığı düşünülmektedir.
Kapsüllenmiş ve kapsülsüz aronya (Aronia Melanocarpa)ekstraktının sıçanların PON1 geni mRNA ekspresyonu, karaciğer dokularındaki PON1 enzim aktivitesi ve aterosklerozis üzerine etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, Aronya (Aronia melanocarpa) ekstraktının kapsülsüz (E) ve mikroenkapsüle (K) formlarının, yüksek yağlı diyet (YYD) ile beslenen Sprague-Dawley (SD) sıçanların serum ve karaciğer dokusu lipit profili, kan ve karaciğer dokularında PON1 enzim aktivitesi, gen ekspresyonu, aortta aterosklerotik plakların histopatolojik oluşumu ve karaciğer dokusunun histopatolojisi üzerine etkileri incelenmiştir. Araştırmada, 26 haftalık yaşta 42 adet erkek SD cinsi sıçan kullanılmıştır. Sıçanlar, 7'şerli olarak 6 gruba ayrılmıştır. Deney diyet grupları şu şekilde oluşturulmuştur: Standart diyet kontrol (SDK) Yüksek yağlı diyet (YYD) YYD400E; YYD + 400 mg/kg aronya ekstraktı (E) YYD200E; YYD + 200 mg/kg aronya ekstraktı (E) YYD400K; YYD + 400 mg/kg mikroenkapsüle aronya (K) YYD200K; YYD + 200 mg/kg mikroenkapsüle aronya (K) Onuncu haftadan itibaren 20 haftalık yaşa ulaşıncaya kadar sıçanlar (SDK grubu hariç) 10 hafta boyunca YYD ile beslenmiştir. Yirmi haftanın sonunda, YYD ile beslenen sıçanların diyetlerine ek olarak, 1 kg vücut ağırlığına (VA) 200 ve 400 mg/kg dozajda E ve K aronya formları oral gavaj yoluyla 6 hafta boyunca uygulanmıştır. Aronya uygulaması öncesi ve sonrası SD sıçanların ortalama vücut ağırlıkları ölçülmüştür. YYD200E uygulamasının, YYD grubundaki sıçanlara göre kilo artış hızına (g/h) negatif bir etkisi olmuştur (-4.62 g; P<0,001). Deneme grubu sıçanların aronya uygulaması öncesi (20 haftalık yaşta) ve 6 haftalık aronya uygulaması sonrası (26 haftalık yaşta) Lee Obezite İndeksi ortalamaları arasındaki farklar istatistiksel olarak anlamlı değildir (P>0,05). Sıçanların kan serumlarındaki toplam kolesterol düzeyleri, YYD400E grubundaki sıçanlarda (167,7±0,57 mg/dl) SDK (158,9±2,05 mg/dl; P<0,0070) ve YYD (159,7±2,13 mg/dl; P<0,0166) gruplarına göre daha yüksek bulunmuştur. Trigliserid (TG) seviyeleri, YYD400E grubundaki sıçanlarda (93,0±1,67 mg/dl) YYD grubuna (172,1±23,27 mg/dl) göre anlamlı düzeyde düşmüştür (P<0,0107). YYD400E grubundaki sıçanların HDL düzeyleri (77,15 mg/dl), SDK (63,09±2,34 mg/dl; P<0,0006) ve YYD (61,08±0,97 mg/dl; P<0,0001) gruplarına göre daha yüksek ve anlamlıdır. YYD400E grubundaki sıçanların VLDL düzeyleri (18,60±0,33 mg/dl), YYD grubundaki sıçanların (34,43±4,65 mg/dl) kanlarındaki VLDL düzeylerine göre önemli ölçüde düşük ve anlamlıdır (P<0,0107). Deneme grubu sıçanların kanlarındaki LDL/HDL oranı, en düşük YYD400E grubunda (0,95±0,07 mg/dl) bulunmuştur. Sıçanların kan örneklerine dayanılarak yapılan PON1 gen ekspresyonu [2-(∆∆Ct) değerleri] YYD400E grubunda 1,15±0,06 olarak belirlenmiştir. YYD400E grubundaki sıçanlar (64,59±0,4 ng/ml), SDK (49,65±4,68 ng/ml; P<0,0025) ve YYD (45,39±1,63 ng/ml; P<0,00001) gruplarına göre daha yüksek PON1 enzim aktivitesine sahiptir. Gruplar arası PON1 gen ekspresyon değerleri arasındaki farklar anlamlı olmasa da, YYD400E grubuna 400 mg/kg aronya ekstraktının PON1 enzim aktivitesini diğer deneme gruplarına göre artırdığı görülmüştür. Sıçanların kanlarındaki MDA değerleri, YYD400E grubundakilerde (3,01±0,04 nmol/ml) SDK grubundakilere (P<0,0290) göre daha yüksek bulunmuş, ancak YYD ve diğer gruplara göre istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmemiştir (P>0,05). SD sıçanların YYD400E grubundakilerin karaciğer ağırlıkları (12,80±0,24 g), SDK (17,43±0,79 g; P<0,0001) ve YYD (18,26±0,81 g; P<0,0001) gruplarına göre anlamlı düzeyde düşmüştür. YYD grubuna göre 400 mg/kg ekstrakt veya mikroenkapsüle aronyanın karaciğer ağırlıkları üzerinde düşürücü etkisi saptanmıştır. YYD400E grubundaki sıçanların karaciğer ağırlığının/vücut ağırlığına oranı, SDK (P<0,0001) ve YYD (P<0,0001) gruplarına göre daha düşüktür. 400 mg/kg aronya ekstraktı, vücut ağırlığına göre karaciğer oranını (%3,20±0,18) en düşük düzeyde tutmuştur. Denemedeki sıçanların ALT ve AST sonuçları, SD'ler için belirlenen normal standart aralıkta olup, en düşük ALT (35,10±1,98 U/L) ve AST (26,68±2,58 U/L) değerleri YYD400E grubunda belirlenmiştir. ALT değerleri gruplar arası farklar istatistiksel olarak anlamsız iken, AST değerleri bakımından SDK (P<0,0001) ve YYD (P<0,0001) gruplarındaki sıçanlara göre YYD400E değeri daha düşük ve anlamlıdır. Sıçanların karaciğer dokularında PON1 enzim aktivitesi, 62,18±7,60 ng/ml (SDK) ile 81,00±1,11 ng/ml (YYD400E) arasında değişmektedir. YYD ile beslenen sıçan gruplarında en yüksek enzim aktivitesi, diyetleri 400 mg/kg aronya ekstraktı ile desteklenen YYD400E grubunda görülmüş, ancak fark anlamsızdır (P>0,05). Sıçanların PON1 gen ekspresyonu [2-(∆∆Ct) değeri] bakımından YYD400E grubunda (0,48±0,17) diyetin olumlu etkisi gözlenmiş, ancak 2-(∆∆Ct) değerleri bakımından gruplar arası farklar anlamsızdır. Karaciğer MDA değerleri bakımından da gruplar arası anlamlı bir fark yoktur (P>0,005). YYD400E grubundakilerin karaciğer dokularındaki HDL düzeyleri (67,99±0,98 mg/dl), YYD grubuna (52,62±2,35 mg/dl) göre yüksek ve anlamlı bulunmuştur (P<0,0001). Karaciğer doku örneklerinin histopatolojik incelemesinde; SDK grubundaki sıçanların karaciğer dokuları normal histolojik yapısındadır. YYD grubundaki sıçanların karaciğer dokularında portal alanda az oranda inflamasyon bulgularına rastlanmıştır. Dolayısıyla, YYD etkisine bağlı olarak karaciğerde yüksek oranda mikrosteatoz ve orta düzeyde makrosteatoz bulguları tespit edilmiştir. SDK grubu ile karşılaştırıldığında karaciğer hasar skoru bu grupta yüksek bulunmuştur (P<0,001). YYD200K ve YYD400K aronya ekstraktı verilmiş sıçanların karaciğer bulgularında YYD grubuna benzer bulgular elde edilmiştir (sırasıyla P>0,988, P>0,953). YYD200E ve YYD400E gruplarının karaciğer skorları, YYD grubuyla karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı düzeyde azalmıştır (P<0,001). Fakat sadece intragastrik olarak YYD400E grubunda, SDK grubuna benzer morfoloji tespit edilmiştir. YYD400E grubunun karaciğer skorunda, mikro ve makrosteatoz bulguları azalmıştır. Aort dokuları değerlendirildiğinde, tüm deney gruplarında normal doku morfolojisi olduğu ve hiçbir deney grubunda torasik aorta veya aort arkı dokularında ateroskleroz plaklarına rastlanmamıştır. Hiyalin veya mukoid değişiklikler ya da endotelyal anomaliler tespit edilmemiştir. Sıçanların ateroskleroz ve koroner risk indeksi, YYD200E grubunda SDK grubundaki sıçanlara göre daha yüksek ve anlamlı hesaplanmıştır (P<0,05). Sonuç olarak, antosiyaninler ve diğer polifenolik bileşikler açısından zengin olan aronyanın, lipit oksidasyonunun önlenmesine yardımcı olduğu ve aterosklerozun ilk adımı olan PON1 enzim aktivitesini artırarak aterosklerozun önlenmesinde ve yavaşlatılmasında kullanılabileceği gösterilmiştir. Özellikle YYD400E uygulamasının, PON1 gen ekspresyonunu olumlu yönde etkilediği, PON1 enzim aktivitesini ve HDL düzeylerini artırdığı ve karaciğer dokularında MDA seviyesindeki azalma (2,38 nmol/g) nedeniyle oksidatif strese karşı uzun vadeli koruma sağladığı düşünülmektedir.
Yeni tanılı akut miyeloid lösemi hastalarında biyobelirteç potansiyeli olan miRNA'ların ekspresyonunun araştırılması
Akut Miyeloid Lösemi (AML), olgunlaşmamış miyeloid hücrelerin anormal çoğalmasıyla tanımlanır. MiRNA'lar, gen ekspresyonunu düzenler ve düzensizliklerinin AML gelişimine katkı sağladığı öne sürülmektedir. Bu çalışmada miR-216a-5p, miR-223-3p ve miR-490-3p'nin yeni tanı almış AML hastalarındaki ekspresyonları araştırılmıştır. Çalışmamızda miRNA'ların ekspresyonları yeni tanı almış 26 AML hastası ve 26 sağlıklı kontrolde RT PCR ile belirlenmiştir. Hastaların kemik iliği ve periferik kan örneği ile çalışılmış, sağlıklı kontrollerden kemik iliği alınması etik olmadığı için sadece periferik kan örneğindeki ekspresyonları incelenmiştir. Hastaların yaş ortalaması 61,88±15,24; sağlıklı kontrollerin 50,12±7,08dir. Sonuçlar 2 − ΔΔCt yöntemi ile hesaplanmıştır. Verilerin analizi için Mann-Whitney U Testi ve Wilcoxon Signed Ranks Testi kullanılmıştır. P değeri <0,05'ten küçük olduğunda anlamlı kabul edilmiştir. AML hastalarının kemik iliği ve periferik kan örneğindeki ekspresyon değerleri karşılaştırıldığında miR-216a-5p (p=0,016) ve miR-223-3p' (p=0,006) de anlamlı bir fark bulunmasından dolayı kemik iliği örneklerinin sağlıklı kontrol grubunun periferik kan örnekleri ile karşılaştırılması yapılmamıştır. MiR-490-3p'nin kemik iliği ve periferik kan örneğinin ekspresyonları (p=0,551) arasında anlamlı bir fark bulunmadığı için sağlıklı kontrollerle karşılaştırılması yapılmıştır. MiR-490-3p'nin kemik iliği (p= 0,0002) ve periferik kan (p=0,01) örneğindeki ekspresyonu anlamlı olarak sağlıklı kontrollere göre daha yüksektir. AML grubunun periferik kan örneklerinde miR-216a-5p ifadesi sağlıklı kontrol örneklerine göre anlamlı olarak düşüktür (p<0,0001). MiR-223-3p ifadesi için AML periferik kan ve sağlıklı kontrol arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı değildir. (p=0,534) MiR-216a-5p ve miR-490-3p'nin AML'deki fonksiyonları tam olarak bilinmemektedir. AML hastalarında miR-216a-5p'nin neden daha düşük ifade edildiği, miR-490-3p'nin ise ekspresyonunun artışına neden olan sebepler araştırılmalıdır.
