51
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Mesane kanserinde yeni immünoterapi ajanların etkinliği
Bu çalışmada, orta-riskli ve yüksek-riskli kas invaziv olmayan mesane kanseri (KİOMK) hastalarından elde edilen primer mesane kanseri hücre kültürlerinde onkogram olarak immünoterapötik ajanların ex vivo etkinliğini ve klinikopatolojik özelliklerle olası ilişkilerini değerlendirmeyi amaçladık. Çalışmada, 2018-2019 yılları arasında mesane tümörü nedenli transüretral rezeksiyon (TUR-Mt) uygulanan hastalardan taze tümör dokuları ve periferik kan örnekleri alındı. Mononükleer hücreler (MNC) kan örneklerinden izole edildi. Her doku örneğinden primer mesane kanseri hücre kültürleri üretildi. Her bir kültür 5 ilaç uygulama grubuna ayrıldı. Grup-1'de, ilaç verilmeyen primer hücrelere sadece MNC uygulandı. MNC'nin yanı sıra Grup-2 için Mitomisin-C (MMC), Grup-3 için Bacillus Calmette Guérin (BCG), Grup-4 için Nivolumab ve Grup-5 için İpilimumab uygulandı. Canlılık testleri, WST-1 kullanılarak test edildi. Programlanmış Ölüm-1, Ligand-1, Ligand-2 (sırasıyla PD-1, PD-L1 ve PD-L2) ve Sitotoksik T-lenfosit İlişkili Antijen-4 (CTLA-4) ekspresyonları immünohistokimyasal (İHK) olarak araştırıldı. Gruplarda, uygulamalar sonrası canlılık oranları İHK sonuçları ve klinikopatolojik özellikler değerlendirildi ve birbirleriyle karşılaştırıldı. Çalışmada 20 olgu değerlendirildi. Tümöral PD-1 pozitifliğinin, daha kötü patolojik sonuçlarla anlamlı şekilde ilişkili olduğu saptandı. Tüm ilaç gruplarında ilaç uygulamaları sonrası kendi kontrollerine kıyasla daha düşük canlılık oranları gözlendi. PD-L1 pozitif olguların iyi yanıt oranları, MMC (%66'ya karşı %0, p=0,045) ve Nivolumab (%66'ya karşı %0, p=0,045) uygulamaları sonrası PD-L1 negatif olgulara göre anlamlı olarak daha yüksek bulundu. Ayrıca, MMC'den sonra iyi yanıt oranının, yalnızca yüksek riskli ve peritümöral PD-1 pozitif olgularda negatif olgulara kıyasla daha yüksek olduğu gözlendi (%87,5'e karşı %20, p=0,032). Ek olarak, takipte rekürrens gözlenen fakat tedavi almamış 6 hastadan 5'inin hücre kültürlerinde MMC uygulaması sonrası iyi yanıt gösterdiği saptandı (p=0.035). MMC, BCG, Nivolumab ve İpilimumab'ın ex-vivo uygulamalarından elde edilen ilaç yanıtları, yani onkogram sonuçları, kontrolleri ile kıyaslandığında anlamlı düzeyde yüksek bulundu. Orta riskli ve yüksek riskli KİOMK'lu hastalarda İHK ve klinikopatolojik özelliklere göre bazı farklılıklar olmakla birlikte, özellikle PD-L1 pozitif hastalarda Nivolumab yanıt oranının daha iyi olduğu saptanmıştır.
Akciğer kanserli hastalarda KIFC1 proteininin ekspresyon ve metilasyon profillerinin araştırılması
Kansere bağlı ölümlerde ilk sıralarda yer alan akciğer kanseri en sık görülen kanser türüdür. Akciğer kanserinin tanı, tedavi ve takibine yönelik keşfedilen biyomarkerlar ve hedefe yönelik ajanlar olmasına rağmen halen hem ülkemizde hem de dünyada kanser bağlı ölüm nedenlerinin başında yer almaktadır. Bu nedenle akciğer kanserinin moleküler alt yapısını aydınlatmaya yönelik yeni mekanizmaların bilinmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Kinesin aile üyesi (KIFC1)'in normal hücrelerdeki işlevi ve fonksiyonel rolü tartışılmaktayken birçok kanser türünde malign hücrelerin hayatta kalmasında etkili ve kritik bir rol oynadığı bildirilmiştir. KIFC1 proteini kanser hücrelerinde sentrozomların kümelenmesinde ve mikrotübül dinamiğinde kritik rol oynayarak, apoptotik hücre ölümünden kaçmaya yardımcı olan malign hücrelerin hayatta kalması için oldukça önemlidir. Yürütülen çalışmada KIFC1 proteininin akciğer kanserinde invaziv veya non-invaziv biyomarker olarak kullanılıp kullanılmayacağının belirlenmesi amacıyla akciğer kanseri teşhisi alan 39 hastanın tümör dokusu ve tümöre eşlenik normal dokusu ile serum ve lenfositleri ve sağlıklı kontrollere ait lenfosit ve serum örneklerinde ekspresyon ve metilasyonu durumları araştırıldı. qRT-PCR yöntemi kullanılarak doku ve lenfosit numunelerinde KIFC1 gen ekspresyonu karşılaştırıldı. Metilasyon durumunu belirlemek için Metilasyon Spesifik PCR (MSP) yöntemi kullanıldı. Çalışmada ekspresyon düzeyleri artış/azalışı ile metilasyon profilleri ile hastaların klinik ve patolojik özellikleri istatistiksel yöntemler kullanılarak analiz edildi. KIFC1 gen ekspresyonu artan %62,1 (24/37) hastanın %95,8'inde (23/24) unmetilasyon tespit edildi. Hastaların tümör ve eşlenik normal doku örneklerinin ortalama fold&change değerleri karşılaştırıldığında tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre 3,2 kat KIFC1 geninin ekspresyon seviyesinde artma olduğu gözlendi. Hasta serum örnekleri ile sağlıklı serum örneklerinin fold&change değerleri karşılaştırıldığında hasta serumlarında sağlıklı serumlara göre 2,4 kat KIFC1 geninin ekspresyon seviyesinde artış olduğu tespit edildi. Aynı zamanda hastalara ait klinik parametreler ile metilasyon ve eskpresyon sonuçları istatistiksel olarak karşılaştırıldığın da KIFC1 ekspresyonu ile metastaz (p=0,013), tümör evresi (p=0,040) ve tümör grade (p=0,010) arasında istatistiksel olarak anlamlılık tespit edildi. Sonuç olarak, akciğer kanseri tanılı hastalara KIFC1 geninin ekspresyon seviyesindeki artışın sağlıklı popülasyona göre daha fazla olduğu ve bu nedenle KIFC1 geninin ekspresyon ve metilasyon durumlarınn akciğer kanser tarama biyomarkerı olarak kullanılabileceği düşünülmektedir. Ayrıca KIFC1 geninin metilasyon profilinin akciğer kanserinin skuamöz hücreli akciğer kanseri alt tipini tayin etmede potansiyel bir biyomarker olabileceği de değerlendirilebilir. Çalışma sonucu ortaya çıkan sonuçların, daha geniş hasta sayısı ile analiz edilerek devam etmesine ihtiyaç duyulmaktadır.
Mitokondriyal elektron transportunda görev alan NDUFB3 geninin oral premalin lezyonlarda epigenetik biyobelirteç potansiyelinin araştirilmasi
Baş-boyun kanserleri arasında yer alan oral kavite kanserlerinin %90 gibi büyük bir kısmı oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC)'dan oluşmaktadır. Oral kanserler etiyolojik olarak sıkça çevresel özelliklerden etkilenmesi sebebiyle hem genetik hem de epigenetik çalışmaların birlikte incelendiği bir kanser türüdür. Oral kanserlerde gözlenen en yaygın epigenetik modifikasyon DNA'daki 5′-CG-3′ dizisindeki sitozinin 5 pozisyonundaki karbona bir metil grubunun (CH3) kovalent olarak eklenmesi olan DNA metilasyonudur. Demokan ve ark. yapmış olduğu TÜBİTAK-SBAG-114S497 no'lu çalışmada OSCC hastalarında tümör dokusunun eşlenik normal dokuya göre NADH:Ubikinon NADH Dehidrojenaz (NDUFB3) genine ait promoter bölgesinde yer alan CpG adacıklarında hipometillendiği ve ekspresyon seviyelerinde artış gözlenmiştir. Çalışmamızda, 30 OSCC ve 30 OPML hastasına ait eşlenik normal doku, tümör, vücut sıvıları ve 15 sağlıklının normal mukoza ve vücut sıvısı örneklerinde NDUFB3 geninin ekspresyon ve metilasyon seviyelerini inceledik. OSCC ve OPML hasta grupları ile sağlıklı gruplardan elde edilen veriler arasındaki moleküler farklılıklar ve klinik bilgiler karşılaştırılarak NDUFB3 geninin kanserin erken tanısında biyobelirteç olarak potansiyel kullanılabilirliği incelendi. NDUFB3 geninin ekspresyon düzeyini belirlemek için qRT-PCR yöntemi, metilasyon düzeyini belirlemek için qMSP yöntemi kullanıldı. Yapılan deneyler sonucunda; OPML hasta grubunun yaklaşık %23'ünde genin ekspresyon seviyesinde azalma, yaklaşık %36'sında genin ekspresyon seviyesinde artış gözlenirken %40'ında genin ekspresyonunda anlamlı bir değişiklik gözlenmedi. OSCC grubunun yaklaşık %33'ünde eşlenik normal dokuya kıyasla genin ekspresyon seviyesinde artma, %40'ında genin ekspresyon seviyesinde azalma tespit edildi. OSCC ve OPML gruplarının ve sağlıklı grubun tümör, normal doku ve vücut sıvı örneklerinde metilasyona rastlanmamıştır. OSCC ve OPML hasta gruplarının ekspresyon seviyesindeki değişiklikler klinik parametreler ile kıyaslandığında anlamlılık görülmesine rağmen metilasyon varlığı tespit edilememesinden dolayı değişen ekspresyon seviyeleri üzerinde anlamlı bir etkisinin olmadığı tespit edilmiştir. OPML grubunda NDUFB3 geninin hipometilasyonu ve NDUFB3 geninin ekspresyon seviyesinde artma görülmesi spesifik olarak maliniteye yatkın olduğu görüşünü destekler niteliktedir.
Çocukluk çağı sarkomlarında WASF3 geninin ekspresyon, metilasyon ve miRNA profilinin araştırılması
Sarkomlar çocuklarda ve genç erişkinlerde oldukça agresif seyreden, hızlı metastaz yapan malign bir tümördür. Sarkomlarda non-invaziv nitelikte diyagnostik, prognostik biyobelirteçlere gereksinim olmaktadır. WASF3' ün normal hücrelerde invazyonu desteklediği kanser hücre soylarında ise delete olduğu durumda invazyon ve metastazı baskıladığı gösterilmiştir. Çalışma sarkom tanısı almış toplam 25 hasta ve hasta popülasyonuyla yaş, cinsiyet ve etnik köken olarak eşleştirilmiş 22 sağlıklı çocuktan oluşturulan çalışma popülasyonunda yapılmıştır. Ayrıca 4 hastanın tümör dokusu ve 2 hastanın tümöre yakın eşlenik dokusu da çalışmaya dahil edilmiştir.Tedavi öncesi kanı alınan bir hastanın da tümör doku ile birlikte operasyon esnasında, tedavi sırasında ve sonrası periferik kanları çalışmaya dahil edilmiştir.Periferik kan ve doku numunelerine ait RNA örneklerinde WASF3 ekspresyon düzeyi ile miR-218-5p ifade seviyesi gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu(RT-PCR) yöntemi ile analiz edilmiş, DNA ile de metilasyon spesifik PCR tekniği kullanılarak hastaların metile ve unmetile durumları araştırılmıştır. Tedavi almamış sarkomlu pediyatrik hastalar ile sağlıklı kontrol grupları arasında yapılan incelemede, WASF3 ifade düzeyinin hasta gruplarında 3,6 kat azaldığı saptandı.Tümörü ve tedavi sonrası değerleri incelenen hastada ise tümör ve operasyon esnasında alınan periferik kan değerlerinde WASF3 ekspresyonunun yüksek ve birbirine yakın değerlerde olduğu, tedavi sonrasında ise WASF3 gen ekspresyon düzeyinin ise düştüğü saptanmıştır.miR-218-5p ifade düzeyinin sağlıklı kontrollere göre 6,3 kat arttığı ve bu artışın istatistiksel olarak anlamlı olduğu saptanmıştır.Çalışmada incelenen dört farklı tümör dokusunda DNA metilasyon kaybı görülürken, hastalara ve sağlıklı kişilere ait periferik kan örneklerinde metilasyon saptandı.Sonuç olarak miR-218-5p'nin kan ve tümör dokusunda araştırılan ifade düzeyinin, yüksek diyagnostik değere sahip olduğu,sarkomlarda hem terapötik hem de prognostik belirteç olarak kullanılabileceğini düşündürmektedir.
Oral kavitenin malin ve premalin lezyonlarında GBRC5C geninin genetik ve epigenetik profilinin incelenmesi
Oral kanser, gen-çevre etkileşimini gösteren en iyi kanser modellerinden biridir. Oral Skuamöz Hücreli Karsinoma (OSCC), dünyadaki yıllık baş ve boyun kanseri vakalarının %30'unu ve ağız kanserlerinin %95'ini oluşturmaktadır. OSCC'nin etiyolojik faktörleri arasında bulunan sigara/alkol kullanımı, HPV, UV'nin yanı sıra oral premalin lezyonların (OPML) dönüşümü sonucunda meydana gelir. OSCC ve OPML gelişimde genetik ve epigenetik mekanizmalar etkilidir. Tümörün oluşumu e gelişiminde DNA metilasyonu oldukça etkilidir. Prof. Dr. Semra Demokan ve arkadaşlarının TÜBİTAK-114S497 nolu projesinin array sonuçlarına göre metilasyona bağlı ekspresyon seviyesinde azalma gözlenen, GPRC5C geninin metilasyon ve ekspresyon seviyeleri oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC) ve oral premalin lezyon (OPML) hasta grubunda incelendi. Çalışmamızda, yüksek ve düşük malignite dönüşüm riski taşıyan OPML grupları arasında ve OPML ile OSCC arasındaki moleküler farklılıklar sağlıklı kişilerden elde edilecek verileri karşılaştırıarak belirlenmiş ve GPRC5C'nin non-invaziv yöntemlerle tanı, teşhis ve tedavide kullanılabilecek bir biyobelirteç olma potansiyeli incelenmiştir. Çalışmamızda, OSCC ve OPML tanısı almış ve ameliyat edilmiş 30'ar hastanın, tümör, eşlenik normal doku, serum ve tükürüğünde, kontrol grubu olarak 15 adet sağlıklı bireyin normal mukoza, serum ve tükürüğünde DNA ve RNA izolasyonları yapıldı. GPRC5C geninin metilasyon seviyelerini belirlemek için QMSP yöntemi kullanılmış olup ekspresyon düzeyinin belirlenmesinde QRT-PCR yöntemi uygulandı. Metilasyon ve ekspresyon oranları belirlenip, metilasyona bağlı ekspresyon kaybı incelendi. Yapılan deneyler sonucunda OSCC grubunda 30 hastanın 4'ünde (%13,33) GPRC5C geninin promotör bölgesinde metilasyon, 13'ünde (%43,33) GPRC5C geninin ekspresyon seviyesinde azalma ve 10'unda (%33,33) ekspresyon seviyesinde artma gözlemlenirken, 7 (%23,33) hastanın ekspresyon seviyelerinde farklılık gözlemlendi. OPML grubunda 30 hastanın 2'sinde (%6,67) GPRC5C geninin promotör bölgesinde metilasyon, 12'sinde (%40) GPRC5C geninin ekspresyon seviyesinde azalma ve 13'ünde (%43,33) ekspresyon seviyesinde artma gözlemlenirken, 5 (%16,67) hastanın ekspresyon seviyelerinde farklılık gözlemlendi. OSCC ve OPML hasta gruplarında ekspresyon seviyesindeki değişiklikler ile klinik parametreler (differansiyasyon derecesi, LNT, evre, anatomisi, patolojisi) arasında anlamlılıklar görülmesine rağmen, düşük oranlarda gözlemlenen metilasyonun, değişen ekspresyon seviyeleri üzerinde bir etkisinin olmadığı gözlemlendi.
