6
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Relativistik ortalama alan modeli için nükleer etkileşme parametrelerinin iyileştirilmesi
Kararlı bölgedeki çekirdekler ile proton ve nötron bakımından zengin olan çekirdekleri de kapsayan geniş bir bölgede bağlanma enerjisi, tek parçacık enerji seviyeleri, elektrik momentler, yük ve nükleon yarıçapları gibi çekirdek özelliklerinin hesaplanabilmesi, ortalama alan yaklaşımı kullanılarak yapılabilmektedir. Kuantum hidrodinamiği temelli Relativistik Ortalama Alan (RMF) modeli, gerek fenomenolojisinden kaynaklı nükleer etkileşmeyi betimlemedeki başarısı ve gerekse daha yoğun nükleer madde araştırmalarında kullanılabilme özelliğinden dolayı başarılı bir modeldir. Bu model, nükleonların çeşitli mezonların değiş-tokuşu ile etkileştiği varsayımı üzerine kuruludur. Bundan dolayı mezon kütleleri, mezon-nükleon çiftlenim sabitleri ve bazı mezonlar için öz çiftlenim terimleri az sayıda çekirdeğin deneysel verileri yardımı ile ayarlanarak periyodik tabloyu kapsayan geniş bir bölgede çekirdeklerin nükleer taban durum özellikleri hesaplanabilmektedir. Bu da, mezon kütleleri ve etkileşme sabitlerinden oluşan parametre setinin iyi belirlenmesini gerektirmektedir. Bu tez çalışmasında doğrusal olmayan RMF modeli için parametre setinin, standart fitleme yerine, doğrusal olmayan ilişkilerin belirlenmesinde başarılı bir biçimde kullanılan Yapay Sinir Ağları (YSA) ile nasıl iyileştirilebileceği üzerine bir araştırma yapılmıştır. Bu çerçevede DEFNE olarak adlandırılan yeni bir RMF model parametre seti geliştirilerek periyodik tabloyu kapsayan geniş bir bölgede bu yeni parametre setinin etkinliği test edilmiştir. Bu tez çalışması sayesinde YSA metodunun RMF modeli parametre setlerinin değerleri ile bu parametrelerin RMF modelinde kullanılması ile elde edilen çeşitli nükleer özelliklerin değerleri arasındaki doğrusal olmayan ilişkiyi belirleyebildiği ortaya çıkarılmıştır. Bu belirlemenin ardından RMF modeli için DEFNE olarak adlandırılan parametre seti geliştirilmiştir. Bu parametre seti periyodik tabloda hafiften ağır çekirdek bölgesine doğru uzanan yaklaşık 140 çekirdeğin taban durum bağlanma enerjisi ve yük yarıçapının RMF modeli ile hesaplanmasında kullanılmıştır. Elde edilen çekirdek taban durum bağlanma enerjisi değerleri RMF modeli için geliştirilmiş NL3* parametre setinden elde edilen değerler, Hartree-Fock-Bogoliubov metodu (SKP ve SLy4 parametre setleri ile) sonuçları ve sıvı damlası modelinden elde edilen değerler ile karşılaştırılmıştır. Yapılan analizler sonucunda yeni geliştirilen DEFNE parametre setinin periyodik tabloyu kapsayan geniş bir bölgede çekirdek bağlanma enerjileri ve yük yarıçaplarının başarılı bir şekilde tahmininde etkin olduğu belirlenmiştir. Bununla birlikte geliştirilen bu parametre setinin nükleer madde özellikleri incelendiğinde çekirdeklerin yüzey özelliklerinin belirlenmesinde çok etkin olmayabileceği sonucuna varılabilir. Bu durum sigma mezonun öz etkileşme terimlerinden kaynaklı olup RMF modeli için parametre setinin geliştirilmesi süreçlerinde mezon-nükleon ve mezonların öz etkileşme parametrelerinin birbirinden bağımsız olarak ele alınması önerilmektedir.