Yeni tanılı akut miyeloid lösemi hastalarında biyobelirteç potansiyeli olan miRNA'ların ekspresyonunun araştırılması
Akut Miyeloid Lösemi (AML), olgunlaşmamış miyeloid hücrelerin anormal çoğalmasıyla tanımlanır. MiRNA'lar, gen ekspresyonunu düzenler ve düzensizliklerinin AML gelişimine katkı sağladığı öne sürülmektedir. Bu çalışmada miR-216a-5p, miR-223-3p ve miR-490-3p'nin yeni tanı almış AML hastalarındaki ekspresyonları araştırılmıştır. Çalışmamızda miRNA'ların ekspresyonları yeni tanı almış 26 AML hastası ve 26 sağlıklı kontrolde RT PCR ile belirlenmiştir. Hastaların kemik iliği ve periferik kan örneği ile çalışılmış, sağlıklı kontrollerden kemik iliği alınması etik olmadığı için sadece periferik kan örneğindeki ekspresyonları incelenmiştir. Hastaların yaş ortalaması 61,88±15,24; sağlıklı kontrollerin 50,12±7,08dir. Sonuçlar 2 − ΔΔCt yöntemi ile hesaplanmıştır. Verilerin analizi için Mann-Whitney U Testi ve Wilcoxon Signed Ranks Testi kullanılmıştır. P değeri <0,05'ten küçük olduğunda anlamlı kabul edilmiştir. AML hastalarının kemik iliği ve periferik kan örneğindeki ekspresyon değerleri karşılaştırıldığında miR-216a-5p (p=0,016) ve miR-223-3p' (p=0,006) de anlamlı bir fark bulunmasından dolayı kemik iliği örneklerinin sağlıklı kontrol grubunun periferik kan örnekleri ile karşılaştırılması yapılmamıştır. MiR-490-3p'nin kemik iliği ve periferik kan örneğinin ekspresyonları (p=0,551) arasında anlamlı bir fark bulunmadığı için sağlıklı kontrollerle karşılaştırılması yapılmıştır. MiR-490-3p'nin kemik iliği (p= 0,0002) ve periferik kan (p=0,01) örneğindeki ekspresyonu anlamlı olarak sağlıklı kontrollere göre daha yüksektir. AML grubunun periferik kan örneklerinde miR-216a-5p ifadesi sağlıklı kontrol örneklerine göre anlamlı olarak düşüktür (p<0,0001). MiR-223-3p ifadesi için AML periferik kan ve sağlıklı kontrol arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı değildir. (p=0,534) MiR-216a-5p ve miR-490-3p'nin AML'deki fonksiyonları tam olarak bilinmemektedir. AML hastalarında miR-216a-5p'nin neden daha düşük ifade edildiği, miR-490-3p'nin ise ekspresyonunun artışına neden olan sebepler araştırılmalıdır.
Yeni tanılı akut miyeloid lösemi hastalarında biyobelirteç potansiyeli olan miRNA'ların ekspresyonunun araştırılması
Akut Miyeloid Lösemi (AML), olgunlaşmamış miyeloid hücrelerin anormal çoğalmasıyla tanımlanır. MiRNA'lar, gen ekspresyonunu düzenler ve düzensizliklerinin AML gelişimine katkı sağladığı öne sürülmektedir. Bu çalışmada miR-216a-5p, miR-223-3p ve miR-490-3p'nin yeni tanı almış AML hastalarındaki ekspresyonları araştırılmıştır. Çalışmamızda miRNA'ların ekspresyonları yeni tanı almış 26 AML hastası ve 26 sağlıklı kontrolde RT PCR ile belirlenmiştir. Hastaların kemik iliği ve periferik kan örneği ile çalışılmış, sağlıklı kontrollerden kemik iliği alınması etik olmadığı için sadece periferik kan örneğindeki ekspresyonları incelenmiştir. Hastaların yaş ortalaması 61,88±15,24; sağlıklı kontrollerin 50,12±7,08dir. Sonuçlar 2 − ΔΔCt yöntemi ile hesaplanmıştır. Verilerin analizi için Mann-Whitney U Testi ve Wilcoxon Signed Ranks Testi kullanılmıştır. P değeri <0,05'ten küçük olduğunda anlamlı kabul edilmiştir. AML hastalarının kemik iliği ve periferik kan örneğindeki ekspresyon değerleri karşılaştırıldığında miR-216a-5p (p=0,016) ve miR-223-3p' (p=0,006) de anlamlı bir fark bulunmasından dolayı kemik iliği örneklerinin sağlıklı kontrol grubunun periferik kan örnekleri ile karşılaştırılması yapılmamıştır. MiR-490-3p'nin kemik iliği ve periferik kan örneğinin ekspresyonları (p=0,551) arasında anlamlı bir fark bulunmadığı için sağlıklı kontrollerle karşılaştırılması yapılmıştır. MiR-490-3p'nin kemik iliği (p= 0,0002) ve periferik kan (p=0,01) örneğindeki ekspresyonu anlamlı olarak sağlıklı kontrollere göre daha yüksektir. AML grubunun periferik kan örneklerinde miR-216a-5p ifadesi sağlıklı kontrol örneklerine göre anlamlı olarak düşüktür (p<0,0001). MiR-223-3p ifadesi için AML periferik kan ve sağlıklı kontrol arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı değildir. (p=0,534) MiR-216a-5p ve miR-490-3p'nin AML'deki fonksiyonları tam olarak bilinmemektedir. AML hastalarında miR-216a-5p'nin neden daha düşük ifade edildiği, miR-490-3p'nin ise ekspresyonunun artışına neden olan sebepler araştırılmalıdır.
Edirne ili'ndeki bazı tarımsal ürünlerde botrytis spp.izolatlarının moleküler identifikasyonu ve doğal ajanlarlamücadelesi üzerine araştırmalar
Bu çalışma kapsamında Edirne ilinde bazı tarımsal ürünlerden izole edilen Botrytis spp. izolatlarının morfolojik ve moleküler tanımlamaları yapılmış; ardından çeşitli bitkilerden elde edilen toz ve ekstraktların bu izolatlar üzerindeki antifungal etkileri hem in vitro hem de in vivo olarak değerlendirilmiştir. Çalışmada toplam altı Botrytis izolatı (E1, E2, E3, E6, F1, F2) kullanılmıştır. Patojenite testlerinde sırasıyla, E3, F2 ve F1 izolatları elma üzerinde; E6, E3 ve E1 izolatları domates üzerinde yüksek patojenite göstermiştir. İn vitro denemelerde, bitki tozlarının doğrudan katı besiyerine eklenmesiyle misel büyüme inhibisyonu (MBİ) değerlendirildiğinde; iren bitkisinin kökleri tüm izolatlarda %100 etki göstermiş, buhur, amber kabuğu ve hardal tohumu tozları ise bazı izolatlar üzerinde %100 inhibisyon sağlamıştır. Bitki tozlarının uçucu bileşikleri test edildiğinde iren ve hardalın tüm izolatlarda %100 inhibisyon sağladığı tespit edilmiştir. Tilkişen, sirken, çiriş ve cavşır gibi bitkilerde de yüksek antifungal aktivite belirlenirken, gurmar, şahtere ve karahalile gibi bitkilerin uçucu bileşikleri ise genel olarak etkisiz kalmıştır. Mikrodilüsyon yöntemiyle yapılan Minimum İnhibisyon Konsantrasyon (MİK) ve Minimum Fungusidal Konsantrasyon (MFK) testlerinde; E1, E2 ve E3 izolatlarının daha duyarlı olduğu gözlenmiş; amber kabuğu, hardal, kenger, aronya ve şevketibostan ekstraktlarının 0.312 mg/mL MİK değerleri ile yüksek antifungal etkisi saptanmıştır. MFK değerleri incelendiğinde hardal ve amber kabuğu ekstraktları E2 izolatında, şevketibostan ekstraktı E3 izolatında ve çiriş ekstraktı E6 izolatında 0.625mg/mL MFK değeri ile en etkili grupta yer almıştır. F1 ve F2 izolatlarında ise çoğu bitki ekstraktı için etkili MFK, 2.5 mg/mL bulunmuştur. Konidi çimlenme inhibisyonu (%KÇİ) denemelerinde, E3 izolatında çiriş otu, kenger ve aronya ekstraktları 0.312 mg/mL konsantrasyonda %100 inhibisyon sağlamıştır. F1 ive F2 izolatları için %100 KÇİ'nin genellikle ekstraktların 1.25–5.0 mg/mL konsantrasyonlarında olduğu, bu izolatların daha dirençli oldukları saptanmıştır. KÇİ, en düşük konsantrasyon 0.08 mg/mL'de %72 olarak amber kabuğu ve buhur ekstraktında saptanmıştır. İn vivo denemelerde, domates üzerinde yapılan ekstraktların koruyucu uygulamalarında tilkişen ekstraktı Botrytis E1, E2 ve E6 izolatlarında %100 hastalığın engellenmesini sağlamıştır. Ekstraktların 24 saat sonra uygulandığı tedavi edici etki değerlendirildiğinde bitki ekstraktlarının hastalık şiddetini önemli ölçüde azalttığı görülmüştür. İren ve endive ekstraktları E1, E2, E6 ve F1 izolatlarında en fazla tedavi edici etkiyi göstermiştir. Tedavi edici uygulamalarda, genel olarak hastalık engelleme oranlarının koruyucu uygulamalardan daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma Edirne bölgesinden izole edilen Botrytis spp. izolatlarına karşı bazı bitki tozu ve ekstraktlarının güçlü antifungal etkiler gösterdiğini ortaya koymuş; doğal bitki kaynaklı bileşiklerin biyolojik kontrol ajanı olarak kullanılabilme potansiyelini desteklemiştir.