Nazofarenks kanseri tedavisinde adaptif radyoterapi tekniğinin araştırılması
Yoğunluk ayarlı radyoterapi, nazofarenks kanserinde primer tedavidir ve başarısı tedavinin doğru biçimde uygulanabilmesine bağlıdır. Tedavi sürecinde ışınlanacak hedefte meydana gelebilen boyut ve pozisyon değişiklikleri tanımlanan dozun hedefe tam olarak verilememesi, sağlıklı dokuların yeterince korunamaması gibi istenmeyen sonuçlara neden olabilmektedir. Bu durum özellikle nazofarenks kanserindeki gibi hayati organlara yakınlığı bulunan tümörlerin radyoterapisinde büyük önem taşımaktadır. Radyoterapinin uygulandığı bölgedeki değişimleri hesaba katarak planlanan ve uygulanan tedavi arasında oluşabilecek dozimetrik farklılıkları en aza indiren yöntem adaptif radyoterapi(ART) tekniğidir. Bu çalışmada, nazofarenks kanseri için adaptif ve adaptif olmayan radyoterapi tedavilerinde tanımlanan tümör ve sağlıklı dokuların hacim ve doz değişimleri 20 hastada karşılaştırılmış, adaptif radyoterapinin dozimetrik etkileri ve uygulanabilirliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda, hastaların ilk çekilen bilgisayarlı tomografi (BT) görüntüleri üzerine tanımlanan hedef ve sağlıklı dokuların hacimlerindeki ve aldıkları dozlardaki değişimler, 10 hastalık ilk grupta 11. ve 21.fraksiyonlarda çekilen kontrol BT'lerinde, diğer 10 hastalık ikinci grupta ise 17. fraksiyonda çekilen kontrol BT'sinde gözlendi. Tüm hastalar için adaptif ve adaptif olmayan radyoterapi tedavilerinde tanımlanan hedef ve sağlıklı doku hacimlerinin hacim ve doz değişimleri karşılaştırıldı. Kontrol BT'leri üzerine hazırlanan adaptif planlar ile adaptif radyoterapinin dozimetrik etkileri her iki grup için araştırıldı. Gross tümör hacimleri (GTV), ilk grup için 1.,11. ve 21.fraksiyonlarda sırasyıla 9,27±6,10, 8,51±5,70 ve 7,67±5,51 cm3; ikinci grup için 1. ve 17.fraksiyonlarda 22,77±18,42 ve 20,27±17,82 cm3 olarak bulunmuştur. Kontralateral parotis dozları, adaptif planlamayla ilk grupta %9,27, ikinci grupta %5,37 daha düşük bulunmuştur. Çalışmamızda, ART'nin parotis dozlarını düşürmede etkin olduğu, uygulanması için en uygun zamanın tedavinin 17-21. fraksiyonları arasında olduğu, tedavinin hasta bazlı değerlendirilmesi gerektiği sonuçlarına varılmıştır.
Over kanserli hastalar ile sağlıklı kişilerin periferik dolaşımında MİR-3653-3P'nin ekspresyon düzeyinin karşılaştırılarak incelenmesi.
Over kanseri geç evrede tanı alan, erken ve sık nüks eden bir kanser türüdür ve hala etkin bir tedavisi bulunmamaktadır. Bu nedenle hastalıksız geçen zaman (PFS) ve sağkalım bu hastalık grubunda son derece kısadır. Hastalığın erken tanısı ve tedavisinin takibinde etkin olarak kullanılacak hassas ve spesifik biyobelirteçler bulunmamaktadır. Klinikte halihazırda kullanılanlar ise hastalığın erken tanı ve tedavi takibinde, minimal rezidüel hastalığın hassas bir şekilde belirlenmesi açısından son derece yetersizdir. Over kanserinin erken tanı ve tedavisinin geliştirilmesine ilişkin moleküler düzeyde çok sayıda çalışma yapılmaktadır. miRNA ekspresyon çalışmaları bu açıdan kanser hastalığında geniş yer tutmaktadır. Kodlanmayan küçük RNA sınıfında yer alan miRNA'ların deregülasyonunun veya disfonksiyonunun kanser gelişimine katkısı olduğu birçok çalışmayla gösterilmiştir. Bununla birlikte over kanserinde bir dizi miRNA'nın ekspresyonlarının farklılık gösterdiği bilinmektedir. Kanser araştırmalarında bilinen miRNA'ların ekspresyon paternlerinin hasta ve sağlıklı kişiler arasında karşılaştırılarak incelenmesi hastalıklara özgü biyolojik belirteçlerin bulunması açısından son derece önemli olup, over kanserinin patogenezinde bu moleküllerinin rollerinin de belirlenmesi anlamlıdır. Sunulan tez çalışmasında 150 yüksek riskli over kanserli hasta ile 100 sağlıklı kişiden oluşan control grubunda miR-3653-3p'nin ekspresyon profili araştırılmış ve her iki grup birbiri ile karşılaştırılmıştır. Over kanser hastalarının periferik kanında, miR-3653-3p ekspresyon düzeyinin kontrol gruplarından 9,49 kat fazla olduğu saptanmış ve sonuçların istatistiksel açıdan anlamlı (p=0,00) olduğu gösterilmiştir. Bu sonuçlara ilave olarak, miR-3653-3p'nin over kanseri için periferik kanda non-invaziv olmayan bir biyobelirteç olarak kullanılıp kullanılamayacağı, ROC analizi ile değerlendirilmiş ve söz konusu molekülün istatitiksel olarak anlamlı (p=0,000) bir biyobelirteç olduğu belirlenmiştir.
Over kanseri açısından diskordant olan monozigotik ikizlerde tüm genom düzeyinde transkriptomik farklılıkların araştırılması
Over kanseri, jinekolojik kanser türleri arasında malignite ve mortalite oranı yüksek olan ve en sık görülen ikinci kanserdir. Over kanserinin alt tipleri arasında en yaygın ve agresif nitelik taşıyan epitelyal over kanserinde (EOK) geç tanı ve erken aşamada kemoterapiye direncin gelişmesi bu hastalığın tedavisinin önündeki en büyük engeli oluşturmaktadır. Rutin tedavi protokollerinin ileri evre vakalarda etkili olmaması EOK'da, kişiselleştirilmiş tedavilerin önemini vurgulamaktadır. Over kanserinin %15-25'i kalıtsal nitelik taşımaktadır. Son yıllarda özellikle germline ve somatik BRCA1/2 gen mutasyonuna sahip olan over kanserli hastalarda PARP inhibitörlerinin kullanımı gündeme gelmiştir. BRCA1/2 gen mutasyonları sağlıklı bireylerde kanser riskini arttırmakla beraber tek başına kanserin gelişiminde yeterli olmadığı da bilinmektedir. Doğada neredeyse birbiri ile aynı genotipe sahip iki canlı olan monozigotik (MZ) ikizler dahi yaşam boyu farklı fenotipik özellikler geliştirilebilmektedir. MZ ikizlerdeki fenotipik farklılıklara neden olan bu değişiklikler, kanserin gelişiminde ilave mekanizmaların rol oynadığını ve farklı değişikliklere odaklanmamız gerektiğini düşündürmektedir. Bu bağlamda söz konusu tez çalışmasında yeni nesil dizileme teknolojisi kullanarak genom düzeyinde transkripte olan tüm RNA molekülleri over kanseri açısından diskordant olan monozigotik ikizler ile BRCA1 mutasyon taşıyıcısı olan diğer sağlıklı kardeşin periferik kan ve over dokuları karşılaştırılarak incelenmiştir. BRCA1 mutasyonu taşıyan ancak sadece birinin over kanserine yakalandığı tespit edilen yüksek riskli ailede over kanseri gelişiminin altında yatan genetik farklılıklar tüm genomda transkripte olan moleküller incelenerek araştırılmıştır. Over kanserine sahip MZ ikiz, sağlıklı ikizi ve sağlıklı kardeşin over dokuları ve periferik kan örneklerinden elde edilen 6 örneğe ait total RNA'nın, BGI-Seq500 NGS platformunda RNA-Seq dizileme işlemi ile yapılan transkriptomik analizi sonucunda, dokuda ve kanda sağlıklılara göre ekspresyon değişimi gösteren protein kodlayan genler, lncRNA'lar, öncül miRNA'lar ve füzyon transkriptler tespit edilmiştir. Yapılan analizde filtreleme işlemleri ve ekspresyon değişim katsayıları (log2Fc) over kanseri için bilinen tümör markerları olan CA125 ve CA15-3 ekspresyon verilerine göre belirlenmiştir. Bu analize göre, 3 farklı grupta ekspresyon değişimi gösteren 66 protein kodlayan gen, 25 novel lncRNA, 9 miRNA ve 2 füzyon transkriptin ekspresyon seviyelerinde farklılık gözlenmiş olup bu moleküllerin, epitelyal over kanseri ile ilişkili aday moleküller olduğu düşünülmektedir.
Prostat kanserli hastalarda FMNL1 ve PAK1 seviyelerinin belirlenmesi
Prostat kanseri klinik olarak çok heterojen bir hastalıktır. Prostat spesifik antijenin (PSA) kansere spesifik bir belirteç olmaması nedeniyle ve ayrıca ileri evrede görülen yaygın kemik metastazları ve hormon tedavisinden kaynaklanan kemik deformasyonları sebebiyle hem prostat kanserine spesifik olan, hem de erken evrede tanı sağlayacak yeni biyobelirteçlerden faydalanılması gerekmektedir. Çok domainli polipeptidler olan formin protein ailesinin üyesi Formin like-protein 1 (FMNL1), aktin polimerizasyonu, hücre yüzey uzantıları oluşumu, vezikül transportu, hücre-hücre ve matriks-hücre bağlantısı (adezyon) ile hücre göçü süreçlerinde büyük öneme sahiptir. Protein kinaz olan p21 ile aktiflenmiş kinaz (PAK) proteinleri filopodyum ve lamellipodyum oluşumunu destekleyerek hücre iskeleti organizasyonunda rol oynar, aynı zamanda hücre sağkalımı, mitoz ve transkripsiyon gibi diğer hücresel aktiviteleri de düzenler. Çalışmamızda 60 prostat kanserli hasta ile 20 sağlıklı kontrolün plazma ve idrar örneklerinde çalışıldı. FMNL1 ve PAK1 mRNA ve protein ekspresyonlarının incelendiği çalışmada hasta ve kontrollerin FMNL1 mRNA ve protein ekspresyon seviyeleri arasında hem plazma hem idrar örneklerinde istatistiksel bir farklılık bulunamadı (p>0.05). Hasta ve kontrollerin PAK1 mRNA ekspresyon seviyeleri arasında plazma ve idrar örneklerinde istatistiksel bir farklılık bulunmadı (p>0.05). PAK1 protein seviyelerinde de plazma örneklerinde anlamlı fark bulunamazken (p>0.05) idrar örneklerinde hastalarda kontrol grubuna göre düşük bulundu (p=0.00). Hastaların PSA ve diğer klinik özellikleriyle plazma ve idrar FMNL1 ve PAK1 seviyeleri arasında herhangi bir ilişki bulunamadı.
Özofagus kanseri radyoterapisinde 2 farklı optimizasyon algoritmasının doz dağılımına etkisinin incelenmesi
Tedavi Planlama Sistemi'nde (TPS) VMAT tekniği ile hazırlanan planlardan elde edilen doz – volüm histogramları (DVH), optimizasyon sonucu elde edilen planlardan farklı olabilmektedir. Bu farklılığın ortadan kaldırılması amacıyla geliştirilen intermediate doz optimizasyon modülü, özellikle akciğer gibi inhomojen yapılarda daha iyi doz dağılımı sağlamaktadır. Çalışmada intermediate doz optimizasyon modülü kullanımının özellikle akciğerlerin yer alması sebebiyle inhomojenitenin daha yoğun olduğu toraks yerleşimli hastalardaki ve nispeten daha az yoğun olduğu abdomen yerleşimli hastalardaki etkisi iki ayrı hasta grubu için araştırılması amaçlanmıştır. Oluşturulan tedavi planları hedef hacim reçete edilen dozun %95'ini alacak şekilde normalize edilmiştir. Kritik organ dozlarının müsaade edilen doz limitlerinin altında olması sağlanmıştır. Bu tez çalışmasında Eclipse 15.6 TPS'de Analytical Anisotropic Algorithm (AAA) doz hesaplama algoritması ve AAA Intermediate doz optimizasyon modülü ile VMAT tekniği kullanılarak, 10 torasik özofagus ve 10 abdominal özofagus hastası olmak üzere toplam 20 özofagus kanseri tanılı hasta için her iki yöntem ile tedavi planları hazırlanmıştır. 20 hasta için öncelikle AAA doz hesaplama algoritmasıyla ve daha sonra AAA Intermediate doz optimizasyon modülü ile VMAT tekniği kullanılarak hazırlanan planlarda DVH'ler belirlenmiştir. Konformite indeks (CI) değerleri, homojenite indeks (HI) değerleri ve kritik organ dozları karşılaştırılmıştır. Yapılan tez çalışması sonucunda, intermediate doz optimizasyon modülü dahil edilerek oluşturulan tedavi planlarının CI ve HI değerleri için daha iyi sonuçlar verdiği görülmüştür. Özellikle inhomojenitenin akciğerlerin yer alması sebebiyle daha yoğun olduğu torasik özofagus hastalarında intermediate doz optimizasyon modülünün plan kalitesini arttırdığı, CI ve HI değerlerinde daha anlamlı düşüş sağladığı görülmüştür. Kritik organ dozlarında ise az da olsa bir azalma gözlenmiştir.
Küçük hacimli beyin metastazlarında robotik radyocerrahi ve yoğunluk ayarlı volümetrik ark radyoterapi tekniklerinin plan kalitelerinin karşılaştırılması
Beyin metastazları meme, akciğer kanserlerinde başta olmak üzere bir çok tümörlerde görülmektedir. Beyin metastazların ışınlanması, küçük radyasyon alanlarının kullanıldığı tekniklerle yapılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, İstanbul Üniversitesi Onkoloji Enstitüsü'nde tedavi olmuş 10 beyin metastazı hastasının CyberKnife (CK) ve volümetrik ark radyoterapi teknikleri (VMAT) ile hazırlanmış tedavi planlarının birbirine göre zayıf ve güçlü yönlerinin ortaya çıkarılmasıdır. Bu çalışmada, 6 hastada tümör kritik organlardan uzak ve 4 hastada tümör kritik organlara yakın olmak üzere 10 hasta seçilmiştir ve MultiPlan 5.4 Tedavi Planlama Sistemi (TPS) ile Cyberknife ve Eclipse v15.6 TPS ile VMAT planları hazırlanmıştır. Tedavi planları hedef hacim dozları için konformite indeksi (CI), gradyent indeksi (GI), homejenite indeksi (HI) değerleri ile karşılaştırılmıştır. Kritik organ dozları TG101 doz sınırlama kriterlerine göre karşılaştırılılmıştır. Karşılaştırmada kullanılacak parametreler tedavi planı sonucu oluşturulan Doz-Volüm histogramı (DVH)'ndan elde edilmiştir. Elde edilen sonuçların değerlendirmeleri, ortalama değerler üzerinden yapılmıştr. Her iki teknik ile elde edilen planlar karşılaştırıldığında, kritik organdan uzak tümörlerde VMAT planlarında CI ve HI daha iyi iken CK planlarında GI daha iyidir. Kritik organa yakın olan tümörlerde ise teknikler arasında anlamlı bir fark bulunamamıştır. Kritik organ dozları karşılaştırıldığında değerler her iki teknik için benzerdir. Beyin nekrozunda önemli olan V12Gy hacmi kritik organa yakın tümörlerde CK tekniğinde daha az iken, 1 cc beyin dokusunun aldığı doz VMAT tekniğinde daha düşüktür. Kritik organa yakın tümörlerde her iki teknik arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır. Çalışmanın sonucu her iki tekniğin de uygun olduğu, değerlendirme parametrelerine sahip olduğunu, düşük doz alan hacmin CK tekniğinde daha iyi olmakla beraber MU değerlerinin çok yüksek olduğunu göstermiştir.
Meme kanseri radyoterapisinde hibrit teknik kullanılmasının plan kalitesine etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, meme ışınlamalarında radyoterapinin başarısını arttırmak için hibrit planlama teknikleri kullanılarak hem tümöre uygulanan dozu daha homojen hale getirmek, hem de çevredeki sağlıklı dokulara uygulanan dozu en aza indirerek lokal kontrolü arttırmak hedeflenmektedir. Tez çalışmamız radyoretapi tedavisi almış meme kanseri tanılı 10'u sağ ve 10'u sol olmak üzere 20 hastanın BT görüntülerinden yararlanarak retrospektif olarak yapılmıştır. Her hastaya 3DCRT, IMRT, VMAT planları ve bu tekniklerden %50-%50 ağırlıklı kombinasyonlar ile elde edilen 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT ve IMRT+VMAT hibrit planları hazırlanmıştır.Tedavi plan kaliteleri değerlendirilirken Doz Volüm Histogramı (DVH) bilgileri kulllanılmıştır. Karşılaştırma parametreleri, Planlanan Hedef Volüm (PTV), Kritik Organ (OAR) dozları, Homojenite İndeks (HI), Konformite İndeks (CI) ve Monitör Unit (MU) değerleridir. Çalışmamızda, sağ ve sol meme ışınlamalarında en iyi CI değeri VMAT, HI değeri ise IMRT+VMAT hibrit planlarda elde edilmiştir. Akciğer için en düşük V20(%) değerleri IMRT+VMAT hibrit planlarında elde edilirken; V5(%) ve V10(%) değerleri 3DCRT, 3DCRT+IMRT ve 3DCRT+VMAT hibrit planlarında elde edilmiştir. Karşı meme dozları 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT hibrit planlarında en düşük değere sahiptir. Sol meme kalp V30(%) değeri en düşük olan teknik VMAT iken; V5(%) hacmi en düşük 3DCRT, 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT hibrit planlarla elde edilmiştir. Çalışmanın sonucunda; meme ışınlamalarında IMRT+VMAT, 3DCRT+IMRT, 3DCRT+VMAT hibrit planlarının aynı ve karşı taraf akciğer dozunu, ışınlanan akciğer hacmini, karşı meme dozunu, ışınlanan karşı meme hacmini ve kalp dozunu azaltarak plan kalitesini arttırdığı görülmüştür.