Bazı Schiff bazı bileşiklerin moleküler özelliklerinin kuantum mekaniksel yöntemlerle incelenmesi
BAZI SCHİFF BAZI BİLEŞİKLERİN MOLEKÜLER ÖZELLİKLERİNİN KUANTUM MEKANİKSEL YÖNTEMLERLE İNCELENMESİ ÖZET Bu tez, (Z)-6-{[1,3-dihidroksi-2-(hidroksimetil)propan-2-ilamino]metilen}-2-metoksi-4-{(E)-[3-(triflorometil)fenil]diazenil}sikloheksa-2,4-dienon [C19H20F3N3O5], 4-[(2-hidroksifenilimino)metil]fenol [C13H11NO2] ve (E)-4-((E)-(2-klorofenil)diazenil)-6-((1,3-dihidroksi-2-(hidroksimetil) propan-2-ilamino) metilen) - 2 - metoksisiklohekza-2,4-dienon [C18H20ClN3O5] organik moleküllerinin kuantum mekaniksel yöntemlerle elde edilen bazı özelliklerini içermektedir. Teorik hesaplamalarda Gaussian 03W ve GaussView 4.1.2 yazılımları kullanılmıştır. Hesaplamalarda tüm moleküllerin gaz fazındaki yalıtılmış durumda kararlı yapıları Hartree-Fock (HF) Kuramı temel alınarak incelenmiştir. Hartree-Fock Kuramı çerçevesinde potansiyel enerji yüzeyleri üzerindeki global minimumlara karşılık gelen en kararlı geometriyi bulmak üzere geometri optimizasyonu, Mulliken yükleri, dipol momentler, moleküler elektrostatik potansiyeller, sınır orbitalleri, kimyasal parametreler, termodinamik özellikler 6-31G(d,p) baz setiyle elde edilmiştir. Böylelikle, elde edilen teorik sonuçlar deneysel sonuçlarla desteklenmiş ve ayrıntılı bir şekilde tartışılmıştır. Ayrıca, bu tez çalışmasında Hirshfeld yüzey analizi incelenen moleküller için yapılmıştır. Anahtar Kelimeler: Kristal yapı, Moleküler modelleme, Hartree-Fock, 6-31G(d,p), Hirshfeld yüzey analizi
Heterohalkalı iki azometin bileşiğinin moleküler ve elektronik yapılarının deneysel ve kuantum kimyasal hesaplamalı yöntemlerle incelenmesi
Bu tez çalışmasında, Schiff bazı olan (E)-3-metoksi-2-[(3-metilpiridin-2-ilimino)metil]fenol (I) ve (E)-3-metoksi-2-[(4-metilpiridin-2-ilimino)metil]fenol (II) organik moleküllerinin, yapısal ve elektronik özellikleri tek kristal X-ışınları kırınımı, IR, NMR ve kuramsal hesaplama yöntemleri kullanılarak incelenmiştir. Moleküllerin kristal yapıları direkt yöntemler ile SHELXS-13 programı kullanılarak belirlenmiş, atomik parametrelerin arıtılması ise en küçük kareler yöntemi ile SHELXL-13 programı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Moleküllerin tautomerik formları, geometrik yapı parametreleri (bağ uzunlukları, bağ açıları, torsiyon açıları), molekül içi ve moleküller arası etkileşimleri hakkında bilgiler elde edilmiştir. Kuramsal hesaplamalarda Gaussian 03W ve GaussView 4.1.2 paket programları kullanılarak, Yoğunluk Fonksiyoneli Kuramı (YFK) yöntemi ile kristallerin moleküler geometrileri, IR ve NMR spektrumları teorik olarak belirlenmiştir. Ayrıca YFK kapsamında moleküllerin toplam enerji değerleri, dipol momentleri, Mulliken yükleri, moleküler elektrostatik potansiyelleri (MEP), sınır orbitalleri (HOMO ve LUMO), kimyasal parametreler, doğrusal olmayan optik (NLO) özellikleri ve doğal bağ orbital (NBO) analizleri B3LYP/6-31G(d,p) düzeyinde gerçekleştirilen hesaplamalar ile elde edilmiştir. Kuramsal hesaplamalar ile deneysel verilerin uyum içerisinde olduğu belirlenmiştir. Böylece deneysel sonuçlar kuramsal hesaplamalar ile desteklenmiş ve deneysel yöntemlerle elde edilen sonuçlara yeni bilgiler eklenmiştir.