Edirne ili'ndeki bazı tarımsal ürünlerde botrytis spp.izolatlarının moleküler identifikasyonu ve doğal ajanlarlamücadelesi üzerine araştırmalar
Bu çalışma kapsamında Edirne ilinde bazı tarımsal ürünlerden izole edilen Botrytis spp. izolatlarının morfolojik ve moleküler tanımlamaları yapılmış; ardından çeşitli bitkilerden elde edilen toz ve ekstraktların bu izolatlar üzerindeki antifungal etkileri hem in vitro hem de in vivo olarak değerlendirilmiştir. Çalışmada toplam altı Botrytis izolatı (E1, E2, E3, E6, F1, F2) kullanılmıştır. Patojenite testlerinde sırasıyla, E3, F2 ve F1 izolatları elma üzerinde; E6, E3 ve E1 izolatları domates üzerinde yüksek patojenite göstermiştir. İn vitro denemelerde, bitki tozlarının doğrudan katı besiyerine eklenmesiyle misel büyüme inhibisyonu (MBİ) değerlendirildiğinde; iren bitkisinin kökleri tüm izolatlarda %100 etki göstermiş, buhur, amber kabuğu ve hardal tohumu tozları ise bazı izolatlar üzerinde %100 inhibisyon sağlamıştır. Bitki tozlarının uçucu bileşikleri test edildiğinde iren ve hardalın tüm izolatlarda %100 inhibisyon sağladığı tespit edilmiştir. Tilkişen, sirken, çiriş ve cavşır gibi bitkilerde de yüksek antifungal aktivite belirlenirken, gurmar, şahtere ve karahalile gibi bitkilerin uçucu bileşikleri ise genel olarak etkisiz kalmıştır. Mikrodilüsyon yöntemiyle yapılan Minimum İnhibisyon Konsantrasyon (MİK) ve Minimum Fungusidal Konsantrasyon (MFK) testlerinde; E1, E2 ve E3 izolatlarının daha duyarlı olduğu gözlenmiş; amber kabuğu, hardal, kenger, aronya ve şevketibostan ekstraktlarının 0.312 mg/mL MİK değerleri ile yüksek antifungal etkisi saptanmıştır. MFK değerleri incelendiğinde hardal ve amber kabuğu ekstraktları E2 izolatında, şevketibostan ekstraktı E3 izolatında ve çiriş ekstraktı E6 izolatında 0.625mg/mL MFK değeri ile en etkili grupta yer almıştır. F1 ve F2 izolatlarında ise çoğu bitki ekstraktı için etkili MFK, 2.5 mg/mL bulunmuştur. Konidi çimlenme inhibisyonu (%KÇİ) denemelerinde, E3 izolatında çiriş otu, kenger ve aronya ekstraktları 0.312 mg/mL konsantrasyonda %100 inhibisyon sağlamıştır. F1 ive F2 izolatları için %100 KÇİ'nin genellikle ekstraktların 1.25–5.0 mg/mL konsantrasyonlarında olduğu, bu izolatların daha dirençli oldukları saptanmıştır. KÇİ, en düşük konsantrasyon 0.08 mg/mL'de %72 olarak amber kabuğu ve buhur ekstraktında saptanmıştır. İn vivo denemelerde, domates üzerinde yapılan ekstraktların koruyucu uygulamalarında tilkişen ekstraktı Botrytis E1, E2 ve E6 izolatlarında %100 hastalığın engellenmesini sağlamıştır. Ekstraktların 24 saat sonra uygulandığı tedavi edici etki değerlendirildiğinde bitki ekstraktlarının hastalık şiddetini önemli ölçüde azalttığı görülmüştür. İren ve endive ekstraktları E1, E2, E6 ve F1 izolatlarında en fazla tedavi edici etkiyi göstermiştir. Tedavi edici uygulamalarda, genel olarak hastalık engelleme oranlarının koruyucu uygulamalardan daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma Edirne bölgesinden izole edilen Botrytis spp. izolatlarına karşı bazı bitki tozu ve ekstraktlarının güçlü antifungal etkiler gösterdiğini ortaya koymuş; doğal bitki kaynaklı bileşiklerin biyolojik kontrol ajanı olarak kullanılabilme potansiyelini desteklemiştir.
Edirne ili'ndeki bazı tarımsal ürünlerde botrytis spp.izolatlarının moleküler identifikasyonu ve doğal ajanlarlamücadelesi üzerine araştırmalar
Bu çalışma kapsamında Edirne ilinde bazı tarımsal ürünlerden izole edilen Botrytis spp. izolatlarının morfolojik ve moleküler tanımlamaları yapılmış; ardından çeşitli bitkilerden elde edilen toz ve ekstraktların bu izolatlar üzerindeki antifungal etkileri hem in vitro hem de in vivo olarak değerlendirilmiştir. Çalışmada toplam altı Botrytis izolatı (E1, E2, E3, E6, F1, F2) kullanılmıştır. Patojenite testlerinde sırasıyla, E3, F2 ve F1 izolatları elma üzerinde; E6, E3 ve E1 izolatları domates üzerinde yüksek patojenite göstermiştir. İn vitro denemelerde, bitki tozlarının doğrudan katı besiyerine eklenmesiyle misel büyüme inhibisyonu (MBİ) değerlendirildiğinde; iren bitkisinin kökleri tüm izolatlarda %100 etki göstermiş, buhur, amber kabuğu ve hardal tohumu tozları ise bazı izolatlar üzerinde %100 inhibisyon sağlamıştır. Bitki tozlarının uçucu bileşikleri test edildiğinde iren ve hardalın tüm izolatlarda %100 inhibisyon sağladığı tespit edilmiştir. Tilkişen, sirken, çiriş ve cavşır gibi bitkilerde de yüksek antifungal aktivite belirlenirken, gurmar, şahtere ve karahalile gibi bitkilerin uçucu bileşikleri ise genel olarak etkisiz kalmıştır. Mikrodilüsyon yöntemiyle yapılan Minimum İnhibisyon Konsantrasyon (MİK) ve Minimum Fungusidal Konsantrasyon (MFK) testlerinde; E1, E2 ve E3 izolatlarının daha duyarlı olduğu gözlenmiş; amber kabuğu, hardal, kenger, aronya ve şevketibostan ekstraktlarının 0.312 mg/mL MİK değerleri ile yüksek antifungal etkisi saptanmıştır. MFK değerleri incelendiğinde hardal ve amber kabuğu ekstraktları E2 izolatında, şevketibostan ekstraktı E3 izolatında ve çiriş ekstraktı E6 izolatında 0.625mg/mL MFK değeri ile en etkili grupta yer almıştır. F1 ve F2 izolatlarında ise çoğu bitki ekstraktı için etkili MFK, 2.5 mg/mL bulunmuştur. Konidi çimlenme inhibisyonu (%KÇİ) denemelerinde, E3 izolatında çiriş otu, kenger ve aronya ekstraktları 0.312 mg/mL konsantrasyonda %100 inhibisyon sağlamıştır. F1 ive F2 izolatları için %100 KÇİ'nin genellikle ekstraktların 1.25–5.0 mg/mL konsantrasyonlarında olduğu, bu izolatların daha dirençli oldukları saptanmıştır. KÇİ, en düşük konsantrasyon 0.08 mg/mL'de %72 olarak amber kabuğu ve buhur ekstraktında saptanmıştır. İn vivo denemelerde, domates üzerinde yapılan ekstraktların koruyucu uygulamalarında tilkişen ekstraktı Botrytis E1, E2 ve E6 izolatlarında %100 hastalığın engellenmesini sağlamıştır. Ekstraktların 24 saat sonra uygulandığı tedavi edici etki değerlendirildiğinde bitki ekstraktlarının hastalık şiddetini önemli ölçüde azalttığı görülmüştür. İren ve endive ekstraktları E1, E2, E6 ve F1 izolatlarında en fazla tedavi edici etkiyi göstermiştir. Tedavi edici uygulamalarda, genel olarak hastalık engelleme oranlarının koruyucu uygulamalardan daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma Edirne bölgesinden izole edilen Botrytis spp. izolatlarına karşı bazı bitki tozu ve ekstraktlarının güçlü antifungal etkiler gösterdiğini ortaya koymuş; doğal bitki kaynaklı bileşiklerin biyolojik kontrol ajanı olarak kullanılabilme potansiyelini desteklemiştir.
Farklı tarımsal yan ürün ve atıklar üzerinden izole edilen mikrofungusların lakkaz aktivitelerinin araştırılması
Bu çalışmada Trakya'da üretimi yapılan tarım ürünlerinden elde edilen yan ürün ve atıklardan mikrofungus izolasyonu, fungal izolatların morfolojik ve moleküler identifikasyonları, lakkaz aktivitelerinin nitel ve nicel olarak tayin edilmesi, katı substrat fermantasyonu (SSF) ile ekstraselüler lakkaz üretimi, üretim şartlarının optimizasyonu ve lakkaz enziminin bazı özelliklerinin belirlenmesi amaçlandı. Plak tayin metodu ile ABTS, guaiacol ve tannik asitin indikatör olarak yer aldığı besiyerlerinde gerçekleştirilen nitel analizler sonrasında lakkaz aktivitesine sahip olduğu belirlenen beş izolat; Aspergillus sydowii BSL 22, Cladosporium cladosporioides BSL 32, Cladosporium velox BSL 17, Fusarium proliferatum BSL 16 ve Trichothecium roseum BSL 10 olarak tanımlandı. SSF ortamında yapılan çalışmalarda, en yüksek lakkaz aktivitesi gösteren izolat Fusarium proliferatum BSL 16 (19,42 ± 1,34 U/L), en düşük aktiviteli izolat Aspergillus sydowii BSL 22 (5.28 ± 0.50 U/L), en iyi aktivitenin gözlendiği substrat buğday kepeği (14.56 ± 0.80 U/L), en düşük aktivitenin gözlendiği substrat ise mısır küspesi (4.87 ± 1.05 U/L) olarak belirlendi. Çalışmanın devamında lakkaz kaynağı olarak seçilen F. proliferatum ve substrat olarak buğday kepeği kullanılarak hazırlanan SSF ortamında lakkaz üretimleri gerçekleştirilerek üretim koşulları optimize edildi. Başlangıç nem miktarı %60 (23.99 ± 1.45 U/L), pH değeri 5.0 (25.96 ± 1.11 U/L), inokülüm miktarı 2.0 mL (18.21 ± 1.74 U/L) olan SSF ortamlarında ve inkübasyon süresinin yedinci gününde (24.30 ± 1.53 U/L) en yüksek lakkaz aktiviteleri ölçüldü. F. proliferatum'dan elde edilen lakkaz enziminin bazı özellikleri araştırılmak üzere reaksiyon karışımının farklı pH, sıcaklık ve sürelerde inkübasyonu sonucunda; pH 3.5'te (32.26 ± 1.07 U/L), 40ºC'de (22.29 ± 1.86 U/L) ve 3 dakika sürede (33.84 ± 0.34 U/L) maksimum enzim aktiviteleri kaydedildi. Sonuç olarak, bu tez çalışması kapsamında Trakya Bölgesi'nden yeni bir fungal lakkaz kaynağı olan F. proliferatum BSL 16 izolatı elde edildi. Bölgede tarımı en fazla yapılan buğdaydan elde edilen kepek, endüstriyel önemi olan lakkaz enziminin biyoteknolojik üretiminde substrat olarak kullanıldı. Yapılan bu çalışmada, çevre dostu ve ekonomik fungal lakkaz üretimi SSF tekniği ile gerçekleştirildi.
