Asmada (Vitis vinifera L.) erkencilikten sorumlu aday genleringenom düzeyinde belirlenmesi

Bu çalışmada, üzümde erkencilikten sorumlu aday genlerin genom düzeyinde belirlenmesi amacıyla transkripsiyonel çalışmalar yürütülmüştür. 3'ü erken 2'si geç olgunlaşan toplamda 5 çeşitte, 3 biyolojik tekrarlı olacak şekilde (toplamda 15 adet) RNA dizileme tekniği kullanılmıştır. Dizileme sonucunda, örneklerden düşük hata oranları ve yüksek kalite skorlarına sahip 27 milyon ile 34 milyon arasında temiz okumalar elde edilmiştir. Gen ifade analizlerinin erkenci-geççi karşılaştırma gruplarında toplamda 25.736 gen tespit edilmiş, bunların 8271 tanesi farklı ifade edilen genler olarak tespit edilmiştir. Farklı ifade edilen genler arasında ise 4474'ü ifadesi artan, 3797'si ifadesi azalan olarak belirlenmiştir. VIT_05s0029g01480 ve VIT_12s0034g00380 genleri erkenci-geççi karşılaştırma gruplarının tamamında ifadesi artan genler arasında yer almışlardır. VIT_12s0034g00380 ve VIT_05s0029g01480 genlerinin, sırasıyla patojenlere dayanımla ilgili proteinler (TMV resistance protein N-like) ile protein kinaz bölgesi içeren proteinlerin (Protein kinase domain-containing protein) aktivasyonlarından sorumlu oldukları belirlenmiştir. Çalışılan 15 örnek ile üzümün referans genomu arasında toplamda 2.466.585 adet SNP tespit edilmiş, bunlardan erkencilikle ilişkili olduğu düşünülen 2 adet SNP 12. kromozomda belirlenmiştir. VIT_12s0034g00380 genindeki SNP'lerden C/T nükleotid değişimi tüm erkenci çeşitlerde referans genoma göre değişim gösterirken, geççi çeşitlerde referans genomla aynı kalmıştır. Dolayısıyla bu noktadaki genetik varyasyonun üzümde erkenciliği tetiklediği düşünülmektedir. Son olarak, RNA dizileme verileri, rastgele seçilen dört gende yürütülen gerçek zamanlı PCR çalışmaları ile doğrulanmıştır. Bu çalışmadan elde edilen bulguların, erken olgunlaşma karakterini moleküler düzeyde tespitinde kullanılacak markır geliştirilmesi çalışmalarına hizmet edeceği düşünülmektedir.