Aubrieta canescens (Boiss.) Bornm. (brassicaceae)'in yeni nesil dizileme teknolojisiyle tüm genomunun dizilenmesi (wgs) ve tür içi populasyonlarında genetik yapıların aydınlatılması

Bu çalışmada, Aubrieta canescens (Boiss.) Bornm. türüne ait bireylerin tüm genom dizilimi çıkarılarak Aubrieta Adans. cinsi içerisinde referans genomun oluşturulması, taksonların genetik özelliklerinin aydınlatılması ve tür içi populasyon yapılarının incelenmesi amaçlanmıştır. Aubrieta canescens subsp. canescens, Aubrieta canescens subsp. cilicica ve daha önce alt tür kategorisinde bulunan Aubrieta macrostyla'nın 4 farklı lokaliteden toplanan toplam 8 bireyi çalışmaya dahil edilmiştir. Aubrieta cinsinin birincil çeşitlenme merkezi Türkiye'dir, ikincil merkezi ise Yunanistan'dır. Çalışmaya dahil edilen taksonlar Türkiye'ye endemiktir ve arazi çalışmalarında toplanan meyveli örneklerin tohumları taze yaprak eldesi için laboratuvar ortamında çimlendirilmiştir. Taksonların tüm genom dizilimleri de novo assembly yöntemiyle haritalanmıştır. Buna göre Aubrieta canescens subsp. canescens'in genom büyüklüğü 165.06 Mb, Aubrieta canescens subsp. cilicica'nın 278.70 Mb ve A. macrostyla'nın genom büyüklüğü 156.91 Mb'dır. Her bir taksonun kodlama yapan dizilim sayısı, hareketli elementleri, polimorfizm örüntüleri ve homolog genleri ortaya çıkarılmıştır. A. canescens subsp. canescens'in gen kodlayan dizilim sayısı 32.425, A. canescens subsp. cilicica'nın 45.274 ve A. macrostyla'nın 31.372 olarak hesaplanmıştır. Türlere ait homolog genler, Brassicaceae familyasında tüm genom dizilimi çıkarılmış bazı türlerle karşılaştırılmıştır. Populasyon yapıları taksonların tüm genomundan elde edilen tek nükleotid polimorfizmler (SNP) ile çalışılmış, filogenetik analizler tür içinde saptanan ortak lokusların varyantları ile gerçekleştirilmiştir. Genotiplerinden elde edilen verilerle taksonların ortaya çıkış zamanı ve mutasyon oranları Bayesyen yaklaşımla hesaplanmıştır. Buna göre A. macrostyla türünün ortaya çıkış zamanı yaklaşık 1.89 - 2.45 Myö, A. canescens subsp. canescens'in 1.85 - 2.38 Myö ve A. canescens subsp. cilicica'nın 1.58 - 2.49 Myö arasındadır. Çalışma neticesinde Aubrieta canescens subsp. cilicica'nın diğer iki taksondan genetik karakterleri bakımından farklı olduğu ortaya çıkarılmış ve tür kategorisine yükseltilerek yeni bir taksonomik adlandırma yapılmıştır.