Farklı tarımsal yan ürün ve atıklar üzerinden izole edilen mikrofungusların lakkaz aktivitelerinin araştırılması
Bu çalışmada Trakya'da üretimi yapılan tarım ürünlerinden elde edilen yan ürün ve atıklardan mikrofungus izolasyonu, fungal izolatların morfolojik ve moleküler identifikasyonları, lakkaz aktivitelerinin nitel ve nicel olarak tayin edilmesi, katı substrat fermantasyonu (SSF) ile ekstraselüler lakkaz üretimi, üretim şartlarının optimizasyonu ve lakkaz enziminin bazı özelliklerinin belirlenmesi amaçlandı. Plak tayin metodu ile ABTS, guaiacol ve tannik asitin indikatör olarak yer aldığı besiyerlerinde gerçekleştirilen nitel analizler sonrasında lakkaz aktivitesine sahip olduğu belirlenen beş izolat; Aspergillus sydowii BSL 22, Cladosporium cladosporioides BSL 32, Cladosporium velox BSL 17, Fusarium proliferatum BSL 16 ve Trichothecium roseum BSL 10 olarak tanımlandı. SSF ortamında yapılan çalışmalarda, en yüksek lakkaz aktivitesi gösteren izolat Fusarium proliferatum BSL 16 (19,42 ± 1,34 U/L), en düşük aktiviteli izolat Aspergillus sydowii BSL 22 (5.28 ± 0.50 U/L), en iyi aktivitenin gözlendiği substrat buğday kepeği (14.56 ± 0.80 U/L), en düşük aktivitenin gözlendiği substrat ise mısır küspesi (4.87 ± 1.05 U/L) olarak belirlendi. Çalışmanın devamında lakkaz kaynağı olarak seçilen F. proliferatum ve substrat olarak buğday kepeği kullanılarak hazırlanan SSF ortamında lakkaz üretimleri gerçekleştirilerek üretim koşulları optimize edildi. Başlangıç nem miktarı %60 (23.99 ± 1.45 U/L), pH değeri 5.0 (25.96 ± 1.11 U/L), inokülüm miktarı 2.0 mL (18.21 ± 1.74 U/L) olan SSF ortamlarında ve inkübasyon süresinin yedinci gününde (24.30 ± 1.53 U/L) en yüksek lakkaz aktiviteleri ölçüldü. F. proliferatum'dan elde edilen lakkaz enziminin bazı özellikleri araştırılmak üzere reaksiyon karışımının farklı pH, sıcaklık ve sürelerde inkübasyonu sonucunda; pH 3.5'te (32.26 ± 1.07 U/L), 40ºC'de (22.29 ± 1.86 U/L) ve 3 dakika sürede (33.84 ± 0.34 U/L) maksimum enzim aktiviteleri kaydedildi. Sonuç olarak, bu tez çalışması kapsamında Trakya Bölgesi'nden yeni bir fungal lakkaz kaynağı olan F. proliferatum BSL 16 izolatı elde edildi. Bölgede tarımı en fazla yapılan buğdaydan elde edilen kepek, endüstriyel önemi olan lakkaz enziminin biyoteknolojik üretiminde substrat olarak kullanıldı. Yapılan bu çalışmada, çevre dostu ve ekonomik fungal lakkaz üretimi SSF tekniği ile gerçekleştirildi.
Farklı tarımsal yan ürün ve atıklar üzerinden izole edilen mikrofungusların lakkaz aktivitelerinin araştırılması
Bu çalışmada Trakya'da üretimi yapılan tarım ürünlerinden elde edilen yan ürün ve atıklardan mikrofungus izolasyonu, fungal izolatların morfolojik ve moleküler identifikasyonları, lakkaz aktivitelerinin nitel ve nicel olarak tayin edilmesi, katı substrat fermantasyonu (SSF) ile ekstraselüler lakkaz üretimi, üretim şartlarının optimizasyonu ve lakkaz enziminin bazı özelliklerinin belirlenmesi amaçlandı. Plak tayin metodu ile ABTS, guaiacol ve tannik asitin indikatör olarak yer aldığı besiyerlerinde gerçekleştirilen nitel analizler sonrasında lakkaz aktivitesine sahip olduğu belirlenen beş izolat; Aspergillus sydowii BSL 22, Cladosporium cladosporioides BSL 32, Cladosporium velox BSL 17, Fusarium proliferatum BSL 16 ve Trichothecium roseum BSL 10 olarak tanımlandı. SSF ortamında yapılan çalışmalarda, en yüksek lakkaz aktivitesi gösteren izolat Fusarium proliferatum BSL 16 (19,42 ± 1,34 U/L), en düşük aktiviteli izolat Aspergillus sydowii BSL 22 (5.28 ± 0.50 U/L), en iyi aktivitenin gözlendiği substrat buğday kepeği (14.56 ± 0.80 U/L), en düşük aktivitenin gözlendiği substrat ise mısır küspesi (4.87 ± 1.05 U/L) olarak belirlendi. Çalışmanın devamında lakkaz kaynağı olarak seçilen F. proliferatum ve substrat olarak buğday kepeği kullanılarak hazırlanan SSF ortamında lakkaz üretimleri gerçekleştirilerek üretim koşulları optimize edildi. Başlangıç nem miktarı %60 (23.99 ± 1.45 U/L), pH değeri 5.0 (25.96 ± 1.11 U/L), inokülüm miktarı 2.0 mL (18.21 ± 1.74 U/L) olan SSF ortamlarında ve inkübasyon süresinin yedinci gününde (24.30 ± 1.53 U/L) en yüksek lakkaz aktiviteleri ölçüldü. F. proliferatum'dan elde edilen lakkaz enziminin bazı özellikleri araştırılmak üzere reaksiyon karışımının farklı pH, sıcaklık ve sürelerde inkübasyonu sonucunda; pH 3.5'te (32.26 ± 1.07 U/L), 40ºC'de (22.29 ± 1.86 U/L) ve 3 dakika sürede (33.84 ± 0.34 U/L) maksimum enzim aktiviteleri kaydedildi. Sonuç olarak, bu tez çalışması kapsamında Trakya Bölgesi'nden yeni bir fungal lakkaz kaynağı olan F. proliferatum BSL 16 izolatı elde edildi. Bölgede tarımı en fazla yapılan buğdaydan elde edilen kepek, endüstriyel önemi olan lakkaz enziminin biyoteknolojik üretiminde substrat olarak kullanıldı. Yapılan bu çalışmada, çevre dostu ve ekonomik fungal lakkaz üretimi SSF tekniği ile gerçekleştirildi.
Endoplazmik retikulum stres indüklenmiş leydig ve sertoli hücrelerinde melatonin ve miR-19b kombinasyonunun PERK/eIf2a/ATF4/CHOP sinyali üzerinde terapötik etkisi
Sertoli ve Leydig hücreleri, testislerdeki temel hücre tiplerinden olup, sperm üretim süreci olan spermatogenezin düzenlenmesinde önemli roller oynarlar. Sertoli ve leydig hücrelerindeki işlevsizlik ya da herhangi bir hasar, sağlıklı spermatozoa üretimini olumsuz etkileyebilir, sperm motilitesini ve kalitesini bozarak infertiliteye neden olabilir. Leydig hücreleri testislerin endokrin işlevinden sorumludur. Bu hücrelerde yüksek protein sentezi gerçekleşir ve bu nedenle leydig hücreleri endoplazmik retikulum (ER) stresine karşı hassastır. Bunun yanında melatonin, sertoli hücrelerinde büyüme, proliferasyon, enerji metabolizması, oksidatif stres ve inflamatuar süreçleri kontrol eder. Primordial germ hücrelerinden spermatogonia'nın çoğalmasına, hareketli spermin oluşumundan fertilizasyona kadarki süreçler çeşitli miRNA aileleri tarafından düzenlenir. miR-19b'nin de üyesi olduğu miR-17-92 kümesi spermatogonial kök hücrelerin olgunlaşması ve spermatogenezin gerçekleşmesi için gereklidir. Ayrıca miR-19b'nin bilinen hedefleri arasında apoptoz ve hücre döngüsü genleri bulunmaktadır. Bu tez çalışmasında, ER stresi altındaki fare leydig ve sertoli hücrelerinde miR-19b ve melatonin uygulamalarının PERK/eIF2α/ATF4/CHOP UPR yolağı ve apoptozun moleküler mekanizmaları üzerindeki etkilerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla Çalışmamızda altı deney grubu oluşturuldu: Kontrol, Tunikamisin, Tunikamisin+Melatonin, Tunikamisin+miR-19b mimik inhibitör, Tunikamisin+miR-19b mimik, Tunikamisin+Melatonin+miR-19b mimik. Uygulama konsantrasyonları ve sürelerinin belirlenmesi için in vitro sitotoksisite testi olan MTT testi kullanıldı. Apoptotik hücrelerdeki nükleer değişimleri görebilmek için NucBlue (Hoechst) ve Akridin turuncusu/etidyum bromür (AO/EB) boyaları, oksidatif stresi görebilmek için ise CM-H2DCFDA boyası kullanılarak floresan boyama yapıldı. Proteinler Western Blot testi ile gen ekspresyon seviyeleri qRT-PCR ile belirlendi. Sonuçlarımız melatonin ve miR-19b'nin üremede önemli bir işlevi olan leydig hücrelerinde ER stresi ve apoptoz sinyallemesi üzerinde etkili olduğunu göstermektedir. Tek başına melatonin uygulaması leydig hücrelerinde, PERK/eIF2α/ATF4/CHOP ve IRE1α/XBP/sXBP1 UPR yolağı genlerinin ifadelerini kontrol düzeyine gerilemesini sağladı. Ayrıca mitokondriyal apoptoz yolağı genlerinden Bax, Bim, Bak, APAF1, kaspaz 3, sitokrom-c'nin ifadelerini anlamlı derece azalttı. Tek başına ya da melatonin ile kombine mir-19b, apoptoz (Bax, Bim, APAF1, kaspaz 3) genlerinin ifadelerinin azalmasına neden oldu. Ayrıca tek başına miR-19b uygulaması sonrası Bcl-2 ifadesinin anlamlı derece artması Bcl-2/Bax dengesinin sağlanmasına neden olarak, anti apoptotik rolünü gösterdi. Çalışma sonuçlarımıza göre, testis apoptozunun geri döndürülmesinde, melatonin ve mir-19b kombinasyonun terapötik bir yaklaşım olabileceğini düşünülmektedir ve miR-19b'nin hedeflediği yolların modülasyonu ile, infertilite tedavisinde yeni yaklaşımlar sunabilir. Ancak in-vitro ve in-vivo olarak yapılacak ileri çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir.