Antitümör ve antikanserojen etkili bazı schıff bazı moleküllerinin moleküler yerleştirme yöntemi ile incelenmesi
Kristal yapıların aydınlatılması için en yaygın kullanılan yöntemlerden biri kristalografidir. Kristallerin fizikokimyasal özellikleri kristalografi ile aydınlatılabilir. Kristalografi fizik temelli bir yöntem olmasına rağmen birçok pozitif bilimde de kullanılmaktadır. Mikro parçacıklı yapıların aydınlatılması için bu yapıların sahip olduğu enerjinin ve ondan türetilen birçok özelliğin aydınlatılması gerekmektedir. Yapı çözümünün sağlanabilmesi için Schrödinger denkleminin çözümünden dolayısıyla kuantum mekaniği hesaplamalarından yararlanılmaktadır. Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi, Schrödinger denkleminin çözümü için en sık kullanılan yaklaşıklıkları sağlamaktadır. Moleküllerin yapı çözümlenmesinde WinGX yazılımı içerisinde bulunmakta olan SHELXS 13 programı ile en küçük kareler yöntemi kullanılarak arıtım gerçekleştirilmiştir. Yapıya ait özelliklerin belirlenmesi için yapılan kuramsal hesaplamalar çalışmaları Gaussian 09W ve GaussView 6.0 programı ile gerçekleştirilmiştir. Kuramsal hesaplamaları gerçekleştirilirken B3LYP/6-311G(d,p) fonksiyoneli kullanılmıştır. Hirshfeld yüzey analizinin yapılmasında Crystal Explorer programı kullanılmıştı. Moleküler yerleştirme yönteminin uygulanmasında AutoDock Vina ve Chimera programları birlikte kullanılmıştır. Aynı zamanda kullanılan proteinin kristal yapısı Protein Veri Bankası üzerinden elde edilmiştir (ID: 1t46). Yapıya ait Hirshfeld yüzey analizi, HOMO ve LUMO sınır moleküler orbitalleri, moleküler elektrostatik potansiyelleri, elektronik parametreler, termokimyasal parametreler, NBO analizi, NLO analizi ve moleküler yerleştirme hesaplamaları gerçekleştirilmiştir.
Bazı hidrazon türevi bileşiklerin yapısal özelliklerinin kuramsal yöntemlerle incelenmesi
Bu tez, halojen içeren hidrazonlu etil 4-kloro-2-[(2-nitrofenil)hidrazono]-3-oksobutirat, etil 4-kloro-2-[(4-nitrofenil)hidrazono]-3-oksobutirat ve (Z)-etil 4-kloro-2-[(4-klorofenil)hidrazono]-3-oksobutanoat moleküllerinin teorik olarak moleküler modellemesini içermektedir. Bu çalışmada, Gaussian 03W ve GaussView 4.1.2 paket programları içeriğinde yer alan Yoğunluk Fonksiyonel Teori (YFK) metodu kullanılarak teorik hesaplamalar gerçekleştirilmiştir. Bu hesaplamalar, kristal yapıların moleküler geometrilerinin teorik olarak belirlenmesinde kullanılan yöntemler arasında yer almaktadır. B3LYP/6-311G(d,p) seviyesinde yapılan hesaplamalarla moleküler yapıların Mulliken kısmi yük değerleri, doğrusal olmayan optik özellikleri (dipol momentleri, polarizasyon ve hiperpolarizasyon değerleri), elektronik yapı parametreleri (elektrofilik indeksi, kimyasal potansiyeli, elektronları çekme gücü, maksimum yük transfer parametresi, kimyasal sertlik, kimyasal yumuşaklık), sınır orbitalleri (HOMO ve LUMO), moleküler elektrostatik potansiyel haritaları, ile termodinamik özellikleri belirlenmiştir. Teorik hesaplamalar ile deneysel verilerin uyum içinde olduğu gözlemlenmiş ve bu sayede deneysel sonuçlara yeni bulgular eklenerek desteklenmiştir. X-ışını difraktometresinden elde edilen verilerin analizi sonucunda yapılan Hirshfeld yüzey analizleri için incelenen moleküllerin .cif uzantılı dosyaları kullanılmıştır. Ayrıca reseptör ve belirli ligantlar arasındaki etkileşim olasılığını incelemek amacıyla moleküler kenetleme yöntemi uygulanmıştır.