Oral skuamöz hücreli karsinomda GNG7 geninin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin incelenmesi
Çalışmamızda, Demokan ve arkadaşlarının 2013 yılında yayınladıkları Kuzey Amerikalı baş boyun kanserli hastalar ile yaptıkları çalışmalarında bu grubun bir alt grubu olan oral kavite kanserli hastalarda (n=9) tümör süpresör bir gen olan GNG7'nin %88,9 oranında metilasyonuna rastlanmış, söz konusu genin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin daha geniş sayıda oral skuamöz hücreli karsinomlu (OSCC) Türk hasta grubunda incelenmesi amaçlanmıştır. İnvaziv/non-invaziv yöntem geliştirerek OSCC'de tanı/erken teşhiste GNG7'nin biyomarker olarak kullanılabilirliğinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmamızda OSCC tanısı almış 50 hastaya ait ameliyat sonrasında elde edilmiş tümör, eşlenik normal doku örnekleri ve ameliyat öncesi toplanan serum örnekleri ile 10 sağlıklı bireyin normal mukoza ve serum örneklerinden DNA izolasyonu yapılarak GNG7 geninin metilasyon ve ekspresyon seviyeleri incelenip, metilasyona bağımlı/bağımsız ekspresyon analizleri gerçekleştirildi. Metilasyon analizi için QMSP, ekspresyon düzeylerinin analizi için ise QRT-PCR yöntemleri uygulanmıştır. Tümör dokusunda eşlenik normal dokuya oranla hastaların %48'inde (24/50) ekspresyon seviyesinde azalış, %32'sinde (16/50) ekspresyon seviyelerinde artış tespit edilmiştir. Dokuz hastaya (%18) ait tümör dokusunda genin promoter bölgesinde metilasyon gözlenirken, eşlenik normal doku ve serum örneklerinde metilasyona rastlanmadı. Metilasyon saptanan 9 hastanın 7'sinde (%77,8) ekspresyon oranında azalma gözlenirken, 2 hastada ekspresyon artışı bulundu. Tüm hastaların normal doku ve serum örnekleri ile sağlıklıların doku ve serum örneklerinde GNG7metilasyonu tespit edilmedi. Metilasyon gözlenen OSCC hastalarında sağlıklı bireylere oranla 35 kat ekspresyonunda azalma saptandı. Ekspresyon seviyesinde artış ile nüks arasında (p=0,05) ve sigara kullanımına bağlı olarak ekspresyon seviyelerindeki artış ve azalış arasında ileri derecede istatistiksel anlamlılık tespit edilmiştir (p=0,0001).GNG7 geninin OSCC hastalarının alt gruplarında yapılacak daha geniş popülasyon içeren çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. GNG7 geninin, OSCC'nin tanı/erken teşhis ve takibinde biyomarker olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.
Uveal malign melanomlu hastaların periferik dolaşımında miRNA'ların araştırılması
Uveal malign melanom yetişkinlerde göz içerisinde, görme yeteneğini, yaşam kalitesini ciddi anlamda etkileyen bir malignitedir. Kötü prognozlu olan bu tümör erken aşamalarda metastaz yapma eğilimi olması nedeniyle sağkalım süresini kısaltmaktadır. Bu nedenle bu hastalıkta özellikle periferik kanda gerek tedavi protokollerinin geliştirilmesi ve tedavi takibinin yapılmasında gerekse erken tanıda kullanılabilecek belirteçlere gereksinim olduğu görülmektedir. Ayrıca Uveal malign melanoma ile ilişkili literatürde genetik ve epigenetik araştırmalar son derece kısıtlıdır. MikroRNA'lar yaklaşık 22 nükleotid içeren, protein kodlamayan RNA'ların bir üyesidir. miRNA'lar gen anlatımının baskılanması ve hedef mRNA'ların post-transkripsiyonel aktivitelerinin düzenlenmesinde rol oynamaktadırlar. Bu nedenle kanser gelişiminde önemlidirler. miRNA'lar proliferasyon, farklılaşma ve apoptoz yolakları üzerinden hücrelerin malign transformasyonuna katkıda bulunmaktadırlar. Sunulan çalışmada miR-181b, miR-155, miR-454 olmak üzere 3 farklı miRNA'nın ifade düzeyi 72 uveal malign melanom hastası ve 72 sağlıklı kişiye ait serum örneklerinde Real-Time PCR yöntemleri kullanılarak araştırıldı. Çalışmanın sonucunda miRNA gen ifade düzeylerinin hasta gruplarında sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı, istatistiksel açıdan anlamlı (p< 0,05) olduğu görüldü. Her bir miRNA için elde edilen p değerlerinin sırasıyla; miR-181b, p< 0,001; miR-155, p< 0,001 miR-454, p=0,005 olduğu belirlendi. Ayrıca miRNA ifade seviyeleri ile hastaların klinik verileri karşılaştırmalı olarak incelendiğinde; hastaların miR-155 düzeyi ile radyasyon tedavisi arasında bir ilişki olduğu ve bu ilişkinin anlamlı olduğu (p=0,040(p<0,05)), miR-454'ün artan ifade düzeyi ile sırasıyla sigara ve alkol kullanımı arasında bir ilişki olduğu (p=0,009 ve p=0,026 (p<0,05)) saptandı. Elde edilen bulgular, incelenen miRNA'ların kanserli hastalarda onkogenik özellik gösterdiğini ve uveal malign melanoma hastalığının oluşumunu primer ve metastatik evrelerde tetiklediğini düşündürmektedir. miR-181b, miR-155 ve miR-454 uveal melanoma hastalığının diyagnozunda ve prognozunda kullanılmasında potansiyel biyobelirteçler niteliği taşıdığı görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Uveal malign melanoma, miR-181b, miR-155, miR-454, Biyobelirteç Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2019-35336
Pankreas kanserli hastaların periferik kanında EPS8 ve kank1 gen ekspresyonlarının incelenmesi
Pankreas kanseri, erken evrede tanısı mümkün olmayan, etkin tedavisi bulunmayan bir hastalıktır. Tek küratif seçenek cerrahi rezeksiyondur, genel sağkalım kısadır. Pankreas duktal adenokarsinomasının yönetiminde kullanılan FDA onaylı tek biyomarker CA19-9'dur. Rutin uygulamada pankreas kanserinin erken teşhisi için kullanılan herhangi bir tarama testi bulunmamaktadır. Bu nedenle yeni terapötik hedeflerin araştırılması, yararlı prognostik markerların belirlenebilmesi için çalışmalar yapılmalıdır. Yayınlanan in silico çalışmalarda ve literatür taramasında belirlenen EPS8 ve KANK1 gen ekspresyon düzeylerinin pankreas kanserinde son derece önemli olduğu gösterilmiştir. EPS8 geni normal pankreas hücrelerinde eksprese edilmezken pankreas tümörü hücrelerinde ekspresyonu son derece yüksektir. Ayrıca, her iki gen hücre iskeleti sistemiyle ilişkilidir. Kanser gelişiminde ve metastazda hücre iskeleti önemli bir yer tutmaktadır. Bu amaç doğrultusunda tez çalışmasında 68 pankreas kanserli hasta ile 71 sağlıklı kişide EPS8 ve KANK1 genlerinin ekspresyon düzeyi incelenmiş ve erken teşhis için biyomarker olup olamayacakları araştırılmıştır. Katılımcıların periferik kanından elde edilen RNA'dan qPCR yöntemiyle bu genlerin ekspresyonları belirlenmiş ve SPSSv28 ile sonuçlar analiz edilmiştir. Sonuç olarak; pankreas kanserli hastaların periferik kanında EPS8 ekspresyon düzeyinin sağlıklı kontrollere göre 1,62 kat; KANK1 ekspresyon düzeyinin ise 2,88 kat arttığı ve bu artışın istatistiksel olarak anlamlı olduğu (p < 0,05) görülmüştür. Ayrıca periferik kanda EPS8 ekspresyon düzeyi ile hastaların sağkalım durumları arasında anlamlı bir ilişki olduğu saptanmıştır (p = 0,027). KANK1 ekspresyon düzeyi ile ailesinde prostat kanseri görülen pankreas kanseri hastaları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmuştur (p = 0,048). Özetle, EPS8 ve KANK1 genlerinin pankreas kanseri için periferik kanda non-invaziv biyomarker olarak kullanılıp kullanılamayacağını gösteren ROC analizinde her iki genin de istatistiksel olarak anlamlı biyomarkerlar olduğu saptanmıştır.
Lokalize prostat kanserinde stereotaktik vücut radyoterapi tedavi planlarının dozimetrik karşılaştırılması
Amaç: Bu çalışmada; klinik olarak lokalize prostat kanserli hastalara uygulanacak olan radyoterapi tedavisi için hazırlanacak düzleştirici filtreli (FF) ve düzleştirici filtresiz (FFF) ışınlar kullanılarak Volümetrik Modülasyonlu Ark Tedavisi (VMAT) ve Streotaktik Vücut Radyoterapisi (SBRT) tekniğiyle oluşturulan tedavi planlarının doz dağılımlarını karşılaştırmak amaçlanmıştır. Metot: Çalışmaya lokalize prostat kanseri olan 17 orta ve yüksek risk grubundaki hasta dahil edildi. Her hasta için hem tek izosentırlı 2 tam ark FF ışınları ile VMAT planları hem de FFF ışınları ile SBRT planları hazırlandı. Her hasta için hazırlanan planlar 6 MV enerjide 6,7 Gy'lik fraksiyon dozunda 5 fraksiyonda toplam hedef doz 33,5 Gy olacak şekilde planlandı. Tüm planlar için, hedef hacimler ve risk altındaki organlar (OAR) için kümülatif doz hacmi histogramları (DVH'ler) oluşturuldu. Her plan için elde edilen değerler karşılaştırıldı. Çalışma sonunda FF ışınları kullanılarak hazırlanan VMAT tedavi planları ile FFF ışınları ile hazırlanan SBRT planlarının dozimetrik olarak karşılaştırılması yapıldı. Elde edilen CI,HI, PTV'nin aldığı maksimum, minimum ve ortalama doz değerleri ile kritik organların farklı hacimlerine karşı gelen doz değerlerinin karşılaştırılması yapıldı ve raporlandı. Elde edilen verilerden ve literatürdeki benzer çalışmalardan lokalize prostat kanserli hastaların tedavisinde dozimetrik dağılım açısından VMAT-FF ve CK-FFF planlarının SBRT tekniği olarak uygun bir tedavi yöntemi olduğunu gösterildi.
Prostat kanserlerinin hacim modülasyonlu ark terapisinde filtreli ve filtresiz ışınların ve PTV boyutunun tedavi planına etkilerinin karşılaştırılması
Bu çalısmanın iki amacı vardır. Birincisi düzlestirici filtreli (WFF-6X) ve düzlestirici filtresiz (FFF-6X) ışınlarla Hacim ayarlı Ark Terapisi tekniğiyle oluşturulan tedavi planlarını karşılaştırmak. İkinci ise bu iki plan arasında oluşan farkın hedef hacmin boyutuyla olan bağımlılığını gözlemlemektir. Bu çalışmaya, tedavi planları VMAT tekniği ile hazırlanan 20 prostat kanserli hasta dahil edilmiş ve bu hastalar "Grup A" ve "Grup B" olmak üzere onar kişilik iki grupta incelenmiştir. Grup A'ya dahil olan hastaların seminal vezikül ve lenf nodu tutulumu vardır. Grup B hastalarının ise tümörleri prostat bezi ile sınırlıdır. Her hastaya WFF ve FFF ışınlarıyla iki farklı VMAT planı hazırlanmıştır. Bütün VMAT planları, PTV70'in %95'inin verilmek istenilen dozun %95'ini alacağı şekilde normalize edilmiştir. Optimizasyon yaparken hiçbir planda maksimum dozun verilmek istenilen dozun %110'unun üstüne çıkmamasına dikkat edilmiştir. WFF-VMAT ve FFF-VMAT planları arasında sağlıklı karşılaştırma yapmak için her hastanın iki planında da aynı optimizasyon değerleri kullanılmıştır. TP'lerin karşılaştırılmasında DVH kullanılarak hedef hacim ve kritik organ dozlarına, hedef hacimler için hesaplanan CI ve HI değerlerine ve her plan için toplam MU değerlerine bakılmıştır. Her iki teknikle hazırlanan tedavi planlarında hedef hacimler için dozimetrik olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). VMAT-FFF(Grup B) planlarında rektumun D17'si %0,4 oranında, Dmean'i %0,5 oranında düşük iken sağ femurun Dmean'i %2.3 oranında yüksek doz almıştır (p<0,05). Bunlar dışında kritik organlarda istatistiksel olarak anlamlı bir dozimetrik fark yoktur. Gözle görülür en büyük fark MU değerlerinde olmuştur. VMAT-FFF planlarında MU değerleri Grup A için %20.3, Grup B için %11 oranında fazla çıkmıştır.
miR142-3p'nin ekspresyon düzeyinin over kanserli hastaların periferik dolaşımında araştırılması
Kadınlarda en sık görülen kanserler meme, tiroid, kolorektal, uterus korpus, akciğer ve over kanseri şeklinde sıralanmaktadır. Over kanseri, dünya genelinde yılda 150.000'den fazla ölüme sebep olmaktadır. Bu kanserin, geç evrede kendini göstermesi ve kötü prognoz ile karakterize olan bir hastalık olması vakaların büyük çoğunluğunun ölümle sonuçlanmasına neden olmaktadır. Over kanserinin tanı ve tedavisinde hedef, ölüm sayısının azaltılması ve yaşam kalitesinin artırılmasıdır. mikroRNA'lar hedef genler üzerinde süpresör etki gösteren, 19-24 nükleotit uzunluğunda kodlanmayan RNA'lardır. miRNA'lar, kanser dahil birçok hastalığın patolojisinde rol almaktadır. miRNA'ların tanıda biyobelirteç adayı olması ve tedavide miRNA'yı taklit eden moleküllerin inhibitörler olarak kullanılması onların yeni terapötik hedef ve ajan olarak kullanılabilecek moleküller olduğunu göstermektedir. Grubumuzda daha önceden miRNA ile ilgili yapılan öncül araştırmada over kanserinin tanısı ve takibinde kullanılacak 99 aday miRNA varlığı saptanmıştır. Sunulan tez çalışmasında bu miRNA'lar arasından miR-142-3p'nin ekspresyon düzeyi daha büyük bir over kanser hasta grubu ile kontrol grubunda karşılaştırmalı olarak incelendi. 147 hasta ve 100 sağlıklı kontrol grubunu kapsayan çalışmada miR-142-3p ekspresyon düzeyi Real-Time PCR yöntemi kullanılarak belirlendi. Over kanserli hasta ve sağlıklı kontroller grubunun periferik kan lenfositlerinde saptanan miR-142-3p'nin ekspresyon düzeyleri arasındaki farklılıklar istatistiksel olarak değerlendirildi. Over kanser hastalarında miR-142-3p ekspresyon düzeyinin sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı saptandı ve bu farkın istatistiksel olarak anlamlı olduğu görüldü (p=0,00). Bu sonuçlar, over kanser hastalarının periferik kanında sağlıklı kontrollere göre anlamlı derecede yüksek bulunan miR-142-3p'nin over kanserinin erken tanısında hassas, non-invaziv bir biyobelirteç olabileceği düşündürmekle beraber overin benign hastalıklarında da ilgili molekülün araştırılması ve değerlendirilmesi için ileri araştırmalara gereksinim duyulmaktadır.
Kodlanan DNA üzerinde kritik noktada var olan SNP'lerin MRNA kırpılması üzerindeki etkisinin araştırılması
Kanser hastalarında yapılan genetik araştırmalar sonucunda DNA üzerinde gözlemlenen bazı mutasyonların, hücredeki tüm mekanizmalarda anahtar rol oynayan proteinler üzerine nasıl etki ettiği bilinmemektedir. Mutasyonların hücresel fonksiyonları nasıl etkilediğini araştıran çalışmalar sonucunda elde edilen bilgileri toplayan online erişimli bilgi bankaları sayesinde hakkında çalışma yapılmış mutasyonları tanıma ve etkilerini tahmin etme şansımız bulunmaktadır. Etkileri henüz araştırılmamış olan varyantların yol açtığı sonuçları tahmin edebilmek için biyoinformatik analiz programları ile in-siliko değerlendirmeler yapılmaktadır ve bu araçlardan elde edilen sonuçlar, mutasyonların klinik önemlerini belirlemede önem taşımaktadır. Biyoinformatik bilimcilerinin ürettiği bilgisayar programları kullanılarak gerçekleştirilen in siliko analizlere ait çıktılar ancak RNA kırpılma analizleri ile doğrulandıktan sonra kesinleştirilebileceğinden, etkileri henüz tanımlanmamış mutasyonlar ile ilgili araştırmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Çalışmamızda, kanser üzerinde etkili genlerde tespit edilmiş ve RNA üzerindeki etkileri bilinmeyen varyantların mRNA'yı nasıl değiştirdiğini ortaya koymak amacı ile 14 varyant incelenmiş ve bunlardan 8 tanesinin RNA üzerine etkisinin olmadığı, 2 tanesinin şüpheli olduğu ve 4 tanesinin (BRCA1 c.5152+5G>A, BRCA1 c.4358-3A>G, APC c.532-1G>A, CHEK2 c.921+2T>A) patojenik olduğu tespit edilmiştir.