Endoplazmik retikulum stres indüklenmiş leydig ve sertoli hücrelerinde melatonin ve miR-19b kombinasyonunun PERK/eIf2a/ATF4/CHOP sinyali üzerinde terapötik etkisi
Sertoli ve Leydig hücreleri, testislerdeki temel hücre tiplerinden olup, sperm üretim süreci olan spermatogenezin düzenlenmesinde önemli roller oynarlar. Sertoli ve leydig hücrelerindeki işlevsizlik ya da herhangi bir hasar, sağlıklı spermatozoa üretimini olumsuz etkileyebilir, sperm motilitesini ve kalitesini bozarak infertiliteye neden olabilir. Leydig hücreleri testislerin endokrin işlevinden sorumludur. Bu hücrelerde yüksek protein sentezi gerçekleşir ve bu nedenle leydig hücreleri endoplazmik retikulum (ER) stresine karşı hassastır. Bunun yanında melatonin, sertoli hücrelerinde büyüme, proliferasyon, enerji metabolizması, oksidatif stres ve inflamatuar süreçleri kontrol eder. Primordial germ hücrelerinden spermatogonia'nın çoğalmasına, hareketli spermin oluşumundan fertilizasyona kadarki süreçler çeşitli miRNA aileleri tarafından düzenlenir. miR-19b'nin de üyesi olduğu miR-17-92 kümesi spermatogonial kök hücrelerin olgunlaşması ve spermatogenezin gerçekleşmesi için gereklidir. Ayrıca miR-19b'nin bilinen hedefleri arasında apoptoz ve hücre döngüsü genleri bulunmaktadır. Bu tez çalışmasında, ER stresi altındaki fare leydig ve sertoli hücrelerinde miR-19b ve melatonin uygulamalarının PERK/eIF2α/ATF4/CHOP UPR yolağı ve apoptozun moleküler mekanizmaları üzerindeki etkilerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla Çalışmamızda altı deney grubu oluşturuldu: Kontrol, Tunikamisin, Tunikamisin+Melatonin, Tunikamisin+miR-19b mimik inhibitör, Tunikamisin+miR-19b mimik, Tunikamisin+Melatonin+miR-19b mimik. Uygulama konsantrasyonları ve sürelerinin belirlenmesi için in vitro sitotoksisite testi olan MTT testi kullanıldı. Apoptotik hücrelerdeki nükleer değişimleri görebilmek için NucBlue (Hoechst) ve Akridin turuncusu/etidyum bromür (AO/EB) boyaları, oksidatif stresi görebilmek için ise CM-H2DCFDA boyası kullanılarak floresan boyama yapıldı. Proteinler Western Blot testi ile gen ekspresyon seviyeleri qRT-PCR ile belirlendi. Sonuçlarımız melatonin ve miR-19b'nin üremede önemli bir işlevi olan leydig hücrelerinde ER stresi ve apoptoz sinyallemesi üzerinde etkili olduğunu göstermektedir. Tek başına melatonin uygulaması leydig hücrelerinde, PERK/eIF2α/ATF4/CHOP ve IRE1α/XBP/sXBP1 UPR yolağı genlerinin ifadelerini kontrol düzeyine gerilemesini sağladı. Ayrıca mitokondriyal apoptoz yolağı genlerinden Bax, Bim, Bak, APAF1, kaspaz 3, sitokrom-c'nin ifadelerini anlamlı derece azalttı. Tek başına ya da melatonin ile kombine mir-19b, apoptoz (Bax, Bim, APAF1, kaspaz 3) genlerinin ifadelerinin azalmasına neden oldu. Ayrıca tek başına miR-19b uygulaması sonrası Bcl-2 ifadesinin anlamlı derece artması Bcl-2/Bax dengesinin sağlanmasına neden olarak, anti apoptotik rolünü gösterdi. Çalışma sonuçlarımıza göre, testis apoptozunun geri döndürülmesinde, melatonin ve mir-19b kombinasyonun terapötik bir yaklaşım olabileceğini düşünülmektedir ve miR-19b'nin hedeflediği yolların modülasyonu ile, infertilite tedavisinde yeni yaklaşımlar sunabilir. Ancak in-vitro ve in-vivo olarak yapılacak ileri çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir.
Endoplazmik retikulum stres indüklenmiş leydig ve sertoli hücrelerinde melatonin ve miR-19b kombinasyonunun PERK/eIf2a/ATF4/CHOP sinyali üzerinde terapötik etkisi
Sertoli ve Leydig hücreleri, testislerdeki temel hücre tiplerinden olup, sperm üretim süreci olan spermatogenezin düzenlenmesinde önemli roller oynarlar. Sertoli ve leydig hücrelerindeki işlevsizlik ya da herhangi bir hasar, sağlıklı spermatozoa üretimini olumsuz etkileyebilir, sperm motilitesini ve kalitesini bozarak infertiliteye neden olabilir. Leydig hücreleri testislerin endokrin işlevinden sorumludur. Bu hücrelerde yüksek protein sentezi gerçekleşir ve bu nedenle leydig hücreleri endoplazmik retikulum (ER) stresine karşı hassastır. Bunun yanında melatonin, sertoli hücrelerinde büyüme, proliferasyon, enerji metabolizması, oksidatif stres ve inflamatuar süreçleri kontrol eder. Primordial germ hücrelerinden spermatogonia'nın çoğalmasına, hareketli spermin oluşumundan fertilizasyona kadarki süreçler çeşitli miRNA aileleri tarafından düzenlenir. miR-19b'nin de üyesi olduğu miR-17-92 kümesi spermatogonial kök hücrelerin olgunlaşması ve spermatogenezin gerçekleşmesi için gereklidir. Ayrıca miR-19b'nin bilinen hedefleri arasında apoptoz ve hücre döngüsü genleri bulunmaktadır. Bu tez çalışmasında, ER stresi altındaki fare leydig ve sertoli hücrelerinde miR-19b ve melatonin uygulamalarının PERK/eIF2α/ATF4/CHOP UPR yolağı ve apoptozun moleküler mekanizmaları üzerindeki etkilerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla Çalışmamızda altı deney grubu oluşturuldu: Kontrol, Tunikamisin, Tunikamisin+Melatonin, Tunikamisin+miR-19b mimik inhibitör, Tunikamisin+miR-19b mimik, Tunikamisin+Melatonin+miR-19b mimik. Uygulama konsantrasyonları ve sürelerinin belirlenmesi için in vitro sitotoksisite testi olan MTT testi kullanıldı. Apoptotik hücrelerdeki nükleer değişimleri görebilmek için NucBlue (Hoechst) ve Akridin turuncusu/etidyum bromür (AO/EB) boyaları, oksidatif stresi görebilmek için ise CM-H2DCFDA boyası kullanılarak floresan boyama yapıldı. Proteinler Western Blot testi ile gen ekspresyon seviyeleri qRT-PCR ile belirlendi. Sonuçlarımız melatonin ve miR-19b'nin üremede önemli bir işlevi olan leydig hücrelerinde ER stresi ve apoptoz sinyallemesi üzerinde etkili olduğunu göstermektedir. Tek başına melatonin uygulaması leydig hücrelerinde, PERK/eIF2α/ATF4/CHOP ve IRE1α/XBP/sXBP1 UPR yolağı genlerinin ifadelerini kontrol düzeyine gerilemesini sağladı. Ayrıca mitokondriyal apoptoz yolağı genlerinden Bax, Bim, Bak, APAF1, kaspaz 3, sitokrom-c'nin ifadelerini anlamlı derece azalttı. Tek başına ya da melatonin ile kombine mir-19b, apoptoz (Bax, Bim, APAF1, kaspaz 3) genlerinin ifadelerinin azalmasına neden oldu. Ayrıca tek başına miR-19b uygulaması sonrası Bcl-2 ifadesinin anlamlı derece artması Bcl-2/Bax dengesinin sağlanmasına neden olarak, anti apoptotik rolünü gösterdi. Çalışma sonuçlarımıza göre, testis apoptozunun geri döndürülmesinde, melatonin ve mir-19b kombinasyonun terapötik bir yaklaşım olabileceğini düşünülmektedir ve miR-19b'nin hedeflediği yolların modülasyonu ile, infertilite tedavisinde yeni yaklaşımlar sunabilir. Ancak in-vitro ve in-vivo olarak yapılacak ileri çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir.
Agresif GBM T98G hücre hattında tunikamisin ve melatonin ile endoplazmik retikulum stresi yolunun hedeflenmesi
Glioblastoma (GBM) derece 4 astrositoma olarak tanımlanan, merkezi sinir sistemindeki (MSS) en agresif primer beyin tümörüdür. Heterojen yapısı, invazivliği, hastalığa karşı kullanılan terapötiklerin kan beyin bariyerinden geçememesi gibi zorluklar GBM'de etkili ve hedefli bir tedavinin bulunmasını zorlaştırmaktadır. Kanser üzerine yapılan çalışmalar, endoplazmik retikulum stresinin hedefli bir tedavi oluşturabilmek için önemini belirtmektedir. Bununla birlikte farklı terapötiklerin kombine olarak kullanılması kanser tedavisinin etkinliğini artırmaktadır. Tunikamisin, N-bağlı glikozilasyon inhibisyonunu sağlayarak endoplazmik retikulum stresine yol açan doğal bir antibiyotiktir. Melatonin ise antikanser, antianjiyogenik, antiviral ve antiinflamatuvar etkileri ile bilinen bir biyogenik amindir. Bu tez çalışmasının amacı melatoninin kanserli hücrelerdeki antikanser etkisinden faydalanılarak T98G insan GBM hücre hattında PERK/eIF2α/ATF4/CHOP aksisine bakılarak endoplazmik retikulum stresini hedefleyen kobine tedavinin terapötik etkisinin moleküler mekanizmalarını ortaya çıkarmaktır. Çalışmada, biyoaktif doğal ürünler için kullanılan dozlar, MTT testi ve makalelerden alınan referans ile belirlenmiş, bu kapsamda tekli ve kombine kullanımın PERK/eIF2α/ATF4/CHOP aksisi üzerindeki etkisi qRT-PCR ve western blot analizleri ile araştırılmıştır. qRT-PCR analizinde tunikamisin tekli ve kombine uygulama gruplarının T98G hücre hattında eIF2α/ATF4 ekseni aktivasyonu oluşturduğu ve böylelikle endoplazmik retikulum stresini indüklediği belirlenmiştir.Benzer şekilde western blot analizinde ise eIF2α ve p-eIF2α değerleri tunikamisin tekli ve kombinasyon gruplarında yüksek bulunmuş ve ATF4 değerleri ise en yüksek kombine grupta bulunmuştur. Floresan moleküler görüntüleme ise biyoaktif doğal ürünlerin tekli ve kombinasyon uygulamalarının apoptoza olan etkisini saptamak için kullanılmıştır. Moleküler görüntülemeye göre ise kombinasyon grubunda etkili bir apoptoz sinyali oluşmuştur. Varılan sonuçlar ile birlikte melatonin ve tunikamisin kombinasyonunun GBM tedavisinde potansiyel bir seçenek olabileceği düşünülmektedir.
