Fusarium oxysporum f. sp. ciceris'İN NOHUTTA RT-PCR İLE BELİRLENMESİ

Nohut, yemeklik baklagiller arasında oldukça önemli bir yere sahiptir ve Fusarium oxysporum f. sp. ciceris patojeninin neden olduğu Fusarium solgunluk hastalığı da bu nedenle büyük önem taşımaktadır. Bu ve benzeri birçok nedenlerden ötürü yıllık büyük kayıplar meydana gelmekte ve bu kayıpları önleme çalışmaları halen devam etmektedir. Bu çalışmanın amacı, spesifik primerler kullanılarak Gerçek Zamanlı-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) ile infekteli nohut bitkilerinde hastalığa neden olan F. oxysporum f. sp. ciceris etmeninin kantitatif olarak belirlenmesidir. Aynı zamanda, ilk günlerde infekte bitkilerin hastalıklı dokularında görülmeyen hastalığın tespiti, hastalık ve konuk arasındaki ilişkiyi aydınlatacaktır. Kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) tekniği kullanılarak yapılan bu çalışmada, nohutun hastalığa duyarlı ILC 482 çeşidi solgunluk ve sararma formlarının her ikisi ile de infekte edilmiş ve daha sonra taze bitki örnekleri toplanarak toplam mRNA izolasyonunda kullanılmıştır. Toplam mRNA, cDNA'lara dönüştürülmüş ve RT-PCR çalışmalarında tahlil edilmiştir. Tahliller özel olarak tasarlanmış primer setleri kullanılarak SYBR Green Master Mix içerisinde gerçekleştirilmiştir. Misel kültürlerden elde edilen cDNA'lar, standart eğrileri oluşturmak için RT-PCR testinde pozitif kontrol olarak kullanılmıştır. Hastalık bu metod ile ilk günden itibaren gözlemlenmiş ve sonuçlar her iki primer seti için de istatistiki olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). J5 primer seti H3'e göre daha iyi bir tanımlama sağlamıştır. Bu veriler birlikte ele alındığında, ribozomal (J5) ve histon (H3) gen bölgeleri hastalıkla ilişkilendirilmiş ve nohut Fusarium solgunluğunun tanımlanmasında kullanışlı birer markır oldukları qRT-PCR çalışmaları ile belirlenmiştir.