Epitelyal over kanserinde MIR-451A ifade düzeyinin araştırılması
Epitelyal over kanseri, yumurta hücrelerin kontrolsüz bölünmesi ve çoğalması sonucunda oluşur. Epitelyal over kanseri (EOC), son 30 yılda yapılan teşhis ve tedavilerdeki kazanımlara rağmen, dünya genelinde kadınlar arasında kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedenlerinden biri olmaya devam etmektedir. Over kanserinde sınırlı tarama yöntemleri ve gecikmiş tanı sebebi ile, hastaların çoğunluğu tanı sırasında ileri evre hastalıkla kliniğe başvurmaktadır ve bu hastalarda 5 yıllık sağkalım oranı ~% 20'lerde seyretmektedir. Yumurtalık kanserinin kötü prognozu temel olarak kemoterapi direncinin ortaya çıkması, tümör metastazı veya hastalığın yeniden nüks etmesinden kaynaklanmaktadır. Bu nedenle, tedavilerin daha fazla kişiselleştirilmesinde, tedavi seçimi, takibi ve erken tanıda prognostik belirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Son yapılan çalışmalar ve bunlardan edinilen bilgiler, yumurtalık kanserinin gelişiminde, çeşitli miRNA'ların etkili olduğunu göstermektedir. Bu nedenle miRNA'ların gerek tanı ve gerekse tedavide biyobelirteç olarak kullanılabilecekleri düşünülmektedir. 150 over kanserli hasta ve 100 sağlıklı kontrolden oluşan çalışma grubunda miR-451a gen ekspresyonu araştırıldı ve iki grup arasında karşılaştırıldı. Bu iki grup arasında ekspresyon düzeyinin 12.5 kat arttığı ve istatistiksel açıdan anlamlı (p<0,05) olduğu görüldü. miR-451a ekspresyon düzeyi ile metastaz varlığı (p=0,948), evreleme (p=0,499), tümör çapı (p=0,716), tanı yaşı (p=0,081), oral kontraseptif kullanımı (p=0,429), menopoz durumu (p=0,923), ailede görülen toplam kanser sayısı (p=0,473), infertilite (p=0,627), hamilelik (p=0,699) olmak üzere farklı parametreler arasında her hangi bir istatistiksel anlamlılık görülmezken (p>0,05), ailede var olan over kanseri ve meme kanser vaka sayıları ile miR-451a ekspresyonu arasında istatistiksel anlamlılık saptandı (p=0,018). Bundan başka yapılan ROC analizine göre miR-451a molekülünün yumurtalık kanseri için biyolojik belirteç niteliği taşıdığı belirlendi.
Yüksek riskli over kanser hastalarında MİR-27A-3P düzeyinin araştırılması
Kadınların çoğunda yumurtalık kanseri tanısı, erken evrede asemptomatik olması ve yeterli erken teşhis tarama yöntemlerinin bulunmaması sebebiyle ileri evrede koyulmaktadır. Yumurtalık kanserinin erken tanısı, tedavisi ve takibi için hastalığın moleküler patogenezinin açıklanması gerekmektedir. Bu sayede yeni biyolojik belirteçlere gereksinim duyulmaktadır. MikroRNA'lar, posttranskripsiyonel seviyede gen ekspresyonunu düzenleyen küçük kodlayıcı olmayan 18-25 nükleotid uzunluğunda bir RNA molekülü sınıfıdır. Onkogenezde hücre çoğalmasını, hücre farklılaşmasını ve onkogen veya tümör baskılayıcı olarak apoptozu düzenleyerek çok önemli bir işlevi olduğu gösterilmiştir. Yumurtalık tümörü oluşumunda çok sayıda miRNA'nın ilişkili olduğu gösterilmiş ve bu miRNA genlerinin bazılarının tanı, prognoz ve tedavi için ideal hedefler olabileceği gösterilmiştir. Sunulan tez çalışmasında grubumuz tarafından daha önce yumurtalık kanseri açısından önemli olduğu saptanan miRNA'lar arasından seçilen miR-27a-3p'nin ekspresyon düzeyi, yumurtalık kanserli hastalar ile sağlıklı kişilerin periferik kanında araştırıldı. RT-PCR tekniği kullanılarak yapılan ekpresyon analizleri SPSS v21.0 programı kullanılarak istatiksel olarak değerlendirildi. Mann-WhitneyU testi ve ROC analizi sonucunda sağlıklı kontroller ile yumurtalık kanserli hasta grupları arasında çalışılmış olan miRNA'nın belirgin bir farka sebep olduğu saptandı. Yumurtalık kanserli hastalarda kontrol grubuna göre miR-27a-3p ekspresyonunun 1,95 kat arttığı gösterildi ve bu artışın istatistiksel açıdan anlamlı (p<0,05) olduğu hesaplandı. Literatürde, miR-27a-3p'nin yumurtalık kanseri dahil birçok kansere ait tümör dokusunda aşırı eksprese edildiği bildirilmiş olmakla beraber miR-27a-3p seviyesinin yumurtalık kanserli vakaların periferik dolaşımdaki düzeyine ilişkin bir bilgi bulunmamaktadır. Sunulan tez çalışmamız ile ilk kez yumurtalık kanserli vakaların periferik dolaşımda sağlıklı kotrollere göre miR-27a-3p ekspresyon seviyesinin artmış olduğu, söz konusu molekülün biyolojik belirteç olma potansiyeli olduğu belirlenmiştir. Gelecekte yapılacak çalışmalarla miR-27a-3p ekspresyon düzeyinin hastalığın tanısı ve tedavisinin izlenmesinde kullanması ile prognostik öneminin de gösterilebileceği düşünülmektedir.
BRCA1 mutant olan ve olmayan meme kanser hücre hatlarında wısp-1 geninin ekspresyonunun araştırılması
Meme kanseri, kadınlarda en sık görülen malign hastalıktır.Meme kanserinde çeşitli genomik farklılıkların özellikle gen ekspresyon düzeylerinin kötü prognoz ile ilişkili olduğu bilinmektedir. Meme tümörigenezinde önemli rol alan BRCA1 geninin mutasyonu ve buna bağlı WISP-1 geninin aktivasyonu, TP53 geni aracılı apoptozu engellemektedir. Ayrıca WISP-1 genini negatif düzenleyen TGFβ1'in, meme kanserinde terapötik bir hedef olabileceğini düşündürmektedir. CCN protein ailesinden olan WISP-1 (CCN4) geni, genellikle farklı kanserlerde yüksek oranda eksprese edilen bir molekül olup kanserde progresyon, uzak metastaz ve kötü prognoz ile ilişkilidir. Bu etki söz konusu genin onkogen gibi davrandığını göstermektedir, ancak bu genin aynı zamanda bazı doku tiplerinde tümör baskılayıcı gibi davrandığı da bildirilmektedir. Tez çalışmasında çeşitli gen mutasyonları taşıyan farklı meme kanser hücre soylarında MDA-MB-231, MDA-MB-453, MCF-7 ve MDA-MB-436, WISP-1 gen ekspresyon düzeyi değişimi TGFβ1 uygulamasına bağlı olarak gerçek zamanlı kantitatif PZR ile değerlendirildi. MDA-MB-231, MDA-MB-453, ve MCF-7 hücre hatlarında, WISP-1 geninde görülen ekspresyon artışına bağlı olarak kanser oluşumunda onkogen gibi davrandığı gösterildi. MDA-MB-436 hücre soyunda ise WISP-1 ekspresyonu yok denecek kadar azdır yani onkogenik özellik taşımamaktadır. TGFβ1 uygulaması ile ER-pozitif MCF-7 hücre hattında, WISP-1 ekspresyonu 6 kat artmıştır. MCF-7 hücre hattında TGFβ1'in, hücre proliferasyonunu arttırdığı görülmüştür. MDA-MB-453, CDH1 mutant hücre hattında TP53 yolağının düzenli çalışmasına bağlı olarak TGFβ1 uygulaması sonrası WISP-1 geninde meydana gelen azalış TGFβ1'in terapötik bir hedef olabileceğini göstermektedir. WISP-1 geni, meme kanseri hücre hatlarında gen mutasyonlarına bağlı olarak biyolojik belirteç niteliği taşıyabilirken, TGFβ1'de terapötik bir hedef olabileceği gösterilmiştir, ancak daha detaylı ve klinik düzeyde çalışmalara ihtiyaç vardır.
Oral kavitenin malin ve premalin lezyonlarında tubulin folding cofactor d (TBCD) geninin genetik ve epigenetik profilinin incelenmesi
Oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC), oral kavite kanserlerinin en sık görülen türüdür. Yüksek morbidite ve mortalite oranları sebebiyle, OSCC gelişiminin altında yatan epigenetik/genetik mekanizmaları çözmek için moleküler çalışmalara ihtiyaç vardır. Oral premalin lezyonlar (OPML) ise farklı oranlarda malin transformasyon riski olan neoplastik oluşumlardır. Demokan ve arkadaşlarının yaptığı TÜBİTAK-SBAG-114S497 no'lu çalışmada ekspresyon/metilasyon array verilerine göre OPML hastalarında Tubulin Folding Cofactor D (TBCD) geninin metilasyona bağlı ekspresyon seviyesinde azalma gözlenmiştir. Çalışmamızda (IU-BAP-TYL-2019-35409) OSCC ve OPML'de TBCD geninin promoter bölgesindeki metilasyona bağlı ekpresyon seviyeleri arasındaki ilişki daha geniş hasta grubunda araştırılarak, TBCD geninin rolü araştırılmış ve kanserin erken tanısı için invaziv veya non-invaziv biyobelirteç olarak kullanılabilirliği test edilmiştir. Çalışmamızda 30 OSCC ve 30 OPML tanılı hastalara ait tümör-eşlenik normal doku ve vücut sıvıları (serum ve tükürük) ile kontrol grubu olarak 15 adet sağlıklı bireyin normal mukoza ve vücut sıvısı örneklerinde TBCD geninin metilasyon ve ekspresyon seviyeleri belirlenmiş ve metilasyona bağlı ekspresyon kaybı incelenmiştir. OSCC hastalarının %66,6'sında (20/30) tümör dokusunda eşlenik normal dokuya kıyasla ekspresyon seviyesinde azalma ve %20'sinde (6/30) ekspresyon seviyesinde artma gözlenirken, 4 hastanın ekspresyon seviyesinde değişiklik gözlenmemiştir. OPML alt gruplarında LP tanılı hastaların %30,8'inde (4/13), OL tanılı hastaların %42,8'inde (3/7) ve OLD tanılı hastaların %50'sinde (5/10) ekspresyon seviyesinde azalma meydana gelmiştir. Genin promoter bölgesinde ise OSCC hastalarının %13,3'ünde (4/30) ve OPML hastalarının %10'unda (3/10) metilasyon saptanmıştır. OPML grubunda metilasyon saptanan hastaların %66,7'si (2/3) OLD tanılıdır. OSCC hastalarında metilasyon saptanan 4 hastanın 2'sinde (%50) ekspresyon seviyesinde azalma ve 1'inde ekspresyon seviyesinde artma (%25) gözlenirken; 1 hastada herhangi bir değişim gözlenmemiştir. OPML hastalarında ise metilasyon saptanan 3 hastanın 2'sinde (%66,7) ekspresyon seviyesinde azalma ve 1'inde (%33,3) ekspresyon seviyesinde artma gözlenmiştir. Tümör dokusunda metilasyon gözlenen hastaların eşlenik normal doku, serum ve tükürük örneklerinde ve sağlıklı bireylerde metilasyon varlığı saptanmamıştır. OSCC ve OPML hastalarında ekspresyon seviyesindeki meydana gelen değişiklikler ile çeşitli klinik parametreler (sigara tüketimi, evre, anatomik tutulum, patolojik alt grup) değerlendirildiğinde anlamlılıklar görülmesine rağmen, düşük oranlarda gözlenen metilasyonun, değişen ekspresyon seviyeleri üzerinde bir etkisinin olmadığı gözlenmiştir. Bu sebeple TBCD geninde tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre meydana gelen ekspresyonda azalmanın, OSCC ve OPML'de önemli rol oynayabileceği düşünülmektedir.
Özofagus kanseri radyoterapisinde hasta solunum hareketinin doz dağılımına etkisinin farklı planlama teknikleri ile araştırılması
Özofagus kanseri dünya çapında sık görülen kötü huylu tümör tiplerindendir. Günümüzde tıbbi olarak uygun olan özofagus kanserli hastalar için tam cerrahi rezeksiyon standart tedavi şeklidir. Radyoterapi, özofagus kanserinin multimodalite sistemik tedavisinde kritik bir bileşendir. Torasik yerleşimli özofagus kanseri için nefes hareketinin neden olduğu yer değiştirme ve deformasyon, tedavi doğruluğunu ve hassasiyetini etkileyen kritik faktörlerdendir. Aktif solunum kontrolü uygulamasının, solunumun neden olduğu hareketi azalttığı birçok araştırmada gözlenmiştir. Bu çalışmada Sievert II-III yerleşimli özofagus karsinomunun serbest solunum, derin inspirasyon ve ekspirasyon solunumu olmak üzere 3 faz ile yapılan aktif solunum kontrollü radyoterapisinde 3 boyutlu konformal (3BKRT), yoğunluk ayarlı radyoterapi (YART) ve volümetrik ark tedavi (VMAT) teknikleri kullanılarak tedavi planları oluşturulup, hastaların solunum hareketlerinin doz dağılımına etkisinin araştırılması, hedef hacmin aldığı doz ve kritik organ dozları bakımından birbirlerine karşı üstünlüklerini karşılaştırmak amaçlanmıştır. Tez çalışmamızda kullanılan özofagus kanserli 10 hastanın 3 farklı solunum fazı ile bilgisayarlı tomografi (BT) görüntüleri çekilip, hastanın kritik organları ve hedef volümü (PTV) konturlanmıştır. Her hasta için aynı kriterler kullanılarak tedavi planları hazırlanmış, planlara ait konformite ve homojenite indeksleri (KI-HI) hesaplanıp, PTV ve kririk organların (OAR) aldığı doz değerleri ve tedavi süreleri karşılaştırılmıştır. Çalışmamızın sonunda, özofagus ışınlamalarında kulanılan radyoterapi tekniğinden bağımsız olarak, derin nefes alıp tutma yöntemi ile kritik organ dozlarının azaldığı görülmüştür. Torasik yerleşimli özofagus kanseri tanılı, solunum kontrol sistemleri ile koopere olabilecek hastaların tedavilerinde derin inspirasyon solunum yöntemi güvenilir bir teknik olarak görülebilir. VMAT tekniği yüksek doz konformite-homojenitesi sağlaması, kritik organları daha iyi koruması ve düşük tedavi süreleri ile özofagus kanseri ışınlamalarında tercih edilebilir bir radyoterapi tekniğidir.
