Antalya, Aydın ve Denizli illerinden farklı konukçulardan toplanan pamuk unlubiti [Phenacoccus solenopsis Tinsley (Hemiptera: Pseudococcidae)] popülasyonlarında ddRAD yöntemi ile genetik yapı ve endosmbiyontların belirlenmesi

Bu çalışmada, istilacı ve ekonomik açıdan önemli bir zararlı olan Phenacoccus solenopsis Tinsley, 1898 (Hemiptera: Pseudococcidae) türü Antalya, Aydın ve Denizli illerinden toplanan örnekler üzerinden genetik varyasyon ve popülasyon düzeyindeki yapısal özellikler bakımından incelenmiştir. Çalışmanın temel amacı, ddRAD (double digest Restriction-site Associated DNA) teknolojisi kullanılarak bu türün genetik çeşitliliğini ve popülasyon yapısını ortaya koymaktır. Ayrıca, aynı örnek bireylerde simbiyotik ilişki içerisinde bulunan endosimbiyont bakterilerin varlığı ve olası etkileri de değerlendirilmiştir. Arazi çalışmaları kapsamında, 25 farklı lokasyondan toplam 125 dişi birey toplanmış; örneklerin DNA izolasyonu CTAB protokolü kullanılarak laboratuvar ortamında gerçekleştirilmiştir. Yeni nesil dizileme (NGS) analizleri sonucunda toplamda 40.165 yüksek kaliteli ve güvenilir SNP verisi elde edilmiştir. Elde edilen bu veriler, STRUCTURE ve PCoA (Principal Coordinates Analysis) gibi popülasyon genetiği analizlerinde kullanılmıştır. STRUCTURE analizinden elde edilen sonuçlar, STRUCTURE Selector web sitesi ile görselleştirilmiş ve dört temel genetik alt popülasyonun varlığı ortaya konmuştur. Özellikle Denizli ve Antalya illerine ait bireylerde yüksek düzeyde genetik farklılaşmalar tespit edilmiştir. Fst analizleri de bu farklılaşmaları desteklemiş ve ortalama Fst değeri 0.2832 olarak belirlenmiştir. Farklı konukçu bitkilerden elde edilen bireyler karşılaştırıldığında, konukçu bazında anlamlı bir genetik ayrışma gözlemlenmemiştir. Hardy-Weinberg dengesi, heterozigotluk oranları ve kaplama (coverage) analizler ile elde edilen verilerin yüksek güvenilirliğe sahip olduğunu göstermiştir. Ayrıca, MEGA 12 yazılımı kullanılarak UPGMA metoduna dayalı bir filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Endosimbiyont analizlerinde ise tüm bireylerde, türün bilinen birincil simbiyontu olan Candidatus Tremblaya phenacola tespit edilmiştir. Endosimbiyont miktarı açısından incelenen bireylerde farklılıklar olmasına rağmen, bölgesel ve/veya konukçu bitkiye özgü bir farklılaşma tespit edilmemiştir.