Bölgeye özgü glikolizasyon analizlerinde kullanılan çarpışmalı fragmantasyon tekniklerinin glikopeptit tanımlama performanslarının kıyaslanması

Protein glikozilasyonu, Post Translasyonel Modifikasyon (PTM) çeşitlerinden biridir ve birçok fizyolojik ve biyolojik süreçlerle ilişkilidir. Glikoproteinin kimliği hakkında bilgi sahibi olmak için peptit dizisi, glikozilasyon bölgesi ve glikan yapısı hakkında bilgi üretilmelidir. Glikopeptitlerin analizi için Tandem Kütle Spektrometrisi (MS/MS) yaygın olarak kullanılmaktadır. Peptit ve glikan yapıları farklı kimyasal özellikleri nedeniyle karmaşıktır. Parçalama yöntemlerinden biri olan Çarpışma İle İndüklenmiş Parçalama (CID), Dört Kutuplu-Uçuş Zamanlı Kütle Spektrometrisi (QTOF-MS) enstrümanı ile beraber uyumlu bir şekilde çalışmaktadır. Yüksek Enerjili C-trap İle Parçalama (HCD) yöntemi ise, Dört Kutuplu Orbitrap (Q- Exactive Plus) enstrümanı ile çalışmaktadır. Ayrıca çok benzer olan HCD ve CID tekniği, glikan birimleri için B- ve Y- tipi fragmentleri üretirken peptit omurga parçalaması sonucunda peptit fragmentlerine ait b- ve y- tipi iyonları üretir. Son yıllarda fragment iyonların verimliliği arttırmak için Basamaklı Çarpışma İle İndüklenmiş Parçalama (sCID) ve Basamaklı Yüksek Enerjili C-trap İle Parçalama (sHCD) tekniği ortaya çıkmıştır. Bu tekniklerle farklı enerjiler uygulanarak hem glikan hem de peptit fragmentleri hakkında eş zamanlı bilgi edinilir. Tez kapsamında, QTOF s(CID) (Basamaklı Çarpışma İle İndüklenmiş Parçalama) ve Q-Exactive Plus s(HCD) (Bacamaklı Yüksek Enerjili C-trap İle Parçalama) sistemlerinin glikopeptit tanımlama performansları kıyaslanmıştır. Haptoglobin (Hpt) proteininin, Hpt 1-1, Hpt 2-2 ve Hpt-M adı verilen bu üç farklı varyantı tez çalışmasında kullanılmıştır. Her bir varyant, dört tekrarlı olacak şekilde hem QTOF s(CID) hem de Q-Exactive Plus s(HCD) sistemlerinde analiz edilmiştir. QTOF s(CID) sistemi, Q-Exactive Plus s(HCD) sistemine göre hem daha çok glikozilasyon bölgesi hem de daha fazla glikopeptit sayısı tanımlamıştır. Q-Exactive Plus s(HCD) sistemi, QTOF s(CID) sistemine göre daha yüksek toplam ortalama skor sayısı tespit edilmiştir.