Over kanserlerinde MİR-1260 mikrorna ailesinin araştırılması
Kadınlarda en sık görülen kanserler arasında meme, tiroid ve kolorektal kanser sayılabilir. Jinekolojik kanserler açısından bakıldığında ülkemizde de en sık görülen jinekolojik kanserler, rahim kanseri, over kanseri ve rahim ağzı kanseridir. Bu verilere göre Türkiye'de her yıl ortalama 3800 kişi rahim kanseri, 2790 kişi over kanseri, 1950 kişi rahim ağzı kanseri ve 400 kişinin de diğer genital kanserlerine yakalandığı bildirilmektedir. Amerika Birleşik Devletleri'nde ise yılda ortalama 14.270 kişinin jinekolojik kanserlere yakalandığı bildirilmektedir. Over kanseri tedavisi genellikle kemoterapi ve cerrahiden oluşmaktadır. Genellikle önce cerrahi tedaviyi takiben kemoterapi uygulanmaktadır. Klinikte etkili bir over kanseri tedavisi için öncelikle over kanserinin moleküler patogenezinin açıklanması ve tedavinin takibini kolaylaştıran yeni moleküler biyomarkerler gereklidir. miRNA'ların birçok kanser türü için biyolojik marker olabileceği bildirilmektedir. Over kanserinde miRNA'ların etkinliğine ilişkin grubumuzun yaptığı öncül bir araştırmada over kanserinin etiyolojisinde 99 aday miRNA'nın önemli olduğu belirlenmiştir. Bu tez çalışması kapsamında, bu miRNA'lar arasından miR-1260 mikroRNA ailesine ait 2 miRNA'nın ailesel ve sporadik over kanser hastalarından oluşan daha geniş bir hasta grubunda validasyonlarının yapılması planlanmıştır. Çalışmada 150 ailesel ve sporadik over kanser hastası ile hasta grubu ile yaş, cinsiyet ve etnik olarak eşleştirilmiş 100 sağlıklı kontrol grubunda miR-1260 mikroRNA ailesine ait 2 miRNA'nın ekspresyon düzeyleri incelendi ve over kanseri için biyomarker özelliği taşıyıp taşımadığı araştırıldı. Çalışmada over kanserli hastalara ait ekspresyon sonuçları sağlıklı kontroller ile karşılaştırılarak değerlendirildi. Over kanserli hastalarda miR-1260a ve miR-1260b ekspresyon düzeylerinin kontrol grubuna göre yüksek oranlarda artmış olduğu saptandı. Over kanseri hastalarında miR-1260a ekspresyon düzeyinin sağlıklı kontrol grubuna göre yaklaşık 17 kat arttığı, miR-1260b ekspresyon düzeyinin ise sağlıklı kontrol grubuna göre yaklaşık 33 kat arttığı saptanmıştır. Hem over hem de diğer tip kanserler için de tanı alan hastalarda da kontrol grubuna göre miR-1260a ve miR-1260b ekspresyon düzeylerinin yüksek oranlarda arttığı görülmüştür. Sonuç olarak öncül çalışmasında da over kanseri ile ilişkili ekspresyon artışı saptanan miR-1260a ve miR-1260b mikroRNA'larının bu çalışma sonucunda ekspresyonlarının yüksek olduğu gözlenmiş ve validasyonları sağlanmıştır. 150 hastadan oluşan over kanser grubunda ve 100 hastadan oluşan sağlıklı kontrollerde valide edilen miR-1260a ve miR-1260b miRNA'larının, epitelyal over kanserinin (EOK) tanısında kullanılabilecek girişimsel olmayan yeni biyolojik markerlar olabileceği düşünülmektedir. Ayrıca bu moleküllerin etkileştiği gen ve yolaklar üzerindeki moleküllerin ise gelecekte terapötik birer hedef olarak çalışılması gerektiği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Ailesel ve Sporadik Over kanseri, miRNA ifadesi, biyomarker, Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No:31188
Ailesel ve sporadik over kanserli hastalarda miR423-5p ve miR664b-5p'nin araştırılması
MikroRNA'lar(miRNA'lar),yaklaşık 22 nükleotid uzunluğunda,endojen, kodlamayan,tek sarmallı RNA molekülleridir.Over kanseri,klinik ve moleküler düzeyde farklı biyolojik davranışları içeren heterojen bir hastalıktır.miRNA'lar overde ekspresyona uğrayarak üremenin düzenlenmesinde,over kanserinin erken teşhisi,prognozu ve kemoterapi duyarlılığında rol oynamaktadır.Çalışmada,önceki çalışmalarımızda over kanseri etiyoloji açısından önemli olduğu saptanan miRNA'lar arasından seçilen,miR-423-5p ile miR-664b-5p adlı 2 miRNA'nın ekspresyon düzeyi ailesel ve sporadik over kanserli hastalar ve sağlıklı kişilerin periferik kanında araştırıldı.RT-PCR tekniği kullanılarak yapılan ekpresyon analizleri SPSS v21.0 programı kullanılarak istatiksel olarak değerlendirildi.Sonuçlara göre;sağlıklı kontroller ile over kanserli hasta grupları arasında her 2 miRNA için de istatistiksel açıdan anlamlı bir fark olduğu saptandı(p=0,000).Over kanserli hastalarda kontrol grubuna göre miR-423-5p ekspresyonunun 2,35 kat,miR-664b-5p'nin ise 2,47 kat arttığı görüldü.Literatürde,over kanseri hariç birçok kanser türünde ve farklı hastalık aşamalarında aşırı eksprese edildiği bildirilmiş miR-423-5p'nin tez çalışmamız ile ilk kez over kanser vakalarına ait periferik dolaşımdaki lenfositlerde artmış olduğu gösterilmiştir.Genelde,over kanserli hasta grubunda miR-664b-5p'nin ifade düzeyinin yükseldiği ancak over kanserli vakalar arasında BRCA mutasyon taşıyıcılarının %60'ında azalmış olduğu saptanmıştır.Her 2 miRNA molekülünün ekspresyonunun over kanser alt grupları arasında over kanseri ile beraber endometriyum kanserini 2.primer olarak taşıyan hastalarda azalması,buna karşılık over kanserine ek olarak meme ve endometriyum hariç,farklı bir ikincil kanser tanısı almış hastalarda da en yüksek düzeyde görülmesi bu 2 molekülün üzerinde ileri araştırılmalar yapılması gerektiğini düşündürmektedir.Her 2 miRNA molekülün ekspresyon artışının over kanseri ile ilişkili olduğu,azalışının da endometriyum kanseri için bir özellik olabileceği düşünülmektedir.Özetle,bu çalışmadaki miRNA moleküllerinin over kanseri için non-invaziv biyolojik belirteç olma potansiyeli olduğu anlaşılmış olup,bu moleküllerin gelecekteki çalışmalarda tümör dokusu üzerinde ve tedavi süresince değişimlerinin gösterilmesi yararlı olacaktır.
Meme tümörlerinin radyoterapisinde iki farklı optimizasyon algoritmasının doz dağılımlarına etkisinin incelenmesi
İnsan vücudu farklı yoğunluklara sahip organlardan oluşmaktadır. Tedavi planlama sistemleri, akciğer gibi farklı yoğunluktaki organların doz dağılımlarını doğru hesaplayabilmek için sürekli geliştirilmekte olan doz hesaplama algoritmalarını kullanmaktadır. Bir doz hesaplama algoritması olan Analytical Anisotropic Algorithm (AAA) içine inhomojen yapılarda doku düzeltmesi yapabilen Intermediate doz hesaplama modülü eklenmiştir. Bu çalışmada, 20 sol meme kanserli hastanın IMRT ile hazırlanan radyoterapi planlarında intermediate modülünün doz dağılımına olan katkısının araştırılması amaçlanmıştır. Tedavi hacimleri 434,7 cm3 ile 1595,2 cm3 arasında değişmekte olan 20 sol meme kanserli hastanın tedavi planları IMRT tekniği ile hazırlanmıştır. Planlar hazırlanırken, Eclipse 8.9.0 TPS ve Eclipse 15.6.03 TPS'ndeki AAA ve AAA Intermediate doz hesaplama algoritmaları kullanılmıştır. PTV'nin %95'inin verilmek istenen dozu alması için normalizasyon yapılmış ve doz volüm histogramları (DVH) oluşturulmuştur. Her hasta için intermediate doz modülü kullanılarak ve kullanılmadan hazırlanan tedavi planları, planlara ait DVH'ler kullanılarak, hedef volüm için homojenite indeks (HI), konformite indeks (CI), riskli organlar olan kalp, medulla ve akciğerin aldığı dozlar bakımından karşılaştırılmıştır. Yapılan çalışmanın sonunda; Intermediate doz hesaplama algoritması ile hazırlanan planlarda bazı kritik organlar daha düşük dozlar almış, CI ve HI değerleri yapılan diğer planlamalara göre daha iyi sonuçlar vermiştir. Intermediate doz hesaplama modülü kullanıldığında, tedavi planı kalitesinin arttığı görülmektedir.
Oral skuamöz hücreli karsinomda Glycophorin C (GYPC) geninin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin incelenmesi.
Oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC), alkol ve tütün kullanımı, coğrafi bölge, kötü ağız hijyeni gibi faktörlerin insidans ve mortalite oranlarını etkilediği oral kavite karsinomunun en sık görülen türüdür. Prof. Dr. Semra Demokan ve arkadaşlarının tamamladığı TÜBİTAK-SBAG-114S497 nolu projesinde OSCC hastalarına ait tümör ve eşlenik normal dokularda tespit edilen ekspresyon ve metilasyon array sonuçlarının biyoinformatik analizine göre Glycophorin C (GYPC) geninin CpG adacıklarının metillenmiş olduğu ve bu duruma bağlı olarak ekspresyon düzeylerinde azalma olduğu tespit edilmiştir. GYPC geni, eritrositler tarafından taşınan ve membrana entegre olabilen GPC ile GPD proteinlerini kodlayarak, kırmızı kan hücrelerinde zar stabilitesini sağlar. Kanser gelişiminde DNA hipermetilasyonu gen ifadesini baskılaması sonucu karsinogenezde önemli bir rol oynamaktadır. Çalışmamızda GYPC genindeki metilasyon durumunun OSCC'de erken tanı ve prognozda kullanılabilecek bir biyobelirteç olabilme potansiyeli araştırıldı. OSCC tanısı konulan 50 hasta ve 10 sağlıklı bireyin doku ve serum örneklerinin metilasyon ve ekspresyon durumunu incelemek için sırasıyla QMSP ve QRT-PCR yöntemi kullanıldı. Elde edilen bulgular ile klinik parametreler karşılaştırılarak istatistik analizi değerlendirildi. "GYPC geninde, hastaların tümör dokusunun %48'inde (24/50) metilasyon gözlenirken; %50' inde (25/50) tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre ekspresyon seviyesinde azalma gözlendi. Tümör dokusunda metilasyon gözlenen 24 hastanın %52'sinde (13/25) metilasyona bağlı ekspresyon seviyesinde azalış gözlendi. GYPC geninin ekspresyon azalışı ile metastaz (p=0,006), tümör dokusunda metilasyon gözlenen hastalar ile lenf nodu tutulumu (p=0,011) ve metastaz (p=0,044) arasında istatistiksel anlamlılık bulunmuştur. Buna ek olarak metilasyona bağlı ekspresyon azalışı durumu ile sigara (p=0,019), alkol tüketimi (p=0,031) ve metastaz (p=0,019) arasında istatistiksel anlamlılık gözlenmiştir. Anahtar Kelimeler: metilasyon, gen ekspresyonu, epigenetik biyobelirteç, oral skuamöz hücreli karsinom, GYPC geni Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TYL-2018-32628
Erken evre glottik larenks radyoterapisinde yoğunluk ayarlı radyoterapi ile robotik kollu radyocerrahi tekniğinin dozimetrik karşılaştırılması
Bu çalışmanın amacı, daha önceden standart doz/fraksiyon şemaları ile tedavi edilmiş 15 EGL vakasının, Yoğunluk Ayarlı Ark Radyoterapi (YAAT) ve Robotik kollu stereotaktik vücut radyoterapisi (RK-SBRT) teknikleri ile hipofraksiyon şemaları kullanılarak yeniden yapılan tedavi planlarının konformite indeks (CI), homojenite indeks (HI), monitor unit (MU) değerleri ve kritik organların aldığı dozlar bakımından istatistiksel olarak karşılaştırılmasıdır. Daha önceden standart doz/fraksiyon şemaları kullanılarak tedavi edilmiş 15 hastanın, tedavi planlaması için gereken 3 boyutlu görüntüleri İ.Ü Onkoloji Enstitüsü arşivinden elde edilmiş olup yeniden planlama için tedavi planlama sistemlerine yüklenmiştir. Fraksiyon başına 4.5 Gy tanımlanmış olup toplamda 10 fraksiyon tedavi dozu planlanmıştır. Tedavi dozunun, PTV hacminin en az %95'ni sarması amaçlanmıştır. Seçili bir lenf nodu ışınlaması yapılmamıştır. PT tedavi hacimlerinin maksimum doz (Dmak), minimum doz (Dmin) değerlerinin yanı sıra ortalama doz (Dort) karşılaştırmaları yapılmıştır. PTV hacmi değerlendirilmesinde, YAAT tekniğinin, RK-SBRT tekniğine göre istatiksel olarak anlamlı daha uygun Dmak, Dort doz değerleri ve HI değerleri elde edilmiştir(p<0,05). Teknikler arasında CI değerlerinin incelenmesinde istatiksel olarak anlamlı bir farklılık görülmemiştir(p>0,05). RK-SBRT tekniği ile YAAT tekniğine göre istatiksel olarak anlamlı daha düşük spinal kord Dmak değerleri elde edilmiştir(p<0,05). YAAT tekniği ile istatiksel olarak anlamlı daha düşük karotis arteri Dort ve Dmak değerleri elde edilirken (p<0,05), tiroid bezi Dort değerlerinde de RK-SBRT tekniğine göre istaitksel olarak anlamlı daha düşük değerler elde edilmiştir (p<0,05). RK-SBRT tekniği ile YAAT tekniğine göre istatiksel olarak anlamlı daha yüksek MU değerleri elde edilmiştir. Radyoterapi teknikleri ve radyobiyolojideki gelişmeler sayesinde, günlük yüksek tedavi dozlarının düşük fraksiyonda verilmesine olanak sağlamaktadır. EGL kanserinin tedavisinde SBRT tekniklerinin karşılaştırıldığı bu çalışma da YAAT tekniği ile RK-SBRT tekniğine göre spinal kord Dmak değerleri dışında, tedavi hacimi doz değerlendirmesi, tiroid bezi, karotis arteri ve MU değerleri bakımından daha uygun bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: YAAT, RK-SBRT, Erken Evre Glottik Larenks
Akciğer kanserlerinde solunum hareketlerinin iç hedef hacmine etkisinin araştırılması
Çalışmada, akciğer kanseri SBRT tedavilerinde, 4B-BT ile üretilen 10 solunum fazında GTV konturlamanın getirdiği iş yükünü azaltmak için alternatif hedef tanımlama stratejilerinin kullanılabilirliği araştırıldı. 1 cm ve 4 cm çapında tümörler içeren ve ±1,5 cm genlikle hareket eden silindirik mini bir fantom CIRS akciğer fantomuna yerleştirildi. Fantomun 4B-BT'si çekildi. 10 fazda konturlanan GTV'lerin birleşimiyle altın standart ITV (iç hedef hacim) üretildi. 2faz (%0, %50); 4faz (%0, %20, %50, %70); maksimum yoğunluk projeksiyon (MIP)-BT ve ortalama yoğunluk projeksiyon (AIP)-BT görüntülerinde alternatif ITV'ler oluşturuldu. 5 mm marjla PTV'ler oluşturuldu. Alternatif hedef hacimlerin uygunluk numaraları (CN) hesaplandı. Alternatif hacimlerle optimize edilen SBRT planların film ile ölçülen doz dağılımları, altın standart hacimle optimize edilen planın film ile ölçülen doz dağılımıyla karşılaştırıldı. Akciğer kanserli 15 hastanın 4B-BT görüntüleri kullanılarak, fantomda uygulanan ITV tanımlama yöntemleriyle ITV'ler ve PTV'ler oluşturuldu. Alternatif hedef hacimlerin CN değerleri hesaplandı. Fantomda 1 cm ve 4 cm çapında tümörlerin 2faz, 4faz, MIP, AIP görüntülerinde oluşturulan PTV'lerin CN değerleri sırasıyla 0,813; 0,971; 0,846; 0,817 ve 0,936; 0,953; 0,946; 0,901'dir. %3-3 mm kriterine göre gamma geçme oranı; küçük tümörün 4faz optimizeli planında %90'nın üzerindeyken, büyük tümörün dört alternatif hacim optimizeli planların her birinde %90'nın üzerindedir. Klinik çalışmada; hareket büyüklüğü >1 cm ve <1 cm olan tümörlerin 2faz, 4faz, MIP, AIP görüntülerinde oluşturulan PTV'lerin CN değerleri sırasıyla; 0,842±0,054; 0,920±0,028; 0,798±0,076; 0,730±0,088 ve 0,931±0,025; 0,959±0,011; 0,827±0,043; 0,816±0,059 olarak bulundu. Fantom ve klinik çalışmaya göre altın standarda en uyumlu alternatifin 4faz olduğu tespit edildi.
Over kanserli hastalarda miR-16-5p, miR-17-5p, miR-638 'in ifade düzeylerinin araştırılması
Over kanseri, kadınlar arasında ölümcül jinekolojik malignitelerden biridir. Over kanserli kadınların % 70'inden fazlası ileri evrelerde tanı alır ve bu vakaların çoğu tedavi edilemez. Hastaların çoğu primer kemoterapiye iyi yanıt vermesine rağmen, tümörler tedaviye dirençli hale gelmektedir. MikroRNA'lar (miRNA'lar) hedef mRNA'larının translasyonal inhibisyonu ve degradasyonu yoluyla posttranskripsiyonel seviyede gen ekspresyonunu düzenleyen 19-25 nükleotid uzunluğunda, protein kodlamayan küçük RNA'lardır. Birçok miRNA'nın onkogenler, tümör baskılayıcılar ve hatta kanser kök hücreleri ve metastaz modülatörleri olarak görev yaptığı belirlenmiştir. Çalışmamızda daha önce ekibimiz tarafından yapılan mikroarray araştırmasından elde edilen bulgulara göre miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 genlerinin over kanseri ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Söz konusu miRNA'ların validasyonlarının yapılması ve yüksek riskli over kanserli hastaların erken tanısında ve hastalığın prognozunda kullanılabilecek birer biyobelirteç olup olmadıklarının belirlenmesi için 142 over kanserli hasta ile 97 sağlıklı kontrole ait periferik kan örneklerinde miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 genlerinin ekspresyon düzeylerinin araştırılması amaçlandı. miRNA ekspresyon analizi periferik kan lenfositlerden RNA izolasyonunu takiben incelenen miRNA'lara özgü cDNA sentezi ve Real-Time PCR yöntemleri kullanılarak gerçekleştirildi. Çalışmanın sonucunda miRNA gen ifade düzeylerinin hasta gruplarında sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı ve istatistiksel açıdan anlamlı (p< 0,05) olduğu görüldü. Her bir miRNA için elde edilen p değerleri; miR-16-5p, p< 0,001; miR-17-5p, p< 0,001 miR-638, p=0,005 şeklindedir. Ayrıca miRNA ekspresyon seviyelerini hastaların klinik verileri ile karşılaştırdığımızda; hastaların sigara içme durumu ile miR-17-5p'nin artan ifade düzeyi arasında anlamlı bir fark saptandı (p=0,007). Ayrıca miR-638'in artan ekspresyon düzeyi ile lokal ileri hastalığı olan abdominal metastazlı hastalar arasında anlamlı bir fark bulundu (p=0.03). Elde edilen bulgular, incelenen miRNA'ların kanserli hastalarda onkogenik özellik gösterdiğini ve bu yolla lokal ileri evre hastalığı tetiklediğini düşündürmektedir. miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 moleküllerinin over kanserini saptamak ve prognozunu göstermek açısından potansiyel biyobelirteçler olma olasılıklarının yüksek olduğu düşünülmektedir.
