Adana-Mersin illerinde şeftali ve nektarin üretim alanlarında hastalıklara neden olan viroidlerin moleküler yöntemlerle saptanması ve karakterizasyonu

Bu tez çalışması Adana, Mersin illerindeki şeftali ve nektarin üretim alanlarında viroidleri moleküler yöntemlerle saptamak, tespit edilen viroid etmenlerini tanımlamak, bu viroidlerin biyolojik özelliklerini ve patojenite etkilerini ortaya koymak amacıyla yürütülmüştür. 2022-2024 yılları arasında yapılan surveylerde, 92'si Adana (53 nektarin, 39 şeftali) ve 98'i Mersin (90 nektarin, 8 şeftali) ilinden olmak üzere toplam 190 örnek toplanmış ve tez çalışmasında kullanılmıştır. RT-PCR ve RT-qPCR testleri ile 23 örnekte Şeftali latent mozaik viroidi (Pelamoviroid latenspruni, PLMVd)'nin varlığı saptanmış olup, örneklerin hiçbirinde Şerbetçi otu cücelik viroidi (Hostuviroid impedihumuli, HSVd) tespit edilmemiştir. RT-PCR sonucuna göre PLMVd için 339 bp büyüklüğünde bant elde edilmiş olup, Adana ilinde toplanan nektarin örneklerinde bulaşıklık oranı %18.87, şeftali örneklerinde %10.26 iken, bu oran Mersin ilindeki nektarin örneklerinde %6.67, şeftali örneklerinde ise %37.5 olarak tespit edilmiştir. Genel olarak, toplanan örneklerde PLMVd'nin bulaşıklık oranı ise, %12.11 olarak hesaplanmıştır. Seçili bazı infekteli örneklerde PLMVd'nin farklı bitki dokularındaki (kök, yaprak, sürgün, çiçek, meyve) dağılımı incelenmiş, sürgün ve yaprak dokularında viroidin daha yoğun olduğu saptanmıştır. Ayrıca PLMVd etmeninin ağaçtaki dağılımını incelemek amacıyla seçili infekteli şeftali (Ufo-yassı şeftali) ve nektarin (Patagonia) ağaçlarının dört farklı yönünden (kuzey, güney, doğu, batı) alınan ve RT-PCR'ı yapılan yaprak örneklerinden de pozitif sonuç alınmıştır. Real-Time PCR sonuçlarına göre ise, PLMVd yoğunluğu örnekler arasında farklılık göstermiştir. Filogenetik analizler, Adana ve Mersin illerinde tespit edilen DNA dizilemesi yapılan tam genomlu PLMVd izolatlarının genbankasından seçilen dünya genelindeki diğer PLMVd izolatları ile %88-%91 oranda genetik benzerlik gösterdiğini ortaya koymuştur. Seçili bazı PLMVd izolatları ile yapılan ikincil yapı analizleri RNA yapısının çekiçbaşlı (hammerhead) ve çok dallanmış bir yapıya sahip olduğunu ve bu yapıların uluslararası referanslarla benzerlik taşıdığını göstermiştir. Bu yapıların herbirinde bir çekiçbaşı yapısı ve toplam 11 loop ile 11 pseudoknot bulunduğu tespit edilmiştir. Ayrıca çekiçbaşlı yapıda korunan dörtlü (4-bp) nükleotid dizileri görülmüş ve özellikle HHH (kissing hairpin) tipi 8. pseudoknot oluşturabileceği gözlemlenmiştir. Biyolojik tanılama çalışmalarında, kullanılan test bitkilerinde (Prunus persica GF-677 ve Prunus persica Garnem) yapraklarda mozaikleşme, albinizm, kloroz, şekil bozukluğu, buruşukluk, kıvırcıklaşma ve yaprakların daralması gibi belirtiler gözlenmiş, tespiti yapılan PLMVd etmenin varlığı biyolojik olarak da doğrulanmıştır.