Anoxybacıllus gonensis 05s15'ten izole edilen yeni, küçük ve halkasal bir plazmitin (pAnox1) karakterizasyonu

Bu çalışmada, Anoxybacillus gonensis 05S15 bakterisinden izole edilen ve tanımlanan, 1592 bp uzunluğunda, kriptik, küçük genomlu, çift zincirli, % 40,01 GC içerikli yeni bir plazmit (pAnox1) karakterize edildi. pAnox1 nükleotit dizini ile yapılan BLAST benzerlik araştırmalarına göre diğer plazmitlere önemli ölçüde benzemediği ama replikasyondan sorumlu proteinlerinde benzer bölgelere sahip olduğu bulundu. Yapılan biyoinformatik analizler sonucunda; plazmit genomu üzerinde muhtemel 5 ORF bölgesi belirlendi. Bu ORF'lerden üçü bir zincir, diğer ikisi ise karşı zincir üzerinde bulunmaktadır ve her iki zincirde üç palindrom ve iki iteron dizi tespit edildi. Southern hibridizasyon çalışması yapılarak plazmitin RC replikasyon moduna sahip olduğu belirlendi. Yapılan çalışma sonucunda pAnox1 plazmitinin 3 adet transkript kodladığı ve buna göre de aynı oryantasyonda bulunan ORF-1 ve ORF-3, karşı oryantasyonda bulunan ORF-5'in transkript kodladığı sonucu elde edildi. RACE ve LACE analizleri sonucunda, pAnox1 tarafından kodlanan ORF1 transkriptin 903 bp, ORF3 transkriptin 499 bp, ORF5 transkriptin 211 bp kodladığı ortaya çıkarıldı.