Mikro yapraklı kolimatör sistemlerinin düzleştirici filtreli ve filtresiz 10 MV foton demetleri için monte carlo metoduyla incelenmesi
Bu çalışmada, EGSnrc Monte Carlo programı kullanılarak HDMLC sistemine sahip Varian TrueBeam STx lineer hızlandırıcısı modellenmiş ve Varian Eclipse tedavi planlama sisteminde AAA ve AXB algoritmaları kullanılarak hazırlanan tedavi planları simüle edilmiştir. Cihazın modellenmesi sırasında öncelikle MLC içermeyen açık alanlar, sonra MLC'nin jawdan içeride olduğu statik alanlar değerlendirilmiştir. Test için alınan ölçümler Sun Nuclear 3D Scanner su fantomu kullanılarak 100 cm kaynak yüzey mesafesinde (SSD) ölçülmüştür. Tüm PDD ve profil değerlendirmelerinde alan boyutu, penumbra ve QI gibi değerlendirme kriterlerinin yanı sıra %2 DD ve 2 mm DTA kriterleriyle yapılan gama analizleri ölçüt alınmıştır. Bir açıklaması olmadıkça, her ölçümün bu değerler içinde yapılan gama analizinde tam uyum göstermesi amaçlanmıştır. Tedavi planı simülasyonunda, rando fantom görüntüsü üzerinde bir geniş alan serviks ve bir küçük alan sol akciğer 3D konformal planları değerlendirilmiştir. Değerlendirme aşamasında MATLAB ve CERR programlarından faydalanılmıştır. Tedavi planı değerlendirmelerinde yapı bazlı üç boyutlu gama analizleri kullanılmış; ayrıca DVH karşılaştırmalarından yararlanılmıştır. Oluşturulan modelin gerçek ölçümlerle çok yüksek bir uyum gösterdiği ve karşılaştırma verilerinin uyumlu olduğu görülmüştür. Hem serviks hem de akciğer tedavi planlarında EGSnrc modelleriyle AXB algoritması arasında %1 DD ve 1 mm DTA kriterlerinde yüksek, %3 DD ve 3 mm DTA kriterlerinde tam uyum görünmüştür. Ancak, AAA algoritmasının heterojen ortamlarda %1 DD ve 1 mm DTA kriterleri kullanıldığında başarısız olduğu gözlenmiştir. Çalışmamızda, ölçümlerden ve tedavi planlama sistemlerinden tamamen bağımsız ve yüksek doğruluğa sahip bir Monte Carlo hesaplama yöntemi geliştirilmiştir. Bu sistem sayesinde herhangi bir durumu yüksek bir hassasiyetle modellememiz ve doğrulamamız mümkündür.
Yoğunluk ayarlı ve ark radyoterapi uygulanan baş-boyun kanseri tanılı hastalarda hedef ve riskli organlardaki değişimin retrospektif araştırılması
Baş-boyun kanseri radyoterapisi 6-7 hafta sürer. Tedavi sırasında anatomik değişiklikler oluşur. Bu değişiklikler tedavi hacminin düşük doz almasına ve riskli organların yüksek doz almasına neden olabilir. Çalışmanın amacı, radyoterapi görmüş baş-boyun kanserli hastalarının tedavi sırasında çekilen kontrol filmleri kullanılarak tedavi sırasında oluşan anatomik ve dozimetrik değişiklikleri retrospektif olarak araştırmaktır. Çalışmaya IMRT/VMAT ile tedavi edilmiş 10 nazofarinks kanseri hastasına dahil edildi. Tedavi plan için çekilen CT0 ile kontrol amaçlı 15.fraksiyonda çekilen CT15 ve 25.fraksiyonda çekilen CT25 üzerindeki GTV ve parotis hacimleri karşılaştırıldı. CT15 ve CT25 kullanılarak sanal adaptif planlar ve hibrit planlar oluşturuldu. PTV, CTV, ipsilateral parotis, kontralateral parotis hacimlerindeki doz değişimleri ile spinal kord ve beyin sapındaki doz değişimleri araştırıldı. GTV-tm hacmi CT15 ve CT25 görüntülerine göre %22,7 ve %32,2 azalmıştır. GTV-lap ise sırasıyla %31,5 ve %39,4 azalmıştır. İpsilateral parotis sırasıyla %29,5 ve %40,6 azalmıştır. Kontrolateral parotis sırasıyla %25,5 ve %33,5 azalmıştır. Hacimlerindeki azalma istatiksel olarak anlamlıdır. Boyun çap azalması oransal olarak sırasıyla %5,7 ile %7,4'dır, faklar anlamlıdır. CTV hacimlerin %98'nin ve PTV hacimlerinin %95'inin doz değerlerindeki değişim istatiksel olarak anlamlı değildir. İpsilateral parotis D-ortalama dozu adaptif planlarda %13,5 ile %20,2 artarken hibrit planlarda %16,5 ile %22,1 artmıştır. Kontralateral parotis D-ortalama dozu adaptif planlarda %10,9 ile %16,5 artarken hibrit planlarda %14,8 ile %19 artmıştır. D-ortalama artışları istatistiksel olarak anlamlıdır. Spinal kord ve beyin sapının maksimum dozlarındaki değişim anlamı değildir. Boyun çap ile hacimsel değişimler arasında anlamlı ve yüksek korelasyon vardır. Çap azalması xvi ile parotis D-ortalama dozu, spinal kord ve beyin sapının maksimum dozu arasındaki korelasyon anlamlı değildir. Çalışmanın sonucunda, Baş boyun tümörlerinde tedavi boyunca tümör ve kritik organ hacminin değiştiği ve buna bağlı olarak hacimlerin aldığı dozların değiştiği görülmüştür. Bu değişiklerin tedavi sırasında düzeltilmesi tedavinin başarısını arttıracaktır.
Meme kanserinde histon 4 lizin 20 üçlü metillenmesinin (h4K20ME3) öneminin araştırılması
Kadınlarda en sık görülen malign hastalık olan meme kanserinin gelişiminde genetik ve epigenetik değişiklikler birlikte rol oynamaktadır. Histon modifikasyon yolaklarında meydana gelen bozulmalar, birçok kanserde olduğu gibi, meme kanserinin gelişimi ve progresyonuyla da ilişkilidir. Memeli hücrelerinde H4 lizin 20 (H4K20) metillenmesi 3 farklı düzeyde gerçekleşir: tekli (H4K20me1), ikili (H4K20me2) ve üçlü metillenme (H4K20me3). Bunlardan H4K20me3 genomda heterokromatik bölgeler, telomerler, damgalı bölgeler ve tekrarlanan elementlerde yoğunlaşmıştır ve bu bölgelerin transkripsiyonel olarak sessizleştirilmesinde görev alır. H4K20'nin üçlü metillenmesi, SUV420H2 olarak kısaltılan metil transferaz tarafından gerçekleştirilir. Bu enzimin anlatım düzeyinin birçok kanserde değiştiği rapor edilmiştir. Literatürde yer alan çalışmaların bir kısmı H4K20me3 işaretlenmesinin farklı kanserlerde azaldığını bildirirken, bu modifikasyonun insan tümörlerinde arttığını gösteren çalışmalar da bulunmaktadır. Tez çalışmasında, meme kanserli hastaların tümör ve eşlenik normal dokularında SUV420H2 ekspresyonu ve H4K20me3 miktarının incelenmesi amaçlandı. Ayrıca, deneysel olarak SUV420H2 geninin susturulmasının meme kanseri hücrelerinin sağ kalımları üzerine etkisi araştırıldı. SUV420H2 gen ifadesi mRNA düzeyinde yarı nicel olarak belirlendi; H4K20me3 ise dokulardan elde edilen histon proteinlerinde ELİZA-benzeri yaklaşımla ölçüldü. Tez çalışmasının bulguları, SUV420H2'nin tümör dokularında eşlenik normal dokulara göre daha fazla ifade edildiğini göstermektedir. Hastaların hormon reseptör durumu ile SUV420H2 ifade düzeyi arasında dikkat çekici bir ilişki saptandı. H4K20me3 miktarları tümör dokularında, normal dokulara göre anlamlı düzeyde daha yüksek bulundu. Hastalığı daha ileri evresinde bulunan hastaların tümörlerinin daha fazla H4K20me3 düzeyine sahip olma eğiliminde oldukları belirlendi. Meme kanseri hücre soylarında SUV420H2 geninin baskılanması hücre çoğalmasının uyarılması ile sonuçlandı. Çalışmada elde edilen veriler, SUV420H2 ve H4K20me3 düzeylerinin meme kanserinde değişime uğradığını ve SUV420H2'nin hücre çoğalması ile ilişkili olduğunu ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, Epigenetik, Histon metillenmesi, H4K20me3, SUV420H2 Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2017-27336
Doksorubisin yüklü mikroköpükçüklerin meme kanserine etkisinin in-vitro iki boyutlu (2D) ve üç boyutlu (3D) değerlendirilmesi
Amaç: Meme kanserinde kullanılan kemoterapötiklerin sistemik yan etkileri vardır. Bu yan etkilerin bertaraf edilmesi ya da azaltılması için son yıllarda hedeflendirilmiş tedavi stratejileri araştırılmaktadır. Ultrason kontrast ajanı mikroköpükçüklerin meme kanseri hücrelere hedeflendirilmesi ve bunlara meme kanseri tedavisinde kullanılan Doksorubisin (DOX) yüklenmesi, bu ajanların patlatılarak ilacın sonoporasyon etkisiyle doğrudan kanserli hücrelere aktarılması, ve kanserli hücrelerin bertaraf edilmeleri amaçlanmaktadır. Daha önceki çalışmalarımızda ultrason kontrast ajanı mikroköpükçüklerin üretilmiş, kemoterapötik ilaç olan DOX'un lipozomlar içerisine hapsedilmiş, DOX yüklü lipozomların mikroköpükçüklere bağlanmıştır. Bu çalışmada DOX yüklü mikroköpükçüklerin ve liposomal doksorubisinin in vitro meme kanseri hücre hatlarına iki boyutlu (2D) ve üç boyutlu (3D) etkisi araştırılmıştır. Yöntem: Bu çalışmada DOX, LipoDOX ve DOX yüklü mikroköpükcüklerin meme kanseri üzerine etkileri in vitro iki ve üç boyutlu düzeyde araştırılmıştır. Bu amaçla farklı özelliklerdeki meme kanseri hücre hatları (4T1, MDA-MB231, MCF-7) iki ve üç boyutlu (matrijel tabanlı) üretilerek, değişik koşul, süre ve dozlarda sitotoksik ve hücre ölümü etkisi WST-1, tripan mavisi, koloni sayımı, Annexin V-PI İmmunhistokimyasal (Ki-67, kaspaz 3, 8,9) yöntemleri ile araştırılmıştır. Elde edilen bulgular non-parametrik testlerle p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak karşılaştırılmıştır. Bulgular: DOX uygulandıktan sonra her üç hücre hattında da proliferasyon indeksinin azaldığı ve intrinsik ve ekstrensik yolakların her ikisinin de aktiflendiği hem 2D hem de3D modelde tespit edilmiştir. Ancak bu etki 3D modelde DOX'un sferoidlerin içine difüzyonunun daha güç olması nedeniyle daha düşük düzeyde görülmüştür. Ayrıca 3D modellemenin meme kanseri hücre kültürü modeli açısından uygun olduğu oluşan duktus yapıları ve sferoidler ile desteklenmiştir. Mikroköpükçük deneylerin, mikroköpükçüklerin yüzeye çıkması ve 3D modelde büyük olmaları nedeniyle matrijelin altında kalmaları sonucu deneylere devam edilememiştir. Sonuç: DOX, meme kanseri hücre kültüründe anti-proliferatif ve apoptoz indükleyici etki göstermektedir. Ancak bu etki; hücre hatlarının birbiri arasında ve 2D ile 3D modelleme türüne göre değişmektedir. Bu nedenle 3D sferoid modellemesi özellikle ilaç etkinliği çalışması için oldukça önemlidir. Anahtar Kelimeler: 3D hücre kültürü, meme kanseri, mikroköpükçük, ilaç taşınımı
Çocukluk çağı tümörlerinde seskiterpen laktonların etkisi
Çocukluk çağı kanserleri, tedavi ve sağkalım oranlarında ilerleme görülmesine karşın, yeni tedavi stratejilerine gereksinim duyulan bir kanser grubudur.Seskiterpen laktonlar (SL) 100'den fazla çiçekli bitki familyasında bulunan çeşitli doğal ürünler grubudur. SL'lar geleneksel olarak kullanılan birçok tıbbi bitkinin aktif bileşenleridir. SL'lerin değişik kanser gruplarında anti-kanser etkisi kanıtlanmış olup, çocukluk çağı kanserlerinde bu konuyla ilgili yapılmış çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmanın amacı ; dehydroleucodine(DhL) ve yapısında bir çok aktif SL bulunduğu bilinen Inula viscosa (Yapışkan Andız Otu) bitkisinin ekstraktlarının etkisinin sisplatin (CDDP) ile karşılaştırılmalı olarak çocukluk çağı kanserlerinde araştırılmasıdır. In vitro çalışmada, nöroblastom hücre hattı olan KELLY, Ewing sarkom hücre hattı olan SK-ES ve çocukluk çağı karaciğer kanseri hücre hattı olan Hep-G2 hücreleri kullanılmıştır. DhL ve CDDP ticari olarak satın alınmıştır. Inula viscosa Ağustos 2018' de Manisa Spil Dağı'ndan toplanmıştır. Tür tayini Ege Üniversitesi Botanik Bahçesinde yapılmıştır. Bitkinin ekstraktı, Ege Üniversitesi Eczacılık Fakültesi'nde katı-sıvı ekstraksiyon yöntemiyle elde edilmiştir. Ekstraktlardan DPPH yöntemi ile antioksidan aktivite , alüminyum klorit yöntemi ile total flavonoid miktarı ve Folin Coicalteu yöntemi ile total fenolik madde tayinleri yapılmıştır. İnce tabaka kromatografi yöntemi ile ekstraktların analiz ve görüntülenmesi yapılmıştır. Hücre hatları kültüre edilip, 96 well platede dört farklı çözücü ile hazırlanmış ekstrakt, DhL ve CDDP'in LD50 dozları MTT hücre canlılık testi ile saptanmıştır. Etkin bulunan LD50 dozları 6 well platede tüm hücre hatlarına uygulanmış, canlılık ve sonra akım sitometride Annexin V+PI testi ile apoptoz ve nekroz yüzdeleri saptanmıştır.Toluidin mavisi boyaması ile hücrelerdeki morfolojik değişiklikler incelenmiştir. Bu kapsamda proliferasyon indeksi olarak Ki67, apoptoz mekanizmasını belirleme amacıyla Kaspaz 3,8,9 ile immünohistokimyasal incelemeler yapılmıştır. Bulgularımız Mann Whitney U testi ile p<0,05 düzeyinde karşılaştırılmıştır. Nöroblastom hücre hattı Kelly için CDDP proliferasyon ve apoptoz üzerinde beklenen güçlü etkiyi göstermiştir. DhL ve Metanol çözücülü bitki ekstraktı (MBE) 'nin ise CDDP 'ye göre proliferasyonu daha az azalttığı halde hücreleri apoptoza sürüklediği görülmüştür. Çocukluk çağı karaciğer kanseri hücre hattı HEP-G2 için CDDP, MBE, DhL 'nin proliferasyonda benzer miktarda azalmaya sebep olduğu , her üç ajanında hücreleri apoptoza sürüklediği ve apoptotik intrinsik yolağı daha çok kullandığı görülmüştür. Ewing sarkom hücre hattı SK-ES için DhL ve MBE 'nin proliferasyonu CDDP' e göre daha az azalttığı fakat hücreleri bariz biçimde apoptoza sürüklediği görülmüştür. Klinikte tedavide kullanılan bir ajan olan CDDP kıyasla bakıldığında her iki madde benzer ve istatistiksel olarak anlamlı şekilde anti-kanser aktivite göstermiştir. Ve bu etkiyi apoptoz ve nekroptoz üzerinden yapmıştır. Bu ajanlarla ilgili in vivo deneylerin de planlanması gerekmektedir. In vivo deneylerinin tamamlanması ve moleküler mekanizmalarının tam olarak açıklanması sonrasında ülkemizde doğal olarak bulunan bu bitki klinikte işlevsel olarak kullanılan bir, pediatrik anti-kanser ajan olma adayıdır. Anahtar Kelimeler:Çocukluk çağı tümörleri,Seskiterpen Lakton,Inula viscosa,
