Balık gözü hastalığı ile ilişkilendirilen LCAT genindeki zararlı SNP'lerin İn Slico yöntemler ile belirlenmesi

Balık gözü hastalığı, lesitin kolesterol açil transferaz eksikliğinin serum serbest kolesterol seviyesinin yükselmesine yol açan, oldukça nadir görülen bir kolesterol metabolizması hastalığıdır. Günümüzde DNA'da kodlanan bölgelerde ve kodlanmayan bölgelerde bulunan SNP'lerin birçok hastalıkla ilişkisi gösterilmiştir. Bunlar arasında, yanlış anlamlı SNP'ler insanlarda proteinlerin fonksiyonel çeşitliliği ile sonuçlanan amino asit farklılıklarından sorumlu oldukları için oldukça önemlidir. Bu tez çalışmasında in siliko yöntemler kullanılarak bir analiz çalışması yapılmıştır. Balık gözü hastalığı ile ilişkilendirilen LCAT genindeki yanlış anlamlı SNP'lerin in siliko analizlerini yapabilmek amacıyla, kullanımı kamuya açık olan veri tabanları ve çevrimiçi yazılım araçları kullanılmıştır. LCAT geninde bulunan SNP'lerin bilgilerine NCBI dnSNP veri tabanından ulaşılmıştır ve 2836 SNP tespit edilmiştir. Bu SNP'lerden yanlış anlamlı olanlar filtrelenmiş ve tespit edilen 795 SNP araştırma için seçilmiştir. SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&GO, Mutation Assessor, SNAP2 ve PhD-SNP yazılım araçlarının her birinde aynı anda zararlı olduğu tahmin edilen amino asit değişimleri filtrelenmiştir. Toplam 7 adet varyantın tüm programlarda zararlı olduğu tespit edilmiştir. Daha sonra zararlı olduğu tespit edilen 7 adet varyantın protein stabilizasyonu üzerindeki olası etkilerini tahmin etmek amacıyla I-Mutant ve MUpro yazılım araçları kullanılmıştır. I-Mutant 3.0 yazılım aracı ile yapılan çalışmada 7 varyantın da protein stabilizasyonunu azaltıcı etkiye sahip olduğu belirlenmiştir. LCAT genine ait yanlış anlamlı SNP'ler arasında zararlı/ hastalıkla ilişkili olabileceği belirlenen 7 SNP'nin MUpro çevrimiçi yazılım aracı ile yapılan analiz çalışmasında elde edilen bulgular sonucunda amino asit değişiminin tümünün protein stabilizasyonunu azalttığı tespit edilmiştir. Bu çalışma tanısal ve deneysel çalışmalara yol göstermek amacıyla yapılmıştır. Yüksek riskli olduğu tahmin edilen SNP'lerin, balık gözü hastalığı ile ilişkili deneysel ve klinik çalışmalarda öncelikli olarak değerlendirilmesi önerilmektedir.