Mi-1.2 geni taşıyan domateslerin meloidogyne incognita'nın avirülent ve mi-1 virülent izolatlarına tepkilerinin araştırılması

Domates, dünyada yetiştirilen en önemli sebzelerden biridir. Kök-ur nematodları, domateste ürün kayıplarına neden olmaktadır. Domatesteki Mi-1.2 geni; Meloidogyne incognita, M. javanica ve M. arenaria türlerine dayanıklılık sağlamaktadır. Bununla birlikte virulent kök-ur nematod popülasyonları bu geni aşabilmektedir. Bu çalışmada kontrollü koşullar altında M. incognita'nın avirulent G7 ve virulent V6 izolatlarına karşı Mi-1.2 geninin ifade değişimi real time PCR (qPCR) ile incelenmiştir. Bunun için dayanıklı domates fidelerine, G7 ve V6 izolatları ile kontrollü koşullar altında ayrı ayrı inokulasyon yapılmıştır. Bitkiler, inokulasyondan 48, 96 ve 192 saat sonra sökülmüştür. Her bir tekerrürü oluşturan bitkilerin köklerinden toplam RNA izolasyonu yapılmış ve bu RNA'lardan cDNA'lar oluşturulmuştur. İki SYBR Green I primeri ve iki TaqMan probu kullanılarak örneklerin qPCR analizleri gerçekleştirilmiştir. Real Time PCR analizlerinde, her bir örnek için üç biyolojik tekerrür kullanılmış ve ΔCT, ΔΔCT, 2 –ΔΔCT ve değişim katsayısı değerleri hesaplanmıştır. Sonuçlar, avirülent ve virulent izolatlar ile inoküle edilen bitkilerin Mi-1.2 gen ifade düzeylerinin primer setlerine ve zamana göre değişebildiği göstermiştir. Avirülent ve virülent izolatlara karşı Mi-1.2 gen ifade değişimini daha güvenilir bir şekilde ölçmek için gelecek çalışmalarda kullanılacak materyallerin RNA seq analizleri yapılabilir