Çocukluk çağı solid tümörlerinde retinoik asitin PI3K/AKT ve RAS/MAPK yolakları üzerine etkisinin western blot yöntemi ile saptanması
Nöroblastom (NB) , nöral krestten köken alan embriyonik bir tümördür. 5 yaş altı çocuklarda en sık görülen ekstrakranyal solid tumördür. İleri evre hastalıkta yoğun protokoller ve alternatif tedaviyaklaşımlarına rağmen iki yıllık sağkalım yüzdesi %30–40'lara ancak ulaşmaktadır. Kanser hücrelerinin ajanlarla uyarılarak diferansiye edilmesi, anti-neoplastik tedavide umut verici birstrateji haline gelmiştir. Retinoik asit (RA) klinik olarak nöroblastomda hücresel diferansiasyonu indükleme özelliği açısından kullanılmaktadır. RA in vitro ve in vivoçalışmalarda terapötik potansiyelin açısından halen incelenmeye devam eden bir ajandır.Retinoidlerin hücrelerdeki biyolojik etkileri, retinoik asit reseptör (RAR) ve retinoid X reseptör (RXR)'ye bağlanan ligandlar aracılığıyla gerçekleşmektedir. PI3K/AKT ve RAS/MAPKyolakları kanserde sırası ile survival ve hücre proliferasyonu ilişkili yolaklardır. Bugüne deknöroblastom ve medulloblastom hücrelerinde özellikle PI3K/AKT yolağı daha yoğun incelenmiştir. Buna karşın NB hücrelerinde RAS/MAPK ve ilişkili ERK1/2 yolağı RAve sisplatin ile ilişkisi incelenmemiştir. Bu çalışmanın amacı çocukluk çağı solid kanserlerinin önemli bir grubunu oluşturan NB iki adet hücre hattı olan KELLY ve LAN5 hücrelerinde hücrelerinde diferansiye edici ajan RA ve sisplatin (CDDP) ve Takrolimus 'un (Tac) etkisini incelemektir. Bu amaçla hücre kültüründe üretilen KELLY ve LAN5 hücrelerine LD50 saptanarak bu dozlar uygulanmıştır. PI3K/AKT ve RAS/MAPK ilişkili ERK1/2 yolağı üzerinde etkisi için Akt, p44 (Erk1/2), Ras ve EGFR protein ekspresyonları immunsitokimyasal ve Western Blot yöntemi ile değerlendirilmiştir. Diferansiyasyon Toludin Blue boyamasında morfolojik olarak değerlendirilmiştir. İstatistiksel olarak non-parametrik Mann-Whitney U ve Ki- Kare testleri, p < 0,05 anlamlılık düzeyinde kullanılmıştır. RA, PI3K/AKT ve RAS/MAPK ilişkili ERK1/2 yolağı üzerine istatistiksel anlamlı düzeyde etki etmediği ancak diferansiyasyon ve proliferasyon durdurucu etkisinin ön planda olduğu saptanmıştır. Tac, Akt ekspresyonunu arttırdığı için NB'de iyi bir tedavi adayı değil gibi gözükmektedir. RA'nın RA, PI3K/AKT ve RAS/MAPK ilişkili ERK1/2 yolağı üzerine etkili olmaması, aday bir metronomik diferansiye edici ajan olma önemini desteklemektedir. Diferansiye edici bir ajanın bu yolağı anti- kanser yönde etkilemesi beklenmemektedir. Anahtar Kelimeler: Nöroblastom, Retinoik Asit, Sisplatin, Sinyal Yolakları
Sisplatin ve radyoterapi ototoksisitesine karşı asetil-l-karnitinin house ear ınstıtute-organ corti 1 (heı-oc1) hücre dizisi ve htb-186 medulloblastom hücreleri üzerine etkileri
Radyoterapi ve sisplatin gibi kemoterapötik ajanlar tek başına ya da kombine kanser tedavilerinde toksik etkiler oluşturabilir. Çalışmamızda in vitro koşullarda kohlea ve medulloblastom hücrelerine uygulanan radyoterapi (RT) ve sisplatinin (CDDP) oluşturduğu olası hasara karşı Asetil-L-Karnitinin etkisinin biyokimyasal ve moleküler olarak incelemesi amaçlanmıştır. HEI-OC1 kohlea ve HTB-186 medulloblastom hücrelerine kemoterapi, radyoterapi ve kemoradyoterapi uygulanarak hücre canlılığı, apoptoz, MDA, kaspaz 3-8-9, mitokondri membran potansiyeli, ROS, GSSG/GSH, Nrf2 ve ilişkili genlerin ekspresyonları incelenmiştir. Bulguların, SPSS22 programında parametrik t-testiyle istatistik analizi yapılmıştır. p<0,05 değeri istatistiksel anlamlı kabul edilmiştir. HEI-OC1 (72saat) ve HTB-186 (24saat) hücrelerinde IC50 dozları; 5 Gy RT, 50 µM CDDP (HEI-OC1), 75 µM CDDP (HTB-186), 50 µM ALC (HEI-OC1) ve 25 µM ALC (HTB-186) olarak belirlendi. HEI-OC1 hücreleri kontrol grubuna göre; ALC+CDDP'de apoptoz, MDA, ROS, Nrf2 aktivasyonu ve Nrf2, GR, NQO1, GST genlerinin ekspresyonlarıyla ALC+RT'de apoptoz, MDA, ROS, HO-1 ve Nrf2 aktivasyonlarıyla NQO1, SOD3 genlerinin ekspresyonları, ayrıca ALC+CDDP+RT apoptoz, MDA, ROS, HO-1 aktivasyonu ve Nrf2, GR, HO-1, NQO1, SOD2, SOD3, GPx, GST, Gclm ve katalaz genlerinin ekspresyonları artmıştır. HTB-186 hücreleri kontrol grubuna göre; ALC+CDDP+RT apoptoz, MDA, ROS, HO-1 ve Nrf2 aktivasyonları, GR, Gclm, NQO1, katalaz genlerinin ekspresyonlarıyla ayrıca CDDP+RT apoptoz, MDA, kaspaz 3-8-9, ROS, HO-1 aktivasyonu artmış ve GR, NQO1, Glcm, katalaz genlerinin ekspresyon ifadesi azalmıştır. Çalışmamızda kulak hücrelerinde özellikle kemoradyoterapi+ALC uygulandığında Nrf2, antioksidan ve faz II detoksifiye edici genlerin ekspresyon seviyelerinin indüklendiği görülmüştür. Medulloblastom hücrelerine kemoradyoterapi+ALC uygulandığında Nrf2 oksidatif stres ilişkili genleri indüklerken, antioksidan ve faz II detoksifiye edici genlerin ekspresyon seviyelerini azalttığı saptanmıştır. Anahtar Kelime: Kohlea, Medulloblastom, Asetil-L-Karnitin, Sisplatin, Radyasyon
Ayırıcı tanı zorluğu yaşanan pediatrik kanserlerde mikrodizin sistemi ile karşılaştırmalı genomik hibridizasyonla tüm kromozomlarda anomali taranmasının yeri
Amaç: Geleneksel histopatolojik ve immünohistokimyasal yöntemlere karşın pediatrik kanserlerin ayırıcı tanısında, özellikle küçük, yuvarlak hücreli tümör morfolojisinde ve bazen iğ hücreli tümör morfolojisinde zorluklar yaşanabilir. Bu durumlarda, kromozomal anormalliklerin belirlenmesi yararlı olabilir. Tek problu bir örnekte FISH yöntemiyle tek bir translokasyonun veya delesyonun incelenmesi, söz konusu kromozomal anormallik tek bir tip olamayacağından her zaman kesin bir yanıt vermeyebilir. Varyasyonlar bulunabilir ve bu nedenle tanı için birden fazla alanı incelemek gerekebilir. Bu çalışmanın amacı, tüm genom karşılaştırmalı genomik hibridizasyon yönteminin ayırıcı tanıda zorluk yaşayan pediatrik kanserlerde yerini değerlendirmektir. Yöntem: Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyonda (KGH), tüm genomda 135.000 prob ve gen başına 3 prob olarak tarandı. Parafin blok dokulardan çalışmak mümkündü. Dr. Behçet Uz Çocuk Hastanesi Patoloji Laboratuvarı arşivinden, ayırıcı tanıda güçlük yaşayan 24 olgunun parafin bloklarından DNA ekstraksiyonu yapıldı ve her olguda tüm kromozomlarda saptanan anomalilerin kontrol karşılaştırması yapıldı. Belirlenen kromozomal anomaliler, klinikopatolojik bulgular ile karşılaştırıldı. Bulgular: Tipik olarak gözlenen kromozomal anomaliler ile birlikte, tartışmalı önemi olan ek değişiklikler tespit edildi. ES / PNET olgularımızda kontrole kıyasla en sık kopya sayısı farklılığı srGAP2, RGPD5, NPHP1, GTF2IRD2, PDXDC1 genlerinde bulunmuştur. Andiferansiye nöroblastom hastalarımızda en sık sayıda kopya sayısı değişikliği; Defensin beta 106A, Defensin beta 103B, RGPD5 geni ve MAGE ailesi üyesi A12, SPANX ailesi üyesi D sarkom antijeni genlerinde tespit edilmiştir. Özellikle küçük yuvarlak hücreli indiferan tümör grubunda en sık sayıda kopya sayısı değişiklikleri immünoglobulin superfamily member 2, kalsiyum / kalmodulin bağımlı protein kinaz II beta, POM121 transmembran nükleoporin, Ankyrin repeat domain 30B, Solute carier family 6 member, Peptidil prorolil izomeraz B, siklofilin A, RLD alanı içeren E3 ubiquitin protein ligaz 2, Tryptophan 2.3-dioxygenase genlerinde tespit edildi. Sonuç: Tüm genom KGH yöntemi, ayırıcı tanıda zorluk yaşanan pediatrik kanserlerde faydalı olabilir. Ancak, parafin dokusunun incelenmesinde teknik zorluklar olduğundan, tümörlerden taze doku depolanması, genetik ve moleküler incelemeler için yararlı olacaktır. Yöntemin bir kısıtlılığı da, kromozomal anomalilerin belirlenmesine rağmen, in situ hibridizasyon gibi translokasyonun rapor edilememesidir. Anahtar Kelimeler: Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (KGH), nadir Pediatrik Kanserler, Ayırıcı Tanı
Osteosarkomda in vivo ksenograft modelde lokal rekürrensi önleme
Amaç: Osteosarkomlar genelde çocukluk ve genç erişkin yaşlarda görülmekte ve çok agresif seyretmektedir. Bu tümörlerin tedavisinde ekstremite koruyucu cerrahi ile büyük başarılar sağlanmıştır. Ancak mikroskobik düzeyde kalabilen rezidü tümörler rekürrens olasılığını arttırmaktadır. Cerrahi dışında osteosarkom tedavisinde kullanılan yüksek doz metotreksat, sisplatin kemoterapi rejimlerine rağmen de rezidü tümör görülmektedir. Bu nedenle yeni tedavi yaklaşımlarına ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada cerrahi rezeksiyon sonrası lokal olarak bu bölgeye konulacak kemik çimentosu içindeki kadmiyum ile rezidü tümör ve rekürrens olasılığı önlenmesi üzerine etkinliği in vivo hayvan modelinde test edilmiştir. Yöntem: K7M2 tümörijenik osteosarkom hücre hattı in vitro hücre kültürü ile çoğaltılmıştır. Daha sonra atimik nude farelere tümör hücre hattından in vitro üretilen tümör hücreleri subkutan verilerek atimik nüde farede ksenograft tümör modeli oluşturulmuştur. Tümör oluştuktan sonra, kontrol tümör, total rezeksiyon, totale yakın rezeksiyon, totale yakın rezeksiyon sonrası serum fizyolojik içeren kemik çimentosu uygulanan grup ve totale yakın rezeksiyon sonrası kadmiyum içeren kemik çimentosu uygulanan grup; her grupta 7 fare olacak şekilde rastgele eşleştirilmiştir Fareler tümör bölgesinde rekürrens takibi için 15 gün takip edilmiştir. Sakrifikasyon sonrası her grupta rezidü tümör histopatolojik olarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Subkutan enjeksiyon sonrası bir ay içinde tümör oluşmuştur. Total rezeksiyon, totale yakın rezeksiyon, totale yakın rezeksiyon ve serum fizyolojik içeren kemik çimentosu uygulanan grupların tümünde rekürrent tümör gözlenmiştir. Totale yakın rezeksiyon ve kadmiyum içeren kemik çimentosu uygulanan grupta hiç ya da küçük tümör oluşumu saptanmıştır. Sistemik toksisite bulgusu gözlenmemiştir. Sonuç: Bulgularımız, kemik çimentosu içinde lokal kadmiyum uygulamasının cerrahi sonrası osteosarkomun lokal tedavisine katkıda bulunabileceğini desteklemektedir. Postoperatif ortopedik biyomekanik malzemeler içinde lokal tedavi, osteosarkomda rekürrensi önlemede katkı tedavi seçeneği olabilir. Anahtar Kelimeler: Osteosarkom, kadmiyum, lokal tedavi
Erken evre glottik larenks radyoterapisinde doz optimizasyonunun araştırılması
Çalışmada, radyoterapi görmüş 15 hastanın 3-Boyutlu Konformal Radyoterapi (3B-KRT), Yoğunluk Ayarlı RT (YART), Yoğunluk Ayarlı Ark Radyoterapi (YAAT) ve Tomo-Helikal YART (TH-YART) teknikleri ile geriye dönük oluşturulan tedavi planlarının, hedef hacim dozları, riskli organ dozları ve MUdeğerleri bakımından istatiksel olarak araştırılması amaçlanmıştır. Hastaların Bilgisayarlı Tomografi (BT) görüntüleri, İ.Ü Onkoloji Entitüsü arşivinden temin edilmiştir. 3B-KRT planları için konvansiyonel-boost tekniği, YART, YAAT ve TH- YART planları için simultane-integre-boost (SIB) tekniği kullanılmıştır. Fraksiyon başına 2.12 Gy'den toplamda 33 fraksiyon tedavi dozu tanımlanmıştır. PTV-63 ve PTV-70 tedavi hacimlerinin %95'nin sırasıyla en az 63 ve 70 Gy tedavi dozunu alması hedeflenmiştir.Herhangi bir tutululenf nodu ışınlaması yapılmamıştır.Tedavi hacimleri değerlendirilmesi için ICRU 83 raporları referans alınmıştır. YART, YAAT ve TH-YARTile 3B-KRT tekniğine göre istatiksel olarak anlamlı daha iyi konformite ve homojenite indeks değerleri elde edilmiştir (p<0,05). YART, YAAT ve TH-YART teknikleri arasında anlamlı bir farklılık bulunmamıştır (p>0,05). 3B-KRT ile spinal kord maksimum doz değerleri ve 5 Gy doz alan normal doku hacmiYART, YAAT ve TH-YART tekniklerine göre daha düşük bulunmuştur (p<0,05). Karotis arterleri, tiroid ve submandibular bezlerin ortamala dozları ve doz-hacim değerleri incelendiğindeYART, YAAT ve TH-YART teknikleri ile 3B-KRT tekniğine göre daha düşük değerler elde edilmiştir (p<0,05).MU değerleri bakımından en uygun değerler YAAT tekniği ile elde edilmiştir. EGL kanseri radyoterapisinde, 4 farklı tekniğin birbirlerine üstünlükler sağladığı durumlar bulunmaktadır. YART, YAAT ve TH-YART teknikleri hedef hacim dozları ve spinal kord dışında kalan kritik organ doz değerleri bakımından 3B-KRT'ye göre daha uygundur.