Hemşirelerin biyoteknolojiye yönelik tutumları
ÖZET Covid-19 salgını sırasında biyoteknolojinin sağlık alanındaki önemi ortaya çıkmıştır. Biyoteknolojik gelişmeler, hastalıkların tanı ve tedavi olanaklarını büyük ölçüde genişletmiştir. Bu gelişmeleri takip edip kendini yenileyebilen hemşireler, daha kaliteli ve kapsamlı hasta bakımı sunarak, sağlık ekibi içinde yeni roller kazanarak etkin bir şekilde varlıklarını sürdürebilecektir. Hemşirelerin yeni roller kazanıp mesleğine daha büyük katkılar sağlaması amacıyla öncelikle biyoteknolojiye ilişkin tutumlarının bilinmesi gerekmektedir. Çalışmanın amacı hemşirelerin biyoteknolojiye yönelik tutumlarının belirlenmesidir. Araştırma örneklemini İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde görev yapan 238 hemşire oluşturmuştur. Veriler, Biyoteknoloji Tutum Ölçeği ile toplanmıştır. İstatistik paket programı kullanarak nicel veriler analiz edilmiştir. Hemşirelerin biyoteknolojiye yönelik tutumları, standart sapma, t-testi Kolmogorov-Smirnov testi, ve ANOVA (tek yönlü varyans analizi) teknikleri ve ANOVA testinde anlamlı farklara yol açan grupları belirlemek için Scheffe testi uygulanmıştır. Çalışmadan edinilen bilgilere göre, erkeklere kıyasla kadınların genel biyoteknoloji tutumu istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek olduğu saptanmıştır. Eğitim düzeyi ve mesleki deneyimleri arttıkça hemşirelerin biyoteknoloji tutumunun istatistiksel olarak anlamlı derecede arttığı görülmüştür. Çalışılan birime göre hemşirelerin genel biyoteknoloji tutumu, biyoteknolojinin çeşitli uygulamaları, biyoteknolojik uygulamaların ortaya çıkardığı etik sorunlar ve sağlık alanındaki biyoteknolojik uygulamalar ilişkili tutumunun istatistiksel olarak anlamlı derecede farklılık gösterdiği saptanmıştır. Çalışılan pozisyona göre hemşirelerin genel biyoteknoloji tutumu, genetiği değiştirilmiş gıdaların tüketilmesine, biyoteknolojiye ait v çeşitli uygulamalara ve biyoteknolojik uygulamalar tarafından meydana getirilen etik sorunlara ilişkili tutumunun istatistiksel olarak anlamlı derecede farklılık gösterdiği saptandı. Eğitim sorumlusu hemşirelerin biyoteknoloji tutumu daha yüksek olduğu saptanmıştır. Eğitim sürecinde biyoteknoloji dersi alan hemşirelerin genel biyoteknoloji tutumu istatistiksel olarak anlamlı derecede daha yüksek olduğu saptanmıştır. Biyoteknoloji bilgi kaynağı dergi, gazete ve kitaplar olan hemşirelerin biyoteknoloji tutumu daha yüksek olduğu görülmüştür. Hemşirelerin biyoteknolojiye yönelik tutumları, hem mesleki uygulamalarında hem de hastaların bakım kalitesinde önemli bir rol oynadığı için güncel biyoteknoloji konu ve kazanımlarına eğitim ve çalışma sürecinde yer verilmesi önerilmektedir.
Gestasyonel diyabetes mellitus'lu hastalarda mir7-5p, miR16-5p, mir142-3p, miR144-3p, mir222-3p ve mir409-3p'nin ekspresyon düzeylerinin araştırılması
Gestasyonel Diyabetes Mellitus (GDM), gebelikte başlayan, gebeliğin ilerleyen dönemlerinde fark edilen bir glukoz intoleransı tablosudur. GDM, doğumdan sonra kaybolsa da doğumu takiben gebeler 5-10 yıl içerisinde tip 2 diyabet tanısı almaktadır. GDM'li annelerin bebeklerinde, glukoz intoleransı, obezite ve insülin direnci gelişmektedir. GDM'de erken doğum, perinatal mortalite, fetal makrozomi, polisitemi, sarılık, hidroamniyoz, kardiyomiyopati, ilk trimesterde hipoglisemi ve gebeliğin ikinci yarısında hiperglisemi riski artar. Anne ile fetüs arasındaki metabolik aktiviteyi düzenleyen plasenta, plasental ve fetal gelişimi olumsuz olarak etkileyen intrauterin koşullara maruz kaldığında, GDM gelişimine neden olabileceği gibi plasentada anatomik ve fizyolojik bazı değişikliklerin ortaya çıktığı görülmektedir. Son yıllarda epigenetik yeniden düzenlemelerin, fetüsün dengesiz beslenmesi ve glukoz metabolizması bozukluklarının önemli bir moleküler nedeni olabileceği üzerinde durulmaktadır. Temel mekanizma; beslenmenin, fetüsteki gelişme ve metabolizma ile ilişkili bazı genlerin epigenetik yeniden düzenlemeleri üzerine kurulmuştur. Artan doğum sayısı, ilerlemiş anne yaşı, diyabet hikayesi, obezite, aşırı kilo, standardın üzerindeki vücut kitle indeksi (BMI) gestasyonel diyabet riskini artıran belirgin nedenlerdir. miRNA'lar, yaklaşık 22 nükleotid uzunluğunda kısa, yüksek oranda korunmuş, kodlamayan RNA molekülleridir. İlk olarak 1993 yılında Caenorhabditis elegans'ta tanımlanmışlar ve gelişim, çoğalma, farklılaşma, apoptoz ve metabolizma dahil olmak üzere çeşitli biyolojik süreçlerin güçlü epigenetik aracıları olarak bildirilmişlerdir. Bugüne kadar insanlarda, genomdaki genlerin ~ %60'ını düzenleyen 2.500'den fazla miRNA tanımlanmıştır. miRNA'lar, haberci RNA'nın (mRNA) 3' çevrilmemiş bölgesine (UTR) bağlanarak ve bozulmayı indükleyerek veya mRNA transkriptinin translasyonel baskılanması, transkripsiyon sonrası mekanizmalar yoluyla gen ifadesini düzenlerler. Ayrıca, yapılmış olan son çalışmalar, hücreden hücreye iletişimde miRNA'ların dolaşımı için önemli bir rolü olduğunu ve bu hücre dışı miRNA'ların benzer şekilde biyolojik süreçleri düzenleyebileceğini öne sürmektedir. miRNA'ların düzensiz ekspresyonu, kanser, obezite, T2DM ve kardiyovasküler hastalıklar gibi metabolik hastalık ve durumların gelişimi ile ilişkilendirilmiştir. Bu bilgiler doğrultusunda planladığımız tez çalışmamızda; GDM tanısı alan hastalarda miR7- 5p, miR 16-5p, miR142-3p, miR144-3p, miR222-3p ve miR409-3p ekspresyon düzeylerinin GDM tanısı almamış gebeler ile karşılaştırılarak, fenotip-genotip ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır.
Laetiporus sulphureus (kükürt mantarı)'un buğday bitkisinin gelişimi üzerindeki etkilerin araştırılması
Bu çalışma, organik madde içeriği zengin bir mantar türü olan Laetiporus sulphu-reus'un sıvı kompoze gübre üretimi potansiyelini araştırmak için mantardan kimyasal hidroliz yöntemi ile elde edilen hidrolizatın buğdayda çimlenme ve fide gelişimi üzerin-deki etkilerini belirlemek için yapılmıştır. Buğday türü olarak Triticum aestivum L.'un "Bora" ve "Esperia" çeşitleri kullanılmıştır. Mantardan elde edilen hidrolizat %1, %0.2, %0.1, ve %0.05 oranlarında seyreltilmiş ve tohumlar çözeltisi içerisinde çimlenmeye alınmıştır. Çalışma kapsamında, tohum çimlenme yüzdesi, çimlenme hızı, yaprak uzunlu-ğu, kök uzunluğu, yaprak ve kök yaş ve kuru ağırlıkları ile toplam klorofil içeriği gibi temel morfolojik ve fizyolojik parametreler değerlendirilmiştir. Denemede, Murashige ve Skoog (MS) besin ortamı içeren ve içermeyen iki temel uygulama grubu oluşturulmuştur. Konrtol grubuna ek olarak farklı konsantrasyonlarda uygulanan mantar hidrolizat çözel-tilsinin çimlenme sürecine anlamlı bir etkisi olmamış ancak fide gelişim sürecinde özellik-le %1'lik konsantrasyonda kök boyu, yaprak boyu, yaş ve kuru ağırlık gibi morfolojik parametrelerde belirgin artışlar sağladığı tespit edilmiştir. En yüksek artış oranları Esperia çeşidinde kök boyunda % 318 ve kök yaş ağırlığında %100 olarak gözlemlenmiştir. Ay-rıca her iki çeşitte de %1 konsantrasyonda, klorofil içeriğinde sırasıyla % 34 (Bora) ve %35 (Esperia) oranında artışa kaydedilmiştir. Elde edilen veriler, uygun dozda mantar hidrolizatlarının, özellikle kök gelişimi ve fotosentetik kapasite üzerinde olumlu etkiler oluşturabileceğini göstermektedir. Ayrıca edilen mantar hidrolizatında %13.08 kuru madde, % 7.55 organik madde, % 5.38 kül ve 39.3 g/L protein içeriği tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu tez kapsamında Laetiporus sulphureus türünden kimyasal hidroliz yön-temi ile elde edilen hidrolizatın kompoze gübre üretimi için potansiyel taşıdığı ve bazı buğday çeşitleri üzerinde olumlu etkileri olduğu belirlenmiştir.
Laetiporus sulphureus (kükürt mantarı)'un buğday bitkisinin gelişimi üzerindeki etkilerin araştırılması
Bu çalışma, organik madde içeriği zengin bir mantar türü olan Laetiporus sulphu-reus'un sıvı kompoze gübre üretimi potansiyelini araştırmak için mantardan kimyasal hidroliz yöntemi ile elde edilen hidrolizatın buğdayda çimlenme ve fide gelişimi üzerin-deki etkilerini belirlemek için yapılmıştır. Buğday türü olarak Triticum aestivum L.'un "Bora" ve "Esperia" çeşitleri kullanılmıştır. Mantardan elde edilen hidrolizat %1, %0.2, %0.1, ve %0.05 oranlarında seyreltilmiş ve tohumlar çözeltisi içerisinde çimlenmeye alınmıştır. Çalışma kapsamında, tohum çimlenme yüzdesi, çimlenme hızı, yaprak uzunlu-ğu, kök uzunluğu, yaprak ve kök yaş ve kuru ağırlıkları ile toplam klorofil içeriği gibi temel morfolojik ve fizyolojik parametreler değerlendirilmiştir. Denemede, Murashige ve Skoog (MS) besin ortamı içeren ve içermeyen iki temel uygulama grubu oluşturulmuştur. Konrtol grubuna ek olarak farklı konsantrasyonlarda uygulanan mantar hidrolizat çözel-tilsinin çimlenme sürecine anlamlı bir etkisi olmamış ancak fide gelişim sürecinde özellik-le %1'lik konsantrasyonda kök boyu, yaprak boyu, yaş ve kuru ağırlık gibi morfolojik parametrelerde belirgin artışlar sağladığı tespit edilmiştir. En yüksek artış oranları Esperia çeşidinde kök boyunda % 318 ve kök yaş ağırlığında %100 olarak gözlemlenmiştir. Ay-rıca her iki çeşitte de %1 konsantrasyonda, klorofil içeriğinde sırasıyla % 34 (Bora) ve %35 (Esperia) oranında artışa kaydedilmiştir. Elde edilen veriler, uygun dozda mantar hidrolizatlarının, özellikle kök gelişimi ve fotosentetik kapasite üzerinde olumlu etkiler oluşturabileceğini göstermektedir. Ayrıca edilen mantar hidrolizatında %13.08 kuru madde, % 7.55 organik madde, % 5.38 kül ve 39.3 g/L protein içeriği tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu tez kapsamında Laetiporus sulphureus türünden kimyasal hidroliz yön-temi ile elde edilen hidrolizatın kompoze gübre üretimi için potansiyel taşıdığı ve bazı buğday çeşitleri üzerinde olumlu etkileri olduğu belirlenmiştir.
