Boğaz enfeksiyonu nedeni olan A grubu beta hemolitik streptokokların M protein tiplerinin "emm" gen sekans analizi ile belirlenmesi

Özellikle Streptococcus pyogenes (S.pyogenesYe bağlı boğaz enfeksiyonlarından sonra çok çeşitli virülans faktörlerine bağlı olarak invaziv hastalıkların gelişebileceği bilinmektedir. Bu virülans faktörlerinden en önemlisi M proteinidir. Birçok ülkede boğaz enfeksiyonu etkeni olan S. pyogenes 'in M tiplerini araştıran çok sayıda çalışma yapılmasına rağmen, ülkemizde bu konuda yapılmış herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu çalışmada boğaz enfeksiyonu olan bireylerden alınan boğaz kültürlerinden izole edilen A grubu beta hemolitik streptokok (S. pyogenes) suşlarının M tiplerinin emm gen sekans analizi ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji laboratuvarına çeşitli klinik ve polikliniklerden gelen boğaz sürüntü örneklerinden izole edilip konvansiyonel yöntemler ve API 20STREP kiti ile tanımlanan 114 adet S. pyogenes susu çalışmaya alınmıştır. Bu suşların 97' sinde (%85) CDC'nin önerdiği emmPl (5'-tatt(c/g)gcttagaaaattaa-3') ve emmP2 (5'-gcaagttcttcagcttgttt- 3') primerleri kullanılarak emm geni çoğaltma ürünü elde edilmiştir. Elde edilen bu ürünlerden 91 tanesinin(%93) DNA dizi analizi yapılıp, ClustalW vl.7 yazılımı kullanılarak tüm dizileri içeren lokal ve global hizalaması yapılmıştır. Hizalama için yerel BLAST sunucusundan yararlanılmıştır. Filogenetik dendrogram çizilmiş ve emm tipleri belirlenmiştir. Bu emm tiplerinin: 1, 3, 4, 6, 9, 11, 12, 14, 18, 22, 24, 29, 33, 43, 48, 75, 77, 78, 89, 90, 102, 112, 118, numaralı tipler olduğu bulunmuştur. 23 çeşit olan bu emm tipleri arasında en çok oranda belirlenenlerin ise sırasıyla, emm 12, 3, 1, 75, 29 olduğu saptanmıştır. Geriye kalan 23 örnek tiplendirilemeyen M proteinleri olarak kabul edilmiştir En çok görülen 5 adet emm tipinin daha çok 10 yaş altı ve okul çağı çocuklarından izole edildikleri görülmüştür. Ayrıca, en sık görülen emm 1, 3 ve 12 tipleri de dahil olmak üzere, bu çalışmada bulunan emm/M tiplerinin 15 tanesinin GAS 'a karşı geliştirilen 26 VV aşısının içerdiği M serotipilerinin kapsamında olduğu bulunmuştur. Bu nedenle, bu aşının, çalışmamızdaki tanımlanmış tüm emm tipleri üzerinde % 76.9 oranında etkili olabileceği düşünülmektedir. Sonuç olarak, bu çalışma az sayıda örnek ile yapılmış bir çalışmadır ve sadece bir merkeze başvuran hastalardan elde edilen suşlarla yapılmıştır. Ancak ülkemizde S. pyogenes emm tiplerini belirleyen ilk çalışma olmuştur. Bu çalışma, ülkemiz için bilimsel bir açığı gidererek bu konuda gelecekte yapılacak çalışmalara da zemin hazırlayacak bir ön çalışma olmuştur. Bu tür çalışmaların daha fazla örneklem sayısında gerçekleştirilmesi ile farklı coğrafik yerleşim bölgelerine göre emm tiplerinin dağılımı da belirlenebilecektir. Buna ek olarak, bu çalışmalar, farklı bölgelerdeki invaziv hastalık ve komplikasyonların da dağılımının önceden belirlenebilmesine olanak tanıması ve aşı geliştirme çalışmalarında yol gösterici olması açısından da büyük önem taşımaktadır.