Ayırıcı tanı zorluğu yaşanan pediatrik kanserlerde mikrodizin sistemi ile karşılaştırmalı genomik hibridizasyonla tüm kromozomlarda anomali taranmasının yeri

Amaç: Geleneksel histopatolojik ve immünohistokimyasal yöntemlere karşın pediatrik kanserlerin ayırıcı tanısında, özellikle küçük, yuvarlak hücreli tümör morfolojisinde ve bazen iğ hücreli tümör morfolojisinde zorluklar yaşanabilir. Bu durumlarda, kromozomal anormalliklerin belirlenmesi yararlı olabilir. Tek problu bir örnekte FISH yöntemiyle tek bir translokasyonun veya delesyonun incelenmesi, söz konusu kromozomal anormallik tek bir tip olamayacağından her zaman kesin bir yanıt vermeyebilir. Varyasyonlar bulunabilir ve bu nedenle tanı için birden fazla alanı incelemek gerekebilir. Bu çalışmanın amacı, tüm genom karşılaştırmalı genomik hibridizasyon yönteminin ayırıcı tanıda zorluk yaşayan pediatrik kanserlerde yerini değerlendirmektir. Yöntem: Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyonda (KGH), tüm genomda 135.000 prob ve gen başına 3 prob olarak tarandı. Parafin blok dokulardan çalışmak mümkündü. Dr. Behçet Uz Çocuk Hastanesi Patoloji Laboratuvarı arşivinden, ayırıcı tanıda güçlük yaşayan 24 olgunun parafin bloklarından DNA ekstraksiyonu yapıldı ve her olguda tüm kromozomlarda saptanan anomalilerin kontrol karşılaştırması yapıldı. Belirlenen kromozomal anomaliler, klinikopatolojik bulgular ile karşılaştırıldı. Bulgular: Tipik olarak gözlenen kromozomal anomaliler ile birlikte, tartışmalı önemi olan ek değişiklikler tespit edildi. ES / PNET olgularımızda kontrole kıyasla en sık kopya sayısı farklılığı srGAP2, RGPD5, NPHP1, GTF2IRD2, PDXDC1 genlerinde bulunmuştur. Andiferansiye nöroblastom hastalarımızda en sık sayıda kopya sayısı değişikliği; Defensin beta 106A, Defensin beta 103B, RGPD5 geni ve MAGE ailesi üyesi A12, SPANX ailesi üyesi D sarkom antijeni genlerinde tespit edilmiştir. Özellikle küçük yuvarlak hücreli indiferan tümör grubunda en sık sayıda kopya sayısı değişiklikleri immünoglobulin superfamily member 2, kalsiyum / kalmodulin bağımlı protein kinaz II beta, POM121 transmembran nükleoporin, Ankyrin repeat domain 30B, Solute carier family 6 member, Peptidil prorolil izomeraz B, siklofilin A, RLD alanı içeren E3 ubiquitin protein ligaz 2, Tryptophan 2.3-dioxygenase genlerinde tespit edildi. Sonuç: Tüm genom KGH yöntemi, ayırıcı tanıda zorluk yaşanan pediatrik kanserlerde faydalı olabilir. Ancak, parafin dokusunun incelenmesinde teknik zorluklar olduğundan, tümörlerden taze doku depolanması, genetik ve moleküler incelemeler için yararlı olacaktır. Yöntemin bir kısıtlılığı da, kromozomal anomalilerin belirlenmesine rağmen, in situ hibridizasyon gibi translokasyonun rapor edilememesidir. Anahtar Kelimeler: Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (KGH), nadir Pediatrik Kanserler, Ayırıcı Tanı