Antitümör ve antikanserojen etkili bazı schıff bazı moleküllerinin moleküler yerleştirme yöntemi ile incelenmesi

Kristal yapıların aydınlatılması için en yaygın kullanılan yöntemlerden biri kristalografidir. Kristallerin fizikokimyasal özellikleri kristalografi ile aydınlatılabilir. Kristalografi fizik temelli bir yöntem olmasına rağmen birçok pozitif bilimde de kullanılmaktadır. Mikro parçacıklı yapıların aydınlatılması için bu yapıların sahip olduğu enerjinin ve ondan türetilen birçok özelliğin aydınlatılması gerekmektedir. Yapı çözümünün sağlanabilmesi için Schrödinger denkleminin çözümünden dolayısıyla kuantum mekaniği hesaplamalarından yararlanılmaktadır. Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi, Schrödinger denkleminin çözümü için en sık kullanılan yaklaşıklıkları sağlamaktadır. Moleküllerin yapı çözümlenmesinde WinGX yazılımı içerisinde bulunmakta olan SHELXS 13 programı ile en küçük kareler yöntemi kullanılarak arıtım gerçekleştirilmiştir. Yapıya ait özelliklerin belirlenmesi için yapılan kuramsal hesaplamalar çalışmaları Gaussian 09W ve GaussView 6.0 programı ile gerçekleştirilmiştir. Kuramsal hesaplamaları gerçekleştirilirken B3LYP/6-311G(d,p) fonksiyoneli kullanılmıştır. Hirshfeld yüzey analizinin yapılmasında Crystal Explorer programı kullanılmıştı. Moleküler yerleştirme yönteminin uygulanmasında AutoDock Vina ve Chimera programları birlikte kullanılmıştır. Aynı zamanda kullanılan proteinin kristal yapısı Protein Veri Bankası üzerinden elde edilmiştir (ID: 1t46). Yapıya ait Hirshfeld yüzey analizi, HOMO ve LUMO sınır moleküler orbitalleri, moleküler elektrostatik potansiyelleri, elektronik parametreler, termokimyasal parametreler, NBO analizi, NLO analizi ve moleküler yerleştirme hesaplamaları gerçekleştirilmiştir.