Laetiporus sulphureus (kükürt mantarı)'un buğday bitkisinin gelişimi üzerindeki etkilerin araştırılması
Bu çalışma, organik madde içeriği zengin bir mantar türü olan Laetiporus sulphu-reus'un sıvı kompoze gübre üretimi potansiyelini araştırmak için mantardan kimyasal hidroliz yöntemi ile elde edilen hidrolizatın buğdayda çimlenme ve fide gelişimi üzerin-deki etkilerini belirlemek için yapılmıştır. Buğday türü olarak Triticum aestivum L.'un "Bora" ve "Esperia" çeşitleri kullanılmıştır. Mantardan elde edilen hidrolizat %1, %0.2, %0.1, ve %0.05 oranlarında seyreltilmiş ve tohumlar çözeltisi içerisinde çimlenmeye alınmıştır. Çalışma kapsamında, tohum çimlenme yüzdesi, çimlenme hızı, yaprak uzunlu-ğu, kök uzunluğu, yaprak ve kök yaş ve kuru ağırlıkları ile toplam klorofil içeriği gibi temel morfolojik ve fizyolojik parametreler değerlendirilmiştir. Denemede, Murashige ve Skoog (MS) besin ortamı içeren ve içermeyen iki temel uygulama grubu oluşturulmuştur. Konrtol grubuna ek olarak farklı konsantrasyonlarda uygulanan mantar hidrolizat çözel-tilsinin çimlenme sürecine anlamlı bir etkisi olmamış ancak fide gelişim sürecinde özellik-le %1'lik konsantrasyonda kök boyu, yaprak boyu, yaş ve kuru ağırlık gibi morfolojik parametrelerde belirgin artışlar sağladığı tespit edilmiştir. En yüksek artış oranları Esperia çeşidinde kök boyunda % 318 ve kök yaş ağırlığında %100 olarak gözlemlenmiştir. Ay-rıca her iki çeşitte de %1 konsantrasyonda, klorofil içeriğinde sırasıyla % 34 (Bora) ve %35 (Esperia) oranında artışa kaydedilmiştir. Elde edilen veriler, uygun dozda mantar hidrolizatlarının, özellikle kök gelişimi ve fotosentetik kapasite üzerinde olumlu etkiler oluşturabileceğini göstermektedir. Ayrıca edilen mantar hidrolizatında %13.08 kuru madde, % 7.55 organik madde, % 5.38 kül ve 39.3 g/L protein içeriği tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu tez kapsamında Laetiporus sulphureus türünden kimyasal hidroliz yön-temi ile elde edilen hidrolizatın kompoze gübre üretimi için potansiyel taşıdığı ve bazı buğday çeşitleri üzerinde olumlu etkileri olduğu belirlenmiştir.
Yeni tanılı erişkin akut miyeloid lösemili hastalarda, hücre proliferasyonu, hücre farklılaşması ve apopitozis üzerine etkili uzun kodlamayan rna'ların araştırılması
Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA), protein kodlama potansiyeli olmayan ve düzenleyiciler olarak işlev gören, 200 nükleotidten daha uzun olan RNA'lardır. lncRNA'ların birçok hastalık ve kanser ile ilişkili olarak hastalık prognozundaki önemi bildirilmiş ve bazı kanser türlerinde biyobelirteç olarak önerilmiştir. Akut miyeloid lösemi (AML), miyeloid progenitör hücrelerin anormal çoğalması, farklılaşması, hayatta kalmasına neden olan çeşitli genetik anomalilere sahip hematopoetik hücrelerin kanseridir. Yetişkinlerde en sık görülen lösemi türüdür. AML hastalığında genetik alt yapının önemli olduğu Dünya Sağlık Örgütü (WHO), Avrupa Lösemi Net (ELN) ve Uluslararası Konsensus Sınıflandırması (ICC)'nin yakın zamanda güncellediği tanı ve tedavi kılavuzuyla ortaya konmuş olmasına rağmen hastalığın heterojenliği, moleküler mekanizmasının tam olarak aydınlatılmasını kısıtlamaktadır. Yaptığımız çalışmada, AML'nin moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasında hox transkript antisens intergenik RNA (HOTAIR), H19, kolon kanseri ile ilişkili transkript-1(CCAT1) ve mide karsinomu proliferasyonunu arttıran transkript 1 (GHET1)'in ifade düzeyleri ile bu lncRNA'larla ilişkili olan v-MYC miyelositomatoz viral onkogen homoloğu (c-MYC) ve Ras ile ilişkili protein 2B (RAP2B)'nin ifade düzeyleri araştırıldı. lncRNA'ların hücre döngüsüne etkisini siklin bağımlı kinaz 4 (CDK4) ifadesiyle ve apopitoziste olan etkisini de Bcl-2 ile ilişkili X proteini (BAX) ifadesi ile araştırıldı. Araştırmamızda ekspresyon düzeylerinin belirlenmesinde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi kullanıldı. Elde edilen tüm sonuçlar hastaların klinik durumları ve genetik varyasyonları ile değerlendirildi. Araştırdığımız lncRNA'ların AML'de kan ve kemik iliği örneklerindeki ifade oranları arasındaki farka dair bir bilgiye rastlamadığımızdan, öncelikle AML periferik kan ve kemik iliği örneklerindeki ifade düzeyleri karşılaştırıldı. HOTAIR, H19, CCAT1, GHET1, c-MYC, RAP2B, BAX ve CDK4'ün AML periferik kan ile kemik iliği örneklerindeki ifade düzeyleri arasındaki fark istatistiksel açıdan anlamlı değildi (p>0,05). AML hastalarında sağlıklı kontrollere kıyasla HOTAIR ve H19 ifadesinin yüksek olduğu bulundu (p<0,05). HOTAIR'ın NPM1 varyantı taşıyan AML hastalarında yabanıl tipteki hastalara oranla ifadesi artmıştı (p<0,05). AML'li hastalarda sağlıklı kontrollere kıyasla c-MYC ve CDK4'ün ifade düzeyleri yüksek olduğu bulundu (p<0,05). CCAT1, GHET1 ve BAX'ın ifadeleri istatistiksel açıdan anlamlı değildi (p>0,05). RAP2B'nin ifadesi ise AML hastalarındaki ifadesi, sağlıklı kontrollere göre düşüktü (p<0,05). H19 ifade oranları c-MYC ifadesi, monosit düzeyleri, lökosit düzeyleri ve blast yüzdeleri ile pozitif yönde koreleydi. HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1 ve CDK4'ün ifade oranları arasında pozitif yönlü bir ilişki vardı. Sonuçlarımız beraber değerlendirildiğinde; HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1, c-MYC, RAP2B, CDK4 ve BAX'ın AML'li hastaların kemik iliği numunelerinden elde edilen sonuçlar, sağlıklı kontrollerin periferik kanından elde edilen sonuçlar ile kıyaslanabilir. AML'de, HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1'in ifade düzeyleri pozitif yönde ilişkili olarak CDK4 geni ifadesinin artışı üzerinden hücre döngüsünün ilerlemesine katkı sağlayarak lökomogenezde rol oynayabilir. AML'de daha büyük örneklem gruplarıyla elde ettiğimiz sonuçların doğrulanması gerekir Bu bulgular ışığında HOTAIR ve H19, potansiyel bir biyobelirteç olarak kullanılabilir.
Yeni tanılı erişkin akut miyeloid lösemili hastalarda, hücre proliferasyonu, hücre farklılaşması ve apopitozis üzerine etkili uzun kodlamayan rna'ların araştırılması
Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA), protein kodlama potansiyeli olmayan ve düzenleyiciler olarak işlev gören, 200 nükleotidten daha uzun olan RNA'lardır. lncRNA'ların birçok hastalık ve kanser ile ilişkili olarak hastalık prognozundaki önemi bildirilmiş ve bazı kanser türlerinde biyobelirteç olarak önerilmiştir. Akut miyeloid lösemi (AML), miyeloid progenitör hücrelerin anormal çoğalması, farklılaşması, hayatta kalmasına neden olan çeşitli genetik anomalilere sahip hematopoetik hücrelerin kanseridir. Yetişkinlerde en sık görülen lösemi türüdür. AML hastalığında genetik alt yapının önemli olduğu Dünya Sağlık Örgütü (WHO), Avrupa Lösemi Net (ELN) ve Uluslararası Konsensus Sınıflandırması (ICC)'nin yakın zamanda güncellediği tanı ve tedavi kılavuzuyla ortaya konmuş olmasına rağmen hastalığın heterojenliği, moleküler mekanizmasının tam olarak aydınlatılmasını kısıtlamaktadır. Yaptığımız çalışmada, AML'nin moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasında hox transkript antisens intergenik RNA (HOTAIR), H19, kolon kanseri ile ilişkili transkript-1(CCAT1) ve mide karsinomu proliferasyonunu arttıran transkript 1 (GHET1)'in ifade düzeyleri ile bu lncRNA'larla ilişkili olan v-MYC miyelositomatoz viral onkogen homoloğu (c-MYC) ve Ras ile ilişkili protein 2B (RAP2B)'nin ifade düzeyleri araştırıldı. lncRNA'ların hücre döngüsüne etkisini siklin bağımlı kinaz 4 (CDK4) ifadesiyle ve apopitoziste olan etkisini de Bcl-2 ile ilişkili X proteini (BAX) ifadesi ile araştırıldı. Araştırmamızda ekspresyon düzeylerinin belirlenmesinde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi kullanıldı. Elde edilen tüm sonuçlar hastaların klinik durumları ve genetik varyasyonları ile değerlendirildi. Araştırdığımız lncRNA'ların AML'de kan ve kemik iliği örneklerindeki ifade oranları arasındaki farka dair bir bilgiye rastlamadığımızdan, öncelikle AML periferik kan ve kemik iliği örneklerindeki ifade düzeyleri karşılaştırıldı. HOTAIR, H19, CCAT1, GHET1, c-MYC, RAP2B, BAX ve CDK4'ün AML periferik kan ile kemik iliği örneklerindeki ifade düzeyleri arasındaki fark istatistiksel açıdan anlamlı değildi (p>0,05). AML hastalarında sağlıklı kontrollere kıyasla HOTAIR ve H19 ifadesinin yüksek olduğu bulundu (p<0,05). HOTAIR'ın NPM1 varyantı taşıyan AML hastalarında yabanıl tipteki hastalara oranla ifadesi artmıştı (p<0,05). AML'li hastalarda sağlıklı kontrollere kıyasla c-MYC ve CDK4'ün ifade düzeyleri yüksek olduğu bulundu (p<0,05). CCAT1, GHET1 ve BAX'ın ifadeleri istatistiksel açıdan anlamlı değildi (p>0,05). RAP2B'nin ifadesi ise AML hastalarındaki ifadesi, sağlıklı kontrollere göre düşüktü (p<0,05). H19 ifade oranları c-MYC ifadesi, monosit düzeyleri, lökosit düzeyleri ve blast yüzdeleri ile pozitif yönde koreleydi. HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1 ve CDK4'ün ifade oranları arasında pozitif yönlü bir ilişki vardı. Sonuçlarımız beraber değerlendirildiğinde; HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1, c-MYC, RAP2B, CDK4 ve BAX'ın AML'li hastaların kemik iliği numunelerinden elde edilen sonuçlar, sağlıklı kontrollerin periferik kanından elde edilen sonuçlar ile kıyaslanabilir. AML'de, HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1'in ifade düzeyleri pozitif yönde ilişkili olarak CDK4 geni ifadesinin artışı üzerinden hücre döngüsünün ilerlemesine katkı sağlayarak lökomogenezde rol oynayabilir. AML'de daha büyük örneklem gruplarıyla elde ettiğimiz sonuçların doğrulanması gerekir Bu bulgular ışığında HOTAIR ve H19, potansiyel bir biyobelirteç olarak kullanılabilir.
