Bakla (Vicia faba) bitkisinde mikrorna ve hedeflerinin in silico yöntemlerle araştırılması

mikroRNA (miRNA)'lar ökaryotik hücrelerde bulunan, endojen, kodlama yapmayan, ortalama 21 nükleotid uzunluğunda kısa RNA'lardır. Şimdiye kadar, deneysel ve bilgisayar temelli yaklaşımlarla birçok bitkide tanımlanmış olan işlevsel miRNA'lar, mRNA yıkımını yönlendirerek veya translasyonu baskılayarak; bitki büyümesi, gelişmesi ve strese verilen cevaplarda önemli rol oynarlar. Fakat, insan ve hayvan beslenmesinde önemli bir protein kaynağı olarak yaygın kullanılan bakla bitkisine (Vicia faba) ait herhangi bir miRNA bugüne dek tanımlanmamıştır. Bu çalışmanın amacı; korunmuş bitki miRNA'larını bakla bitkisinde homoloji analizi ile tanımlamaktır. Bilgisayar temelli bir yaklaşım olan EST temelli homoloji analizi kullanılarak, 143 miRNA gen ailesine ait olası 262 bakla miRNA'sı; 20697 ifade edilen dizi etiketi (EST) ve 577 genom araştırma dizisi (GSS) kullanılarak tanımlanmıştır. Olası miRNA'lar; miRNA ikincil yapısı ve miRNA biyogenezi kriterlerine uygun bir şekilde belirlenmiştir. Bunun yanı sıra, bakla EST'leri kullanılarak olası miRNA'ların hedef tahmini yapılmış ve bu EST'lerin bazılarının gelişim, metabolizma, taşınım, sinyal iletimi ve stres cevabı gibi birçok önemli biyolojik süreci düzenleyen genlerden kodlandığı tahmin edilmiştir. Bu çalışmanın sonuçları; gelecekte yapılacak miRNA çalışmalarında ve bakla bitkisinde miRNA'ların rol oynadığı biyolojik süreçler ile bu süreçlerin altında yatan moleküler mekanizmanın anlaşılmasına katkı sağlayacaktır.