Akciğer kanserlerinin radyoterapisinde yoğunluk ayarlı ark tedavi tekniği ile iki farklı doz hesaplama algoritmasının karşılaştırılması
Tedavi planlama sisteminde (TPS) yapılan doz hesaplarının doğruluğu radyoterapi tedavisinde çok büyük önem arz etmektedir. Bu sebeple ışınlanacak bölgedeki farklı elektron yoğunluklarına sahip yapıları doğru analiz edecek ve bu doğrultuda hesaplama yapacak algoritmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Çalışmamızda Eclipse 15.1 TPS'de yaygın olarak kullanılan Analytical Anisotropic Algorithm(AAA) ile gelişmekte olan Acuros XB (AXB) final doz hesaplama algoritmalarında VMAT tekniği ile 20 akciğer kanserli hastanın tedavi planları karşılaştırılarak iki algoritmanın birbirlerine karşı üstünlükleri araştırılmıştır. Tedavi planlarının tamamında hedef hacmin %95'i reçete edilen dozu alacak şekilde izodoz hattı seçilmiş ve akciğer gibi düşük yoğunluklarda doku inhomojenitesinde yapıcı düzeltmeler sağlayan intermediate doz optimizasyonu kullanılmıştır. Ayrıca hedef hacmin yakınında bulunan kritik organlar doz limitlerinin altında tutularak koruma sağlanmıştır. Doz hesabında algoritma farklılıklarını görebilmek için tedavi planlarında kritik organ ve hedef hacim optimizasyon değerleri aynı tutulmuştur. VMAT tekniği ile hazırlanan her plan doz-volüm histogram (DVH)'ında hedef hacim, kritik organ dozları, homojenite indeksi (HI), konformite indeksi (CI) ve monitör unit'leri (MU) bakımından değerlendirilmiştir. Analytical Anisotropic Algorithm(AAA) ve Acuros XB (AXB) doz hesaplama algoritmalarının değerlendirme sonucunda birbirlerine çok yakın veriler elde edilerek, klinikte kullanımı anlamlı bir fark teşkil etmeyeceği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: AAA, AXB, VMAT, Akciğer Kanseri, İnhomojenite
Serviks kanserinin 6 ve 15 MV'lik yüksek enerjili X-ışınları ile yoğunluk ayarlı radyoterapisinde doz dağılımlarının karşılaştırılması
Serviks kanseri radyoterapisinde, çoklu alan YART tekniği kullanılarak hastada tümör kontrölü maksimum seviyede tutulurken, kritik organların aldığı doz miktarı en az seviyede olması sağlanmaktadır. Amacımız YART ile yapılan tedavi planlarının yüksek enerjili 15 MV ve düşük enerjili 6MV ışınlamalarda hedef hacmin, kritik organların ve sağlıklı dokuların aldıkları dozlar bakımından araştırılmasıdır. 6 MV ve 15 MV enerjileri için 20 serviks kanseri hastasının planı Varian Trilogy cihazının Varian Eclips v.8.6 tedavi planlama sisteminde yapılmıştır. Gantri 0°, 52°, 104°, 156°, 208°, 260°, 312° olarak 7 ışın alanı seçilmiştir. Tedavi planları 400 MU/min doz hızında Sliding Wındow (Kayan Pencereler) MLC tekniği ile hazırlanmıştır. 680,2 cc ila 1135,7 cc arasında anatomik yapısı benzer 20 serviks hastasının PTV volümü seçilip ortalama PTV volümü 892,9 cc değerindedir. Tez çalışmamızda bölgesel pelvik organlar YART tekniği ile oluşturulan 6 MV ve 15 MV planların hedef hacminin aldığı dozlar, homojenite indeksleri, konformite indeksleri ve kritik organların aldıkları dozların oranları doz volüm histogramı üzerinden karşılaştırılmıştır. Fraksiyon başına 1,8 Gy 25 fraksiyon PTV45 için düşük enerjili 6 MV ve yüksek enerjili 15 MV'in CI ortalama değeri sırasıyla 0,8309 ve 0,8475 ve HI ortalama değeri sırasıyla 0,0622 ve 0,0585'tir. Serviks radyoterapisinde 6 MV ve 15 MV yoğunluk ayarlı radyoterapi tekniği ile yapılan planlarda PTV ve Kritik organ dozları bakımından birbirlerine benzer olmakla beraber CI, HI, Mesane ve Barsak dozları 15 MV enerjide biraz daha iyidir. Rektum, Sağ ve Sol Femur dozları aynıdır. Anahtar Kelimeler: Serviks kanseri, YART, DHV, 6 MV X ışını, 15 MV X ışını
Larenks kanserli hastalarda SETD2 gen ifadesinin araştırılması
Larenks kanseri, malign hücrelerin larenkste veya gırtlakta büyüdüğü nadir bir kanserdir. Sigara tütünü ve alkol tüketimi, larenks kanseri için temel risk faktörleridir. Larenks vucütta yerleşim bölgesi nedeniyle kişinin yaşamsal fonksiyonları haricinde, kişinin sosyal hayatı yönünden de önemlilik arz eden bir organdır. Bu nedenle tedavi aşamasında kişinin sağkalım süresinin yanında cerrahi olarak larenksin rezeksiyona karşı korunması da amaçlanmaktadır. Hastalığın tanısının zor yapılması ve çoğunlukla ileri evrelerde hastalığın belirlenmesi, larenks kanserinin erken tanısını sağlayabilecek çalışmaları hızlandırmıştır. Tüm gelişmelere karşın, nüks ve tedaviye direnç halen tedaviyi güçleştirmektedir. Larenks kanseri halen tedavisi zorlu yapılan kanserler grubunda yer almaktadır. Bu sebeple, günümüzde erken teşhiste kullanılabilecek biyomarkerların ve daha efektif tedavi metodlarının geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Larenks kanseri taraması ve erken evrelerde tespitini sağlayacak onaylı yüksek duyarlılığı ve özgüllüğü olan ve malign dokuların tespiti yapan onaylı test bulunmamaktadır. Onkolojik çalışmalarda tümör hücreleri ile normal hücreler arasında ekspresyon düzeyinin karşılaştırılabiliyor olması oldukça önemlidir. SETD2 geni, çeşitli tümörlerde kopya sayısı kaybıyla sıklıkla hedeflenen bir bölge olan kromozom 3'ün p21.31 sitogenetik bandında yer almaktadır. SETD2, DNA onarımı, kromozom segregasyonu ve RNA ekleme işleminde rol oynamaktadır. Tez çalışmamızda da larenks kanserinde, tanısında ve izlenmesinde marker olarak kullanılabilecek SETD2 geninin ekspresyon düzeylerinin araştırılması hedeflendi. Çalışma sonucunda hasta tümör örnekleri, eşlenik sağlıklı normal dokuları ve cerrahi öncesi toplanan serum örnekleri SETD2 gen ekspresyonu açısından karşılaştırıldı ve değerlendirildi. Hastaların %32'sinde (16/50) tümör dokusunda eşlenik normal dokuya oranla, ekspresyon seviyesinde artış gözlenirken, hastaların %26'sında (13/50) tümör ekspresyon seviyesinde azalış gözlendi. Ekspresyon durumu ile hastaların klinikopatolojik verileri karşılaştırıldığında sigara ve alkol kullanımı, nüks, anatomik tutulum bölgeleri ve metastaz ile anlamlılık bulunamadı (p>0,05). Sadece SETD2 genindeki ekspresyon artışı ile lenf nodu tutulumu arasında anlamlı bir ilişki gözlemlendi (p=0.048). Anahtar Kelimeler:Larenks Kanseri, SETD2 geni, tümör dokusu, ekspresyon analizi, biyobelirteç. Bu çalışma,İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir.Proje No:17190
Multiple beyin lezyonlarının stereotaktik radyocerrahi yöntemleriyle ışınlanmasında doz optimizasyonunun araştırılması
Bu çalışmada multiple beyin lezyonlarında SRC teknikleri ile farklı cihazlarda doz optimizasyonu karşılaştırılmıştır. Bu amaçla Cyberknife Radyocerrahi, Helikal Tomoterapi ve Yoğunluk Ayarlı Ark Tedavi (YAAT) teknikleri ile tedavi planları yapılarak sonuçları değerlendirilmiş ve birbirine göre üstünlükleri belirlenmeye çalışılmıştır. Her planda 18 Gy doz tanımlanarak tek fraksiyonda verilmiştir. Her teknik için yapılan planlarda reçetelenen dozun hedef hacmin (PTV) en az %95'ini saracak şekilde normalize edilmiştir. Tedavi planlarının sonuçlarında kritik organların aldıkları minimum, maksimum, ortalama dozlar ve beynin de 8, 10 ve 12 Gy alan hacimleri değerlendirilmiştir. Ayrıca CI, HI ve MU değerlerine de bakılmıştır. Planlar risk altındaki organlar açısından değerlendirildiğinde, bazılarında istatistiksel olarak fark bulunmuştur fakat bu fark klinik olarak kabul edilebilir seviyededir. Sağlıklı beyin dokusunun almış olduğu dozlar açısından değerlendirme yapıldığında V12(cc) ortalama değerleri YAAT, Cyberknife ve Tomoterapi için sırasıyla 12.6, 38.23, 37.46 bulunmuştur. YAAT planlarında daha iyi koruma sağlandığı görülmüştür. Elde edilen ortalama CI değerleri YAAT, Cyberknife ve Tomoterapi için sırasıyla 1.04±0.19, 1.38±016, 1.31 ± 0,26 bulunmuştur. Konformite açısından en iyi doz dağlımı YAAT tekniğiyle sağlanmıştır. Ortalama HI değerleri YAAT, Cyberknife ve Tomoterapi için sırasıyla 1.21±0.06, 1.15±0.04, 1.08±0.02 bulunmuştur. Homojen doz dağılımı açısından en iyi doz dağılımı Tomoterapi ile sağlanmıştır. MU açısından değerlendirildiğinde ise YAAT planlarında diğer planlama tekniklerine göre daha düşük değerler elde edilmiştir. Bu durum daha kısa tedavi süresine neden olmuştur. Sonuç olarak, üç farklı cihazda yapılan planlarda hedef ve kritik organ dozları için istenilen kriterlere uygun sonuçlar elde edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Stereotaktik radyocerrahi, multiple beyin lezyonları, lineer hızlandırıcı, cyberknife, tomoterapi
Akciğer kanseri tedavisinde stereotaktik vücut radyoterapi tekniklerinin doz optimizasyonunun araştırılması
Bu çalışmada akciğer kanseri tedavisinde stereotaktik vücut radyoterapi (SBRT) tekniklerinin doz optimizasyonu karşılaştırılmıştır. 15 hastanın tedavi planları Yoğunluk Ayarlı Radyoterapi (YART), Yoğunluk Ayarlı Ark Terapi (YAAT), Helikal Tomoterpi (HT) ve CyberKnife Radyocerrahi (CK) teknikleri ile oluşturulmuştur. Yapılan bütün tedavi planlarında hedef hacme fraksiyon başına 18 Gy doz ile toplam 54 Gy verildi. Her teknik için yapılan planlarda planlanan hedef hacmin (PTV) %95'inin en az reçetelendirilen dozu yani 54 Gy alacak şekilde normalize edildi. İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi Onkoloji Enstitüsü'nde daha önce SBRT ile tedavi edilen akciğer kanserli 15 hastanın bilgisayarlı tomografi (BT) görüntüleri kullanılarak 4 farklı tedavi teknikleri ile planlar yapıldı. Yapılan planlarda konformite indeks (CI), homojenite indeks (HI), monitor unit (MU) değerleri ve kritik organların aldığı dozlar değerlendirildi. Ortalama CI%95 değerleri, YART, YAAT, HT ve CK için sırasıyla 1,89(±0,36), 1,39(±0,08), 1,51(±0,18) ve 1,43(±0,11) olarak bulunmuştur. En iyi üniform doz dağılımını sağlayan teknik YAAT tekniği olduğu tespit edilmiştir. Ortalama HI5/95 değerleri YART, YAAT, HT ve CK için sırasıyla 1,05(±0,03), 1,06(±0,03), 1,10(±0,02) ve 1,16(±0,05) olarak bulunmuştur. En iyi homojen doz dağılımını sağlayan teknik YART tekniği olduğu tespit edilmiştir. Doz düşüşünün parametresi olan PTV'nin 2 cm uzağındaki maksimum yüzde doz değerleri, D2cm YART, YAAT, HT ve CK için sırasıyla %85(±9,05), %66,6(±9,5), %57,9(±6,5) ve %55(±8) olarak bulunmuştur. MU değerinin en düşük olduğu teknik YART tekniği olduğu bulunmuştur, bu da YART tekniğinin daha kısa tedavi süresi sağladığını belirtmektedir. Bütün teknikler değerlendirildiğinde, PTV'ye ve kritik organlara ait bütün parametrelerin ortalama değerleri bütün teknikler için istenilen kriterlere uymaktadır. Anahtar Kelimeler: SBRT, akciğer kanseri, lineer hızlandırıcı, HT, CK
Malign melanom hücre dizilerinde BRAF inhibitörü direncinin HIF 1 ekspresyonu ile ilişkisinin araştırılması
Malign melanom en ölümcül deri tümörü olup son yıllarda insidansi giderek artmaktadır. melanomun kemoterapotiklere ve radyoterapiye yanıtsız oluşu, BRAF inhibitörlerine karşı hızlı gelişen direnç tedavi güçlüklerinin başında yeralmaktadır. Melanomda MAPK yolağındaki mutasyonlar karsinogenezin kilit noktası olup bu yolağın inhibitörlerine karşı gelişen direncin engellenmesi tedavi stratejilerinin temelini oluşturmaktadır. Hipoksia, tümör mikroçevresinde oluşan düşük oksijen seviyesini tanımlamaktadır. Oluşan reaktif oksijen türleri prolil-hidroksilaz enzimleri üzerinden HIF-1α genini ve HIF-1α hedef mekanizmalarını etkilemektedir. Hipoksik koşullar, hücrede apoptoz veya proliferasyon gibi farklı yolakları aktive edebilmektedir. Hipoksinin BRAF inhibitörlerine dirençte etkisi olup olmadığı henüz bilinmemektedir. Direnç gelişim mekanizmalarının belirlenmesi ve muhtemel hedef moleküllerin tanımlanması bu alandaki tedavi başarısızlıklarının önüne geçecek bu hastalara daha uzun sağ kalım hatta kür şansı tanıyabilecektir. Anahtar Kelimeler: Malign melanom, BRAF inhibitörü, direnç, tedavi, HİF inhibitörü
Kalsiyum karbonat kapsüllemesinin CNG oligodeoksinükleotidlerin oral etkinliği üzerine etkisi ve insan monositlerinin TLR ligandlarına yanıtının değerlendirilmesi
Toll-like receptor (TLR) ligands modulate immune responses and have been used in immunotherapy. Clinical trials designed to evaluate the utility of CpG ODN, a synthetic TLR9 ligand, relied on parenteral routes of administration. Therapy would be simplified if these ODN could be delivered orally. My thesis compared the activity of orally delivered free and calcium carbonate encapsulated CpG ODN in murine models of acute colitis, LPS-induced inflammation and L. monocytogenes infection in comparison with parenteral CpG ODN. Results indicate that orally delivered CpG ODN induce gastrointestinal rather than systemic immunity and that calcium carbonate encapsulation does not significantly alter this behavior. The TLR7/8 agonist R848 was identified as a more effective oral immune modifier for protection from enteric and systemic L. monocytogenes infection. The differential response of human monocytes to TLR7 and TLR8 agonists was investigated. While both agonists induced monocytes to differentiate into macrophages, their activity was somewhat different. TLR8 but not TLR7 stimulation led to the production of pro-inflammatory cytokines. TLR7 ligation blocked TLR8 but not TLR2 or 4 cytokine responses in a dose and time dependent manner. TLR2 and 4 ligations also blocked TLR8 dependent cytokine responses. The effects of complex TLR ligand stimulation on monocytes was investigated using heat-killed bacteria. L. monocytogenes and E. coli stimulation induced monocytes to differentiate into suppressive macrophages characterized by high IL-10 secretion that reduced pro-inflammatory cytokine induction by L. rhamnosus. Efforts are underway to identify the suppressive molecule(s) present in E. coli lipid and protein extracts that could be of therapeutic value.
TLR agonistleri ile aktive olan akciğer kanseri hücre kültür süpernatanlarının makrofaj polarizasyonuna etkisinin araştırılması
It is well known that inflammation is involved in the development of lung cancer. Macrophages in the tumor microenvironment are the anti-inflammatory M2 type and anti-tumor type M1. Inflammatory cytokines, such as IL-1β, IL-6, and IL-8, released from tumor-associated macrophages (TAM) in the tumor microenvironment, facilitate the development and metastasis of cancer cells. TAMs are found intensely in many tumors, and it is known that the higher the number of TAM is associated with the poor prognosis of the disease. For this reason, the control and regulation of TAMs in the tumor microenvironment is a key factor tumor prognosis. Various Toll-Like Receptor (TLR) agonists are used in clinical practice because they can direct the immune response against the tumor. Immune response against the tumor is stimulated by TLRs on antigen presenting cells and increasing tumor-specific T cell response. Tumor-releasing soluble factors are known to be efficient in converting macrophages to TAMs, but the effects of soluble factors released from small-cell lung cancer cells on macrophage polarization are unknown. Therefore, we have investigated the effects of the mediators released from small cell lung cancer cell line stimulated by TLR 3, TLR 5 and TLR 8 agonists on the macrophage polarization. Furthermore, we have detected the cytokines released from TLR stimulated lung cancer cell line.In our study, cell culture supernatants obtained from NCI-H82 small cell lung cancer cell lines stimulated by TLR agonist, polarize THP-1 monocytic cells into the M1 type macrophages. These macrophages were expressed CD68, CD11b, and CXCR7. We have detected an increase in the inflammatory cytokines, IL-1β, IL-6, TNFα, IL-12, and IFNγ. Furthermore, phagocytosis capacity of these cells was increased and accumulation of cells in G0/G1 phase in the cell cycle were detected. However, incubation of THP-1 cells with supernatants of NCI-H82 cell lines without TLR agonists end up with the polarization of M2 type macrophages. In conclusion incubation of TLR3, TLR5 and TLR8 agonists with small cell lung cancer cell line polarized THP-1 monocytic cell line to M1 type macrophages and TLR agonists may improve the effects of immunotherapeutic agents.
Meme kanserinde metadherin ekspresyonunun incelenmesi
Metadherin gene (MTDH/ AEG-1/ Lyric) encodes a 582- aminoacid protein, metadherin (MTDH), which is almost undetectable by immunohistochemistry in normal breast tissue. MTDH expression is markedly increased in breast cancer cell lines as well as breast cancer patients which is found to be positively correlated with poor prognosis. The constitutive activation of PI3K/Akt/mTOR pathway triggers MTDH expression via GSK3β inactivation. In this thesis, the effect of PI-103 (dual PI3K/mTOR inhibitor) on MTDH expression in HER2+ breast cancer cell lines was investigated using qPCR and Western Blot. The results indicated different levels of inhibiton for MTDH expression in HER2 overexpressing cells. In MDA-MB-453 cells, incubation with PI-103 decreased MTDH mRNA and protein level significantly (p<0.05) which was considered in quite accordance with Akt dependency of these cells. MTDH mRNA expression decreased in SKBR-3 cells after 8 hours following a slight increase in 24 hours. The protein expression level was also affected moderately from PI-103. Taking into consideration the remarkable PTEN expression in these cells, we may speculate that decreased response to drug inhibitory effect of PI-103 may be attributed to the inverse corrrelation between MTDH protein level and PTEN activity. Finally, BT474 cells did not show significant change for MTDH at mRNA and protein level. In addition to cell lines, serum MTDH level of breast cancer patients (n=80) was evaluated by ELISA. Among molecular subtypes, HER2+ patients (n=9) had significantly high level of MTDH compared to patients diagnosed as Luminal A (n=20), and TNBC (n=32) (p<0.05) . There was no significant difference between HER2+ and Luminal B (n=19) subtypes. MTDH level was found significantly high in metastatic breast cancer (n=13) compared to nonmetastatic group (n=66) (p<0.01). In conclusion, PI3K/Akt targeting therapeutic strategies in HER2+ breast cancer may be involved in suppression of invasion and metastasis through regulation of MTDH expression.