Yeni tanılı erişkin akut miyeloid lösemili hastalarda, hücre proliferasyonu, hücre farklılaşması ve apopitozis üzerine etkili uzun kodlamayan rna'ların araştırılması
Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA), protein kodlama potansiyeli olmayan ve düzenleyiciler olarak işlev gören, 200 nükleotidten daha uzun olan RNA'lardır. lncRNA'ların birçok hastalık ve kanser ile ilişkili olarak hastalık prognozundaki önemi bildirilmiş ve bazı kanser türlerinde biyobelirteç olarak önerilmiştir. Akut miyeloid lösemi (AML), miyeloid progenitör hücrelerin anormal çoğalması, farklılaşması, hayatta kalmasına neden olan çeşitli genetik anomalilere sahip hematopoetik hücrelerin kanseridir. Yetişkinlerde en sık görülen lösemi türüdür. AML hastalığında genetik alt yapının önemli olduğu Dünya Sağlık Örgütü (WHO), Avrupa Lösemi Net (ELN) ve Uluslararası Konsensus Sınıflandırması (ICC)'nin yakın zamanda güncellediği tanı ve tedavi kılavuzuyla ortaya konmuş olmasına rağmen hastalığın heterojenliği, moleküler mekanizmasının tam olarak aydınlatılmasını kısıtlamaktadır. Yaptığımız çalışmada, AML'nin moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasında hox transkript antisens intergenik RNA (HOTAIR), H19, kolon kanseri ile ilişkili transkript-1(CCAT1) ve mide karsinomu proliferasyonunu arttıran transkript 1 (GHET1)'in ifade düzeyleri ile bu lncRNA'larla ilişkili olan v-MYC miyelositomatoz viral onkogen homoloğu (c-MYC) ve Ras ile ilişkili protein 2B (RAP2B)'nin ifade düzeyleri araştırıldı. lncRNA'ların hücre döngüsüne etkisini siklin bağımlı kinaz 4 (CDK4) ifadesiyle ve apopitoziste olan etkisini de Bcl-2 ile ilişkili X proteini (BAX) ifadesi ile araştırıldı. Araştırmamızda ekspresyon düzeylerinin belirlenmesinde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi kullanıldı. Elde edilen tüm sonuçlar hastaların klinik durumları ve genetik varyasyonları ile değerlendirildi. Araştırdığımız lncRNA'ların AML'de kan ve kemik iliği örneklerindeki ifade oranları arasındaki farka dair bir bilgiye rastlamadığımızdan, öncelikle AML periferik kan ve kemik iliği örneklerindeki ifade düzeyleri karşılaştırıldı. HOTAIR, H19, CCAT1, GHET1, c-MYC, RAP2B, BAX ve CDK4'ün AML periferik kan ile kemik iliği örneklerindeki ifade düzeyleri arasındaki fark istatistiksel açıdan anlamlı değildi (p>0,05). AML hastalarında sağlıklı kontrollere kıyasla HOTAIR ve H19 ifadesinin yüksek olduğu bulundu (p<0,05). HOTAIR'ın NPM1 varyantı taşıyan AML hastalarında yabanıl tipteki hastalara oranla ifadesi artmıştı (p<0,05). AML'li hastalarda sağlıklı kontrollere kıyasla c-MYC ve CDK4'ün ifade düzeyleri yüksek olduğu bulundu (p<0,05). CCAT1, GHET1 ve BAX'ın ifadeleri istatistiksel açıdan anlamlı değildi (p>0,05). RAP2B'nin ifadesi ise AML hastalarındaki ifadesi, sağlıklı kontrollere göre düşüktü (p<0,05). H19 ifade oranları c-MYC ifadesi, monosit düzeyleri, lökosit düzeyleri ve blast yüzdeleri ile pozitif yönde koreleydi. HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1 ve CDK4'ün ifade oranları arasında pozitif yönlü bir ilişki vardı. Sonuçlarımız beraber değerlendirildiğinde; HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1, c-MYC, RAP2B, CDK4 ve BAX'ın AML'li hastaların kemik iliği numunelerinden elde edilen sonuçlar, sağlıklı kontrollerin periferik kanından elde edilen sonuçlar ile kıyaslanabilir. AML'de, HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1'in ifade düzeyleri pozitif yönde ilişkili olarak CDK4 geni ifadesinin artışı üzerinden hücre döngüsünün ilerlemesine katkı sağlayarak lökomogenezde rol oynayabilir. AML'de daha büyük örneklem gruplarıyla elde ettiğimiz sonuçların doğrulanması gerekir Bu bulgular ışığında HOTAIR ve H19, potansiyel bir biyobelirteç olarak kullanılabilir.
Yeni tanılı erişkin akut miyeloid lösemili hastalarda, hücre proliferasyonu, hücre farklılaşması ve apopitozis üzerine etkili uzun kodlamayan rna'ların araştırılması
Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA), protein kodlama potansiyeli olmayan ve düzenleyiciler olarak işlev gören, 200 nükleotidten daha uzun olan RNA'lardır. lncRNA'ların birçok hastalık ve kanser ile ilişkili olarak hastalık prognozundaki önemi bildirilmiş ve bazı kanser türlerinde biyobelirteç olarak önerilmiştir. Akut miyeloid lösemi (AML), miyeloid progenitör hücrelerin anormal çoğalması, farklılaşması, hayatta kalmasına neden olan çeşitli genetik anomalilere sahip hematopoetik hücrelerin kanseridir. Yetişkinlerde en sık görülen lösemi türüdür. AML hastalığında genetik alt yapının önemli olduğu Dünya Sağlık Örgütü (WHO), Avrupa Lösemi Net (ELN) ve Uluslararası Konsensus Sınıflandırması (ICC)'nin yakın zamanda güncellediği tanı ve tedavi kılavuzuyla ortaya konmuş olmasına rağmen hastalığın heterojenliği, moleküler mekanizmasının tam olarak aydınlatılmasını kısıtlamaktadır. Yaptığımız çalışmada, AML'nin moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasında hox transkript antisens intergenik RNA (HOTAIR), H19, kolon kanseri ile ilişkili transkript-1(CCAT1) ve mide karsinomu proliferasyonunu arttıran transkript 1 (GHET1)'in ifade düzeyleri ile bu lncRNA'larla ilişkili olan v-MYC miyelositomatoz viral onkogen homoloğu (c-MYC) ve Ras ile ilişkili protein 2B (RAP2B)'nin ifade düzeyleri araştırıldı. lncRNA'ların hücre döngüsüne etkisini siklin bağımlı kinaz 4 (CDK4) ifadesiyle ve apopitoziste olan etkisini de Bcl-2 ile ilişkili X proteini (BAX) ifadesi ile araştırıldı. Araştırmamızda ekspresyon düzeylerinin belirlenmesinde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi kullanıldı. Elde edilen tüm sonuçlar hastaların klinik durumları ve genetik varyasyonları ile değerlendirildi. Araştırdığımız lncRNA'ların AML'de kan ve kemik iliği örneklerindeki ifade oranları arasındaki farka dair bir bilgiye rastlamadığımızdan, öncelikle AML periferik kan ve kemik iliği örneklerindeki ifade düzeyleri karşılaştırıldı. HOTAIR, H19, CCAT1, GHET1, c-MYC, RAP2B, BAX ve CDK4'ün AML periferik kan ile kemik iliği örneklerindeki ifade düzeyleri arasındaki fark istatistiksel açıdan anlamlı değildi (p>0,05). AML hastalarında sağlıklı kontrollere kıyasla HOTAIR ve H19 ifadesinin yüksek olduğu bulundu (p<0,05). HOTAIR'ın NPM1 varyantı taşıyan AML hastalarında yabanıl tipteki hastalara oranla ifadesi artmıştı (p<0,05). AML'li hastalarda sağlıklı kontrollere kıyasla c-MYC ve CDK4'ün ifade düzeyleri yüksek olduğu bulundu (p<0,05). CCAT1, GHET1 ve BAX'ın ifadeleri istatistiksel açıdan anlamlı değildi (p>0,05). RAP2B'nin ifadesi ise AML hastalarındaki ifadesi, sağlıklı kontrollere göre düşüktü (p<0,05). H19 ifade oranları c-MYC ifadesi, monosit düzeyleri, lökosit düzeyleri ve blast yüzdeleri ile pozitif yönde koreleydi. HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1 ve CDK4'ün ifade oranları arasında pozitif yönlü bir ilişki vardı. Sonuçlarımız beraber değerlendirildiğinde; HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1, c-MYC, RAP2B, CDK4 ve BAX'ın AML'li hastaların kemik iliği numunelerinden elde edilen sonuçlar, sağlıklı kontrollerin periferik kanından elde edilen sonuçlar ile kıyaslanabilir. AML'de, HOTAIR, H19, GHET1, CCAT1'in ifade düzeyleri pozitif yönde ilişkili olarak CDK4 geni ifadesinin artışı üzerinden hücre döngüsünün ilerlemesine katkı sağlayarak lökomogenezde rol oynayabilir. AML'de daha büyük örneklem gruplarıyla elde ettiğimiz sonuçların doğrulanması gerekir Bu bulgular ışığında HOTAIR ve H19, potansiyel bir biyobelirteç olarak kullanılabilir.