(E)-4-brom-2-tert-bütil-6-[(2-klorofenilimino)metil]fenol bileşiğinin yapısal özelliklerinin deneysel X-ışını kırınımı ve kuramsal yöntemlerle incelenmesi
Bu tez çalışması, Schiff bazı olan (E)-4-brom-2-tert-bütil-6-[(2-klorofenilimino)metil]fenol (C17H17BrClNO) bileşiğinin tek kristal X-ışını kırınımı yöntemiyle incelenmesi ve kuantum mekaniksel hesaplamaları üzerine planlanmıştır. İncelenen kristalin X-ışınları kırınımı verileri Sinop Üniversitesi Bilimsel ve Teknolojik Araştırmalar Uygulama ve Araştırma Merkezi (SUBITAM) bünyesinde bulunan Bruker D8-QUEST difraktometresi ile toplanmıştır. Elde edilen veriler ile kristal yapının çözüm işlemi gerçekleştirilmiş, moleküllerin geometrik ve termal parametreleri ile molekül içi ve moleküller arası etkileşimleri belirlenmiştir. (C17H17BrClNO) bileşiği monoklinik P21/n uzay grubunda çözülmüş ve birim hücre parametreleri a=8,1741(7) Å, b=9,1175(8) Å, c=22,033(2) Å, α=γ=90,00º, β=94,382(3)º olarak belirlenmiştir. Bileşiğin tautomerizasyonunu belirleyen C=N ve C-O bağ uzunlukları incelendiğinde molekülün fenol imin tautomerik formunda kristallendiği tespit edilmiştir. Moleküldeki iki benzen halkası arasındaki açı değeri molekülün düzlemsellikten saptığını göstermektedir. Bu durumda (E)-4-brom-2-tert-bütil-6-[(2-klorofenilimino)metil]fenol bileşiğinin fotokromik özelliğe sahip olabileceği söylenebilir. Moleküller arası meydana gelen zayıf C–H∙∙∙Br ve C–H∙∙∙Cl hidrojen bağlarının birleşimi sonucunda [110] doğrultusu boyunca kendini tekrarlayan R21(6), R22(8), R21(6) ve R22(8) halkaları meydana gelmektedir. Yapı aynı zamanda benzen halka merkezleri arasında meydana gelen bir adet moleküller arası π∙∙∙π etkileşimine sahiptir. Tek kristal X-ışınları analizine ek olarak moleküle ait kuramsal hesaplamalar Gaussian 03W yazılımı bünyesindeki Yoğunluk Fonksiyoneli Kuramı yöntemi ve B3LYP/6-311+G(d,p) baz seti ile gerçekleştirilmiştir. Hesaplamalar sonucunda elde edilen geometrik parametreler ile deneysel sonuçlar karşılaştırıldığında yüksek oranda uyum elde edilmiştir.